transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

[yves95210]

Bonjour,

Suite à la fermeture du fil sur le variant delta, je voudrais revenir sur un sujet que j'avais évoqué la semaine dernière dans un message resté sans réponse :

Un article de Marc Gozlan pour le Monde relate les conclusions d'une étude chinoise portant sur une flambée épidémique à l'occasion de laquelle les chaînes de transmission ont pu être clairement établies dans 24 clusters.

Selon cette étude la rapidité de la transmission du variant delta est autant, voire plus, une conséquence de la diminution de l'intervalle de génération (presque 2 fois plus court que pour la souche historique de Wuhan, 2,9 (IC95%: 2,4 - 3,3) vs. 5,7 jours, au point que 20% des cas secondaires ont présenté des symptômes avant les cas primaires correspondants) que d'un taux de reproduction de base Ro plus élevé : les chercheurs chinois estiment qu'il n'est qu'environ 1,5 fois plus élevé que celui de la souche historique, 3,2 (IC95%: 2,0 - 4,8) vs. 2,2.

Le Ro du variant delta serait donc à peine supérieur à celui de la souche européenne de 2020 (celle qui portait la mutation D614G et qui était devenue majoritaire dès mars 2020) et inférieur à celui du variant alpha, estimé 43 à 90% fois plus transmissible que cette dernière, avec un intervalle de génération similaire. C'est plutôt la réduction de l'intervalle de génération (le délai moyen qui sépare la contamination d'une personne de celle de des personnes qu'elle contamine) qui donnerait un avantage au variant delta.

Pour la dynamique de l'épidémie hors mesures de contrôle, qu'on ait affaire à un Ro identique mais à un intervalle de génération deux fois plus court ou à un Ro deux fois plus élevé avec un intervalle de génération identique, le résultat est le même. Mais l'impact sur l'efficacité des mesures de contrôle est évident, puisque ça augmente fortement la probabilité qu'une personne présentant un test PCR négatif datant de moins de 48h mais ayant été contaminée après le prélèvement (ou peu avant) soit déjà contagieuse.

En revanche, l'impact de l'immunité collective serait plus précoce qu'estimé jusqu'à présent, puisque le seuil serait plus bas (68% pour la valeur la plus probable de Ro), du moins si le variant delta n'augmente pas fortement la probabilité de (ré)infection d'une personne immunisée suite à une infection par un variant antérieur ou à la vaccination. Même en supposant que cette immunité ne protège qu'à 80% contre l'infection par le variant delta et que la probabilité de transmission du virus par un immunisé (ré)infecté est 50% plus faible que par un non-immunisé (soit au total une probabilité d'infection ET transmission réduite de 90%), le seuil d'immunité collective se situerait à environ 75%.

Cela pourrait contribuer à expliquer l'évolution de l'épidémie en Inde, où la dernière enquête sérologique indique que 67% de la population sont immunisés (avec des disparités importantes entre les états), ou au Royaume-Uni où l'ONS estimait qu'environ 90% des adultes possédaient des anticorps contre le SARS-CoV-2 fin juin, et où le nombre de nouveaux cas a commencé à baisser ces derniers jours (et depuis 3 semaines en Ecosse où la vague due au variant delta avait commencé plus tôt).

Qu'en pensez-vous (de la crédibilité de l'étude chinoise et des conclusions que j'en tire) ?
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[B4lbu]

Bonjour,
apparemment la mutation P681R du variant delta augmente l'efficacité du clivage par la furine, ce qui faciliterait la fusion et expliquerait l'augmentation de la contagiosité :
https://twitter.com/TheMenacheryLab/...78571774607364
ce qui semble cohérent avec les résultats de l'étude chinoise

concernant la dynamique de l'épidémie, il est possible que les mutations des autres variants réapparaissent dans le variant delta, par exemple la mutation N501Y (variants alpha, beta, thêta, gamma) qui augmente la virulence aux températures plus élevées :
https://www.biorxiv.org/content/10.1...07.09.451812v1
Le Ro serait alors à réactualiser j'imagine

[yves95210]

Merci d'avoir répondu. Effectivement il est possible que de nouvelles mutations rendent le variant delta plus transmissible dans certaines conditions. Mais l'étude citée est basée sur des cas suivis fin mai / début juin à Guangzhou (Canton), donc dans un climat plutôt chaud. On peut donc supposer que le Ro(delta) estimé correspond aux conditions estivales chez nous.

Quoi qu'il en soit, si comme l'étude le suggère l'avantage du variant delta sur le variant alpha est surtout dû à un intervalle de génération nettement plus court et que son taux de reproduction n'est finalement pas si élevé qu'annoncé, la vaccination pourrait avoir un impact plus rapidement favorable que ce qu'indiquent les modélisations, même les plus récentes:
à ma connaissance aucune ne teste cette hypothèse, et le R_eff(delta) qu'elle prennent en considération, basé sur les observations des semaines précédentes, est toujours calculé sur la base d'un intervalle de génération identique à celui des variants antérieur. Or, si l'intervalle de génération est 2 fois plus court cela conduit à surestimer R_eff d'un facteur R_eff^1/2.

Cela ne change rien à la dynamique de l'épidémie à court terme, tant que la taille de la population susceptible d'être infectée varie assez peu. Mais à un peu plus long terme le fait de partir de R_eff=1,4 au lieu de 2, et donc d'avoir besoin de réduire la taille de la population susceptible de moins de 30% (0,4/1,4) au lieu de 50% pour ramener R_eff à 1, fait une différence importante : sachant qu'aujourd'hui en France environ 60% de la population sont immunisés (vaccinés ou déjà infectés) et qu'il en reste donc environ 40% susceptibles d'être infectés, il suffirait que 30% (au lieu de 50) de ces 40%, soit 12% de la population totale au lieu de 20%, 8% de moins, soient immunisés.
Au rythme actuel, cette différence de 8% correspond à peu près au nombre de vaccinés en 2 semaines. Autrement dit il faudrait 2 semaines de moins pour atteindre le pic de l'épidémie grâce à la vaccination, et cela aurait évidemment aussi comme conséquence de limiter le nombre d'admissions à l'hôpital et en réa (qui augmentent actuellement de plus de 60% par semaine).

C'est bien sûr pour cette raison qu'il m'avait semblé important de parler de cette étude.

Remarque : l'hypothèse d'un Ro du variant delta proche de celui du variant alpha me semble renforcée par le fait que, selon le dernier rapport technique de Public Health England sur les VOC, les taux d'attaque secondaires des deux variants sont similaires aussi bien parmi les contacts au sein du foyer qu'en dehors du foyer: 10,9% vs. 10,2% (foyer) et 5,7% vs. 5,6% (hors foyer).

[SK69202]

L'article a 3 mois. (en anglais).

[A voir en vidéo sur Futura]

[Gephil47]

L'information apportée par Yves est très intéressante.

Est-ce que ce serait un élément d'explication de la forme des courbes d'infection en Inde, au Royaume Uni, en Tunisie et aux Pays-Bas : une montée vertigineuse puis une descente brusque dans un temps très court soit un ou deux mois après le début de la montée ?

[yves95210]

Est-ce que ce serait un élément d'explication de la forme des courbes d'infection en Inde, au Royaume Uni, en Tunisie et aux Pays-Bas : une montée vertigineuse puis une descente brusque dans un temps très court soit un ou deux mois après le début de la montée ?

Attention à ne pas comparer des situations qui ne sont pas comparables.

Au R-U. l'atteinte du pic, si elle se confirme, ne peut s'expliquer que par l'effet de l'immunité collective puisqu'elle coïncide avec la levée des dernières restrictions. Mais le R-U. a un taux de vaccination élevé en plus d'être un des pays dont la population a été la plus infectée : selon les estimations de leur Office national des statistiques, entre vaccination et infection, environ 90% des adultes devaient posséder des anticorps contre le SARS-CoV-2 fin juin; et depuis le taux de vaccination a encore augmenté.

En Inde c'est peut-être un effet combiné d'un taux d'immunité élevé (mais à des degrés différents suivants les états) et des mesures de contrôle prises par les différents états. Mais il est possible que au moins dans certains états le taux d'immunité suffise à expliquer la baisse des cas.

En Tunisie, la baisse des cas a commencé une dizaine de jours après le durcissement des mesures le 1er juillet (couvre-feu, interdiction de toutes les manifestations publiques, renforcement du contrôle des protocoles sanitaires dans les commerces, etc.).
Au vu du nombre de décès (19000 pour 11 millions d'habitants, comparable aux 120000 pour 67 millions en France) et compte-tenu du fait que la population tunisienne est plus jeune que la française, il est probable qu'un plus grand pourcentage de la population ait été infecté qu'en France. Mais vu le taux de vaccination (moins de 15% de primo-vaccinés et 8% complètement), ça ne suffit certainement pas pour que la baisse des cas puisse être attribuée uniquement à l'immunité collective.

Au Pays-Bas aussi la baisse des cas depuis le 20 juillet est consécutive aux renforcement des mesures, en vigueur depuis le 10.

[vpharmaco]

Au Pays-Bas aussi la baisse des cas depuis le 20 juillet est consécutive aux renforcement des mesures, en vigueur depuis le 10.

Oui, mais rien ne dit que ce soient ces renforcements qui soient responsables de la baisse des cas . On peut aussi envisager que les Pays-Bas aient tiré bénéfice d'une immunité collective au même titre que le RU. Les taux de vaccination complète ne sont pas si différents entre les deux pays (56% vs 50%) et les Pays-bas ont eu plus de cas (recensés) de COVID/hab que le RU depuis le début de la pandémie.

Espérons que l'on suive le même chemin ! (mon côté optimiste me fait voir un petit tassement dans la croissance des cas en France depuis quelques jours )

[yves95210]

Oui, mais rien ne dit que ce soient ces renforcements qui soient responsables de la baisse des cas . On peut aussi envisager que les Pays-Bas aient tiré bénéfice d'une immunité collective au même titre que le RU. Les taux de vaccination complète ne sont pas si différents entre les deux pays (56% vs 50%) et les Pays-bas ont eu plus de cas (recensés) de COVID/hab que le RU depuis le début de la pandémie.

Sur le long terme (depuis le début de l'épidémie) le nombre total de cas n'est pas un indicateur fiable, car les politiques (et moyens) de test ont beaucoup évolué...
Si on regarde le nombre de décès par million, dans des pays comparables en termes de démographie, les Pays-Bas (1050) sont loin derrière le R-U. (1950) et la France (1670). Ce serait étonnant qu'une telle différence s'explique uniquement par la qualité des soins car dans aucun de ces pays le système de santé n'a été débordé. Le nombre réel d'infectés par million au Pays-Bas est donc probablement beaucoup plus faible qu'au R-U. Mais au printemps 2020 le nombre réel de cas était très largement sous-estimé au R-U. (comme en France), du fait du faible nombre de tests pratiqués.

En fait le nombre de nouveaux cas n'est un indicateur à peu près fiable que sur du court terme (assez court pour que la couverture des tests n'évolue pas trop, que ce soit à cause des moyens mis en œuvre ou de la propension des gens à se faire tester), pour donner une tendance.

Espérons que l'on suive le même chemin ! (mon côté optimiste me fait voir un petit tassement dans la croissance des cas en France depuis quelques jours )

J'ai la même impression en regardant la courbe sur Covidtracker : le taux de croissance semble être retombé à 100% par semaine au lieu de 130 à 150%. A vue de nez cette inflexion s'est produite environ 7 jours après le discours de Macron. Pas étonnant, car les comportements des gens évoluent en fonction de leur perception des risques, et le délai moyen entre contamination et test est de 6 ou 7 jours (peut-être moins avec le variant delta si les symptômes apparaissent plus tôt), au moins chez les patients symptomatiques.
Et, sous réserve que les données soient fiables, le nombre de cas dus aux autres variants, qui augmentait aussi (même si leur part de l'ensemble des cas diminuait), a cessé d'augmenter depuis quelques jours (https://raw.githubusercontent.com/ro...ts_nombre.jpeg), un peu plus tard que l'inflexion ci-dessus mais ça peut être dû au délai supplémentaire nécessaire pour les tests de criblage.

Mais j'attends quand-même de voir ce que ça donnera sur le nombre d'admissions à l'hôpital, dont la croissance reste exponentielle depuis le 5 juillet, et a même plutôt accéléré la dernière semaine (normal car la croissance du nombre de cas avait aussi accéléré une semaine plus tôt).

Remarque : le fait que le nombre de cas dus aux autres variants ait augmenté ces dernières semaines montre que les mesures barrière sont moins efficaces que durant l'été 2020 (ou en tout cas l'étaient jusqu'au 13 juillet...). En effet, à mesures et comportements identiques, même avec la transmissibilité du variant alpha 40 à 60% plus élevée que celle du variant européen de 2020, le taux d'immunité de la population (environ 60%) devrait suffire à maintenir R_eff(alpha)<1 : en juillet 2020 on avait R_eff~1,3. A comportements équivalents, pour le variant alpha ça donnerait R_eff~1,8 à 2,1 en juillet 2021, mais avec seulement 40% de la population susceptibles d'être infectés au lieu de plus de 90% on devrait avoir R_eff<0,95.

[Nicophil]

Merci Yves d'attirer l'attention sur ce point très important.

le nombre total de cas n'est pas un indicateur fiable

Si on regarde le nombre de décès par million, dans des pays comparables en termes de démographie, les Pays-Bas (1050) sont loin derrière la France (1670). Ce serait étonnant qu'une telle différence s'explique uniquement par la qualité des soins

Si on regarde l'excès de mortalité toutes causes, très proche aux Pays-Bas et en France, une telle différence s'explique en très grande partie par la propension à attribuer ou non le décès à HCoV-2019.
https://www.economist.com/graphic-de...deaths-tracker

L'occasion de rappeler que les autres HCoV (les "gentils") emportent parfois dans la mort eux aussi : "toutes les infections virales blessent, la dernière tue".

[yves95210]

Si on regarde l'excès de mortalité toutes causes, très proche aux Pays-Bas et en France, une telle différence s'explique en très grande partie par la propension à attribuer ou non le décès à HCoV-2019.
https://www.economist.com/graphic-de...deaths-tracker

Tu as sans-doute raison. Mais l'excès de mortalité au R-U. ("Britain" dans ce tableau) est quand-même 40% plus élevé qu'aux Pays-Bas et en France, et en l'occurrence c'est surtout la différence entre les situations de ces deux derniers pays et celle du R-U. qui importe.
Si on admet que le pourcentage d'infectés dans la population est proportionnel à l'excès de mortalité, en partant de l'estimation de ce pourcentage en France (entre 25 et 30%), au R-U. il doit être d'environ 40%.
Comme en plus le taux de vaccination y est plus important (ils avaient atteint les 50% de complètement vaccinés le 1/7, plus 17% n'ayant encore reçu qu'une dose), cela donne un pourcentage d'immunisés nettement plus important au R-U. que chez nous ou aux Pays-Bas.

Mais ce pourcentage ne suffirait sans-doute pas à expliquer l'atteinte du pic au R-U. (et auparavant en Ecosse) si le Ro du variant delta était aussi élevé (entre 7 et 10) qu'estimé en se basant sur intervalle de génération identique à celui du variant alpha et des précédents. Avec en plus la capacité accrue du variant delta à provoquer des (ré)infections chez des personnes immunisées grâce au vaccin ou à une infection antérieure, il faudrait que 90 à 95% de la population soient immunisés. Or jusqu'à présent les moins de 18 ans sans comorbidités (plus de 20% de la population) ne sont pas éligibles à la vaccination au R-U., ce qui rend cette hypothèse très improbable.
Alors que, si l'intervalle de génération du variant delta était effectivement deux fois plus court, il suffirait que son Ro soit proche de 3 pour expliquer la croissance observée. Mais dans ce cas (en considérant que le risque d'infection + transmission est 90% plus faible pour un vacciné ou un ancien infecté que pour un non-immunisé), il suffirait aussi que plus de 75% de la population soient immunisés pour que R_eff soit inférieur à 1, même en l'absence de mesures de contrôle. C'est déjà nettement plus crédible.

A vue de nez, ce taux d'immunité devrait être atteint en France avant fin août, puisque plus de 65% de la population seront complètement vaccinés et au moins 30% des 35% restant seront immunisés par une infection antérieure. Au taux de croissance actuel du nombre d'admissions à l'hôpital (+70% par semaine), on pourrait espérer que le pic des hospitalisations ne dépasse pas celui de la deuxième vague (entre 2500 et 3000 admissions par jour). Pas top mais pas complètement dramatique non plus, d'autant moins que la mortalité hospitalière a nettement diminué avec la baisse de la moyenne d'âge des hospitalisés.
Mais bon, cette projection repose sur une hypothèse encore spéculative. Et même si les épidémiologistes en ont connaissance (après tout l'étude chinoise n'a pas dû rester complètement inaperçue, puisqu'elle a au moins donné lieu à un article sur le site du Monde, dont l'auteur est habituellement bien informé), je suppose qu'il est trop tôt pour qu'ils basent leurs projections dessus. Il faudrait déjà vérifier qu'elle permet d'expliquer la dynamique de l'épidémie en France depuis juin, en construisant un modèle approprié, ce dont je suis bien incapable.

Si obi76 passe par là, il pourra peut-être nous dire ce qu'il en pense, ou au moins si les épidémiologistes avec qui il travaille ont entendu parler de cette étude et la prennent au sérieux.

[pascelus]

TSi on admet que le pourcentage d'infectés dans la population est proportionnel à l'excès de mortalité, en partant de l'estimation de ce pourcentage en France (entre 25 et 30%), au R-U. il doit être d'environ 40%.

Une bizarrerie: le nombre des tests effectués au RU est presque le triple de celui réalisé en France si on en croit Covidtracker (voir courbe ci-dessous, limitée à 2021 afin que la disponibilité des tests soit comparable). On devrait donc logiquement retrouver un nombre de cas positifs supérieur à celui de la France mais ce n'est pas le cas. Les deux pays tournent autour de 6M de cas détectés. Et pourtant comme tu le dis il y a 40% de formes graves de plus au RU qu'en France. Cet écart ne semble pas justifier forcément un pourcentage d'infectés en corrélation.
Peut-etre faut-il y voir l'effet de l'étendue prioritaire dans ce pays des variants Beta et Delta ?

[yves95210]

Une bizarrerie: le nombre des tests effectués au RU est presque le triple de celui réalisé en France si on en croit Covidtracker (voir courbe ci-dessous, limitée à 2021 afin que la disponibilité des tests soit comparable). On devrait donc logiquement retrouver un nombre de cas positifs supérieur à celui de la France mais ce n'est pas le cas.

Pour en conclure ça il faudrait aussi comparer le taux de positivité des tests, sur des périodes comparables (pics des vagues ou au contraire périodes de faible incidence).

Je ne connais pas la politique de test au R-U. Il est possible qu'ils pratiquent plus de tests systématiques (sans a priori sur le fait que les personnes testées soient "cas contacts"; en particulier il me semble qu'ils l'ont fait sur des villes ou des quartiers entiers lorsqu'ils ont commencé à s'inquiéter de la progression du variant delta), ou que leur définition des cas contacts soit plus exhaustive que la nôtre.
Je ne sais pas non plus si l'accès à certains lieux publics y était conditionné (avant la levée des restrictions) par la présentation d'un test négatif, ce qui a évidemment pour effet de gonfler artificiellement le nombre de tests pratiqués (suffit de voir l'augmentation spectaculaire du nombre de tests en France depuis le 21 juillet...).
Toutes ces hypothèses peuvent augmenter le rapport nombre de tests pratiqués / nombre de cas confirmés, surtout dans les périodes où l'incidence n'est pas trop élevée.

[pascelus]

Une autre explication est possible: en France il y a 6 lits d'hôpital pour 1000 habitants alors qu'au RU c'est 2.5 seulement! D'ou potentiellement plus de décès pour autant voire moins de contaminés, surtout qu'ils ont eu des pics plus élevés que chez nous...

Sinon pour les test en France ils ont été gratuits alors qu'au RU ils coutent près de 300 euros, ce qui n'est pas un facteur pour encourager leur nombre...

Leur nombre de tests est sur toute la période pandémique superieur à celui de la France. Difficile de penser que les périodes de faible incidence fassent baisser a ce point le taux de positivité.

[yves95210]

Difficile de penser que les périodes de faible incidence fassent baisser a ce point le taux de positivité.

et pourtant...

PS : nos derniers messages sont un peu HS par rapport au sujet du fil, même si évidemment le taux d'immunité de la population britannique est un critère important pour juger de la crédibilité de l'hypothèse présentée. Mais si l'Office for National Statistics estime (sur la base de prélèvements sanguins effectués sur un échantillon sélectionné aléatoirement) qu'environ 90% des adultes britanniques auraient été testés positifs aux anticorps contre le SARS-CoV-2 fin juin, ce n'est sans-doute pas pour rien. Donc dans le cadre de ce fil je m'en tiendrai à cette estimation.

[FabiFlam]

Bonjour,

Donc là j'avoue avoir du mal à suivre ... J'ai lu que le variant delta était plus contagieux car il y avait allongement de la période présymptomatique et contagieuse en comparaison des autres variants. Ce qui donnait un R0 supérieur. J'avais cru comprendre que le delta ne contaminait pas plus vite mais qu'il avait plus de temps pour contaminer avant que la personne infectée soit symptomatique et donc isolée.

Là Yves parle du temps de génération et je ne comprends pas bien ce que c'est ... On peut avoir une petite synthèse du pb ?

FabiFlam

[yves95210]

Là Yves parle du temps de génération et je ne comprends pas bien ce que c'est ... On peut avoir une petite synthèse du pb ?

Ce n'est pas moi qui en parle, c'est l'étude citée. Je n'ai fait qu'essayer de comprendre l'impact que ça pourrait avoir.

L'intervalle de génération t_g est le temps moyen qui sépare l'infection d'une personne de celle de ses descendants directs dans une chaîne de transmission.

Par exemple, si l'intervalle de génération est deux fois plus court pour le variant D que pour le variant A (t_g(A)=2 t_g(D)) et si leur taux de reproduction R_eff est le même, t_g(A) après qu'une personne ait été contaminée le variant A, en moyenne elle aura contaminé (directement) R_eff autres personnes, alors que si elle a été contaminée par le variant D, en moyenne elle aura contaminé directement R_eff personnes qui elles-mêmes en auront contaminé au total R_eff².

[FabiFlam]

Mais c'est justement ce que je ne comprends pas : comment l'intervalle entre 2 infections pourrait dépendre du variant ? Selon moi cela dépend plus de la charge virale et du comportement de la personne infectée ! Donc je comprends si la charge virale est supérieure et si la période de contagion est allongée, mais sinon je ne vois pas !

[yves95210]

Si la charge virale d'une personne infectée est plus importante, la probabilité p qu'elle contamine un contact lors d'une rencontre est plus élevée.
Si une personne moyenne en rencontre N autres par jour dans des conditions permettant la transmission du virus, elle va en contaminer p*N par jour, et p*N*t_c durant la période t_c (exprimée en nombre de jours) où elle est contagieuse^(*).

Au total on arrive au même nombre moyen de cas secondaires avec par exemple une durée de contagiosité deux fois plus courte et p deux fois plus élevée.
Mais si c'est non seulement la durée de contagiosité qui est plus courte mais aussi celle entre le moment où une personne est contaminée et celui où elle devient contaminante, le résultat est un intervalle de génération plus court et un taux de transmission (à ne pas confondre avec le nombre de reproduction) plus élevé.

(*) Evidemment ce n'est pas si simple, car la plupart des gens n'ont que quelques contacts à risque dans la vie de tous les jours, membres de leur foyer, collègues avec qui ils partagent un bureau ou des repas, etc. Et sur les N contacts qu'ils ont par jour, il y en a qu'ils vont voir à plusieurs reprises pendant la période où ils sont contagieux, et ils ne vont pas les contaminer plusieurs fois...

[yves95210]

Bonjour FabiFlam (et les autres),

Une publication (britannique) intéressante pour comprendre le lien entre taux de croissance (growth rate, qui est la variable mesurée dans le cadre de l'étude), le nombre de reproduction et l'intervalle de génération. Elle porte sur le variant alpha (B.1.1.7), mais elle explore, entre autres hypothèses, celle d'un intervalle de génération plus court pour montrer que, pour le variant alpha, elle ne colle pas avec les observations :
en particulier, elle aurait dû conduire à une décroissance plus précoce (et rapide) sous l'effet du renforcement des mesures fin décembre au R-U., puisque, à taux de croissance donné, si l'intervalle de génération est plus court, le nombre de reproduction est plus petit et les mesures nécessaires pour le ramener en-dessous de 1 sont donc moins lourdes que dans le cas opposé (de même, le taux d'immunité nécessaire pour ramener R_eff en-dessous de 1 est plus faible).

Mais si les auteurs de cette étude se sont donné la peine d'explorer cette hypothèse, c'est bien qu'elle n'avait rien d'absurde a priori.

L'étude chinoise citée au début de ce fil permet quant à elle de déterminer directement l'intervalle de génération du variant delta, puisqu'elle est basée sur le suivi de chaînes de contamination clairement identifiées. A moins de mettre en doute les données, il semble donc difficile de réfuter le résultat obtenu, qui plus est avec un intervalle de confiance assez étroit.
Mais, je le répète, ce résultat serait plutôt une bonne nouvelle car aussi bien la vaccination que d'éventuelles mesures de contrôle "non pharmaceutiques" devraient avoir un effet plus rapide qu'espéré sur la base de projections qui supposent toutes que l'intervalle de génération du variant delta est le même que celui du variant alpha (et des précédents).

[FabiFlam]

Si la charge virale d'une personne infectée est plus importante, la probabilité p qu'elle contamine un contact lors d'une rencontre est plus élevée.
Si une personne moyenne en rencontre N autres par jour dans des conditions permettant la transmission du virus, elle va en contaminer p*N par jour, et p*N*t_c durant la période t_c (exprimée en nombre de jours) où elle est contagieuse^(*).

Au total on arrive au même nombre moyen de cas secondaires avec par exemple une durée de contagiosité deux fois plus courte et p deux fois plus élevée.
Mais si c'est non seulement la durée de contagiosité qui est plus courte mais aussi celle entre le moment où une personne est contaminée et celui où elle devient contaminante, le résultat est un intervalle de génération plus court et un taux de transmission (à ne pas confondre avec le nombre de reproduction) plus élevé.

(*) Evidemment ce n'est pas si simple, car la plupart des gens n'ont que quelques contacts à risque dans la vie de tous les jours, membres de leur foyer, collègues avec qui ils partagent un bureau ou des repas, etc. Et sur les N contacts qu'ils ont par jour, il y en a qu'ils vont voir à plusieurs reprises pendant la période où ils sont contagieux, et ils ne vont pas les contaminer plusieurs fois...

Okay, ça va, je viens de comprendre, merci beaucoup Yves.

[khurnous]

Bonjour,

Nouvel article du Dc Gozlan portant sur le delta et un état des états unis :

https://www.lemonde.fr/blog/realites...ment-vaccines/

[yves95210]

Nouvel article du Dc Gozlan portant sur le delta et un état des états unis :

https://www.lemonde.fr/blog/realites...ment-vaccines/

Selon les CDC, on dénombre 35 000 infections symptomatiques par semaine parmi 162 millions d’Américains vaccinés.

Je ne sais pas exactement quelle est la semaine concernée. Je suppose ce n'est pas la dernière puisque le rapport du CDC date d'il y a quelques jours; la semaine précédente, il y eu environ 350 000 cas confirmés parmi les 328 millions d'Américains. Donc 90% (3150000) concernent des non vaccinés (à peu près aussi nombreux que les vaccinés) et seulement 10% des vaccinés. Autrement dit le risque d'infection des vaccinés serait environ 9 fois plus faible que celui des non-vaccinés.
Rigoureusement il faudrait comparer les nombres de cas symptomatiques; mais même en supposant qu'il y ait proportionnellement deux fois plus de cas asymptomatiques parmi les vaccinés que parmi les non-vaccinés (ce qui ne semble pas confirmé par l'analyse des cas survenus au Massachusetts), le risque d'infection des vaccinés resterait encore nettement plus faible que celui des non-vaccinés.

Le taux de vaccination du Massachusetts (64% de complètement vaccinés au 1/8, 72% au moins une dose, chiffres qui ont peu augmenté depuis le 1/7) est nettement supérieur à la moyenne américaine (50%, 58%). Malgré cela le fait que sur les 469 identifiés, 346 cas (73%) concernent des personnes complètement vaccinés est assez surprenant : le risque d'infection des vaccinés serait supérieur (!) à celui des non vaccinés, en contradiction totale avec les résultats à l'échelle nationale et avec ceux obtenus dans d'autres pays où le variant delta est aussi prédominant.
Il y a donc forcément un biais quelque-part... Par exemple on ne connaît pas la proportion de vaccinés ayant participé aux rassemblements évoqués, le plus souvent sans masques (vu les recommandations faites par le CDC fin mai) contrairement aux non-vaccinés.

D'autre part le fait que la charge virale mesurée chez les vaccinés infectés soit aussi élevée que chez les non-vaccinés ne suffit pas à conclure que les premiers risquent de transmettre le virus autant que les seconds. Voir par exemple https://threader.app/thread/1421550490832224257, avec à la fin le lien vers l'étude singapourienne citée (le lien qui figure au début du thread est cassé).

Bref la situation aux USA est assez confuse, et la communication du CDC n'aide pas à y voir clair.

[polo974]

C'est moi qui rêve, ou bien on plafonne "déjà" un peu en métropole avec le delta?
C'est le virus qui perd du terrain ou les gens qui se re-protègent mieux?

Enfin, je parle de la courbe des cas, pour le côté hôpital, c'est loin d'être fini...

Et pour les DOM, c'est pas gagné, vu qu'on est mal coté vaccin (et encore, la Réunion, c'est le moins pire)...

[yves95210]

C'est moi qui rêve, ou bien on plafonne "déjà" un peu en métropole avec le delta?
C'est le virus qui perd du terrain ou les gens qui se re-protègent mieux?

Difficile à dire, mais la courbe a commencé à s'infléchir une dizaine de jours après le discours de Macron qui a peut-être servi d'"électrochoc" pour certains. Plus l'effet d'une météo plus estivale depuis la mi-juillet.

Je ne me risquerais pas à y voir un effet de l'immunité collective (en tout cas pas seulement). Mais quand-même, en tenant compte du taux de vaccination et du nombre d'infectés par tranche d'âge, en métropole plus de 75% des adultes doivent être immunisés, environ 10% de plus qu'il y a deux semaines, ce qui contribue à faire baisser R_eff significativement, puisque la population susceptible d'être infectée a diminué d'au moins un quart.

Remarque, en considérant que l'intervalle de génération du variant delta est de 2,9 jours (selon l'étude chinoise), si R_eff(delta) baisse de 25%, le taux de croissance hebdomadaire du nombre de contaminations baisse de 50% puisque 0,75^(7/2,9)=0,5. Finalement ça ne collerait pas si mal avec les observations. Mais je préfèrerais attendre une semaine de plus pour confirmer ça...

Enfin, je parle de la courbe des cas, pour le côté hôpital, c'est loin d'être fini...

Si le nombre de cas confirmés est représentatif du nombre réel d'infections, comme il augmente nettement moins vite depuis la semaine dernière, on devrait voir l'impact sur la croissance du nombre d'admissions à l'hôpital dès cette semaine. Mais jusqu'à aujourd'hui (avec les données mises à jour hier soir), cette croissance est encore exponentielle.
Et la moyenne d'âge des infectés risque de repartir à la hausse, et avec elle le rapport hospitalisés/infectés : le taux de vaccination des plus âgés ne va plus beaucoup augmenter et il en restera 10 à 15%, alors que celui des jeunes est en forte augmentation.

Et pour les DOM, c'est pas gagné, vu qu'on est mal coté vaccin (et encore, la Réunion, c'est le moins pire)...

Oui, j'ai vu que vous êtes confinés...

[yves95210]

Le taux de vaccination du Massachusetts (64% de complètement vaccinés au 1/8, 72% au moins une dose, chiffres qui ont peu augmenté depuis le 1/7) est nettement supérieur à la moyenne américaine (50%, 58%). Malgré cela le fait que sur les 469 identifiés, 346 cas (73%) concernent des personnes complètement vaccinés est assez surprenant : le risque d'infection des vaccinés serait supérieur (!) à celui des non vaccinés, en contradiction totale avec les résultats à l'échelle nationale et avec ceux obtenus dans d'autres pays où le variant delta est aussi prédominant.
Il y a donc forcément un biais quelque-part... Par exemple on ne connaît pas la proportion de vaccinés ayant participé aux rassemblements évoqués, le plus souvent sans masques (vu les recommandations faites par le CDC fin mai) contrairement aux non-vaccinés.

Et voici l'explication (source):

First of all, this CDC report is not a controlled study. This is a report from a period of time when 60,000 mostly gay men descended on a resort town to pack themselves into poorly-ventilated bars and clubs every day for several days. Virtually no one was wearing a face mask. A couple of clubs were requiring proof of vaccination for entry, but most were not. It rained a lot those two weeks, driving the hordes indoors even more than usual. How do I know all this? I was there! (I spent 99% of my public time outdoors, and wore a mask the few times I had to go indoors.)
This was an exceptional circumstance in an exceptional location.
Now, let’s look at the numbers. While Barnstable County overall has a 69% vaccination rate, Provincetown itself is 95% vaccinated. The demographics of the visitors — predominantly liberal gay men, a minority of liberal lesbians, and a further minority of liberal straight folks — is also likely to be close to 95% vaccinated. This was certainly true at the guest house where I stayed, and the one indoor show I attended, where everyone was vaccinated. Unfortunately too many people assumed that it was 100% all the time.
There were 60,000 visitors to Provincetown during the period in question. That would translate to 57,000 vaccinated folks and 3,000 unvaccinated folks.
How many tested positive for Covid? Current reports say about 750 vaccinated folks and 250 unvaccinated.
This means that 750/57000 vaccinated folks tested positive, or 1.3%. 250/3000 unvaccinated folks tested positive, or 8.3%. Being vaccinated gave you a more than 6-fold protection against Covid than being unvaccinated. This is similar to the protection figures published in the early spring of 2021, before the Delta variant had any impact in this country.
(...)
The Provincetown numbers tell me that the vaccines are working. That this outbreak happened in Provincetown during its busiest two weeks of the summer tells me that when you pack as many mask-less people as possible into poorly-ventilated rooms for long stretches of time, and then throw unvaccinated folks into the mix, even the fully-vaccinated can’t escape the risk. But this was always the case, and this will always be the case. Delta has not changed this.

Sans commentaire (à propos de la communication du CDC et de la façon dont elle est relayée dans la presse grand-public, y compris par de supposés experts - comme Marc Gozlan sur le site du Monde).

[Nicophil]

95 % de vaccinés ??

Bon, mais si c'est 85 % ?

[yves95210]

95 % de vaccinés ??

Crédible puisque les 60000 personnes concernées sont (je suppose) essentiellement des adultes, appartenant à une catégorie de population qui selon l'auteur est fortement vaccinée aux USA - où il y a d'énormes disparités dans l'adhésion à la vaccination, entre états (suivant leur couleur politique) et entre catégories de population.

Bon, mais si c'est 85 % ?

Le même calcul donne 0,85*60000=51000 et 750/51000=1,5% d'infections parmi les vaccinés, et 250/9000=2,8% parmi les non vaccinés. Moins bien, certes (mais à peu près aussi bien que les vaccins contre la grippe); il faudrait regarder de plus près ce que ça donnerait sur la réduction du risque de cas grave.

Mais ça resterait assez surprenant si on compare ce résultat à ceux obtenus ailleurs, dont celui cité à la fin de l'article de M. Gozlan. J'ai donc plutôt tendance à croire l'explication donnée ci-dessus, dont l'auteur semble savoir de quoi il parle.
Ceci dit, il est possible que dans un contexte où les gens étaient particulièrement exposés, le taux d'infection des vaccinés soit très supérieur à celui observé dans la vie de tous les jours.

[Gyrocompas]

Bonjour,

Le même calcul donne 0,85*60000=51000 et 750/51000=1,5% d'infections parmi les vaccinés

Ce serait vrai si la population était homogène en tout point.
La comparaison de l'évolution des courbes décès vs contaminations entre les alpes maritimes et la Martinique est éclairante.
Montré depuis longtemps aux US, le mode de vie lié à l'instruction, aux revenus etc. est un facteur déterminant sur les conséquences.
Dans le sud est, la Raoultmania explique partiellement les chiffres locaux, rejet de ce qui vient de la capitale.

[encoreunautre]

La comparaison de l'évolution des courbes décès vs contaminations entre les alpes maritimes et la Martinique est éclairante.
Montré depuis longtemps aux US, le mode de vie lié à l'instruction, aux revenus etc. est un facteur déterminant sur les conséquences.
Dans le sud est, la Raoultmania explique partiellement les chiffres locaux, rejet de ce qui vient de la capitale.

tes insinuations sont plus que douteuses. J’aimerai bien que tu nous éclaires sur la révélation qui t’ai apparu en rêve ce matin peu avant 9h. Quel lien as tu trouvé entre l’instruction des individus et le nombre de décès par exemple. Qu’on comprenne un peu…

[pascelus]

Personnellement je comprends parfaitement ce que veux dire Gyrocompas. Poser comme base une moyenne des individus d'un pays ne reflète que de très (trop) loin les disparités.
Notamment en France il est fort possible que l'immunité naturelle, bien que non atteinte dans la globalité de la population, soit suffisante dans la catégorie de personnes à comportements risqués. C'est à dire tout ceux qui ont propension, soit par leur profession, soit par leur mode de vie plus "social" que d'autres (fêtes, sorties et réunions entre amis, restaus fréquents, etc...), à avoir déjà été en contact avec le virus.
C'est possiblement la cause principale du pic ou plateau dans lequel nous semblons entrer sans mesures barrières importantes.
En tout cas ce ne peut pas etre l'effet d'annonce "électrochoc" du pass sanitaire car entre le 12/7 et le début de cette inflexion des courbes il n'y a pas eu assez de temps pour vacciner deux fois et laisser le temps aux anticorps de se développer...