3 jours c'est probablement ce que j'ai eu entre une contamination fort probable un samedi (évènement avec une centaine de personnes largement sans masques et partageant des consommations au comptoir, une dizaine d'autre cas détectés à ma connaissance, et pas d'autres cas connus dans mon entourage sinon ), et mes premiers symptômes mardi matin - mais c'était en octobre donc très probablement le delta.
Voici enfin une étude en population réelle permettant de comparer les conséquences d'une primo-infection par Omicron avec celles d'une primo-infection par Delta.
Remarque : les deux cohortes dont il est question comportent majoritairement des individus vaccinés, en partie avec rappel. Une des limitations de l'étude vient du fait le statut vaccinal n'est documenté que dans quelques % des cas dans la base de données sur laquelle elle se base.Il s'agit d'une étude de cohorte rétrospective des données des dossiers médicaux électroniques (DME) de 577938 patients infectés pour la première fois par le SRAS-CoV-2 provenant d'une base de données nationale multicentrique aux États-Unis entre le 01/09/2021 et le 24/12/2021, dont 14054 qui ont été infectés pour la première fois entre le 15/12/2021 et le 24/12/2021, période pendant laquelle le variant Omicron est apparu (cohorte Emergent Omicron), et 563 884 qui ont été infectés pour la première fois entre le 01/09/2021 et le 15/12/2021, période pendant laquelle le variant Delta était prédominant (cohorte Delta).
(...)
Après appariement par score de propension pour les données démographiques, les déterminants socio-économiques de la santé, les comorbidités, les médicaments et le statut vaccinal, les risques à 3 jours dans les résultats de la cohorte Emergent Omicron étaient systématiquement inférieurs à la moitié de ceux de la cohorte Delta :
visite aux urgences : 4,55 % contre 15,22 % (rapport de risque ou RR : 0,30, IC à 95 % : 0,28-0,33) ;
hospitalisation : 1,75 % contre 3,95 % (RR : 0,44, IC à 95 % : 0,38-0,52) ;
admission en USI : 0,26 % contre 0,78 % (RR : 0,33, IC à 95 % : 0,23-0,48) ;
ventilation mécanique : 0,07% vs. 0,43% (RR : 0,16, IC 95% : 0,08-0,32).
Chez les enfants de moins de 5 ans, les risques globaux de visite aux urgences et d'hospitalisation dans la cohorte Emergent Omicron étaient respectivement de 3,89 % et 0,96 %, significativement inférieurs aux 21,01 % et 2,65 % de la cohorte appariée Delta (RR pour la visite aux urgences : 0,19, IC à 95 % : 0,14-0,25 ; RR d'hospitalisation : 0,36, IC À 95 % : 0,19-0,68).
Des tendances similaires ont été observées pour les autres groupes d'âge pédiatriques (5-11, 12-17 ans), les adultes (18-64 ans) et les adultes plus âgés (>= 65 ans).
Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)
C'est vrai qu'avec Delta la période d'incubation était déjà courte.Envoyé par Archi3
Mais en l'occurrence, si le PCR de criblage ne détecte aucune des mutations ciblées, ça ne serait ni Alpha, ni Beta, ni Gamma (bon, ces 3 là sont peu probables aujourd'hui), ni Delta, ni (selon le labo) Omicron...
Cela ressemble plutôt à une faille dans le système de remontée des résultats du criblage : un nouveau code doit être ajouté aux données remontant des labos, correspondant à la présence des mutations caractéristiques d'Omicron (qui ainsi ne serait pas identifié uniquement par défaut par l'absence des 3 mutations ciblées depuis juin). Les labos ont commencé progressivement à utiliser le nouveau type de PCR de criblage, mais jusqu'à début janvier le code permettant d'identifier Omicron n'était pas présent dans les données remontées (alors que, visiblement, l'absence des 3 anciennes mutations ciblées n'est plus censée suffire à caractériser une suspicion d'Omicron)...
ou alors vous venez de produire le nouveau variant PI
Salut,
Celui-là n'est dangereux que s'il frappe deux foisou alors vous venez de produire le nouveau variant PI
"Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)
Non non reste, elle est très bonne
Après s'être recombiné avec le rho ?Celui-là n'est dangereux que s'il frappe deux fois
Il manque le smiley
"Il ne suffit pas d'être persécuté pour être Galilée, encore faut-il avoir raison." (Gould)
Salut,
c'est quoi ca le variant IHU, c'est Raoult qui essaie de se redonner un peu de dorure ?
https://www.medrxiv.org/content/10.1....24.21268174v1
Je n'ai trouve la publi qu'apres avoir vu cela dans des news anglophones...(et je me demande un peu ce que ca fait dans les news grand public a ce stade...). Vous avez des infos plus specifiques en France qui renderait cette chose problematique?
T-K
If you open your mind too much, your brain will fall out (T.Minchin)
Mais que vient faire le pangolin dans cette histoire ?
Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac
Un papier non encore revu par les pairs, qui nomme "IHU" son variant comme s'il n'y avait qu'un IHU en France, ça s'est signé !
https://www.ihu-france.org/fr/activi...%20entreprises.
c'est l'outil utilisé pour la nomenclature des lignées de SARS-CoV2
https://en.wikipedia.org/wiki/Phylog...break_Lineages
m@ch3
Never feed the troll after midnight!
Pendant ce temps, au Royaume-Uni :
La vague d'Omicron est venue se superposer à un taux d'incidence élevé de Delta (à peu près stable depuis plusieurs mois). Il est possible qu'elle soit en train d'atteindre son pic (à confirmer dans les prochains jours car avec l'effet des fêtes de fin d'années le nombre de tests pratiqués a baissé et il peut aussi y avoir du retard dans la remontée des résultats).
En supposant que l'incidence de Delta soit restée stable (ça ne doit pas être trop faux vu que Delta représentait encore un tiers des cas il y a une semaine), on peut estimer grossièrement l'impact d'Omicron en soustrayant au nombre de cas, d'admissions à l'hôpital et de patients en soins intensifs les valeurs qu'avaient ces indicateurs vers le 1er décembre. Visuellement ça revient à décaler toutes les courbes vers le bas.
Quant au nombre de décès, ces derniers jours il y a visiblement une compensation d'une sous-déclaration des décès la dernière semaine de décembre et il faudra attendre quelques jours pour voir comment il a évolué par rapport à la période d'avant Noël.
Cela donnerait, pour des cas d'Omicron deux fois plus nombreux que les cas de Delta la semaine dernière,
- des admissions à l'hôpital causées par Omicron ces derniers jours en nombre inférieur d'environ 25% à celles causées par Delta (le risque d'hospitalisation serait donc environ 60% plus faible en cas d'infection par Omicron qu'en cas d'infection par Delta);
- aucun patient en SI à cause d'Omicron (en fait il y en a certainement, mais jusqu'à présent il en est entré moins à cause d'Omicron qu'il n'en est sorti suite à une infection par Delta après un séjour de plusieurs semaines - le nombre d'admissions à l'hôpital ayant connu un petit pic début novembre);
- probablement très peu de décès (à confirmer) : depuis le début de la vague d'Omicron le CFR est tombé de 0,3% à 0,15%.
Tout cela pourrait préfigurer ce qui va se passer en France vers la mi-janvier (les Britanniques ont aussi 2 à 3 semaines d'avance sur nous dans la campagne de rappel vaccinal) :
Beaucoup d'hospitalisations puisque, comme au R-U., la vague d'Omicron se superpose à une vague de Delta qui causait déjà plus de 1200 admissions par jour lorsqu'elle a atteint son plateau mi-décembre.
Même avec un risque d'hospitalisation réduit de 60% par rapport à Delta, le pic du nombre d'admissions sera probablement au moins aussi élevé que lors de la première vague. Mais il ne se traduira pas forcément par un nombre de lits occupés aussi élevé, car les séjours à l'hôpital seront en moyenne moins longs.
Et l'augmentation de l'occupation des lits de réa devrait être nettement plus faible.
Quelques réactions (en anglais) :
https://twitter.com/BallouxFrancois/...27904596897792
https://twitter.com/sailorrooscout/s...30286072410118
Je viens de tomber sur une analyse bien plus détaillée (et plus nuancée) de la situation au R-U.: https://threadreaderapp.com/thread/1...646166019.html
C'est en anglais, un peu long, mais avec plein de graphiques. Voici juste sa conclusion :
Pour le contexte je précise que l'auteur distingue les patients hospitalisés "for-Covid" et ceux "with-Covid", hospitalisés pour d'autres raisons mais testés positifs lors de (ou après) leur entrée à l'hôpital, ce qui oblige à les placer dans un service spécialisé même s'ils n'ont aucun symptôme lié au Covid. Ces derniers sont de plus en plus nombreux vu l'incidence actuelle du virus au R-U.Key points:
1) With Omicron, share of cases going to ICU, ventilator or death will be lower than in past waves. Partly intrinsic, partly immunity
2) But sheer volume of people going to hospital with Omicron will cause intense hospital pressure
3) So rather than thinking "only for-Covid patients or vented/ICU matter, ignore with-Covid", a better framework is "for-Covid and vented/ICU indicate the toll this wave will take on lives. With-Covid numbers indicate the toll on the health service"
4) This will play out differently in different countries depending on the level of existing hospital pressure Omicron arrives into
5) Part of why we see more mild cases now is immunity — the unvaxxed continue to make up majority of ICU cases. Get boostered (or get primary vaxxed!)
En substance, il a eu 20 cas de recensés à tout casser et se fait "manger" par delta, a fortiori par omicron, on lit pareil ?
On lit pareil.
J’ignorais. Merci.
Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac
c'est un à coté, mais ça confirme une hypothèse que j'avais développée, c'est que les variants moins contagieux ne disparaissaient pas par compétition directe avec les variants plus contagieux - qui peut en théorie exister avec l'immunité croisée, mais il faut des variations de taux d'immunités importants pour changer significativement le R, qui ne peuvent pas s'obtenir dans les temps limités où on observe la décroissance des variants antérieurs (souche initiale, puis alpha, puis beta ...)
Ce qui joue plutot comme je disais, c'est la rétroaction sociale qui s'adapte au variant le plus contagieux pour ramener son R à environ 1 (on serre la vis jusqu'a ce que le pic soit atteint et que la courbe redécroisse). Comme les variants moins contagieux ont un R inférieur, logiquement, leur R passe en dessous de 1 et ils décroissent avant.
Ca explique aussi que le covid ait fait disparaitre la grippe et autres maladies saisonnières , non pas parce qu'il y avait une compétition directe entre les virus, mais parce que les mesures barrières et les confinements qui étaient destinés à contenir le covid ont eu une action encore plus forte sur la grippe, les gastro, les bronchiolites etc ...
Or pour l'omicron, manifestement, on n'a pas cherché (ou tres peu) à bloquer l'épidémie, et du coup, l'effet n'a pas joué non plus pour supprimer le delta - il n'y a pas de décroissance nette liée à l'explosion d'omicron (donc pas de "compétition directe" ).
Le retour de la grippe et des bronchiolites s'explique de la même façon, les mesures barrières sont bien moins fortes, grâce à la protection vaccinale, ce qui signifie en réalité que le Reff du covid est devenu comparable à celui des maladies saisonnières, et qu'il n'y a plus d'effet "d'écrasement" de R.
La leçon que j'aurais appris de cette épidémie, c'est qu'elle est très sensible aux comportements collectifs, imposés ou spontanés, et que ça explique le tres faible caractère prédictif des modèles , qui ne peuvent pas évidemment prédire les réactions politiques et comportementales de la population. Un "simple" modele SIR est très insuffisant pour décrire la dynamique (c'est pour ça aussi que comparer les pays entre eux sur des critères simples, taux de vaccination, confinements, etc , est très peu prédictif car cela ne tient pas compte des rétroactions sociales des vagues épidémiques).
Sauf que là, au rythme auquel omicron se propage et vu la faible protection contre l'infection par omicron qu'apporte l'immunité post-vaccination ou post-infection par un variant antérieur (à l'exception notable des vaccinés avec rappel), on va avoir droit à 25 ou 30 de millions d'infections en un mois et demi (en comptant les 2 dernières semaines de décembre) : au moins 15 avant que le pic soit atteint, mais il faudra que la vague redescende ensuite.
Ne serait-ce qu'avec les quelques millions déjà infectés en décembre (plus d'1 million de cas confirmés la dernière semaine, donc probablement 2 à 3 millions d'infections), ceux de cette semaine (probablement ~5 millions, dont ~2 millions de "cas confirmés") et leurs contacts on va déjà arriver à 15 millions d'infections mi-janvier. Proportionnellement cela va toucher autant les non-vaccinés (en particulier les enfants), voire plus.
25% de la population en quelques semaines, ça commence à faire une variation assez rapide du taux d'immunité pour changer significativement non seulement le R d'omicron mas aussi celui de delta (les premières études montrent qu'une infection par omicron immunise plutôt bien contre une réinfection par delta). Il est donc probable que ça fasse redescendre la vague de delta (qui avait déjà atteint un plateau) en même temps que celle d'omicron, voire avant.
oui logiquement si le omicron pique, le delta piquera aussi et probablement avant. Mais la vague omicron aura été exceptionnelle dans son amplitude, ce n'était pas le cas des vagues précédentes où le nombre de contaminations totales était plus faible. Ce que je remarque ici c'est que la montée tres rapide de l'omicron n'a pas d'effet immédiat sur le delta, et que ça coïncide aussi avec l'absence de mesures fortes pour freiner les contaminations
Je vais le forumuler sans doute de manière un peu "raide", tant pis, ce sera plus concis.
Covid touche trés prioritairement une population ciblée, à comorbidités associées ( détectées ou pas, ressenties ou pas comme par les jumeaux B ou d'autres personnes se pensant "au dessus" ).
Cette somme de comorbidités ne se déclarent pas du jour au lendemain. A presque 2 ans de la première vague, il faudrait se pencher sérieusement sur les patients potentiels à comorbidités sérieuses et n'ayant jusque là n'ayant pas été ni vaccinés ni exposés au virus ( de qq souche que ce soit ). Au final, pour le plus grand nombre ( il ne reste qu'une une fraction des 10% non vacc ), la faucheuse est déjà passée si elle devait passer...
Qu'il y ait bcp d'admission "simple", hélas, on peut s'y attendre, et on l'espère courte.
Pour les admis en soins critique, on peut espérer aussi que celà ne soit pas si catastrophique.
Tant que faire, je rajoute une pièce dans le nourrain sur un autre point, peut être des pro de la santé me sauteront dessus. Ou les décideurs au dessus d'eux, mais sans doute moins nombreux sur ce forum.
Les admissions hosto de base et en particulier les admissions en réa semble se rapprocher d'une constante et moins d'une variable. Qui s'approche de 100%.
- a la première vague, on dénombrait qté de décés covid sans hospi, aucune. Depuis, ce nombre s'est écroulé. Ephad essentiellement. Il y a eu "tri", même s'il ne faut pas le dire.
- entre les vagues, on regarnissait les réa avec les patients ajournés / décalés pour des interventions hors covid ( ce dont on ne peut pas se réjouir, que ce soir dit )
- entre les vagues, on admettait plus facilement en soins simple ( pas décés covid hors hospi ) et plus facilement en réa aussi puisque plus de plus de place.
Il est de bonne guerre pour les soignants de montrer que leur système est à la limite à la rupture. Il est de bonne guerre pour les gouvernants de ne pas céder à la moindre pression. La vérité est peut être au milieu....
La gestion hospitalière voulue est économique, 100% des lits occupés 100% du temps est donc l'optimum.La vérité est peut être au milieu....
Dans les villages gaulois, ils ne sont jamais tous d'accord. Jules César
Attention à la dérive. Le prochain message de la même veine sera supprimé.
Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac
Salut,
Une analyse des données australiennes (plus précisément de l'Etat de Nouvelle-Galles du Sud) permet d'estimer que 0,17-0,19% des infections par Omicron (cas confirmés) conduisent à une admission en soins intensifs, contre 1,25% des infections par Delta.
Compte-tenu de la politique zéro-Covid suivie par l'Australie jusqu'à cet été et du fait que la campagne de vaccination est assez récente, cela concerne une population au statut immunitaire très homogène : très peu d'anciens infectés, 77% de vaccinés (2 doses, en grande majorité depuis 2 à 4 mois, dont très peu ont reçu une 3e dose), 92% des 16 ans et plus.
C'est donc assez représentatif de la réduction de la sévérité des infections causées par Omicron : dans une population vaccinée depuis environ 3 mois sans rappel, le risque d'admission en soins intensif est environ 7 fois plus faible lors d'une infection par Omicron que lors d'une infection par Delta.
Même chose entendue ( je sais plus quel média ) y'a pas longtemps de la part d'un médecin réa en Af Sud.
Peu d'admission omicron en hospi simple, admissions plus courte.
Quasi pas de passages en réa, sauf comorbités sévères.
Hélas, le pb est un peu différent chez nous et sans doute moins "idéal", d'ou le fait compréhensible et maintenant exprimé d'emmerder les non vacc.
Le delta a un R sup à 1, et il lui reste pas mal de monde à contaminer.
Le delta en Af Sud, il est déjà passé là ou il devait passer.
Pour les pays "fermés" comme la NZ, Australie, ou l'archétype Chine, on peut se demander à plus long terme. Sauf lock down des frontières tant qu'il existe une fraction de delta en circulation qq part sur la planète. Mais si un jour il leur arrive, il pourra leur faire mal, même avec avec vacc, sur une population naive.
Mais il lui en restera beaucoup moins dans quelques semaines : selon la seule étude que j'aie vu passer sur le sujet, il semble qu'une infection par omicron immunise bien contre delta (mieux que l'inverse). Et au rythme où ça va, en février 30 ou 40% de la population française auront été infectés par omicron (dont beaucoup de vaccinés à qui ça servira de rappel, et (proportionnellement à leur nombre) encore plus de non-vaccinés. Entre ça et l'amélioration de la protection contre delta que procure le rappel, l'immunité contre delta devrait atteindre un niveau suffisant pour réduire son R(t) à moins de 1.
Il faut surveiller l'évolution de l'épidémie en Angleterre, où la situation était assez comparable à la nôtre au début de la vague d'omicron, avec une incidence stable mais assez élevée de delta. A Londres (qui a un peu d'avance sur les autres régions) le pic de la vague d'omicron est atteint, voire dépassé, et l'incidence de delta a un peu diminué (elle a commencé à diminuer quand l'incidence d'omicron approchait du pic, mais ça peut être dû aussi bien à l'adoption de comportement plus prudents par la population qu'à l'augmentation du taux d'immunité, - ou aux deux). On va bien voir jusqu'où le nombre de cas va continuer de descendre.
Paris doit avoir la même avance par rapport au reste de la France que Londres par rapport au reste de l'Angleterre. Cela serait donc intéressant de regarder comment évoluent les incidences d'omicron et de delta à Paris. Mais pour le moment les données de dépistage des variants par département ne sont plus publiées par SPF pour cause de modification de la stratégie de criblage des mutations (et surtout du cafouillage que ça a visiblement entraîné).
Mais le delta avait bien commencé à circuler en Australie, jusqu'à un pic mi-octobre. Sa progression semble bien avoir été enrayée par la vaccination (le taux de vaccination complète est passé de 1% début juillet, début de la vague de delta, à 55% mi-octobre) et sans-doute aussi par l'effet saisonnier (là-bas, mi-octobre c'est le milieu du printemps).
Maintenant que le taux de vaccination a atteint près de 80%, et qu'en plus un paquet de gens ont été (et vont être) infectés par omicron, l'immunité contre delta est peut-être suffisante pour que les Australiens n'aient plus trop à s'en inquiéter.
Bon, ça y est, le fichier des résultats des PCR de criblage, modifié en fonction de la nouvelle stratégie, est disponible : https://www.data.gouv.fr/fr/datasets...les-mutations/ (voir la mise à jour de la description, en date du 6/1/22)
A 1 ou 2% près la part des prélèvements criblés contenant les mutations spécifiques à Omicron ciblées correspond à la part ne contenant aucune des mutations ciblées auparavant (dont l'absence permettait jusqu'à présent de caractériser un cas possible d'Omicron). Elle atteint environ 79% sur la période du 28/12/21 au 03/01/22.
Par contre https://www.gouvernement.fr/info-cor...rte-et-donnees ne se met plus à jour quotidiennement.
Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac
