Covid 2022

[yves95210]

Intéressant rapport de SPF sur les réinfections :
https://www.santepubliquefrance.fr/m...7-fevrier-2022

Résultats à interpréter avec prudence :

Une très grande majorité des cas possibles de réinfection rapportés dans cette étude sont survenus au cours de la 5e vague de COVID-19.
Plusieurs facteurs peuvent expliquer cette observation. Tout d’abord, le fait que nous ne puissions pas identifier les réinfections survenues suite à un premier épisode en 2020 contribue certainement à une sous-estimation de la fréquence des cas possibles de réinfection sur la totalité de la période d’étude, ainsi qu’à l’augmentation de leur fréquence au cours du temps. Par ailleurs, il semble vraisemblable que l’atténuation de la réponse immunitaire post-infectieuse ou post-vaccinale survenue au sein de la population française au cours de la période d’étude ait pu également jouer un rôle dans cette nette augmentation de la fréquence des cas possibles de réinfections détectés.

Comme le délai moyen entre infection et réinfection est de 240 jours et que les infections survenues en 2020 lors des deux premières vagues ne sont pas prises en compte, la plupart des cas de réinfection dus au variant alpha (jusqu'à juin 2021) puis au variant delta (en juillet-août 2021) n'ont pas pu être identifiés dans cette étude.
En particulier
- les cas identifiés de réinfection par alpha au premier semestre 2021 ne correspondent qu'à des infections dans les premiers mois de l'année, alors qu'alpha était déjà prédominant en février; les réinfections par le même variant étant certainement plus rares, cela doit conduire à une forte sous-estimation de nombre total de réinfections par alpha.
- les cas identifiés de réinfection par delta en juillet-août correspondent à des infections entre janvier et juin 2021, période durant laquelle le nombre total d'infections est comparable à celui de la période mars-décembre 2020, alors que, selon le rapport, l'intervalle entre infections est assez rarement inférieur à 160 jours (dans moins d'un quart des cas identifiés). Donc en réalité, en juillet-août il y a probablement eu plus de réinfections de personnes infectées en 2020 que de personnes infectées au S1 2021. D'autre part, en juillet-août 2021 une bonne partie de la population était déjà vaccinée, avec une deuxième dose encore assez récente (ou une dose unique pour ceux qui avaient été testés PCR+ dans les mois précédents), ce qui a probablement contribué à éviter des réinfections.

Donc, même si omicron est probablement plus susceptible de causer des réinfections que les variants précédents, ce rapport ne permet pas de comparer précisément les risques de réinfection par l'un ou l'autre variant. D'ailleurs puisque omicron n'est en cause que dans 79% des cas de réinfection identifiés entre mars 2021 et janvier 2022 alors qu'il a causé environ les deux-tiers des cas confirmés dans la même période, c'est bien que delta a dû également causer un nombre important de réinfections entre octobre 2021 et janvier 2022.

Autre chose : sachant qu'on estime que le nombre réel d'infections varie entre 2 et 3 fois le nombre de cas confirmés par test, la probabilité de détecter une réinfection se situe entre 10% (0,33²) et 25% (0,5²). Il faut donc multiplier par au moins 4 le nombre total de réinfections indiqué par le rapport, et probablement nettement plus puisqu'il ne tient pas compte des infections de 2020.
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[papy-alain]

Les gens n'ayant eu qu'une forme bénigne lors de leur première infection n'ont rien à craindre d'une réinfection par omicron. Soit on est un cas à risque, soit on ne l'est pas, vacciné ou non.

[Gephil47]

Résultats à interpréter avec prudence :

Tout à fait d'accord.
Merci pour les explications.

[Mickey-l.ange]

Bonjour,

Je souhaiterais profiter de la présente discussion pour ouvrir une parenthèse.

Certaines chaînes TV font régulièrement appel à des épidémiologistes pour diffuser leurs propos sur les ondes.
Je suis bien incapable de reconnaître le bon grain.
Par exemple, que convient-il de penser des points de vue de Catherine Hill ou de Martin Blachier ?

(Peut-être ouvrir une discussion : Qui est crédible ?)

[agitateur]

Qui est crédible ?

En matière de prédiction, celui ou celle à qui le futur donne raison le plus souvent.....
le problème, c'est que ce qui se passe est en partie / grande partie dépendant des mesures prises, et pas seulement du virus lui même. Donc, extrapoler ce qui aurait pu se passer avec des mesures différentes, c'est encore de l'art divinatoire.....

[yves95210]

Certaines chaînes TV font régulièrement appel à des épidémiologistes pour diffuser leurs propos sur les ondes.
(...)
Qui est crédible ?

Ceux qui sont capables de faire preuve de nuance et de ne présenter leurs projections (et justifier les mesures qu'ils préconisent) qu'en indiquant rigoureusement les hypothèses sur lesquelles elles reposent, leurs marges d'erreur à X semaines, et en se référant à une étude rendue publique (je n'utilise pas le mot "publiée" au sens habituel des publications scientifique car évidemment ces études se doivent d'être assez réactives pour que leurs résultats soient utilisables, ce qui ne laisse pas le temps d'appliquer un processus de revue par les pairs).

Mais l'exercice ne se prête guère à ce genre de subtilités, et même les "vrais" épidémiologistes interviewés à la télé se contentent souvent de discours à l'emporte-pièce, donnant l'impression qu'il s'agit plus de défendre leurs convictions personnelles, pour ou contre les restrictions en général ou telle ou telle mesure en particulier (et en général ce sont toujours les mêmes qui sont pour ou qui sont contre, quelles que soient la situation ou les nouvelles connaissances acquises à propos du virus, de sa transmission, de l'impact de l'immunité vaccinale ou post-infection, etc.) que de présenter des faits.
Et chacun d'entre nous a évidemment tendance à trouver plus crédibles ceux dont le discours (présenté comme scientifique) va dans le sens de ses opinions...

Bref il y a bien longtemps que je n'écoute plus trop ce qui se dit à la télé (pas seulement sur ce sujet, d'ailleurs).

[Gephil47]

Pour avoir travaillé dans leur mileu pendant plus de 40 ans je dirais que cela va de la plus grande compétence comme Dominique Costagliola au délire le plus complet (je ne donnerai pas de nom)...

[JPL]

Par exemple, que convient-il de penser des points de vue de Catherine Hill ou de Martin Blachier ?

Je ne vais pas dire du mal de X ou Y moi-même ; lis simplement https://fr.wikipedia.org/wiki/Martin_Blachier.

[Bruno]

Pour avoir travaillé dans leur mileu pendant plus de 40 ans je dirais que cela va de la plus grande compétence comme Dominique Costagliola au délire le plus complet (je ne donnerai pas de nom)...

Elle est peut-être tres compétente sur le VIH, mais sur le covid on jugera sur pieces:

Interrogée sur le calendrier du troisième déconfinement entamé le 3 mai 2021, elle répond : « Cela me paraît prématuré. La probabilité que ça passe, c’est-à-dire d’éviter une nouvelle saturation totale de l’hôpital, est faible ». Un mois après cette déclaration, le nombre de patients hospitalisés pour cause de Covid-19 est passé de 28 000 à 14 800.

https://fr.wikipedia.org/wiki/Dominique_Costagliola

Encore plus risible sur omicron: « Avec le variant Omicron, on joue à la roulette russe en espérant le meilleur » https://www.lemonde.fr/planete/artic...7492_3244.html

[Gephil47]

Elle est peut-être tres compétente sur le VIH, mais sur le covid on jugera sur pieces:

Elle n'en est pas moins une excellente épidémiologiste...

[polo974]

À la roulette russe, on a 5 chances sur 6 que ça se passe bien, et ça c'est assez bien passé jusqu'ici, donc elle avait raison.

Bon, ça aurait été mal, elle aurait aussi eu raison: "Je vous avait bien dit que c'était risqué!!!"

Il va falloir des cures de désintoxication à la caméra pour quelques toubibs...

[Gephil47]

Un article qui me semble intéressant sur la réponse immunitaire après infection par Omicron chez les personnes vaccinées :

https://www.lemonde.fr/blog/realites...nes-vaccinees/

[Archi3]

Il y a un téléphone sonne de France Inter en ce moment. J'avoue que je reste perplexe sur le discours d'épidémiologiste comme Dominique Castoglia. Elle dit que la circulation du virus serait supportable autour de 50 mais d'où sort elle ce chiffre? c'était effectivement un seuil d'alerte pour les premières formes du virus qui saturaient les urgences , mais maintenant on en est très loin, donc pourquoi continuer à adopter ce chiffre "magique" ?
J'ai l'impression qu'on est au stade où le covid devient pratiquement une maladie respiratoire parmi d'autres (ce qui ne veut pas dire un risque nul, mais un risque jugé suffisamment faible pour ne pas bloquer la société) mais que les médecins ont été tellement traumatisés qu'ils n'arrivent pas à l'admettre...

[Archi3]

un autre truc que je ne comprends pas bien , c'est qu'elle dit "pour le moment tous les variants ont été plus contagieux que les précédents", mais d'une part c'est un truisme qu'une souche va devenir prédominante si elle est plus contagieuse (ce ne sont pas "tous" les variants qui étaient plus contagieux, seulement ceux qui sont devenus prédominants !), d'autre part on n'est plus dans une population naive, la grande majorité des gens ont été vaccinés et/ou malades, et donc le nouveaux variants peuvent simplement etre ceux qui échappent plus à l'immunité que les précédents, mais ils n'auraient pas forcément été bien plus contagieux dans une population naïve ...

[Gephil47]

Il y a un téléphone sonne de France Inter en ce moment. J'avoue que je reste perplexe sur le discours d'épidémiologiste comme Dominique Castoglia. Elle dit que la circulation du virus serait supportable autour de 50 mais d'où sort elle ce chiffre? c'était effectivement un seuil d'alerte pour les premières formes du virus qui saturaient les urgences , mais maintenant on en est très loin, donc pourquoi continuer à adopter ce chiffre "magique" ?

Elle fait un calcul à partir de l'incidence mesurée le jour de l'interview pour obtenir ce chiffre (à partir de 6'45").

[Archi3]

ah oui désolé je ne suis pas bien les calculs à la radio ... c'est quoi le calcul ?

encore un truc que je ne comprends pas bien des épidémiologistes :

https://www.lemonde.fr/planete/artic...9616_3244.html

On avait imaginé que le SARS-CoV-2 allait écraser tous les autres virus respiratoires. Il semble qu’avec Omicron ce ne soit pas le cas », relève le professeur Bruno Lina, virologue et membre du conseil scientifique Covid-19.

vu qu'à tout moment il n'y a que quelques % de la population infectée par un virus, je ne vois pas comment un virus peut "écraser" un autre (c'est à dire comment il peut changer la contamination d'un autre virus par plus de quelques %, ce qui ne peut en aucun cas être décrit comme un "écrasement"). Ca me semble évident que ce n'est pas le virus qui "écrase" les autres, mais les mesures sociales qu'on met en place pour éviter la contagion ! le fait que la grippe redémarre n'est que la conséquence des levées des mesures, mais si comme en Chine on se remettait à confiner, ça me semble évident aussi que la grippe serait aussi bloquée. Bref attribuer la différence au variant, et pas aux mesures prises, me parait très bizarre...

Je veux bien convenir que les épidémiologistes sont des scientifiques, mais il y a des résurgences curieuses d'assertions qui semblent toucher à une sorte de pensée magique ...

[MissJenny]

un autre truc que je ne comprends pas bien , c'est qu'elle dit "pour le moment tous les variants ont été plus contagieux que les précédents", mais d'une part c'est un truisme qu'une souche va devenir prédominante si elle est plus contagieuse (ce ne sont pas "tous" les variants qui étaient plus contagieux, seulement ceux qui sont devenus prédominants !), d'autre part on n'est plus dans une population naive, la grande majorité des gens ont été vaccinés et/ou malades, et donc le nouveaux variants peuvent simplement etre ceux qui échappent plus à l'immunité que les précédents, mais ils n'auraient pas forcément été bien plus contagieux dans une population naïve ...

en fait ça n'est pas exactement un truisme, puisque d'autres virus ont plusieurs variants dont aucun ne s'impose comme le plus transmissible.

[Archi3]

j'ai dit que c'était un truisme que si une souche devenait prédominante, c'était qu'elle était plus transmissible. Ce n'est pas contradictoire avec ce que tu dis.

[MissJenny]

mais ça n'est pas ce qu'a dit l'épidémiologiste.

[Archi3]

j'avais loupé cette réponse. Si l'épidémiologiste voulait vraiment dire que "tous les variants apparus" étaient plus contagieux, c'est évidemment faux, beaucoup de variants sont apparus localement mais ne se sont pas amplifiés , et si il ne parlait que des variants devenus majoritaires, c'est évidemment un truisme. Bref.

Pour revenir à une actualité plus présente, je reste perplexe devant un titre comme

"Covid-19 : les mutations inattendues des variants du SARS-CoV-2 continuent de surprendre les virologues"

https://www.lemonde.fr/sciences/arti...6_1650684.html

Vu que certains coronavirus sont à l'origine du rhume commun et qu'il est bien connu qu'ils mutent, ce qui fait qu'on continue à attraper des rhumes tous les ans, je ne vois vraiment pas ce qui surprend les virologues. La nouveauté me semble plutot être dans l'effort considérable pour tester tout le monde et décoder le génome de ce virus que dans le virus lui même. Il me semble clair que le covid ne disparaitra jamais et deviendra un virus endémique mutant constamment et touchant sans doute plusieurs fois les mêmes personnes, mais que sa gravité diminuera, dans un premier temps parce que les personnes les plus fragiles y auront déjà succombé (ce qui est à mon avis déjà assez largement le cas), et ensuite parce que les jeunes l'auront rencontré de plus en plus et se seront mieux immunisés avant de vieillir. Du coup il deviendra une maladie respiratoire de type "rhino-pharyngite" , "syndrome grippal", etc ... normal. Et un jour on va se lasser de faire des tests PCR à tout bout de champ pour rien, et on ne fera que proposer un vaccin pour les plus fragiles comme pour la grippe, sans y mettre de contrainte.

Je ne vois pas d'autre scénario plausible pour le futur.

[Anathorn]

j'ai dit que c'était un truisme que si une souche devenait prédominante, c'était qu'elle était plus transmissible.

ha ?
Prenons un exemple particulier :
Variant A avec R0 de 8 mais provoquant des symptomes systématiques qui se déclarent tôt (donc sont très vite identifiables).
variant B avec R0 de 6 mais provoquant une majorité d'asymptomatiques.
Lequel va le mieux se diffuser ?
Celui qui se transmet le moins, mais qui passe à travers les radars, donc est moins visé par les quarantaines et l'action sanitaire.
Vous avez dit truisme ?

[Archi3]

ha ?
Prenons un exemple particulier :
Variant A avec R0 de 8 mais provoquant des symptomes systématiques qui se déclarent tôt (donc sont très vite identifiables).
variant B avec R0 de 6 mais provoquant une majorité d'asymptomatiques.
Lequel va le mieux se diffuser ?
Celui qui se transmet le moins, mais qui passe à travers les radars, donc est moins visé par les quarantaines et l'action sanitaire.
Vous avez dit truisme ?

bah non, le Ro inclut les comportements, si les gens se contaminent moins parce qu'ils sont symptomatiques, alors le Ro est inférieur. Ton exemple est auto-contradictoire.

Le Ro n'est pas et n'a jamais été une "constante physique associée à un virus", indépendamment des gens. C'est le nombre moyen de contaminations effectives réelles par malade, en tenant compte de tout , sauf de l'immunité (c'est à dire dans une population très majoritairement naïve immunitairement).

[agitateur]

l'exemple de anathorn se veut théorique, sur des R0 théorique ( ou pratique les premiers jours, 2 premières semaines pour faire simple )

Oui, le R est affecté par le comportement, les lois, etc...
On l'a bien vu depuis 2 ans. Mais la frontière R0 / R est un peu floue, et en prime la sémantique souvent mal utilisée.

[Archi3]

l'exemple de anathorn se veut théorique, sur des R0 théorique ( ou pratique les premiers jours, 2 premières semaines pour faire simple )

Oui, le R est affecté par le comportement, les lois, etc...
On l'a bien vu depuis 2 ans. Mais la frontière R0 / R est un peu floue, et en prime la sémantique souvent mal utilisée.

pour moi la différence entre Ro et R est celle entre population sans immunité et avec immunité. Mais le Ro et le R incluent tous les deux les comportements et les habitudes sociales (ça parait assez évident qu'il y a de grandes chances qu'un trappeur du grand nord canadien contaminé accidentellement par un visiteur aura bien moins de chance de le transmettre qu'un chinois de Shanghaï ..). Du coup parler du Ro "dans l'absolu" ou "théorique" n'a pas de sens. C'est une grandeur empirique, pas théorique.

[Anathorn]

bah non, le Ro inclut les comportements

Je n'ai jamais dit autre chose que ça.
La mécanique d'une pandémie inclut évidemment les comportements sociaux, naturels ou forcés (mesures barrières, mise en place des capacités de detection etc.), dans son évolution.
Il n'y a pas que la "chimie biologique" au sens strict, qui elle seule donne un R0 fixe.

Je ne faisais que souligner que :

j'ai dit que c'était un truisme que si une souche devenait prédominante, c'était qu'elle était plus transmissible

Ce n'en est pas un (de truisme) puisque qu'on peut avoir un virus moins contagieux qui pourrait en remplacer un plus virulent dans l'exemple que je donne.
Je ne fais que constater, je n'émets aucun jugement.
Donc, vous avez dit truisme ?

[Archi3]

Je n'ai jamais dit autre chose que ça.
La mécanique d'une pandémie inclut évidemment les comportements sociaux, naturels ou forcés (mesures barrières, mise en place des capacités de detection etc.), dans son évolution.
Il n'y a pas que la "chimie biologique" au sens strict, qui elle seule donne un R0 fixe.

Je ne faisais que souligner que :

Ce n'en est pas un (de truisme) puisque qu'on peut avoir un virus moins contagieux qui pourrait en remplacer un plus virulent dans l'exemple que je donne.
Je ne fais que constater, je n'émets aucun jugement.
Donc, vous avez dit truisme ?

sauf que ton exemple est faux, si un virus remplace un autre, c'est qu'il se propage plus vite, donc le Ro est supérieur. Ca ne veut rien dire un virus de Ro de 6 qui se propage plus vite qu'un Ro de 8 (sauf si le temps pendant lequel on est contagieux est différent, en réalité ce qui compte ce sont les valeurs relatives de ln(R)/T )

Mais bon manifestement l'épidémiologiste dont je parlais n'entrait pas dans ces subtilités lors de l'émission de radio que j'ai écoutée.

[MissJenny]

sauf que ton exemple est faux, si un virus remplace un autre, c'est qu'il se propage plus vite, donc le Ro est supérieur.

à condition que les virus soient en compétition.

[Archi3]

certes, mais c'est le cas des variants. Ils sont forcément en compétition si ils se propagent de la même manière, car toute mesure ou changement comportemental visant à limiter les contaminations de l'un va aussi influencer les contaminations de l'autre, et il y a aussi probablement toujours au moins une certaine portion d'immunité croisée.

[agitateur]

une "certaine portion" d'immu croisée, c'est déjà un aveu de compétition partielle.
On a commencé à un peu le voir avec omicron / delta, et il ne serait étonnant que plusieurs futures populations de covid divergent et cohabitent.

[MissJenny]

L'incidence remonte aux Etats-Unis depuis quelques semaines. J'ai l'impression qu'ils attaquent leur septième vague. Je n'ai pas entendu parler de nouveau variant donc ça doit être dû à la perte d'immunité. Dans les modèles, si on suppose une immunité de durée limitée on obtient de jolies ondulations.