Le pire choix de ma vie ?

[la malicieuse]

Pense à epfl. Nombreux avantages…

Je vais me renseigner merci bcp en tout cas !!!
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[la malicieuse]

ce genre de travail est plus à rapprocher des mathématiques que de la biologie

Oui je suis totalement d'accord, mais j'espère que grâce à mon profil info (qui m'a valu d'être prise en IA à Saclay), me permet d'aller faire le MVA ou M2A qui sont des masters de maths app.

Il y a (de source interne) 2-3 étudiants chaque année de la promo IA de Saclay qui finissent par entrer dans ces deux masters. Donc à part tout donner l'année prochaine, je ne peux rien faire de plus ...

Et c'est pour ces raisons que je n'ai pas fait les oraux de Ulm car même si j'étais admise, je n'y serrai pas aller car je ne crois pas qu'on touche à ces sujets en Bio.

C'est ce que j'entends par la "bio-info théorique" car je trouve le terme de "bio-info" bien trompeur parfois.
On englobe tout sous ce nom, du dev, du biologiste utilisant R, du bio-info faisant des pipelines, ou du "théoricien" concevant des algos pour la bio.

[la malicieuse]

Et apparemment epfl bosse sur ce que tu aimes (à mémoriser pour ton doctorat à venir) :
https://actu.epfl.ch/news/concevoir-...elle-approche/

Et effectivement, c'est ce genre de projet qui me fascine (au point d'avoir des papillons dans le ventre face à cette article).

Merci beaucoup, d'ailleurs je comptais faire un stage là bas, l'année prochaine car ils ont un programme summer lab.

[xMeijex]

Donc à part tout donner l'année prochaine, je ne peux rien faire de plus ...

Si, tu peux chercher des plans B, au cas où tu ne fasses pas partie des 2 3 et n'aies pas envie de continuer dans le M2 qui fait suite au M1 que tu auras suivi. Et il se pourrait que le M2 de Marseille (versant maths, car attention il y a deux parcours, un plutôt étiqueté bio l'autre maths) te convienne

[xMeijex]

https://formations.univ-amu.fr/fr/al...PRSMS5C1?ens=1
A creuser pour vérifier si ça colle bien à tes intérêts. Je n'en suis pas sûre car je dois dire qu'autant je suis plutôt à l'aise quand il s'agit de maths, d'informatique et de biologie, autant là ça me dépasse

[Brother95]

Je plussoie
Il faut toujours prévoir des plans B et C
le master de Marseille dont j avais déjà fourni le lien a 2 parcours :
info ou maths (pour la bio)
Faut approfondir. Quels prérequis, débouchés, etc...

Pour le doctorat Epfl cumule de nombreux avantages :
- la paie
- le campus
- la renommée
- pas loin (3h tgv ou 1h avion)
- les labos (y a notamment un projet de modélisation du cerveau...)
- possibilité de cotutelle (c est presque l europe donc moins difficile qu avec Harvard) ?

[xMeijex]

Effectivement vu de loin ça peut être tentant de faire de la recherche à l'interface de deux ou trois disciplines. Mais en pratique il arrivera toujours un moment où on te demandera d'où tu parles, si tu fais plutôt de la recherche EN informatique ou mathématiques... appliqués à un objet biologique ou si tu fais de la recherche EN biologie en utilisant l'outil informatique/ math
Prends l'exemple de ce sujet de thèse https://centuri-livingsystems.org/phd2023-06/ centuri étant associé au master marseillais sur lequel brother nous a orienté et il a bien fait
Tu verras deux noms d'encadrant, l'un des deux est dans un laboratoire d'informatique. Je te laisse tirer le fil.

[agitateur]

tu fais plutôt de la recherche EN informatique ou mathématiques... appliqués à un objet biologique ou si tu fais de la recherche EN biologie en utilisant l'outil informatique/ math

a lire, relire, et intégrer. ( ce que j'ai quoté )

Et même, si le math / info est le coeur de compétence vient un moment ou la spécialisation sera sur l'un ou l'autre, plus que les 2 à la fois.
On peut entendre de la compétence pluri disciplinaire à un niveau intermédiaire, mais en mode recherche et donc en mode de pointe, il y aura des choix, et choisir 1 point entre les 3 ( math info et bio ) c'est quand même renoncer un peu aux 2 autres.

Et dans chacune des 3 disciplines, l'usagers même pointu et même relativement multi compétent sera spécialisé dans des sous domaines, et atteindra vite ses limites en dehors.
Pour l'anecdote, je crois qu'elle montre pas mal de choses.
Je suis tombé dans le coté obscur de la science ( le commerce, bouhhh !!!)
J'avais un client qui a 2 casquettes. Il est prof et HDR dans un domaine par essence pluri disciplinaire ( disons chimie bio et un peu physique ). Mais il a aussi une activité pro perso en dehors de ce job. Et dans chaque sous domaine précis, il ne manque de collègues qui peuvent fournir des conseils de haut niveau.
Sur cette activité autre, j'ai bataillé un petit moment pour le convaincre d'utiliser ( et donc de m'acheter ) une solution bio physique. En plein dans dans son domaine de compétence en prof HDR, domaine sur lequel il a donc autre chose que le degré de connaissance du quidam / client lambda, quand même. C'est le genre de client qui a du background, 25 ans et + d'expé pro, et une cervelle au dessus de la moyenne et dans son domaine en plus.
Une fois essayé et convaincu, il m'a dit qu'il avait été bien couillon de pas avoir commencé plus tôt. Sur un point précis, et dans son application ( qui serait l'expé in situ ou autre finalité expérimentale en qq sorte ) j'avais donc dépassé en prédictif les modèles théorique d'une assemblée théoricienne de haut niveau. Parce qu'à un moment, on a ses domaines d'expertise, ses domaines de maitrise, ses domaines de compétence moyenne, etc......et là dessus j'étais en expertise, dans la modalité applicative ( ou expé stade labo recherche )

Donc sur les 3 domaines math info bio, il faudra savoir ou situer l'expertise ( et il n'y aura qu'un des 3 et encore en sous domaine ) et ou les 2 autres seront limités à de la "maitrise". La tendance de ce profil sera renforcé en thèse, mais évidemment ça se construit avant, dés le master.

Un autre exemple, que je crois proche et extrapolable du dilemme de Denise La Malice.
A une époque ( avant hier ou ...presque ), j'aurai peut être / probablement pu obtenir une thèse, portant sur le traitement physique des aliments ( bon, le vivant est peu mort à ce stade, mais on veut éviter du vivant indésirable qui ressurgit, en fait ). Aprés une première phase trés bonne en échange, j'ai fait mon choix final et j'ai bifurqué vers une année au lieu de 3, mais en commerce / gestion ( le côté obscur ) et donc pas ceci.
je venais du vivant. La bécane de traitement physique était une sort de prototype, et un autre labo ( de physique donc ) bossait dessus, c'est du transversal. Dans ce labo physique, il y avait aussi un thésard à venir.
Et au fond, nous aurions pu soutenir 2 thèses avec des titres similaires ( traitement par X du substrat Y en condition Z ) alors que les domaines d'approche, mes compétences et celles de chaque labo et de chaque prf HDR, étaient complémentaires mais fort différentes. C'est ça le transversal, et il faut bien comprendre ce que ça signifie. Quand bien même en L3 ou M1 ou équivalent, on pourrait imaginer être transversal et compétent expert en tout, ce qui est faux.

Des gens de ce fofo ( considérablement plus proche de la bio info que moi - c'est pas difficile ) ont déjà expliqué ( peut être Aro31 qu'on ne lis plus trop, d'ailleurs ), les besoins. Aro est il me semble en finalité bio ( formation INSA Lyon de base à l'origine avant thèse, sauf erreur possible de ma part ), et à déjà expliqué ses "besoins" en appui en bio info: parfois du matheux, parfois de l'informaticien ( pour simplifier ) ou un profil qui mixe les 2, en étant assez "étranger" à la bio ( sauf en application) car là c'est le reste du labo qui gère. Bon, je simplifie à outrance, l'idée est là. Et Aro31 bosse en labo public recherche en bio avec besoin / support de bio info, donc ( sauf erreur encore une fois ). Je ne peut que t'inviter à chercher son pseudo et lui envoyer un MP, tu aura l'avis de quelqu'un au coeur du sujet ( du moins en coeur bio avec support bio info et non l'inverse )

[la malicieuse]

Oui vous avez mit des mots sur ma pensée/opinion, j'avais très mal expliqué le coté bio-info script, pipeline et co ... Et coin un mot de "bio-info théorique".

C'est justement ce que je voulais dire, je veux faire de la recherche en bio-info mais avec une spécialisation en informatique ou en maths (reste là à choisir), et par l'essence de ces 2 disciplines étant non expérimentales (en majorité), j'ai parlé de "bio-info théorique".

Je veux ABSOLUMENT évité la bio-info classique (spé Biologie), et faire de la bio-info théorique (spé Maths/Info).

Je me doute bien que je n'aurai pas le niveau d'un Master en Bio, mais de toute façon je ne recherche absolument pas le coté exp de la Bio mais plutôt le théorique (qui en réalité s'apparente + à de la physique-chimie que de la Bio).

Je pense que mon niveau de L3 en Biologie me permet de comprendre 90% des articles de bio, sans compter mes 2 stages en géno/géné. Je n'ai jamais eu de mal à comprendre un article de bio.

Donc je pars du principe que ce niveau me suffira, maintenant il me faut apprendre en maths/info pour mon projet, donc la volonté de faire de l'IA, puis un M2 orienté stats IA.

Si l'année prochaine, je désire faire une stage, j'irais chercher dans des labos de maths/info et non dans des labos de bio.

Pour ce qui est du plan B et C, il y a je pense tout simplement continuer mon M2 qui me plait (du moins à première vue).

[xMeijex]

Pour ce qui est du plan B et C, il y a je pense tout simplement continuer mon M2

Oui en effet c'est coherent avec ce que tu expliques. Bonne continuation, reviens nous donner des nouvelles !

[Brother95]

Bien vu
Ta démarche est très cohérente
Et je comprends que tu aies préféré ce master d ia pour rentrer plus vite dans le vif du sujet plutôt qu une ens sur dossier avec un parcours plus long et/ou moins adapté.

Une de mes relations (ulm info) a fait une thèse d application à la biologie au cnam.
Il n avait jamais fait de bio avant.
Nul doute qu avec tes compétences tu retomberas sur tes pattes.
D autant que j ai lu que tu avais commencé de prospecter labo/stage/summer etc…
Tiens nous au courant
J ai vu passer sur ce forum des offres de recherche privée aux us dans ce domaine avec des packages très attractifs…
Quand bien même tu ne ferais pas ta thèse aux us (plus longue en général et avec une activité de charge de Td)

[xMeijex]

J'ai fini par comprendre que tu utilises le mot théorique par opposition à expérimental.

Fais attention aux contresens quand tu en parles avec des scientifiques qui souvent utilisent le mot théorique plutôt par opposition à appliqué. Or on peut difficilement faire plus appliqué que le drug design, non ?

Ça s'est vu dans la réaction de missjenny (sur le fait que l'ENS ulm est selon elle - et je la comprends - le meilleur endroit pour faire de la théorie... en biologie... qui est une science expérimentale). Ou mon incompréhension de ton discours au début du fil.

[la malicieuse]

Salut ça fait presque un an et voici de mes nouvelles comme on me l'avait demandé (même si surement on s'en moque ahahaha)

- Je n'ai pas postulé à Harvard
- Je suis acceptée au MVA track Santé (16+ de moyenne en M1 IA top de classe)
- Je suis en stage à l'Université de Tokyo (IA générative pour le design de séquence protéique)
- Je veux faire mon stage de 6 mois aux Etats-Unis pour parfaire mon dossier, mais je ne sais pas si je vais en entreprise ou académique encore ... Je garde l'idée d'Harvard/MIT car un encadrant de stage qui m'a recommandé bosse avec une équipe la bas sur le ML pour la biologie

Merci à tous en tout cas

[la malicieuse]

On se met toujours à penser fortement à notre carrière pendant les pauses de notre stage

[Brother95]

C est très sympa de ta part de donner de tes nouvelles (on ne s en moque pas bien au contraire).
On est ravi que cela marche très bien pour toi !

[la malicieuse]

Merci vraiment à tous ! J'avoue qu'en plei milieu de l'année je me suis remise en question plusieurs fois ... Et j'avais beaucoup regretté

Finalement, je suis très contente du résultat et c'est peut être, un des meilleurs choix de ma vie.

Puisque le MVA n'accepte que des stages de recherche, je voulais vous demander, si cela risquait d'être dur d'aller en industrie avec uniquement des exp de recherche (4 + 1 avec le M2 = 5 exp) ?

Puisque jusqu'ici je n'ai fait que de la recherche et rien d'autre, j'ai peur de l'insertion pro derrière

[MissJenny]

c'est un stage en intelligence artificielle? Comme c'est un domaine relativement nouveau, il y a sans-doute peu de différences entre recherche et application.

[Brother95]

Pas de thèse en vue ?

[la malicieuse]

Oui c'est en IA, mais j'avoue ne pas savoir quel milieu viser encore entre l'industrie ou l'académie ...

Enfin pour la thèse en vue, si la question c'est """peux tu faire une thèse""" la réponse est """oui !""", cependant si c'est """un prof t'a déjà proposé ?""" la réponse est """non, mais je m'entends très bien avec 2 profs qui je pense diraient oui (prof de stage)"""

[grivali]

si la question c'est """peux tu faire une thèse""" la réponse est """oui !""", cependant si c'est """un prof t'a déjà proposé ?""" la réponse est """non, mais je m'entends très bien avec 2 profs qui je pense diraient oui (prof de stage)"""

Si vous souhaitez faire une thèse, il ne faudra pas attendre qu'on vous le propose, il faut entamer une recherche active. Généralement les masters regroupent les offres de thèse, vous pouvez aussi faire des candidatures spontanées dans les labos susceptibles de vous intéresser.

[agitateur]

mais je m'entends très bien avec 2 profs qui je pense diraient oui (prof de stage)"""

C'est bien, mais pas forcément suffisant.
Un prof HDR est "maitre" chez lui, mais de manière relative:
- il subit l'encadrement max de thèses par HDR, s'il est au max il ne prendra personne une année X.
- il y a les places de l'école doctorale, qui sont assez "tournantes" aussi entre labos.
Donc en plus d'être assez bon, la place en thèse en local dans le labo de M2 est aussi un coup de hasard ( le bon endroit au bon moment ). Sinon il faut chercher ailleurs et trouver, ce qui n'a rien d'une évidence surtout en financement académique puisque partout il y a potentiellement un candidat local et un réservoir ( sauf quand celui localement renonce une thèse qui passe ).

La question de la thèse dans le labo d'accueil du M2 doit se poser trés vite, voir avant même d'y rentrer et ce n'est pas un sujet tabou.

Ce serait bien de connaitre le nb de personnes dans ton M2 en moyenne et le nb de poursuite en thèse en local, et avec quel type de contrat.

[grivali]

Ce serait bien de connaitre le nb de personnes dans ton M2 en moyenne et le nb de poursuite en thèse en local, et avec quel type de contrat.

je pense que les étudiants du MVA ont pas trop de mal à se caser...
Bon il faut quand même chercher un peu.

[MissJenny]

je m'entends très bien avec 2 profs qui je pense diraient oui (prof de stage)"""

A Tokyo? Sinon, en France il ne suffit pas de bien s'entendre avec ses profs. On ne commence pas une thèse sans un financement spécifique. Les profs les plus sympas du monde, s'ils n'obtiennent pas ce financement, ne pourront pas te prendre en thèse. Donc il faut se positionner assez tôt pour qu'ils aient le temps de monter un projet et de le soumettre à un organisme financeur.

[la malicieuse]

Alors il faut que je leurs en parle maintenant ?

Et au niveau des thèses CIFRE, il sera très difficile (ou impossible) d'espérer une carrière académique après ce genre de thèse ?

Le milieu académique me plaît beaucoup, surtout pour sa liberté, mais devoir faire qlq post-doc avant d'espérer un post, ça me démotive complétement.

Du coup je suis encore dans l'hésitation.

[grivali]

Alors il faut que je leurs en parle maintenant ?

Oui, si c'est vraiment un labo où vous avez envie de faire une thèse.

Après souvent les étudiants se décident au moment du stage de M2.

En parler n'engage à rien.

Et au niveau des thèses CIFRE, il sera très difficile (ou impossible) d'espérer une carrière académique après ce genre de thèse ?

Disons que ce n'est en général pas l'idéal.
Pourquoi tenez vous particulièrement à une thèse CIFRE ?

Le milieu académique me plaît beaucoup, surtout pour sa liberté, mais devoir faire qlq post-doc avant d'espérer un post, ça me démotive complétement.

C'est sûr qu'il faut être prêt à des sacrifices.
Vous pouvez toujours faire une thèse, et chercher un emploi en entreprise ensuite. Les compétences en IA se vendent bien.