Question basique

[invite4a576068]

Bonjour à tous
Je vais poser une question qui va sembler très bête, et surtt que je pensais maîtriser.
en gros, j'ai une molécule dont je dois déterminer la charge à PH physiologie, sur simple base de la structure... donc je me dis si il y a ue fonction COOH avec un pka d'environ 5 donc charge négative à ph physiologique , et si j'ai une fonction amine I et II aire , puisque le pka est d'environ 9 à 11.
Ce que je ne comprends pas , c'est : pourquoi l'amine III aire est chargée , alors que je n'ai trouvé des pka pour les fonctions amines qui ne tournaient qu' autour de 10...
et ensuite, je ne comprends pas pourquoi, dans une molécule un NH sera chargée et pas dans une autre ( alors je pense qu'on va me répondre qu'il s'agit des fonctions chimiques adjacentes qui vont exercer un effet différent sur la fonction et qui vont faire qu'elle sera chargée ou pas ) , ma question est quelles sont-elles ?
bref ... je pensais pas être aussi nulle en chimie
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[HarleyApril]

Bonjour

Si pH<pKa, alors tu as la forme protonnée.
C'est vrai pour les acides qui sont sous forme COOH et pour les amines qui sont sous forme N⁺H qu'elles soient primaires, secondaires ou tertiaires.

Si pH>pKa, alors tu as la forme déprotonnée.
Les acides seront sous forme COO- et les amines N


Un azote n'est pas toujours basique.
Par exemple, dans une fonction amide RCONH2, l'azote a perdu sa basicité car le doublet est totalement délocalisé avec le carbonyle adjacent (ce qui explique également pourquoi un amide est plan).

Cordialement

[invite4a576068]

Merci beaucoup HarleyApril
Donc si je comprends bien, HarleyApril , toutes les fonctions amines que se soit secondaire, primaire et tertiaire sont porteurs d'une charge + au ph physiologique puisqu'on ce situe dans un ph de 7.4 contre des Pka d'environ 9 à 11 pour les fonctions amine.
toutefois, certaines fonction amine perdent leur basicité, elles ne sont donc pas toujours porteuse d'une charge + ?
je sais pas si j'ai bien compris

[vpharmaco]

Merci beaucoup HarleyApril
Donc si je comprends bien, HarleyApril , toutes les fonctions amines que se soit secondaire, primaire et tertiaire sont porteurs d'une charge + au ph physiologique puisqu'on ce situe dans un ph de 7.4 contre des Pka d'environ 9 à 11 pour les fonctions amine.

oui dans la très très grande majorité des cas

toutefois, certaines fonction amine perdent leur basicité, elles ne sont donc pas toujours porteuse d'une charge + ?
je sais pas si j'ai bien compris

Harley te faisait juste remarquer que les groupements azotés ne sont pas toujours des amines: Les fonctions amides RCONH-R', les urées RNH-CO-NH-R', etc ne sont pas protonables dans l'eau. Les amines aromatiques (=dérivés d'aniline) ont aussi souvent des pKa assez faibles (pKa 4-5) et restent donc sous forme neutre à pH 7.4.
Certains sulfonamides R-SO₂-NH-R' peuvent au contraire être acides et exister majoritairement sous forme R-SO₂-NH^--R' à pH physiologique

[A voir en vidéo sur Futura]

[vpharmaco]

correction: R-SO₂-N^--R' à pH physiologique

[invite4a576068]

Merci beaucoup pour toutes vos explications

[invite4a576068]

Je me suis testée pour savoir si j'ai bien compris, quelqu'un pourrait me dire si ce que j'ai fais est correct ?

pour la Desloratadine : à ph physio = 7.4

La pyridine a Pka d'environ 4.6 donc elle est neutre; la pipéridine possède un PKa de 11.2 elle possède donc une charge positive , je réécris la molécule à Ph physiologique avec seulement un + prés de la faction NH de la pipéridine : NH+ et je ne l'écris pas : NH2 +.


pour la Nevirapine :

J'ai encore une pyridine donc pareil que précédemment, puis j'ai une fonction amine tertiaire qui est chargée car elle possède 3 alkyls , plus il y a d'alkyls plus c'est basique d'après ce que j'ai lu sur le forum .
Je vois enfin une fonction amide dont l'amine n'est pas basique car il y a le carbonyle qui est juste à côté .
Je réécris la molécule à PH physiologique avec une simple charge sur l'amine tertiaire .

Merci d'avance

[vpharmaco]

Pour la deslo : ok

Pour la Nevirapine : Moins ok. Comme indiqué précédemment, "l'amine tertiaire" dans la molécule est particulière. Il s'agit d'une amine (bis)-aromatique. Le doublet de l'azote peut être délocalisé vers les deux cycles pyridine, le rendant moins disponible pour capter un proton. Il y a de fortes chances pour que la molécule soit principalement neutre à pH physio

[vpharmaco]

Ce lien donne un pKa de 2.8 pour la molécule http://www.drugfuture.com/chemdata/nevirapine.html

(NB/ d'ailleurs, pas sûr que l'amine aromatique soit le premier site de protonation. Il peut s'agir de l'azote de le la 4-méthylpyridine)

[invite4a576068]

Merci beaucoup pour votre réponse
Donc pour qu'un azote tertiaire porte une charge à PH physio il faudrait qu'il soit pas forcément en dehors d'un cycle mais du moins , pas prêt de deux cycles aromatiques en général ? c'est bien ça