transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

[Bounoume]

autant pour moi..... errare humanum est..... hélas.....
un Modérateur compatissant pourrait-il corriger cette erreur?
Merci d' avance.....
-----

[Archi3]

y a-t-il un modèle théorique permettant de comprendre l'évolution de la courbe "en zig zag" en Grande Bretagne depuis l'été ?

https://ourworldindata.org/explorers...e&country=~GBR

[yves95210]

y a-t-il un modèle théorique permettant de comprendre l'évolution de la courbe "en zig zag" en Grande Bretagne depuis l'été ?

https://ourworldindata.org/explorers...e&country=~GBR

Déjà elle est moins en zigzag si tu regardes les admissions à l'hôpital ou les décès (tu sais ce que je pense des analyses basées uniquement sur les résultats des tests)

Ensuite, après le pic de juillet dû au variant delta, Reff a oscillé entre (plus de) 0,8 et (moins de) 1,2, donc finalement pas tant que ça. D'ailleurs je suppose que si on le calculait uniquement à partir des admissions les fluctuations seraient moins importantes.
Et tu sais aussi que lorsque Reff est proche de 1 il suffit de pas grand-chose pour inverser la dynamique de l'épidémie.

[Archi3]

Déjà elle est moins en zigzag si tu regardes les admissions à l'hôpital ou les décès (tu sais ce que je pense des analyses basées uniquement sur les résultats des tests)

bah si quand même elles sont toutes en zig zag. Cette forme de courbe ne me surprend pas dans l'absolu puisque j'avais déjà argumenté que d'une manière générale, comme une exponentielle ne pouvait monter à l'infini, elle déclenche forcément des rétroactions qui tendent à la limiter puis à la faire descendre, ce qui asservissait finalement la valeur moyenne de R autour de 1 (une conséquence inévitable du fait que le taux de contaminations est borné par des valeurs finies non nulles). Mais je pensais plutôt à des rétroactions sociales organisées (confinements plus ou moins forts, fermetures d'établissement recevant du public, pass sanitaires ...). Je ne crois pas que ça ait été le cas en Grande Bretagne, il s'agirait donc plutôt de rétroactions spontanées dans le comportement des gens? on peut imaginer que quand le taux de contamination dépasse un certain seuil, la probabilité de connaitre quelqu'un de contaminé augmente et du coup ça déclenche des comportements plus prudents - par exemple un seul cas dans un groupe d'amis fera qu'ils arrêteront tous de se voir. Mais j'étais curieux de savoir si ce genre de rétroaction avait été modélisée ?

[yves95210]

Mais je pensais plutôt à des rétroactions sociales organisées (confinements plus ou moins forts, fermetures d'établissement recevant du public, pass sanitaires ...). Je ne crois pas que ça ait été le cas en Grande Bretagne, il s'agirait donc plutôt de rétroactions spontanées dans le comportement des gens?

Mais aussi d'un tas de facteurs entraînant des petites fluctuations de Reff (disons +/- 30%) dans un sens ou dans l'autre, comme le début et la fin des périodes de vacances (surtout l'été), l'évolution de la météo (en particulier l'arrivée de l'automne), etc., justement parce qu'ils influent "naturellement" sur le comportement des gens, sans pour autant qu'il s'agisse de "rétroactions".

on peut imaginer que quand le taux de contamination dépasse un certain seuil, la probabilité de connaitre quelqu'un de contaminé augmente et du coup ça déclenche des comportements plus prudents - par exemple un seul cas dans un groupe d'amis fera qu'ils arrêteront tous de se voir. Mais j'étais curieux de savoir si ce genre de rétroaction avait été modélisée ?

Certainement, s'il résulte dans un nombre de cas graves et de décès assez élevé - ce qui est le cas au R-U. avec quand-même entre 120 et 160 décès par jour depuis trois mois (en fait depuis le pic de la vague due au delta, bien visible sur la courbe des cas -car accentué par la politique de test- et décalé de quelques semaines sur la courbe des décès, surtout que dans un premier temps ce sont surtout les jeunes et les non-vaccinés - eux aussi en moyenne plus jeunes - qui étaient contaminés massivement).
On l'avait d'ailleurs constaté en France durant la première vague, dont le taux de croissance avait commencé à baisser avant que le confinement soit instauré.
Mais je ne vois pas trop comment de telles rétroactions pourraient être modélisées, compte-tenu de l'ensemble des aspects psychosociologiques (et politiques, via l'instrumentalisation de la situation sanitaire par certains) qui entrent en jeu.

Mais globalement, ça se lisse sur le long terme (et il est probable que les comportements "moyens" ne redeviennent ce qu'ils étaient avant la pandémie qu'au bout d'un an ou deux, même si bien sûr les comportements individuels pourront largement s'écarter de cette moyenne).

En regardant la courbe des décès au R-U., moins bruitée, depuis début août (un peu après le pic des cas dus au delta) ça correspond à une tendance moyenne assez stable, avec un doublement en quatre mois, ce qui peut permettre aux Britanniques de passer l'hiver sans nouvelles restrictions (à condition qu'ils tolèrent un nombre de décès élevé, que la campagne de "troisième dose" devrait un peu atténuer), et de compter sur l'effet combiné de l'augmentation de l'immunité populationnelle et de l'arrivée du printemps pour faire retomber cette longue vague. Sauf mauvaise surprise (nouveau variant nettement plus transmissible que le delta), il est probable que le R-U. soit l'un des premiers pays dans lesquels le virus devenu endémique ne provoquera plus que des épidémies saisonnières.

[Archi3]

Mais aussi d'un tas de facteurs entraînant des petites fluctuations de Reff (disons +/- 30%) dans un sens ou dans l'autre, comme le début et la fin des périodes de vacances (surtout l'été), l'évolution de la météo (en particulier l'arrivée de l'automne), etc., justement parce qu'ils influent "naturellement" sur le comportement des gens, sans pour autant qu'il s'agisse de "rétroactions".

oui c'est possible qu'il y ait des fluctuations naturelles, mais à l'oeil ce qui me paraissait étonnant c'est que les pentes semblaient assez fortes ce qui semblait montrer des excursions en R assez élevées. Bon il faudrait sans doute analyser plus finement dans quels milieux (âge et CSP ) ont lieu les contagions. Effectivement tel qu'on voit les courbes, ça pourrait être compatible avec un état quasi stationnaire où le virus circule sans provoquer de saturations des services. Ceci dit l'exemple des pays germaniques montre que la situation pourrait aussi facilement déraper. J'ai essayé de comparer le nombre global d'infections cumulées entre les pays mais vu les incertitudes sur la circulation de la première vague , je ne sais pas si c'est très fiable ...

Sinon que le signal des décès semble moins bruité est assez normal car les fluctuations sont amorties par la dispersion des dates de décès par rapport aux contaminations je pense.

[yves95210]

oui c'est possible qu'il y ait des fluctuations naturelles, mais à l'oeil ce qui me paraissait étonnant c'est que les pentes semblaient assez fortes ce qui semblait montrer des excursions en R assez élevées.

Faut se méfier des impressions visuelles... Selon ourworldindata, depuis début août R a fluctué de +/- 0,15 autour de 1. Donc c'est plutôt stable.

Ceci dit l'exemple des pays germaniques montre que la situation pourrait aussi facilement déraper. J'ai essayé de comparer le nombre global d'infections cumulées entre les pays mais vu les incertitudes sur la circulation de la première vague , je ne sais pas si c'est très fiable ...

Compare les cumuls de décès, c'est plus fiable. Et pour estimer à la grosse louche le nombre réel d'infections (pas juste les cas confirmés) tu peux considérer qu'en moyenne dans les pays d'Europe de l'ouest l'IFR était de 0,7% jusqu'au printemps 2021.
Il a certainement baissé depuis grâce à la vaccination (dont on connaît à peu près l'efficacité) mais c'est impossible à estimer de combien à moins de disposer des données de vaccination de chaque pays par classe d'âge et si possible par niveau de risque (comorbidités) : dans une classe d'âge vaccinée à 80% dont l'IFR était de x% mais qui compte 10% de personnes vulnérables qui contribuaient à 90% aux décès Covid, l'impact de la vaccination sera nettement plus important si ces 10% vulnérables sont vaccinées à 100% et les autres seulement à ~60% que si les deux groupes sont vaccinés à 80%.

[JPL]

On peut espérer que la vague en cours s’approche de son maximum pour retomber peut-être assez vite, à condition que omicron ne se répande pas trop rapidement. Il y a moins d’une semaine il y avait un nombre moyen de nouvelles hospitalisations quotidiennes un peu supérieur à 40% par semaine, puis on est passé à un peu plus de 20% depuis samedi, et aujourd’hui on est à 14%.

Le nombre de cas avérés d’infection par omicron est trop faible pour apparaître dans les courbe publiées ici : https://www.gouvernement.fr/info-cor...rte-et-donnees

[yves95210]

On peut espérer que la vague en cours s’approche de son maximum pour retomber peut-être assez vite, à condition que omicron ne se répande pas trop rapidement. Il y a moins d’une semaine il y avait un nombre moyen de nouvelles hospitalisations quotidiennes un peu supérieur à 40% par semaine, puis on est passé à un peu plus de 20% depuis samedi, et aujourd’hui on est à 14%.

Le nombre de cas avérés d’infection par omicron est trop faible pour apparaître dans les courbe publiées ici : https://www.gouvernement.fr/info-cor...rte-et-donnees

Je suis un peu dubitatif : le ralentissement de la croissance du nombre d'hospitalisation semble essentiellement dû au fait que les plus âgés ont très majoritairement reçu leur rappel (du moins ceux qui étaient vaccinés...). Effectivement le nombre quotidien d'admissions a atteint un plateau chez les plus de 70 ans et semble s'en rapprocher chez les 69-69 ans. Mais chez les adultes plus jeunes ce n'est pas aussi net, même si la croissance est moins rapide depuis une ou deux semaines. Et chez les enfants <10 ans, il n'y a pas vraiment de ralentissement, alors qu'il n'y en a jamais eu autant d'hospitalisés (plus de 30 par jour) depuis le début de l'épidémie.
On approche des fêtes de fin d'année, et on ne sait pas quel sera l'impact des brassages de population (et entre générations) durant cette période. L'année dernière elle avait conduit à un rebond des hospitalisations à partir du 5 janvier, clairement due à des contaminations durant les fêtes. Malheureusement il reste suffisamment de personnes vulnérables non vaccinées (ou n'ayant pas reçu leur rappel) pour que les mêmes causes produisent les mêmes effets cette année.
Mais la campagne de rappel devrait commencer à freiner la circulation du virus chez les moins de 60 ans en janvier. Cela suffira peut-être à atteindre le pic des hospitalisations, même si les enfants continuent de se contaminer en masse.

Au sujet du nombre de cas d'omicron, je suis également dubitatif quand je vois la rapidité de sa progression en Angleterre ou au Danemark, des pays qui séquencent beaucoup plus de prélèvements que la France, et qui sont donc moins en retard sur sa détection...