Faut il envisager une stratégie d'éradication ? - Page 5
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Faut il envisager une stratégie d'éradication ?



  1. #121
    obi76

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?


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    Citation Envoyé par pm42 Voir le message
    Il n'y a pas forcément besoin de connaitre un domaine pour obtenir des résultats en IA. Un des pionniers de la traduction automatique, Frederick Jelinek, avait dit en blaguant à moitié que chaque fois qu'il virait un linguiste, la performance augmentait.
    On peut faire la même remarque sur la programmation des jeux d'échecs et de go.
    Il est bien sur utile d'avoir des connaissances dans le domaine mais collaborer avec des universitaires spécialisés, avoir du conseil, peut largement suffire.
    Ils ne collaboraient pas, et c'était une IA croisée avec des modèles épidémio. Donc désolé mais c'est quand même plus à des équipes d'épidémio de s'en occuper (surtout qu'ils s'en occupaient déjà avant l'arrivée du CoViD).

    Citation Envoyé par pm42 Voir le message
    En France, tout le monde est content d'avoir de l'argent de l'Etat, c'est le principe. Quand aux résultats, on investit sur le long terme avec ce ce genre de choses.
    Oui, sauf qu'ils sont repartis vaquer à leurs occupations, le projet est arrêté, et n'a produit aucun résultat. 2 millions en fumée.

    Désoléde le dire, mais le fléchage financier a été catastrophique.

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    Dernière modification par obi76 ; 26/01/2021 à 13h05.
    \o\ \o\ Dunning-Kruger encore vainqueur ! /o/ /o/

  2. #122
    yves95210

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par obi76 Voir le message
    Oui tout à fait, mais l'histoire reste : la première vague a quand même été assez localisée, du coup la seconde a majoritairement eu lieu ailleurs, quant à la troisième, alors là... je n'ai pas regardé (le bénévolat ça va deux minutes...)


    La troisième vague, si elle commence maintenant (en supposant que l'effet du couvre-feu à 18h ne soit pas suffisant, ce qu'on saura dans les prochain jours grâce aux données des hôpitaux), sera plutôt un prolongement de la deuxième qui n'était pas vraiment redescendue…
    Mais avec un R(t) proche de 1, donc une croissance très lente, du moins tant que le nouveau variant ne fera pas des siennes.

    Si l'effet du couvre-feu s'avère suffisant pour faire descendre R(t) légèrement en-dessous de 1, ça ne sera de toute façon que provisoire, car le nouveau variant fera progressivement augmenter R, qui repassera assez vite au-dessus de 1, courant mars en moyenne nationale, et probablement plus tôt dans les régions où ce variant est plus présent. Et R continuera d'augmenter lentement jusqu'à ce que le nouveau variant représente pratiquement 100% des contaminations, sauf nouvelles mesures (mais à part le confinement je ne vois pas trop lesquelles), car l'augmentation du taux d'immunité grâce au vaccin (+25% en 6 mois) ne sera pas assez rapide pour contrebalancer l'effet du nouveau variant (augmentation de Ro de 40 à 70% en 6 mois).

    Bref, sans confinement, au début de l'été l'incidence sera probablement à peu près au même niveau qu'aujourd'hui, bien plus élevée que mi-2020 (d'un facteur 10), même en maintenant le couvre-feu jusque-là (ce qui n'est pas une perspective agréable). Mais avec 2 à 3 fois moins d'hospitalisations qu'aujourd'hui car la plupart des personnes vulnérables auront été vaccinées. Un assouplissement des mesures avant la période des vacances conduira inéluctablement à une vraie troisième vague, d'autant plus haute qu'on partira d'une incidence plus élevée. Mais d'ici-là on devrait avoir assez de données sur l'efficacité réelle des vaccins pour savoir jusqu'où on pourra laisser monter cette vague sans que le nombre d'hospitalisations dépasse celui atteint lors du pic de la deuxième vague.

    Après c'est la compétition entre l'avancement de la campagne de vaccination (+ l'augmentation naturelle de l'immunité collective) et l'augmentation du Ro due à la prépondérance du variant anglais qui sera déterminante : entre vaccination et infection le taux d'immunité collective pourrait atteindre 75% durant l'automne (si d'ici-là 15 à 20 millions de personnes ont été vaccinées en plus des 15 ou 16 qui le seront avant l'été, avec un taux d'efficacité moyen des vaccins de 70%; un peu moins si ce taux est plutôt de 90%).
    Si c'est le cas, on aurait atteint le seuil d'immunité collective calculé à partir de Ro=4, en gros celui associé au nouveau variant mais dans une population un peu moins naïve qu'il y a un an (dans le sens littéral du mot "naïf" : un peu moins ignorante des habitudes à prendre en cas d'épidémie de maladies respiratoires). Et on pourrait reprendre une vie normale avant la fin de l'année.

    Plus tard que dans la stratégie d'éradication proposée par Archi3, mais de manière peut-être moins brutale : 2 mois de confinement strict suivis par 6 à 8 mois avec l'épée de Damoclès du reconfinement local suspendue au-dessus de nos têtes, je n'ai pas l'impression que ça serait plus facile à vivre qu'un maintien du couvre-feu pendant 4 à 5 mois suivi par un allégement des mesures analogue à celui de l'été dernier.

  3. #123
    obi76

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Si l'effet du couvre-feu s'avère suffisant pour faire descendre R(t) légèrement en-dessous de 1, ça ne sera de toute façon que provisoire, car le nouveau variant fera progressivement augmenter R, qui repassera assez vite au-dessus de 1, courant mars en moyenne nationale, et probablement plus tôt dans les régions où ce variant est plus présent. Et R continuera d'augmenter lentement jusqu'à ce que le nouveau variant représente pratiquement 100% des contaminations, sauf nouvelles mesures (mais à part le confinement je ne vois pas trop lesquelles), car l'augmentation du taux d'immunité grâce au vaccin (+25% en 6 mois) ne sera pas assez rapide pour contrebalancer l'effet du nouveau variant (augmentation de Ro de 40 à 70% en 6 mois).
    + les gens qui l'ont déjà contractés, ce qui est une part non négligeable
    \o\ \o\ Dunning-Kruger encore vainqueur ! /o/ /o/

  4. #124
    pm42

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par obi76 Voir le message
    + les gens qui l'ont déjà contractés, ce qui est une part non négligeable
    yves95210 l'avait indiqué dans un de ses posts plus haut, très détaillé et intéressant, 1.5% par mois : https://forums.futura-sciences.com/c...ml#post6732479

  5. #125
    obi76

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par pm42 Voir le message
    yves95210 l'avait indiqué dans un de ses posts plus haut, très détaillé et intéressant, 1.5% par mois : https://forums.futura-sciences.com/c...ml#post6732479
    Du coup, on est au tour de 15/20 % . Avec un R d'environ 1.25, l'immunité collective n'est vraiment pas loin. Temporaire mais pas loin. Je reste assez optimiste.
    \o\ \o\ Dunning-Kruger encore vainqueur ! /o/ /o/

  6. #126
    yves95210

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par obi76 Voir le message
    Du coup, on est au tour de 15/20 % . Avec un R d'environ 1.25, l'immunité collective n'est vraiment pas loin. Temporaire mais pas loin. Je reste assez optimiste.
    En fait c'est un peu intrigant, car le taux d'immunité serait déjà supérieur à 25% en région parisienne et nettement plus élevé chez les moins de 20 ans, alors qu'on ne constate pas vraiment une baisse du nombre d'admissions à l'hôpital, à part chez les 10-19 ans (mais il y en a tellement peu d'hospitalisés que cette baisse n'est pas forcément significative; ou c'est peut-être juste la compensation du petit pic constaté une douzaine de jours après Noël).
    A la rigueur un tassement, qui serait logique si on est proche du seuil. Dans ce cas, en région parisienne ça correspondrait à R0(sous couvre-feu)~1,35.

    Affaire à suivre. Mais sans oublier qu'il s'agirait d'un "seuil d'immunité collective sous couvre-feu"...

    D'un côté ça permet d'espérer qu'un confinement ne sera pas nécessaire, surtout qu'on ne voit pas encore l'effet de l'abaissement de l'heure du couvre-feu.
    De l'autre on peut se demander quelle serait la valeur de R sans couvre-feu (on n'en sait rien, puisqu'on est passé directement du confinement au couvre-feu); si par exemple elle était plus élevée de 20%, le seuil d'immunité remonterait à plus de 35%, sans compter l'effet du variant anglais.

    Pas de quoi être vraiment optimiste, sauf si on pense que l'effet du couvre-feu est nul (qu'en penses-tu ?) ou si on accepte joyeusement l'idée de vivre sous couvre-feu encore plusieurs mois…
    (remarque, ce n'est pas moi que ça gêne le plus : ne travaillant plus je suis libre de mes mouvements dans la journée, et je préfère largement ça à un confinement)

  7. #127
    Archi3

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Si mon hypothèse de l'asservissement autour de 1 est juste (et elle semble confirmée par les données), l'immunité de groupe n'aide pas vraiment : elle baisse le R "toutes choses égales par ailleurs", mais comme les contraintes et les comportements s'adaptent au taux de circulation, dès qu'on baisse le nombre de contaminations, les comportements se relâchent et le taux remonte ... jusqu'à ce qu'on franchisse R =1.

    Il faut comprendre qu'on est totalement incapable de savoir quelles seront les conséquences exactes de nos comportements (porter un masque, fermer ou non les écoles, les restaurants, couvre feu etc..). La seule information, c'est la courbe épidémique, et donc naturellement le système s'asservit sur cette courbe ... ce qui fait automatiquement osciller R autour de 1. D'ou l'impression de "ne pas s'en sortir", qui durera tant qu'une contrainte sera nécessaire pour limiter R .

  8. #128
    obi76

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    De l'autre on peut se demander quelle serait la valeur de R sans couvre-feu (on n'en sait rien, puisqu'on est passé directement du confinement au couvre-feu); si par exemple elle était plus élevée de 20%, le seuil d'immunité remonterait à plus de 35%, sans compter l'effet du variant anglais.
    On en a quand même une vague idée avant le 2° confinement
    Et une augmentation de R de 20% (1.2 -> 1.5 admettons, ce qui est quand même très pessimiste) ferait passer l'immunité collective de 15 à 33 %

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Pas de quoi être vraiment optimiste, sauf si on pense que l'effet du couvre-feu est nul (qu'en penses-tu ?)
    Je ne pense pas qu'il le soit (nul), quand on voit ce que ça a donné dans les départements qui étaient restés à 20H, lorsqu'on les a passé à 18H...

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    ou si on accepte joyeusement l'idée de vivre sous couvre-feu encore plusieurs mois…
    Tant que ce ne sera pas sous contrôle... :-/
    \o\ \o\ Dunning-Kruger encore vainqueur ! /o/ /o/

  9. #129
    yves95210

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
    Si mon hypothèse de l'asservissement autour de 1 est juste (et elle semble confirmée par les données), l'immunité de groupe n'aide pas vraiment : elle baisse le R "toutes choses égales par ailleurs", mais comme les contraintes et les comportements s'adaptent au taux de circulation, dès qu'on baisse le nombre de contaminations, les comportements se relâchent et le taux remonte ... jusqu'à ce qu'on franchisse R =1.
    Je suis d'accord avec le constat.

    Il faut comprendre qu'on est totalement incapable de savoir quelles seront les conséquences exactes de nos comportements (porter un masque, fermer ou non les écoles, les restaurants, couvre feu etc..). La seule information, c'est la courbe épidémique, et donc naturellement le système s'asservit sur cette courbe ... ce qui fait automatiquement osciller R autour de 1. D'ou l'impression de "ne pas s'en sortir", qui durera tant qu'une contrainte sera nécessaire pour limiter R .
    Mais l'arrivée des vaccins change la donne. Ainsi que l'augmentation naturelle du taux d'immunité. On aurait pu espérer atteindre le "vrai" seuil d'immunité collective (sans mesures de contrôle) avant l'automne, et voir déjà R(t) baisser significativement dès l'été sans mesures supplémentaires.

    Malheureusement l'arrivée du variant anglais change la donne dans l'autre sens et éloigne le bout du tunnel de quelques mois…

    Reste à voir si ça suffit à justifier une stratégie plus "brutale", sachant qu'il faudrait probablement au moins 2 mois de confinement (ou 1 mais alors beaucoup plus strict, "à la Wuhan") pour réduire suffisamment le taux d'incidence avant le retour à une vie normale, mais sous surveillance, avec la menace de reconfinements locaux au moindre écart.

    D'autant plus que, si on ne compte que sur les vaccins pour augmenter le taux d'immunité, même en ayant vacciné 70% de la population adulte, soit 55% de la population totale, avec un taux d'efficacité moyen de 70 à 80% cela ne contribuera à l'immunité collective qu'à hauteur de ~40%. Ajoutés à une contribution de l'immunité acquise suite à infection, à hauteur de 20% (puisque dans ton scénario elle augmenterait très peu), on serait encore assez loin du seuil d'immunité collective face à un variant dont le Ro(hors mesure de contrôle) est supérieur à 4, voire 4,5.
    On serait donc à la merci d'une nouvelle flambée épidémique contre laquelle seulement 50 à 60% des personnes vulnérables seraient protégées, et la phase de surveillance avec risque de confinement local pourrait s'éterniser.

  10. #130
    Archi3

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Je suis d'accord avec le constat.

    Mais l'arrivée des vaccins change la donne. Ainsi que l'augmentation naturelle du taux d'immunité. On aurait pu espérer atteindre le "vrai" seuil d'immunité collective (sans mesures de contrôle) avant l'automne, et voir déjà R(t) baisser significativement dès l'été sans mesures supplémentaires.
    pas forcément justement, parce que tant qu'on a des contraintes, on a aussi la capacité de les relâcher . C'est à dire que si la vaccination permettait de baisser R et de le faire repasser en dessous de 1, le taux de circulation baisse ..et on se dit ah ben chouette on va pouvoir rouvrir les bars, les restaurants, les théâtres, et surtout se détendre et retourner voir les copains ... jusqu'à ce que le taux remonte au-dessus de 1 et qu'on resserre la vis. Alors certes ça permet de vivre avec moins de contrainte, mais ça ne les enlève pas, et ça n'enleve surtout pas la pression psychologique et l'impression qu'on continue à vivre sous contrainte.

    C'est un peu le même problème que l'effet rebond : on pense que construire des systèmes plus efficaces et moins consommateurs va diminuer la consommation de ressources pour un confort égal, mais la plupart du temps c'est utilisé pour un confort supérieur à consommation de ressources égales, et donc contrairement à ce qu'on croit ça ne donne pas de solution au problème de l'épuisement des ressources.

  11. #131
    BrainMan

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Mais l'arrivée des vaccins change la donne. Ainsi que l'augmentation naturelle du taux d'immunité. On aurait pu espérer atteindre le "vrai" seuil d'immunité collective (sans mesures de contrôle) avant l'automne, et voir déjà R(t) baisser significativement dès l'été sans mesures supplémentaires.

    Malheureusement l'arrivée du variant anglais change la donne dans l'autre sens et éloigne le bout du tunnel de quelques mois…
    Lorsqu'on voit ce qui se passe au brésil, à Manaus, où l'immunité collective avait pourtant atteint près de 70% avec le virus historique, on se rend compte qu'il suffit d'un nouveau variant pour que tout recommence comme au début...
    Je me demande d'ailleurs comment ça se fait qu'on n'ai pas encore détecté ce variant en Europe et plus particulièrement en France, qui est une vrai passoire "migratoire".
    On se focalise sur le virus anglais, mais je pense que le vrai problème sanitaire viendra du variant brésilien, sachant qu'on ne peut pas attraper le virus anglais et historique mais qu'on peut attraper le virus brésilien et historique (ou anglais probablement par dessus le marché).

    Citation Envoyé par BFMTV
    Covid-19: les ravages d'un variant à Manaus, qui pensait avoir atteint l'immunité collective

    Le variant du Covid-19 rend la situation incontrôlable dans la ville de Manaus, au nord-ouest duBrésil.
    Sur place, les hôpitaux connaissent une grave pénurie d'oxygène et ne peuvent pas intuber l'ensemble des malades.
    La région espérait que l'immunité collective allait améliorer la situation mais l'apparition des variants rend l'hypothèse de cette immunité impossible.
    Plus de 4000 personnes sont décédées depuis le début de la pandémie à Manaus.
    https://www.bfmtv.com/international/...101250077.html

    Citation Envoyé par Atlas-Mag
    Le mutant brésilien : le pire des variants du Covid-19

    covid 19 bresilLe mutant brésilien du Covid-19 fait des ravages dans la ville de Manaus. Le taux de mortalité lié au virus est de 187 pour 100 000 habitants, soit deux fois la moyenne nationale du Brésil. Le nouveau variant du Covid-19, connu sous l’appellation de P.1, a la particularité de pouvoir neutraliser le système immunitaire humain.

    A Manaus, ville de 2.2 millions d’habitants, la première vague de Covid-19 (avril 2020) a été si intense que l’immunité collective contre le SARS-CoV-2 a été normalement atteinte. Cependant, après un certain temps, les habitants retombent malades et les établissements sanitaires sont de nouveau dépassés par le nombre de patients qui affluent.

    Face à un virus qui contourne les défenses immunitaires, les scientifiques se posent déjà la question sur l’efficacité des vaccins contre le P.1. Dans l’attente de plus de détails sur le mutant brésilien, quelques pays européens ont décidé de fermer leurs frontières aux personnes arrivant du Brésil.
    https://www.atlas-mag.net/article/le...ts-de-covid-19
    Dernière modification par BrainMan ; 26/01/2021 à 16h21.

  12. #132
    yves95210

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par BrainMan Voir le message
    On se focalise sur le virus anglais, mais je pense que le vrai problème sanitaire viendra du variant brésilien, sachant qu'on ne peut pas attraper le virus anglais et historique mais qu'on peut attraper le virus brésilien et historique (ou anglais probablement par dessus le marché).
    et du variant sud-africain. Mais ces variants ne se propageront dans notre beau pays que s'ils y sont introduits en quantité suffisante, et s'ils trouvent un terrain favorable, autrement dit si un autre variant au moins aussi transmissible n'a pas pris la place avant (et pour ça on peut compter sur le variant anglais…). Donc pour le moment, c'est normal de se focaliser sur le variant anglais.

    A priori, c'est la même mutation qui permet aux variants brésilien et sud-africain d'échapper à l'immunité acquise suite à une infection par le variant historique. Et les vaccins ont déjà commencé à être testés face au variant sud-africain, avec des résultats plutôt encourageants : la baisse d'efficacité du vaccin Moderna ne serait que de 40%. Mais Moderna parle de développer une nouvelle formule qui pourrait donner lieu à une 3e injection à des personnes déjà vaccinées (autrement dit un rappel, mais ne demandant qu'une injection). Cf. l'actu et la discussion sur le sujet.

    Donc, wait and see... Surtout que ce ne seront certainement pas les derniers variants dangereux à apparaître avant la fin de la pandémie. On peut penser que l'immunité acquise ne sera que partielle, que la maladie deviendra endémique et qu'il faudra revacciner périodiquement les personnes vulnérables, comme pour la grippe (les labos vont se frotter les mains). Mais comme pour la grippe, on vivra avec.

    Mais en attendant, il faut bien compter sur les solutions qui nous permettront de retrouver une vie normale, immunité collective ou pas. Et même si cette immunité collective n'est que temporaire, ou partielle, elle peut faire partie de la solution.

  13. #133
    magura

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Bonsoir obi76,
    ou bien les hospitalisations (en Belgique)

  14. #134
    magura

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Bonsoir yves95210, le variant de Manaus est issu d'une nouvelle "branche" du SarsCov-2 original.
    Sa mutation E484K de la protéine S rend les anticorps anti-Covid-19 inopérants.
    https://www.preprints.org/manuscript/202101.0132/v1
    https://virological.org/t/genomic-ch...y-findings/586

  15. #135
    BrainMan

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    et du variant sud-africain. Mais ces variants ne se propageront dans notre beau pays que s'ils y sont introduits en quantité suffisante, et s'ils trouvent un terrain favorable, autrement dit si un autre variant au moins aussi transmissible n'a pas pris la place avant (et pour ça on peut compter sur le variant anglais…). Donc pour le moment, c'est normal de se focaliser sur le variant anglais.
    Justement, sur ce point je ne suis pas sûr de vous suivre.
    Vous me parlez de "l'effet que ça fait" (l'un prend la place de l'autre), sans donc avoir nécessairement tord, mais c'est erroné du point de vue de la mécanique.
    Ceci étant, vous pourriez alors tomber juste, ou pas, mais à une certaine condition...
    La condition c'est qu'ayant un virus plus contagieux en pleine expansion (le virus anglais), nous faisons en sorte de réduire les interactions entre individus.
    Ceci faisant, le virus le moins contagieux serait affecté par "une dose de confinement" qui réduirait encore plus drastiquement son R(t) que celui du variant anglais.
    Il n'y a pas de mécanisme qui ferait que le variant anglais et brésilien seraient en concurrence pour l'hôte, mais un mécanisme qui ferait que le confinement réduirait la propagation du virus anglais et tuerait dans l’œuf le virus brésilien moins contagieux.
    Pour donner une autre vision de la chose, en absence de confinement les deux variant iraient croissant jusqu'à occuper l'ensemble "du biotope" se la partageant proportionnellement à leur niveau de contagiosité.

    Et vous avez donc raison de dire que le variant anglais va nous sauver du variant brésilien, puisque sa propagation est fulgurante et que nous sommes alors contraint à un confinement sévère (qui tuera lui le variant brésilien).

    Nuance donc (et qui pourrait avoir son importance dans le cadre de votre simulation)

  16. #136
    obi76

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    De toutes façons la prise en compte des variants par des modèles compartimentés est un problème ouvert. Selon où le variant arrive et son comportement, on ne sait pas estimer le R(t) résultant de 2 souches ayant chacune un R0 différent. Et honnêtement je n'ai aucune idée de ce que ça peut donner. A ce stade on ne peut que faire des hypothèses...
    \o\ \o\ Dunning-Kruger encore vainqueur ! /o/ /o/

  17. #137
    BrainMan

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par obi76 Voir le message
    De toutes façons la prise en compte des variants par des modèles compartimentés est un problème ouvert. Selon où le variant arrive et son comportement, on ne sait pas estimer le R(t) résultant de 2 souches ayant chacune un R0 différent. Et honnêtement je n'ai aucune idée de ce que ça peut donner. A ce stade on ne peut que faire des hypothèses...
    Dans ce cas, les deux variant étant indépendants (enfin peut-être pas complètement d'après certains (une immunité face au covid historique pourrait fournir une petite protection face au covid brésilien ou anglais) mais peut-être suffisamment) on peut je pense produire deux simulations distinctes le cas échéant si le nombre de cas pour chaque variant est assez faible relativement au nombre d'individus total de la population.
    Je ne sais pas ce que vous en pensez, mais ça me parait logique.

  18. #138
    yves95210

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Bonsoir,

    Citation Envoyé par magura Voir le message
    Bonsoir yves95210, le variant de Manaus est issu d'une nouvelle "branche" du SarsCov-2 original.
    Sa mutation E484K de la protéine S rend les anticorps anti-Covid-19 inopérants.
    https://www.preprints.org/manuscript/202101.0132/v1
    Mais justement le variant sud-africain (même s'il n'est pas issu de cette branche) possède la même mutation. Cf. par exemple https://www.biorxiv.org/content/10.1...021v1.abstract

  19. #139
    Archi3

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Sans vouloir prendre la place des modérateurs, il me semble qu'il y a d'autres fils consacrés aux nouveaux variants et à l'efficacité vaccinale, et qu'on s'écarte un peu du sujet.
    Pour revenir au problème de la stratégie d'éradication, il me semble clair qu'elle a été suivie par les pays qui avaient connue le premier SRAS (qui a d'ailleurs bien été éradiqué et pas "étalé") et qui n'avaient pas envie de connaitre la même situation. Du coup on peut se poser la question : admettons que d'ici l'année prochaine la covid-19 soit réglée , et que la vie ait repris son cours, mais que dans 10 ans un nouveau virus comparable émerge, quelle serait la réaction des pays occidentaux ?

    je suis prêt à parier que devant la perspective de revivre ça, les gens seraient bien plus enclins à accepter voire à exiger une lutte bien plus radicale et accepter un confinement plus strict et plus long dès le début, qui afficherait comme but l'éradication complète du virus (encore une fois ça n'a rien de si exotique, c'est la stratégie préconisée en phase 2 de l'épidémie, quand le virus a pénétré sur le territoire mais ne s'est pas encore largement répandu).

  20. #140
    obi76

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par BrainMan Voir le message
    Dans ce cas, les deux variant étant indépendants (enfin peut-être pas complètement d'après certains (une immunité face au covid historique pourrait fournir une petite protection face au covid brésilien ou anglais) mais peut-être suffisamment) on peut je pense produire deux simulations distinctes le cas échéant si le nombre de cas pour chaque variant est assez faible relativement au nombre d'individus total de la population.
    Je ne sais pas ce que vous en pensez, mais ça me parait logique.
    C'est le cas pour un variant qui échappe au vaccin (ça c'est pas trop difficile à modéliser, c'est la même chose avec un R0 différent).
    Par contre un variant, avec un R0 différent, qui interfère avec l'autre souche (même immunité), alors là c'est plus la même histoire...
    \o\ \o\ Dunning-Kruger encore vainqueur ! /o/ /o/

  21. #141
    yves95210

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
    Pour revenir au problème de la stratégie d'éradication, il me semble clair qu'elle a été suivie par les pays qui avaient connue le premier SRAS (qui a d'ailleurs bien été éradiqué et pas "étalé") et qui n'avaient pas envie de connaitre la même situation. Du coup on peut se poser la question : admettons que d'ici l'année prochaine la covid-19 soit réglée , et que la vie ait repris son cours, mais que dans 10 ans un nouveau virus comparable émerge, quelle serait la réaction des pays occidentaux ?

    je suis prêt à parier que devant la perspective de revivre ça, les gens seraient bien plus enclins à accepter voire à exiger une lutte bien plus radicale et accepter un confinement plus strict et plus long dès le début, qui afficherait comme but l'éradication complète du virus (encore une fois ça n'a rien de si exotique, c'est la stratégie préconisée en phase 2 de l'épidémie, quand le virus a pénétré sur le territoire mais ne s'est pas encore largement répandu).
    Mais si les gens avaient été préparés à ça début 2020, les autorités l'auraient été aussi… Des mesures auraient été prises un bon mois plutôt, d'une part pour empêcher le virus d'entrer sur notre territoire, d'autre part pour traquer les premier cas, pas seulement en investiguant les premiers clusters causés par des cas importés, mais en commençant à généraliser les tests PCR (qui auraient été disponibles parce qu'on aurait eu la capacité à les produire en masse dès leur mise au point), à porter le masque (qui auraient été disponibles en quantité suffisante grâce à la prévoyance des autorités) dans tous les coins où des cas auraient été détecter, etc.

    Et cela aurait effectivement pu conduire, sinon à une éradication, du moins au maintien du nombre de cas à un niveau très bas. Au pire, si ces mesures avaient été prises une ou deux semaines trop tard (et pas 6), on aurait eu droit à une petite vague, qu'un confinement assez court et éventuellement localisé aurait pu suffire à maîtriser. On n'aurait probablement pas eu besoin de mesures "bien plus radicales", au moins dans un premier temps.

    Mais quand on voit l'impact de la deuxième vague sur certains pays d'Europe qui n'avaient pratiquement pas connu la première (ou avaient réussi à l'atténuer fortement), on peut se demander si cette stratégie aurait suffi à stopper l'épidémie durablement alors que la pandémie continuait de se développer ailleurs : l'isolement strict d'un pays avec contrôle exhaustif de tout ce qui traverse les frontières ne peut pas être maintenu éternellement, sauf peut-être dans le cas d'une île avec comme seuls points d'entrée les ports et aéroports (cf. la Nouvelle-Zélande). C'est au moins à l'échelle de l'Europe qu'il aurait fallu être préparé à appliquer une telle stratégie - ce qui ne nous excuse bien sûr pas d'y avoir été aussi peu préparé en France il y a un an.

  22. #142
    pm42

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    ce qui ne nous excuse bien sûr pas d'y avoir été aussi peu préparé en France il y a un an.
    Etre préparés, c'est aussi avoir une population qui l'est. Je te rappelle qu'il n'y avait pas de consensus politique sur les élections municipales, que la veille de la fermeture des bars, tout le monde s'y est précipité et que les week-ends où le gouvernement appelait à maintenir les distances, tout était bondé.

    Théoriquement, il aurait été peut-être possible de réagir plus tôt mais politiquement et socialement, cela aurait été une catastrophe avec manifs bien remplies pour protester contre les mesures liberticides prises par un gouvernement accusé de paniquer face à la "grippette de Raoult" ou d'en profiter pour imposer une dictature et j'en passe.

  23. #143
    yves95210

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par obi76 Voir le message
    C'est le cas pour un variant qui échappe au vaccin (ça c'est pas trop difficile à modéliser, c'est la même chose avec un R0 différent).
    Par contre un variant, avec un R0 différent, qui interfère avec l'autre souche (même immunité), alors là c'est plus la même histoire...
    Il me semble que ça peut se modéliser comme proposé ici par Thierry Grenet, avec qui on en a discuté dans le fil sur les bénéfices attendus de la vaccination. C'est en tout cas ce que j'ai fait. Je pense qu'il ne m'en voudra pas de reproduire son schéma ci-dessous :
    Nom : image_2021-01-27_083602.png
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  24. #144
    yves95210

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par pm42 Voir le message
    Etre préparés, c'est aussi avoir une population qui l'est. Je te rappelle qu'il n'y avait pas de consensus politique sur les élections municipales, que la veille de la fermeture des bars, tout le monde s'y est précipité et que les week-ends où le gouvernement appelait à maintenir les distances, tout était bondé.

    Théoriquement, il aurait été peut-être possible de réagir plus tôt mais politiquement et socialement, cela aurait été une catastrophe avec manifs bien remplies pour protester contre les mesures liberticides prises par un gouvernement accusé de paniquer face à la "grippette de Raoult" ou d'en profiter pour imposer une dictature et j'en passe.
    Disons que c'est une uchronie, mais j'aurais dû le préciser : je répondais à Archi3, en me plaçant dans une hypothèse où on aurait été (mieux) préparés (psychologiquement, socialement, et "gouvernementalement") suite à une première pandémie, comme c'était le cas des pays asiatiques qui avaient connu le premier SARS.
    C'était plutôt pour dire que dans ce cas, dans un premier temps on n'aurait peut-être pas eu besoin de prendre des mesures aussi radicales que ce qu'il propose (à part dans certaines régions de Chine, dans les pays asiatiques la vie ne s'est pas arrêtée début 2020 au même point que chez nous). Mais que dans le contexte d'une pandémie qui continue de sévir 1 an après (et n'est pas près de s'arrêter), cela n'aurait probablement pas conduit à une éradication définitive du virus sur notre territoire.

  25. #145
    Archi3

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Mais quand on voit l'impact de la deuxième vague sur certains pays d'Europe qui n'avaient pratiquement pas connu la première (ou avaient réussi à l'atténuer fortement), on peut se demander si cette stratégie aurait suffi à stopper l'épidémie durablement
    l'idée de la stratégie est quand meme d'attendre que les vaccins soient développés suffisamment pour pouvoir ensuite lever les contraintes, ce n'est pas différent de la stratégie d'étalement. La différence est dans le fait qu'il faut accepter de faire des efforts pendant un peu plus longtemps au début, pour avoir ensuite une grande chance de mener une vie normale avec une économie bien plus saine, quitte encore une fois à reconfiner ponctuellement à chaque cas détecté, mais sur des courtes durées et c'est bien plus facile à gérer économiquement.

    Les pays d'Europe dont tu parles n'ont jamais appliqué cette stratégie du "zéro cas" , difficile donc de juger si elle est applicable et efficace puisqu'on n'a pas essayé.

    Je prends le pari qu'en cas de nouvelle épidémie, on sera bien plus enclin à préconiser et à appliquer cette stratégie, mais j'espère que l'avenir ne me donnera pas l'occasion de vérifier cette prédiction.

  26. #146
    Archi3

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Disons que c'est une uchronie, mais j'aurais dû le préciser : je répondais à Archi3, en me plaçant dans une hypothèse où on aurait été (mieux) préparés (psychologiquement, socialement, et "gouvernementalement") suite à une première pandémie, comme c'était le cas des pays asiatiques qui avaient connu le premier SARS.
    C'était plutôt pour dire que dans ce cas, dans un premier temps on n'aurait peut-être pas eu besoin de prendre des mesures aussi radicales que ce qu'il propose (à part dans certaines régions de Chine, dans les pays asiatiques la vie ne s'est pas arrêtée début 2020 au même point que chez nous)..
    je m'excuse d'insister, mais je n'ai pas dit qu'il aurait fallu prendre des mesures plus radicales que ce qu'on a pris. J'ai dit qu'il fallait appliquer un autre critère pour décider de les appliquer (se baser sur le taux de reproduction et non sur le taux de circulation). Actuellement on est à un taux de 1,09 (et en fait plus probablement à 1,5 pour le variant anglais) , mais "ce n'est pas encore trop grave donc on attend encore un peu". Dans ma stratégie on n'aurait jamais attendu. Ca ne veut pas dire que les mesures à prendre sont plus graves, ce sont les mêmes que celles qu'on sera de toutes façons amenés probablement à appliquer pour faire décroitre le nombre de cas. C'est juste le critère de déclenchement qui est différent.

  27. #147
    pm42

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Disons que c'est une uchronie, mais j'aurais dû le préciser : je répondais à Archi3, en me plaçant dans une hypothèse où on aurait été (mieux) préparés (psychologiquement, socialement, et "gouvernementalement") suite à une première pandémie, comme c'était le cas des pays asiatiques qui avaient connu le premier SARS.
    OK. A titre indicatif : si tu demandes "en général peut on faire confiance aux gens", tu as 56% de oui en Nouvelle Zélande, dans les 30% au Japon et en Corée et 18% en France qui est dans le bas du tableau.
    Idem pour la confiance dans les institutions qui est basse en France comparée aux autres pays de l'OCDE.

    Cela complique sérieusement la mise en place de certaines politiques (on n'est pas les seuls de ce point de vue ceci dit).

    Il y a eu des études intéressantes sur le lien entre "distance à l'autorité" et "taux d'accidents d'avion", notamment par Boeing et popularisées par Malcolm Gladwell : https://en.wikipedia.org/wiki/Impact...viation_safety.

    Il serait intéressant de voir si on pourrait faire la même chose sur ce genre de pandémie même si extraire cette variable du bruit de toutes les autres ne va pas être facile.

  28. #148
    yves95210

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
    je m'excuse d'insister, mais je n'ai pas dit qu'il aurait fallu prendre des mesures plus radicales que ce qu'on a pris. J'ai dit qu'il fallait appliquer un autre critère pour décider de les appliquer (se baser sur le taux de reproduction et non sur le taux de circulation). Actuellement on est à un taux de 1,09 (et en fait plus probablement à 1,5 pour le variant anglais) , mais "ce n'est pas encore trop grave donc on attend encore un peu". Dans ma stratégie on n'aurait jamais attendu. Ca ne veut pas dire que les mesures à prendre sont plus graves, ce sont les mêmes que celles qu'on sera de toutes façons amenés probablement à appliquer pour faire décroitre le nombre de cas. C'est juste le critère de déclenchement qui est différent.
    Dans ce cas on est d'accord. Et par définition, ce critère est applicable dès la détection des premiers cas non importés (à condition d'avoir les moyens de les détecter, et donc que les autorités aient anticipé une telle situation - pas juste à partir de l'émergence de l'épidémie dans un pays lointain, mais depuis des années).
    Dès le début des discussions sur le Covid, je me suis étonné ici que des mesures de confinement local strict n'aient pas été prises dès la détection(*) du premier cas du cluster de Crépy-en-Valois & Creil (qui plus est dans une région fortement interconnectée avec l'agglomération parisienne, où travaillent une grande partie de ses habitants). C'était fin février, près de 3 semaines avant que le confinement soit décidé au niveau national…

    (*) Détection déjà trop tardive; si des directives avaient été données pour tester systématiquement au moins tous les patients amenés à l'hôpital avec des symptômes suspects (pas seulement ceux venant de Chine ou ayant été directement en contact avec eux), ces premiers cas auraient été détectés au moins une semaine plus tôt (le premier cas n'a été détecté qu'après le transport du patient à la Pitié-Salpêtrière, où il est décédé le lendamine, alors qu'il était hospitalisé depuis une semaine).

  29. #149
    yves95210

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
    je m'excuse d'insister, mais je n'ai pas dit qu'il aurait fallu prendre des mesures plus radicales que ce qu'on a pris. J'ai dit qu'il fallait appliquer un autre critère pour décider de les appliquer (se baser sur le taux de reproduction et non sur le taux de circulation).
    Une remarque quand-même : c'est ce qu'ont essayé de faire les autorités allemandes (autorités de santé et gouvernement fédéral, même si celui-ci a eu du mal à faire appliquer cette politique par tous les Länder) après la première vague. Le taux de reproduction était le principal indicateur suivi, et Merkel tapait du point sur la table dès qu'il remontait.
    Et ça a marché pendant quelques mois. Mais quelques mois seulement : ça a commencé à déraper pendant l'été, même si un peu moins vite qu'en France dans un premier temps.

  30. #150
    obi76

    Re : Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Il me semble que ça peut se modéliser comme proposé ici par Thierry Grenet, avec qui on en a discuté dans le fil sur les bénéfices attendus de la vaccination. C'est en tout cas ce que j'ai fait. Je pense qu'il ne m'en voudra pas de reproduire son schéma ci-dessous :
    Pièce jointe 430985
    Je vois l'idée (même s'il manque une flèche entre Snv et D).

    Cela dit, le problème c'est qu'un modèle comme ça, pour calibrer les paramètres qui sont spécifiques au nouveau variant et à l'ancien est extrêmement compliqué. Pour ça il faudrait avoir les corrélations entre l'encombrement des réas (de chaque variant) avec le nombre de malade déclarés (par le nouveau variant ou non). Bref, en l'état on n'a clairement pas les données suffisantes pour ça.

    De plus, comme je disais, ces modèles sont bons si l'épidémie n'est pas trop déployée.

    EDIT : pour info le double pic des décès qui implique la nécessité du lien direct entre Sn/SnV et D était dû initialement à une stratégie de mesure qui consistait à dire que tous ceux qui étaient décédés hors réa étaient en fait considérés comme décédés le premier jour de la réa (d'où le double pic, et donc du lien direct entre Sn et D sans passer par les intermédiaires). C'était le seul moyen d'avoir au moins un nombre cumulé correct, mais ça impliquait un double Weibull au lieu d'un Weibull simple (biais de mesure).
    Dernière modification par obi76 ; 27/01/2021 à 09h18.
    \o\ \o\ Dunning-Kruger encore vainqueur ! /o/ /o/

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