Evolution de l'Homme

[JPL]

Désormais tout nouveau signe d'énervement et de sur-interprétation dans un sens polémique ou personnel des propos sera modéré.
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[invite6d44d0c9]

Je n'aurais pas cru qu'une simple question sur la diversité physique des populations humaines génère autant de passions et parte un peu dans tous les sens.
Pour revenir à nos moutons (ou plutôt à nos humains !), en faisant bref, peut-on savoir à quelle époque les homos sapiens d'aujourd'hui, tous de même origine (quelques milliers d'individus dit-on) ont commencé à se diversifier physiquement ? (Et merci d'avoir rappelé qu'une orthographe commune permet de mieux communiquer...)

[invite6d44d0c9]

Je n'aurais pas cru qu'une simple question sur la diversité physique des populations humaines génère autant de passions et parte un peu dans tous les sens.
Pour revenir à nos moutons (ou plutôt à nos humains !), en faisant bref, peut-on savoir à quelle époque les homos sapiens d'aujourd'hui, tous de même origine (quelques milliers d'individus dit-on) ont commencé à se diversifier physiquement ? (Et merci d'avoir rappelé qu'une orthographe commune permet de mieux communiquer...)

PS: bon, je sais ce que l'on va me répondre: il n'y a pas d'époque précise, chaque population a commencé à évoluer différemment, à mesure qu'elle s'éloignait des autres (par manque de brassage génétique) et selon les conditions du milieu où elle s'était fixée.... Mais quelqu'un peut-il le confirmer ?

[invité576543]

Bonjour,

Pour revenir à nos moutons (ou plutôt à nos humains !), en faisant bref, peut-on savoir à quelle époque les homos sapiens d'aujourd'hui, tous de même origine (quelques milliers d'individus dit-on) ont commencé à se diversifier physiquement ?

Il y a pas mal de travail fait là-dessus! Mais il y a aussi beaucoup d'hypothèses différentes.

On distingue l'hypothèse d'une diversification très ancienne (genre plusieurs centaines de milliers d'années ou plus), et l'hypothèse d'une diversification récente.

Les partisans d'un goulot d'étranglement de l'ordre de 20000 humains (5000 femmes adultes) le placent vers -80000 ans, approximativement, sur la base d'analyses génétiques. Par ailleurs, il y a des arguments solides pour que l'expansion vers l'Eurasie commence il y a quelque chose comme 50000 ans.

Une possibilité (très hypothétique) est que le goulot soit lié à l'éruption du Toba, datée d'il y a 75000 ans environ. Je vais la prendre comme exemple pour montrer ce que ça donne si l'hypothèse était confirmée.

a) Séparation d'un groupe d'humains en Afrique, vers peut-être -150000, et développement en Afrique de ce noyau originel des homo sapiens

b) Première diversification, donnant différents groupes qui ont laissé une marque dans la population actuelle, tous africains. H. sapiens est alors présent en Afrique et au moyen-orient, peut-être plus loin.

c) En -74000, éruption du Toba et début d'une ère glaciaire intense, qui aurait eu comme résultat une diminution importante des homo sapiens (réduction à quelques dizaines de milliers en Afrique tropicale) et la disparition des humains en Asie (h. erectus). Les seules espèces d'hominidés passant l'épreuve seraient h. sapiens en Afrique et h. neanderthalensis en Europe.

d) Lente récupération des effectifs d'homo Sapiens en Afrique, avec maintien d'une diversité mise en place pré-Toba

e) Vers -50000 ans des h. sapiens du NE de l'Afrique par exemple, croissent rapidement et commencent une expansion vers l'Asie. Ils colonisent petit à petit les régions côtières de l'Océan Indien, jusqu'en Australie. Cette expansion crée une diversité importante, par effet fondateur : chaque avancée est faite par un petit groupe extrait du précédent. Des groupes issus de cette première épopée restent identifiables maintenant, comme les Mélanésiens ou les Australiens.

f) Vers -40000 à -30000, colonisation de toute l'Eurasie, avec là encore diversification par effet fondateur, d'où les caucasiens (ceux partis vers l'ouest (côtes nord et sud de la méditerranée) et le nord-ouest (Europe du nord et de l'est) à partir du moyen-orient) et les asiatiques du NE (passant par les steppes au nord des Himalayas).

e) vers -12000, les asiatiques du NE, que le réchauffement climatique à permis de coloniser les zones froides du nord de l'Eurasie, colonisent les Amériques par le Nord. Là encore, diversification par effet fondateur. Il est intéressant de noter que la diversité des peuplements amérindiens s'est développée en peu de temps.

f) vers l'an 0, des asiatiques du SE démarrent la plus grande colonisation de l'histoire humaine, si on la mesure en km, le peuplement des îles du Pacifique. Re-un coup d'effet fondateur, amenant la diversification des Polynésiens.

Vers l'an 1500 a peu près toute les lieux à peu près habitables de la planète sont colonisés. (Il ne manque guère que le sud de la Nouvelle-Zélande...)

Entre temps, diverses expansions locales, se faisant au détriment de populations déjà installées ont lieu à différente endroits, comme

- le déplacement des mélanésiens par les pécheurs venu de l'Asie du Sud-Est
- la réduction des pygmées et des san par les agriculteurs Bantou de l'Afrique du centre-ouest
- colonisation du Japon par des asiatiques du NE, au détriment de populations plus anciennes
- mouvements compliqués dans la zone moyen-orient, Méditerranée, Nord de l'Afrique, Europe, en particulier en liaison avec l'apparition de l'agriculture puis la domestication du cheval (qui va révolutionner l'art militaire)
- etc.

Et vers 1500 commence l'expansion des Européens, qui va déstabiliser pratiquement toute la planète.

Précisons que dans tous les cas, il n'y a pas vraiment de ségrégation génétique. Les flux génétiques ("brassage") restent importants, et les frontières entre groupes sont instituées culturellement et non pas biologiquement (si on prend des femmes esclaves dans les tribus d'à côté, on ne se gêne pas pour avoir des enfants avec, par exemple). Le maintien d'apparences différentes est une conséquence des choix préférentiels des mariages, qui renforcent ainsi des marqueurs identitaires superficiels qui aident les discriminations ethniques mises en place par la plupart des cultures.

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Un tel scénario (hypothétique, mais assez cohérent avec les restes anciens et l'humanité actuelle) indiquerait que la diversification physique s'étale sur 150000 ans, qu'elle est très liée aux mouvements migratoires. La constitution de groupes peut être aussi ancienne que 100000 ans ou plus (en Afrique) que dater des derniers millénaires (Polynésiens).

Cordialement,

[invite6d44d0c9]

Ok, merci pour la réponse. Ce n'est pas très simple mais au moins on va dans une même direction. Dernière question avant de décrocher:
J'avais lu un bouquin, dont j'ai oublié le titre et les auteurs, où l'on démontrait que l'humanité descendait tout au plus de moins d'une dizaine de femmes (ayant d'ailleurs vécu à des époques différentes), en suivant un marqueur génétique exclusivement féminin et ineffaçable (mitochondrial).
Que peut-on en penser ?

[invité576543]

J'avais lu un bouquin, dont j'ai oublié le titre et les auteurs, où l'on démontrait que l'humanité descendait tout au plus de moins d'une dizaine de femmes (ayant d'ailleurs vécu à des époques différentes), en suivant un marqueur génétique exclusivement féminin et ineffaçable (mitochondrial).
Que peut-on en penser ?

Probable que le bouquin soit "the Seven Daughters of Eve" de B. Sikes.

Il est obligatoire que toute l'humanité actuelle partage une ancêtre en commun. C'est à dire qu'il existe une femme (datée de 150000 ans) que tous les humains actuels ont parmi leurs ancêtres, et qu'on peut tracer par l'ADN mitochondrial.

En prenant des sous-parties de l'humanité, on trouve des "femmes" qui, pareil, se trouvent être une ancêtre commune à telle ou telle sous-partie (sous-parties qui ne recoupent que très imparfaitement les divisions basées sur les caractères visibles, ce qui est un des arguments forts pour l'existence continuelle d'un brassage génétique notable, bien supérieur à ce que peuvent faire croire les caractères visibles). L'ADN mitochrondrial fait partie, d'ailleurs, des traces actuelles qui permettent de reconstruire une histoire des migrations genre celle brièvement exposée.

Sikes en a choisi quelques'unes, mais c'est un choix arbitraire. Il aurait pu dire une seule (l'ève africaine) ou dix ou vingt, selon le détail recherchée sur les migrations.

Maintenant, il est clair que les humains descendent aussi de pas mal d'autres femmes contemporaines de l'eve mitochondriale ou de ces autres femmes.

Selon mes lectures, on ne trouve pas de défense sérieuse d'un goulot inférieur à 5000 femmes, c'est à dire d'un instant auquel toutes les ancêtres des humains actuels vivant à cet instant précis se comptaient comme moins de 5000, ce qui est déjà très peu.

Et cet instant ne correspond pas à une quelconque des èves ou filles d'ève.

Cordialement,

[invite8915d466]

Tres interessant et tres bien faite, la synthèse de Mmy. Est ce que Sikes ne voulait pas dire que sa méthode ne lui permettait que d'identifier 7 "matrimoines" mitonchondriaux différents, mais ne lui permettait pas de remonter au delà ?

autre question de détail, à quel point les populations amérindiennes sont "diversifiées", comparées aux populations européennes par exemple?

[invité576543]

Tres interessant et tres bien faite, la synthèse de Mmy. Est ce que Sikes ne voulait pas dire que sa méthode ne lui permettait que d'identifier 7 "matrimoines" mitonchondriaux différents, mais ne lui permettait pas de remonter au delà ?

La méthode permet de remonter jusqu'à l'ève africaine.

Le bouquin de Sykes est très "européano-centrique", les "sept" sont uniquement celles de la partie Moyen-orient/Méditerranée/Europe de l'histoire humaine, ce qui est très peu...

Dans le bouquin il y a un chapitre (5% du livre ) sur "le Monde", dans lequel apparaît un arbre avec plus de 30 noeuds (30 "femmes", correspondant à une mutation particulière de l'ADN mitochondrial), dont les 7 éponymes. (Et je soupçonne qu'un traitement équilibré de l'humanité demande bien plus que 30 noeuds sans en rajouter pour les Européens.)

autre question de détail, à quel point les populations amérindiennes sont "diversifiées", comparées aux populations européennes par exemple?

Question difficile, ça dépend quelle mesure on prend, caractères visibles ou génétiques. Par exemple l'intervalle des couleurs de peau est plus grand chez les amérindiens que chez les caucasiens. Par contre la diversité mitochondriale est plus faible, en accord avec la date plus récente de la radiation.

(En plus les Caucasiens -je préfère cela à Européens, les populations d'Afrique du Nord ou du Moyen-Orient sont caucasiennes- présentent une difficulté particulière, parce qu'ils sont bien plus "mélangés" que les Amérindiens; une conséquences des flux génétiques avec l'Afrique, l'Asie centrale ou l'Asie du Sud qui sont restés très importants.)

---

L'un des points qui me semble important dans cette discussion, parce que c'est au fond des "passions", est la faible corrélation entre la diversification visible et la diversification génétique: une diversification visible forte est compatible avec une diversification génétique faible. Les Amérindiens en sont un exemple. Cette non corrélation s'explique très bien (c'est du moins mon avis) par la "sélection sexuelle" encadrée, dirigée, par la culture, par les "règles" culturelles qui président aux mariages. Cette sélection se base beaucoup sur le visible, pas beaucoup sur les origines génétiques au-delà de deux générations.

En clair, les règles culturelles du mariage demandent, dans beaucoup de cultures, de "rester dans l'ethnie" (la religion, la langue, la classe, ou tout autre construction identitaire). Si un couple courageux, par amour par exemple, transgresse la règle, les enfants auront des difficultés, mais en se mariant "selon les règles", puis si leurs enfants se marient "selon les règles", alors l'origine est gommée du point de vue "visible". Les gènes, eux, sont passés, ils n'ont pas été effacés!

Ce qui fait par exemple qu'aux Etats-Unis (pays intéressant pour l'étude de la ségrégation ), il y a certains "blancs" qui ont plus d'ancêtres africains récents que certains "noirs". Voir là.

Cordialement,

(1) Rien que le titre de l'article est un argument sur la thèse de l'importance des mariages dans cette histoire!

[invité576543]

(Et je soupçonne qu'un traitement équilibré de l'humanité demande bien plus que 30 noeuds sans en rajouter pour les Européens.)

Note Post-Scriptum: A la décharge de Sykes, les analyses sont plus faciles en prenant des échantillons aux Etats-Unis ou en Europe, plutôt que se casser la tête à aller explorer la diversité humaine en Afrique. Il y a un biais général introduit par les méthodes d'échantillonnage de l'humanité par les spécialistes, qui sont plutôt occidentaux . Cela a été parfaitement visible historiquement, il me semble: la diversité génétique africaine révélée par les analyses augmentant avec le temps, alors que la diversité européenne a été détectée d'entrée, sans beaucoup bouger ensuite.

Je pense que "l'erreur" consistant à confondre diversité génétique et signes extérieurs joue même pour les spécialistes, difficile pour tout le monde de passer outre des préjugés culturels...

Cordialement,

[invite8915d466]

L'un des points qui me semble important dans cette discussion, parce que c'est au fond des "passions", est la faible corrélation entre la diversification visible et la diversification génétique: une diversification visible forte est compatible avec une diversification génétique faible. Les Amérindiens en sont un exemple. Cette non corrélation s'explique très bien (c'est du moins mon avis) par la "sélection sexuelle" encadrée, dirigée, par la culture, par les "règles" culturelles qui président aux mariages. Cette sélection se base beaucoup sur le visible, pas beaucoup sur les origines génétiques au-delà de deux générations.

c'est d'ailleurs assez naturel que les gènes codant les caractères visibles comme la couleur de la peau sont en bien plus petit nombre que l'ensemble des gènes variables, et donc que ces caractères visibles peuvent varier rapidement, y compris en faisant converger vers des "couleurs de peau" (ou d'yeux, ou de cheveux) semblables des populations initialement assez distantes (comme les polynésiens et les africains), et donc que la notion de "race" basée sur ces critères visibles n'a aucun fondement précis.

Autre question puisque tu as l'air d'avoir tres fouillé le sujet : je me suis demandé si on pouvait estimer une taille minimale de l'humanité qu'il faudrait pour garder un "pool" de tous les gènes existants , dans l'hypothèse d'une "arche de Noé" par exemple (ou du nombre typique en dessous duquel un appauvrissement génétique important apparaitrait)?

cdt

Gilles

[invité576543]

Autre question puisque tu as l'air d'avoir tres fouillé le sujet :

Juste de "bonnes" lectures... Et récemment, "L'Aventure Humaine", Boyd/Silk, un synthèse que je trouve très bien.

je me suis demandé si on pouvait estimer une taille minimale de l'humanité qu'il faudrait pour garder un "pool" de tous les gènes existants , dans l'hypothèse d'une "arche de Noé" par exemple (ou du nombre typique en dessous duquel un appauvrissement génétique important apparaitrait)?

C'est compliqué comme question. En prenant des personnes au hasard, ou en prenant une portion d'un groupe, ou en choisissant soigneusement un échantillon pris dans toute l'humanité?

Je pense que c'est le troisième. Je n'ai rien rencontré de directement sur le sujet, mais j'ai l'impression que c'est très peu pour un "échantillon représentatif". En fait, j'imagine que le nombre serait princiaplement déterminé par la "queue de distribution", par le choix jusqu'où aller dans la conservation des allèles les plus rares. Pour les autres, on les trouve partout dans l'humanité.

A l'opposé, comme chacun ou presque doit être porteur d'une mutation originale, faut toute l'humanité si on veut "tous les gènes existants", non?

Cordialement,

Cordialement,

[inviteeaee6a22]

un grand merci a tous de m'avoir appris beaucoup de chose sur nos ancêtres
ne pouvant apporter un plus a cette discussion que je considère très pointus
néanmoins dans la logique des chose et de manière général je tien a dire ce que je pense sur un point
au vue et au su de ce que nous savons sur lévolution des civilisation rien ne prouve que les premiers hommes n'étaient pas plus évolué culturellement c'est a dire sur le plan connaissance puis il y eu déperdition et par conséquent tout ce que nous découvrent était déjà connu exemple la terre et ronde

[JPL]

rien ne prouve que les premiers hommes n'étaient pas plus évolué culturellement c'est a dire sur le plan connaissance puis il y eu déperdition et par conséquent tout ce que nous découvrent était déjà connu exemple la terre et ronde

Rappel de la charte du forum :

Toutes idées ou raisonnement (aussi géniaux soient ils) doivent reposer sur des faits scientifiquement établis et non sur de vagues suppositions personnelles, basées sur d'intimes convictions.

[inviteeaee6a22]

je pense avoir préciser dans la logique des chose
dans un passé récent par rapport a l'âge de l'humanité tout les civilisation ont connu la décadence
pourquoi pas pour toute l'humanité dans un passé lointain c'est une question

[invite765732342432]

pourquoi pas pour toute l'humanité dans un passé lointain c'est une question

Pourquoi pas, en effet, mais dans l'absence totale d'indices le laissant penser, ça ne reste qu'une hypothèse sans fondements (et donc contraire à la charte)

A noter (dans le genre opération connues puis redécouvertes): il semble que l'opération de la cataracte était déjà pratiquée pendant l'empire romain (déjà autour de 0 A-JC).
Donc, oui, les savoirs vont et viennent mais dans de telles proportions, ça semble invraissemblable (dans l'état actuel de nos connaissances)

[inviteeaee6a22]

Pourquoi pas, en effet, mais dans l'absence totale d'indices le laissant penser, ça ne reste qu'une hypothèse sans fondements (et donc contraire à la charte)

A noter (dans le genre opération connues puis redécouvertes): il semble que l'opération de la cataracte était déjà pratiquée pendant l'empire romain (déjà autour de 0 A-JC).
Donc, oui, les savoirs vont et viennent mais dans de telles proportions, ça semble invraissemblable (dans l'état actuel de nos connaissances)

salut
c'est sa l'art et la manière d'initié un nouveau
passé lointain je voulais dire quant l'humanité n'étais qu'un seul peuple

[invite8915d466]

A l'opposé, comme chacun ou presque doit être porteur d'une mutation originale, faut toute l'humanité si on veut "tous les gènes existants", non?

Cordialement,

Cordialement,

pas évident si on ne prend pas en compte les mutations ayant un effet nul sur l'expression des proteines (soit que l'ADN ne soit pas exprimé, soit que la mutation ne change pas l'acide aminé) ? j'aurais plutot du demander en fait "pour pouvoir exprimer toutes les proteines exprimées actuellement dans la population humaine" (c'etait effectivement l'echantillon minimal optimal en supposant qu'on connaisse parfaitement le genome de chacun et les proteines associées).
Par exemple si il y a 100 gènes variables qui peuvent prendre chacun 10 formes différentes, il y 10^100 soit un nombre immense d'individus non jumeaux possibles, mais 10 suffisent en principe pour regénérer toutes les possibilités (bon il faut aussi distinguer le cas idéal ou on peut trouver effectivement 10 individus réalisant la partition avec des genes tous différents, et le nombre moyen d'individus qu'il faurait si la répartition est aléatoire parmi N...un probleme de combinatoire intéressant ! )

cdt

Gilles

[invite17a570c1]

Gillesh, je ne comprends pas trop ta question et encore moins ce qui suit... Essaies-tu d'établir un "génome minimum", càd le minimum syndical nécessaire pour développer un humain ou plutôt une espèce de génome rassemblant toutes les variances de chaque gène?

pas évident si on ne prend pas en compte les mutations ayant un effet nul sur l'expression des proteines (soit que l'ADN ne soit pas exprimé, soit que la mutation ne change pas l'acide aminé) ?

Je ne suis pas sûre de suivre ça... Càd pour toi les mutations neutres (pas nulles, parce qu'elles existent, même si leur effet ne se voit pas ) ne rentrent pas en ligne de compte dans l'ensemble "génome minimum"?

j'aurais plutot du demander en fait "pour pouvoir exprimer toutes les proteines exprimées actuellement dans la population humaine" (c'etait effectivement l'echantillon minimal optimal en supposant qu'on connaisse parfaitement le genome de chacun et les proteines associées).

Là aussi, je sèche Qu'est-ce que "l'échantillon minimal optimal"? Ensuite, j'ai un peu de mal à piger la relation entre le génome de chacun et les protéines associées. Càd qu'on fait tous partie de la même espèce, donc nos génomes sont les mêmes aux variances près, mais ces variances ne sont pas telles qu'entre nous et les grands singes. Càd qu'on aura tous, au sein d'une espèce, les mêmes protéines résultant de l'expression des mêmes gènes (je compte les pathologies dedans aussi : là, on aura affaire à "protéine plus ou moins fonctionnelle", "absente", ect.).
Donc... quelle est la question en fait?


Cordialement,

[invité576543]

Je vois la question genre : on envoie un groupe de n personnes sur une autre planète, comment minimiser l'effet fondateur? Et plus particulièrement, le gain marginal de chaque personne supplémentaire est-il "fortement décroisssant" à partir d'une certaine valeur?

Formaliser demanderait une mesure précise de ce qu'on chercher à optimiser...

Cordialement,

[JPL]

salut
c'est sa l'art et la manière d'initié un nouveau
passé lointain je voulais dire quant l'humanité n'étais qu'un seul peuple

Je vois : le fantasme des savoirs anciens qui auraient été perdus. Et tu places ça quand ? Avant ou après l'âge de la pierre taillée (pour reprendre une expression qui date, mais qui est simple) ?

[invite8915d466]

Gillesh, je ne comprends pas trop ta question et encore moins ce qui suit... Essaies-tu d'établir un "génome minimum", càd le minimum syndical nécessaire pour développer un humain ou plutôt une espèce de génome rassemblant toutes les variances de chaque gène?

non pas du tout, ce que tu dis serait un sous-ensemble du genome d'un seul individu, sans doute.

Je cherche (enfin métaphoriquement) a réunir suffisamment d'humains pour que tous les gènes (mettons les gènes exprimés) chez les 6 milliards d'etres humain actuels seraient tous représentés au moins une fois. Je suppose que ce nombre est inférieur à 6 milliards, c'est à dire que tout le monde n'a pas un gène unique dont il serait le seul détenteur au monde ! parce que si je ne m'abuse il y a environ 25 000 gènes "utiles" chez un etre humain et ils n'ont pas en moyenne trois cent mille variantes je suppose ! mais je n'ai aucune idée de son ordre de grandeur

Je ne suis pas sûre de suivre ça... Càd pour toi les mutations neutres (pas nulles, parce qu'elles existent, même si leur effet ne se voit pas ) ne rentrent pas en ligne de compte dans l'ensemble "génome minimum"?

bah, ça se discute . Mais par mutation neutre, veux tu dire une mutation qui ne change aucun acide aminé (à cause de la redondance du code), une mutation qui affecte l'ADN "poubelle", ou une mutation qui change un acide aminé mais qui ne change essentiellement pas les propriétés de la proteine?

Qu'est-ce que "l'échantillon minimal optimal"? Ensuite, j'ai un peu de mal à piger la relation entre le génome de chacun et les protéines associées. Càd qu'on fait tous partie de la même espèce, donc nos génomes sont les mêmes aux variances près, mais ces variances ne sont pas telles qu'entre nous et les grands singes. Càd qu'on aura tous, au sein d'une espèce, les mêmes protéines résultant de l'expression des mêmes gènes (je compte les pathologies dedans aussi : là, on aura affaire à "protéine plus ou moins fonctionnelle", "absente", ect.).

euh, ben ça me paraissait clair d'aprs ce que tu dis. On a des variantes individuelles, donc on n'exprime pas EXACTEMENT les memes proteines ! (en particulier pour le système immunitaire). Donc si tu prends un seul être humain, il ne contient pas en lui tous les gènes de l'humanité. Les 6 milliards les contiennent (par définition), mais comme je disais au début ce nombre est probablement inutilement trop grand à cause de la redondance. En choisissant parmi ces 6 milliards des humains suffisamment variés, on doit avoir un nombre minimal à avoir pour que tous les gènes soient représentés une fois (le minimum de l'ensemble des cardinaux des sous-ensembles d'etres humains contenant tous les gènes , ou plutot exprimant toutes les proteines, de l'humanité).

Cdt
Gilles

[invite6d44d0c9]

OK MMY, une fois de plus c'est clair. Si un jour tu fais la découverte de ta vie, merci de me la faire partager sur mon mail : ##### supprimé
J'adopte également la devise d'Orson Welles que je ne connaissais pas: "I'm not young enough to Know everything" soit en bon français usuel, je pense :
Je ne suis plus assez jeune pour manifester la prétention de tout savoir. Ce qui correspond bien à mon âge et à mon état d'esprit... Salut amical et à plus peut-être.

Selon la charte du forum :

Il est interdit de mettre votre adresse email sur le forum.

JPL, modérateur

[JPL]

Petit hors sujet. La citation est plus ironique :

"Je ne suis pas assez jeune pour tout connaître."

Mais mon âge me permettrait également d'adhérer à ta traduction inexacte.

[invite6d44d0c9]

OK MMY, une fois de plus c'est clair. Si un jour tu fais la découverte de ta vie, merci de me la faire partager sur mon mail : ##### supprimé
J'adopte également la devise d'Orson Welles que je ne connaissais pas: "I'm not young enough to Know everything" soit en bon français usuel, je pense :
Je ne suis plus assez jeune pour manifester la prétention de tout savoir. Ce qui correspond bien à mon âge et à mon état d'esprit... Salut amical et à plus peut-être.

Selon la charte du forum :


JPL, modérateur

Ok. Malencontreuse entorse à la charte, lue à la va-vite. Pourtant on pouvait s'en douter un peu. Autant pour moi...

[invite17a570c1]

non pas du tout, ce que tu dis serait un sous-ensemble du genome d'un seul individu, sans doute.

Non, ce que je dis c'est : quelle est ta question?

Je cherche (enfin métaphoriquement) a réunir suffisamment d'humains pour que tous les gènes (mettons les gènes exprimés) chez les 6 milliards d'etres humain actuels seraient tous représentés au moins une fois. Je suppose que ce nombre est inférieur à 6 milliards, c'est à dire que tout le monde n'a pas un gène unique dont il serait le seul détenteur au monde ! parce que si je ne m'abuse il y a environ 25 000 gènes "utiles" chez un etre humain et ils n'ont pas en moyenne trois cent mille variantes je suppose ! mais je n'ai aucune idée de son ordre de grandeur

Houlà... Fais gaffe au vocabulaire quand même. Oui, tu mets des mots entre "", certes, mais entre "utiles" et connus il y a une sacrée différence...
Je rejoins Michel dans ce qu'il disait :

A l'opposé, comme chacun ou presque doit être porteur d'une mutation originale, faut toute l'humanité si on veut "tous les gènes existants", non?

Il n'y a pas un gène unique possédé par une personne. Il y a une combinatoire de variances possédée par une personne, ce qui est trèèèèèèèèèèès différent.

bah, ça se discute .

Gniiii? Discutons-en alors, parce que je ne comprends pas...

Mais par mutation neutre, veux tu dire une mutation qui ne change aucun acide aminé (à cause de la redondance du code), une mutation qui affecte l'ADN "poubelle", ou une mutation qui change un acide aminé mais qui ne change essentiellement pas les propriétés de la proteine?

Je veux dire tout ça Parce que quelque part tu fais un mélange de cause et conséquence ici : la dégénérescence du code peut faire qu'un changement d'une base (mutation ponctuelle) n'affectera pas l'acide aminé résultant du triplet impliqué. Idem dans le cas d'une substitution aboutissant à un changement sans conséquences fonctionnelles notables.
Une mutation neutre est une mutation qui n'est ni désavantageuse ni avantageuse.
Il n'y a pas de l'ADN "poubelle" (oui, oui, c'est entre "" ), il y a de l'ADN non codant (pour différencier du codant; tu sais, comme le A et le non-A...).

euh, ben ça me paraissait clair d'aprs ce que tu dis. On a des variantes individuelles, donc on n'exprime pas EXACTEMENT les memes proteines ! (en particulier pour le système immunitaire). Donc si tu prends un seul être humain, il ne contient pas en lui tous les gènes de l'humanité. Les 6 milliards les contiennent (par définition), mais comme je disais au début ce nombre est probablement inutilement trop grand à cause de la redondance. En choisissant parmi ces 6 milliards des humains suffisamment variés, on doit avoir un nombre minimal à avoir pour que tous les gènes soient représentés une fois (le minimum de l'ensemble des cardinaux des sous-ensembles d'etres humains contenant tous les gènes , ou plutot exprimant toutes les proteines, de l'humanité).

Cdt
Gilles

Non, justement. Ce sont des variantes, pas des protéines différentes! Càd que le bleu restera du bleu qu'il soit du bleu foncé ou du bleu ciel. En revanche, chez le rat, le bleu sera rouge. Dans ce cas, on aura une vraie différence. Oui, des protéines très particulières (celles du Complexe Majeur d'Histocompatibilité = CMH) sont produites suite à des réarrangements très complexes, mais toujours entre les mêmes composantes géniques (système VJH). Donc, tu as toutes les nuances du bleu mais tu n'as pas de rouge à la place.

J'espère que c'est plus clair


Cordialement,

[invite8915d466]

Houlà... Fais gaffe au vocabulaire quand même. Oui, tu mets des mots entre "", certes, mais entre "utiles" et connus il y a une sacrée différence...
Je rejoins Michel dans ce qu'il disait :

Il n'y a pas un gène unique possédé par une personne. Il y a une combinatoire de variances possédée par une personne, ce qui est trèèèèèèèèèèès différent.

euh, oui, ça je sais... d'où ma question !

c'est ce que je disais plus haut : avec 100 gènes présentant 10 variantes, on peut avoir 10^100 combinaisons différentes. Néanmoins il peut exister un échantillon de 10 personnes qui possèdent toutes les variantes de chaque gènes.

Gniiii? Discutons-en alors, parce que je ne comprends pas...

je veux dire, la réponse à la question que je pose dépend de ce qu'on appelle l'ensemble des gènes des humains : si un seul individu est porteur d'une mutation qui n'a aucun effet visible, doit-on l'inclure?

Je veux dire tout ça Parce que quelque part tu fais un mélange de cause et conséquence ici : la dégénérescence du code peut faire qu'un changement d'une base (mutation ponctuelle) n'affectera pas l'acide aminé résultant du triplet impliqué. Idem dans le cas d'une substitution aboutissant à un changement sans conséquences fonctionnelles notables.
Une mutation neutre est une mutation qui n'est ni désavantageuse ni avantageuse.


Il n'y a pas de l'ADN "poubelle" (oui, oui, c'est entre "" ), il y a de l'ADN non codant (pour différencier du codant; tu sais, comme le A et le non-A...)

OK, mais du coup la réponse à ma question dépend de savoir si on prend en compte par exemple une mutation quelque part dans l'ADN non codant. Mais si je ne m'abuse, ces parties non codantes ne sont pas associées à des gènes, par définition? donc je n'en tiendrais pas compte.

Non, justement. Ce sont des variantes, pas des protéines différentes! Càd que le bleu restera du bleu qu'il soit du bleu foncé ou du bleu ciel. En revanche, chez le rat, le bleu sera rouge.

moui, enfin il y a des tas de proteines identiques ou presque identiques entre le rat et l'homme non?
mais bon quoi qu'il en soit, je parle bien de variantes; de toutes les enchainements primaires d'acides aminés représentés chez les 6 millads d'etre humains, si tu préfères. Donc si tu n'as toujours pas compris, ma question est : quel serait le nombre minimal d'etres humains à réunir pour que toutes les proteines exprimées ches les 6 milliards actuels soient représentées au moins une fois dans cet echantillon?

[invité576543]

je veux dire, la réponse à la question que je pose dépend de ce qu'on appelle l'ensemble des gènes des humains : si un seul individu est porteur d'une mutation qui n'a aucun effet visible, doit-on l'inclure?

La difficulté c'est "aucun effet visible". En fait, on n'en sait rien.

On sait quand il y a un effet visible, c'est tout. Après c'est une question de combinatoire.

Une modification d'un acide aminé peut très bien n'avoir aucun effet visible en général, mais en avoir un dans un cas très rare de présence d'autres modifications d'autres protéines. Comment savoir?

Même une modification de base non codante peut avoir un effet, parce que l'ADN n'est pas seulement une liste de codes de protéines ou d'ARN. C'est aussi une molécule sur laquelle se fixent d'autres molécules, et toute modification en change ses propriétés physiques, donc est susceptible d'avoir un effet (et là encore en particulier en combinaison avec une autre modification ailleurs dans le génome). Ces effets portent typiquement sur la régulation, in fine sur le taux de synthèse d'une protéine. Une protéine identique peut avoir un effet visible différent selon qu'elle est beaucoup ou peu synthétisée, donc selon que son gène est beaucoup ou peu retranscrit.

Ensuite, il y a des modifications autres que ponctuelles. Il y a des macro-mutations viables. Elles touchent non pas les gènes, mais la topologie de l'ADN, les relations positionnelles entre gènes. Là encore, il se peut qu'il n'y ait pas d'effet visible en général, mais un effet visible en combinaison avec une autre modification. Par exemple, la duplication d'un gène peut n'avoir aucun effet visible seule, et en avoir un le jour où une recombinaison fait que le nouvel individu est porteur simultanément de deux allèles distinct du gène sur le même chromosome.

ma question est : quel serait le nombre minimal d'etres humains à réunir pour que toutes les proteines exprimées ches les 6 milliards actuels soient représentées au moins une fois dans cet echantillon?

Faut ajouter les ARN qui ne codent pas des protéines.

Comme ça la question est "bien posée", mais est quelque peu artificielle. Parce qu'il peut y avoir des variantes de protéines moins "importantes" (i.e., moins utile à garder) que certaines macro-mutations viables par exemple. Ou même que certaines mutations non codantes impactant la régulation d'un gène.

Cordialement,

[invite17a570c1]

Je rejoins Michel dans la remarque que la question est "bien posée", mais artificielle.

Néanmoins, on peut essayer d'apporter quelques détails sans que ce soit des éléments de réponse(s) pour autant

je veux dire, la réponse à la question que je pose dépend de ce qu'on appelle l'ensemble des gènes des humains : si un seul individu est porteur d'une mutation qui n'a aucun effet visible, doit-on l'inclure?

Oui. C'est une variance.

Ces histoires de mutations neutres sont très particulières. Par exemple, il y a des gènes chez la levure qu'on peut inactiver sans que ça donne un effet visible quelconque (pas de phénotype, pour parler plus scientifique). Or, on ne peut pas pour autant se permettre d'affirmer que ces gènes sont "inutiles" de point de vue de l'évolution : dans les conditions de culture que nous avons établies, nous n'observons rien de visible. Mais d'où est-ce qu'on peut être sûr que dans 10 000 générations la fitness de la lignée ne portant plus le gène tartampion ne sera pas diminuée/augmentée/réduite à 0...? Donc, oui, toute variance doit être prise en compte.

OK, mais du coup la réponse à ma question dépend de savoir si on prend en compte par exemple une mutation quelque part dans l'ADN non codant. Mais si je ne m'abuse, ces parties non codantes ne sont pas associées à des gènes, par définition? donc je n'en tiendrais pas compte.

Tu t'abuses Ta définition est fausse. Un promoteur (là où se lie l'enzyme responsable de la transmission de l'info) est une parfaite séquence non codante. Mais sans lui - pas d'expression génétique. Donc, si, si, le non codant peut avoir une grande importance sur le codant.
D'un autre côté, tu peux avoir du codant qui n'est pas exprimé. On en fait quoi dans ta considération? Ce n'est pas par hasard que plein d'équipes s'intéressent à l'hétérochromatine constitutive... et ils en trouvent des choses!

moui, enfin il y a des tas de proteines identiques ou presque identiques entre le rat et l'homme non?

So what?
J'ai fait l'analogie parce que dans ton exposé des choses, tous les représentants de l'espèce Homo sapiens exprimaient des protéines fondamentalement différentes. C'est ce que j'ai voulu corriger.

mais bon quoi qu'il en soit, je parle bien de variantes; de toutes les enchainements primaires d'acides aminés représentés chez les 6 millads d'etre humains, si tu préfères. Donc si tu n'as toujours pas compris, ma question est : quel serait le nombre minimal d'etres humains à réunir pour que toutes les proteines exprimées ches les 6 milliards actuels soient représentées au moins une fois dans cet echantillon?

Tu veux que je te dise un truc marrant? Quand on fait une banque génomique d'E. coli, par exemple, on prend l'ADN génomique, on le fragmente et on introduit chaque fragment dans un vecteur. On considère que notre banque génomique couvre avec 99% de certitude tout le génome de la souche en question lorsque l'on a fait l'opération 10 fois et qu'on garde tous les fragments. Càd qu'il faut une couverture *10 pour déclarer que chaque gène est présent en au moins un exemplaire au sein de la banque. Bon, le génome de coli fait 4,6 Mpb. Le génome humain : 3 milliards de pb.
Mais déjà, outre cette différence, il y en a une autre : on peut se permettre de faire ça chez cette bactos parce qu'elle a une multiplication clonale... ce qui est loin d'être notre cas


Cordialement,

[invite8915d466]

bon je reconnais que comme toute question simple, il y a toujours des problemes quand on regarde les détails. Mais finalement l'emploi de la statistique comme dans le dernier exemple de Malicia permet de répondre à l'essentiel de ces problèmes en remplaçant la question de départ (avoir TOUS les gènes de l'humanité) par un taux de couverture moyen, qui est beaucoup moins sensible aux détails de ce qu'on appelle un gène (je ne demande que des ordres de grandeurs !)

Donc si vous préférez je repose ma question :
comment varie l'allure de la courbe de la proportion de gènes humain représentés dans une population en fonction de la taille de la population, en la supposant "optimale" (en choississant des individus les plus variés possibles) ? (par exemple quel est l'ordre de grandeur de la population qu'il faudrait pour que 50%, 90%, 99% des variantes soient présentes dans la population)?

en fait je ne sais meme pas si ce nombre est de l'ordre de la centaine, du millier, du million.... ! tres concretement en prenant une centaine d'individus pris un peu partout dans le monde par exemple (evidemment pas 100 lapons ou 100 polynésiens ! ) , quel taux de couverture aurait-on de l'ensemble des gènes humains actuels avec toutes leurs variantes?

[invite17a570c1]

Hello,

bon je reconnais que comme toute question simple, il y a toujours des problemes quand on regarde les détails.

Ah parce que tu considères que la question est simple?

Mais finalement l'emploi de la statistique comme dans le dernier exemple de Malicia permet de répondre à l'essentiel de ces problèmes en remplaçant la question de départ (avoir TOUS les gènes de l'humanité) par un taux de couverture moyen, qui est beaucoup moins sensible aux détails de ce qu'on appelle un gène (je ne demande que des ordres de grandeurs !)

Il ne s'agit pas de stats... Et je n'ai pas vu où ce que j'ai dit répondait à la question de départ. Passons.

Donc si vous préférez je repose ma question :
comment varie l'allure de la courbe de la proportion de gènes humain représentés dans une population en fonction de la taille de la population, en la supposant "optimale" (en choississant des individus les plus variés possibles) ? (par exemple quel est l'ordre de grandeur de la population qu'il faudrait pour que 50%, 90%, 99% des variantes soient présentes dans la population)?

L'allure de la courbe?
Bon, je vais le dire autrement. Etant donné que :
* nous ne connaissons pas le nombre exact de gènes dans le génome humain;
* nous ne connaissons pas le nombre exact de gènes exprimés, que ce soit gènes de ménage ou tissu-spécifiques;
* nous ne connaissons pas le nombre exact de gènes codant pour des protéines;
* nous ne connaissons pas le nombre de gènes codant pour des ARN non traduits;
* nous ne connaissons que (très) peu des façons dont est régulée l'expression génique;
* nous ne connaissons pas les effets des mutations neutres.
Comment veux-tu établir un chiffre ou une courbe de distribution avec tout ce que l'on ne connaît pas...? Par ailleurs, est-il intéressant qu'une telle donnée soit recherchée? Enfin, pourquoi doit-on tout chiffrer?

en fait je ne sais meme pas si ce nombre est de l'ordre de la centaine, du millier, du million.... ! tres concretement en prenant une centaine d'individus pris un peu partout dans le monde par exemple (evidemment pas 100 lapons ou 100 polynésiens ! ) , quel taux de couverture aurait-on de l'ensemble des gènes humains actuels avec toutes leurs variantes?

Je pensais avoir plutôt correctement démontré combien il est difficile d'avoir une banque génomique d'Homo sapiens...
Perso, je ne m'engage pas à répondre à cette question. Si quelqu'un a d'autres infos, qu'il/elle les donne, mais j'ai comme un pitit doute...


Cordialement,