Comment calculer la taille des fragments sur une carte de restriction?

[lakinzou]

Bonjour ,
Pour pouvoir comprendre la suite de mes exercices j'ai besoin d'aide en ce qui concerne la détermination de la taille des fragments qui concernent l'image que je vais mettre en pièce jointe.



Je vous met bien entendu mes calculs :

EcoRI :
.2 fragments -> 1er : 4657-572+1 = 4086bp = 4,1 kb.
2ème : 4657-4086 = 571bp = 0.6 kb Le tout faisant bien 4.7 kb.
SalI :
.2 fragments -> 1er : 4657-3599+2056 = 3114bp =3,1 kb.
2ème : 4657-3144 = 3599-2056= 1543bp =1,6 kb Le tout faisant bien 4.7 kb.

PstI : J'ai 1190 comme valeur donc il n'y a qu'un fragment donc je ne vois pas l'utilité de faire un calcul avec cette valeur.

HindIII :
.2 fragments -> 1er : 4657-4308+2933 = 3282bp = 3,3 kb.
2ème : 4657-3282 = 4308-2933= 1375bp = 1,4 kb Le tout faisant bien 4.7 kb.

EcoRI/SalI :
.4 fragments -> 1er : 4657-3599+1=1059bp = 1,1 kb.
2ème : 572-1 = 571bp = 0.6 kb.
3ème : 2056-572 = 1484bp= 1,5kb.
4ème : 3599-2056= 1543bp = 1,5kb
HindIII/PstI :
.2 fragments -> 1er : 4657-4308+1190 = 1539bp = 1,5 kb.
2ème : 2933-1190 = 1743bp = 1,8 kb
3ème : 4308-2933 = 1375bp= 1,4 kb. Le tout faisant bien 4.7 kb.

Voila quelqu'un peut me dire si ma methode de calcul est bon et si mes resultats le sont aussi SVP ? De l'aide pour la suite de l'exo pour placer les enzymes sur le cercle me serait aussi trés utile. Merci d'avance
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[Flyingbike]

PstI : J'ai 1190 comme valeur donc il n'y a qu'un fragment donc je ne vois pas l'utilité de faire un calcul avec cette valeur.

vrai, mais je vous compte faux !

il y a quand meme un fragment à la migration qui correspond à la taille du plasmide entier linéarisé (et en biologie moléculaire, les simples digestions donnent des renseignements importants) il faut donc quand même dire qu'il y a un fragment de 4,7


tout le reste est bon

[lakinzou]

Donc au final j'obtient ca :


Le trait pour Pst I est il bon ? Le reste aussi ?
Si c'est le cas je vais faire un autre exo mais dans le sens inverse c'est a dire faire la carte de restriction a partir du profil de restriction et je le mettrai dans mon autre post merci beaucoup

[Flyingbike]

oui c'est bon ! et vos bandes sont très jolies


Pas de problème pour vous aider pour un autre exo, a bientot

[A voir en vidéo sur Futura]

[lakinzou]

oui c'est bon ! et vos bandes sont très jolies


Pas de problème pour vous aider pour un autre exo, a bientot

Merci beaucoup !

Avant de faire la carte de restriction avec de nouvelles valeurs je voudrais d'abord utiliser ce que je viens d'obtenir pour refaire la carte de restriction mais je ne comprend pas comment on peut faire. J'essaye sur brouillon mais ça m'a l'air hyper compliqué ... surtout avec la valeur de PstI qui est de 4.7 ... Certains sites proposent de faire ça d'abord sur une ligne puis après de faire le cercle ... Pourriez vous m'aider SVP ?

[lakinzou]

En essayant de le faire aboutit a çà :


Mais comment associer les deux ? Quelles données dois je utiliser ? pouvez vous mexpliquer svp ?

[Flyingbike]

C'est beaucoup moins facile dans l'autre sens.

En fait le plus simple c'est de commencer à déterminer le nombre de sites de coupure de chaque enzyme en fonction du nombre de fragments. Ensuite, avec les doubles digestion faites une carte comme vous avez fait.

Ensuite, dans ce cas précis c'est impossible d'aller plus loin. Vous voyez que les doubles digestions ne sont faites qu'avec deux paires d'enzymes. Vous ne pouvez donc simplement PAS positionner vos deux cartes l'une par rapport à l'autre. Vous pouvez essayer, mais quelle que soit la position relative des sites EcoRI /SalI par rapport aux sites PstI/HindIII (imaginez superposer vos deux cartes), le résultat des doubles digestions telles que données dans l'énoncé sera le même (c'est à dire que si vous superposez vos deux cartes, vous pouvez les faire tourner l'une par rapport à l'autre et imaginer faire les mêmes digestion, le profil ne changera pas).
Ce qui vous manque, pour faire une carte complète, ce sont des digestions croisées, par exemple EcoRI/PstI ou EcoRI/HindIII ou SalI/PstI ou SalI/HindII. Ce résultat seulement vous permettrait de positionner les sites les uns par rapport aux autres. Dans un exercice ou vous devrez faire une carte à partir d'un profil, on ne vous demandera pas de deviner, car il existe une quasi infinité de plasmides pouvant donner le profil que vous avez dessiné.

[lakinzou]

Ah oui je vois jme disais bien que c'etait dur haha

Je m'attaque donc a mon deuxieme exo mais j'ai déja ouvert un post dessus ... pourriez vous m'aider également dessus ?

Ps: je peux vous envoyer le lein en pv si vous n'arrivez pas a le trouver Merci beaucoup en tout cas

[lakinzou]

Je vous met le lien :
https://forums.futura-sciences.com/b...3-enzymes.html

Voilà merci beaucoup