Faut il envisager une stratégie d'éradication ?

[obi76]

Multi agent c'est la methode utilisee par Fergusson au debut de la pandemie n'est ce pas ?

Oui sauf que l'objectif c'est aussi qu'il soit spatialisé, pas homogène.
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[obi76]

Je suis heureux d'apprendre que ça se fait de nos jours (car c'est la méthode que je préconise )

Ca se fait... c'est tout nouveau, mais oui ça a le mérite d'exister...

Par contre ça demande, au delà des moyens informatiques, du "big data", ce qui entre en confrontation avec l'idée que certains se font de la liberté. (Perso je pense qu'on peut très bien anonymiser ce genre de simulation)

Non parce que le but ce n'est pas de reproduire l'épidémie réelle, mais une épidémie virtuelle, pour mieux comprendre les dynamiques de contamination et faire des études de scénarios. Ce n'est pas décisionnel, et à priori ce ne le sera jamais. Un joli jouet d'étude "seulement"
Du coup la seule data dont on a besoin, c'est une loi de mobilité globale, une loi démographique et une loi sur le comportement du virus (et ça les SIER sont bien calibrés, donc on a).

[obi76]

Pour bien faire il aurait fallu que je montre le même graphique, avec les mêmes hypothèses mais sans vaccination, parce que c'est la comparaison des deux qui importe.

Oui, et en l'occurence ces graphiques existent déjà, et montrent bien que :
- en vaccinant les plus âgés, ça dure plus longtemps, mais il y a moins de morts
- en vaccinant les plus jeunes, ça dure (un tout petit peu) moins longtemps, mais beaucoup plus de morts
- en vaccinant de manière homogène on est entre les deux.

On sait aussi que vacciner au prorata des régions les moins touchées empire encore la chose. Donc cibler les zones où le virus circule beaucoup est mieux (mais ça ça dépend de la vitesse de vaccination vs vitesse de dynamique spatiale, en l'occurence assez faible maintenant que l'été a bien brassé tout ça).

[BrainMan]

Non parce que le but ce n'est pas de reproduire l'épidémie réelle, mais une épidémie virtuelle, pour mieux comprendre les dynamiques de contamination et faire des études de scénarios. Ce n'est pas décisionnel, et à priori ce ne le sera jamais. Un joli jouet d'étude "seulement"
Du coup la seule data dont on a besoin, c'est une loi de mobilité globale, une loi démographique et une loi sur le comportement du virus (et ça les SIER sont bien calibrés, donc on a).

Dommage, mais je suis prêt à manger mon chapeau que ça se fera un jour à l'échelle de l'individu.
(Après, il faut dire que je ne possède pas de chapeau, je me rabattrais sur la peau du chat )

[obi76]

Dommage, mais je suis prêt à manger mon chapeau que ça se fera un jour à l'échelle de l'individu.
(Après, il faut dire que je ne possède pas de chapeau, je me rabattrais sur la peau du chat )

Pour ça il faudrait la localisation exacte de TOUT LE MONDE (une proportion ne sert à rien), et les contaminations par contact de TOUT LE MONDE (et là : pas possible)

Donc non, le chat restera sauf

[BrainMan]

Bonsoir à tous, si les chinois n'y arrive pas avec leurs méthodes fortes, nous n'y arriverons jamais, sauf si le vaccin le permet.
Encore vu hier à la TV, qu'ils ont des moyens que nous n'avons pas, comme des gros camions qui pulvérisent dans les rues des produits de décontaminations.

Peut-être aussi qu'ils se donnent les moyens plutôt que d'attendre que les moyens viennent à eux.
Par exemple, vous parlez des camions pulvérisateurs, mais il y a également les agents habillés en tenue étanche (les bonhommes en blanc).
Combien de ce type de combinaisons avons-nous à disposition en France ?
(Je ne parle même pas des agents à mettre dedans ).

[BrainMan]

Pour ça il faudrait la localisation exacte de TOUT LE MONDE (une proportion ne sert à rien), et les contaminations par contact de TOUT LE MONDE (et là : pas possible)

Donc non, le chat restera sauf

A moins qu'on laisse une partie de la simulation au hasard, qu'on lance la simulation un grand nombre de fois et qu'on en tire la moyenne.

[obi76]

A moins qu'on laisse une partie de la simulation au hasard, qu'on lance la simulation un grand nombre de fois et qu'on en tire la moyenne.

Marchera pas (surtout en début d'épidémie lorsque c'est bien hétérogène). C'est vachement chaotique quand même, et il y a des évènements rares qui expliquent l'apparition de nouveaux clusters. On ne pourra pas faire de prévision avec ça...

[BrainMan]

C'est a dire que les gens restent chez eux 24h/24 et que l'armee leur apporte des paquets de riz et de carottes une fois par jour ? c'est ca que tu preconises ?

Ça ne me parait pas déconnant.
D'autant que c'est ce qui a fonctionné.
Et si vous avez des fourmis dans les jambes vous pourrez vous constituer volontaire (C'est pas en comptant sur nos forces armées qu'on va s'alimenter).

[pm42]

Pour ça il faudrait la localisation exacte de TOUT LE MONDE (une proportion ne sert à rien), et les contaminations par contact de TOUT LE MONDE (et là : pas possible)

Et comme tu le faisais remarquer, cela présente peu d'intérêt puisqu'on se retrouve avec trop de paramètres pour que cela ait un intérêt quelconque et notamment pour faire des projections dans le futur. A la limite, on peut dire que c'est le même problème qu'avec le démon de Maxwell.

De plus, c'est absolument impossible à anonymiser comme tout ce qui donne des positions précises à des heures précises. On retrouve immédiatement qui habite où par exemple et donc les identités. Et qui travaille où voir qui a une aventure avec qui.
Et si on perd ce degré de précision, la dynamique de propagation de l'épidémie par les contacts familiaux, professionnels et autres disparait.

P.S : le problème existe déjà quand on souhaite travailler sur de l'accidentologie de voiture. Des bases de données de trajets réels existent déjà mais elles sont très difficile d'accès à cause justement de l'impossibilité de les anonymiser. Ce qui est globalement infiniment plus difficile que ce qu'on imagine naïvement. Il y avait eu un bon article dans Pour La Science il y a quelques années.
Il y a aussi l'exemple célèbre du patron du FBI qui avait juste dit qu'il avait un compte Twitter privé avec 9 followers et cela a donné ça : https://gizmodo.com/this-is-almost-c...unt-1793843641

[BrainMan]

Marchera pas (surtout en début d'épidémie lorsque c'est bien hétérogène). C'est vachement chaotique quand même, et il y a des évènements rares qui expliquent l'apparition de nouveaux clusters. On ne pourra pas faire de prévision avec ça...

Je suis plutôt d'accord avec ça, et on est d'accord que ce serait une méthode statistique, qui donc ne peut fonctionner qu'avec une pandémie bien installée.

[BrainMan]

De plus, c'est absolument impossible à anonymiser comme tout ce qui donne des positions précises à des heures précises. On retrouve immédiatement qui habite où par exemple et donc les identités. Et qui travaille où voir qui a une aventure avec qui.
Et si on perd ce degré de précision, la dynamique de propagation de l'épidémie par les contacts familiaux, professionnels et autres disparait.

C'est vrai et c'est triste à dire, mais on ne peut plus faire confiance aux autorités pour conserver des données nominatives ?

Il y a aussi l'exemple célèbre du patron du FBI qui avait juste dit qu'il avait un compte Twitter privé avec 9 followers et cela a donné ça : https://gizmodo.com/this-is-almost-c...unt-1793843641

L’arroseur arrosé.

[pm42]

C'est vrai et c'est triste à dire, mais on ne peut plus faire confiance aux autorités pour conserver des données nominatives ?

Ce n'est pas le sujet de l'anonymisation : c'est que quand on garde ce genre de données, on doit en restreindre tellement l'accès qu'elles ne présentent qu'un intérêt que limité et certainement pas pour la recherche.

[Archi3]

Bonjour,
de toutes façons on ne peut éradiquer une maladie dont il existe un réservoir animal, tout le reste n'est que verbiage.
Et on ne s'est jamais débarrassé du classique corona virus du rhume donc il va falloir vivre (le moins mal) avec.
JR

en fait on s'est débarrassé cette année d'un virus dont il existe un réservoir animal : la grippe saisonnière . Simplement parce qu'en ajustant le R du covid autour de 1, on a maintenu le R de la grippe bien en dessous.

Pas sur qu'on refasse ça tous les ans, mais en tout cas, ça montre bien que c'est possible. Il y aurait une maladie plus contagieuse que la covid qui circulerait, il n'y aurait sans doute plus de covid

[jiherve]

re
ne pas confondre décrue du nombre de cas et éradication, ce que nous avons éradiqué c'est la variole, la polyo est en passe de l’être si tout va bien.
JR

[syborgg]

Ça ne me parait pas déconnant.

Ca a le merite d'etre clair. Merci pour la precision....

[jiherve]

Re

D'autant que c'est ce qui a fonctionné.

le seul pays ayant appliqué ces méthodes drastiques est la Chine et quant à savoir si cela a réellement fonctionné il faudrait alors croire les yeux fermés les chiffres chinois ce qui me semble un peu naif.
JR

[BrainMan]

le seul pays ayant appliqué ces méthodes drastiques est la Chine et quant à savoir si cela a réellement fonctionné il faudrait alors croire les yeux fermés les chiffres chinois ce qui me semble un peu naif.

Quand on voit le nombre de personnes qui n'attendent qu'un faux pas chinois pour remonter l'affaire en épingle, ne rien voir claironné sur les médias est un bon indicateurs qu'il n'y a rien à voir.
Il n'y a donc (pour le moment) et très probablement, aucune pandémie en Chine.

[BrainMan]

Ca a le merite d'etre clair. Merci pour la precision....

Oui, moi je dis les choses clairement sans laisser planer des sous-entendus.
Je n'emploie pas la technique primitive qui consiste "à ne dire les choses qu'à demi-mot pour que l'autre ne soit pas en mesure de défendre sa position tout en étant montré du doigt".

[yves95210]

Oui, et en l'occurence ces graphiques existent déjà, et montrent bien que :
- en vaccinant les plus âgés, ça dure plus longtemps, mais il y a moins de morts
- en vaccinant les plus jeunes, ça dure (un tout petit peu) moins longtemps, mais beaucoup plus de morts
- en vaccinant de manière homogène on est entre les deux.

Je me doute bien que ça existe, et que ça produit les résultats que tu indiques. Mais ce n'est pas accessible au commun des mortels via des publications, et j'aime bien savoir comment ça marche.

En fait si je me suis donné la peine de refaire (de manière simpliste) le boulot moi-même, c'est :

d'une part parce ce qui existe demanderait à être actualisé en fonction du calendrier réel de livraison des vaccins, qui évolue de semaine en semaine.

D'autre part pour pouvoir tester des hypothèses de renforcement / allégement des mesures histoire de d'essayer de comprendre comment on va pouvoir vivre tout ça dans l'année qui vient (et ça non plus, ça n'existe pas de manière publique, même si ça doit faire partie des choses que les épidémiologistes simulent, en particulier pour fournir des outils d'aide à la décision aux autorités).

D'autre part parce que je voulais voir l'impact du nouveau variant sur cette stratégie, même si là aussi il est assez évident (si le variant augmente autant la transmission du virus qu'on le lit). Encore quelque-chose qui, à part quelques graphiques collés dans le dernier avis du conseil scientifique, n'est pas publié. Et ce ne sont pas ces quelques graphiques qui suffisent à voir ce qui se passera en fonction de la stratégie adoptée (pour revenir au point précédent).

Dernier objectif : tester des hypothèses concernant la probabilité de réinfection (et son évolution dans le temps), sans-doute assez faible à l'échelle de l'année, mais qui pourrait devenir bien plus préoccupante en cas de propagation de variants du virus échappant partiellement au vaccin et/ou à l'immunité acquise "naturellement".

Le tout dans la limite de mes compétences (je ne me prétends pas épidémiologiste) et des données auxquelles j'ai accès.

Mais si tu sais me dire où trouver tout ça, puisque "ça existe déjà", et que c'est accessible librement à monsieur/madame tout-le-monde, je suis preneur. Je ne tiens pas particulièrement à réinventer l'eau chaude.

[jiherve]

Re

Quand on voit le nombre de personnes qui n'attendent qu'un faux pas chinois pour remonter l'affaire en épingle, ne rien voir claironné sur les médias est un bon indicateurs qu'il n'y a rien à voir.

moi je suis assez vieux pour me souvenir de la révolution culturelle, là non plus même 40 ans plus tard on ne sait rien de vraiment sur. Une dictature contrôle tout et c'est tellement plus facile aujourd'hui.
JR

[BrainMan]

moi je suis assez vieux pour me souvenir de la révolution culturelle, là non plus même 40 ans plus tard on ne sait rien de vraiment sur. Une dictature contrôle tout et c'est tellement plus facile aujourd'hui.

Possible et j'en sais rien.
Par contre la simple logique m'indique qu'il n'y a rien à voir.
C'est le même argument que l'on peut avancer à ceux qui doutent que les américains sont allés sur la Lune.
Si ça n'avait pas été le cas, les Russes, les Chinois et bien d'autres encore auraient dévoilées la chose au grand jour.
Pour le moment je ne vois personne nous dévoiler qu'on est en train de cacher une pandémie en Chine (concernant d'autres sujets par contre, ça y va, donc la machine à ragot est pourtant bien fonctionnelle ).

[obi76]

Je me doute bien que ça existe, et que ça produit les résultats que tu indiques. Mais ce n'est pas accessible au commun des mortels via des publications, et j'aime bien savoir comment ça marche.

Ici : https://www.has-sante.fr/upload/docs...y_bnt162b2.pdf

En fait si je me suis donné la peine de refaire (de manière simpliste) le boulot moi-même, c'est :
d'une part parce ce qui existe demanderait à être actualisé en fonction du calendrier réel de livraison des vaccins, qui évolue de semaine en semaine.
D'autre part pour pouvoir tester des hypothèses de renforcement / allégement des mesures histoire de d'essayer de comprendre comment on va pouvoir vivre tout ça dans l'année qui vient (et ça non plus, ça n'existe pas de manière publique, même si ça doit faire partie des choses que les épidémiologistes simulent, en particulier pour fournir des outils d'aide à la décision aux autorités).

Exactement (ceux de l'Institut Pasteur, pas les autres).

D'autre part parce que je voulais voir l'impact du nouveau variant sur cette stratégie, même si là aussi il est assez évident (si le variant augmente autant la transmission du virus qu'on le lit). Encore quelque-chose qui, à part quelques graphiques collés dans le dernier avis du conseil scientifique, n'est pas publié. Et ce ne sont pas ces quelques graphiques qui suffisent à voir ce qui se passera en fonction de la stratégie adoptée (pour revenir au point précédent).

Dernier objectif : tester des hypothèses concernant la probabilité de réinfection (et son évolution dans le temps), sans-doute assez faible à l'échelle de l'année, mais qui pourrait devenir bien plus préoccupante en cas de propagation de variants du virus échappant partiellement au vaccin et/ou à l'immunité acquise "naturellement".

Le tout dans la limite de mes compétences (je ne me prétends pas épidémiologiste) et des données auxquelles j'ai accès.

Mais si tu sais me dire où trouver tout ça, puisque "ça existe déjà", et que c'est accessible librement à monsieur/madame tout-le-monde, je suis preneur. Je ne tiens pas particulièrement à réinventer l'eau chaude.

Là il faut fouiller dans toutes les publications qui sortent sur le sujet, quelques unes abordent ces sujets. Tout est public, mais avec le brouhaha ambiant c'est pas simple de trouver, ça je vous l'accorde... :-/

[invite58238425]

Je trouvais anormal que le conseil de défense national n'ait pas déjà publié ses délibérés, dans le contexte de ses réunions liées à l'épidémie.

Eh ben, maintenant que le dernier vient de l'être, et que tous les ministres ou autorités concernées ont donné le meilleur, je regrette d'en avoir pris connaissance. Il en ressort une grande fragilité qui fait peur.

Mais bon, par là au moins les décideurs auront montré leur volonté de transparence, c'est déjà beaucoup.

[yves95210]

Ici : https://www.has-sante.fr/upload/docs...y_bnt162b2.pdf

Intéressant, merci. Mais ça ne donne pas d'indication sur le planning réel, et donc sur la manière dont ça impacte l'évolution de l'épidémie (et les mesures qu'il sera nécessaire de prendre pour la contrôler). Bref pour ça, yapuka faire soi-même une simulation...

Exactement (ceux de l'Institut Pasteur, pas les autres).

Ouaip, mais tout ce qui est rendu public c'est les conclusions auxquelles mènent les simulations à partir des hypothèses choisies; hypothèses qui sont déjà en partie démenties la semaine qui suit...
Par ex. l'annexe de l'avis du conseil scientifique contient les résultats de simulations faites à partir d'un calendrier de livraison des vaccins qui est déjà largement remis en question par l'annonce d'AZ d'une production plus faible qu'attendue au S1. D'autre part les graphiques publiés sont basés sur une hypothèse iso-mesures; on se doute bien que les épidémiologistes ont fait tourner la simulation avec d'autres hypothèses, mais on n'a pas accès aux résultats :

On se place à ce stade dans le scénario (sans doute peu réaliste) où cette augmentation n’entraîne pas de renforcement des mesures de contrôle

[obi76]

Intéressant, merci. Mais ça ne donne pas d'indication sur le planning réel, et donc sur la manière dont ça impacte l'évolution de l'épidémie (et les mesures qu'il sera nécessaire de prendre pour la contrôler). Bref pour ça, yapuka faire soi-même une simulation...

Ha ça, ça dépend principalement de la vitesse à laquelle les doses sont fournies. Difficile d'anticiper ça...

Ouaip, mais tout ce qui est rendu public c'est les conclusions auxquelles mènent les simulations à partir des hypothèses choisies; hypothèses qui sont déjà en partie démenties la semaine qui suit...

Oui, le problème étant que les gens qui sont concertés et spécialistes de l'épidémiologie sont au nombre de... 2. A mettre tous les oeufs dans le même panier on augmente les risques d'erreurs... Et c'est bien dommage.

Par ex. l'annexe de l'avis du conseil scientifique contient les résultats de simulations faites à partir d'un calendrier de livraison des vaccins qui est déjà largement remis en question par l'annonce d'AZ d'une production plus faible qu'attendue au S1. D'autre part les graphiques publiés sont basés sur une hypothèse iso-mesures; on se doute bien que les épidémiologistes ont fait tourner la simulation avec d'autres hypothèses, mais on n'a pas accès aux résultats :

Si des résultats il y en a (plein), mais le problème c'est que ces épidémiologistes là ne sont pas écoutés, puisqu'ils ne sont pas à l'Institut Pasteur.

[yves95210]

Si des résultats il y en a, mais le problème c'est que ces épidémiologistes là ne sont pas écoutés, puisqu'ils ne sont pas à l'Institut Pasteur.

Si tu as des liens vers des documents présentant ces résultats (et les modèles et hypothèses lesquels ils reposent), ça serait sympa de partager. Du moins si ce n'est pas confidentiel.
Et si c'est hors charte du forum car n'étant pas publié (ou au moins pré-publié) par une institution reconnue, tu peux toujours m'envoyer un MP.

[obi76]

Si tu as des liens vers des documents présentant ces résultats (et les modèles et hypothèses lesquels ils reposent), ça serait sympa de partager. Du moins si ce n'est pas confidentiel.
Et si c'est hors charte du forum car n'étant pas publié (ou au moins pré-publié) par une institution reconnue, tu peux toujours m'envoyer un MP.

Ce qui est public et de ma connaissance se trouve par là :
https://modcov19.math.cnrs.fr/
https://geodes.santepubliquefrance.f...=a01&view=map8
https://www.mivegec.ird.fr/fr/
http://covid-ete.ouvaton.org/index_en.html
Regarder les liens inclus dedans.

Le reste n'est pas encore publié, en review ou en preprint... mais ça va venir au fur et à mesure...

[yves95210]

@obi76 : merci.

[Archi3]

le problème des modélisations, c'est la dépendance exponentielle de l'épidémie, le nombre de malades croissant en R^(t/T) = exp (ln(R) t/T )
on voit qu'une erreur sur R conduit à un écart croissant exponentiellement avec le temps en exp [∆(ln R)t/T] donc avec un temps de divergence exponentielle de l'ordre de T/∆(ln R) ~ T/∆R car R ~ 1.

En pratique T le temps de contamination est de l'ordre de 6 jours. Une erreur sur R de 0,1 fait diverger les solutions à ~ 60 jours, et de 0,2 à ~ 30 jours.

Comme il y a des fortes rétroactions sociales dépendant de la flambée ou non de l'épidémie, tout ça finalement devient chaotique et imprédictible après un ou deux mois ...