OK, alors est ce que tu considères que la publication d'Andersen dans Nature contenait des preuves suffisantes pour écarter la piste d'une fuite ?
Si oui, tu considères donc que tous ceux qui doutent actuellement refusent de reconnaitre des évidences prouvées déjà scientifiquement il y a un an ?
OU autre question à l'envers mais équivalente, penses tu que le jugement que portes Nicholas Wade sur cet article est infondé ?
A second statement which had enormous influence in shaping public attitudes was a letter (in other words an opinion piece, not a scientific article) published on 17 March 2020 in the journal Nature Medicine. Its authors were a group of virologists led by Kristian G. Andersen of the Scripps Research Institute. “Our analyses clearly show that SARS-CoV-2 is not a laboratory construct or a purposefully manipulated virus,” the five virologists declared in the second paragraph of their letter.
Unfortunately this was another case of poor science, in the sense defined above. True, some older methods of cutting and pasting viral genomes retain tell-tale signs of manipulation. But newer methods, called “no-see-um” or “seamless” approaches, leave no defining marks. Nor do other methods for manipulating viruses such as serial passage, the repeated transfer of viruses from one culture of cells to another. If a virus has been manipulated, whether with a seamless method or by serial passage, there is no way of knowing that this is the case. Dr. Andersen and his colleagues were assuring their readers of something they could not know.
Un site de clivage par la furine est très simple (il suffit de quelques acides aminés basiques regroupés) et peut parfaitement apparaitre ex nihilo, sans aide et par mutations successives, surtout quand il y a eu un franchissement de barrière d'espèce. Ce n'est certes pas le genre d'évènement qui arrive tous les jours mais que ça arrive de temps en temps à l'échelle d'une vie humaine, ça n'a rien d'incroyable.Envoyé par Archi3
oui certes, mais je ne sais pas si tu as suivi toutes les discussions, mais :
* ce site n'est pas simplement le résultat de quelques mutations successives d'acide aminés préexistants, par rapport au génome le plus proche connu , celui du RaTG13 mais bien une INSERTION de 4 acides aminés supplémentaires par une séquence supplémentaire T-CCT-CGG-CGG-GC
sans être un pro de biochimie moléculaire j'imagine qu'insérer 12 bases d'un coup ça se fait pas si facilement.
* les deux CGG codent pour l'arginine mais parmi les 6 codons possibles, c'est le MOINS représenté dans le génome du coronavirus (seulement 5 % des cas) - donc une DOUBLE occurrence CGG-CGG n'a qu'une chance sur 400 d'arriver pour coder RR - et de fait c'est la seule séquence de ce type dans le génome du SARS-cov 2.
En revanche c'est le codage le PLUS courant chez l'homme et dans les laboratoires réalisant des séquences synthétiques d'ADN ou d'ARN
*Aucun autre beta coronavirus ne possède une site de clivage par la furine, c'est donc pas si courant que ça, et les autres coronavirus possédant un site de clivage ne sont pas au même endroit ni sur la meme séquence, rendant donc une recombinaison très improbable.
* aucune forme intermédiaire ne comportant par exemple que la présence de la forme spike adaptée au récepteur ACE 2 mais sans site de clivage n'a été identifiée, et aucun hote animal non plus.
Autrement dit, contredisez moi si je dis une bêtise, mais l'hypothèse naturelle suppose qu'une souche non identifiée (le RaTG13 est trop loin) s'est recombinée avec une autre souche non identifiée, possédant une séquence très rare chez les coronavirus, dans un animal non identifié, pour ensuite se transmettre à l'homme ...
et en plus la malchance a voulu que tout cela arrive près d'une ville où il y avait justement un des seuls laboratoires au monde bricolant le génome des coronavirus et expert dans les manips de gain de fonctionnalité, jetant par là un soupçon injustifié sur leurs travaux ... soupçons que par ailleurs bizarrement ils n'ont pas cherché à lever pleinement en collaborant en toute confiance avec une mission d'un organisme international respecté, menée par un de leurs collaborateurs les plus proches ...
La vie est si étrange, parfois ...
Dernière modification par Archi3 ; 03/06/2021 à 15h10.
ah oui j'ai oublié de dire bien sur que ce laboratoire est aussi le seul conservant des échantillons de la souche naturelle la plus proche connue de ce virus, encore un coup de pas de chance ...
Quand une polymérase commence à "déraper", souvent elle ne le fait pas à moitié. Ca peut être une comme ça peut être trois, dix ou même vingt bases qui vont être insérées d'un coup. Ensuite la sélection naturelle fait le ménage derrière, notamment les insertions introduisant un frameshift ont de très fortes chances d'être éliminées.
Oui le CGG est le codon utilisé pour les gènes synthétiques humains puisque c'est -de très peu- le codon d'arginine le plus utilisé par nos protéines. Par contre le codon le plus utilisé pour la proline est CCC, plutôt que le CCT dans le segment inséré. Quand au premier T il s'agit du nucléotide terminal pour une sérine et encore une fois ce n'est pas le nucléotide optimal, il aurait fallu un C. Donc ils auraient optimisé deux codons mais pour les deux autres ils ont oublié ? Ca n'a aucun sens.* les deux CGG codent pour l'arginine mais parmi les 6 codons possibles, c'est le MOINS représenté dans le génome du coronavirus (seulement 5 % des cas) - donc une DOUBLE occurrence CGG-CGG n'a qu'une chance sur 400 d'arriver pour coder RR - et de fait c'est la seule séquence de ce type dans le génome du SARS-cov 2.
En revanche c'est le codage le PLUS courant chez l'homme et dans les laboratoires réalisant des séquences synthétiques d'ADN ou d'ARN
La polymérase du covid se contrefiche des codons, elle copie des nucléotides. Elle recopie ce qu'elle voit sur le brin d'en face et elle ne va pas mettre un CGG à la place d'un AGA sous prétexte que le codon est le plus fréquent. Ce qui fait que certains codons sont plus fréquents que d'autres c'est la sélection naturelle. Si cette pression est forte, on s'attend à ce que les codons soient rapidement remplacés. Si cette pression est faible, il n'y a pas spécialement de raison pour que ça se fasse du jour au lendemain, auquel cas ça peut prendre des années voire plus avant que les codons soient remplacés.
Dans ce cas, si quelqu'un avait bricolé un virus pour ajouter un site furine, quel est l'intérêt de le rajouter à un endroit qu'on ne connait pas plutôt qu'à un endroit déjà utilisé par d'autres coronavirus et où ça a donc des chances bien meilleures de marcher ?*Aucun autre beta coronavirus ne possède une site de clivage par la furine, c'est donc pas si courant que ça, et les autres coronavirus possédant un site de clivage ne sont pas au même endroit ni sur la meme séquence, rendant donc une recombinaison très improbable.
Il y a de l'ordre de 1000 mutations (soit une cinquantaine d'années d'évolution) entre le Ratg13 et le covid donc on sait très bien qu'il y a dans la nature des virus animaux bien plus proches du covid que le ratg13 et qui restent à identifier. Ou alors déjà identifiées mais que la Chine n'a pas publiées. Même dans le cas d'un bricolage malveillant, c'est évident que le ratg13 ne serait pas le virus de départ.* aucune forme intermédiaire ne comportant par exemple que la présence de la forme spike adaptée au récepteur ACE 2 mais sans site de clivage n'a été identifiée, et aucun hote animal non plus.
Attention, je ne dis pas que le virus ne s'est pas échappé d'un laboratoire, celui-là ou un autre. Je ne dis pas non plus que c'est le cas, l'hypothèse du virus passé à l'Homme via les élevages est sans doute la plus probable et tout aussi gênantes pour la Chine : ça fait depuis largement avant le covid qu'on leur dit que leurs méthodes d'élevage sont une catastrophe du point de vue de l'émergence des zoonoses. Ce n'est pas pour rien que le sud et le centre de la Chine sont à l'origine d'un grand nombre de pandémies mondiales et ça n'aura surpris personne que le covid parte de là. C'est d'ailleurs la raison pour laquelle le labo a été installé à Wuhan et pas à Shanghai ou à Pékin, ces deux dernières villes n'étant pas dans la zone d'où émergent un grand nombre de pandémies.Autrement dit, contredisez moi si je dis une bêtise, mais l'hypothèse naturelle suppose qu'une souche non identifiée (le RaTG13 est trop loin) s'est recombinée avec une autre souche non identifiée, possédant une séquence très rare chez les coronavirus, dans un animal non identifié, pour ensuite se transmettre à l'homme ...
et en plus la malchance a voulu que tout cela arrive près d'une ville où il y avait justement un des seuls laboratoires au monde bricolant le génome des coronavirus et expert dans les manips de gain de fonctionnalité, jetant par là un soupçon injustifié sur leurs travaux ... soupçons que par ailleurs bizarrement ils n'ont pas cherché à lever pleinement en collaborant en toute confiance avec une mission d'un organisme international respecté, menée par un de leurs collaborateurs les plus proches ...
La vie est si étrange, parfois ...
Ce que je dis, c'est que les arguments comme quoi le virus a été bricolé sont extrêmement légers et douteux
Très intéressant Svenn, merci.
Je retiens:
1) Qu'une discussion complète sur la probabilité d'origine naturelle/artificielle de ce virus n'est pas du tout à ma portée
2) Que ce n'est sans doute pas parce qu'il y a un laboratoire manipulant les virus que la pandémie est originaire de ce coin de la Chine, c'est plutôt parce qu'il y a des risques identifiés de zoonoses qu'il y a justement à cet endroit un labo qui les étudie.
Puisque les élevages industriels (ça fait plus de un an que je pense toujours aux visons !) sont mis en cause, je me demande s'il y a eu des experts qui ont étudié les échanges internationaux dans les élevages au moment de la diffusion de la première vague, je sais que certaines personnes ont soulignés qu'il y avait de nombreux échanges entre le Hubei et la Lombardie en particulier autour de l'industrie et du commerce des fourrures. Mais les informations que nous avons eues par la presse restent très vagues.
FabiFlam
Bonjour,
Bricolé pas forcement mais une bonne vieille sélection à l'ancienne suffit peut être, car ce qui peut de produire involontairement dans un élevage peut être un chouilla accéléré dans un labo est il n'est il pas?Ce que je dis, c'est que les arguments comme quoi le virus a été bricolé sont extrêmement légers et douteux
Depuis le début certains écrivent à l'envie que le virus n'est pas d'origine artificielle (entendre bricolé) mais je n'ai pas le souvenir d'avoir lu "non produit par sélection"!
JR
l'électronique c'est pas du vaudou!
Beaucoup d'occidentaux espéraient/croyaient que le R0 en occident serait inférieur à celui en Chine mais les premières estimations laissaient penser que c'était plutôt le contraire : est-ce toujours le cas ou bien les estimations ont-elles globalement convergé ?
Dernière modification par Nicophil ; 04/06/2021 à 11h52.
La réalité, c'est ce qui reste quand on cesse de croire à la matrice logicielle.
Merci Svenn, tu es le premier sur ce fil qui apporte des vraies informations objectives qui pourraient s'opposer à l'hypothèse laboratoire !
est ce que les arguments que tu présentes ont été mis en avant dans des publications plus officielles ? (c'est pas que je les mette en doute mais je serais surpris que ces arguments ne soient pas présentés en "contre feu" ! )
par frameshift je suppose que tu veux dire un décalage de un ou deux codons qui changent complètement le sens des triplets et donc la structure de la protéine ?
c'est un bon point, mais le problème existe aussi pour expliquer que seuls les arginine se seraient "adaptés" à la transcription humaine et pas la proline et la sérine non ? as tu des chiffres pour la fréquence des CCT pour la proline et du T terminal pour la sérine ?Oui le CGG est le codon utilisé pour les gènes synthétiques humains puisque c'est -de très peu- le codon d'arginine le plus utilisé par nos protéines. Par contre le codon le plus utilisé pour la proline est CCC, plutôt que le CCT dans le segment inséré. Quand au premier T il s'agit du nucléotide terminal pour une sérine et encore une fois ce n'est pas le nucléotide optimal, il aurait fallu un C. Donc ils auraient optimisé deux codons mais pour les deux autres ils ont oublié ? Ca n'a aucun sens.
En tout état de cause il me semble moins improbable d'avoir eu une mutation changeant le CCC en CCT que de produire deux CGG de suite...
c'était plutot contre l'hypothèse de l'insertion d'une séquence "toute faite" d'un autre coronavirus, étant donné que cette séquence est en soi improbable chez les coronavirus.La polymérase du covid se contrefiche des codons, elle copie des nucléotides. Elle recopie ce qu'elle voit sur le brin d'en face et elle ne va pas mettre un CGG à la place d'un AGA sous prétexte que le codon est le plus fréquent. Ce qui fait que certains codons sont plus fréquents que d'autres c'est la sélection naturelle. Si cette pression est forte, on s'attend à ce que les codons soient rapidement remplacés. Si cette pression est faible, il n'y a pas spécialement de raison pour que ça se fasse du jour au lendemain, auquel cas ça peut prendre des années voire plus avant que les codons soient remplacés.
Si c'est aléatoire, alors c'est juste "pas de chance" (pour les chinois) que ce soit tombé sur le codon (double) le plus fréquent chez l'homme. Meme sans prendre les 5% de proportion, puisqu'il y a 6 codages possible, la suite CGG CGG a une chance sur 36 de se produire (ok elles ont toutes une chance sur 36 de se produire mais elles ne sont pas toutes particulières par rapport à l'homme).
de ce que je comprends aucun autre beta coronavirus ne l'a, mais je ne sais pas à quel point les spike des autres virus sont différentes, est ce que "le même endroit" a un sens ?Dans ce cas, si quelqu'un avait bricolé un virus pour ajouter un site furine, quel est l'intérêt de le rajouter à un endroit qu'on ne connait pas plutôt qu'à un endroit déjà utilisé par d'autres coronavirus et où ça a donc des chances bien meilleures de marcher ?
"on sait tres bien", c'est si tu supposes l'évolution naturelle. Si elle a été faite en accéléré dans le labo, l'évolution n'a peut etre pas duré 50 ans, et les formes intermédiaires ne sont peut être pas à rechercher dans des animaux dans la nature, mais dans les égouts du laboratoire ...
Il y a de l'ordre de 1000 mutations (soit une cinquantaine d'années d'évolution) entre le Ratg13 et le covid donc on sait très bien qu'il y a dans la nature des virus animaux bien plus proches du covid que le ratg13 et qui restent à identifier. Ou alors déjà identifiées mais que la Chine n'a pas publiées. Même dans le cas d'un bricolage malveillant, c'est évident que le ratg13 ne serait pas le virus de départ.
meme si tes arguments affaiblissent le rapport de vraisemblance , la réévaluation bayesienne me semble quand meme assez forte, car ton histoire suppose quand meme un certain nombre de coïncidences , qui si elles ne sont pas impossibles (comme toutes les coïncidences) restent improbables. Et l'attitude des autorités chinoises par rapport à l'enquête sur le laboratoire est assez incompréhensible, si ils n'avaient rien à cacher dedans, et que l'origine était à chercher des élevages animaux ...C'est d'ailleurs la raison pour laquelle le labo a été installé à Wuhan et pas à Shanghai ou à Pékin, ces deux dernières villes n'étant pas dans la zone d'où émergent un grand nombre de pandémies.
Ce que je dis, c'est que les arguments comme quoi le virus a été bricolé sont extrêmement légers et douteux
*était*
Si les Chinois (et les autres) ont bien cherché, l'absence de piste depuis un an a renforcé l'hypothèse animal sauvage, non ? Pourquoi pas directement d'une chauve-souris d'ailleurs ?
La réalité, c'est ce qui reste quand on cesse de croire à la matrice logicielle.
Ce que j'ai retenu d'un séminaire auquel j'ai assisté la semaine dernière (donné par Etienne Decroly, virologue cosignataire de l'appel à poursuivre l'enquête en Chine), c'est qu'il existait autant d'arguments en faveur de l'origine zoonotique que d'arguments en faveur de l'accident de laboratoire.
Et dans certains cas, la même observation peut apporter de l'eau à l'un ou à l'autre moulin. Il citait par exemple la phylogénie des virus prélevés chez les humains. Dans tous les cas connus de saut d'hôte, la phylogénie commence par des branches longues (donc peu de diversification) avant que n'apparaisse une radiation rapide. Or dans le cas de SARS-CoV2 ce n'est pas le cas et le virus se diversifie dès les premiers mois après son apparition. D'après le conférencier, les pro-accident disent : voyez, ce virus a une évolution différente de celle des virus zoonotiques, donc il ne l'est pas. Mais les pro-zoonose disent que c'est la preuve qu'en fait on n'a qu'une partie de la phylogénie et qu'en réalité le virus circulait déjà depuis quelques années chez les humains.
Oui Etienne Decroly est connu pour ça mais (de son propre aveu) n'est pas forcément représentatif de l'ensemble des virologues, il milite par ailleurs depuis longtemps contre les expériences de gain de fonction, un accident de cette sorte serait donc pour lui une confirmation du bien fondé de ses avertissements.
Pour une telle thèse non naturelle cependant, il faudrait non seulement qu'il y ait fabrication au moins partielle du virus, et en plus une fuite du labo en question. Car il peut y avoir fuite de labo hébergeant un animal réservoir sans pour autant qu'il y ait eu "engineering" du génome, et cela resterait naturel.
Dernière modification par GBo ; 04/06/2021 à 13h44.
donc dans cette hypothèse ce serait un coup de pas de chance que l'épidémie se soit mis à flamber juste dans la ville où est le laboratoire qui a décrit la souche la plus proche.
Pourquoi pas, mais ça reste une coïncidence peu probable.
Et l'explication a peu de lien avec celle d'une zoonose issue d'élevages animaux près de Wuhan. On voit mal comment le virus, même pas très contagieux, aurait pu circuler des années sans quitter sa région d'origine ... ça manque d'un scénario alternatif bien décrit quand même.
sachant qu'on sait que la "fabrication" peut aussi être obtenue par des cultures répétées sur des cellules humaines ou humanisées (ou des souris humanisées) en laboratoire, ça a déjà été fait ...
C'est un peu caricatural, il en retirerait quoi? De la gloire? Par ailleurs il est loin d'être le seul virologue ayant fait remarquer la dangerosité de ce type de recherches (voir la polémique ayant mené au moratoire interdisant le financement de telles recherches aux USA entre 2014 et 2017)
https://www.sciencemag.org/news/2017...-virus-studies
(2017)Such studies could help experts prepare for pandemics, but pose risks if the souped-up pathogen escapes the lab.
Une autre hypothèse avancée par les experts concerne de potentielles expériences menées sur les échantillons prélevés sur les mineurs décédés d'une maladie similaire au SRAS en 2012 (dont les détails / séquences n'ont pas été publiés). Officiellement, ils seraient décédé d'une infection par un champignon, les symptômes décrits dans les rares publications sur le sujet (thèses en chinois) sont compatibles avec une maladie de type SRAS. Ce sont aussi ces décès qui ont mené à la découverte au même endroit d'un virus sauvage proche du RaTG13 (proche car la séquence RaTG13 n'est pas un virus sauvage, il n'est en réalité pas efficace pour infecter les chauves souris, et semble plus adapté pour infecter les modèles de laboratoires)
Fauci dans le texte :
https://asia.nikkei.com/Spotlight/Co...an-lab-workers
Dernière modification par B4lbu ; 04/06/2021 à 19h27.
Un article (d'un scientifique mais non biologiste, astrophysicien) qui défend l'hypothèse naturelle
https://www.forbes.com/sites/startsw...h=27cb43545585
ça va peut etre plaire à certains, mais pour ma part je ne vois pas d'argument très fort contre l'hypothèse laboratoire. Il cherche surtout à diminuer l'importance des arguments pour la fuite en montrant (je pense souvent justement) que certains faits peuvent aussi s'expliquer dans un scénario "naturel". Dont acte, mais ça ne suffit pas à éliminer l'hypothèse "fuite du labo", et amha ça n'empêche pas que certains faits soient plus probables dans cette hypothèse que dans l'autre - invalidant le titre de l'article. En tout ça ça n'autorise pas à traiter de complotistes tous ceux qui présentent des arguments sérieux en faveur de l'hypothèse de fuite du labo.
Dernière modification par Archi3 ; 04/06/2021 à 22h04.
Je n'ai rien vu de plus qu'une partie des arguments de la lettre d'opinion "The proximal origin of SARS-CoV-2" (avec des interprétations libres de l'auteur)
Si le biais cognitif de l'auteur n'est pas suffisamment clair :
https://www.forbes.com/sites/startsw...y-not-science/
J'aurais plutôt tendance à faire confiance aux docteurs en virologie pour la virologie, et aux docteurs en astrophysique pour l'astrophysique
Pour rappel, voir une partie des experts en virologie qui appellent à une enquête ouverte (et leurs affiliations) :
https://science.sciencemag.org/content/372/6543/694.1
Le seul fait que les experts (donc les personnes les plus à même de savoir ce qu'il peut éventuellement se passer avec leurs expériences) soient autant divisés sur cette question en 2021 devrait suffire à démontrer qu'une autorité internationale doit être mise en place dès maintenant pour contrôler les expériences sur pathogènes les plus dangereuses (toutes nationalités confondues), que ce virus là soit d'origine naturelle, ou échappé d'une expérience en laboratoire. Une autre solution est d'attendre une pandémie avec preuve indiscutable de fuite de laboratoire ...We must take hypotheses about both natural and laboratory spillovers seriously until we have sufficient data.
Une interview d'un vrai virologue pour le coup, qui connaît manifestement bien mieux le sujet (et relativise aussi certains arguments "pro-lab"), mais qui ne dit pas du tout qu'étudier l'hypothèse "lab-leak"n'est pas de la science et relève uniquement de la théorie du complot, il est beaucoup plus balancé
https://www.salon.com/2021/05/29/a-v...ak-hypothesis/
Il dit que pour lui l'avis de la communauté s'étend de "90 -10" à "10-90".
Bonjour,
Disons que l'on peut le souhaiter mais comme les manips de "Gain of function" ne sont sans doute pas aussi innocentes et civiles que çà j'ai des doutes!Le seul fait que les experts (donc les personnes les plus à même de savoir ce qu'il peut éventuellement se passer avec leurs expériences) soient autant divisés sur cette question en 2021 devrait suffire à démontrer qu'une autorité internationale doit être mise en place dès maintenant pour contrôler les expériences sur pathogènes les plus dangereuses (toutes nationalités confondues), que ce virus là soit d'origine naturelle, ou échappé d'une expérience en laboratoire. Une autre solution est d'attendre une pandémie avec preuve indiscutable de fuite de laboratoire ...
JR
l'électronique c'est pas du vaudou!
Le point de vue de la Chine :
https://www.globaltimes.cn/page/202105/1224362.shtml
sans surprise, évidemment, ils nient formellement la théorie "lab-leak". Cependant là encore je ne vois pas d'argument expliquant pourquoi elle doit être considérée comme "extrêmement improbable".
On pourrait s'attendre que ce genre d'article présente les arguments les plus convaincants en ce sens, non? et donc que ça établit une sorte de borne supérieure de la qualité des arguments présentés ?
Ah, Drosten trouve que non :
https://twitter.com/Hergeloffeni/sta...37996582227974
La réalité, c'est ce qui reste quand on cesse de croire à la matrice logicielle.
si quelque-chose de positif sort de cette pandémie, c'est le fait que les militaires cesseront de rêver à une arme virale qui leur permettrait de supprimer leurs ennemis sans tirer un coup de feu. On voit bien qu'un fois lancé dans la nature, le virus ne s'arrête pas aux frontières du pays ennemi.
bonsoir
ben en jouant le rôle du diable je dirais:
[conspi]vu le peu de morts chinois(4636 incroyable pour moi pour un pays 1,4 milliard d’habitants) et le fait que cette pandémie profite largement à leur industrie en ruinant les nôtres on peut se demander si ce n'est pas le cas![/conspi]
JR
Dernière modification par jiherve ; 05/06/2021 à 21h03.
l'électronique c'est pas du vaudou!
c'est juste qu'ils ont su mieux confiner les gens que le virus ...
re
je reste très sceptique sur le nombre.
JR
l'électronique c'est pas du vaudou!
Le vison et les autres petits carnivores sont suspectés parce que :
- Ils sont souvent sensibles aux mêmes virus respiratoire que nous
- C'était déjà un petit carnivore (la civette) en 2003 pour le Sars
- Le covid infecte très facilement le vison en conditions de laboratoire. Par ailleurs il y a eu des cas notamment au Danemark où des élevages de vison ont été contaminés par des humains covidés. Ces deux points suggèrent que la barrière d'espèce entre l'Homme et le vison n'est pas très difficile à franchir pour ce virus
Par contre je doute que le commerce de fourrures ait joué un rôle dans la dissémination mondiale du virus. Ce virus se transmet par l'air et pas trop par contact donc des fourrures même d'animaux morts du covid, je doute que ça puisse contaminer quelqu'un.
Le virus animal connu le plus proche du covid est le "ratg13", qui a environ 1000 mutations par rapport au covid et réparties tout le long du génome. Ca représente des dizaines d'années d'évolution, de l'ordre du demi-siècle je dirais. En bricolage, c'est totalement hors de nos compétences actuelles (et tant mieux). En évolution dirigée, ça resterait extrêmement lent. Il est certain qu'il y a un virus naturel proche du covid et qui n'a pas été identifié pour le moment. Et quelque soit la cause du passage à l'Homme, je pense que la Chine n'a strictement aucune envie qu'on mette la main dessus parce que ça donnerait des pistes un peu plus solides pour comprendre ce qui s'est passé.
Il n'y avait pas spécialement de raison pour que le R0 soit différent en Chine par rapport à l'Occident. Ce qui était espéré, c'est que le R0 était surestimé. Ca arrive en début d'épidémie quand d'un seul coup on découvre qu'il y a un nouveau virus en circulation. On va alors se mettre à le chercher activement et on va trouver plein de cas. En quelques jours, on va passer d'une poignée de cas à des milliers (alors qu'en fait il y en avait sans doute déjà des centaines au début mais qu'on ne les avait pas identifiés). On aura donc l'impression d'une épidémie bien plus explosives qu'elle ne l'est réellement et on peut donc surestimer le R0 au tout début.
Finalement au début de l'épidémie en Europe on mesurait plutôt un R0 de 3,5 à 4 soit encore plus que ce que disait la Chine (autour de 2,5) et maintenant avec les nouveaux variants on est encore plus haut.
L'hypothèse de l'élevage me semble la plus plausible mais je suis très loin d'exclure la fuite d'un labo. Je vais dire que je suis à 70/30 entre les deux hypothèses. Par contre la thèse du bricolage me semble extrêmement faible et peu en accord avec ce que l'on voit.
Un frameshift, c'est effectivement un décalage d'un nombre non multiple de 3 de nucléotides, ce qui change totalement la séquence de la suite de la protéine.
Pour la fréquence des différents codons chez l'Homme, tu peux te référer à cette table : Quand on fait des gènes synthétiques, à moins qu'on ait une bonne raison de faire autrement on choisit par défaut les codons les plus fréquents pour chaque acide aminé puisque souvent ça facilite l'expression.
Quand à ce qui est arrivé au niveau de ce site furine, à moins d'avoir la séquence du virus animal à l'origine du covid on en est réduit à des spéculations. On a une polymérase qui a fait une grosse erreur et qui a inséré n'importe quoi. Pourquoi tel nucléotide plutôt que tel autre c'est une bonne question à laquelle je doute que quiconque ait la réponse. Par contre je doute que la polymérase ait consulté ses archives pour voir quel genre de codon insérer !
Les protéines d'entrée virales sont des protéines soumises à de très fortes contraintes structurales. Même quand les virus ont tellement divergé qu'on reconnait à peine les séquences, il apparait que la forme de ces protéines reste quasi inchangée. Certaines régions comme le site de liaison au récepteur sont un peu plus variables, par contre les sites furine sont en général à des endroits bien précis.
Elle est très compréhensible, que ce soit un accident d'élevage ou un accident de labo : ils ne veulent tout simplement pas admettre leur erreur et ils font de l'obstruction à tout ce qui pourrait permettre d'en savoir plus. Notamment je ne crois pas une seconde qu'ils n'aient pas encore identifié le virus animal à l'origine du covid. L'enquête internationale en Chine était une plaisanterie, qu'il s'agisse d'étudier la piste du labo ou des élevages.
En pratique on ne s'est pas comment à démarré l'épidémie, qu'il s'agisse du passage à l'Homme proprement dit ou ensuite la phase d'adapatation à l'Homme. Pendant cette période le virus peut être peu contagieux, avec un R0 proche de 1 ce qui donne précisément ces "branches longues". La phase "explosive" de l'épidémie commence quelque part entre septembre et novembre 2019. Cependant on peut très bien avoir eu une phase pré-épidémique assez longue avant ça, pendant laquelle le virus s'adaptait.
Dans le cas d'une origine artificielle du virus, il a ete dit plusieurs fois que ce virus n'a pas ete 'weaponized' (transforme en arme biologique). Je ne sais pas quels sont exactement les criteres qui permettent de dire cela (autre que ce n'est pas COVID-19 qui changerait le resultat d'une guerre, je le vois tres bien a 100km de chez moi ou ils se tirent dessus a coup de mortier depuis 5 mois et COVID-19 est devenu un probleme tres secondaire), mais je n'ai aucun doute que les militaires qui entrevoient une arme virale ont des choses beaucoup plus efficaces a portee de main, avec vaccin ou traitement associe. Donc, je ne suis pas aussi optimiste qu'ils cesseront de rever d'une telle arme.
T-K
Dernière modification par Tawahi-Kiwi ; 07/06/2021 à 04h41.
If you open your mind too much, your brain will fall out (T.Minchin)
Aucun, cela rendait juste "acceptable", et donc plus diffusable auprès d'un public plus large, l'hypothèse d'une origine artificielle du SARS-CoV-2 de la part des tenants de cette théorie de la fabrication ex-nihilo.
Note que ce tabou est sur le point de sauter parmi cette frange de "théoriciens" (du complot), puisque thich38 rapporte ici la rumeur selon laquelle les chercheurs responsables de cette manipulation génétique ont tenté dissimuler les traces de leur forfait:
Dernière modification par GBo ; 07/06/2021 à 07h04.
C'est le même problème que les discussions climatiques, critiquer un camp peut contenir des éléments de vérité sans que ça veuille dire qu'on ait toujours raison (et c'est vrai dans les deux sens).
Quoi qu'il en soit, on ne peut pas nier qu'il y a une "disputatio" entre des scientifiques, et il me semble prématuré de conclure qu'un camp a évidemment raison et l'autre tort.
Personnellement j'en suis encore à collecter les arguments des uns à des autres. C'est vrai que j'ai plutot présenté les arguments des partisans d'une "lab leak" parce qu'ils me paraissaient apporter les éléments faisant une plus grande différence entre les hypothèses (c'est à dire dont la probabilité a priori apparait moins grande dans l'hypothèse naturelle que dans l'hypothèse labo), mais encore une fois il faut aussi faire l'inverse, chercher les arguments qui fassent une différence dans l'autre sens. mais pour le moment, je n'ai pas l'impression qu'il y en ait eu vraiment des présentés dans l'autre sens, les arguments présentés par l'hypothèse "naturelle" ne rendent pas l'hypothèse labo improbable, et ne permettent pas de l'exclure.
Par exemple les arguments développés par Svenn supposent que les éléments "bizarres" comme les deux CGG ou la proximité géographique du lieu où l'épidémie a flambé avec le WIV sont des simples coïncidences, mais toute hypothèse impliquant des coïncidences a forcément un facteur de dévaluation bayesienne.
Dernière modification par Archi3 ; 07/06/2021 à 08h02.
