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transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie



  1. #31
    papy-alain

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie


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    Citation Envoyé par encoreunautre Voir le message
    tes insinuations sont plus que douteuses. J’aimerai bien que tu nous éclaires sur la révélation qui t’ai apparu en rêve ce matin peu avant 9h. Quel lien as tu trouvé entre l’instruction des individus et le nombre de décès par exemple. Qu’on comprenne un peu…
    Outre la réponse précédente, il ne faut pas oublier que la covid est principalement un facteur aggravant de comorbidités. Le principal problème est donc de comprendre pour quelles raisons il y a autant d'obèses et d'immunodépressifs dans la population. Et là, il faut bien reconnaître que la qualité de vie des individus varie fortement selon les catégories sociales.

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    Les météorites ne peuvent exister car il n'y a pas de pierres dans le ciel. Lavoisier.

  2. #32
    inviteb2a9b26c

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Au vu du niveau de contagiosité de ce virus et de sa haute propension à circuler je trouve vos raisonnements un peu bizarre. On a beau avoir confiner on a mis des gens au télétravail on leur a fourni des masque ils ont découvert le lavage de main ça n’a pas changé d’un copec la situation est la même qu’en 2020. le virus circule toujours autant et c’est aussi parce qu’il change de forme coucou le variant delta. Et même avec 60% de vacciné on voit qu’on s’en sort pas donc même si les gens étaient identiques qu’ils avaient tous les mêmes habitudes et interactions social de l’ingénieur au facteur on aurait quand meme une circulation démentielle c’est le principe d’une pandémie…Pourquoi y’avait pas de pandémie y’a 70000 ans ? Parce que le nombre d’individus était beaucoup plus faible. Donc vu que la population ne se réduira pas drastiquement le virus continuera à circuler il faudra vivre avec. Ça veut pas dire qu’on ne pourra en venir à bout y’a des virus qui ont disparu avec la vaccination. Mais personnellement et là ça n’engage que moi (hors charte) je pense que meme si ça arrivait et qu’on éradiquait la Covid on soignerait les symptome mais pas l’origine du mal être. Une pandémie peut être liée à la pression que l’être humain inflige à la nature. Quand le lion s’est hissé tout en haut de la chaîne alimentaire ça s’est pas fait en quelques années la nature s’est adaptée et la gazelle court plus vite. La destruction du vivant que ce soit la bitumisation des espaces ou l'extinction de masse des espèces elle elle s’opère en quelque années. Peut être qu’il faudrait revoir notre copie et voir ce qu’on pourrait faire pour protéger le vivant si on veut se protéger aussi de l’émergence de nouveaux virus. Si on se focalise uniquement sur le présent on n anticipe rien.

  3. #33
    inviteb2a9b26c

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Outre la réponse précédente, il ne faut pas oublier que la covid est principalement un facteur aggravant de comorbidités. Le principal problème est donc de comprendre pour quelles raisons il y a autant d'obèses et d'immunodépressifs dans la population. Et là, il faut bien reconnaître que la qualité de vie des individus varie fortement selon les catégories sociales.
    totalement d’accord avec toi. Mais l’éducation nationale a peut être une part de responsabilité là dedans. A l’école on a aucun cours sur la nutrition et l’impact que peut avoir ce qu’on mange. Quel est le danger des produits transformés des additifs et des perturbateur endrocrinient. Pourquoi le sucre c’est dangereux ? Quel est le risque à être sédentaire au niveau cardiaque. Pourquoi on doit faire du sport pourquoi infliger du stress à son corp ça peut le renforcer. Pourquoi faut il manger des fruits et des légumes ? Les besoin des vitamines et des fibres pour être bien physiquement mais je parle aussi psychologiquement. Ce qu’on mange a une incidence sur ce qu’on pense. Tout ça on en parle pas on apprend pas lire une étiquette quand on va acheter un produit. Et le lien avec l’argent est également tout fait qui peut se permettre de manger sainement ? Les produits les moins cher sont les plus à risque forcément ça joue sur la santé à long terme

  4. #34
    Nicophil

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    J'ai donc plutôt tendance à croire l'explication donnée ci-dessus, dont l'auteur semble savoir de quoi il parle.
    En effet...
    Mais puisque le R0 du variant delta a été (largement) surestimé, je parierais bien que la transmissibilité par les vaccinés (asymptomatiques) a été (largement) sous-estimée.
    La réalité, c'est ce qui reste quand on cesse de croire à la matrice logicielle.

  5. #35
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par pascelus Voir le message
    En tout cas ce ne peut pas etre l'effet d'annonce "électrochoc" du pass sanitaire car entre le 12/7 et le début de cette inflexion des courbes il n'y a pas eu assez de temps pour vacciner deux fois et laisser le temps aux anticorps de se développer...
    Quand je parlais d'effet "électrochoc" des annonces du 12/7, je pensais plutôt à l'impact psychologique sur une partie de la population qui commençait à se comporter comme si l'épidémie était définitivement derrière nous.
    Evidemment l'accélération de la vaccination ne peut pas avoir d'effet important avant au moins la mi-août, je l'ai déjà dit à plusieurs reprises. Les immunisés d'aujourd'hui sont ceux qui avaient reçu au moins leur première dose avant le 12/7.

  6. #36
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par Nicophil Voir le message
    En effet...
    Mais puisque le R0 du variant delta a été (largement) surestimé, je parierais bien que la transmissibilité par les vaccinés (asymptomatiques) a été (largement) sous-estimée.
    Non, malgré la désinformation qui circule (en partie à cause de la confusion créée par la communication du CDC).
    Quelques éléments de réponse dans les threads ci-dessous :
    https://twitter.com/sailorrooscout/s...11487020609537
    https://twitter.com/sailorrooscout/s...13908866191362
    https://twitter.com/sailorrooscout/s...99506311548931

  7. #37
    Gyrocompas

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Bonjour,
    A l’école on a aucun cours sur la nutrition et l’impact que peut avoir ce qu’on mange.
    L'environnement familial est un facteur déterminant dans la réussite des études.
    Le nombre d'enfants de cadres sup terminant à l'usine doit être plus que marginal.
    Les élèves répliquent ce qu'ils constatent chez eux, valable dans beaucoup de domaines, sport, culture, gloutonnerie, je m'enfoutisme des règles(très tendance selon les enquêteurs d'opinion).
    Une communication c'est un seul message. C'est ce que pratiquent les publicitaires.
    Prenez le temps d'analyser les informations où tout et son contraire se cotoient

  8. #38
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Je rappelle le sujet de ce fil. On peut arrêter le HS, svp ?

  9. #39
    Nicophil

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    La réalité, c'est ce qui reste quand on cesse de croire à la matrice logicielle.

  10. #40
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par Nicophil Voir le message
    C'est possible, voire probable : on sait que la durée de vie des anticorps est limitée, et l'autre composante de la réponse immunitaire, les cellules T et B "mémoire", qui, elle, est durable, n'empêche pas l'infection. En revanche elle est efficace pour en limiter la durée et éviter les cas graves.

    Mais, quoi qu'il en soit,

    1) les vaccinés infectés risquent moins de transmettre le virus que les non-vaccinés. Si ce risque est réduit de moitié, dans une population immunisée à 90% (par la vaccination et/ou l'infection), le nombre de reproduction moyen sera quasiment réduit de moitié.

    2) La question n'est pas de savoir si l'immunité collective permettra d'éradiquer le virus. On sait que non, compte-tenu de sa capacité à muter et de la présence d'importants réservoirs animaux. Elle est plutôt de savoir quand l'immunité (vaccinale et/ou post-infection) acquise par la quasi-totalité de la population permettra le passage du stade pandémique au stade endémique, pays par pays.

    3) La vaccination permet d'accélérer ce processus, qui sans elle prendrait encore plusieurs années vague après vague (celles-ci ne pouvant être contenues que grâce à des mesures de freinage plus ou moins contraignantes). En réduisant fortement le risque de Covid grave et en réduisant de moitié le nombre de reproduction, elle rend(ra) plus supportables les prochaines vagues (et les mesures qui iront avec tant qu'un pourcentage non négligeable de la population à risque ne sera pas protégé, mais qui n'auront plus besoin d'être aussi rigoureuses).

    4) Dans ce sens, si les conclusions de l'étude à l'origine de ce fil sont correctes, le variant delta n'est pas une menace pire que les précédents (du moins dans les pays où le taux d'immunité de la population est déjà assez élevé), puisque son nombre de reproduction de base ne serait pas supérieur aux leurs.
    Dernière modification par yves95210 ; 04/08/2021 à 08h24.

  11. #41
    Gyrocompas

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Bonjour,
    On peut arrêter le HS, svp ?
    C'était seulement un complément qui précise que les spéculations sur des résultats ne peuvent être décorrélées des effets liés à la population.
    Comparer les stats de Clichy sous Bois et 75007 par exemple : https://datavaccin-covid.ameli.fr/pages/home/

    Hier Joe Biden a rappelé que nous faisions face à une pandémie chez les non vaccinés.
    Difficile de faire plus simple.

  12. #42
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Au passage, je signale que le nombre d'admissions à l'hôpital a commencé à baisser en Angleterre, environ une semaine après le nombre de nouveaux cas, comme il l'avait fait précédemment en Ecosse :

    Nom : uk-daily-covid-admissions (1).jpg
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  13. #43
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par Gyrocompas Voir le message
    C'était seulement un complément qui précise que les spéculations sur des résultats ne peuvent être décorrélées des effets liés à la population.
    Comparer les stats de Clichy sous Bois et 75007 par exemple : https://datavaccin-covid.ameli.fr/pages/home/
    Bien sûr, et ça rejoint ce que je disais dans les messages #22 et #25. Il y aura forcément des territoires et des catégories de population dans lesquels le taux d'immunité sera (très) différent, et son impact sur la dynamique de l'épidémie aussi. Mais plus le temps passe plus la situation s'homogénéise, en particulier parce que ce sont les catégories de population les moins vaccinées qui sont (ou seront) les plus infectées, comme c'est déjà le cas quand on regarde les chiffres par tranche d'âge (à part les enfants).

    Mais ce n'était pas spécifiquement à ton intervention que je réagissais...

    Hier Joe Biden a rappelé que nous faisions face à une pandémie chez les non vaccinés.
    Difficile de faire plus simple.
    Quoique un peu simpliste... Mais effectivement, si on ne parle que de la pandémie de Covid grave, c'est vrai.

  14. #44
    papy-alain

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Mais effectivement, si on ne parle que de la pandémie de Covid grave, c'est vrai.
    Oui, mais la covid grave n'est malheureusement pas la seule composante principale. On ne parle pas assez (à mon avis) de la covid longue qui, selon les sources, touche de 10 à 20 % des individus infectés. Selon l'INSERM, c'est même 60 % des cas hospitalisés. Et on n'en connaît pas vraiment la durée. Si ce virus devient endémique, cet aspect risque de devenir un vrai problème de société, d'autant plus que cela touche de nombreux jeunes.
    Les météorites ne peuvent exister car il n'y a pas de pierres dans le ciel. Lavoisier.

  15. #45
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par papy-alain Voir le message
    Oui, mais la covid grave n'est malheureusement pas la seule composante principale. On ne parle pas assez (à mon avis) de la covid longue qui, selon les sources, touche de 10 à 20 % des individus infectés. Selon l'INSERM, c'est même 60 % des cas hospitalisés.
    Par conséquent, moins il y aura de Covid graves, moins il y aura de Covid longs.

    Et de manière générale la probabilité d'avoir durablement des symptômes(*) augmente avec la gravité des symptômes initiaux. Or si le virus devient endémique (ou plutôt quand il le deviendra), ça voudra dire que quasiment 100% de la population l'auront déjà rencontré une ou plusieurs fois et, en cas de nouvelle infection, n'auront en général que des symptômes bénins ou seront asymptomatiques. Quant aux jeunes enfants qui rencontreront pour la première fois le virus, il est déjà très rares qu'ils aient plus que des symptômes bénins.
    Dans quelques années (voire dès 2022 dans les populations qui auront la chance d'être suffisamment immunisées grâce aux vaccins) ça ne sera probablement pas plus "un vrai problème de société" que la grippe ou les autres coronavirus humaines (ou les centaines d'autres virus respiratoires endémiques) avec lesquels on vit depuis des siècles.

    (*) et leur gravité éventuelle : sous le nom Covid long on mélange allègrement des cas (fréquents) de symptômes bénins qui peuvent durer quelques semaines à quelques mois (comme par exemple l'anosmie, gênante mais pas au point de bouleverser la vie de ceux qui en souffrent deux ou trois mois), voire psychosomatiques (ce qui n'empêche pas qu'ils soient difficiles à vivre; mais dont la prévalence devrait diminuer quand le climat d'angoisse entretenu actuellement autour du Covid sera moins prégnant et qu'on sera moins enclins à attribuer au Covid une fatigue, un mal de tête ou une toux passagères), avec des symptômes plus graves mais plus rares, qui ne touchent que des patients ayant développé une forme modérée (mais pas bénigne !) à grave du Covid - comme cela arrive aussi après des infections par d'autres virus (sauf que pour elles on parle plus clairement de séquelles, donnant lieu à des diagnostics cliniques précis, et pas de "Covid long").
    C'est ce joyeux mélange qui permet à certains d'annoncer des taux de "Covid long" aussi élevés, contribuant ainsi à entretenir le climat d'angoisse dans lequel on baigne depuis 18 mois.

  16. #46
    khurnous

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Bonjour,

    J'ai entendu (et lu) ceci : actuellement on aurait un plafond de verre de la vaccination à 60% de la population française. Hors si j'ai bien suivi l'immunité collective serait atteinte à partir de 80/90% Est-ce bien cela ? Si oui, la différence (soit 20 à 30%) risque de ne pas être atteinte (ou trop tardivement) et ainsi de prolonger l'épidémie et d'augmenter la possibilité de voir émerger un nouveau variant. Est-ce exact ?

    D'autre part nous ne sommes pas sur seul sur terre et même si dans les pays occidentaux/développés l'infection semble ralentir, tant que certaines zones ne seront pas massivement vaccinées (Afrique à 2/3 % me semble t'il) le risque de boomerang est-il : certain/très possible/possible/inexistant ?

    Merci d'avance pour vos éclairages.

  17. #47
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par khurnous Voir le message
    J'ai entendu (et lu) ceci : actuellement on aurait un plafond de verre de la vaccination à 60% de la population française.
    Si plafond de verre il y avait, il a été largement dépassé : on en est à 64% de primo-vaccinés (certainement un peu plus en France métropolitaine vu la faiblesse des chiffres dans les DOM). Et ça augmente encore de plus de 300000 premières injections par jour (~0,5% de la population).
    Vu la croissance actuelle on dépassera certainement les 70% de primo-vaccinés avant fin août et de complètement vaccinés mi-septembre.

    Hors si j'ai bien suivi l'immunité collective serait atteinte à partir de 80/90% Est-ce bien cela ?
    Pour un virus dont le nombre de reproduction Ro serait compris entre 5 et 10, oui, même si c'est très (trop) schématique.

    Si oui, la différence (soit 20 à 30%) risque de ne pas être atteinte (ou trop tardivement) et ainsi de prolonger l'épidémie et d'augmenter la possibilité de voir émerger un nouveau variant. Est-ce exact ?
    Il ne faut pas oublier l'immunité post-infection, et le fait que les tranches d'âge les moins vaccinées sont celles qui ont été le plus infectées : 35 à 40% des 10-50 ans, et ça continue d'augmenter "grâce" à la vague actuelle. En gros on peut estimer qu'en septembre environ 40% des non-vaccinés auront été infectés. Au total on arriverait ainsi au moins à 82% d'immunisés.

    Mais, sans faire de plans sur la comète, il semble qu'il y ait déjà un ralentissement de la croissance du nombre de cas, peut-être attribuable au fait que le Ro du variant delta ne serait pas si élevé qu'estimé jusqu'à présent et que le taux de croissance de l'épidémie au début de la quatrième vague était plutôt dû à un raccourcissement de l'intervalle de génération. C'était le sujet de cette discussion (lire les premiers messages).

    D'autre part nous ne sommes pas sur seul sur terre et même si dans les pays occidentaux/développés l'infection semble ralentir, tant que certaines zones ne seront pas massivement vaccinées (Afrique à 2/3 % me semble t'il) le risque de boomerang est-il : certain/très possible/possible/inexistant ?
    Certain, mais avec un effet atténué par l'immunité acquise. Même chose, toutes proportions gardées, que pour le virus de la grippe ou de nombreux autres virus respiratoires endémiques, dont quatre coronavirus (le plus récent a émergé vers 1890 et est peut-être à l'origine de la pandémie de "grippe russe" de l'époque), qui circulent d'un hémisphère à l'autre saison après saison grâce aux réservoirs humains dont ils disposent (sans parler des réservoirs animaux) et avec lesquels on est habitués à vivre sans y voir un problème majeur pour la société...

  18. #48
    Archi3

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Mais, sans faire de plans sur la comète, il semble qu'il y ait déjà un ralentissement de la croissance du nombre de cas, peut-être attribuable au fait que le Ro du variant delta ne serait pas si élevé qu'estimé jusqu'à présent et que le taux de croissance de l'épidémie au début de la quatrième vague était plutôt dû à un raccourcissement de l'intervalle de génération. C'était le sujet de cette discussion (lire les premiers messages).
    il faut aussi rappeler que la formule liant le taux de reproduction à la fraction nécessaire pour atteindre l'immunité collective (1-1/Ro) repose sur une hypothèse très, et probablement trop simpliste (une population homogène). Quand on introduit des sous populations de R différents, le taux d'immunité collective est inférieur à 1-1/<R> (le R moyen observé est dominé par ceux qui se contaminent le plus, mais à l'inverse il suffit de bloquer cette sous partie de la population à R> 1 pour bloquer la propagation). Or la vague delta est caractérisée par une forte hétérogénéité en âge et en localisation géographique, ce qui s'explique probablement simplement par le fait d'un mécanisme dominant de propagation par les jeunes faisant des soirées et la fête ...(mon expérience personnelle de "vieux" est que je n'ai pas repris mes activités "sociales" qui me conduisaient à voir beaucoup de gens au sein d'associations de loisirs, mais qui s'arrêtent pendant les vacances ! ) . Le ralentissement observé en Angleterre et maintenant en France peut laisser l'espoir d'une vague violente mais finalement assez brève, une fois que cette sous population aura été massivement contaminée ou vaccinée. De fait le nombre de malades a crû plus vite qu'on pensait jusqu'a fin juillet, en atteignant 20 000 cas contre 10 000 prévus, mais a subi un tres net ralentissement depuis. Ironiquement les mesures fortes de pass sanitaire pourraient entrer en vigueur à une date où il apparaitrait qu'elles ne sont plus vraiment nécessaires ... néanmoins ça a eu l'effet de booster les vaccinations, ce qui a certainement aidé à contrôler l'épidémie. Mais il faudra attendre la fin aout pour juger vraiment de la rentrée. Malheureusement je constate que mes craintes que j'exprimais au début, que la vaccination ne serait peut être pas la solution miracle avant l'été, ont été confirmées....

  19. #49
    Archi3

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    2) La question n'est pas de savoir si l'immunité collective permettra d'éradiquer le virus. On sait que non, compte-tenu de sa capacité à muter et de la présence d'importants réservoirs animaux.
    tu connais des données sur la part de contaminations animales dans l'épidémie ? on sait que certains animaux peuvent être touchés mais ça ne veut pas dire qu'ils contribuent fortement à la dynamique, il n'est pas prouvé à ma connaissance que le virus est endémique à l'état sauvage (on n'a même toujours pas identifié l'espèce l'ayant transmise à l'homme !) et la contamination domestique devrait décroitre avec l'humaine. Le réservoir "animal" principal me parait plutot être les populations humaines des pays pauvres très peu vaccinées, qui sont susceptibles de recontaminer en permanence celle des pays riches. On peut rêver d'une vaccination massive à l'échelle mondiale, mais à l'évidence il y a beaucoup d'obstacles économiques, politiques et psychologiques qui s'y opposent.

  20. #50
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Salut,

    Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
    il faut aussi rappeler que la formule liant le taux de reproduction à la fraction nécessaire pour atteindre l'immunité collective (1-1/Ro) repose sur une hypothèse très, et probablement trop simpliste (une population homogène). Quand on introduit des sous populations de R différents, le taux d'immunité collective est inférieur à 1-1/<R> (le R moyen observé est dominé par ceux qui se contaminent le plus, mais à l'inverse il suffit de bloquer cette sous partie de la population à R> 1 pour bloquer la propagation). Or la vague delta est caractérisée par une forte hétérogénéité en âge et en localisation géographique, ce qui s'explique probablement simplement par le fait d'un mécanisme dominant de propagation par les jeunes faisant des soirées et la fête ...(mon expérience personnelle de "vieux" est que je n'ai pas repris mes activités "sociales" qui me conduisaient à voir beaucoup de gens au sein d'associations de loisirs, mais qui s'arrêtent pendant les vacances ! ) .
    Sauf que l'hétérogénéité du taux de croissance en fonction de l'âge est loin d'être évidente quand on regarde les nombres d'admissions à l'hôpital par tranche d'âge.

    Nom : image_2021-08-05_090843.png
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    Je n'ai pas affiché les courbes de tendance dans le graphique car il deviendrait illisible, mais toutes sont très proches d'une exponentielle, avec une croissance entre 7,5 et 8% par jour pour toutes les tranches entre 30 et 79 ans, et 6,4% par jour pour les 20-29 ans.
    A moins que les jeunes infectés soient de moins en moins gravement malades(*), il faudra m'expliquer comment c'est possible si ce sont les jeunes qui se contaminent le plus rapidement.
    D'ailleurs selon mon expérience personnelle de "vieux" (plus que toi), les plus âgés se sont largement autant lâchés que les moins de 30 ans, même si ce n'est pas forcément dans les mêmes lieux ou événements. Accessoirement, depuis début juillet (bien avant le passe sanitaire) les 20-29 ans se font beaucoup plus tester que leurs aînés, ce qui tendrait à montrer qu'ils prennent majoritairement plus de précautions...

    (*) ce qui serait d'ailleurs une hypothèse intéressante à creuser, puisque ça coïncide avec la croissance du variant delta, passé de moins de 50% des cas début juillet à 90% début août.

  21. #51
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
    tu connais des données sur la part de contaminations animales dans l'épidémie ?
    Pas sur la part de contaminations animal vers humain (qui doit être négligeable), mais sur l'existence de réservoirs animaux (probablement suite à des contaminations par les humains, mais avec transmission au sein de l'espèce) on ne manque pas d'exemples, dont voici le plus récent (à ma connaissance).

    on sait que certains animaux peuvent être touchés mais ça ne veut pas dire qu'ils contribuent fortement à la dynamique
    Pas aujourd'hui, certes. Mais s'il existe des réservoirs animaux un peu partout (même dans des endroits inattendus comme l'exemple ci-dessus), ce n'est pas parce qu'on aurait pratiquement éradiqué le virus dans la population humaine qu'il aurait disparu (à moins d'exterminer les animaux en question...) et que de nouveaux variants ne pourraient plus apparaître et se propager parmi les humains, pour peu qu'ils possèdent des mutations leur permettant de mieux échapper à l'immunité.

    Mais ce n'était qu'une remarque en passant, car l'objectif d'éradiquer le virus dans la population humaine me semble totalement utopique (il l'était déjà avant l'arrivée des vaccins, lorsque certains prétendaient y arriver grâce à des mesures "non pharmaceutiques"; mais il l'est tout autant aujourd'hui, sachant que les vaccins ou l'immunité "naturelle" ne protègent que partiellement contre l'infection et la transmission du virus, et que, comme tu le dis, c'est l'espèce humaine qui constitue de loin le principal réservoir).

  22. #52
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Un peu de lecture : COVID-19, the first pandemic in the post-genomic era, que l'un des auteurs (F. Balloux) présente ainsi :
    L'évolution génomique du SARSCoV2 suscite des inquiétudes compréhensibles, et le simple terme de "mutation" peut faire peur. C'est en partie pour apaiser ces craintes et plus généralement pour donner une vue d'ensemble de la situation actuelle que nous avons rédigé une revue.
    (...)
    La revue est en accès libre et nous avons essayé de la rédiger de manière à ce qu'elle soit intéressante pour les "experts", mais aussi accessible à un public plus large. J'espère que cela vous aidera. Le monde est effrayant, mais la connaissance donne du pouvoir.

    (traduction automatique par Deepl)
    Je confirme que l'article est lisible par des non-experts...

    Et un autre article intéressant et très accessible (ça vaudrait peut-être la peine de le traduire en français...) : Novelty Means Severity: The Key To the Pandemic.

    Ni l'un ni l'autre ne concernent directement le sujet de ce fil (la transmissibilité du variant delta), mais ils apportent un éclairage sur l'avenir de la pandémie et ce qu'on peut attendre de la vaccination, même en présence de nouveaux variants - comme le delta l'est par rapport à ceux qui étaient répandus à l'époque où les vaccins actuels ont été créés.

  23. #53
    Archi3

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Salut,



    Sauf que l'hétérogénéité du taux de croissance en fonction de l'âge est loin d'être évidente quand on regarde les nombres d'admissions à l'hôpital par tranche d'âge.

    Pièce jointe 444057

    Je n'ai pas affiché les courbes de tendance dans le graphique car il deviendrait illisible, mais toutes sont très proches d'une exponentielle, avec une croissance entre 7,5 et 8% par jour pour toutes les tranches entre 30 et 79 ans, et 6,4% par jour pour les 20-29 ans.
    A moins que les jeunes infectés soient de moins en moins gravement malades(*), il faudra m'expliquer comment c'est possible si ce sont les jeunes qui se contaminent le plus rapidement.
    effectivement, et dans ce cas c'est plus embêtant par rapport à la vaccination car ça semble indiquer que le taux de vaccination n'influence pas le taux de croissance..

    ceci dit mathématiquement ce n'est pas si simple si les compartiments sont couplés : dans l'approximation d'un système différentiel linéaire, on trouve une matrice de coefficients qu'il faut diagonaliser pour trouver les taux de croissances "valeurs propres", mais qui s'appliquent alors à des combinaisons linéaires de populations (les vecteurs propres). Du coup les populations individuelles par classes d'âges sont à l'envers des combinaisons de vecteurs propres , et donc des superpositions d'exponentielles ... et elles finissent toutes par étre dominées par l'exponentielle croissant le plus rapidement, donc avec le même taux (pour faire simple les populations qui, isolées, auraient un taux de croissance plus faible, finissent par être essentiellement contaminées par les populations de taux de croissance le plus élevé).

    Le faible taux de croissance "propre" se révèle alors dans le "petit coefficient" de la combinaison linéaire, c'est à dire que si le taux de croissance final est le même, en revanche le taux de contamination est relativement plus faible. C'est ce qu'on constate non ? (les populations plus âgées semblent sous représentées dans les cas ).



    Mais bon on peut prendre l'avis d'experts de la modélisation comme Obi76 .

  24. #54
    Archi3

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Pas sur la part de contaminations animal vers humain (qui doit être négligeable), mais sur l'existence de réservoirs animaux (probablement suite à des contaminations par les humains, mais avec transmission au sein de l'espèce) on ne manque pas d'exemples, dont voici le plus récent (à ma connaissance).
    mais l'existence de contaminations n'implique pas qu'on soit en régime épidémique pour ces espèces ... a mon avis on restera largement dominé par le réservoir humain. On voit déjà qu'il semble y avoir des problèmes dans l'immunité vaccinale des pays riches (cf Israel), donc atteindre une immunité vaccinale dans les pays pauvres semble hors de portée. On peut donc malheureusement s'attendre à avoir des flambées épidémiques pendant des années, et peut etre qu'on n'arrivera pas non plus à maintenir une immunité vaccinale suffisante dans les pays riches pour éviter à une grande partie de la population d'être contaminée un jour ou l'autre. In fine, la régulation de la gravité de l'épidémie se fera comme elle se faisait avant, par l'élimination des plus sensibles au virus ...

  25. #55
    inviteb2a9b26c

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    effectivement, et dans ce cas c'est plus embêtant par rapport à la vaccination car ça semble indiquer que le taux de vaccination n'influence pas le taux de croissance..

    ceci dit mathématiquement ce n'est pas si simple si les compartiments sont couplés : dans l'approximation d'un système différentiel linéaire, on trouve une matrice de coefficients qu'il faut diagonaliser pour trouver les taux de croissances "valeurs propres", mais qui s'appliquent alors à des combinaisons linéaires de populations (les vecteurs propres). Du coup les populations individuelles par classes d'âges sont à l'envers des combinaisons de vecteurs propres , et donc des superpositions d'exponentielles ... et elles finissent toutes par étre dominées par l'exponentielle croissant le plus rapidement, donc avec le même taux (pour faire simple les populations qui, isolées, auraient un taux de croissance plus faible, finissent par être essentiellement contaminées par les populations de taux de croissance le plus élevé).

    Le faible taux de croissance "propre" se révèle alors dans le "petit coefficient" de la combinaison linéaire, c'est à dire que si le taux de croissance final est le même, en revanche le taux de contamination est relativement plus faible. C'est ce qu'on constate non ? (les populations plus âgées semblent sous représentées dans les cas ).



    Mais bon on peut prendre l'avis d'experts de la modélisation comme Obi76 .
    Tiens Archi3 c’est cadeau j’ai pensé à toi https://m.youtube.com/watch?v=zhHBF85v_TI

  26. #56
    Archi3

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par encoreunautre Voir le message
    Tiens Archi3 c’est cadeau j’ai pensé à toi https://m.youtube.com/watch?v=zhHBF85v_TI
    désolé j'ai bien conscience que parler de système différentiel couplé, matrice, valeur propre et vecteur propre n'est pas accessible à tout le monde, mais certains comprendront !

    mais si tu veux je peux tenter une explication plus simple avec les mains ....

  27. #57
    Archi3

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Il y a des tweets inquiétants qui circulent sur la situation en Israël

    https://twitter.com/felicittina/stat...35229037236235

    selon ces tableaux , la proportion de vaccinés dans les contaminations est la même que celle dans la population, par classes d'âge, ce qui semble indiquer que la protection vaccinale a quasiment disparu. Ici on a bien une comparaison entre les proportions dans les cas positifs et dans la population, a priori la manière correcte d'estimer l'efficacité vaccinale (contrairement à la simple proportion de vaccinés dans les cas positifs).

    Je reste prudent car j'ai du mal à retrouver les chiffres sur le site israélien, essentiellement en hébreu. Il y a également un article dans France soir qui va dans le même sens (pas taper ! je sais que beaucoup de bêtises ont été publiées sur ce site, mais la question est de savoir si les chiffres cités sont corrects) :https://www.francesoir.fr/opinions-t...ale-vie-reelle

    est ce que ces données sont correctes ou ont-elles été démenties ?

  28. #58
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
    effectivement, et dans ce cas c'est plus embêtant par rapport à la vaccination car ça semble indiquer que le taux de vaccination n'influence pas le taux de croissance..
    Non, juste qu'il ne l'influence pas assez vite... Mais on en a déjà parlé ailleurs.
    En fait ce n'est pas le taux de vaccination qui influence le taux de croissance, mais son augmentation.

    ceci dit mathématiquement ce n'est pas si simple si les compartiments sont couplés : (...) (pour faire simple les populations qui, isolées, auraient un taux de croissance plus faible, finissent par être essentiellement contaminées par les populations de taux de croissance le plus élevé).
    Je suis d'accord. Mais en l'occurrence on constate une remontée du nombre d'hospitalisations qui a débuté simultanément dans toutes les tranches d'âge, contrairement à juillet 2020. D'ailleurs la répartition par âge des patients admis à l'hôpital est restée à peu près stable depuis le 10 juillet, alors qu'en juillet 2020 et jusqu'à mi-août l'âge médian avait baissé continument avant de remonter.
    Mais comme tu le dis ci-dessus, s'il y a de forte disparités entre les taux de croissance entre différentes sous-populations, les populations qui, isolées, auraient un taux de croissance plus faible finissent par être contaminées essentiellement par celles de taux de croissance plus élevé; cet effet n'est pas immédiat, il faut plusieurs générations d'infectés pour qu'il soit apparent. Ce n'est pas trop compatible avec ce qu'on observe depuis juillet.

    Le faible taux de croissance "propre" se révèle alors dans le "petit coefficient" de la combinaison linéaire, c'est à dire que si le taux de croissance final est le même, en revanche le taux de contamination est relativement plus faible. C'est ce qu'on constate non ? (les populations plus âgées semblent sous représentées dans les cas ).
    En l'occurrence cette sous-représentation est due au fait que ces populations, prioritaires pour la vaccination, étaient déjà largement vaccinées début juillet, ce qui avait fait baisser leur représentation dans les cas (et les hospitalisations) entre février et juin. Si le taux de croissance est à peu près le même dans toutes les tranches d'âge depuis, c'est donc normal que les plus âgés restent sous-représentées dans les cas.

  29. #59
    yves95210

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
    est ce que ces données sont correctes ou ont-elles été démenties ?
    Les données sont correctes, mais leur interprétation fait débat, y compris en Israël (je n'ai rien lu sur le sujet depuis une dizaine de jours, je ne sais pas si ce débat a évolué) : les disparités géographiques du taux de vaccination y sont très importantes à cause du comportement ultra-communautaire (et religieux) d'une partie de la population. Et au moins au début, la flambée épidémique concernait des villes où le taux de vaccination était nettement plus élevé que la moyenne; donc, selon certains, le dénominateur (le % de vaccinés à l'échelle du pays) n'était pas le bon.
    Par exemple, si 90% des adultes sont vaccinés dans une ville concernée par la flambée épidémique au lieu de 70% à l'échelle nationale, le fait de trouver 70% de vaccinés parmi les cas ne veut pas dire qu'il y en a proportionnellement autant que de non vaccinés : il faut en fait comparer 70/90 avec 30/10, ce qui donne proportionnellement 4 fois moins de cas parmi les vaccinés...

    Remarque :
    Si ces chiffres n'étaient dus qu'à la baisse (prévisible) de l'immunité vaccinale avec le temps, ça ne devrait pas concerner toutes les tranches d'âge simultanément, Israël ayant commencé par vacciner les plus âgés (chez qui de plus la baisse de la réponse immunitaire devrait être plus rapide).
    Et s'ils étaient dus à une efficacité nulle contre le variant delta, ça serait en totale contradiction avec ce qui est observé ailleurs.

  30. #60
    papy-alain

    Re : transmissibilité du variant delta et dynamique de l'épidémie

    Pour les deux sources citées, il s'agit de statistiques établies après une seule dose. Je n'ai pas trouvé de tableau équivalent pour les vaccinés complets.
    Les météorites ne peuvent exister car il n'y a pas de pierres dans le ciel. Lavoisier.

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