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On nous ressert le potage primitif



  1. #1
    saint.112

    On nous ressert le potage primitif


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    Bonjour à tous

    On va me dire que je répète aussi je répondrai qu’à partir d’un certain stade si on ne se répète pas c’est qu’on se contredit. L’article du jour : Les briques de bases de la vie sur Terre étaient déjà présentes il y a plus de 3,8 milliards d’années commence très fort :
    Comment la vie et les premières molécules biologiques ont-elles émergé de la soupe primitive prébiotique ?
    Comment la vie primitive a-t-elle émergé de la « soupe primitive » purement minérale que formaient les océans il y a 4 milliards d'années ?
    Le chemin ayant conduit à la formation de molécules capables de s'auto-répliquer reste en effet l'un des grands mystères de la biologie. Les bases de ce processus pourraient reposer sur les peptides et les protéines.
    Je regrette d’avoir à le répéter : l’idée que la vie aurait “émergé de la « soupe primitive » purement minérale“ est un postulat qui n’est fondé sur aucune donnée expérimentale ou observationnelle. Ce n’est qu’une hypothèse parmi d’autres qui ne devrait donc pas être présentée comme un acquis. De plus, parmi les hypothèses en présence, c’est celle qui tient le moins bien la route.

    Cependant, il apparait que l'élément incontournable, central et sans lequel la vie ne pourrait exister, est la capacité à gérer l'énergie. C'est là l'une des définitions même du vivant : la capacité à collecter et à utiliser une énergie, quelle qu'elle soit.
    Là, je suis désolé, mais c’est trivial : dès le moment où on synthétise des molécules il faut de l’énergie, j’espère qu’il ne s’agit pas d’une découverte. Les premières molécules auto-répliquantes devaient donc forcément trouver dans leur environnement les éléments chimiques nécessaires à leur synthèse mais aussi l’énergie nécessaire, laquelle devait être elle aussi d’origine chimique, ça va de soi.

    Nico

    -----
    Travailler dur n'a jamais tué personne, mais je préfère ne pas prendre de risques.

  2. #2
    Deedee81
    Modérateur

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Salut,

    Ah oui, ça fait un peu réchauffé je trouve. Normal tu me diras, pour une soupe
    "Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)

  3. #3
    titijoy3

    Re : On nous ressert le potage primitif

    la question, c'est plutôt "comment passe on de l'inerte au vivant",

    que ce soit arrivé dans une soupe, un potage ou sur une autre planète me semble secondaire
    Maaaagnifiiiiique ! tout ça n'a aucune importance..

  4. #4
    Deedee81
    Modérateur

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Citation Envoyé par titijoy3 Voir le message
    que ce soit arrivé dans une soupe, un potage ou sur une autre planète me semble secondaire


    Faut quand même connaitre le scénario en détail, enfin, faudra (puisque pour le moment c'est plus ou moins spéculatif).
    Beaucoup pensent que les fumeurs ont dû jouer un rôle essentiel (pour diverses raisons plausibles, mais ce n'est pas trop le sujet ici).
    "Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)

  5. A voir en vidéo sur Futura
  6. #5
    saint.112

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Citation Envoyé par Deedee81 Voir le message
    Ah oui, ça fait un peu réchauffé je trouve. Normal tu me diras, pour une soupe
    Ce n'est pas le genre de chose qui se mange froid.
    Nico
    Travailler dur n'a jamais tué personne, mais je préfère ne pas prendre de risques.

  7. #6
    saint.112

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Citation Envoyé par titijoy3 Voir le message
    la question, c'est plutôt "comment passe on de l'inerte au vivant",
    que ce soit arrivé dans une soupe, un potage ou sur une autre planète me semble secondaire
    Le "comment" est indissociable du "où" et du "dans quelles conditions physico-chimiques".
    Nico
    Travailler dur n'a jamais tué personne, mais je préfère ne pas prendre de risques.

  8. #7
    titijoy3

    Re : On nous ressert le potage primitif

    c'est vrai aussi !
    Maaaagnifiiiiique ! tout ça n'a aucune importance..

  9. #8
    Liet Kynes

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Citation Envoyé par Deedee81 Voir le message
    Beaucoup pensent que les fumeurs ont dû jouer un rôle essentiel (pour diverses raisons plausibles, mais ce n'est pas trop le sujet ici).
    C'est bien connu Dieu, est un fumeur de Havanes
    Sans questions il n'y a que des problèmes sans réponses.

  10. #9
    Deedee81
    Modérateur

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Salut,

    Sors pas, elle es vraiment excellente celle-là

    Bon, de toute façon, à part dire "c'est une actu sacrément réchauffée et avec des conclusions style Lapalisse", je crois qu'on est au bout de cette actu. Saint.112, ton avis ?
    "Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)

  11. #10
    saint.112

    Re : On nous ressert le potage primitif

    En effet ça ne crée pas le buzz. Je voudrais tout de même insister sur la nécessité de présenter les postulats de départ pour ce qu’ils sont, de pures hypothèses et non comme des prémisses acquises.
    Il faudrait aussi faire de la place aux autres hypothèses en présence, en particulier celles où les premières molécules auto-répliquantes se seraient développées non pas dans un milieu ouvert comme les océans mais dans des milieux fermés comme les sources hydrothermales, les fumeurs noirs ou blancs, etc., dans lesquels il y a une concentration bien plus importante d’éléments chimiques, des températures et un pH à peu près constants, des minéraux et des argiles qui peuvent jouer le rôle de catalyseurs, etc.
    Nico
    Travailler dur n'a jamais tué personne, mais je préfère ne pas prendre de risques.

  12. #11
    Liet Kynes

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Pour compléter on peut évoquer cet autre article : https://www.futura-sciences.com/scie...iralite-27127/ qui présente une tout autre vision de la recette avec une soupe réchauffée sur terre mais préparée ailleurs
    Sans questions il n'y a que des problèmes sans réponses.

  13. #12
    saint.112

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Ce n’est pas le seul article sur la question destiné à donner du crédit à l’origine extra-terrestre des “briques de la vie“. Il y aurait eu un excédent d’un énantiomère sur l’autre parmi les molécules arrivées sur terre. Et l’on tombe sur la question à deux balles :
    Pourquoi les molécules employées par tous les êtres vivants de la Terre sont-elles toujours d'un même type de chiralité, alors que les réactions de synthèses chimiques ne font généralement pas la différence, produisant les deux types possibles ? C'est le fameux problème de l'homochiralité.
    Le problème ici consiste à formuler la question “pourquoi“ alors que ce qui est posé est en fait la question “comment“. C’est un faux problème, je l’ai déjà exposé plusieurs fois mais le message n’est visiblement pas passé. Voir la discussion que j’ai créée : Quel est le vrai mystère de la chiralité ?
    L’homochiralité n’est pas un résultat fortuit dû au matériau disponible c’est une contrainte absolue pour développer une biochimie qui marche. On peut se poser la question de savoir ce qui a conduit à la sélection d’un énantiomère plutôt que l’autre, ce qui a sans doute été fortuit mais cela ne présente qu’un intérêt anecdotique. On peut aussi spéculer sur l’idée que les premières molécules auto-répliquantes n’étaient peut-être pas homochirales. Cela conduit donc à penser que la sélection naturelle en a éliminé une série au profit d’un système efficace.
    Nico
    Travailler dur n'a jamais tué personne, mais je préfère ne pas prendre de risques.

  14. #13
    Merlin95

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Citation Envoyé par Deedee81 Voir le message
    Beaucoup pensent que les fumeurs ont dû jouer un rôle essentiel.
    Ha on a enfin trouvé un intérêt aux fumeurs, je savais que la vie partait parfois en fumée, mais pas qu'elle commençait avec .
    « Il y a 3 sortes de gens au monde : ceux qui savent compter et ceux qui ne savent pas. »

  15. #14
    oxycryo

    Re : On nous ressert le potage primitif

    En effet ça ne crée pas le buzz. Je voudrais tout de même insister sur la nécessité de présenter les postulats de départ pour ce qu’ils sont, de pures hypothèses et non comme des prémisses acquises.
    Il faudrait aussi faire de la place aux autres hypothèses en présence, en particulier celles où les premières molécules auto-répliquantes se seraient développées non pas dans un milieu ouvert comme les océans mais dans des milieux fermés comme les sources hydrothermales, les fumeurs noirs ou blancs, etc., dans lesquels il y a une concentration bien plus importante d’éléments chimiques, des températures et un pH à peu près constants, des minéraux et des argiles qui peuvent jouer le rôle de catalyseurs, etc.
    Nico
    et le rasoir d'Occam saint.112 ? une hypothèse de travail ?
    - la soupe pré-biotique, est la seule qui tienne la route, car les autres sont simplement indigente, et qui plus intestable (non-scientifique) voir Popper

    bref, pas la peine de touiller beaucoup plus, l'ensemble des démonstrations faites depuis les expériences de Miller et les dévelloppement actuel fumeur et autres, montre que, si la solution n'a pas été trouvé, cela tient de toute façon à pas grand chose qu'elle le soit...
    - le reste est littérature, car la solution pan-psermiste, a simplement trouver des acides aminés, brique du vivant, ce sur quoi il y a égalité avec le Millérisme, mais ils n'ont jamais trouvé ni ADN ni ARN dans les météorites, là où le millérisme, se demande surtout, après avoir précipité/aggloméré de l'ADN et de l'ARN en éprouvette, lequel des deux est apparu en premier...
    - car le problème ne se situe pas (semble-t-il) dans l'ARN et dans l'ADN , mais dans les membranes polypespidique permettant les échanges ioniques avec le millieu aqueux (filtre)...
    - élement essentiel que l'on reproduit facilement (bubulles), mais impensable sans eau liquide... ce qui de fait disqualifie les solutions extra-terrestres (pas d'eau liquide)

  16. #15
    Liet Kynes

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Citation Envoyé par oxycryo Voir le message
    - car le problème ne se situe pas (semble-t-il) dans l'ARN et dans l'ADN , mais dans les membranes polypespidique permettant les échanges ioniques avec le millieu aqueux (filtre)...
    - élement essentiel que l'on reproduit facilement (bubulles), mais impensable sans eau liquide... ce qui de fait disqualifie les solutions extra-terrestres (pas d'eau liquide)
    Je viens de lire cet article https://www.futura-sciences.com/scie...-annees-62881/ et de l'eau liquide sur d'autres planètes ce n'est plus une hypothèse me semble t-il
    Sans questions il n'y a que des problèmes sans réponses.

  17. #16
    titijoy3

    Re : On nous ressert le potage primitif

    @oxycrio,

    "la solution n'a pas été trouvé, cela tient de toute façon à pas grand chose qu'elle le soit..."

    ah bon ?
    Maaaagnifiiiiique ! tout ça n'a aucune importance..

  18. #17
    oxycryo

    Re : On nous ressert le potage primitif

    ben, en absence d'eau liquide ailleurs... la solution est sans doute complexe, mais seulement complexe

    quant à mars, et idem sans doute pour vénus au début de leurs "existence" l'eau liquide à du exister sur ses deux planètes, et ne pas oublier encelade, ou un océan est fortement supecté, du aux geyser expulsé de sa surface (et sans doute lié au effet de marée de saturne) l'eau "giclant sous la glace" à chaque "marée" saturnienne... l'eau liquide est loin d'être l'appanage de la terre, mais elle est le seul endroit dans le coin, donc possible ou cette chimie "fort complexe" manifestement, vu les difficultées insignent pour la reproduire sur terre...

    de plus la vie apparait tôt suite à l'accrétion terrestre et après le choc entre theïa et gaïa... soit à la même époque ou mars et vénus en était au même stade de dévellopement, bien avant que ces deux planète s'assèche... vénus passant d'une situation idéale (avec un soleil à 70% de puissance), là ou la terre avait besoin d'un important effet de serre pour maintenir de l'eau liquide (les granit ont besoin d'eau libre pour se former, démontrant par leur présence, l'existance d'eau liquide)... sans idem pour Mars, une époque où celle-ci avait encore une atmosphère "notable".

  19. #18
    titijoy3

    Re : On nous ressert le potage primitif

    tu veux dire que ça tient à pas grand chose qu'on trouve de l'eau liquide ailleurs?

    il me semble qu'il ne nous manque que la preuve absolue, et encore !
    Maaaagnifiiiiique ! tout ça n'a aucune importance..

  20. #19
    oxycryo

    Re : On nous ressert le potage primitif

    ben, si tu me lis tu verras que l'on en trouve ailleurs, surtout, et que seule sa présence permet d'espérer obtenir des membranes polypeptidique, nécessaire à former l'enceinte de protection contre le reste du monde"

    après c'est juste complexe, mais la nature a des ressources, pourquoi pas trouver des indices de la vie (comme la news de futura aujourd'hui sur Mars) ou bien aussi sur Vénus,
    - cela ferais du vivant une chimie assez commune si l'on trouve de l'eau liquide... donc une plus grande probabilité que cette chimie ne puisse apparaitre que sous cette condition...
    - cela permet de chercher au bon endroit... où comme sur terre, celle-ci est apparu d'elle-même, voir même, de mieux comprendre les base chimique nécessaire à son apparition...
    - car si l'on trouvait de la vie sur mars, l'on aurait aussi une sorte de capsule temporelle géochimique, ou le vivant n'ayant pas eu le temps de se develloper, donc de tout modifier sur son passage et d'eefacer les première trace de son apparition) nous permettrait mieux de comprendre la soupe pré-biotique nécessaire à l'avènement de ce divin enfant... et par là de la reproduire en épprouvette et en labos façon Miller

    mais pour la panspermie c'est cuit, les comètes sont givrés jusqu'au trognon, et les météorites juste bonne a contenir des acides aminés, ou brique première de la vie... rien d'autres... et cela l'expérience de Miller l'a aisément produit dans ses épprouvettes.

  21. #20
    titijoy3

    Re : On nous ressert le potage primitif

    @oxycrio,

    je te cite :

    "mais impensable sans eau liquide... ce qui de fait disqualifie les solutions extra-terrestres (pas d'eau liquide)"

    puis :

    "tu verras que l'on en trouve ailleurs, surtout, et que seule sa présence permet d'espérer obtenir des membranes polypeptidique, nécessaire à former l'enceinte de protection contre le reste du monde"

    j'ai du mal à te suivre
    Maaaagnifiiiiique ! tout ça n'a aucune importance..

  22. #21
    saint.112

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Citation Envoyé par oxycryo Voir le message
    le rasoir d'Occam saint.112 ? une hypothèse de travail ?
    C’est un principe issu de la philosophie et de la métaphysique qui a mon sens n’a aucune validité en sciences. À la fin du XIXème siècle en matière de physique atomique les choses semblaient relativement simples : il y avait un noyau avec un ou des électrons en orbite un peu comme un système planétaire. Si on avait appliqué le principe du rasoir d'Occam on en serait resté là. On aurait dit à Planck par exemple : « Pourquoi tu viens compliquer les choses ? » Il avait mis le doigt dans l’engrenage : la physique quantique n’a cessé de se complexifier.

    Citation Envoyé par oxycryo Voir le message
    la soupe pré-biotique, est la seule qui tienne la route, car les autres sont simplement indigente, et qui plus intestable (non-scientifique) voir Popper
    La soupe prébiotique est une hypothèse paresseuse : on saupoudre de molécules dites prébiotiques, on touille et pouf on a des organismes. C’est comme si un tas de briques allait devenir un mur comme par magie.

    Nico
    Travailler dur n'a jamais tué personne, mais je préfère ne pas prendre de risques.

  23. #22
    oxycryo

    Re : On nous ressert le potage primitif

    hm saint.112, c'st amplement suffisant, seulement après l'auto-agglomération de l'ADN et de l'ARN, il reste que l'un et l'autre dépendent de la résence de l'autre...
    - cela n'a rien à voir avec une hyppothèse paresseuse comparée à ce qu'il y avait avant ces démonstrations qui sont tout sauf simple et paresseuse.

    reste les mondes à ARN et la difficultés du monde précursseur permettant d'agglomérer ces premiers ARN... pour ma part je m'en tiens à une acquisition agglutinante de mutation autant négative que positive, et en l'eelimination des variants instable ou négatifs...

    mais il est clair que l'efficacité de cette forme de chimie à fait une fois acquise, le vide autour d'elle, recyclant/phagocytant tout le monde précédant

  24. #23
    Geb

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Bonjour,

    Citation Envoyé par oxycryo Voir le message
    hm saint.112, c'st amplement suffisant, seulement après l'auto-agglomération de l'ADN et de l'ARN, il reste que l'un et l'autre dépendent de la résence de l'autre...
    - cela n'a rien à voir avec une hyppothèse paresseuse comparée à ce qu'il y avait avant ces démonstrations qui sont tout sauf simple et paresseuse.
    Je pense que la critique de Nicolas provenait plutôt du traitement de l'hypothèse de la soupe dans l'article de Futura, pas tellement du contenu de l'article des chercheurs eux-mêmes (qui ne concerne pas la question du monde à ARN).

    Quant à l'article des chercheurs (Bromberg et al., 2022), comme je l'ai noté dans une autre discussion sur le même sujet, il comporte 3 principales conclusions :

    Here, we trace the evolution of metal-binding proteins. […] Using network analysis, we trace distant relationships between metal-binding proteins. We observed that existing transition metal–binding folds are similar structurally and carry similar sequences within the overlapping structures. This observation suggests that they might have had a single or small number of common ancestors. Moreover, while metal-binding folds in both current redox and nonredox proteins are similar, the central structures are most often derived from redox proteins. […] Our analysis suggests that “simple” folds, found in extant oxidoreductases, may have been incorporated into the complete contemporary range of metal binding and molecular functionality carried out by many enzyme families. Last, we identified small structural motifs that are frequently repeated within our network-central structures. These motifs describe the appearance of central folds and are thus likely at the root of life.
    Ou, en d’autres termes :

    Three conclusions from our work are most salient. First, the peptides at the origins of life were likely used for facilitating electron transfer. They have since been widely repurposed in the complete variety of biological functions and, hence, have adapted their sequences. […] Second, the interchangeability of metals used in the biological activity reflects the likely contemporaneous availability of these metals on geological time scales, with folds binding these metals possibly adapted from a common ancestor. […] Last, we find that the earliest biologically functional peptides were likely available before the assembly of fully functional protein folds over 3.8 billion years ago.
    En gros, ces résultats ne font qu'apporter de l'eau au moulin de ceux qui pensent que les métaux de transition ont eu un rôle important à jouer dans les processus physico-chimiques aux origines de la vie sur la Terre.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 26/01/2022 à 06h11.

  25. #24
    Deedee81
    Modérateur

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Salut,

    Citation Envoyé par Geb Voir le message
    En gros, ces résultats ne font qu'apporter de l'eau au moulin de ceux qui pensent que les métaux de transition ont eu un rôle important à jouer dans les processus physico-chimiques aux origines de la vie sur la Terre.
    Ah, présenté comme ça c'est en effet plus intéressant. J'avais mal jugé : du danger de la lecture en diagonale !

    Merci Geb
    "Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)

  26. #25
    Geb

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Citation Envoyé par Deedee81 Voir le message
    Ah, présenté comme ça c'est en effet plus intéressant. J'avais mal jugé : du danger de la lecture en diagonale !
    Ah bon ? Il m’a semblé que cela apparaissait pourtant clairement dans le long résumé que j’ai fait de l’article dans l’autre discussion. Soyons encore plus explicite alors...

    Avec les outils de la bio-informatique, les auteurs attirent l’attention sur des protéines probablement anciennes, contenant de courts motifs peptidiques qui seraient parmi les premiers à s'être liés à ces métaux de transition d’importance prébiotique. À noter que la plupart de ces protéines et motifs soit-disant les plus anciens (ferrédoxine, le tonneau isomérase triose-phosphate, la boucle phosphate aussi appelée "boucle P" ou "motif de Walker", etc.) étaient déjà largement identifiées comme telles, certains dès la deuxième moitié des années 1960. La nouveauté est vraiment dans les quelques dizaines de motifs identifiés, de 7 à 68 acides aminés de long, supposés plus ou moins anciens, qui se lient à différents métaux de transition utilisés par le vivant.

    Évidemment, comme souvent en bio-informatique, il ne s’agit que d’une analyse partielle et difficile à vérifier (bien qu'il y ait eu des travaux similaires également cités dans l'étude). Mais les trois hypothèses que les résultats de l’étude semblent confirmer (en français cette fois) sont les suivantes :

    1) Il y aurait une "relation de parenté évolutive" entre les peptides qui lient les métaux dans les centres actifs des métallo-enzymes et d’après leur analyse, ceux qui seraient à la base de "l’arbre évolutif" de ces peptides, seraient ceux des enzymes ayant des fonctions de transfert d’électrons et de réactions d’oxydo-réduction. En outre, on observe que dans les six groupes structurellement distincts identifiés de peptides se liant à des métaux, ceux du groupe 3 pourraient représenter des formes ayant subies des duplications à partir des peptides du groupe 2, renforçant l’idée de relation évolutive.

    2) L’hypothèse selon laquelle certains métaux seraient venus remplacés d’autres dans les centres actifs des métallo-enzymes, en particulier parce qu’ils seraient devenus moins abondants dans l’environnement lors de l’épisode de grande oxydation (dans le papier, on cite à demi-mot le cas du cuivre qui vient remplacer progressivement le fer 2+), cette hypothèse (apparue au début des années 1970), s’en trouve renforcée par les données des chercheurs.

    3) Ces peptides que l’ont trouve abondamment chez les enzymes de type oxydoréductase pourraient avoir été intégrés subséquemment dans d’autres familles d’enzymes, aussi bien celles se liant à des métaux que celles sans métaux, ce qui poussent les auteurs à penser que ces peptides fonctionnels seraient parmi les plus anciens et qu’ils seraient apparus très tôt, avant même les premiers repliements protéiques complètement fonctionnels.

    Je note que ces trois conclusions n’apparaissent pas toutes dans l’article de Futura et qu’à la place, on a davantage une traduction sommaire du communiqué de presse de l’Université dans laquelle travaillent la majorité des chercheurs impliqués dans l’étude. Mais à la décharge de l’autrice de l’article pour Futura, la publication est plutôt technique, vraisemblablement rédigée exclusivement pour des spécialistes et donc difficile à comprendre et a fortiori, à vulgariser.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 26/01/2022 à 08h51.

  27. #26
    Deedee81
    Modérateur

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Citation Envoyé par Geb Voir le message
    Ah bon ? Il m’a semblé que cela apparaissait pourtant clairement dans le long résumé que j’ai fait de l’article dans l’autre discussion. Soyons encore plus explicite alors...
    C'est de la lecture en diagonale de l'article dont je parlais, sur Futura j'ai aussi parfois un peu de mal à suivre le rythme
    (mais là ça va : discours de nouvel an utra soporifique du DG )

    Remerci pour ces précisions.
    "Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)

  28. #27
    oxycryo

    Re : On nous ressert le potage primitif

    je plussois volontier à DeeDee81 quant aux deux beaux effort de Geb, fort instructif, enfin pour qui est capable de les lire...
    - perso, même en lecure droite, je patauge (dans la soupe)... mais, je vois de quoi il est question ayant déjà quelques habitude avec le vocabulaire de la chimie pré-biotique..

  29. #28
    Geb

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Citation Envoyé par oxycryo Voir le message
    je plussois volontier à DeeDee81 quant aux deux beaux effort de Geb,
    Après, les efforts, ce sont surtout les chercheurs eux-mêmes qui les ont fourni. À mon petit niveau, essayer de vulgariser leurs travaux, je vois plutôt ça comme une marque de respect par rapport au travail déjà fourni. C'est aussi une des raisons pour laquelle j'insiste tant à séparer les questions d'exo-/astrobiologie et la question des origines des premiers organismes terrestres. L'un est infiniment plus spéculatif que l'autre à ce stade ; l'un en est encore à essayer de prouver l'existence même de ce qu'il prétend étudier.

    Citation Envoyé par oxycryo Voir le message
    fort instructif, enfin pour qui est capable de les lire...
    Je t'avoues volontiers que c'était assez cryptique pour moi aussi... Mais avec l'expérience, on peut trouver suffisamment de bonne vulgarisation pour comprendre même la bio-informatique. Il y a dix ans, j'aurais probablement dû aller lire les résumés de toutes les références citées en bibliographie, vérifier le sens de 20% des mots dans la publication, et envoyer une série de mails aux auteurs pour espérer y comprendre quelque chose.

    Dans ce cas-ci, dix ans plus tard, j'avais déjà lu les travaux de nombreux chercheurs cités et je n'ai pas eu à faire tout ça. Mais je suis d'avis que si j'ai pu le faire, tout le monde peut le faire. D'autant que je n'ai aucune formation scientifique, juste un immense respect pour les scientifiques et une passion pour ce domaine de la recherche en particulier.

    La difficulté ici, c'est que les méthodes utilisées sont complexes, et l'essentiel des données ne sont disponibles que dans une série de "supplementary material" qui ne font pas partie de la publication (sinon elle aurait sans doute été deux fois plus longue cette publication). Pour vraiment comprendre de bout en bout "comme si on faisait tout à nouveau soi-même", il faut se taper les bases de données, se procurer les logiciels informatiques dédiés et commencer à étudier les tableurs Excel correspondants.

    Citation Envoyé par oxycryo Voir le message
    perso, même en lecure droite, je patauge (dans la soupe)... mais, je vois de quoi il est question ayant déjà quelques habitude avec le vocabulaire de la chimie pré-biotique..
    Il ne s'agit pas vraiment ici de chimie prébiotique. Le "mur de Planck" de la bio-informatique, c'est souvent la "situation à l'époque du LUCA", avec quelques exceptions (peut-être valides ici, dans une certaine mesure). On peut difficilement remonter au-delà avec des analyses de type "phylogénie moléculaire". D'ailleurs, les auteurs écrivent eux-mêmes que des peptides encore plus simples sont tout à fait envisageables dans des expériences "bottom-up".

    Au passage, je souhaite préciser que je suis assez d'accord avec Nicolas : l'hypothèse de la "soupe" est "paresseuse". C'était sans doute le mieux que l'on pouvait faire il y a un siècle, mais on a fait plus élaboré depuis heureusement. Justement, citer la soupe prébiotique dans une actu comme celle-là, ce n'est pas vraiment faire honneur à l'intelligence des lecteurs potentiels (en tout cas de mon point de vue). Je comprends que ça puisse irriter Nicolas.

    Le problème c'est que le grand public en est resté à l'hypothèse de la "soupe", tandis que les chercheurs travaillent de leur côté à des questions très pointues qui, si elles étaient combinées un beau jour, nous permettraient sans doute d'offrir un scénario probablement très élaboré. Aussi, depuis la deuxième moitié des années 1970, les instituts de recherche qui financent en majorité les expériences de "chimie prébiotique" (à défaut d'une expression plus adéquate), sont les agences spatiales et les universités qui y sont affiliées. Rien d'étonnant dès lors à ce que les fruits de l'exploration spatiale (chimie préstellaire et interstellaire, composés organiques dans les météorites, les comètes, etc.), soient tous présentés (de mon point de vue, à tort) comme de nature à faire progresser la résolution de la question des origines de la vie sur la Terre.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 28/01/2022 à 00h02.

  30. #29
    MissJenny

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Citation Envoyé par Geb Voir le message
    Le "mur de Planck" de la bio-informatique, c'est souvent la "situation à l'époque du LUCA", avec quelques exceptions (peut-être valides ici, dans une certaine mesure). On peut difficilement remonter au-delà avec des analyses de type "phylogénie moléculaire".
    en pratique on remonte beaucoup beaucoup moins loin, à cause du phénomène qu'on appelle "effacement du signal phylogénétique" qui est dû aux réversions (des mutations inverses de mutations antérieures).

  31. #30
    Geb

    Re : On nous ressert le potage primitif

    Citation Envoyé par MissJenny Voir le message
    en pratique on remonte beaucoup beaucoup moins loin, à cause du phénomène qu'on appelle "effacement du signal phylogénétique" qui est dû aux réversions (des mutations inverses de mutations antérieures).
    C'est tout à fait exact. Je me souviens d'une conférence du biophysicien polonais Franco Ferrari, qui s'intéresse aux caractéristiques des protéines les plus anciennes, et qui disaient que les outils informatiques qui permettent la reconstruction théorique de protéines anciennes ne seraient potentiellement utiles que jusqu'à il y a 2 à 2,5 milliards d'années maximum. Au-delà, on ne peut rien inférer.

    Mais dans les meilleurs des cas, avec l'analyse phylogénétique on ne peut inférer "que" jusqu'au LUCA (sans pour autant pouvoir déterminer à quand remonte l'époque de ce concept qu'est le LUCA). C'est pourquoi je parlais de "mur de Planck" de l'analyse phylogénétique, d'une limite "physiquement indépassable". Cependant, il y a de nombreuses publications qui s'essayent à l'exercice d'inférer les caractéristiques supposées du LUCA depuis la fin des années 1990. C'est d'ailleurs grâce à ce genre d'études qu'on a su que l'ancêtre universelle le plus récent de toute les formes de vie actuelles étaient probablement déjà très complexe, et donc a priori assez éloigné dans le temps des premières populations d'organismes vivants.

    Cordialement.

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