Article sur "l’intégrité scientifique sous les feux des projecteurs"

[philippedelimoges]

Bonjour à tous,

Un article intéressant : https://leblob.fr/actualites/avec-la...es-projecteurs
Ajout le rapport parlementaire de mars 2021 : http://www.senat.fr/rap/r20-428/r20-4281.pdf

Cordialement
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[GBo]

Merci, lu. Espérons que Didier Raoult et Eric Chabrière perdent lamentablement contre Elisabeth Bik et Boris Barbour, car sinon ça craint pour la science ouverte en général et pour PubPeer en particulier.

[obi76]

Merci, lu. Espérons que Didier Raoult et Eric Chabrière perdent lamentablement contre Elisabeth Bik et Boris Barbour, car sinon ça craint pour la science ouverte en général et pour PubPeer en particulier.

Surtout quand on voit ça... :



Il ne manque vraiment pas d'air. A se demander si ce type a ne serai-ce qu'une seule fois dans sa carrière respecté les bonnes pratiques de la recherche, de la déontologie et de la méthodologie scientifique.

Oui, espérons qu'elle gagnera...

[antek]

C'est de l'acharnement . . . ???

[A voir en vidéo sur Futura]

[Deedee81]

Salut,

3500 articles ? Il utilise une photocopieuse ?
(je ne prend pas parti n'ayant pas du tout suivi, même si covid oblige ça m'est forcément venu aux oreilles. C'est juste le chiffre qui m'a interpelé .... et pas que moi quand je vois la réponse assez humoristique de Bik )

Notons que les cas de fraudes avérées, de publications biaisées sous diverses formes, c'est déjà arrivé plus d'une fois. Et encore plus souvent des études bâclées ou insuffisantes. Tout domaines scientifiques confondus (mais avec des inégalités en terme de nombre de cas). Mais ici je suis surpris par l'ampleur que ça prend, même pour un domaine sensible.

Merci à Phillipedelimoges pour ces deux articles particulièrement intéressant (mais je n'ai lu que le rapport parlementaire en diagonale, il est vachement long !)

[GBo]

Deedee, il faut que tu lises l'enquête des journalistes du Monde dans le bouquin qui vient de sortir "RAOULT une folie française".
Je l'ai dévoré, un travail remarquable et bien écrit, tout y est, notamment l'édification de l'usine à générer des études sur des bactéries dont personne n'a rien à faire, avec du matos japonais dernier cri, financé par de l'argent partiellement public, le tout à but de "ranking" international de Raoult & co et donc de nouveaux financements, puisque c'est la quantité et non la qualité qui prévaut dans ces systèmes de notations informatisés. Le même personnage qui se permet ensuite de critiquer le "Big Data" dont il a pourtant usé et abusé lui-même...

[Archi3]

Le problème, c'est que ça pose quand même des questions sur la façon dont la science est organisée. Personnaliser le problème comme si le système était en lui même intrinsèquement bon, mais souffrirait uniquement de la présence de brebis galeuses qu'il conviendrait d'écarter, ça a été la méthode de fonctionnement de tous les systèmes de pensée religieux et politiques dominants : ce n'est jamais la faute du système, toujours celui des individus. Et on va s'acharner à ostraciser des individus offerts en victimes expiatoires pour perpétuer le système.

On peut penser ce qu'on veut de Raoult, il a quand même obtenu plein de financements, et ses publications ont été acceptées dans des revues à comité de lecture (et même si beaucoup étaient dans des revues "maison", ça montre quand même que le système permet ça). Tout comme on a donné des prix Nobel à des gens comme Montagnier ou on a élu des gens comme Allègre et Courtillot à l'Académie des sciences - pour ensuite les traiter de mauvais scientifiques. Je ne dis pas ça pour défendre ces personnes, dont je pense aussi qu'elles ont dit un certain nombre de c...ies, voire meme des tres grosses c...ies, mais pour dire que s'appuyer sur des critères de respectabilité par rapport au système (position académique, publis à comité de lecture), eh ben ça ne marche pas toujours bien.

Ca marche sans doute plus souvent que la moyenne, mais ça n'est pas une garantie à 100 % que ce qui est dit soit juste, et ça ne remplacera jamais l'examen critique des idées et des méthodes, contrairement à ce qu'on entend de plus en plus souvent.

[GBo]

Il n'y a rien à dire de mal sur le Montagnier du HIV, ni sur le Raoult de la fièvre Q : en omettant la chronologie des évènements et donc l'évolution - la dérive - des personnes en question, tu raisonnes encore une fois "cul par-dessus tête" Archi3.

[Archi3]

Il n'y a rien à dire de mal sur le Montagnier du HIV, ni sur le Raoult de la fièvre Q :

je n'ai jamais dit que Montagnier ne méritait pas son prix Nobel et que Raoult n'avait rien fait de bien, ce n'était pas le sens de ma remarque ; encore une fois GBo tu sembles mal comprendre ce que je dis.

Ce que je dis c'est que ce genre de cas (à mon sens) doit alerter sur le fait que les signes "sociaux" de reconnaissance académique, tels qu' une position officielle, des récompenses, ou des critères bibliographiques, ne doivent pas être pris comme des critères très fiables de crédibilité, mais comme un élément sociologique parmi d'autres, qui certes augmentent statistiquement la probabilité d'avoir affaire à un discours scientifiquement correct, mais ne le garantit pas.

Et ces critères ne se substituent pas à l'examen rationnel des arguments présentés, qui est la seule façon de discuter vraiment scientifiquement. PAs plus d'ailleurs que l'absence de ces signes de reconnaissance ne prouve qu'on a tort.

[Deedee81]

Le problème, c'est que ça pose quand même des questions sur la façon dont la science est organisée.

C'est d'ailleurs ce qui se fait (se poser la question ou plutôt les questions), je lis souvent des articles (d'actus ou scientifiques) sur ce genre de difficulté (et les améliorations.... mais on est loin du compte amha). Un des plus récent est l'énorme balayage qu'ils ont fait en psycho. C'est surtout dans La Recherche que j'ai vu ce genre d'article (pas dans PLS). Mais oui, tu as raison, c'est LA question que cela pose. Et oui, ce que tu dis ensuite est juste.

ça ne remplacera jamais l'examen critique des idées et des méthodes

C'est clair.

contrairement à ce qu'on entend de plus en plus souvent.

Surtout dans les grands médias il me semble, non ? Ils ont souvent une vision assez partielle de certains domaines.... La science en particulier.

EDIT à bien y réfléchir, est-on au bon endroit pour parler de ça ? On est dans 'lecture scientifique", à usage très restreint, pas dans débat. On pourrait déplacer.

[GBo]

Je comprends ce que tu racontes Archi3, c'est bien là mon drame
Je te cite puisque tu changes constamment d'angle de tir pour avoir toujours raison sur quelque chose à la fin (une passion bien triste):

"Tout comme on a donné des prix Nobel à des gens comme Montagnier ou on a élu des gens comme Allègre et Courtillot à l'Académie des sciences - pour ensuite les traiter de mauvais scientifiques."

-> Je ne vois aucunement trace ici (ni dans ton dernier post) du fait que tu reconnaitrais que ces personnes aient pu être recompensées à juste titre à la date T, puis honnis ensuite à titre tout aussi valable à la date T+n par la même communauté, parce que ces personnes avaient dérapé de façon irréversible (i.e. en s'enferrant sans jamais reconnaitre la moindre erreur).

Jacques Benveniste est un autre exemple flagrant d'honneur mérité puis de fin de carrière désastreuse. Je ne vois pas en quoi "le système" est en cause de quoi que ce soit et pourrait faire mieux que ce qui a été fait (dans le cas de Benveniste, la rétraction de Nature sur la fausse mémoire de l'eau, révolution de la physique annoncé qui a fait prout).

[mh34]

Je ne vois pas en quoi "le système" est en cause de quoi que ce soit et pourrait faire mieux que ce qui a été fait (dans le cas de Benveniste, la rétraction de Nature sur la fausse mémoire de l'eau, révolution de la physique annoncé qui a fait prout).

Et pourtant le système est bel et bien en cause, parce qu'il pousse les chercheurs à avoir le plus de publications possibles pour obtenir des financements.
il est LA le problème.
je suis tout à fait d'accord avec l'analyse d'Archi3, désolée.

[GBo]

Et pourtant le système est bel et bien en cause, parce qu'il pousse les chercheurs à avoir le plus de publications possibles pour obtenir des financements.
il est LA le problème.

Sur ça on pourra être d'accord, mais ce n'était pas l'(un des) angle(s) de tir d'Archi3, reconnais-le.

On pourrait aussi dire que des mandarins peu scrupuleux s'ingénient à trouver puis à profiter de petites failles d'un système (qui ne sera jamais parfait) pour obtenir ce qu'il veulent. Et là c'est au niveau de la morale de l'individu que ça coince.

[mh34]

EDIT à bien y réfléchir, est-on au bon endroit pour parler de ça ? On est dans 'lecture scientifique", à usage très restreint, pas dans débat. On pourrait déplacer.

Ok avec ça, je déplace.

[mh34]

Sur ça on sera d'accord, mais ce n'était pas l'(un des) angle(s) de tir d'Archi3.

Bien sûr que si. Parce que de là découle tout le reste.

[GBo]

"Bien sûr que si" que c'était l'angle de tir d'Archi3 dans les messages précédents ?

[Archi3]

Je comprends ce que tu racontes Archi3, c'est bien là mon drame
Je te cite puisque tu changes constamment d'angle de tir pour avoir toujours raison sur quelque chose à la fin (une passion bien triste):
-> Je ne vois aucunement trace ici (ni dans ton dernier post) du fait que tu reconnaitrais que ces personnes aient pu être recompensées à juste titre à la date T, puis honnis ensuite à titre tout aussi valable à la date T+n par la même communauté, parce que ces personnes avaient dérapé de façon irréversible (i.e. en s'enferrant sans jamais reconnaitre la moindre erreur).

il n'y a aucune trace non plus que j'ai dit que c'était à tort, dans les deux cas. J'ai juste rappelé des faits, c'est tout. Et je l'ai fait pour en déduire que les signes de respectabilité scientifiques n'étaient pas une garantie de la véracité du discours. Mon propos est que la pratique scientifique reste une affaire humaine, qu'il ne faut pas l'oublier, avec ses passions et ses erreurs - et ce n'est évidemment en rien incompatible avec l'idée qu'une même personne puisse faire des choses très bien à une époque et raconter n'importe quoi un peu plus tard. De même il n'est pas exclus que des erreurs collectives soient commises, car ça aussi c'est humain - et donc l'argument du "consensus" a aussi ses limites.

Jacques Benveniste est un autre exemple flagrant d'honneur mérité puis de fin de carrière désastreuse. Je ne vois pas en quoi "le système" est en cause de quoi que ce soit et pourrait faire mieux que ce qui a été fait (dans le cas de Benveniste, la rétraction de Nature sur la fausse mémoire de l'eau, révolution de la physique annoncé qui a fait prout).

d'une part, qu'un tel truc ait pu être publié dans Nature est en soi un problème, et d'autre part, ça ne prouve pas qu'aucune rétractation en cours ne soit possible, donc ça alerte de toutes façons sur le danger de prendre comme seul critère "la publication à comité de lecture" (chose imprudemment faite par certains dans la publication dans le Lancet sur l'HCQ, encore une histoire assez incroyable ...)

[GBo]

[...] J'ai juste rappelé des faits, c'est tout. Et je l'ai fait pour en déduire que les signes de respectabilité scientifiques n'étaient pas une garantie de la véracité du discours.

Voilà, merci de ce résumé, alors que mh34 a compris que tu disais:

[Le système] pousse les chercheurs à avoir le plus de publications possibles pour obtenir des financements. il est LA le problème.

##################

[mh34]

C'est possible d'arrêter les mises en cause personnelles ou pas? Dernier avertissement

Même si j'ai mal interprété ce qui est possible, ceci :

les signes de respectabilité scientifiques n'étaient pas une garantie de la véracité du discours.

est vrai aussi.

[GBo]

Pour une fois que je faisais un compliment à Archi3 !

Mais c'est bon, je vous laisse attaquer "le système" pour dédouaner des individus, y compris ceux qui "exercent" sur ce forum.
Sans moi.

[Tawahi-Kiwi]

Bien sûr que si. Parce que de là découle tout le reste.

Pas vraiment. L'utilisation des exemples choisis pour la critique du systeme (pour laquelle je suis d'accord qu'il a de serieux soucis) est mauvaise.
Allegre, je connais tres bien ses papiers, et c'etait un excellent geochimiste (d'ailleurs internationellement, il n'est connu par la communaute scientifique internationale que pour ses articles et traites de geochimie). Apres, il est parti dans le decor dans un domaine ou ca n'avait plus rien avoir avec la geochimie.
Le 'systeme' prend normalement ca en compte. Il n'a aucune qualification dans les autres domaines ou c'est un illustre inconnu et l'effet n'etait que mediatique, pas scientifique. Donc de tout les cas presentes par Archi celui-la est sans doute de loin le plus faible pour demontrer la faiblesse du systeme.

Par contre, dans les chercheurs actuels, ceux qui connaissent les ficelles pour faire fonctionner le systeme a leur avantage, ca il y a malheureusement un paquet d'exemples...

T-K

[MissJenny]

3500 articles ? Il utilise une photocopieuse ?

est-ce que seulement il lit les manuscrits?

et que penser d'Elizabeth Bik? l'article dit que depuis 2013 elle a débusqué des problèmes dans 5000 articles, 625 par an, 2 par jour! Et elle est décrite comme microbiologiste, elle est donc supposée faire de la recherche en microbiologie à côté de son activité de critique.

[Deedee81]

est-ce que seulement il lit les manuscrits?

Bon, je ris mais les responsables ne relisant pas tout (ce qui est à leur nom) c'est pas nouveau, hélas. Et pas seulement en science.

Et Bik je la connais encore moins (en fait je n'avais jamais entendu ce nom avant, enfin, si, c'est elle qui a inventé l'outil que j'utilise pour écrire non ? ).

[GBo]

Née en 1966, Bik a fait carrière comme microbiologiste en effet, mais a quitté ses dernières fonctions rémunérées en 2019. Je ne sais quoi de quoi elle vit depuis que son activité de chasseuse de fraudes semble l'occuper à temps plein.

[Archi3]

Voilà, merci de ce résumé, alors que mh34 a compris que tu disais:

[Le système] pousse les chercheurs à avoir le plus de publications possibles pour obtenir des financements. il est LA le problème.

##################

c'est pas incompatible, vu que le nombre de publications et autres indicateurs bibliographiques genre h-index font partie justement de ce que j'appelle les "signes de respectabilité scientifique" (et les partisans de Raoult ne se sont pas privés d'y faire appel en l'occurrence)

[Archi3]

Pas vraiment. L'utilisation des exemples choisis pour la critique du systeme (pour laquelle je suis d'accord qu'il a de serieux soucis) est mauvaise.
Allegre, je connais tres bien ses papiers, et c'etait un excellent geochimiste (d'ailleurs internationellement, il n'est connu par la communaute scientifique internationale que pour ses articles et traites de geochimie). Apres, il est parti dans le decor dans un domaine ou ca n'avait plus rien avoir avec la geochimie.
Le 'systeme' prend normalement ca en compte. Il n'a aucune qualification dans les autres domaines ou c'est un illustre inconnu et l'effet n'etait que mediatique, pas scientifique. Donc de tout les cas presentes par Archi celui-la est sans doute de loin le plus faible pour demontrer la faiblesse du systeme.

T-K

mais je ne voulais pas dire que le système s'était trompé en amenant Allègre à l'Académie des sciences . Je voulais juste dire que ça ne pouvait pas être pris comme un critère de fiabilité scientifique au même niveau que les discussions sur le fond. C'est justement avec des gens comme Raoult que ce genre d'argument se prend les pieds dans le tapis.

[MissJenny]

c'est bien que des gens passent du temps à essayer d'assainir un peu le marigot des publications scientifiques. En revanche je suis un peu circonspect en ce qui concerne le site PubPeer. Le plus souvent les critiques portent sur des photographies retouchées. Or j'ai connu des chercheurs qui retouchaient les photos pour les rendre plus lisibles, sans que ça aie la moindre influence sur leur interprétation. D'ailleurs les travaux du fameux Olivier Voinnet qui a dû rétracter un certain nombre de papiers et a fini par être mis à pied du CNRS, sont considérés comme valides, malgré les défauts des publications.

[Flyingbike]

c'est bien que des gens passent du temps à essayer d'assainir un peu le marigot des publications scientifiques. En revanche je suis un peu circonspect en ce qui concerne le site PubPeer. Le plus souvent les critiques portent sur des photographies retouchées. Or j'ai connu des chercheurs qui retouchaient les photos pour les rendre plus lisibles, sans que ça aie la moindre influence sur leur interprétation. D'ailleurs les travaux du fameux Olivier Voinnet qui a dû rétracter un certain nombre de papiers et a fini par être mis à pied du CNRS, sont considérés comme valides, malgré les défauts des publications.

oui peut être bien. mais à partir du moment où une photo est modifiée, aucun lecteur ne pourra s'assurer que les données initiales sont intactes. Pour une publication scientifique, il n'ya pas à retoucher une photo "pour la rendre plus lisible" surtout quand les résultats seraient inchangés sans. Et soyons sérieux, sur PubPeer, c'est de la fraude avérée, volontaire et dégoutante dans bien 95% des papiers qui y figurent pour lesquelles le problème est d'ordre graphique.

Il ne faut pas aller chercher d'excuse pour les images de coloration cellulaire au cristal violet, les dotplot de cytométrie en flux, les bandes de western blot qui sont utilisées dans des dizaines de papiers différents traitant de sujet différents. Quant aux photos de tissus ou des morceaux ont été supprimés, dupliqués, retournés, agrandis, pour servir à un autre endroit du papier, c'est pas "pour être plus lisible".


Les faits sont là : ce qu'on voit de l'iceberg de la fraude est déjà gigantesque (voir les "paper mills"), je n'imagine pas toutes les données bidonnées qui le sont suffisamment subtilement pour passer inaperçues.

[Deedee81]

je n'imagine pas toutes les données bidonnées qui le sont suffisamment subtilement pour passer inaperçues.

Ca c'est un problème méchamment épineux.

[Flyingbike]

c'est un problème méchamment épineux en effet, car au début on croit que c'est accidentel, marginal, puis on se rend compte que c'est quasiment omniprésent, volontaire, presque habituel.... et pas que chez les autres.

J'y ai été confronté pendant ma formation, j'y suis encore confronté dans mon entourage professionnel. C'est surtout les chinois sur PubPeer, par exemple, mais promis il n'y a pas qu'eux.