Rapport de l'OMS

[Archi3]

Toujours les memes biais de raisonnement,


Tu lui donnes quoi a ton analyse bayesienne pour l'incertitude sur les faits?

je n'ai pas cherché à la quantifier, j'ai juste fait la liste des hypothèses qu'il fallait vérifier pour que la situation décrite par MissJenny se produise (recombinaison dans un bestiau d'une foire qui serait transmise à un humain sans provoquer de transmission dans l'espèce animale puisqu'aucune présence de virus n'a été détectée dans une population animale).

Je laisse chacun chacun faire l'estimation bayesienne de la vraisemblance associée à cette succession d'hypothèses, ne l'ayant pas faite, je ne vois pas ce que tu me reproches. A moins que ce soit les conditions que je décrive que tu contestes, dans ce cas peux tu me dire plus précisément où est ce que je me trompe dans ce que je j'ai compris de l'hypothèse de MissJenny (recombinaison dans un animal mais non transmissible à un autre individu de la même espèce ) ?

Des la mi-janvier 2020, il y avait de serieux doutes que l'origine du virus emane directement du marche d'Huanan.... ...mais on va faire comme si c'etait un fait accompli et faire des probabilites foireuses et des grands raisonnements tout mous pour avoir l'air intelligent.

Huanan ? c'est où ça ?
blague à part, je n'ai pas dit que le virus émanait du marché de Wuhan, j'ai dit que l'épidémie a été détectée dans la ville où est le seul laboratoire ayant isolé la souche la plus proche connue. Et la lecture d'autres articles soulève d'autres points intrigants , comme la présence d'un site de clivage par la furine (unique parmi les coronavirus), et qui plus est codé avec un triplet de codons rarement utilisé pour l'arginine chez les coronavirus, mais fréquemment chez l'homme et dans les laboratoires faisant du génie génétique, et qui se retrouve deux fois de suite (2 arginines dans la séquence).

Explique moi la nature de ta critique stp :
* est ce que tu penses que ces faits sont faux ?
* est ca que tu critiques l'emploi d'estimations bayesiennes pour ces informations ?
* est ce que tu ne critiques pas l'emploi d'estimations bayesiennes, mais tu critiques la valeur que je leur donne ?

parce que là je ne comprends pas ce que tu me reproches, en plus je ne fais que citer des choses citées dans des articles scientifiques et manifestement considérées comme suspectes par plusieurs autorités scientifiques incontestables.

...car tout le monde sait que les rhinolophes subtropicaux (techniquement, tropical pour la grotte a RaTG13) passent des mois en hibernation quand la temperature dehors est de 15-20ºC....

je ne le sais pas, c'est ce qui est dit dans l'article, mais c'est peut etre faux,désolé dans ce cas je n'y suis pour rien.

Plus tu brodes autour, plus tu discredites ton raisonnement (que je suis certain tu penses infaillible).

je ne fais pas de raisonnement infaillibles, je présente des exemples d'inférences bayesiennes que je pense correcte. Je peux me tromper, mais j'attends sur un forum scientifique qu'on m'explique où est mon erreur, et pas par des messages agressifs ne contenant aucun argument sérieux. Et encore plus si ça vient d'un pseudo en vert.

Si tu critiques mes raisonnements bayesiens, que j'ai utilisés dans d'autres contextes, par exemple sur des discussions sur l'origine artificielle ou naturelle de l'astéroïde "Oumuamua, alors explique moi pourquoi. Chaque fois que je l'ai utilisé, j'ai observé les mêmes réactions : une attaque virulente contre ce genre de raisonnement chez ceux dont ça contredit la croyance, mais aucune estimation bayesienne différente aboutissant à des conclusions différentes. On se contente de dire que le raisonnement n'est pas valable pour le disqualifier. Sauf qu'au bout de quelques mois, ce raisonnement est plutot confirmé qu'infirmé.

A moins que tu ne me démontres le contraire, alors dans ce cas dis moi dans quel cas je me suis planté.
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[Archi3]

Merci au modérateur Tawahi-Kiwi d'être intervenu depuis le temps que je signale les dérives pseudo-scientifiques de ce fil, sous couvert de Bayésianisme. Et c'est finalement encore mieux qu'il l'ait fait en tant que scientifique (encre noire) et non en tant que modérateur (encre verte).

j'attends que tu me dises en quoi mon raisonnement est incorrect au lieu d'attaques personnelles infondées, et si tu penses que ma méthode de raisonnement est incorrecte, que tu me dises à quel moment est ce qu'elles m'ont conduit à tirer des conclusions manifestement incorrectes et considérées comme fausses par tous les scientifiques sérieux (ce qui est a priori le cas de tout ce qu'on appelle des "dérives pseudo-scientifiques", non ? )

En l'absence d'éclaircissement, je rangerai ton message dans la catégorie interdite par la charte "vous pouvez attaquer les idées, pas les personnes".

[Archi3]

...car tout le monde sait que les rhinolophes subtropicaux (techniquement, tropical pour la grotte a RaTG13) passent des mois en hibernation quand la temperature dehors est de 15-20ºC....

sans m'avancer sur la date de l'hibernation, je suis aller par curiosité vérifier le climat de Kunming, ville proche de la grotte où a été découvert le Ratg13 . Bien que tropical, la ville est quand même en altitude et les températures minimales descendent quand meme à 11°C en octobre et 2°C en décembre

https://fr.wikipedia.org/wiki/Kunming

Mais bon encore une fois je n'ai fait que reprendre une information donnée dans l'article , sans garantie qu'elle soit exacte .

[Tawahi-Kiwi]

On se contente de dire que le raisonnement n'est pas valable pour le disqualifier. Sauf qu'au bout de quelques mois, ce raisonnement est plutot confirmé qu'infirmé.

Que ce soit confirmé ou infirmé importe peu, et honnetement, je n'ai pas vraiment d'avis sur l'origine du virus, parce que c'est bien trop compliqué pour moi d'avoir un avis sérieux et objectif sur ce sujet.

Ce que je te reproche, c'est que tout tes messages (ils doit y en avoir une bonne centaine maintenant) sont de la discutaille (cachee sous le couvert d'analyse rationelle) sur la 'coincidence' qu'il y a un labo qui etudie les coronavirus a Wuhan, et que les premiers cas declares de COVID-19 sont apparus dans cette meme ville. Il y a un nombre suffisamment (trop) importants de faits, d'observations, d'inconnues que tu ignores pour que je considere l'entierete de ton analyse probabilistique comme du n'importe quoi (du style, c'est meme pas faux, c'est juste prendre du plaisir a se regarder ecrire). Et c'est sans ajouter que tu n'y connais absolument rien au sujet, qui comme je te l'ai dit dans une precedente discussion est tres tres multi-disciplinaire. Du coup, tout tes messages transpirent le biais de confirmation...

Je ne fais que repeter ce que j'ai deja ecrit auparavant, rien de nouveau.

T-K

[Archi3]

Que ce soit confirmé ou infirmé importe peu, et honnetement, je n'ai pas vraiment d'avis sur l'origine du virus, parce que c'est bien trop compliqué pour moi d'avoir un avis sérieux et objectif sur ce sujet.

Ce que je te reproche, c'est que tout tes messages (ils doit y en avoir une bonne centaine maintenant) sont de la discutaille (cachee sous le couvert d'analyse rationelle) sur la 'coincidence' qu'il y a un labo qui etudie les coronavirus a Wuhan, et que les premiers cas declares de COVID-19 sont apparus dans cette meme ville. Il y a un nombre suffisamment (trop) importants de faits, d'observations, d'inconnues que tu ignores pour que je considere l'entierete de ton analyse probabilistique comme du n'importe quoi (du style, c'est meme pas faux, c'est juste prendre du plaisir a se regarder ecrire). Et c'est sans ajouter que tu n'y connais absolument rien au sujet, qui comme je te l'ai dit dans une precedente discussion est tres tres multi-disciplinaire. Du coup, tout tes messages transpirent le biais de confirmation...

Je ne fais que repeter ce que j'ai deja ecrit auparavant, rien de nouveau.

T-K

ok et moi je considère que ton propos vient de quelqu'un qui ne comprend pas vraiment ce que je dis, et qui discrédite la méthode simplement parce que les conclusions ne lui plaisent pas.

J'ai pourtant bien expliqué ce que je fais: j'ai fait une estimation bayesienne de la réévaluation d'une hypothèse à partir de deux faits, et de ces deux faits seulement.

Et j'ai dit ensuite que cette réévaluation pouvait etre modifiée par D'AUTRES FAITS, ce qui est précisément ce que tu dis et que tu me reproches d'ignorer, alors que je dis exactement la même chose : elle peut etre modifiée par d'autres faits.

Simplement numériquement, il n'est pas si facile que çà d'inverser une réévaluation d'un facteur de l'ordre de 10 ^4. Oui, d'accord, il peut y avoir d'autres faits , mais il faut qu'ils rétablissent l'équilibre dans d'autres sens, c'est à dire en gros qu'ils soient 10 000 fois moins probables d'arriver dans l'hypothèse d'une contamination d'un laboratoire que dans une zoonose naturelle (et j'ai donné un exemple possible de ce genre de faits, par exemple si on identifiait un parent tres proche du Sars Cov 2 dans une espèce animale tres loin de Wuhan, ce qui serait pour le coup difficile à comprendre dans le cas d'une fuite du laboratoire).

Mais le problème c'est que pour le moment je n'ai pas connaissance de ce genre de faits, mais si tu en as connaissance toi, tu peux apporter ta pierre au débat.

Donc stp éclaircis ta position :
* est ce que tu penses que le raisonnement Bayesian est une méthode foireuse et que c'est de la pseudo -science .? (une position intéressante à argumenter)
* est ce que tu penses que c'est une méthode sérieuse, que tu la connais bien, que tu sais que je l'applique mal (merci de dire pourquoi ) ?
* est ce que tu ne sais pas très bien comment ça marche mais que comme je t'ai énervé sur d'autres sujets tu prends ça comme une occasion de m'agresser ?

ou un autre solution que j'ai oubliée ?

[Archi3]

Du coup, tout tes messages transpirent le biais de confirmation...

Je ne fais que repeter ce que j'ai deja ecrit auparavant, rien de nouveau.

T-K

et moi je répète : si je souffre d'une méthode systématiquement mauvaise , et que "tout tes messages transpirent le biais de confirmation.." tu devrais avoir quelques exemples de positions que j'ai défendues et qui ont été manifestement démenties : ce qui ne me semble pas etre le cas encore de l'hypothèse fuite de labo, mais il y a d'autres sujets comme Omuamua où j'ai appliqué le même type de raisonnement, donc as tu des exemples concrets à l'appui de tes accusations de "pseudo sciences" montrant à quel point c'est une mauvaise méthode ?

[MissJenny]

Le problème avec tes calculs de probas c'est que tu ignores l'univers des possibles. Par exemple tu dis que le motif CGGCGG a une chance sur 400 d'apparaître. Mais en fait il est très vraisemblable que dans un environnement comme un marché aux animaux vivants où des milliers d'animaux cohabitent, et donc des zillions de virus, il se produise chaque jour des millions d'événements de recombinaison et des milliards d'événements de mutation parmi le virome de cette population d'animaux. La plupart de ces mutants sont soit inadaptés, soit disparaissent avec la vie de l'animal, mais ni toi ni moi n'avons la moindre idée de la probabilité d'apparition et de maintien dudit motif CGGCGG dans cette masse de virus.

[Archi3]

Merci au modérateur Tawahi-Kiwi d'être intervenu depuis le temps que je signale les dérives pseudo-scientifiques de ce fil, sous couvert de Bayésianisme. Et c'est finalement encore mieux qu'il l'ait fait en tant que scientifique (encre noire) et non en tant que modérateur (encre verte).

j'attends aussi encore les mêmes précisions en justification de ce post plutot agressif...

[Archi3]

Le problème avec tes calculs de probas c'est que tu ignores l'univers des possibles. Par exemple tu dis que le motif CGGCGG a une chance sur 400 d'apparaître. Mais en fait il est très vraisemblable que dans un environnement comme un marché aux animaux vivants où des milliers d'animaux cohabitent, et donc des zillions de virus, il se produise chaque jour des millions d'événements de recombinaison et des milliards d'événements de mutation parmi le virome de cette population d'animaux. La plupart de ces mutants sont soit inadaptés, soit disparaissent avec la vie de l'animal, mais ni toi ni moi n'avons la moindre idée de la probabilité d'apparition et de maintien dudit motif CGGCGG dans cette masse de virus.

ben si, on sait que parmi tous les codages d'une suite consécutive de deux arginines, il y en a 1/400 qui contiennent la suite CGG-CGG parmi les coronavirus, et beaucoup plus parmi les séquences artificielles générées par des laboratoires, puisque d'après cet article c'est le codage préféré du génie génétique. IL n'y a pas besoin de connaitre " l'univers des possibles" pour le savoir, pas plus que tu n'as besoin de connaitre l'état complet de l'atmosphère quand tu évalues une probabilité qu'il va pleuvoir en voyant un ciel gris le matin.

Pour autant que je puisse en juger, vos critiques montrent surtout que vous maitrisez mal le principe des réévaluations bayesiennes.

[Archi3]

Par exemple tu dis que le motif CGGCGG a une chance sur 400 d'apparaître. .

PS : ce n'est pas ce que j'ai dit, et formulé comme ça cette assertion n'a aucun sens.

[MissJenny]

je pense que j'ai une idée de ce que c'est que le bayesien. Mais je conteste tes calculs, que je crois être fondés sur des données très incomplètes. Par exemple : que connaît-on des coronavirus? Est-ce qu'on en connaît un sur cent? un sur mille? moins peut-être. Donc tu ne peux pas estimer la fréquence de ton motif CGGCGG. D'ailleurs tu sembles ignorer le biais de codon, qui fait que certains codons sont sélectionnés dans tel environnement (l'humain?) et contre-sélectionnés dans tel autre (la roussette?).

[Archi3]

je pense que j'ai une idée de ce que c'est que le bayesien. Mais je conteste tes calculs, que je crois être fondés sur des données très incomplètes.

bah donc je pense que tu n'as pas vraiment compris ce qu'est la réévaluation bayesienne, qui consiste justement à traiter le cas des informations incomplètes, en utilisant au mieux l'information disponible !

la réévaluation bayesienne est juste la "meilleure façon" d'utiliser des données incomplètes, dire qu'elle ne s'applique pas parce que les données sont incomplètes, c'est un contresens absolu !

Par exemple : que connaît-on des coronavirus? Est-ce qu'on en connaît un sur cent? un sur mille? moins peut-être.

alors :

a) je ne suis parti que des informations données dans l'article , si tu contestes ces informations , va écrire à l'auteur de l'article, moi je ne sais pas d'où il tire ces chiffres, mais il dit que le codon CGG n'apparait que dans 5 % des cas pour coder l'arginine dans les coronavirus

b) la question de la fraction connue n'est pas pertinente, même en statistique fréquentiste. Quand tu fais un sondage électoral sur 1000 personnes, tu peux avoir déja des bons résultats alors que tu n'as testé que 1/60 000 e de la population en France, et meme 1/1,3 millionième de la population en Chine, et pourtant la précision est la même, c'est du B.A BA de la statistique : la seule condition est que l'échantillon soit aléatoire et non biaisé - or je ne vois pas pourquoi il y aurait une corrélation entre le fait que le coronavirus ait été séquencé et la préférence pour le codage de l'arginine.

Le fait objectif est que le Sars-cov-2 est LE SEUL coronavirus connu parmi les centaines (?) connus à contenir la séquence servant de cible de clivage à la furine humaine (PRRA) (même celui qui est le plus proche, Ratg13 , ne la contient pas) , et que la suite RR dans cette séquence est LA SEULE de tout le génome de ce virus à etre codée par 2 CGG, qui ne représentent statistiquement que 5% des codages dans le reste de son génome.

Tu peux tortiller les probabilités comme tu veux , tu ne peux pas nier que c'est improbable. Et ça le resterait même si on ne connaissait que un millionième des coronavirus.

Donc tu ne peux pas estimer la fréquence de ton motif CGGCGG.

bien sur que si, c'est p^2, où p est la fraction des arginines R codées par CGG, qui est de 0,05, où est le problème ?

D'ailleurs tu sembles ignorer le biais de codon, qui fait que certains codons sont sélectionnés dans tel environnement (l'humain?) et contre-sélectionnés dans tel autre (la roussette?).

alors pourquoi n'apparaissent-ils que dans le site de clivage de la furine ? et pourquoi ce virus est apparu juste dans la ville où on cultivait les coronavirus dans un environnement de cellules humaines ou de souris humanisées, dans le but d'étudier leur contagiosité, en sachant depuis les années 90 que la présence d'un site de clivage par la furine était une bonne façon de les rendre agressifs pour les cellules humaines ?

Ca PEUT etre un simple hasard, mais C'EST un hasard très improbable, de toutes les façons que vous retourniez le problème.

[Archi3]

Ca PEUT etre un simple hasard, mais C'EST un hasard très improbable, de toutes les façons que vous retourniez le problème.

je rectifie pour etre plus "bayesien" : de toutes les façons que vous retourniez le problème, cette séquence de deux CGG est beaucoup plus improbable si elle était arrivée naturellement que si elle résultait d'une expérience de laboratoire.

[Archi3]

et puis avez vous seulement lu l'article en lien donné par B4lbu ?


https://nicholaswade.medium.com/orig...es-6f03564c038

“When I first saw the furin cleavage site in the viral sequence, with its arginine codons, I said to my wife it was the smoking gun for the origin of the virus,” said David Baltimore, an eminent virologist and former president of CalTech. “These features make a powerful challenge to the idea of a natural origin for SARS2,” he said.

[FabiFlam]

... puisqu'aucune présence de virus n'a été détectée dans une population animale).

Pour détecter, il faut chercher non ?
Les visons ?

FabiFlam

[Archi3]

Justement, tu penses bien que les chinois l'ont fait, et qu'ils avaient une forte motivation pour ça ...c'est expliqué dans l'article.

Natural emergence was the media’s preferred theory until around February 2021 and the visit by a World Health Organization commission to China. The commission’s composition and access were heavily controlled by the Chinese authorities. Its members, who included the ubiquitous Dr. Daszak, kept asserting before, during and after their visit that lab escape was extremely unlikely. But this was not quite the propaganda victory the Chinese authorities may have been hoping for. What became clear was that the Chinese had no evidence to offer the commission in support of the natural emergence theory.
This was surprising because both the SARS1 and MERS viruses had left copious traces in the environment. The intermediary host species of SARS1 was identified within four months of the epidemic’s outbreak, and the host of MERS within nine months. Yet some 15 months after the SARS2 pandemic began, and a presumably intensive search, Chinese researchers had failed to find either the original bat population, or the intermediate species to which SARS2 might have jumped, or any serological evidence that any Chinese population, including that of Wuhan, had ever been exposed to the virus prior to December 2019. Natural emergence remained a conjecture which, however plausible to begin with, had gained not a shred of supporting evidence in over a year.

c'est ce que je disais, à ma connaissance, aucun fait connu n'a réévalué l'hypothèse naturelle par rapport à l'hypothèse laboratoire depuis le début de l'épidémie.

[FabiFlam]

Ce que je te reproche, c'est que tout tes messages (ils doit y en avoir une bonne centaine maintenant) sont de la discutaille (cachee sous le couvert d'analyse rationelle) sur la 'coincidence' qu'il y a un labo qui etudie les coronavirus a Wuhan, et que les premiers cas declares de COVID-19 sont apparus dans cette meme ville. Il y a un nombre suffisamment (trop) importants de faits, d'observations, d'inconnues que tu ignores pour que je considere l'entierete de ton analyse probabilistique comme du n'importe quoi (du style, c'est meme pas faux, c'est juste prendre du plaisir a se regarder ecrire). Et c'est sans ajouter que tu n'y connais absolument rien au sujet, qui comme je te l'ai dit dans une precedente discussion est tres tres multi-disciplinaire. Du coup, tout tes messages transpirent le biais de confirmation...

Je ne fais que repeter ce que j'ai deja ecrit auparavant, rien de nouveau.

T-K

Je me permet de réagir en tant que statisticienne qui passe sa vie à traiter de sujets auxquels je ne connais rien. Je me contente en effet d'analyses statistiques, et je confirme que l'approche bayesienne peut même éviter aux gens qui connaissent bien le sujet de dire bien des conneries parfois.

Mais surtout je suis d'accord avec Archi3, la discussion mérite d'être menée, d'une part parce que l'affaire est loin d'être tout à fait claire, d'autre part parce que pour nous qui ne sommes pas spécialistes, dicuter c'est l'occasion d'apprendre y compris de nos erreurs et des conneries qu'on dit (moi ça ne me gène pas: je suis là pour ça et je ne suis pas en train d'influencer sur TikTok donc peu importe les conneries que je peux écrire ici...)

Réevaluons bayesiennement les chances d'une origine laboratoire du SARS-cov2: pourquoi pas ? C'est amusant et non dénué d'intérêt scientifique (ceux qui pensent autrement ne sont pas obligés de participer).

Bon alors du coup je répète la question que je viens de poser: quid des visons ? Le fait que les premiers sites épidémiques se soient souvent situés dans l'environnement des élevages de visons (y compris en Chine si j'ai bien compris) est-ce que ça ne fait pas de cet animal un hôte intermédiaire plausible ?

Et le fait qu'il y ait un hôte intermédiaire rend il l'hypothèse d'une origine humaine totalement absurde (du genre: ça pourrait-ilêtre à la fois issu d'un labo et qu'il y ait un hôte intermédiaire ?) ?

FabiFlam

[Archi3]

Bon alors du coup je répète la question que je viens de poser: quid des visons ? Le fait que les premiers sites épidémiques se soient souvent situés dans l'environnement des élevages de visons (y compris en Chine si j'ai bien compris) est-ce que ça ne fait pas de cet animal un hôte intermédiaire plausible ?

il me semble que si on ne l'a détecté que chez des visons d'élevage et pas dans un animal sauvage, ça rend plutot plausible que ce soit l'homme qui ait été l'hôte intermédiaire pour les visons . A moins que les visons ne se fassent des virées nocturnes pour se faire des rave-parties entre élevages ?

[mh34]

Bon finalement, depuis cet article qui date d'octobre 2020 : https://lejournal.cnrs.fr/articles/l...e-serieusement et l'article de recherche qu'il met en lien ; https://www.medecinesciences.org/fr/...msc200195.html

y a-t-il quelque chose qui a fondamentalement changé?

[Tawahi-Kiwi]

Et j'ai dit ensuite que cette réévaluation pouvait etre modifiée par D'AUTRES FAITS, ce qui est précisément ce que tu dis et que tu me reproches d'ignorer, alors que je dis exactement la même chose : elle peut etre modifiée par d'autres faits.

d'autres faits comme les rhinolophes tropicaux qui hibernent, ou le fait inconteste du marche d'Huanan comme zoonose, ou le fait que les chinois des villes ne vont jamais voir de grottes pleines de chauve-souris, ou les faits que je t'avais donne dans une discussion precedente sur des variants plus primitifs que ceux de Wuhan presents a Guangzhou debut janvier, que tu as detourne je ne sais plus comment, et finalement ignore...?

Ce n'est pas la methode et le raisonnement que je critique, c'est la selection des 'faits' que tu trouves suffisamment pertinents pour etre consideres.

Ce n'est pas non plus la discussion que je critique (comme Fabiflam l'ecrit, elle vaut la peine d'etre abordee), c'est le biais subtil (ou pas trop ) que tu y donnes, alors que tu n'y connais pas grand chose (cf ton message #58 et d'autres ailleurs). A quelques egards, ce n'est pas bien different de ta rhetorique sur les discussions climatiques.

T-K

[Archi3]

d'autres faits comme les rhinolophes tropicaux qui hibernent, ou le fait inconteste du marche d'Huanan comme zoonose, ou le fait que les chinois des villes ne vont jamais voir de grottes pleines de chauve-souris, ou les faits que je t'avais donne dans une discussion precedente sur des variants plus primitifs que ceux de Wuhan presents a Guangzhou debut janvier, que tu as detourne je ne sais plus comment, et finalement ignore...?

je ne les ignore pas du tout, mais ces faits (selon moi) n'introduisent pas de réévaluation bayesienne par rapport aux hypothèses. Ils participent au prior, plutot , dans le sens où ils étaient connus avant l'irruption de l'épidémie. Je n'ai pas dit que l'hypothèse de la zoonose était en soi improbable, et il est tout à fait possible qu'une contamination se produise suivant le chemin que tu imagines. Simplement ces faits ne sont pas non plus improbables en cas d'accident de laboratoire.

Je vais faire une comparaison avec une enquête policière car c'est très comparable. Prenons un fait divers récent, le meurtre de la petite Maëlys. A un moment de l'enquête, on avait un suspect au comportement douteux, mais sans preuve. Mais d'autres hypothèses restaient ouvertes. Il etait tout à fait possible qu'elle ait été enlevée par un étranger à la fête, ou qu'il y ait une sombre histoire de famille derrière, ou meme peut etre qu'elle s'était accidentellement retrouvé au fond d'un puits ou je sais pas quoi encore. Toutes ces hypothèses sont possibles et restent ouvertes. Et puis, on trouve une tache de sang de Maëlys dans le coffre du suspect. Du coup ce seul fait rend pratiquement impossible toutes les autres hypothèses. La possibilité théorique des autres explications reste la même, et il reste toujours aussi probable qu'avant qu'un enfant soit victime d'un enlèvement par un étranger, par un membre de la famille ou ait un accident (et depuis bien sur il y en a eu d'autres). Mais il y a UN fait, un seul, qui introduit une réévaluation bayesienne importante parce que sa probabilité d'occurrence est TRES différente suivant les hypothèses. Et ça suffit.

Ce n'est pas la methode et le raisonnement que je critique, c'est la selection des 'faits' que tu trouves suffisamment pertinents pour etre consideres.

donc comme je t'explique, je ne sélectionne pas des faits parce qu'ils iraient dans un sens que j'ai envie de trouver. Je n'ai rien contre les chinois, et je raisonnerais exactement pareil si l'épidémie était arrivée aux Etats Unis ou en France près d'un laboratoire de virologie. Je n'ai aucune hésitation à accepter l'origine naturelle du SARS ou du MERS, parce qu rien ne me parait anormal dans les faits connus. Je sélectionne les faits qui ont un impact bayesian élevé , c'est à dire dont la probabilité d'occurrence me parait la plus différente dans les deux hypothèses.

Et c'est tout à fait normal de raisonner comme ça, comme l'exemple plus haut le montre, c'est exactement le raisonnement suivi par des enquêteurs ou des juges.

Ce n'est pas non plus la discussion que je critique (comme Fabiflam l'ecrit, elle vaut la peine d'etre abordee), c'est le biais subtil (ou pas trop ) que tu y donnes, alors que tu n'y connais pas grand chose (cf ton message #58 et d'autres ailleurs). A quelques egards, ce n'est pas bien different de ta rhetorique sur les discussions climatiques.

T-K

le reproche de ne pas y connaitre grand chose pourrait être justifié si j'avais fait une grossière erreur de raisonnement dans ma réévaluation bayesienne, mais dans ce cas, c'est à toi de me dire laquelle. Mais je te fais remarquer que je ne fais que développer des idées qui sont portées par des gens très compétents et que j'ignorais jusque là (par exemple le codage de l'arginine dans la séquence qui porte le site de clivage par la furine). J'apprends ça, et ma tournure d'esprit bayesienne me fait réagir, c'est tout.

Quant au reproche de "rhétorique sur les discussions climatiques", comme on m'a signifié que j'étais interdit de discussion (en soi, un fait qu'il serait intéressant de discuter de façon "bayesienne" sur les raisons de cette interdiction), je ne vais pas te répondre dessus. Le fait que tu associes ça me fait cependant penser que tu résistes à l'hypothèse "fuite de laboratoire" , car elle affaiblit de manière générale l'argument que le consensus scientifique est toujours justifié, et qu'il est très improbable que des scientifiques cachent des parts de vérité, mais je peux me tromper.

[MissJenny]

bah donc je pense que tu n'as pas vraiment compris ce qu'est la réévaluation bayesienne, qui consiste justement à traiter le cas des informations incomplètes, en utilisant au mieux l'information disponible !

la réévaluation bayesienne est juste la "meilleure façon" d'utiliser des données incomplètes, dire qu'elle ne s'applique pas parce que les données sont incomplètes, c'est un contresens absolu !

là pour le coup je crois que c'est toi qui n'as pas compris mon point de vue. Je sais bien que si on calcule des probabilités c'est qu'on n'a pas toutes les données. Mais je pense que tes calculs de probabilités conditionnelles à la hache n'ont pas de valeur. Tu ne sais rien (et moi non plus) de la probabilité d'observer CGGCGG, fût-elle conditionnelle. Les séquences n'apparaissent pas "en bloc', elles se construisent petit à petit au fil des mutations et ça tu ne le prends pas en compte (et je ne t'en blâme pas, personne ne saurait le faire parce qu'on ne connaît pas les pressions de sélection qui peuvent s'exercer sur ce bout de génome).

[Archi3]

là pour le coup je crois que c'est toi qui n'as pas compris mon point de vue. Je sais bien que si on calcule des probabilités c'est qu'on n'a pas toutes les données. Mais je pense que tes calculs de probabilités conditionnelles à la hache n'ont pas de valeur. Tu ne sais rien (et moi non plus) de la probabilité d'observer CGGCGG, fût-elle conditionnelle..

si, on sait que ce codage de l'arginine n'apparait que dans 5 % du génome du coronavirus, ce n'est pas "rien" .

Donc cette information, prise isolément, donne une probabilité de 1/400 qu'il y en ait deux de suite. Que tu argumentes qu'il y a PEUT ETRE une très bonne raison pour que cette suite de codons apparaisse précisément sur le site de clivage de la furine humaine, ok, sauf que cette très bonne raison, tu ne la connais pas et tu es incapable de la donner. Alors qu'il y a une autre très bonne raison pour laquelle cette séquence pourrait apparaitre, c'est qu'elle ait été insérée volontairement dans un virus pour étudier comment ça influence sa contagiosité sur des cellules humaines, et cette hypothèse n'est pas très improbable.

Là ton argument, c'est équivalent à dire qu'il y aurait peut etre une bonne raison pour que le sang de Maëlys se retrouve dans le coffre et qui n'a rien à voir avec le fait qu'elle ait été tuée et transportée dans la voiture. C'est possible, mais c'est bien plus improbable que l'hypothèse qu'elle a été tuée et transportée dans la voiture. Et de fait, Nordahl Lelandais a adopté cette ligne de défense face aux éléments "moins certains de façons bayesienne" (camera de la voiture etc ...), mais s'est écroulé quand on lui a présenté ce fait, parce que les explications qu'il aurait été amené à proposer étaient tous très improbables.

Pour moi, vous etes en train d'adopter une posture de déni qui n'a pas grand chose à voir avec le raisonnement objectif, mais qui est néanmoins interessante pour d'autres raisons (les raisons pour lesquelles on essaye de trouver des arguments pour nier les évidences bayesiennes, chose que j'ai déjà rencontrées dans d'autres conversations comme celles autour d'Oumuamua, entre autre . )

[Archi3]

et j'ai donné un extrait de l'avis d'un spécialiste qui, sans la quantifier précisément, arrive aux mêmes conclusions, donc vous ne pouvez certainement pas arguer qu'une erreur de raisonnement viendrait de mon incompétence en génétique (en fait bien sur c'est l'inverse, c'est APRES avoir pris connaissance de cet avis de spécialiste que je l'ai passé au crible d'un raisonnement Bayesian, pour conclure que j'étais du même avis que lui ) . Tout comme les estimations que j'ai faites "à la louche" sur Oumuamua se sont retrouvées sous des formes similaires dans des publications "de spécialistes".

[JPL]

Je trouve très déplaisant, pour ne pas dire plus l’intrusion d’une triste affaire judiciaire récente touchant une jeune enfant comme exemple de raisonnement.

[Archi3]

bon si tu me trouves un exemple d'enquête policière qui ne porte pas sur un sujet déplaisant, je veux bien l'adopter ! c'est vrai que j'y ai pensé car j'avais été frappé à l'époque par la soudaineté avec laquelle l'affaire avait été "résolue" à cause de la présence d'une minuscule tache de sang ...

mais c'est vrai que j'aurais pu prendre aussi des enquêtes "scientifiques", il y a des cas intéressant où UN SEUL résultat a bouleversé l'ensemble de la physique, comme l'expérience de Morley et Michelson , et par le même phénomène : il était tout à fait possible que le monde soit classique après tout, mais ça ne collait pas avec un truc ...

[FabiFlam]

il me semble que si on ne l'a détecté que chez des visons d'élevage et pas dans un animal sauvage, ça rend plutot plausible que ce soit l'homme qui ait été l'hôte intermédiaire pour les visons . A moins que les visons ne se fassent des virées nocturnes pour se faire des rave-parties entre élevages ?

C'est un peu vite dit, car d'après ce que je sais les élevages s'envoient des bêtes les uns aux autres, parfois il y a des échanges internationaux.

FabiFlam

[FabiFlam]

Et il existe apparemment une hypothèse que les humains pourraient refiler le virus aux bêtes mais que les visons pourraient aussi contaminer les humains en retour:
https://reporterre.net/IMG/jpg/canar...ine_visons.jpg

[MissJenny]

Ca fait déjà quelque temps qu'on sait que les animaux domestiques peuvent être porteurs du SARS-CoV2, et qu'ils l'acquièrent de l'homme. Cherche les travaux en France de Mathieu Fritz & Eric Leroy. Mais il y a aussi des études en Italie, aux USA, etc. Quant aux animaux sauvages, ils sont évidemment moins échantillonnés et aussi moins en contact avec les humains, mais il n'y a pas de raisons pour qu'ils ne puissent être infectés, vu la diversité d'animaux domestiques susceptibles de l'être.

[Archi3]

la question n'est pas vraiment là je pense , ça n'aurait rien d'étonnant que le virus circule dans les deux sens. La question est de savoir si c'est vraiment le vison qui a servi d'hôte intermédiaire pour l'épidémie humaine. De fait on n'a encore trouvé de souches intermédiaires entre le Ratg13 et le sars-cov2, pas plus chez les visons d'élevage qu'ailleurs. Je suppose que les chinois ont tout fait pour en trouver, et qu'ils ne se seraient pas privés de le faire savoir si ils en avaient trouvé.

Donc on revient au problème précédent : il n'y a aucun fait connu qui revalorise l'hypothèse naturelle par rapport à l'hypothèse laboratoire - c'est à dire aucun fait connu qui soit plus probable dans le premier scénario que dans le second.