Covid 2022

[agitateur]

ce n'est pas complètement évident de savoir si le succès de l'Omicron est dû à un Ro vraiment supérieur, ou au fait qu'il échappe plus largement à l'immunité acquise par les vaccins et les contaminations des souches précédentes

Gros point de doute que je partage.
La course au R0 me parait être un "mécanisme" avancé sans prudence.

J'ai eu partagé des moments dits conviviaux avec quelques convidés delta, pas ou trés peu de contaminés chez les vaccinés.
Le Omicron, tous les parents avec des enfants à la maison le choppent, c'est une hécatombe. Même 2 ou 3 semaines aprés le booster ( là ou il devrait être le plus efficace ).Et comme le test est positif trop tard aprés contamination, les mêmes adultes le refilent aussi trés facilement.
-----

[pascelus]

Gros point de doute que je partage.
La course au R0 me parait être un "mécanisme" avancé sans prudence.

J'ai eu partagé des moments dits conviviaux avec quelques convidés delta, pas ou trés peu de contaminés chez les vaccinés.
Le Omicron, tous les parents avec des enfants à la maison le choppent, c'est une hécatombe. Même 2 ou 3 semaines aprés le booster ( là ou il devrait être le plus efficace ).Et comme le test est positif trop tard aprés contamination, les mêmes adultes le refilent aussi trés facilement.

Pareillement.

Et même les formes graves ne sont plus aussi évitées que ce que c'était le cas pour les variants delta et antérieurs... Voir ce qui se passe en Israël ici: https://www.israelnationalnews.com/news/321674

"80 % des cas graves de COVID sont entièrement vaccinés », déclare le directeur de l'hôpital d'Ichilov
Le vaccin n'a "aucune importance en ce qui concerne les maladies graves", déclare le professeur Yaakov Jerris.

Les hôpitaux israéliens sont-ils vraiment surchargés de patients COVID non vaccinés ? Selon le professeur Yaakov Jerris, directeur du service des coronavirus de l'hôpital Ichilov, la situation est complètement opposée.

"En ce moment, la plupart de nos cas graves sont vaccinés", a déclaré Jerris. « Ils ont eu au moins trois injections. Entre soixante-dix et quatre-vingts pour cent des cas graves sont vaccinés. Ainsi, le vaccin n'a aucune signification en ce qui concerne les maladies graves, c'est pourquoi seulement vingt à vingt-cinq pour cent de nos patients ne sont pas vaccinés."

[MissJenny]

"80 % des cas graves de COVID sont entièrement vaccinés », déclare le directeur de l'hôpital d'Ichilov
Le vaccin n'a "aucune importance en ce qui concerne les maladies graves", déclare le professeur Yaakov Jerris.

mais l'article de Haaretz cité par pm42 dit le contraire... donc wait and see.

cela dit, les Israéliens ayant vacciné en priorité les personnes les plus à risque et le vaccin n'étant pas parfait, il n'est pas aberrant qu'on les retrouve parmi les cas graves. Mais ça serait quand-même une mauvaise nouvelle.

[MissJenny]

ce n'est pas complètement évident de savoir si le succès de l'Omicron est dû à un Ro vraiment supérieur, ou au fait qu'il échappe plus largement à l'immunité acquise par les vaccins et les contaminations des souches précédentes

c'est la même chose, non? Le R0 reflète la transmissibilité laquelle intègre l'interaction avec le système immunitaire.

[yves95210]

c'est la même chose, non? Le R0 reflète la transmissibilité laquelle intègre l'interaction avec le système immunitaire.

Non, Ro caractérise la transmissibilité du virus dans une population naïve (n'ayant acquis aucune immunité spécifique contre lui, que ce soit par vaccination ou infection antérieure). Et pas Ro tout seul, car l'intervalle intergénérationnel (le temps qu'il faut pour qu'un infecté contamine en moyenne Ro personnes) intervient évidemment aussi.
Mais effectivement Ro peut être différent d'une population à l'autre, en fonction de facteurs génétiques, environnementaux, sociétaux, etc. Et dans une même population, différent d'une saison à l'autre, par exemple parce que les gens passent plus de temps ensemble dans des lieux clos durant l'hiver que durant l'été).

Dans une population partiellement immunisée, en nommant S la proportion (entre 0 et 1) restant susceptible d'être infectée, Reff=S*Ro, du moins tant que les comportements n'évoluent pas (spontanément ou sous l'effet de mesures officielles) pour limiter la transmission. C'est ce qui permet d'atteindre un seuil d'immunité collective, lorsque S est assez petit pour que Reff < 1 ; mais cette immunité collective peut être plus ou moins durable en fonction du déclin progressif de l'immunité individuelle et de la capacité de nouveaux variants à la contourner.

[agitateur]

Factuellement ( et pas théoriquement ), les R0 que l'on pu entendre ont été des Reff, ou du moins du R0 fortement influencé par le comportement sociétal.
Alpha, béta, et aussi la souche antérieure originale, ont trés vite été fortement influencés par les stop and go au niveau confinement, mesures barrières, etc...
Depuis disons delta, on y rajoute l'effet vaccin et l'"immu "collective"

Depuis "longtemps", on mesure et évalue des ersatz de R0 ( faute de mieux, ce n'est pas une critique )

[MissJenny]

Non, Ro caractérise la transmissibilité du virus dans une population naïve

oui tout le monde sait ça mais ça n'est pas la question. Le R "actuel" du variant omicron (la population n'étant pas naïve) est aussi bien dû à l'évitement de l'immunité vaccinale qu'à d'autres facteurs, à mon humble avis.

[MissJenny]

Ton propos est ambigu. Dans l’état actuel des choses il existe une très sévère compétition entre les diverses souches, fondé sur le R0 de plus en plus élevé chez les souches qui "triomphent". Après, si l’on passe... peut-être... en régime de routine, ton propos est plus pertinent, mais pas pour le moment.

chez les parasites la compétition provient du fait que quand un individu (ou un variant pour le virus) exploite un hôte, cette ressource n'est plus disponible pour un autre individu (ou un autre variant). Et c'est l'immunité acquise par la première infection qui fait que l'hôte n'est plus infectable par le second variant. Dans le cas de SARS-CoV2, il semble que cette immunité soit limitée. Il reste que si le premier variant tue son hôte, cet hôte ne sera plus infecté...

[agitateur]

Dans le cas de SARS-CoV2, il semble que cette immunité soit limitée.

je suis parfaitement conscient que les exemples perso sont statistiquement non représentatifs.
Néanmoins, si je prend un échantillon de 50 personnes "proches" au niveau pro, et une centaine de clients, depuis la rentrée post noel, j'observe ( si je puis dire ):
- Quasi tout le monde avec des plus ou moins "jeunes" scolarisés à la maison a été infecté et covid+ ( probablement omicron mais c'est rarement vérifié ), ou alors a eu des symptômes assez orientés mais ne s'est pas fait testé. Sur 150 personnes, je dirai 100 personnes avec enfants au foyer. 50 positifs au moins avérés, et 50 symptomatiques sans certitudes.
- les rescapés non infectés sont typiquement: des ermites, des solos, ou des couples retraités ( ou pas loins de l'être et foyer réduit à 2 personnes )

Les rescapés non covidés en janvier ne l'ont jamais eu, ou n'ont jamais imaginé avoir pu le chopper ( asymptomatiques )
Parmi les positifs, certains l'ont déjà eu ( delta ou antérieur ). En fait ça va plus loin, en gros tous les "proches" ou presque qui l'ont eu entre début 2020 et cet automne l'ont rechoppé ces dernières semaines. Avec 2 doses, ou 2 doses + boost même récent.

L'efficacité du vacc est probablement patente sur la dureté des symptômes, mais sur le caractère infectieux....comment dire...c'est loin d'être parfait.

[JPL]

Il reste que si le premier variant tue son hôte, cet hôte ne sera plus infecté...

Je suis rassuré

[pm42]

L'efficacité du vacc est probablement patente sur la dureté des symptômes, mais sur le caractère infectieux....comment dire...c'est loin d'être parfait.

Le pourquoi a déjà été expliqué ici avec lien, etc. Pour le reste, les études donnent quand même un taux de transmission en nette baisse sur Delta, à valider sur Omicron mais il faut prendre en compte le fait qu'on est quand même quelques mutations plus loin et qu'on ne mesure pas les vaccins adaptés qui devraient sortir bientôt.
Et si les vaccins transforment le Covid en l'équivalent de la grippe ou autres trucs qui sont contagieux et qu'on est très nombreux à choper chaque hiver, c'est ce qu'on lui demande : de permettre la non-saturation des hôpitaux et donc le retour à une vie normale.

Et là aussi, le taux de non-vaccinés dans les services de réa en France récemment a été bien documenté même dans la presse grand-public et ça calme.

[MissJenny]

A la réflexion, je me dis que même une durée d'immunité de quelques semaines doit suffire à créer un compétition entre variants non négligeable pour l'évolution du virus. Donc ce que j'ai écrit plus haut sur l'évolution par dérive est probablement faux.

[Avatar10]

Et là aussi, le taux de non-vaccinés dans les services de réa en France récemment a été bien documenté même dans la presse grand-public et ça calme.

Possible d'avoir des liens? parce que j'en suis resté aux études de la DRESS et la SFAR qui sont "récentes" mais datant un peu quand même, et même si les chiffres du début d'année montrent une différence, c'est très loin des 80 ou 90% qu'on a pu entendre début janvier.

[yves95210]

Possible d'avoir des liens? parce que j'en suis resté aux études de la DRESS et la SFAR qui sont "récentes" mais datant un peu quand même, et même si les chiffres du début d'année montrent une différence, c'est très loin des 80 ou 90% qu'on a pu entendre début janvier.

Tu trouveras sur ce site (mis à jour quotidiennement à partir des 15 derniers jours de données publiées par la DREES, donc actuellement du 9 au 23/1) des graphiques représentant le nombre de chaque type d'évènement (PCR+, admission à l'hôpital, entrée en SC, décès) par million de personnes de chaque catégorie (par tranche d'âge et par statut vaccinal). Voici par ex. celui qui concerne les entrées en SC.



D'autre part selon mes calculs, sur les 7 derniers jours de données disponibles (17 au 23/1), toutes tranches d'âges confondues (y compris les <20 ans) il y a eu en moyenne 55 entrées quotidiennes en SC de non-vaccinés et 112 entrées de complètement vaccinés (dont 49 avec rappel et 63 sans), pour des populations respectivement d'environ 14 millions de non-vaccinés (dont 10 millions <20 ans) et 51,5 millions de complètement vaccinés dont 27 millions avec rappel.
Mais le fait d'inclure les enfants dans le calcul donne une indication biaisée car (même non vaccinés) leur risque de Covid grave est très faible. Sans les moins de 20 ans, le même calcul donne 44 entrées en SC de non-vaccinés sur une population de 3,9 millions et 106 entrées de complètement vaccinés sur 45,7 millions (dont 47 entrées de vaccinés avec rappel sur 26,5 millions).

[pm42]

Il semble également que les séjours des non-vaccinés soient plus long et que décompter les entrées donc le flux sous-évalue leur part du "stock" à un instant donné. A vérifier mais les chiffres d'autres pays penchent dans ce sens là.

[yves95210]

D'autre part selon mes calculs, sur les 7 derniers jours de données disponibles (17 au 23/1), toutes tranches d'âges confondues (y compris les <20 ans) il y a eu en moyenne 55 entrées quotidiennes en SC de non-vaccinés et 112 entrées de complètement vaccinés (dont 49 avec rappel et 63 sans), pour des populations respectivement d'environ 14 millions de non-vaccinés (dont 10 millions <20 ans) et 51,5 millions de complètement vaccinés dont 27 millions avec rappel.
Mais le fait d'inclure les enfants dans le calcul donne une indication biaisée car (même non vaccinés) leur risque de Covid grave est très faible. Sans les moins de 20 ans, le même calcul donne 44 entrées en SC de non-vaccinés sur une population de 3,9 millions et 106 entrées de complètement vaccinés sur 45,7 millions (dont 47 entrées de vaccinés avec rappel sur 26,5 millions).

Oups... Ci-dessus il ne s'agit que les nombres d'entrées en SC avec Omicron. Il faut y ajouter les mêmes résultats concernant Delta : 24 entrées quotidiennes en SC de non-vaccinés et 14 de complètement vaccinés (5 avec rappel), dont aucun <20 ans.

[Avatar10]

Tu trouveras sur ce site (mis à jour quotidiennement à partir des 15 derniers jours de données publiées par la DREES, donc actuellement du 9 au 23/1) des graphiques représentant le nombre de chaque type d'évènement (PCR+, admission à l'hôpital, entrée en SC, décès) par million de personnes de chaque catégorie (par tranche d'âge et par statut vaccinal). Voici par ex. celui qui concerne les entrées en SC.

Pièce jointe 454278

D'autre part selon mes calculs, sur les 7 derniers jours de données disponibles (17 au 23/1), toutes tranches d'âges confondues (y compris les <20 ans) il y a eu en moyenne 55 entrées quotidiennes en SC de non-vaccinés et 112 entrées de complètement vaccinés (dont 49 avec rappel et 63 sans), pour des populations respectivement d'environ 14 millions de non-vaccinés (dont 10 millions <20 ans) et 51,5 millions de complètement vaccinés dont 27 millions avec rappel.
Mais le fait d'inclure les enfants dans le calcul donne une indication biaisée car (même non vaccinés) leur risque de Covid grave est très faible. Sans les moins de 20 ans, le même calcul donne 44 entrées en SC de non-vaccinés sur une population de 3,9 millions et 106 entrées de complètement vaccinés sur 45,7 millions (dont 47 entrées de vaccinés avec rappel sur 26,5 millions).

Merci, mais ma demande concernait spécifiquement les réanimations, les SC comprenant les réanimations, les unités de soins continus et les unités de soins intensifs. Ce qui n'enlève rien au fait de l'intérêt d'avoir un schéma vaccinal complet.

[yves95210]

Merci, mais ma demande concernait spécifiquement les réanimations, les SC comprenant les réanimations, les unités de soins continus et les unités de soins intensifs.

A ma connaissance, le fichier de la DREES est la seule source publique de données épidémiologiques (cas confirmés, admissions à l'hôpital, entrées en SC) segmentées par statut vaccinal. Donc tu risques d'avoir du mal à trouver une réponse précise à ta question.

[Avatar10]

A ma connaissance, le fichier de la DREES est la seule source publique de données épidémiologiques (cas confirmés, admissions à l'hôpital, entrées en SC) segmentées par statut vaccinal. Donc tu risques d'avoir du mal à trouver une réponse précise à ta question.

Je pense aussi, mais pm42 pourra sûrement répondre à ma question, puisque:

Et là aussi, le taux de non-vaccinés dans les services de réa en France récemment a été bien documenté même dans la presse grand-public et ça calme.

[yves95210]

Il y a effectivement eu des articles dans la presse, basés entre autres sur une enquête menée par la Société française des anesthésistes-réanimateurs auprès d'un certain nombre de services, donc pas exhaustive mais peut-être représentative. Par exemple celui-ci https://www.liberation.fr/checknews/...D5G7TFPOH5O6M/ :

Une enquête flash menée par la Sfar le 28 décembre auprès de 165 services de réanimation (soit environ un tiers des réa françaises) aboutit à 80 % pour la part des non-vaccinés parmi 900 «patients Covid» intubés en réanimation. Des données qu’on ne peut nécessairement extrapoler à l’ensemble des services de réanimation, et encore moins aux 3 600 patients évoqués par Jean Terlier, qui correspondaient eux au nombre de patients Covid en soins critiques (incluant les réanimations, mais aussi les soins intensifs et la surveillance continue).

Cet article donne aussi des chiffres concernant d'autres pays européens, mais qui ne font pas la distinctions entre soins critiques et réa. Pour les entrées en SC (en décembre) ils se situent entre 45% et 68% suivant les pays.

[agitateur]

et c'est un taux d'occupation ( ce qui reste cependant un meilleur indicateur ), pas une incidence d'entrée ( indicateur que l'on retrouve le plus souvent )

[polo974]

Pour info, à la Réunion, l'ars fait un point hebdo avec (assez) souvent les infos sur le statut vaccinal en réa et décès.
Le pb, c'est un pdf et non un tableau exploitable ...

Il faudrait voir sur les sites des différents
ars si c'est un truc généralisé ou non.

Donc ici, on est à 80 à 90% de non vaccinés en réa. Actuellement...
On est de nouveau en-dessous de 5k/100k testé positif, je ne sais pas comment on (la famille) est passé à travers jusqu'ici (2 sur 4 qui bossent en hosto dont 1 en urgence)...

[yves95210]

Pour info, à la Réunion, (...) on est à 80 à 90% de non vaccinés en réa. Actuellement...
.

Normal, puisque le taux de vaccination est inférieur à celui de la métropole.

D'ailleurs c'est plutôt les taux de non-vaccination qu'il faut comparer : par exemple entre des taux de vaccination de 60% ou 80% la différence ne paraît pas énorme, "seulement" un quart de vaccinés en moins dans le premier cas que dans le deuxième. Mais dans le premier cas il y a deux fois plus de non-vaccinés que dans le deuxième.
Alors que la différence entre une population vaccinée à 30% et une autre vaccinée à 40% peut sembler la même (un quart de vaccinés en moins dans le premier cas que dans le deuxième). Mais en fait dans la première population la proportion de non-vaccinés n'est que 1,2 fois plus grande que dans la deuxième.

[Avatar10]

Il y a effectivement eu des articles dans la presse, basés entre autres sur une enquête menée par la Société française des anesthésistes-réanimateurs auprès d'un certain nombre de services, donc pas exhaustive mais peut-être représentative.

Peut-être ou pas... c'est une photographie sur 1 jour, de mémoire, avec tous les biais inhérents, mais j'attends toujours les données dont parlait pm42 qui sont soit disant bien documentées pour les réa.
Bref, je crois qu'on peut passer sur ce "détail", j'invite juste pm42 a donner les liens quand il parle d'un sujet car je m'étais posé la question pour les réa début janvier quand j'entendais les "80 ou 90%" et n'ayant rien trouvé, là, avec ses propos, je m'attendais à avoir les données "biens documentées", et j'attends toujours.

[pascelus]

j'invite juste pm42 a donner les liens quand il parle d'un sujet car je m'étais posé la question pour les réa début janvier quand j'entendais les "80 ou 90%" et n'ayant rien trouvé, là, avec ses propos, je m'attendais à avoir les données "biens documentées", et j'attends toujours.

###############
les données ont très largement changé depuis l'explosion d'Omicron. Ce qui était effectif pour les variants Delta et antérieurs est totalement remanié pour Omicron. C'est flagrant pour les contaminations et l'exemple israélien, qui ont pris 2 à 3 mois d'avance sur la vaccination avec 3e et 4e doses, laisse bien penser que la tendance se poursuit jusqu'aux réanimations et décès comme le constate le professeur Yaakov Jerris.

[MissJenny]

Tiens, la Chine a enregistré hier les premiers morts du covid depuis un an. La politique de "zero covid" peine devant le variant omicron.

[Deedee81]

Salut,

Tiens, la Chine a enregistré hier les premiers morts du covid depuis un an. La politique de "zero covid" peine devant le variant omicron.

C'est assez logique à bien y réfléchir. Extrêmement contagieux et même s'il est beaucoup moins dangereux.... ça reste une maladie (on peut mourir d'un rhume)
Merci de l'info

[antek]

Tiens, la Chine a enregistré hier les premiers morts du covid depuis un an. La politique de "zero covid" peine devant le variant omicron.

Si la source est le ministre de l'information chinois . . .

[agitateur]

Ce qui rend l'aveu encore plus fort, sur l'impossibilité de mener une politique zéro covid, ou même tracer isoler.
D'ailleurs, un pays du nord Europe - je sais plus lequel - vient d'y renoncer.
La nouvelle zélande ne pourra pas non plus tenir ses stats passées bien longtemps....

Certes, les pays qui se sont mis sous cloche ont évité des morts - sans doute et a minima des morts direct covid, les dégats collatéraux sont plus délicats à analyser- mais ce n'est plus tenable.

[Gephil47]

Intéressant rapport de SPF sur les réinfections :
https://www.santepubliquefrance.fr/m...7-fevrier-2022

En résumé :

416 995 cas possibles de réinfection identifiés entre le 2 mars 2021 et le 27 janvier 2022, dont 384 375 (92 %) depuis le 1er décembre 2021
52 % des cas possibles de réinfection étaient âgés de 18 à 40 ans
79 % des cas possibles de réinfection pour lesquels un résultat de criblage était disponible et interprétable pour l’épisode de réinfection avaient un résultat évocateur d’Omicron (A0C0)

Si j'ai bien compris les réinfections sont faites par Omicron sur une infection préalable par un autre variant comme le montre la figure 1 du rapport.