Pourquoi échoue-t-on à définir la vie ?

[vinssss]

Bonjour,

Concernant la notion d’espèce, il semblerait que ce terme soit très polémique et que certains envisagent de complètement le supprimer pour la raison suivante : l’évolution des être vivants est un processus continu et qui est toujours en cours. Certaines espèces d’hier ne sont plus celles d’aujourd’hui qui ne seront, elles mêmes, plus celles de demain. Pour accepter la notion d’espèce, il faut accepter un déterminisme, une finalité à l’évolution !!! Sinon, on pourrait parler d’espèces à un temps t sur différents critères plus ou moins objectifs.

Pour la définition consensus du vivant (qu’on connaît, au cas où il en existerait d’autres formes ici ou ailleurs), je dirais : « Ensemble des stratégies ayant permis à la nature de perpétuer la molécule d’ADN » mais là, je sens que je vais être hors charte même si je trouve que ça colle pas mal…
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[Amanuensis]

On peut toujours garder la notion d'espèce comme celle d'un taxon, un groupement artificiel utile pour dégrossir de quoi on parle. C'est d'ailleurs l'usage de la notion d'espèce pour les lignées sans procréation sexuée, ou en paléontologie.

Là où la notion d'espèce est difficile (discutable et discutée) est quand on cherche à en donner une définition "objective" qui s'appliquerait de manière universelle. Et là cela rejoint la question sur la définition de la vie: est-ce qu'une définition objective universelle est nécessaire?

[invitedb5bdc8a]

est-ce qu'une définition objective universelle est nécessaire?

Pour moi le problème est surtout est ce qu'on peut donner facilement une définition d'un machin très fractal ?

[vinssss]

Je ne pense pas qu’il y ait besoin d’une nécessité pour chercher une définition universelle à quelque chose. Plus une définition sera juste et globale, mieux ce sera autant pour des aspects pratiques que pour satisfaire l’esprit humain en quête d’un perfection utopique…

[Amanuensis]

Jque pour satisfaire l’esprit humain en quête d’un perfection utopique…

Il me semble que c'est cela qui est en jeu, et (justement) au détriment des aspects pratiques.

[Amanuensis]

Pour moi le problème est surtout est ce qu'on peut donner facilement une définition d'un machin très fractal ?

Pas un problème si on considère secondaire de " satisfaire l’esprit humain en quête d’un perfection utopique". Car alors le constat que c'est difficile amène, combiné à l'intérêt pratique, amène à "faire avec" et laisser la recherche de perfection à ceux que cela intéressent. (Et le bon domaine pour cela, c'est les mathématiques--domaine où je n'aurais pas le même discours--, pas la biologie.)

[invite51d17075]

Pas un problème si on considère secondaire de " satisfaire l’esprit humain en quête d’un perfection utopique"

"utopique" est assez péjoratif.
dans le même esprit, on pourrait qualifier la RR et la RG d'utopique.
voire les multivers... etc.
je dois être trop simpliste, mais je vois cette question sous l'angle physique/biologiste, par du tout sous un angle méta-truc.

[Amanuensis]

"utopique" est assez péjoratif.

Merci de faire la remarque à celui qui l'a utilisé. Je n'ai que recopié.

dans le même esprit, on pourrait qualifier la RR et la RG d'utopique.

Je ne vois pas pourquoi, mais vous allez nous l'expliquer, j'imagine...

[invite51d17075]

oui , j'ai vu après !
sorry

[Geb]

Bonjour,

Pour la définition consensus du vivant (qu’on connaît, au cas où il en existerait d’autres formes ici ou ailleurs), je dirais : « Ensemble des stratégies ayant permis à la nature de perpétuer la molécule d’ADN » mais là, je sens que je vais être hors charte même si je trouve que ça colle pas mal…

Contrairement à ce qu'insinue la définition de la NASA, qui est la définition la plus souvent utilisée aujourd'hui, et avec elle, la très grande majorité des définitions de la vie publiées ces 50 dernières années, j'ai le sentiment que l'ADN n'est pas fondamentale, que ce n'est pas sur elle qu'il faut centrer la définition. En somme, cette question de définition est très liée, à mon avis, aux recherches sur les origines de la vie. Depuis 25 ans je dirais, on a de plus en plus d'arguments en faveur d'une définition "métabolique" de la vie.

On pense généralement aujourd'hui que le métabolisme existe pour permettre la vie. Les recherches récentes sur les origines de la vie (travaux de Harold Morowitz & Eric Smith, William Martin & Nick Lane, Michael Russell & Wolfgang Nitschke) semblent suggérer que la vie existe pour permettre la perpétuation d'une réaction métabolique, issue d'une géochimie dans des circonstances particulières (théorie hydrothermale de l'origine de la vie), et qui est présente dans tous les êtres vivants. La vie est ce qu'elle fait. Une réaction métabolique a été le début de la vie, cette ensemble intégré de réactions chimiques a survécu depuis des milliards d'années, et c'est l'essence même de la vie. De ce point de vue, la vie est ce qu'elle fait : le métabolisme central commun à tous les êtres vivants est la définition de la vie.

L'identité de la réaction métabolique "primordiale", est encore un sujet de débats entre spécialistes, mais tous les cycles primordiaux supposés (cycle de Wood-Ljungdahl pour Martin et al., cycle de Krebs inversé pour Morowitz et al., ou méthanotrophie acétogénique dénitrifiante pour Russell et al.) sont au demeurant très similaires dans leurs caractéristiques essentielles.*

Tout ce que je viens de dire, qui peut paraître nébuleux, tautologique, voire gonflé, est admirablement bien vulgarisé ici (pour autant qu'on maîtrise bien l'anglais) : Inevitable Life?

Cordialement.


* C'est tout ce que je pouvais détaillé en 10 minutes de temps libre.

[invite51d17075]

Je ne vois pas pourquoi, mais vous allez nous l'expliquer, j'imagine...

un peu de la provocation, je l'admets.
ce que je voulais dire est que la science du "vivant" n'est pas plus "ésotérique" que les autres.

[Amanuensis]

L'identité de la réaction métabolique "primordiale", est encore un sujet de débats entre spécialistes, mais tous les cycles primordiaux supposés (cycle de Wood-Ljungdahl pour Martin et al., cycle de Krebs inversé pour Morowitz et al., ou méthanotrophie acétogénique dénitrifiante pour Russell et al.) sont au demeurant très similaires dans leurs caractéristiques essentielles.*

Même cela me semble très "géo-centrique", pas vraiment moins qu'évoquer l'ADN. Utile pour cerner le terme "vivant" quand on discuter de "l'origine du vivant sur Terre" (pour définir la frontière implicite dans le terme "origine"), mais pas beaucoup plus.

(Au passage, si on réfléchit en termes pratiques, on peut se satisfaire de différentes définitions selon l'application. La question de l'origine du vivant sur Terre est une application parmi d'autres.)

[Amanuensis]

ce que je voulais dire est que la science du "vivant" n'est pas plus "ésotérique" que les autres.

Mais elle est bien plus rétive à une mathématisation à outrance que la physique (puisque RR et RG sont citées...), point plus pertinent quand on discute définitions.

[vinssss]

"utopique" est assez péjoratif.
dans le même esprit, on pourrait qualifier la RR et la RG d'utopique.
voire les multivers... etc.
je dois être trop simpliste, mais je vois cette question sous l'angle physique/biologiste, par du tout sous un angle méta-truc.

Je ne vois pas en quoi c’est péjoratif de dire que l’esprit humain est en quête d’une perfection utopique ? D’ailleurs, « perfection utopique » est presque un pléonasme. Ce que je voulais dire, c’est qu’ne définition plus précise des choses, outre les aspects pratiques que ça peut apporter, relève aussi d’un comportement humain qui cherche constamment à « parfaire » les choses, à les améliorer.

[vinssss]

Bonjour,



Contrairement à ce qu'insinue la définition de la NASA, qui est la définition la plus souvent utilisée aujourd'hui, et avec elle, la très grande majorité des définitions de la vie publiées ces 50 dernières années, j'ai le sentiment que l'ADN n'est pas fondamentale, que ce n'est pas sur elle qu'il faut centrer la définition. En somme, cette question de définition est très liée, à mon avis, aux recherches sur les origines de la vie. Depuis 25 ans je dirais, on a de plus en plus d'arguments en faveur d'une définition "métabolique" de la vie.

On pense généralement aujourd'hui que le métabolisme existe pour permettre la vie. Les recherches récentes sur les origines de la vie (travaux de Harold Morowitz & Eric Smith, William Martin & Nick Lane, Michael Russell & Wolfgang Nitschke) semblent suggérer que la vie existe pour permettre la perpétuation d'une réaction métabolique, issue d'une géochimie dans des circonstances particulières (théorie hydrothermale de l'origine de la vie), et qui est présente dans tous les êtres vivants. La vie est ce qu'elle fait. Une réaction métabolique a été le début de la vie, cette ensemble intégré de réactions chimiques a survécu depuis des milliards d'années, et c'est l'essence même de la vie. De ce point de vue, la vie est ce qu'elle fait : le métabolisme central commun à tous les êtres vivants est la définition de la vie.

L'identité de la réaction métabolique "primordiale", est encore un sujet de débats entre spécialistes, mais tous les cycles primordiaux supposés (cycle de Wood-Ljungdahl pour Martin et al., cycle de Krebs inversé pour Morowitz et al., ou méthanotrophie acétogénique dénitrifiante pour Russell et al.) sont au demeurant très similaires dans leurs caractéristiques essentielles.*

Tout ce que je viens de dire, qui peut paraître nébuleux, tautologique, voire gonflé, est admirablement bien vulgarisé ici (pour autant qu'on maîtrise bien l'anglais) : Inevitable Life?

Cordialement.


* C'est tout ce que je pouvais détaillé en 10 minutes de temps libre.

Savez vous où trouver la définition de la NASA?

Et le vivant a le métabolisme comme facteur commun mais aussi l'ADN (en considérant qu'un virus à ARN n'en fait pas vraiment parti).

Cdt

[Mickey-l.ange]

semblent suggérer que la vie existe pour permettre la perpétuation d'une réaction métabolique, .

Bonjour,

"Pour permettre" ou "en permettant" ?

[noureddine2]

salut ; pour moi ; la base élémentaire de la vie , est un algorithme .
donc même un robot ou ordinateur est vivant , une vie artificielle non organique .
il n'y a pas de fracture entre l'inerte et le vivant , mais une continuité entre les deux .
si on donne à la vie de l'homme une note de 100 , on donnera par exemple à une calculatrice une note de 1 , à une souri une note de 50 , à un dauphin une note de 90 ..etc
je pense qu'au lieu de se baser sur l'ADN ou L'ARN pour chercher la vie , il sera peut être plus facile de se baser sur la complexité d'un algorithme pour mesurer la complexité de la vie dans une échelle entre 0 ( inerte ) et 100 ( homme )

[Amanuensis]

si on donne à la vie de l'homme une note de 100 (...) à une souri une note de 50 , à un dauphin une note de 90 ..etc

Remarquable!

[noureddine2]

salut ; pour moi ; la base élémentaire de la vie , est un algorithme .
donc même un robot ou ordinateur est vivant , une vie artificielle non organique .

je pense que c'est plus prudent d'oublier les robots ; ils vont compliquer la définition .
donc on va se limiter à la vie organique et biologique .
si on arrive à mesurer la complexité d'une cellule , ça sera une bonne étape pour noter la vie dans une échelle entre 0 et 100 .

[Geb]

Savez vous où trouver la définition de la NASA?

La définition adoptée par la NASA en 1994 est : « Life is a self-sustaining chemical system capable of Darwinian evolution » (« La vie est un système chimique auto-entretenu capable d’évolution darwinienne »).

Quelques détails (en anglais) sur la genèse de cette définition ici : Forming a definition for life: Interview with Gerald Joyce

Même cela me semble très "géo-centrique", pas vraiment moins qu'évoquer l'ADN. Utile pour cerner le terme "vivant" quand on discuter de "l'origine du vivant sur Terre" (pour définir la frontière implicite dans le terme "origine"), mais pas beaucoup plus.

Wood-Ljungdahl (et Krebs inversé) est un développement moderne d’une réaction géochimique appelée serpentinisation qui requiert "simplement" l’interaction entre de l’eau en phase aqueuse, chargée en dioxyde de carbone, et de l’olivine chaude ; l’olivine étant un des minéraux les plus courants dans le système solaire. Rien d’anthropocentrique là-dedans. Pour que ça ait pu marcher sur Terre, il y aurait aussi fallu vraisemblablement quelques métaux de transition en solution dans l’eau liquide (principalement le fer, le nickel et le molybdène), qu’on trouve dans les métalloenzymes des organismes actuels.

Ce développement moderne est certes terrestre, mais il n’y a pas d’autres biochimies (extraterrestres) à étudier, et les biochimistes, jusqu’à Russell, n’ont jamais osé remonter à ce qui avait pu être avant un métabolisme contemporains (c’est-à-dire dans les formes de vie actuels), même ceux considérés comme anciens (c-à-d Wood-Ljungdahl ou Krebs inversé).

Russell & Nitschke essayent de remonter un peu plus loin que les organismes existants, avec un cycle métabolique qui n’existe pas (ou plus) dans les organismes actuels. Mais toutefois inspiré d’un organisme découvert en 2006, et dont les détails métaboliques sont toujours à l’étude.

C’est un peu comme d’essayer de remonter juste avant LUCA. Les tenants de la « réplication » (qui forme la base des définitions de la vie actuelle) s’y sont essayés depuis plus longtemps, et ils n’y sont pas parvenus. Le plus gros point d’achoppement pour le camp de la réplication, c’est d’expliquer le système ADN-ARN-protéines pour "démarrer" la réplication et donc, selon eux, la vie.

Les trois équipes du camp du métabolisme que j’ai cité, ont des centres d’intérêt très différents pour "démarrer" la vie : les cofacteurs inorganiques (ions métalliques), les métabolites du métabolisme de base (pas plus de 250 à 300 dans les métabolismes modernes), qui dans le cas du cycle de Krebs inversé, est centré sur 11 petites molécules (< 6 carbones) et le mécanisme chimiosmotique, tout ça au sein d’un évent hydrothermal qui fournit les conditions physico-chimiques nécessaires.

La question du pourquoi Russell & Nitschke ont choisi de ne pas se fier à un métabolisme qui existeraient encore à l’heure actuelle serait trop long à expliquer. Mais l’idée est bien de se rapprocher un petit peu plus de la serpentinisation. De combler le fossé entre la chimie prébiotique et le LUCA, comme diraient les tenants de la réplication.

(Au passage, si on réfléchit en termes pratiques, on peut se satisfaire de différentes définitions selon l'application. La question de l'origine du vivant sur Terre est une application parmi d'autres.)

L'idée derrière les définitions classiques, c'est de mettre l'emphase sur la notion de réplication avec erreur. L'idée "métabolique" moderne est tout de même substantiellement différente et plus fructueuse à mon avis (bien que moins connue). La vie c'est tout ce qui peut être construit, ce qui peut s'auto-organiser, autour d'une réaction géochimique commune, dans des conditions particulières.

Je pense que ces deux définitions ne sont pas compatibles, pour la simple raison qu'elles expriment une notion très différente de ce qu'est la vie. Pour moi, une molécule auto-réplicatrice (comme l'ADN ou l'ARN) étant un développement plus récent dans le chemin vers la vie, on ne peut pas se permettre de centrer notre idée de la vie dessus.

Et le vivant a le métabolisme comme facteur commun mais aussi l'ADN

L'ADN ne peut pas apparaître sans le métabolisme. Les tenants de la réplication ont donc pensé aux ribozymes, apparus par hasard à partir d'une soupe prébiotique, dans des endroits particuliers (plage, abord d'un fleuve, mare tiède).

La nouveauté, c'est que pour les tenants du métabolisme (en tout cas ceux qui se rangent dans une des trois écoles de pensée que j'ai cité) estime que le métabolisme peut émerger de la géochimie, à travers la serpentinisation au sein d'un évent hydrothermal, qui fournit les ingrédients de bases (C, H, O, N, etc.), les catalyseurs de bases (Fe, Ni, Mo, etc.), et le mécanisme chimiosmotique prébiotique (un gradient de protons entre extérieur et intérieur de l'évent). L'ADN apparaît plus tard, comme une évolution de ce point de départ géochimique. Dans ce cadre, il n'y a pas de paradoxe.

(en considérant qu'un virus à ARN n'en fait pas vraiment parti).

Depuis la fin des années 1990, on pense plutôt que les virus ont joué un rôle primordial dans l'apparition de l'ADN : Nouvelles questions et hypothèses sur l'origine et l'évolution des génomes (conférence de Patrick Forterre, 2008)

Cordialement.

[Geb]

"Pour permettre" ou "en permettant" ?

En fait, les deux. Le point de vue métabolique permettrait de répondre scientifiquement à une question qu'on croyait insoluble, et même hors du champ de la science : pourquoi la vie est apparue ? Plus de détails dans la conférence d'Eric Smith dont j'ai fourni le lien plus haut.

Aussi, Eric Smith utilise l'idée suivante, qu'on trouve déjà chez Carl Woese à la fin des années 1970 (à 5:01 dans la conférence) :

Why has life persisted? This is important because I think if we have a sensible understanding of how life emerged that must also make it sensible that life has stayed because the things that cause it to persist are the same things that caused it to emerge in the first place. So the questions must be asked and answered sensibly together.

Donc, "pour permettre" et "en permettant".

Cordialement.

[vinssss]

La définition adoptée par la NASA en 1994 est : « Life is a self-sustaining chemical system capable of Darwinian evolution » (« La vie est un système chimique auto-entretenu capable d’évolution darwinienne »).

Quelques détails (en anglais) sur la genèse de cette définition ici : Forming a definition for life: Interview with Gerald Joyce



Wood-Ljungdahl (et Krebs inversé) est un développement moderne d’une réaction géochimique appelée serpentinisation qui requiert "simplement" l’interaction entre de l’eau en phase aqueuse, chargée en dioxyde de carbone, et de l’olivine chaude ; l’olivine étant un des minéraux les plus courants dans le système solaire. Rien d’anthropocentrique là-dedans. Pour que ça ait pu marcher sur Terre, il y aurait aussi fallu vraisemblablement quelques métaux de transition en solution dans l’eau liquide (principalement le fer, le nickel et le molybdène), qu’on trouve dans les métalloenzymes des organismes actuels.

Ce développement moderne est certes terrestre, mais il n’y a pas d’autres biochimies (extraterrestres) à étudier, et les biochimistes, jusqu’à Russell, n’ont jamais osé remonter à ce qui avait pu être avant un métabolisme contemporains (c’est-à-dire dans les formes de vie actuels), même ceux considérés comme anciens (c-à-d Wood-Ljungdahl ou Krebs inversé).

Russell & Nitschke essayent de remonter un peu plus loin que les organismes existants, avec un cycle métabolique qui n’existe pas (ou plus) dans les organismes actuels. Mais toutefois inspiré d’un organisme découvert en 2006, et dont les détails métaboliques sont toujours à l’étude.

C’est un peu comme d’essayer de remonter juste avant LUCA. Les tenants de la « réplication » (qui forme la base des définitions de la vie actuelle) s’y sont essayés depuis plus longtemps, et ils n’y sont pas parvenus. Le plus gros point d’achoppement pour le camp de la réplication, c’est d’expliquer le système ADN-ARN-protéines pour "démarrer" la réplication et donc, selon eux, la vie.

Les trois équipes du camp du métabolisme que j’ai cité, ont des centres d’intérêt très différents pour "démarrer" la vie : les cofacteurs inorganiques (ions métalliques), les métabolites du métabolisme de base (pas plus de 250 à 300 dans les métabolismes modernes), qui dans le cas du cycle de Krebs inversé, est centré sur 11 petites molécules (< 6 carbones) et le mécanisme chimiosmotique, tout ça au sein d’un évent hydrothermal qui fournit les conditions physico-chimiques nécessaires.

La question du pourquoi Russell & Nitschke ont choisi de ne pas se fier à un métabolisme qui existeraient encore à l’heure actuelle serait trop long à expliquer. Mais l’idée est bien de se rapprocher un petit peu plus de la serpentinisation. De combler le fossé entre la chimie prébiotique et le LUCA, comme diraient les tenants de la réplication.



L'idée derrière les définitions classiques, c'est de mettre l'emphase sur la notion de réplication avec erreur. L'idée "métabolique" moderne est tout de même substantiellement différente et plus fructueuse à mon avis (bien que moins connue). La vie c'est tout ce qui peut être construit, ce qui peut s'auto-organiser, autour d'une réaction géochimique commune, dans des conditions particulières.

Je pense que ces deux définitions ne sont pas compatibles, pour la simple raison qu'elles expriment une notion très différente de ce qu'est la vie. Pour moi, une molécule auto-réplicatrice (comme l'ADN ou l'ARN) étant un développement plus récent dans le chemin vers la vie, on ne peut pas se permettre de centrer notre idée de la vie dessus.



L'ADN ne peut pas apparaître sans le métabolisme. Les tenants de la réplication ont donc pensé aux ribozymes, apparus par hasard à partir d'une soupe prébiotique, dans des endroits particuliers (plage, abord d'un fleuve, mare tiède).

La nouveauté, c'est que pour les tenants du métabolisme (en tout cas ceux qui se rangent dans une des trois écoles de pensée que j'ai cité) estime que le métabolisme peut émerger de la géochimie, à travers la serpentinisation au sein d'un évent hydrothermal, qui fournit les ingrédients de bases (C, H, O, N, etc.), les catalyseurs de bases (Fe, Ni, Mo, etc.), et le mécanisme chimiosmotique prébiotique (un gradient de protons entre extérieur et intérieur de l'évent). L'ADN apparaît plus tard, comme une évolution de ce point de départ géochimique. Dans ce cadre, il n'y a pas de paradoxe.



Depuis la fin des années 1990, on pense plutôt que les virus ont joué un rôle primordial dans l'apparition de l'ADN : Nouvelles questions et hypothèses sur l'origine et l'évolution des génomes (conférence de Patrick Forterre, 2008)

Cordialement.

Je ne suis pas certain que de vouloir définir le vivant et l’apparition du vivant de la même manière soit judicieux. La vie pré-LUCA était peut être à ARN et/ou à ADN et/ou autre, et il semblerait que la (les) première(s) forme(s) de vie n’étai(en)t pas basée(s) sur l’ADN. Cependant, probablement du fait de la plus grande stabilité de l’ADN, il me semble que depuis LUCA, seule la vie basée sur l’ADN ai subsisté (hors virus à ARN si considérés comme vivant). Pour définir le vivant actuel, l’ADN est donc un bon candidat au même titre que le métabolisme (ce dernier semblant plus difficile à définir de manière consensuelle que l’ADN).

Concernant les virus actuels (à ADN ou ARN), je les verrais plutôt comme des entités s’étant échappé d’organismes post LUCA que des précurseurs à celui-ci. Leur rôle dans l’évolution des génomes étant indéniable.

Quand au « pour permettre » ou « en permettant », le premier évoque un déterminisme donc je pencherais pour le deuxième…

Cordialement.

[Geb]

Je ne suis pas certain que de vouloir définir le vivant et l’apparition du vivant de la même manière soit judicieux.

Si tu réfléchis dans le cadre "réplicateur" l'idée de ne pas définir le vivant de la même manière avant et après LUCA est tout à fait valide. Cela renforce pour moi l'idée que de ne voir que la partie contrôle de la cellule, c'est se braquer sur une particularité, un détail, qui ne traduit pas ce qu'est vraiment la vie. Mais ce braquage (parfois jusqu'au quasi-mysticisme chez Monod et Crick), était compréhensible après 1953. Dans le cadre "métabolisme", la définition de la vie peut être la même, même avant l'apparition "d'individus" proprement dit. Voir la conférence d'Eric Smith (à partir de 60:32 dans la vidéo).

Concernant les virus actuels (à ADN ou ARN), je les verrais plutôt comme des entités s’étant échappé d’organismes post LUCA que des précurseurs à celui-ci.

C'est une idée toujours débattue, mais Patrick Forterre et l'école française travaillant sur les "mégavirus" (Claverie et al.) ont présenté des interprétations qui diffèrent substantiellement de tes propos.

Quand au « pour permettre » ou « en permettant », le premier évoque un déterminisme donc je pencherais pour le deuxième…

En biologie de l'évolution, sans aucun doute ; mais pas en chimie. Voir la conférence d'Eric Smith (à partir de 29:20 dans la vidéo).

Cordialement.

[vinssss]

Si un megavirus ou autre précurseur à LUCA est découvert, celui ci perd son nom...

Est ce utile de définir le vivant plus généralement que le vivant contemporain?

J'irai jeter un oeil à ces conférences et travaux qui semblent intéressant.

Cdt

[Geb]

Si un megavirus ou autre précurseur à LUCA est découvert, celui ci perd son nom...

LUCA est juste un concept, basé sur la génomique comparative. Il sert à définir les propriétés du dernier ancêtre commun de toutes les cellules actuelles. Ça nous a aidé à démontrer que LUCA était déjà très complexe. Tellement complexe qu'il ne s'agit évidemment pas de la première cellule vivante qui ait jamais existé sur notre planète. J'interprète peut-être mal très propos, mais il y a eu une population de cellules (et des virus) bien avant LUCA. C'est un fait. Voir le schéma ici : http://gogarten.uconn.edu/

Est ce utile de définir le vivant plus généralement que le vivant contemporain?

Ce qui est intéressant, c'est que dans le cadre métabolique, ont peut se baser sur des généralités (métaboliques) qui n'ont pas changées, ou pratiquement pas, depuis que la vie est apparue sur la Terre. Le reste est une question d'opportunité et de diversification.

J'irai jeter un oeil à ces conférences et travaux qui semblent intéressant.

Je te le conseille. On pourra ainsi mieux se comprendre.

Cordialement.

[invite9dc7b526]

Depuis la fin des années 1990, on pense plutôt que les virus ont joué un rôle primordial dans l'apparition de l'ADN

Certains pensent. Pas l'impression que ça soit la majorité des virologues...

[vinssss]

Je sais que LUCA n'est pas le premier être vivant mais le dernier ancêtre commun. Si les travaux mentionnés sur les megavirus appuient cette hypothèse, je ne vois pas en quoi ça en fait une interprétation différente de mes propos (qui étaient : virus actuels post LUCA et non antérieurs).

[Amanuensis]

Est-ce que je sujet est maintenant l'origine de la vie terrestre?

[Geb]

Certains pensent. Pas l'impression que ça soit la majorité des virologues...

Tu as tout à fait raison. Je me suis mal exprimé. Merci de m'avoir corrigé.

Je sais que LUCA n'est pas le premier être vivant mais le dernier ancêtre commun. Si les travaux mentionnés sur les megavirus appuient cette hypothèse, je ne vois pas en quoi ça en fait une interprétation différente de mes propos (qui étaient : virus actuels post LUCA et non antérieurs).

Si j'en réfère à ce que pensent Forterre, ou Claverie, LUCA était probablement un organisme à ARN, et ce qui a "inventé" l'ADN était un virus. Quant à l'origine des tout premiers virus, et à leur évolution jusqu'à la situation virale actuelle, la question n'est pas clair du tout, et à ma connaissance, on a peu de données observationnelles pour travailler sur la question.

Est-ce que je sujet est maintenant l'origine de la vie terrestre?

Au moins, tu sembles avoir compris l'idée que selon moi, l'origine et la définition de la vie sont des questions intimement liées. C'est effectivement l'idée que j'ai voulu faire passer.

Pour conclure sur le peu que je connais de la question, je dirais que si on veut définir la vie, il ne faut pas (plus) s'intéresser à un réplicateur, comme on le fait de manière générale à l'heure actuelle, mais il faudrait plutôt analyser de près (avec la population de métabolites dans chaque organisme), et de loin (avec la biochimie des écosystèmes), aux métabolismes centraux, pour en dériver un métabolisme central commun (on pense de manière générale, au cycle de Krebs inversé). Dans ce cadre, la définition qui est proposée, c'est que :

" La vie est ce qui peut être construit à partir des petites molécules (qui sont devenus aujourd'hui des métabolites communs à toutes les formes de vie connues) issues de la géochimie par serpentinisation, dont des conditions particulières (et encore en partie obscures) vont permettre l'auto-organisation et la complexification".

Cordialement.

[Amanuensis]

Au moins, tu sembles avoir compris l'idée que selon moi, l'origine et la définition de la vie sont des questions intimement liées.

Euh... Non.

J'ai juste écrit qu'il peut y avoir des définitions différentes, adaptées chacune à une application. Et la question de l'origine de la vie sur Terre est une telle application. Et (corollaire) dans ce contexte-là on peut s'intéresser à une définition adaptée à l'application, ce qui est plus facile que chercher une définition d'application plus générale.

Ou encore, parler d'origine de la vie sur Terre demande une définition de "vie", nécessaire pour parler de "origine", oui. Mais la définition obtenue pour répondre à cette nécessité n'a pas de raison d'être une définition d'application générale.