Comment lire des résultats d'electrophorèse?

[invitecf1a7f9f]

Bonjour à la communauté des blouses blanches!! ( dont j'espère faire partie un jour: je ne suis qu'en Terminale !)
J'ai un travail à rendre sur les enzymes de restriction ( ce qu'on appelle les "ciseaux moléculaires"...), qui nécessite d'interpréter des résultats d'electrophorèse.
Je pense avoir compris le principe (théorique) seulement je ne parviens pas à lire les résultats (cf schéma) : la "bande du bas", commune à tous les membres de la famille, est-elle une bande de référence? (oui, bon mon niveau peut sembler être au ras des paquerettes, mais je vous assure, ce n'est pas que je comprends pas, c'est que je n'arrive pas à visualiser concrètement !!)
Parce que s'il s'agit bien d'une bande de référence, cela signififie qu'il n'y a aucun fragment pour la mère.
Si ce n'est pas une bande de référence, et qu'il s'agit d'un fragment qui a migré, cela signifie qu'il y a 2 fragments pour les autres membres.
Par exemple pour le père, l'un comporte 65 triplets CTG;et l'autre 30 . Donc son allèle en comporterait 95, ce qui est impossible .
( En fait l'étude porte sur une maladie ( la dystrophie myotonique) et il faut avoir plus de 81 triplets CTG pour la contracter. Or le père n'est pas malade)
Donc je vous prie d'éclairer ma misérable lanterne, qui ne fait pas souvent preuve de logique, je dois le reconnaitre!!

Si mes explications vous semblent peu claires, ce qui est fort probable lol n'en prenez pas compte et dites moi simplement comment vous lisez le document
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[invite160a5434]

Bonjour à toi.

Nous n'avons pas encore l'accès à tes résultats d'éléctrophorèses.
Je dirais que tu dois avoir fait migré en même temps que tes échantillons un marqueur de poids moléculaire, c'est à dire un échantillon dont les fragments issus de la digestion sont connus en tailles et en localisation sur le gel.

A partir de cette migration, tu dois pouvoir établir, si c'est pour une analyse détaillée numériquement parlant, une courbe étalon à partir de laquelle tu pourras trouver la taille d'un fragment en fonction de sa taille.

Sinon pour des bandes correspondantes horizontalement, cela veut dire que le fragment correspondant à cette bande a la même taille pour tout les échantillons.

J'espère que cela t'aidera à comprendre ton gel.

En cas d'incompréhension, n'hésite pas a donner plus d'information, on ne comprend pas bien ton éxpérience.

[invitecf1a7f9f]

Oh non!! Ce n'est pas moi qui ai réalisé l'expérience ! Sinon elle n'aurait même pas abouti !!! lol ( plus nulle que moi dans les TP, tu meurs!! )

[invite160a5434]

Bonjour a toi.

J'ai enfin pu avoir accès a ton résultat.

Je pense que chaque bande correspond au gène responsable de la dystrophie myotonique. Ainsi, en bon diploide que nous sommes, nous avons 2 allèles pour chaque gène. Ainsi, si la mère a une seule bande sur ton gel, c'est peut etre qu'elle a les deux mêmes allèles qui ont le même nombre de répétition. Aussi, elle transmettra forcément un allèle de cette taille la à ses enfants.

Je pense qu'a partir de ces éléments nouveaux tu dois pouvoir t'en sortir.

Bonne chance.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitecf1a7f9f]

ToyToy, si tu savais comment tu m'a sauvé la vie!!
A la lumière de tes explications, les puzzles d'infos, qui étaient un peu éparpillés se sont imbriqués les uns dans les autres, et forment maintenant un tout cohérent!
comme je l'ai dit précédemment, j'avais compris théoriquement, mais je n'arrivais pas à faire le lien entre toutes les infos dont je disposais.
D'ailleurs les (vagues ) souvenirs que j'avais de l'electrophorèse ( ou plutot d'une chromatographie, je sais pas si c'est la même chose, mais en tout cas c'est sensiblement le même principe) étaient que deux fragments qui migrent au même endroit étaient identiques. J'aurais du manifestement me servir de cette précieuse info, que j'avais jugée inutile sur le coup.
ce que je n'avais pas compris, c'est que c'était un morceau de gène qu'on avait fait migré. Je pensais qu'il s'agissait de fragments d'allèles! Bon, trève de baratin, en tout cas merci beaucoup!!

[invite160a5434]

De rien.

Cependant, pour ta compréhension, je te soulignerais le point suivant, en espérant ne pas t'embrouiller de nouveau : un allèle est une version d'un gène, tout comme la Belle de Boskoop la golden ou la grany sont des variétés de pomme, mais restent toutes des pommes.

Aussi ton fragment représente certain, un morceau du gene ( il me semble que le gene responsable de cette maladie est très long ) mais il est aussi représentatif d'un allèle. Et c'est ici le fait que chaque individu possède 2 versions du gene, donc 2 allèles qui est la clé de ton exercice.

Bonne chance pour la suite.

[invitecf1a7f9f]

Merci pour ces petites précisions

[invitecf1a7f9f]

ToyToy, j'aurais encore besoin de tes services ( ou tout autre internaute qui passe par la lol) .
Toujours dans la série "enzyme de restriction", mais avec un autre type de problème:
Il s'agit d'une maladie autosomique dominante pour laquelle il existe
-3 sites de restriction s1, sf, et s2 localisés A PROXIMITE de l'allèle muté
-2 sites de restriction s1, s2 localisés A PROXIMITE de l'allèle normal.

On a une fois de plus l'arbre généalogique,et des résultats d'électrophorèse à interpréter (pour savoir si au sein d'une famille dont un membre est atteint, le foetus sera malde, mais grace à ToyToy, j'ai su répondre à cette question)

En fait ma question est la suivante: sachant que l'ADN que l'on a analysé ( avec les sites de restriction) n'est pas situé dans le gène responsable de la maladie, mais A 3 cM (unité de distance entre les gènes) ( d'ou le "a proximité"), il faut montrer que le test n'est pas totalement fiable.

j'ai pensé utiliser la formule suivante:
% de Crossing OVer= Nombre d'individus recombinés/ Nombre total d'individus
*100,
sachant qu'1% correspond à 1 cM.

Cette piste est-elle exploitable, ou encore une fois je cherche de midi a 14h? lol Merci de votre aide

[invite160a5434]

Bonjour à toi.

Je t'avouerais sincèrement qu'en ce lundi matin, je ne comprends pas trrop ta question.

Si je comprends bien, la mutation qui fait apparaitre un nouveau site de restriction se situe à 3 cM du gène responsable de la maladie ?

Mais après je ne vois pas ou on veut en venir avec la fiablité du test, mais de quel test ?

[invitecf1a7f9f]

Lool, bon je vais copier l'énoncé, sachant qu'il ya bcp de blabla:

Un homme est atteint d'une maladie autosomique domniante touchant les reins e n'apparaissant que vers l'age de 30 ans.
Sa femme n'est pas malade. Desirant savoir si leur fille de 10 ans et leur enfant a naitre seront malades, ils font des analyses d'adn.
En effet on a établi une corrélation entre la présence du gène muté et celle à proximité du locus du gène, de 3 sites de restriction, s1, s2, sf pour une enzyme de restriction
En revanche l'adm situé a proximité du gène normale ne possède que 2 sites de restriction s1 et s2.
De plus on dispose d'une sonde de nucléotides reconnaissant la séquence d'adn figurée sur le schéma b
Les résultats d'analyse sont sur le schéma c

Question . Expliquez les résultats d'analyse de l'adn des parents:
Réponse de moi:
-père malade donc hétérozygote: 1 allèle sain contenant 2 sites de restriction( celui qui migre a 10 kb) et 1 allèle muté contenant 3 sites de restriction, donc fragmenté en 2, un de 6.5, et l'autre de 3.5 kb (excuse mon manque de rigueur dans la rédaction, c'est la troisième fois que je recommence a écrire ( maudit ordi qui saute) et je suis légèrement a bout de nerfs lol )
- mère saine donc homozygote, ses 2 allèles contiennent 2 sites de restriction , c'est la raison pour laquelle les 2 fragments se confondent

Question: Quelle réponse peu on donner aux parents?
Réponse de moi: fille saine , mais futur bébé malade

Question: SAchant que l'adn analysé est pas dans le gène mais a 3centi morgan, montrer que la fiablitié du test n'sest pas totale.
Réponse de moi: Blocage!!!

[invite160a5434]

Bonsoir.

Oui en effet, je pense que la réponse attendu est relative à la possibilité de crossing over et donc la recombinaison.

Cependant je n'ai pas l'impression que dans ton cas la fiabilité ne soit pas réellement importante, la mutation étant la et la recombinaison homologue ne permettrait pas de réparer cette mutation. Enfin ma foi je reste perplexe sur la question.

Bonne chance

[invitecf1a7f9f]

Oui en effet je partage ton avis, et ta perplexité.
Pourquoi évoquer le fait que le pourcentage de crossing over augmente avec l'éloignement des 2 gènes ( ici un gène et une fragement d'ADN), puisque comme tu l'a dit la mutation est bien présente??
J'ai pensé que la fiabilité du test était peut-être contestable chez le foetus seulement.
Quoi qu'il en soit, j'ai rendu le devoir tout à l'heure, et j'ai gribouillé une ou 2 phrases sur l'histoire des crossing over, sans grande conviction.
Si cela t'interesse je te donnerais le corrigé de la réponse dès que j'y aurais accès. En tout cas merci, et bonne soirée!