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Théta S de Watterson et somme harmonique



  1. #1
    Grendel26

    Théta S de Watterson et somme harmonique


    ------

    Bonjour, je vous explique le contexte et mon problème.

    En génomique évolutive, pour calculer le polymorphisme nucléotidique d'un échantillon, on peut utiliser l'approche de Watterson:
    watterson 2.PNG
    Cette approche prend donc en compte le S soit le nombre de site polymorphes / la taille en pb de la séquence étudiée.
    Ensuite on calcul le théta qui est égale à S / alpha
    Ma question est là, qu'est-ce que ce alpha? Je crois reconnaitre une somme harmonique.
    Du coup cela reviendrait à faire : 1+ 1/2 + 1/3 +1/4 + 1/5 + 1/6 + 1/7 + 1/8 + 1/9 si on en crois la formule :
    harmonic.PNG
    Seulement cela n'est pas égale à 1.99 comme dans le papier.
    Quelqu'un reconnait-il la formule et est capable de calculer ce alpha?

    Merci et bonne soirée.

    -----
    Dernière modification par Grendel26 ; 17/10/2017 à 18h28.
    Biology is not a quiet river.

  2. Publicité
  3. #2
    gg0
    Animateur Mathématiques

    Re : Théta S de Watterson et somme harmonique

    Bonjour.

    Effectivement, ce papier écrit n'importe quoi, a=2,829.

    Cordialement.

  4. #3
    Grendel26

    Re : Théta S de Watterson et somme harmonique

    C'est vraiment bizarre dans tous les papiers ça ne correspond jamais au bon résultat ^^
    Biology is not a quiet river.

  5. #4
    gg0
    Animateur Mathématiques

    Re : Théta S de Watterson et somme harmonique

    Donc ils utilisent un test modifié.

    Contacte un biostatisticien.

    Cordialement.

  6. A voir en vidéo sur Futura

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