Covid 2022

[yves95210]

Bon, ça y est, le fichier des résultats des PCR de criblage, modifié en fonction de la nouvelle stratégie, est disponible : https://www.data.gouv.fr/fr/datasets...les-mutations/ (voir la mise à jour de la description, en date du 6/1/22)
A 1 ou 2% près la part des prélèvements criblés contenant les mutations spécifiques à Omicron ciblées correspond à la part ne contenant aucune des mutations ciblées auparavant (dont l'absence permettait jusqu'à présent de caractériser un cas possible d'Omicron). Elle atteint environ 79% sur la période du 28/12/21 au 03/01/22.

Voici ce qu'on peut en tirer, en croisant ce fichier avec celui des résultats des tests (cas confirmés) et celui des hôpitaux :

1) L'incidence de Delta a peu diminué depuis le plateau atteint mi-décembre malgré la progression d'Omicron.

2) Le nombre d'admissions moyen sur 7 jours glissants peut être assez bien prédit à partir des nombres moyens de cas de Delta et de cas d'Omicron 4 jours plus tôt, en appliquant la formule ci-dessous.



Remarques :

1) Je n'ai pas représenté sur le graphique les données antérieures au 1/12. Mais ces données montrent qu'Omicron était déjà bien présent en France début novembre, avec plus de 150 cas par jour ne contenant pas les mutations ciblées à l'époque, et déjà plus de 1000 par jour dans la deuxième quinzaine de novembre contenant les mutations ciblées par les nouveaux PCR de criblage, permettant de détecter de manière plus fiable les cas probables d'Omicron.

2) La formule permettant de prédire le nombre d'admissions ne tient pas compte de la répartition des cas (et des risques d'hospitalisation) par tranche d'âge, puisque les données de criblage des mutations ne sont pas ventilées par tranche d'âge. Je n'ai pas non plus pris la peine de restreindre le calcul à la France métropolitaine (ce qui est possible puisque, pour toutes les types de données utilisés, on dispose aussi de fichiers ventilés par régions).

3) L'augmentation du nombre de prélèvements durant les jours précédant le 25/12 et le 01/01, suivie par une forte baisse de ce nombre les 25-26/12 et 01-02/01, produit des infléchissements artificiels des courbes des cas confirmés et des cas par variant (et donc de celle de la "prédiction"), alors que celle des admissions à l'hôpital est moins impactée (quand un patient est en détresse respiratoire, il n'attend pas que les fêtes soient passées pour aller aux urgences...). Cela fausse un peu la comparaison entre la courbe des admissions constatées et celle des admissions prédites.

Il faudra attendre quelques jours pour confirmer le taux d'hospitalisation des cas d'Omicron, qui semble aujourd'hui environ 4 fois plus faible que celui des cas de Delta.

Je n'ai pas encore essayé de comparer l'impact d'Omicron sur les admissions en soins critiques avec celui de Delta, mais on doit maintenant avoir assez de données pour le faire.

à suivre...
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[Archi3]

Je suis très surpris de la courbe en Isère
https://covidtracker.fr/dashboard-departements/?dep=38

si la courbe grimpe bien, ce n'est du apparemment qu'au delta et pas à l'omicron qui semble s'etre éteint tout seul , contrairement à la situation nationale !

bug de remontées ou vrai effet, mais de quoi???

[laurent1974]

vous pouvez regarder la répartition des départements limitrophes , il y a obligatoirement un brassage de population.
celui de la drome (26) est assez parlant. cdt

[yves95210]

Je suis très surpris de la courbe en Isère
https://covidtracker.fr/dashboard-departements/?dep=38

si la courbe grimpe bien, ce n'est du apparemment qu'au delta et pas à l'omicron qui semble s'etre éteint tout seul , contrairement à la situation nationale !

bug de remontées ou vrai effet, mais de quoi???

La remontée des données actualisée en fonction de la nouvelle stratégie de criblage des mutations n'est pas détaillée par départements.
Cf. la page dont j'ai déjà donné le lien, qui ne contient actuellement que le fichier pour la France entière et le fichier par régions.

Ce n'est donc ni un bug (à part sur CovidTracker qui devrait s'abstenir d'afficher un graphique forcément faux), ni un "vrai effet".

[MissJenny]

je subodore que les prélèvements qui sont séquencés proviennent majoritairement des hôpitaux, et comme ne vont à l'hôpital que les patients qui ont des symptômes sérieux, il y a un biais en faveur des souches virulentes. Cet effet peut varier d'une région à l'autre puisque la politique de recherches de variants doit être déterminée par les agences régionales. Mais c'est juste une hypothèse.

[Archi3]

vous pouvez regarder la répartition des départements limitrophes , il y a obligatoirement un brassage de population.
celui de la drome (26) est assez parlant. cdt

La Drome ressemble un peu à l'Isère, mais la Savoie est totalement différente, avec un plongeon du delta, et une quasi totalité d'omicron qui me parait tout aussi bizarre.Avec la somme Isère+Savoie, on devrait retrouver des chiffres proches des nationaux mais je ne m'explique pas cette répartition.

[MissJenny]

Remarque qu'il y a peut-être très peu de séquençage. C'est dommage de publier courbes sans les intervalles de confiance.

[laurent1974]

@Archi3 en indiquant la drome , je faisais allusion au passage de 0% à 100% (sur environ 800) quasi instantané en comparaison avec les autres autour où on observe une évolution certe rapide, mais pas de 'tout à rien'.
ça fait plus penser à une mise à jour qu'à un suivit . et Yves95210 a apporté une explication dans son message juste après. cdt

[yves95210]

je subodore que les prélèvements qui sont séquencés proviennent majoritairement des hôpitaux, et comme ne vont à l'hôpital que les patients qui ont des symptômes sérieux, il y a un biais en faveur des souches virulentes. Cet effet peut varier d'une région à l'autre puisque la politique de recherches de variants doit être déterminée par les agences régionales. Mais c'est juste une hypothèse.

Dans les données ci-dessus il ne s'agit pas de la (toute petite) partie des prélèvements qui sont séquencés (environ 10000 par semaine), mais de ceux qui sont envoyés dans les labos équipés pour réaliser les PCR de criblage.
Suite à la modif de la stratégie de criblage, les données ont été réactualisées hier avec un gros rattrapage des dernières semaines, et depuis début décembre ce sont 20 à 35% des PCR (et TAG) positifs qui ont été criblés, soit plusieurs centaines de milliers par semaine.
Donc le biais que tu mentionnes existe peut-être, mais il ne doit pas avoir un gros impact : ça m'étonnerait que les hôpitaux envoient aux labos effectuant le criblage plus que quelques % des 1 à 2 millions de prélèvements positifs effectués par semaine, alors qu'il n'y a qu'environ 20000 à 30000 admissions par semaine (et sans-doute un peu plus de PCR positifs effectués dans les hôpitaux en comptant les passages aux urgences ne donnant finalement pas lieu à admission).

D'autre part, il y a un décalage d'environ une semaine entre les résultats obtenus par PCR de criblage et ceux du séquençage (les enquêtes Flash publiées hebdomadairement), ce qui explique que la proportion d'Omicron dans les résultats enquête Flash est nettement plus faible. En revanche, ces enquêtes sont censées porter sur des échantillons représentatifs de la population.

[Archi3]

je ne suis pas sûr de ce qui peut expliquer ça quand meme

[Archi3]

et ça

[yves95210]

sans-doute ça :

⚠️ 03 janvier 2022
L'agence Santé publique France suspend temporairement la publication des indicateurs épidémiologiques à l'échelle départementale et infra-départementale en raison d'écarts constatés avec les données locales.
Les graphiques et indicateurs au niveau départemental ne sont donc pas à jour sur CovidTracker, les dernières données datant du 24/12.
Les graphiques au niveau national ne sont pas impactés, ils sont à jour.

[Archi3]

oui donc un bug

[MissJenny]

Dans les données ci-dessus il ne s'agit pas de la (toute petite) partie des prélèvements qui sont séquencés (environ 10000 par semaine), mais de ceux qui sont envoyés dans les labos équipés pour réaliser les PCR de criblage.

ah ok, donc on fait une PCR avec des amorces spécifiques de chaque variant. Je pensais que l'identification se faisait par séquençage. Dans mon ancien labo on faisait toujours séquencer les produits de PCR, parce que la PCR seule n'est pas très fiable.

[yves95210]

ah ok, donc on fait une PCR avec des amorces spécifiques de chaque variant. Je pensais que l'identification se faisait par séquençage. Dans mon ancien labo on faisait toujours séquencer les produits de PCR, parce que la PCR seule n'est pas très fiable.

La nature des variants présents sur le territoire et leur impact potentiel en terme de transmissibilité, de virulence ou d’échappement immunitaire potentiel justifie la mise en place d’une surveillance et de mesures de gestion spécifiques au niveau national dans l’objectif de contenir leur progression.

Cette surveillance repose sur une stratégie à plusieurs niveaux :

La réalisation de tests RT-PCR de criblage des mutations d’intérêt ; le criblage systématique des tests positifs permettant une surveillance plus réactive. En cas de diagnostic positif d’un premier test RT-PCR, un test RT-PCR de criblage est réalisé permettant de détecter les principales mutations d’intérêt E484K, E484Q et L452R en raison de leur impact sur la transmissibilité (L452R) ou un possible échappement à la réponse immunitaire (L452R, E484K et E484Q). Les données sur ces tests de criblage sont analysés par Santé publique France pour évaluer en temps réel leur circulation sur le territoire. Les données de criblage disponibles associées aux indicateurs épidémiologiques (incidence, taux de positivité) et les données issues du contact-tracing (éventuels clusters) sont utiles pour identifier de manière réactive toute situation anormale pouvant faire suspecter l’émergence et la diffusion de certains variants porteurs de mutations d’intérêts dans un territoire donné. En cas de situation inhabituelle identifiée, un renforcement du séquençage pourra être mis en place dans la zone géographique concernée.
Des enquêtes faisant appel au séquençage du génome viral, sur une sélection de prélèvements RT-PCR positifs aujourd’hui aléatoire (enquêtes Flash). Répétées à intervalles réguliers, elles ont pour objectif prioritaire de dresser une cartographie complète des types de virus (VOC, VOI, souches historiques, variants en cours d’évaluation) circulant en France et de contribuer à la détection de l’émergence de nouveaux variants.
Une surveillance épidémiologique renforcée à l’échelle de tout le territoire afin de repérer tout signal épidémiologique (hausse de l’incidence, par exemple) qui pourrait constituer également une alerte, compte tenu de la forte suspicion de transmissibilité accrue de ces nouveaux variants.

(source, d'ailleurs pas à jour : il faut lire en plus la note du 6/1/2022)

Façon diplomatique de dire qu'on ne dispose pas des capacités de séquençage pour faire un suivi sur tout le territoire de manière assez réactive...?

[FabiFlam]

Il faudra attendre quelques jours pour confirmer le taux d'hospitalisation des cas d'Omicron, qui semble aujourd'hui environ 4 fois plus faible que celui des cas de Delta.

Bonjour Yves,

Et bonne année à tous !

Sur quoi te bases tu pour dire que c'est 4 fois plus faible ? Si on ne connais pas réellement l'incidence de chaque variant on ne peut rien dire sur les taux d'hospi respectifs non ?

Et sinon c'est estimé sur toute le population ou le taux est le même pour les vaccinés et les non vaccinés ?

FabiFlam

[yves95210]

oui donc un bug

L'explication : à partir du 20/12 les labos ont progressivement commencé à appliquer la nouvelle stratégie de criblage, ciblant certaines mutations spécifiques d'Omicron (auxquelles un nouveau code D est a été associé dans le format des données, correspondant à la détection d'au moins une de ces mutations), et ne testant plus la présence de la mutation E484Q (à laquelle le code B était associé).

Mais c'est l'ancien format qui est resté appliqué jusqu'à début janvier dans les fichiers de cumuls publiés quotidiennement, même si (je suppose) le format des données dans la base où sont centralisés les résultats individuels communiqués par les labos avait été mis à jour.
Dans ces fichiers figurent deux colonnes pour chaque code, par exemple A0 et A1, A1 contenant le nombre de prélèvements pour lesquels le criblage de la mutation codée A a été détectée, A0 le nombre pour lesquels la mutation A n'a pas été détectée (et A0+A1 est donc le nombre total de criblages ayant donné un résultat interprétable pour cette mutation).

Conséquence : entre le 20/12 et le 03/01 seuls les labos qui n'étaient pas encore passés à la nouvelle stratégie remontaient des données conformes à l'ancien format de fichier, et à l'échelle nationale le taux de criblage (le pourcentage des prélèvements PCR+ sur lesquels un PCR de criblage est effectué) était passé progressivement de plus de 20% à moins de 0,5%... Vu le nombre total de tests ça pouvait continuer de fournir des résultats statistiquement pas trop déconnants à l'échelle nationale, mais certainement plus à l'échelle des départements.
A l'inverse, si le nouveau format avait été appliqué dès le 20/12, à l'échelle nationale le taux de criblage serait passé brutalement de 30% à ~0 à cette date avant de remonter progressivement à mesure que les labos passaient à la nouvelle stratégie. Le résultat n'aurait pas été plus satisfaisant...

Depuis le 06/01 le nouveau format est pris en compte, et l'ensemble des données fournies par les labos depuis le 20/12 sont intégrées dans le fichier publié quotidiennement (qui contient maintenant les données depuis début novembre et plus début juin comme auparavant). Je suppose que la plupart des labos qui ne sont passés que plus tard à la nouvelle stratégie ont réanalysé les prélèvements des jours précédents, puisque le taux de criblage indiqué est remonté à plus de 30% sur toute la période du 20 au 30/12 (il baisse progressivement depuis fin décembre, probablement parce que le nombre de cas ayant explosé, les labos effectuant les PCR de criblage sont arrivés à saturation - environ 400000 par semaine).

Par ailleurs un nouveau code (A0C0) a été ajouté à ce format. A0C0 indique l'absence simultanée des mutations E484K et L452R (auxquelles les codes A et C sont associés), alors que jusque-là c'était uniquement l'absence de la mutation L452R (spécifique de Delta) qui permettait aux utilisateurs de ces fichiers de caractériser les cas possibles d'Omicron - puisque, à partir des données cumulées (où figurent les nombres de prélèvements A0 et de prélèvements C0), on ne pouvait pas savoir combien parmi les prélèvements A0 et ceux C0 étaient simultanément A0 et C0.

Le graphique ci-dessous (qu'on trouve dans l'onglet Variants de la page de suivi de l'épidémie du site de SPF) est maintenant à jour.
Suspicion d'Omicron = nombre de résultats de criblage contenant le code A0C0 (reste utile surtout pour comptabiliser les cas d'Omicron antérieurs au 20/12).
Suspicion forte d'Omicron = nombre de résultats de criblage contenant le code D
Suspicion forte de Delta = nombre de résultats de criblage contenant le code C

[yves95210]

Sur quoi te bases tu pour dire que c'est 4 fois plus faible ? Si on ne connais pas réellement l'incidence de chaque variant on ne peut rien dire sur les taux d'hospi respectifs non ?

Bonjour FabiFlam et bonne année !

J'ai ajusté le rapport RH(Delta) nombre d'admissions / nombre de cas confirmés pour le variant Delta en me servant de la période où il représentait quasiment 100% des cas, et en particulier lorsque son incidence était en train d'atteindre un plateau, avant la mi-décembre.
Ensuite pour estimer le rapport RH(Omicron) nombre d'admissions / nombre de cas confirmés pour Omicron, il suffit de soustraire au nombre total d'admissions le nombre d'admissions calculé à partir du nombre de cas de Delta et de diviser le résultat par le nombre de cas d'Omicron.
J'ai juste cherché graphiquement la valeur de RH(Omicron) qui permettait le mieux d'approcher la courbe des admissions depuis le début de la vague d'Omicron, dont la durée est maintenant assez longue pour que le résultat soit à peu près fiable.

Comme indiqué sur le graphique ça donne RH(Delta)=2,5% et RH(Omicron)=0,6%. Evidemment ça suppose que la population se fasse tester de la même façon dans toute la période considérée, ce qui n'est probablement pas le cas (en particulier ça explique les inflexions des courbes pendant la période des fêtes).
D'autre part, ces rapports dépendent pas mal de la répartition par âge des infectés, qui évolue en fonction des phases de l'épidémie. Donc ils ne sont pas à prendre pour des constantes. Pour bien faire il faudrait faire le même exercice tranche d'âge par tranche d'âge. Mais le fichier des résultats des tests de criblage ne contient que des cumuls tous âges confondus.

En revanche il n'y a pas de raison que le rapport RH(Delta)/RH(Omicron) évolue en fonction de la propension des gens à aller se faire tester, spontanément (parce que symptomatiques ou contacts) ou contraints par le besoin de présenter un test positif (pour justifier des jours d'absence au boulot) ou négatif (pour quitter l'isolement ou pour les non-vaccinés pour obtenir le pass sanitaire). Et on peut supposer (ce n'est pas une certitude) qu'il dépend pas trop de l'âge des infectés.
Même si ce n'est pas très rigoureux, c'est ça qui me permet d'estimer que le risque d'hospitalisation en cas d'infection est environ 4 fois plus faible avec Omicron qu'avec Delta. Je serais bien incapable de calculer la marge d'erreur, mais l'écart est suffisamment important pour être significatif d'une gravité moyenne des infections par Omicron bien inférieure à celle des infections par Delta.

Et sinon c'est estimé sur toute le population ou le taux est le même pour les vaccinés et les non vaccinés ?

C'est sur toute la population, bien sûr, puisqu'on ne dispose pas du statut vaccinal dans les fichiers de données utilisés.

[yves95210]

Bonjour,

Ci-dessous un autre graphique qui montre un effet très net d'Omicron, réalisé à partir du fichier produit par la DREES (résultats par âge issus des appariements entre SI-VIC, SI-DEP et VAC-SI), qui contient maintenant les données jusqu'au 26/12.

L'efficacité vaccinale contre le risque d'infection, qui avait commencé à remonter depuis fin novembre grâce à la part croissante des vaccinés avec rappel, baisse fortement depuis qu'Omicron représente une part significative (et rapidement croissante) des nouveaux cas.

En revanche il n'y a pas d'effet visible sur l'efficacité contre les risques d'hospitalisation et d'admission en soins critiques.

Mais attention, il faut tenir compte d'un décalage moyen d'environ 5 jours entre les premiers symptômes (~4 jours après leur confirmation par PCR+) et l'éventuelle admission à l'hôpital d'un patient. Statistiquement, les patients admis à l'hôpital avant le 24/12 correspondent donc à des cas confirmés avant le 20/12, période durant laquelle Omicron ne représentait encore qu'environ 15% des nouveaux cas (17% le 20/12, première date à laquelle on dispose de résultats fiables, basés sur la nouvelle stratégie de criblage ciblant les mutations spécifiques d'Omicron).

Ce ne sont donc que les quelques derniers points des courbes RR(hosp) et RR(SC) qui pourraient indiquer un éventuel impact d'Omicron sur l'efficacité des vaccins contre ces risques. Pour le moment il n'y a pas d'impact visible sur le graphique, mais RR(hosp), qui augmentait lentement (+1% en environ 10 jours) mais continument depuis fin novembre grâce au rappel vaccinal, a quand-même baissé de 0,4% entre le 22 et le 26/12. Ce n'est pas très significatif, et proportionnellement beaucoup moins rapide que la baisse de RR(inf_symp), mais c'est peut-être quand-même le début d'une tendance. Il faut attendre la prochaine semaine de données pour confirmer.

[yves95210]

Bonjour,

Je ne sais plus trop dans quelle discussion poster ce message, tant il y en a d'ouvertes sur Omicron et ses conséquences... Donc autant le poster dans celle-ci, puisque la manière dont se déroule la vague d'Omicron peut donner des indications sur l'avenir de la pandémie : c'est peut-être un avant-goût de ce que seront les vagues provoquées par les futurs variants, dans des populations de plus en plus immunisées.

Le graphique ci-dessous résume la situation au Royaume-Uni :

• Le nombre de nouveaux cas a atteint un plateau début janvier. La descente qui semble s'amorcer reste à confirmer car elle peut être la conséquence d'une baisse du dépistage.
• Mais au moins le plateau du nombre de cas semble confirmé par le fait que le nombre d'admissions à l'hôpital a lui aussi atteint un plateau quelques jours plus tard, après avoir fortement augmenté durant les deux semaines précédentes.
• Le nombre de patients en soins intensifs est resté stable et a même légèrement baissé malgré la multiplication par trois du nombre d'admissions à l'hôpital entre début décembre et début janvier (on n'a pas d'info sur le nombre d'admissions en soins intensifs, seulement sur le nombre de patients y séjournant; le fait qu'il n'augmente pas malgré l'augmentation du nombre d'hospitalisation peut avoir deux explications : une moindre proportion de patients ayant besoin d'être placés en réa et/ou une durée de séjour plus courte).
• Le nombre de décès a commencé à augmenter fortement après le 25 décembre (de manière chaotique puisqu'il y a visiblement eu un retard dans les déclarations au moment des fêtes, rattrapé par la suite), environ une semaine après le nombre d'admissions, mais deux fois moins rapidement que ce dernier. Il n'atteindra éventuellement un plateau que la semaine prochaine.

Pour situer le contexte, cela concerne

• une population un peu moins vaccinée qu'en France (mais au moins autant dans sa partie la âgée),
• avec deux semaines d'avance sur nous dans la campagne de rappel (mais deux semaines c'est aussi l'avance de leur vague d'Omicron par rapport à la nôtre),
• certainement aussi un pourcentage nettement plus élevé d'immunité post-infection avant le début de la vague d'Omicron, les Britanniques ayant en particulier laissé le variant Delta circuler depuis le début de l'été avec une incidence élevée (entre 300 et 500/100000 pendant les 4 mois précédents l'arrivée d'Omicron), en plus d'avoir eu un plus grand nombre d'infections durant les 18 mois précédents (au total les épidémiologistes estiment que 50% de la population avaient déjà été infectés avant décembre 2021).
• dans un pays qui, après avoir levé l'ensemble des restrictions au début de l'été, n'a pris aucune mesure contraignante pour freiner la vague d'Omicron.

[Gephil47]

Merci Yves95210, très clair et utile...

[Archi3]

Sur covidtracker, on voit l'amorce d'un plateau sur le nombre de cas

https://covidtracker.fr

mais il faut etre prudent, il y a eu des plateaux similaire avant. De plus le relâchement des contraintes de test et le manque de tests à certains endroits a pu décourager des parents de faire tester leur enfants. Cependant on note aussi un plateau voire une baisse dans les admissions en soins critiques, ce qui est d'ailleurs surprenant car on aurait pu s'attendre à un décalage temporel plus grand entre les courbes. Il y a quand même des signes qu'on devrait etre au voisinage du pic. Avec un pass vaccinal qui devrait booster les 3e doses, une vague épidémique récente qui a du "vacciner" pas mal de récalcitrants malgré eux, et le retour des beaux jours, on peut quand même être relativement optimiste sur le printemps et l'été... en attendant le prochain hiver !

[Archi3]

PS la baisse des admissions en soins critique est peut etre plus corrélée à la baisse des cas deltas que omicron, qui effectivement a eu lieu plus tôt. Ca confirme donc la plus grande contagiosité et la moins grande virulence de l'omicron.

[yves95210]

Sur covidtracker, on voit l'amorce d'un plateau sur le nombre de cas

https://covidtracker.fr

mais il faut etre prudent, il y a eu des plateaux similaire avant.

Oui, il faut être prudent. Ce n'est que sur les 2 derniers jours de données disponibles (prélèvements des 9 et 10/01) que le nombre de cas a cessé d'augmenter.

De plus le relâchement des contraintes de test et le manque de tests à certains endroits a pu décourager des parents de faire tester leur enfants.

Pas encore (du moins aux dates concernées). J'ai regardé les données par âge, au contraire les 9 et 10/01 le nombre de tests effectués sur les moins de 10 ans et le nombre de cas confirmés étaient en forte augmentation, contrairement au nombre de tests sur les adultes et par conséquent au nombre de cas confirmés (avec un taux de positivité qui n'a pas baissé contrairement à celui des <10 ans).

Cependant on note aussi un plateau voire une baisse dans les admissions en soins critiques, ce qui est d'ailleurs surprenant car on aurait pu s'attendre à un décalage temporel plus grand entre les courbes.

C'est la conséquence de la baisse de l'incidence de delta (pas seulement de sa part relativement à celle d'omicron, mais aussi du nombre de cas qu'elle représente, comme on peut le voir sur le graphique covidtracker que tu as cité.
Les patients hospitalisés semblent avoir un risque plus faible d'avoir besoin d'être admis en réa avec omicron qu'avec delta : le rapport admissions en SC / admissions à l'hôpital qui était stable à environ 22% depuis fin novembre est tombé à moins de 15% en deux semaines, depuis fin décembre. Or les admissions des derniers jours concernent des patients positifs (s'ils ont été testés) fin de semaine dernière, alors qu'omicron représentait déjà plus de 85% des cas confirmés.
Mais pour en tirer des conclusions solides il faudrait regarder comment la répartition des admissions à l'hôpital par tranche d'âge a évolué, les plus âgés n'étant proportionnellement pas les plus nombreux à être admis en réa.

[invite7e7fbb45]

Les lymphocytes T produits au cours du rhume banal pourraient aider à protéger contre le COVID
https://francais.medscape.com/voirar...cpedit_fr#vp_1

[polo974]

Les lymphocytes T produits au cours du rhume banal pourraient aider à protéger contre le COVID
https://francais.medscape.com/voirar...cpedit_fr#vp_2

Après 2 ans de pandémie, on ne s'en rendrait compte que maintenant, c'est moins banal qu'un rhume...

[Bounoume]

Les lymphocytes T produits au cours du rhume banal pourraient aider à protéger contre le COVID
https://francais.medscape.com/voirar...cpedit_fr#vp_1

Avis très intéressant..... voire évident, dès lors qu' on a compris la coopération entre l'immunité visant l' enveloppe du virus, donc le RBD de spike, avant que le virus n' ait réussi à entrer dans la cellule, et l' immunité qui va détruire le système de réplication du virus dès que le virus a réussi à entrer dans la cellule......

Pour faire plaisir aux anti-ARN: le vaccin à ARN actuel ne présente qu' un seul antigène à notre système immunitaire: celui de la protéine S..... alors qu' un vaccin à base de virus 'complet' en présenterait une soupe très diverse.....
MAIS
1) c' est presque 'très facile' de rajouter les séquences codant pour les antigènes internes au virus contre lesquels on a envie d' immuniser le vacciné! *
2) le 'vrai' virus simplement atténué.... il n' est pas forcément excellent actuellement..... (sinovac?)
3) le virus simien auquel on a rajouté la protéine S.... (Astra ou sputnik) ce n' est pas identique au virus natif avec tous es antigènes internes....
hélas, messieurs les anti-ARN.......... votre super idée, c' est pas encore gagné.......



remarque:
le fait que des infections par d' autres espèces de virus du rhume soient protectrices..... fréquentes chez les jeunes insouciants.... participe forcément à la protection des dits jeunes.....

Toutefois ça n' explique pas en soi le très faible taux de complications chez les très très jeunes, 'naïfs' vis à vis des virus du rhume, puisque depuis leur naissance, ils n' ont pas encore (ou très peu de fois) été bien enrhumés.........

* c' est cette addition que préconise indirectement l' article cité......

[inviteeaf0d456]

Pour faire plaisir aux anti-ARN: le vaccin à ARN actuel ne présente qu' un seul antigène à notre système immunitaire: celui de la protéine S..... alors qu' un vaccin à base de virus 'complet' en présenterait une soupe très diverse.....
MAIS
1) c' est presque 'très facile' de rajouter les séquences codant pour les antigènes internes au virus contre lesquels on a envie d' immuniser le vacciné! *
2) le 'vrai' virus simplement atténué.... il n' est pas forcément excellent actuellement..... (sinovac?)
3) le virus simien auquel on a rajouté la protéine S.... (Astra ou sputnik) ce n' est pas identique au virus natif avec tous es antigènes internes....
hélas, messieurs les anti-ARN.......... votre super idée, c' est pas encore gagné.......

Je ne sais pas qui sont les "anti-ARN", mais:

1) si c'est facile, pourquoi ça n'a pas été fait?
2) Sinovac, on ne l'a pas encore vu.
3) Sinon Astra Zeneca ne parait pas vraiment inférieur au Pfizer ou Moderna, voir le Royaume-Uni où la vague Omicron est passée, ils ont eu beaucoup moins de contraintes que nous et se portent plutôt bien autant que je sache.

Pourquoi prêter aux gens des "supers idées" que je n'ai vu nulle part? Bizarre.

[yves95210]

3) Sinon Astra Zeneca ne parait pas vraiment inférieur au Pfizer ou Moderna,

Mais AZ est aussi un vaccin à ARN, même s'il utilise un vecteur viral (un virus qui n'a rien à voir avec le SARS-CoV-2 et n'est même pas un autre coronavirus, donc qui ne génère pas une réponse immunitaire contre le SARS-CoV-2 - son seul rôle étant de permettre au brin d'ARN codant la protéine S du SARS-CoV-2 qu'on a greffé sur ce virus de pénétrer dans les cellules de l'hôte).

A part ça, ce n'est pas pour rien si les Britanniques ont choisi de n'utiliser que les vaccins à ARNm (Pfizer ou Moderna) comme "boosters". Et le pourcentage de leur population ayant reçu un rappel n'est pas pour rien dans l'atténuation de la vague d'omicron.

[Archi3]

Oui, il faut être prudent. Ce n'est que sur les 2 derniers jours de données disponibles (prélèvements des 9 et 10/01) que le nombre de cas a cessé d'augmenter.

en réalité le plateau semble plutot dû à un augmentation de l'omicron compensé par une baisse de delta, mais le R de l'omicron reste supérieur à 1. Ce qui n'entrainerait pas encore un pic puisque c'est l'exponentielle la plus rapide qui s'impose, la croissance de l'omicron pourrait devenir supérieure à la décroissance du delta. On n'est pas encore vraiment sorti de l'auberge même si on voit la porte ouverte ...