Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

[BrainMan]

l
Comme il y a des fortes rétroactions sociales dépendant de la flambée ou non de l'épidémie, tout ça finalement devient chaotique et imprédictible après un ou deux mois ...

Et il y a tout un tas de facteurs qui pourtant prévisibles dans la survenue sont très imprévisibles dans les effets.
Les vacances, la fête à machin, les élections, les matchs de foot, les spectacle, etc.
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[obi76]

le problème des modélisations, c'est la dépendance exponentielle de l'épidémie, le nombre de malades croissant en R^(t/T) = exp (ln(R) t/T )
on voit qu'une erreur sur R conduit à un écart croissant exponentiellement avec le temps en exp [∆(ln R)t/T] donc avec un temps de divergence exponentielle de l'ordre de T/∆(ln R) ~ T/∆R car R ~ 1.

En pratique T le temps de contamination est de l'ordre de 6 jours. Une erreur sur R de 0,1 fait diverger les solutions à ~ 60 jours, et de 0,2 à ~ 30 jours.

Comme il y a des fortes rétroactions sociales dépendant de la flambée ou non de l'épidémie, tout ça finalement devient chaotique et imprédictible après un ou deux mois ...

L’exponentielle est une approximation en terrain vierge. Les modélisateurs sérieux n'utilisent ça qu'en tout début d'épidémie pour savoir quand ça va flamber. Pas là. En plus c'est quand même recalibré (sinon comment on aurait pu estimer le nouveau R(t) lorsque les masques ont été mis en oeuvre ?)

Pour être plus précis : le R(t) décroît à mesure que le nombre d'infectés augmente. Donc c'est une exponentielle uniquement lorsque R(t) ~ R0, c'est à dire en tout début d'épidémie.

[Archi3]

c'est une exponentielle uniquement si R est constant on est d'accord.

Mais personne ne dit que R est constant, et que c'est vraiment une exponentielle (il suffit de regarder les courbes pour le constater). Mais localement, ça l'est , et ça donne une idée de l'ordre de grandeur du temps au-delà duquel les projections divergent l'une de l'autre : la question n'est pas de savoir si R est constant, c'est d'obtenir la sensibilité à une erreur sur R. Les valeurs que je trouve me semblent d'ailleurs tout à fait raisonnables au vu des projections antérieures ...

[obi76]

Mais localement, ça l'est , et ça donne une idée de l'ordre de grandeur du temps au-delà duquel les projections divergent l'une de l'autre : la question n'est pas de savoir si R est constant, c'est d'obtenir la sensibilité à une erreur sur R

Ca ne l'est plus lorsque l'évolution du nombre de contaminé est grand devant celui de la durée de contamination. Donc justement lors de la brusque augmentation du pic.

C'est d'ailleurs un problème pour les modèles compartimentés : il est difficile de reprendre une épidémie en cours de route puisque l'état des compartiments doit être bien connu pour initialiser le modèle sans avoir un biais dû à ça.

[yves95210]

C'est d'ailleurs un problème pour les modèles compartimentés : il est difficile de reprendre une épidémie en cours de route puisque l'état des compartiments doit être bien connu pour initialiser le modèle sans avoir un biais dû à ça.

Dans une période où le nombre de nouveaux cas, ou plutôt les nombres d'admissions à l'hôpital ou en réa (qui sont les seules bases de calcul fiables) sont à peu près stables comme c'était le cas en France en décembre et jusqu'à début janvier, ce n'est pas trop problématique.

Les fichiers de données des hôpitaux donnent directement le R (et le D) du modèle SEIR(D), suffit de faire le cumul depuis le début de l'épidémie.

Le E et le I peuvent être estimés à partir du nombre quotidien d'admissions à l'hôpital (à peu près constant sur une semaine dans l'hypothèse ci-dessus) en tenant compte des durées moyenne passées dans ces compartiments. De préférence en utilisant les données par classe d'âge pour estimer le nombre de patients infectés à partir du nombre d'hospitalisations, à l'aide de différentes sources fournissant des estimations du risque d'hospitalisation par classe d'âge.
Evidemment la marge d'erreur de cette estimation est assez importante, mais de toute façon on n'a pas mieux; et cette marge ne va pas "exploser" : si l'incertitude est de 20% à l'initialisation du modèle son impact sur le résultat N jours plus tard reste de 20% (contrairement à l'impact de l'incertitude sur le taux de reproduction).

[syborgg]

Je trouvais anormal que le conseil de défense national n'ait pas déjà publié ses délibérés, dans le contexte de ses réunions liées à l'épidémie.

Eh ben, maintenant que le dernier vient de l'être, et que tous les ministres ou autorités concernées ont donné le meilleur, je regrette d'en avoir pris connaissance. Il en ressort une grande fragilité qui fait peur.

Tu peux developper stp ?

[yves95210]

Pour en revenir à la question initiale d'Archi3, ma simu^(*) montre qu'une stratégie de contrôle de l'épidémie sans reconfinement ne marche plus si le variant "anglais" se répand, comme c'est probable compte-tenu de sa transmissibilité plus élevée de 40 à 70%.

(*) Je ne posterai plus les graphiques ici sauf demande explicite, vu les commentaires que ça a suscité. Je rappelle simplement que l'objectif d'une telle simulation n'est pas de prédire ce qui va se passer, mais d'étudier les conséquences possibles d'un scénario en faisant varier les hypothèses.

A titre d'exemple, j'ai pris une hypothèse moyenne d'une transmissibilité du nouveau variant 50% supérieure à celle du variant historique, une efficacité des vaccins à 70% contre la maladie, mais aussi contre la transmission (puisque je me contente de faire passer les vaccinés du compartiment S au compartiment R du modèle) bien que cette dernière hypothèse soit certainement trop optimiste.
Et au moins pour le premier semestre je me base sur la dernière version du calendrier de livraison des vaccins (celle qui figure dans l'avis du CS), amendée pour tenir compte d'une production d'AstraZeneca inférieure à celle qui était attendue (ce qu'AZ a annoncé il y a quelques jours jours sans indiquer de quantité précise, mais j'ai vu sur le site de la BBC qu'il est question de 31M doses pour l'UE au T1, soit 60% de moins que prévu), alors qu'elle devait représenter la majorité des doses disponibles à partir de février/mars.

En jouant sur la valeur de Ro[mesures], je n'arrive à un résultat acceptable qu'avec un confinement d'au moins un mois (février) aussi strict que celui du printemps 2020 (Ro[mesures]=0,7 pour le variant historique), suivi par un retour aux mesures actuelles (couvre-feu) jusqu'à la fin de l'année (avec éventuellement un assouplissement pendant les vacances d'été)…
Mais c'était évident : avec une transmissibilité 50% plus élevée, le variant anglais devient progressivement prédominant et augmente le taux de transmission moyen (pondéré en fonction des nombres d'infectés par l'un et l'autre variants) plus rapidement que la vaccination augmente le taux d'immunité.

La prise en compte de l'impact du nouveau variant influe donc fortement sur la réponse à ta question : par rapport au scénario ci-dessus, il est bien sûr préférable de viser une éradication de l'épidémie, même si celle-ci n'est que provisoire (l'éradication ne sera probablement pas définitive dans un contexte de pandémie mondiale, à moins de garder les frontières fermées éternellement).

Un confinement strict appliqué avant que le nouveau variant cause plus que quelques % des contaminations suffirait à faire descendre le nombre d'infectés contagieux (compartiment I du modèle) à environ 60000 en un mois ou environ 12000 en deux mois : il faut bien mettre fin au confinement au bout d'une durée limitée, en fixant un seuil réaliste qui permettra à d'autres mesures de contrôle de prendre le relai de manière suffisamment efficace pour ne pas faire remonter R(t) au-dessus de 1.

Mais à moins de maintenir une surveillance stricte sur tout le territoire avec des tests hebdomadaires sur des échantillons de population assez grands dans chaque (petite) entité géographique pour avoir une bonne probabilité de détecter une augmentation de l'incidence locale même si celle-ci n'est que de l'ordre de 1/10000, je ne vois pas comment la solution que tu proposes pourrait marcher. Pour avoir un maillage assez fin, l'ordre de grandeur serait de 1000 entités géographiques avec au moins 10000 personnes testées dans chacune, soit 1 million de tests par semaine (mais le but n'étant pas forcément de détecter les individus infectés, les tests pourraient être effectués sur des pools de N prélèvements). Et il faudrait qu'une augmentation de l'incidence dans l'une de ces entité conduise systématiquement à un confinement local strict (vraie quarantaine à domicile, avec le moins d'exceptions possible) pour au moins deux semaines même si l'incidence est encore très faible.

C'est sans-doute faisable mais ça demande un effort considérable pendant plus d'un an, le temps de laisser passer les prochaines vagues de la pandémie mondiale, et d'arriver à une couverture vaccinale suffisante (en espérant une efficacité au moins partielle contre la transmission du virus). Mais si on est capable de fournir cet effort sur la durée, effectivement cela permettrait d'assouplir rapidement les mesures (peut-être étape par étape, en prenant le temps de s'assurer que chaque étape ne provoque pas un rebond de l'épidémie).

L'alternative consistant à espérer que le tester/tracer/isoler soit assez efficace me semble plus risquée, compte-tenu de la propension qu'auront pas mal de gens à se soustraire soit au test soit à l'isolement tant qu'ils n'ont pas de symptômes assez graves.

[pm42]

L'alternative consistant à espérer que le tester/tracer/isoler soit assez efficace me semble plus risquée, compte-tenu de la propension qu'auront pas mal de gens à se soustraire soit au test soit à l'isolement tant qu'ils n'ont pas de symptômes assez graves.

J'ai l'impression en effet que quand elle a eu du succès, c'est parce qu'elle a été mise en place dans des régimes plus autoritaires que ceux d'Europe, fussent-ils des démocraties.

Il y a eu un article sur FS il y a peu : https://www.futura-sciences.com/sant...-echoue-84857/
Je ne sais pas ce qu'il vaut mais effectivement, on ne peut pas comparer la Corée du Sud avec la France : on aurait du mal à faire accepter le traçage des malades par leur téléphone portable.

[obi76]

Je ne sais pas ce qu'il vaut mais effectivement, on ne peut pas comparer la Corée du Sud avec la France : on aurait du mal à faire accepter le traçage des malades par leur téléphone portable.

pourtant Facebook et Gogole s'en donnent à cœur joie, et ça ne dérange personne.

[Archi3]

Ca ne l'est plus lorsque l'évolution du nombre de contaminé est grand devant celui de la durée de contamination. Donc justement lors de la brusque augmentation du pic.

ben si réfléchis encore, je te parle de l'influence d'une erreur ∆R, pas de l'influence de R. Une erreur ∆R (petite par rapport à R) produit toujours le même facteur multiplicatif quel que soit le comportement de R et la période sur laquelle tu la mesures, et elle croit exponentiellement avec cette durée.
Evidemment si ton ∆R fluctue en plus et en moins, ça se compensera, mais si c'est une erreur systématique, ça se cumulera. Et rien ne dit évidemment que les modèles sont justes en moyenne.
Pour des modèles compartimentés sauf erreur il faut raisonner sur l'erreur sur les valeurs propres de la matrice, mais c'est le même principe et c'est aussi exponentiel. Bref tous les modèles ont une visibilité limitée, ou alors montre moi une simulation qui a eu les bons chiffres au bout de 3 mois ...

[Archi3]

J'ai l'impression en effet que quand elle a eu du succès, c'est parce qu'elle a été mise en place dans des régimes plus autoritaires que ceux d'Europe, fussent-ils des démocraties.

Il y a eu un article sur FS il y a peu : https://www.futura-sciences.com/sant...-echoue-84857/
Je ne sais pas ce qu'il vaut mais effectivement, on ne peut pas comparer la Corée du Sud avec la France : on aurait du mal à faire accepter le traçage des malades par leur téléphone portable.

c'est un faux problème à mon avis . Le vrai critère est de maintenir R < 1, ce n'est pas forcément de prendre des mesures extrêmes pour rendre R le plus petit possible. La France est très bien arrivée à rendre R plus petit que 1 à certains moments, sans faire de flicage extrême : le problème est juste à quel moment on décide de relâcher la pression et si on accepte ou pas que R remonte au-dessus de 1.
Et encore une fois, c'est possible, la preuve, c'est que c'est ce qui a été obtenu pour la grippe saisonnière (même si ce n'était pas le but des mesures bien sur , mais contrôler la covid a eu comme résultat de décapiter la grippe ou d'autres épidémies saisonnnières comme la bronchiolite).

[Archi3]

Mais à moins de maintenir une surveillance stricte sur tout le territoire avec des tests hebdomadaires sur des échantillons de population assez grands dans chaque (petite) entité géographique pour avoir une bonne probabilité de détecter une augmentation de l'incidence locale même si celle-ci n'est que de l'ordre de 1/10000, je ne vois pas comment la solution que tu proposes pourrait marcher.

je ne vois pas trop le problème, il ne s'agit pas de tester toute la population, mais seulement les cas suspects, comme maintenant, et on aurait bien moins de tests à faire. si la politique de test reste la même, on peut mesurer la variation relative, c'est même pas la peine d'avoir une grande efficacité de détection.

Après , l'idée serait de reconfiner strictement dès qu'on voit réapparaitre des cas, mais localement, pas tout le pays. C'est pas de chance pour ceux qui sont dans le coin, mais en même temps ça motivera les gens pour faire gaffe !

Note que le confinement localisé, mais strict, a bien marché pour contenir le cluster de La Balme en Haute Savoie, mais pas dans la région parisienne, car on n'a pas eu le courage de l'appliquer.

[yves95210]

je ne vois pas trop le problème, il ne s'agit pas de tester toute la population, mais seulement les cas suspects, comme maintenant, et on aurait bien moins de tests à faire. si la politique de test reste la même, on peut mesurer la variation relative, c'est même pas la peine d'avoir une grande efficacité de détection.

Tu n'as pas dû lire la dernière phrase de mon message

L'alternative consistant à espérer que le tester/tracer/isoler soit assez efficace me semble plus risquée, compte-tenu de la propension qu'auront pas mal de gens à se soustraire soit au test soit à l'isolement tant qu'ils n'ont pas de symptômes assez graves.

On sait bien qu'aujourd'hui seule une partie des personnes infectées sont testées, y compris de celles qui ont des symptômes plus ou moins bénins. Je ne vois pas pourquoi ça changerait, surtout quand l'épidémie sera au plus bas et le ressenti du danger aussi.
Et on ne va pas mettre en permanence un médecin en face de chaque personne pour lui dire le moment venu qu'elle a des symptômes suspects, doit s'isoler et se faire tester dans les 24h (et pas une semaine après parce qu'elle a des obligations professionnelles importantes, comme je l'ai vu pratiquer dans mon entourage). Ni inciter à la délation comme dans certains pays…
Si on n'a pas de chance, dans une petite ville où il n'y a que quelques cas dont un seul symptomatique (donc suspect), si celui-ci ne va pas se faire tester on aura vite affaire à un cluster qu'on ne détectera peut-être que deux semaines plus tard, alors que le nombre de cas aura été multiplié par 10 et que le cluster aura essaimé dans la région. C'est un peu ce qui s'est passé en juin / juillet, quand on découvrait des clusters mais qu'on n'était pas capable de détecter la circulation du virus à bas bruit. Si le tester/tracer/isoler avait fonctionné à l'époque (en insistant sur le "isoler" et en le mettant en premier ça aurait été mieux) on n'en serait peut-être pas là aujourd'hui; mais on sortait du confinement et personne n'avait envie de se retrouver deux semaines en quarantaine.
Perso je ne crois plus aux mesures qui nécessitent la bonne volonté de toute la population.

Alors qu'en testant chaque semaine un échantillon suffisamment grand de la population de chaque entité géographique on est quasiment sûr de détecter une augmentation de l'incidence à temps pour confiner localement. Et le nombre de tests par semaine à l'échelle nationale ne dépasserait pas ce qu'on fait actuellement, avec en plus la possibilité de regrouper N prélèvements pour les tester puisque le but ne serait pas d'identifier une personne infectée.

[Archi3]

Tu n'as pas dû lire la dernière phrase de mon message


On sait bien qu'aujourd'hui seule une partie des personnes infectées sont testées, y compris de celles qui ont des symptômes plus ou moins bénins. Je ne vois pas pourquoi ça changerait, surtout quand l'épidémie sera au plus bas et le ressenti du danger aussi.

si mais tu n'as pas du comprendre ma réponse quand on mesure un taux de croissance (donc un taux relatif de variation de + x % / jour ) , ce n'est pas grave de ne pas avoir une grande efficacité de détection. Ce qu'il faut c'est que cette efficacité ne varie pas. Tant que tu testes la même fraction de malades, ta variation relative est correcte. C'est un des avantages de raisonner sur le taux de variation et pas sur le taux de circulation.

Des qu'il y a un cas, on confine, tant pis. Localement mais fermement, pas juste l'entourage mais la commune voire un peu plus. C'est ce qu'on a fait au début de l'épidémie en phase 2, et ça a marché à certains endroits.

[yves95210]

si mais tu n'as pas du comprendre ma réponse quand on mesure un taux de croissance (donc un taux relatif de variation de + x % / jour ) , ce n'est pas grave de ne pas avoir une grande efficacité de détection. Ce qu'il faut c'est que cette efficacité ne varie pas. Tant que tu testes la même fraction de malades, ta variation relative est correcte. C'est un des avantages de raisonner sur le taux de variation et pas sur le taux de circulation.

Si, si, j'avais compris.
Reste à compter sur la population pour que la représentativité des tests reste constante dans le temps (comme par exemple quand tout le monde est allé se faire tester avant de fêter Noël en famille et que ça a fait plonger le taux de positivité ? Mais bon, avec un bon algorithme pour tirer parti des deux indicateurs, taux de dépistage et taux de positivité, il y a peut-être moyen d'en tirer un résultat utilisable.)

Des qu'il y a un cas, on confine, tant pis. Localement mais fermement, pas juste l'entourage mais la commune voire un peu plus. C'est ce qu'on a fait au début de l'épidémie en phase 2, et ça a marché à certains endroits.

Oui, ça aussi j'avais compris...

[BrainMan]

c'est un faux problème à mon avis . Le vrai critère est de maintenir R < 1, ce n'est pas forcément de prendre des mesures extrêmes pour rendre R le plus petit possible.

Ca se discute.
Avec R=0.9999 on a bien R<1 mais le nombre d'infectés reste stable et ce pendant des mois voire des années...

Ce qui importe, à mon avis, et ça ne concerne pas que la France (malheureusement c'est comme le climat ou l'écologie, c'est devenu un problème mondial) c'est que le nombre de cas ne permette pas de produire de variants aux propriétés encore pires que ce que nous connaissons.
Donc ici ce qui importe c'est de réduire le nombre de cas, avec un R suffisamment petit pour que la somme des infectés multiplié par la fréquence d'apparition d'un mutant soit suffisamment faible pour éviter un rebond par mutation.
(Comme actuellement ! Et c'est là le drame qu'on semble ne pas avoir encore bien intégré intellectuellement, mais il faut aussi dire que contrairement aux films il n'y a pas la petite musique qui nous indique le danger ).

A noter que pour que le problème des mutants ne soit pas le problème des français (et donc qu'on n'ait qu'à s'occuper de notre petit R personnel) il faudrait qu'il y ait un vrai contrôle aux frontières.
Ce qui semble assez peu réaliste vu les passoires organisées qu'elles constituent (économie oblige).

[Archi3]

Ca se discute.
Avec R=0.9999 on a bien R<1 mais le nombre d'infectés reste stable et ce pendant des mois voire des années...

c'est bien pour ça que depuis le début j'ai dit que la stratégie ne devait pas etre de maintenir R en dessous de 1, mais de maintenir R en dessous d'un seuil Rs lui même en dessous de 1.

[yves95210]

c'est bien pour ça que depuis le début j'ai dit que la stratégie ne devait pas etre de maintenir R en dessous de 1, mais de maintenir R en dessous d'un seuil Rs lui même en dessous de 1.

Ce qui ne va pas être de la tarte dans deux mois vu la contagiosité du variant anglais qui semble se confirmer, si on ne fait rien de plus qu'actuellement pour stopper la propagation du virus (tous variants confondus puisque l'effet des mesures est évidemment le même - sauf si on savait détecter des "clusters" du variant anglais et les isoler à temps).

Avec une transmissibilité du variant anglais 50% supérieure à celle du variant historique, le variant anglais devient prédominant vers la mi-avril, puis représente plus de 90% des cas avant la mi-juin. Autrement dit, si on ne fait rien avant, l'effort à faire pour ramener R(t) en-dessous de 1 mi-avril doit être calculé à partir d'un Ro~3,7, et mi-juin Ro~4,3. Pas la même chose qu'avec le Ro~2,9 qu'on connaît depuis le début de l'épidémie.

Si le choix était fait d'une stratégie d'éradication (au moins provisoire, pour stopper la propagation du virus jusqu'à ce que la couverture vaccinale soit suffisante), c'est dès maintenant qu'il faudrait confiner; et aussi strictement qu'en mars 2020.

Une autre stratégie ne peut reposer que sur des paris :
- celui d'une efficacité des vaccins à ARNm aussi bonne chez les personnes âgées que chez les moins de 65 ans,
- celui d'un nombre de doses Pfizer+Moderna suffisant pour vacciner 70 à 80% des 15 millions de personnes les plus vulnérables avant fin juin (puisqu'on sait déjà que le vaccin AstraZeneca est moins efficace),
- celui de l'efficacité des vaccins contre la transmission du virus, et donc de leur contribution réelle à l'immunité collective : si on ne compte sur eux que pour éviter les cas graves, mais que la population vulnérable n'est protégée qu'à 50 ou 60% (efficacité x couverture vaccinale), cela n'empêchera pas une nouvelle vague d'être meurtrière.

Remarque, le dernier de ces paris est aussi nécessaire pour justifier la stratégie d'éradication : à défaut, tant que le virus continuera de circuler dans le monde on restera sous la menace d'une nouvelle flambée épidémique, alors que si les vaccins ne limitent pas fortement la transmission du virus la population sera d'autant plus faiblement immunisée qu'on aura stoppé la propagation du virus dans le pays.
Mais on peut quand-même supposer que même si les personnes vaccinées sont infectées (la plupart asymptomatiques) et peuvent transmettre le virus, leur infectiosité sera similaire à celle des asymptomatiques actuels (aussi importante les 2 ou 3 premiers jours que celle des pré-symptomatiques, mais baissant beaucoup plus rapidement ensuite), et donc que la vaccination contribuera à la baisse de R(t).

[CM63]

Bonjour,

avant de discuter des avantages d'une telle méthode, discutons de la faisabilité.

Non, il faut discuter de l'opportunité avant de discuter de la faisabilité. Si une chose n'est pas opportune, cela ne sert à rien de se demander si elle est faisable.

[obi76]

Dans une période où le nombre de nouveaux cas, ou plutôt les nombres d'admissions à l'hôpital ou en réa (qui sont les seules bases de calcul fiables) sont à peu près stables comme c'était le cas en France en décembre et jusqu'à début janvier, ce n'est pas trop problématique.

Oui tout à fait.

Après si on commence à zoomer, ne serai-ce que par région... :-/

[obi76]

Evidemment si ton ∆R fluctue en plus et en moins, ça se compensera, mais si c'est une erreur systématique, ça se cumulera. Et rien ne dit évidemment que les modèles sont justes en moyenne.
Pour des modèles compartimentés sauf erreur il faut raisonner sur l'erreur sur les valeurs propres de la matrice, mais c'est le même principe et c'est aussi exponentiel. Bref tous les modèles ont une visibilité limitée, ou alors montre moi une simulation qui a eu les bons chiffres au bout de 3 mois ...

Ben oui, et c'est bien pour ça qu'ils sont recalibrés et/ou qu'ils repartent à partir d'une période donnée...

Non, il faut discuter de l'opportunité avant de discuter de la faisabilité. Si une chose n'est pas opportune, cela ne sert à rien de se demander si elle est faisable.

Aussi oui

[Archi3]

Si le choix était fait d'une stratégie d'éradication (au moins provisoire, pour stopper la propagation du virus jusqu'à ce que la couverture vaccinale soit suffisante), c'est dès maintenant qu'il faudrait confiner; et aussi strictement qu'en mars 2020.

ce n'est pas très différent de la stratégie d'étalement qui demande AUSSI à ramener R en dessous de 1. Il n'y a pas de différence fondamentale dans le but à obtenir avec les mesures de confinement, dans tous les cas, c'est de faire baisser le nombre de cas. La différence essentielle entre les deux est de savoir à quel moment on relâche la contrainte : quand la circulation est retombée en dessous d'un certain seuil, ou quand la circulation est retombée à zéro (en fait le 2e cas est un cas particulier du 1er avec un seuil fixé à zéro ).

La stratégie d'éradication est bien sur plus dure et plus longue dans un premier temps, mais le but est bien de permettre de retrouver une vie normale sur une grande partie du territoire après, alors que la stratégie d'étalement maintient une pression permanente pour maintenir R à une valeur acceptable (alors qu'on s'en fiche de R si le virus n'est plus présent ! ), et conduit à des vagues de confinement et déconfinement manifestement très éprouvantes.

Evidemment toutes ces stratégies supposent que les vaccins finiront par etre efficaces, on ne parle que de la stratégie en attendant.

[Archi3]

Ben oui, et c'est bien pour ça qu'ils sont recalibrés et/ou qu'ils repartent à partir d'une période donnée...

forcément, c'est justement ce que mon calcul montrait, c'est que la situation devient imprédictible après un ou deux mois, donc c'est comme la météo, ça ne sert à rien de faire tourner les modèles sur des durées plus longues .

[yves95210]

Oui tout à fait.

Après si on commence à zoomer, ne serai-ce que par région... :-/

Je suis bien d'accord, mais pour aller plus dans le détail il faut disposer d'autres outils que le modèle SEIR que j'utilise... Ou à la rigueur l'appliquer à l'échelle régionale (on a les données pour ça dans le fichier par tranches d'âge des hôpitaux) mais, pour que ce soit un tant soit peu réaliste, en paramétrant des échanges inter-régionaux et l'impact des mesures sur ces échanges.
Mais ça devient trop compliqué pour moi (pas le modèle, qui resterait assez simple, mais son application dans un bête tableur. Et surtout, je ne saurais pas comment attribuer des valeurs à ces nouveaux paramètres). Pour ça il y a de vrais modélisateurs en épidémiologie, qui disposent des outils appropriés et des données nécessaires pour paramétrer leurs modèles. Je ne prétends pas faire le boulot à leur place…

Mais j'ai quand-même l'impression que plus le temps passe, plus ça homogénéise la situation à l'échelle nationale (à part peut-être en Bretagne ), les régions les moins touchées jusqu'à présent ne bénéficiant pas du début d'immunité collective qui contribue à ralentir la propagation de l'épidémie dans les plus touchées. Sur le long terme il n'y aurait qu'un "effet retard" sur l'impact de l'épidémie dans les régions actuellement moins touchées.
Sauf que, comme il n'est pas question pour le moment de prioriser certaines régions dans le calendrier de vaccination, l'effet de celui-ci sur l'évolution de l'épidémie pourra être différent d'une région à l'autre, peut-être suffisant dans certaines pour éviter la saturation des hôpitaux sans nouvelles mesures, mais pas dans d'autres.

[BrainMan]

forcément, c'est justement ce que mon calcul montrait, c'est que la situation devient imprédictible après un ou deux mois, donc c'est comme la météo, ça ne sert à rien de faire tourner les modèles sur des durées plus longues .

On est d'accord, à la petite subtilité près qu'on commence à avoir de l'expérience (c'est triste à dire certes) dans l'évolution de "la maladie" (je ne parle plus de virus à ce niveau d'étude...).
On peut donc s'attendre à ce qu'au bout de 2 ans ou 3, on soit en mesure, comme avec le virus de la grippe ou avec la venue du printemps et de l'hiver, de prédire des variations locales dans les flambées épidémiques.
Celui qui proposera la bonne courbe qui ressemble à peu près à ce qu'on retrouve généralement tous les je ne sais combien de mois (et peut-être qu'une IA pourra déterminer les flambées mieux que nous au niveau du globe) n'aura plus besoin de comprendre les mécanismes de la transmission, il fera de la prédiction pragmatique.

[yves95210]

On est d'accord, à la petite subtilité près qu'on commence à avoir de l'expérience (c'est triste à dire certes) dans l'évolution de "la maladie"

et de l'épidémie. Effectivement.

Même sans faire de simulations (de toute façon peu prédictives à moyen terme), on peut se faire une idée de la situation à mi-2021 :
- le cumul des personnes infectées depuis le début de l'épidémie aura augmenté de 5 à 10% par rapport au 1er janvier, en fonction des mesures prises, mais pas plus de 10% (parce que 1,5% / mois en moyenne c'est le maximum qu'on peut se permettre sans avoir un nombre excessif d'hospitalisations), et représentera au total entre 20 et 25% de la population.
- 16 millions de personnes auront été vaccinées avant fin juin, avec un taux d'efficacité de 70 à 90%, donc 11 à 14,5 millions (17 à 22% de la population) seront protégées contre la maladie (pourront être infectés, mais asymptomatiques).
- ce sont donc au total environ 40% [37% à 47%] de la population qui seront protégés, contribuant à diminuer R(t) de 35% (soit un facteur multiplicatif 0,65) à mesures équivalentes à celles qui étaient en vigueur mi-2020 alors que seulement 5% de la population étaient immunisés.
- le variant "anglais" sera devenu prédominant et aura quasiment éliminé le variant historique, conduisant à une augmentation de Ro d'un facteur 1,4 à 1,7.

Donc, en gros, si les mesures en vigueur entre juin et septembre sont les mêmes qu'en 2020 (gestes barrières, port du masque dans les lieux clos, restaurants et salles de spectacle ouverts avec jauges limitées, interdiction des grands rassemblements), durant l'été 2021 R(t) sera à peu près au même niveau que durant l'été 2021 (à un facteur 0,9 à 1,1 près), où il avait oscillé entre 1,1 et 1,4 au gré des brassages de population, n'occasionnant qu'une augmentation "raisonnable" de l'incidence, à partir de son plus bas niveau début juillet.

Grâce à la vaccination d'au moins 70% des personnes vulnérables (avec une efficacité de 70 à 90%), la même incidence conduira à deux à trois fois moins d'hospitalisations et d'entrées en réa, et encore moins de décès. Cela permettrait éventuellement de se contenter d'une incidence mi-2021 deux à trois fois supérieure à celle de mi-2020, soit environ 5000 infections par jour (donnant lieu à moitié moins de "cas confirmés" si le taux de dépistage reste le même que ces derniers mois).
Mais on en est loin (environ 40000/jour), donc il faudra bien qu'à un moment où à un autre on prenne les mesures nécessaires pour faire tomber R à moins de 1 pendant une durée suffisante. Et le plus tôt sera le mieux, car dès que le nouveau variant sera prédominant, l'effort à faire pour arriver à ce résultat sera plus important. Mais, là aussi on commence à en avoir l'expérience, seuls les confinements ont permis de maintenir R en-dessous de 1 durablement. Peut-être qu'un confinement allégé comme celui de novembre suffirait tant que le nouveau variant est encore minoritaire, mais au printemps ça ne sera plus le cas.

[obi76]

Mais j'ai quand-même l'impression que plus le temps passe, plus ça homogénéise la situation à l'échelle nationale (à part peut-être en Bretagne ), les régions les moins touchées jusqu'à présent ne bénéficiant pas du début d'immunité collective qui contribue à ralentir la propagation de l'épidémie dans les plus touchées. Sur le long terme il n'y aurait qu'un "effet retard" sur l'impact de l'épidémie dans les régions actuellement moins touchées.
Sauf que, comme il n'est pas question pour le moment de prioriser certaines régions dans le calendrier de vaccination, l'effet de celui-ci sur l'évolution de l'épidémie pourra être différent d'une région à l'autre, peut-être suffisant dans certaines pour éviter la saturation des hôpitaux sans nouvelles mesures, mais pas dans d'autres.

Oui tout à fait, mais l'histoire reste : la première vague a quand même été assez localisée, du coup la seconde a majoritairement eu lieu ailleurs, quant à la troisième, alors là... je n'ai pas regardé (le bénévolat ça va deux minutes...)

[BrainMan]

Juste pour donner une idée de l’intérêt et du développement de l'IA en épidémiologie.

L’épidémiologie : là où l’IA prend tout son sens

Difficile de dresser une liste exhaustive des applications de l’intelligence artificielle dans le vaste champ de la médecine tant elles sont nombreuses et variées. L’IA porte en elle des promesses, mais aussi des craintes, des incertitudes et un débat éthique. Il est cependant un domaine où l’intelligence artificielle a fait ses preuves : l’épidémiologie. Ebola, Zika, dengue, grippe… A lui seul le choléra cause la mort de trente mille personnes chaque année dans le monde, principalement en Asie du Sud et en Afrique. Or, en matière infectieuse, la prédiction est fondamentale pour prendre de vitesse les virus, résorber les épidémies et éviter les pandémies.

https://france.scc.com/blog/lia-pour...autres-fleaux/

[obi76]

Oui, des grandes entreprises françaises (qui n'ont aucune expérience en épidémio) ont été financées (elles) à hauteur de quelques millions d'euros pour faire ça.

Aucun résultat. Mais elles doivent être contentes.

[pm42]

Oui, des grandes entreprises françaises (qui n'ont aucune expérience en épidémio) ont été financées (elles) à hauteur de quelques millions d'euros pour faire ça.

Il n'y a pas forcément besoin de connaitre un domaine pour obtenir des résultats en IA. Un des pionniers de la traduction automatique, Frederick Jelinek, avait dit en blaguant à moitié que chaque fois qu'il virait un linguiste, la performance augmentait.
On peut faire la même remarque sur la programmation des jeux d'échecs et de go.
Il est bien sur utile d'avoir des connaissances dans le domaine mais collaborer avec des universitaires spécialisés, avoir du conseil, peut largement suffire.

Aucun résultat. Mais elles doivent être contentes.

En France, tout le monde est content d'avoir de l'argent de l'Etat, c'est le principe. Quand aux résultats, on investit sur le long terme avec ce ce genre de choses.