transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie - Page 6
Répondre à la discussion
Page 6 sur 12 PremièrePremière 6 DernièreDernière
Affichage des résultats 151 à 180 sur 339

transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie



  1. #151
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie


    ------

    Citation Envoyé par papy-alain Voir le message
    La visualisation du graphique est quelque peu tronquée par l'échelle logarithmique.
    C'est pourtant comme ça que c'est le plus clair. Mais, pour te faire plaisir, voici le même en échelle linéaire (j'ai dû supprimer la courbe "total" pour ne pas trop écraser les autres) :
    Nom : image_2021-08-13_092020.png
Affichages : 427
Taille : 53,6 Ko

    -----

  2. #152
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Après ma réponse à papy-alain, je reprends le fil de mes messages précédents...

    3) Si on regarde plus précisément les données concernant les 20-29 ans, la baisse du taux de croissance de l'épidémie peut être essentiellement imputée à la vaccination (même si l'extension du passe sanitaire aux salles accueillant plus de 50 personnes, dont les boîtes de nuit etc., dès le 21/7 a pu donner un coup de pouce. Mais le taux de croissance du nombre de cas avait nettement commencé à baisser avant le 27/7, date au plus tôt à laquelle cette mesure a pu avoir un impact, compte-tenu du délai d'incubation).
    En 7 semaines entre mi-juin et début août leur taux de vaccination complète est passé de moins de 10% à plus de 50%, soit une augmentation moyenne de 6% par semaine. En tenant compte du nombre d'immunisés post-infection (qui n'a augmenté que de 5%, les infections depuis mi-juin ne représentant qu'une petite fraction du cumul depuis début 2020), la population encore susceptible de contribuer à la circulation du virus est passée de 60% à 30% des 20-29 ans. Cela suffit à expliquer une division par 2 du nombre de reproduction, à peu près ce qu'on observe.

    4) La bonne nouvelle, c'est que l'impact de la vaccination sur l'évolution du nombre de cas parmi les moins de 50 ans jusqu'à aujourd'hui n'est déterminé que par le taux de primo-vaccinés avant le 12 juillet (complètement vaccinés aujourd'hui).
    Après le 12 juillet, le nombre de primo-vaccinations (qui augmentait de plus en plus lentement dans les semaines précédentes) est fortement reparti à la hausse. En particulier le taux de primo-vaccination des 18-29 ans est passé de 52% le 15/7 à 75% quatre semaines plus tard. Mais cette augmentation aura surtout un impact après la mi-août. Par conséquent (et l'extension du passe sanitaire aux restaurants et bars n'y sera pas pour grand-chose...), la baisse du nombre de cas parmi les jeunes devrait se poursuivre jusqu'en septembre.

    à suivre...

  3. #153
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Je poursuis la série de message ci-dessus.

    5) Mais, si le taux de croissance du nombre de cas est clairement négatif chez les 20-29 ans et proche de 0 chez les 10-19 ans, cela n'est pas vrai pour les autres tranches d'âge. Le graphique ci-dessous montre que ce taux de croissance augmente avec l'âge (l'exception des 10-19 ans pouvant s'expliquer par le fait que 20% d'entre eux ne sont pas éligibles à la vaccination et celle des 0-9 ans par le fait qu'ils ne sont pas vaccinables). Mais il y a une explication logique : la vaccination a été ouverte plus tôt aux plus âgés, puis par étapes à des personnes de moins en moins âgées. C'est donc parmi les moins âgés que le taux de vaccination complète augmente le plus rapidement, et que la diminution du nombre de non-vaccinés contribue le plus à faire baisse le taux de croissance du nombre de nouveaux cas (cf. l'explication donnée au point 3 ci-dessus).
    Au vu des courbes, sans l'impact de l'augmentation du nombre de vaccinés, ce taux de croissance serait plutôt de 20 à 30% par semaine. Pour les plus de 80 ans, les premiers vaccinés, il est possible qu'on commence à voir un effet d'une baisse de leur immunité, mais surtout ils sont globalement moins vaccinés (79% complètement vaccinés) que les 70-79 ans (91%). Autrement dit, parmi les 80+ la population susceptible d'être infectée est proportionnellement deux fois plus importante que parmi les 70-79, et aussi importante que parmi les 50-69 dont le taux de vaccination continue d'augmenter rapidement.
    D'autre part il peut y avoir un effet retard entre les courbes des plus jeunes et celle des plus âgés, si on suppose que ce sont essentiellement les premiers qui contaminent les seconds.

    Nom : image_2021-08-13_122616.png
Affichages : 424
Taille : 53,5 Ko

    à suivre...

  4. #154
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    6) Quoi qu'il en soit, en excluant le cas particulier des 80+, on peut considérer que le taux de croissance du nombre de cas dans les tranches d'âge dont le taux de vaccination a peu augmenté (ou pas du tout pour les moins de 10 ans) dans la deuxième quinzaine de juillet, est représentatif du taux de croissance du nombre de cas parmi les non vaccinés. Actuellement ce dernier serait donc plutôt d'environ 30% par semaine, correspondant à Reff=1,24 pour un intervalle de génération tg=5,7 jours ou Reff=1,11 pour tg=2,9 j (pour en revenir au sujet de cette discussion).
    Cela dans une population immunisée à 70%, mais dont un immunisé risque de contribuer à la circulation du variant delta. Si ce risque est réduit de 85% par rapport à celui d'un non-immunisé placé dans les mêmes conditions, pour la dynamique de l'épidémie c'est équivalent à un taux d'immunité de 60% protégeant totalement de l'infection. Sans cette immunité on aurait donc Reff=3,1 pour tg=5,7 j et Reff=2,8 pour tg~2,9 j.

    Ce n'est donc pas ça qui permettra de trancher entre les deux hypothèses concernant la transmissibilité du variant delta, celle d'un tg(delta) identique à celui des autres variants associé à un R0 nettement plus élevé (7 à 10), et celle d'un tg(delta) environ deux fois plus faible associé à un R0 peu supérieur à celui de la souche historique.

    PS : désolé pour ce long soliloque, auquel je mets fin pour le moment.
    Mais écrire (et lire vos réactions éventuelles) m'aide à réfléchir, même si en l'occurrence cette réflexion ne m'a pas mené bien loin...

  5. #155
    polo974

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par polo974 Voir le message
    Un truc que j'ai remarqué ce soir en regardant l'appli tousanticovid, c'est que le delta a du mal a bousculer le sud-af à La Réunion ( on peut avoir des infos détaillées pour le département déclaré (qu'on peut changer à volonté pour en explorer rapidement d'autres )

    Alors est-ce juste un creux dans la courbe de croissance hégémonique du delta ou va-t-on vers un équilibre entre les 2 variants? Aucune idée...
    Bon (façon de parler), c'était c'était juste un creux.
    Le delta progresse inexorablement... Même si le sud-af met du temps à disparaître, il n'est plus qu'à 20%...
    Jusqu'ici tout va bien...

  6. #156
    Gephil47

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Un article dans Le Monde aujourd’hui (réservé aux abonnés) signalant un papier dans "The Lancet Infectious Diseases " du jeudi 26/8/2021. L'étude a été faite par des équipes de l’université de Cambridge qui ont analysé les données de 43 338 personnes.

    Selon Le Monde :

    "... le variant Delta entraîne deux fois plus de risque d’être hospitalisé que la souche Alpha. Fait notable, 98 % des patients testés positifs à l’un de ces variants n’étaient pas ou incomplètement vaccinés."

  7. #157
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Salut,

    voici le lien vers l'article du Lancet : https://www.thelancet.com/journals/l...475-8/fulltext

  8. #158
    Archi3

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Le Danemark annonce la levée de toutes les mesures pour le 10 septembre

    https://www.lefigaro.fr/flash-actu/c...embre-20210827

    c'est un pays intéressant : il n'a pas réussi le "zéro covid", mais a quand même bien limité les dégats : seulement 2500 morts pour 5,8 millions d'habitants, environ 4 fois moins que la France proportionnellement. Il n'a pas l'air d'avoir connu une flambée de variant delta, même si les contaminations continuent à se produire à bas bruit, avec un R de l'ordre de 1. Le taux de vaccination est très bon par rapport à la moyenne, de l'ordre de 70 %.

    Lever les mesures peut etre donc considéré comme un peu risqué, mais l'épidémie réserve toujours des surprises. Tres probablement, en plus du bon taux de vaccination, ce sont les modes de vie de la population qui doivent expliquer la faible propagation, on peut supposer que la vie nocturne n'est peut etre pas la même qu'aux Antilles ou sur la cote d'Azur.

    Dans l'ensemble d'ailleurs, je trouve qu'autant il y a des études sur les propriétés du virus, les variants, la contagiosité, la létalité, autant on a peu d'information sur l'impact des conduites des populations sur la propagation- ce qui est pourtant probablement un facteur essentiel pour comprendre les différences entre les pays, sans doute même plus que le taux de vaccination.

  9. #159
    Gephil47

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Salut,

    voici le lien vers l'article du Lancet : https://www.thelancet.com/journals/l...475-8/fulltext
    Merci je ne l'avais pas trouvé. Donc selon cette étude le variant Delta double les risques d'hospitalisation par rapport au variant Alpha. Le Delta se propage non seulement plus vite mais est également plus agressif....

  10. #160
    GBo

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
    sans doute même plus que le taux de vaccination.
    Ah... le beau "sans doute" !

  11. #161
    Archi3

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par GBo Voir le message
    Ah... le beau "sans doute" !
    c'est au moins évident pour les différences AVANT l'arrivée des vaccins

    Et même maintenant, entre la Creuse et le Var, par exemple ...
    Dernière modification par Archi3 ; 28/08/2021 à 13h22.

  12. #162
    FabiFlam

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
    c'est au moins évident pour les différences AVANT l'arrivée des vaccins

    Et même maintenant, entre la Creuse et le Var, par exemple ...
    Oui pour des régions avec des taux de vaccination similaires il est évident que le comportement influe énormément sur la contagion et on n'aurait pas amélioré la situation avec des confinements si ce n'était pas le cas.
    Ce que je trouve intéressant c'est que l'on est visiblement en train de sortir de la 4 ème vague avec le vaccin comme seule stratégie (pas de contraintes d'isolement supplémentaires).

    FabiFlam
    Dernière modification par FabiFlam ; 29/08/2021 à 08h30.

  13. #163
    obi76

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Et les masques, et le pass sanitaire, etc.
    \o\ \o\ Dunning-Kruger encore vainqueur ! /o/ /o/

  14. #164
    FabiFlam

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Les masques on les avait déjà, et pour moi le pass sanitaire n'est qu'une stratégie adossée à la vaccination (pour l'accélérer)

  15. #165
    obi76

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Il y a les 2. Mais c'est assez simple : sans masque, sans pass sanitaire, sans immunité acquise, juste avec une population vaccinée à 100%, le R0 du delta est de 3.
    Dernière modification par obi76 ; 29/08/2021 à 09h09.
    \o\ \o\ Dunning-Kruger encore vainqueur ! /o/ /o/

  16. #166
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par FabiFlam Voir le message
    Les masques on les avait déjà, et pour moi le pass sanitaire n'est qu'une stratégie adossée à la vaccination (pour l'accélérer)
    C'est le rôle principal du pass sanitaire, mais il a probablement eu un effet sur les contaminations entre jeunes : en France métropolitaine le nombre d'admissions à l'hôpital de 20-29 ans a commencé à baisser début août, une douzaine de jours après son instauration dans les boîtes de nuit, etc., alors qu'il continuait à augmenter légèrement chez les 30-39 et 40-49 ans, dont le taux de vaccination progressait pourtant à peu près au même rythme.
    Même constat en faisant le rapport entre le nombre d'admissions et l'effectif de non-vaccinés par tranche d'âge, histoire d'essayer de décorréler l'effet de la vaccination et celui des autres mesures : début août ce rapport s'était déjà stabilisé chez les 20-29 ans, alors qu'il continuait d'augmenter dans les autres tranches d'âge, augmentation qui n'a cessé que vers la mi-août chez les 30-39 et 40-49 ans (là aussi on peut être tenté d'y voir un effet de l'extension du pass sanitaire à d'autre lieux).
    Nom : image_2021-08-29_091146.png
Affichages : 271
Taille : 48,4 Ko

  17. #167
    Archi3

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    oui je pense que le pass sanitaire a eu un effet, d'abord de sensibilisation (ça compte), et ensuite mécaniquement en diminuant fortement le nombre de gens non vaccinés dans les lieux contaminants. Même si on le critique en disant qu'il n'empêche pas la contamination entre vaccinés porteurs et non vaccinés contaminables, on évite au moins les non vaccinés porteurs !

  18. #168
    papy-alain

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
    on évite au moins les non vaccinés porteurs !
    Lapsus ?
    Les météorites ne peuvent exister car il n'y a pas de pierres dans le ciel. Lavoisier.

  19. #169
    Archi3

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    ben non, pas de lapsus, si tu es non vacciné et porteur de virus a priori tu n'obtiens pas ton pass sanitaire !

  20. #170
    BioBen

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Juste en passant, un papier assez stylé sur l'efficacité du contact tracing (publié en Mai), qui utilise un bug partiel de l'outil de contact tracing anglais courant 2020. Ils estiment que le contact tracing anglais réduisait de deux tiers le risque de contagion / hospi / décès, loin d'être dégueux !

  21. #171
    Gephil47

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Parlant de dynamique de l'épidémie : que se passe-t-il en Israël ?

    Il a déjà été mentionné l’homogénéité de la population, l'ancienneté de la vaccination mais là je trouve que cela n'explique pas tout :

    Nom : Capture d’écran 2021-08-31 081513.jpg
Affichages : 201
Taille : 47,9 Ko

  22. #172
    BioBen

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    A ma connaissance, en parallèle de la 3ème dose Israël a lancé un grosse campagne de dépistage.
    Rapportée aux populations, la flambée se fait chez les non vaccinés (cf dashboard de leur ministère de la santé) :

    PCR+ :


    Covid graves :

  23. #173
    Gephil47

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Merci. C'est donc ce qui expliquerait cette montée vertigineuse des cas confirmés....

  24. #174
    papy-alain

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Pour comparer le nombre de cas confirmés d'un pays à l'autre, il faudrait pour cela que la politique de test soit rigoureusement identique. Par exemple, un pays qui teste systématiquement les cas contacts même asymptomatiques aura forcément une statistique plus élevée que le pays qui ne teste que les cas symptomatiques. Ce n'est qu'un exemple parmi d'autres, mais de nombreux biais peuvent exister, rendant toute comparaison caduque.
    Les météorites ne peuvent exister car il n'y a pas de pierres dans le ciel. Lavoisier.

  25. #175
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par Gephil47 Voir le message
    Merci. C'est donc ce qui expliquerait cette montée vertigineuse des cas confirmés....
    Oui. D'autant plus que le taux de vaccination est certainement loin d'être homogène sur l'ensemble des groupes sociaux. Les membres de certaines communautés religieuses sont réticents à se faire vacciner et vivent quasiment en vase clos dans des villes ou des quartiers souvent surpeuplés où ils sont hégémoniques.
    Il est donc probable que dans ces quartiers on assiste à une épidémie de non-vaccinés : quand deux-tiers de la population sont vaccinés à l'échelle du pays on pourrait s'attendre à ce qu'en moyenne seulement un tiers des contacts d'une personne infectée soient des non-vaccinés, ce qui réduirait d'autant la probabilité de transmettre le virus ; mais en l'occurrence dans ces quartiers c'est certainement faux. De plus les mesures barrière y sont également moins respectées. Cf. par exemple https://en.wikipedia.org/wiki/COVID-...and_compliance

    Pour confirmer ça il faudrait disposer de données par (petites) entités géographiques et connaître la composition sociale de leur population. Mais ce n'est pas simple de trouver ça sur les sites officiels israéliens quand on ne lit pas l'hébreu...

  26. #176
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Autre explication : Israël a entrepris une campagne de tests massive préalable à la réouverture des écoles.

    The new record appeared to be the product of the worsening outbreak combined with more tests being conducted this month than in the past, when the rate of positive results was at times significantly higher than it is now.

    Additionally, more of those diagnosed with the coronavirus are children — thanks to a mass effort to test them ahead of the new school year, which starts Wednesday — meaning a significant portion of the new cases are among those who are at a lesser risk of serious illness and cannot yet be vaccinated.

    The positivity rate among those tested remained over 7 percent for the third consecutive day, as 10,947 of the 137,410 tests carried out on Monday came back positive. Until now, the highest one-day total of new cases was set in mid-January, with 10,118 positive tests in one day; at the time, the number of daily tests was lower, and the positivity rate was around 10%.

    (...)
    According to the Ynet news site, 33% of those who tested positive on Monday were under age 11 and 15% were aged 12-18, while just 4% were over 60.
    (source)

  27. #177
    Anathorn

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    N'oublions pas en Israël la frange des extrémistes orthodoxes totalement opposés à la vaccination.
    Comme ils vivent entre eux, il serait bon de savoir a quel point leur communauté a une part de responsabilité dans la flambée actuelle.
    Et puis n'oublions pas non plus que la vaccination plafonne depuis un certain temps en Israël, et que la France a désormais dépassé ce pays en pourcentage de vaccination du total de la population.

    edit : yves en parle aussi...
    re edit : Nous aussi on a nos extrémistes, les antivax, même s'ils sont beaucoup moins nombreux en pourcentage...
    Dernière modification par Anathorn ; 31/08/2021 à 17h32.

  28. #178
    GBo

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Dans les 16% quand même chez nous :
    https://www.lesechos.fr/economie-fra...accins-1334302

  29. #179
    pm42

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Il y a un article intéressant ici même si surtout d'un point de vue australien : https://theconversation.com/les-cas-...-penser-166686

    Par exemple, le fait qu'en Israel les populations les plus vulnérables souvent avec un système immunitaire faible aient été vaccinées il y a déjà pas mal de temps a aussi un impact.
    Curieusement, le démarrage rapide de leur campagne de vaccination ne jouerait pas en leur faveur. Après, il y a bien sur le variant Delta.

    L'information sur les unités de soin pédiatriques pleines au Texas est également intéressante (notamment parce qu'on entend encore des gens croient que le Covid ne touche que les vieux et les obèses).

  30. #180
    Anathorn

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par GBo
    Dans les 16% quand même chez nous :
    On les comptera a la fin de l'année.
    Aujourd'hui, on a plus que 16.3% de non vaccinés (83.7% de primovaccinés dans la population éligible de + de 12 ans source covidtracker)
    Donc ces 16% risquent d'être beaucoup moins que 16% d'ici peu.
    Il y a une différence entre dire a un sondeur "je ne veux pas du vaccin" et être ensuite capable d'assumer les contraintes qui vont avec.
    Le noyau dur, les extrémistes idéologues politisés, c'est moins de 10%.
    On fera les comptes début 2022.

Page 6 sur 12 PremièrePremière 6 DernièreDernière

Discussions similaires

  1. Le variant delta
    Par Archi3 dans le forum Covid-19, SARS-CoV2 : actualités et discussions
    Réponses: 493
    Dernier message: 26/07/2021, 11h17
  2. Transmissibilité du variant Breton ?
    Par papy-alain dans le forum Covid-19, SARS-CoV2 : actualités et discussions
    Réponses: 12
    Dernier message: 20/03/2021, 11h05