variant sud africain / omicron - Page 7
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variant sud africain / omicron



  1. #181
    yves95210

    Re : variant sud africain


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    Citation Envoyé par ba2175 Voir le message
    Oui mais est il possible qui l'équation + contagieux = - virulent ne soit pas si évidente?
    C'est même certain qu'elle est fausse. D'autant plus pour un virus qui tue assez peu ses hôtes, et surtout qui les rend contagieux avant même qu'ils aient des symptômes et pensent éventuellement à limiter leurs contacts (ou soient contraints de le faire).

    Je ne crois pas que le virus ait faibli depuis 2 ans. Il semble au contraire qu'il soit de plus en plus contagieux et qu'il échappe de moins en moins à l'immunité.
    Je suppose que tu veux dire qu'il échappe de plus en plus à l'immunité.

    Qu'il y ait une érosion de l'immunité (pas un échappement complet), c'est normal et c'était attendu. Mais il y a plusieurs niveaux de réponse immunitaire. La présence d'anticorps neutralisants (qui décline avec le temps mais est reboostée par un rappel de vaccin ou une infection sans gravité) est la plus efficace contre le risque d'infection. La réponse cellulaire (lymphocytes T "mémoire", qui eux ne déclinent pas ou très lentement, en tout cas chez les personnes dont système immunitaire fonctionne bien), ne permet pas de réagir aussi vite à l'infection mais permet de la contrôler et de réduire le risque de cas grave. Et cette réponse se renforce à chaque réinfection.

    Du coup, est ce que ce virus pourrait continuer son rythme de mutation à l'infini que les vaccins et l'immunité ne pourront jamais le rattraper à moins de vacciner 6 milliards d'individus en 3 mois ce qui est impossible?
    On n'éradiquera pas le virus et il continuera de muter. Mais ce n'est pas pour autant qu'il sera forcément nécessaire de revacciner 6 milliards d'individus tous les ans. Le milliard le plus vulnérable peut-être (pour autant que ce soit possible dans les pays pauvres).
    A l'échelle de la France peut-être 15 millions de personnes, comme on le fait contre la grippe (ou devrait le faire, puisque la couverture des 65 ans et plus n'atteint pas 60%). Essentiellement les personnes au système immunitaire affaibli par le vieillissement et celles souffrant d'une pathologie ou nécessitant un traitement affaiblissant leur système immunitaire.
    Si 100% de ces personnes étaient vaccinées aujourd'hui (avec rappel pour celles dont la vaccination initiale est trop lointaine), la létalité du Covid ne serait pas plus élevée que celle de la grippe. Et le SARS-CoV-2 (même le variant omicron) n'échappe pas plus à l'immunité acquise que le virus de la grippe.

    Est ce que du coup, on tend vers une pandémie éternelle et des restrictions sanitaires à vie ?
    Ni plus ni moins qu'avec d'autres virus, comme celui de la grippe, qui a le mauvais goût de pouvoir causer une nouvelle pandémie toutes les quelques dizaines d'années, et qui, dans une population peu immunisée contre une souche particulière (parce qu'elle n'a pas circulé depuis longtemps ou parce qu'elle a accumulé de nombreuses mutations, et que le virus dispose de réservoirs animaux favorisant l'émergence de nouvelles souches), peut être aussi létal que le SARS-CoV-2, voire plus. Ce n'est pas pour rien que les souches du virus de la grippe sont surveillées activement, non seulement chez l'homme mais aussi dans les réservoirs animaux potentiels, et que des dizaines de millions d'oiseaux d'élevage sont abattus par précaution toutes les quelques années. Parles en par exemple aux éleveurs de canards en plein air du sud-ouest...

    Il est probable qu'à moyen terme(*) on n'ait ni plus ni moins besoin de restrictions sanitaires contre le SARS-CoV-2 que contre le virus de la grippe (durant les hivers ou celui-ci est plus virulent ou le vaccin moins efficace, des mesures préventives permettraient de limiter les dégâts, mais ce n'est pas pour autant que de telles mesures sont prises, à tort ou à raison, on se contente de tolérer qu'il cause 15000 morts certaines années).

    (*)Peut-être dès 2022 dans les pays où l'immunité de la population sera suffisante et en particulier celle des plus vulnérables. Le faible impact apparent du variant omicron sur les hospitalisations et les décès en Afrique du Sud, alors qu'il y est déjà prédominant, est peut-être un indice dans ce sens, mais ça reste à confirmer.

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    Dernière modification par yves95210 ; 13/12/2021 à 14h58.

  2. #182
    papyneo

    Re : variant sud africain

    Sur Blomberg, il y a un article qui parle des tests d'efficacité des vaccins pfizer sur le variant omicron.

    https://www.bloomberg.com/news/artic...?sref=i4qXzk6d

    Voici un extrait traduit automatiquement:

    "Selon des expériences menées en laboratoire en Afrique du Sud, un traitement à deux doses du vaccin de Pfizer Inc. n'aurait qu'une efficacité de 22,5 % contre l'infection symptomatique par la variante omicron, mais permettrait d'éviter une maladie grave.

    Les chercheurs de l'Africa Health Research Institute de Durban ont publié des données supplémentaires sur une petite étude publiée en début de semaine, à partir de laquelle ils ont fait une estimation de l'efficacité du vaccin en utilisant la modélisation.

    La recherche a porté sur des échantillons de plasma sanguin provenant de 12 participants. Les scientifiques ont constaté que l'omicron a entraîné une réduction d'environ 41 fois des niveaux d'anticorps neutralisants produits par les personnes ayant reçu deux doses du vaccin Pfizer-BioNTech SE, par rapport à la souche détectée en Chine il y a près de deux ans.

    Cela "compromet essentiellement la capacité du vaccin à protéger contre l'infection", a déclaré l'équipe de scientifiques dirigée par le chef de laboratoire Alex Sigal dans une préimpression publiée vendredi.

    Il est très probable que la protection contre la maladie grave reste suffisante, ont-ils ajouté."

  3. #183
    Appex

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par Appex
    il serait peut-être possible de demander à la population de simplement obtenir un pass dans un laboratoire
    Citation Envoyé par Agitateur

    C'est déjà le cas, je cite en italique ce qui figure sur le site du gouvernement:

    3. Le résultat d'un test RT-PCR ou antigénique positif attestant du rétablissement de la Covid-19, datant d'au moins 11 jours et de moins de 6 mois.


    Oui ça je sais.
    Mais je ne parlais pas de ça.

    Par exemple si vous avez le pass suite à une vaccination (vrai ou fausse qui sait ?) personne ne va vous demander de faire doser vos anticorps pour valider votre pass (qui serait alors temporaire).
    De la même manière le fait d'avoir été déclaré malade du covid (à tort ou à raison qui sait ?) vous permet actuellement de bénéficier du pass (si je ne m'abuse).
    Donc pour simplifier tout ça : On peut faire un test anticorps quelque soit le cas (le prélèvement sanguin étant envoyé anonymement chez le laboratoire agréé on ne peut plus tricher aisément et on peut même rendre le truc encore plus sécurisé mais c'est une autre affaire) et c'est ce résultat et uniquement ce résultat qui donne lieu à un pass valide.

  4. #184
    agitateur

    Re : variant sud africain

    Le test AC SEUL ne serait sans doute pas valide en terme de vision santé / juridique en France.
    Un immuno déprimé peut ne pas répondre au vaccin.

    En prime, on parle d'être réactif ou pas ( et donc avec ds Ac ), pas de dosage, qui demandera à établir un seuil quanti....Et là...

  5. #185
    Appex

    Re : variant sud africain

    Le test AC SEUL ne serait sans doute pas valide en terme de vision santé / juridique en France.
    Un immuno déprimé peut ne pas répondre au vaccin.
    Tout à fait mais alors quoi ?
    La question c'est d'être protégé pour protéger les autres (via les anticorps).
    Il parait normal de ne pas donner un pass qui ne reflète pas ce fait à un immunodéprimé.

    C'est comme donner le permis de conduire à un aveugle pour raison "d'équité".

    En prime, on parle d'être réactif ou pas ( et donc avec ds Ac ), pas de dosage, qui demandera à établir un seuil quanti....Et là...
    Et là effectivement if faut établir une règle que l'on pourrait presque qualifier de scientifique.
    On établi un seuil sans aucune autre considération.
    Dommage pour ceux qui ne produisent pas d'anticorps pas de bistro pas de resto pas de cinéma.
    Ceci le temps que la situation soit sous contrôle (ce qui ne devrait plus tarder puisque le pass sanitaire n'était pas destiné à durer...)

  6. #186
    ba2175

    Re : variant sud africain

    Je suppose que tu veux dire qu'il échappe de plus en plus à l'immunité.
    Je parle aussi et surtour que le R0 du virus est de plus en plus élevé rendant ce virus de plus en plus difficile à controller. Est ce que ça veut dire qu'à un moment, ce virus pourrait un R0 à 20 pour un variant futur, puis un varianrt avec 30 pour R0

    Vous n'avez pas répondu à ma question sur le nombre de mutations potentielles. Omicron a 50 mutations mais sur combien?

    A ce rythme, pandémie éternelle, restrictions sanitaires à vie et confinements réguliers feront partis de notre quotidien.

    Et faire des rassemblements de 600 000 personnes sur les bords de seine même en 2024, incompatible avec un virus à puissance exponentielle
    Dernière modification par ba2175 ; 14/12/2021 à 06h55.

  7. #187
    MissJenny

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par ba2175 Voir le message
    Vous n'avez pas répondu à ma question sur le nombre de mutations potentielles. Omicron a 50 mutations mais sur combien?
    La dernière fois que j'ai regardé ça, on connaissait environ 120 SNP dans le génome de SARS-CoV2, dont environ la moitié non-synonymes. Ca peut paraître peu comparé aux 30000 nucléotides, mais en théorie rien qu'avec ces SNP on pourrait avoir 2^60 variants différents (au niveau du phénotype moléculaire)

  8. #188
    yves95210

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par ba2175 Voir le message
    Je parle aussi et surtour que le R0 du virus est de plus en plus élevé rendant ce virus de plus en plus difficile à controller. Est ce que ça veut dire qu'à un moment, ce virus pourrait un R0 à 20 pour un variant futur, puis un varianrt avec 30 pour R0
    L'avantage de transmission de l'omicron est dû essentiellement à sa capacité à contourner l'immunité acquise (suite à vaccination ou infection). Il n'est probablement pas plus transmissible que le delta à des personnes non immunisées (autrement dit, son Ro n'est probablement pas plus élevé, il pourrait même être plus faible).
    Sa progression en Afrique du Sud, où on estime à partir de la surmortalité depuis début 2020 que 90% de la population ont déjà été infectés lors des vagues précédentes, permet d'estimer qu'il se trouve quelque part sur la courbe ci-dessous :

    Nom : image_2021-12-14_083003.png
Affichages : 197
Taille : 172,8 Ko

    Vous n'avez pas répondu à ma question sur le nombre de mutations potentielles. Omicron a 50 mutations mais sur combien?
    Innombrables (enfin, pas tout à fait, cf. le message que MissJenny vient de poster). Mais la grande majorité des mutations ne procurent pas d'avantage au virus. Les mutations se produisent de manière aléatoire, ce sont des erreurs de recopie du génome lors la réplication du virus; la plupart de ces erreurs le rendent non fonctionnel et l'empêchent de se reproduire, d'autres peuvent le rendre moins transmissible ou moins virulent.
    Ce n'est pas pour rien si sur les innombrables variants qui sont apparus depuis le début de la pandémie (ceux qui ont été identifiés n'en étant qu'une infime partie), seuls quelques-uns ont été déclarés "Variant of Interest" (et la plupart d'entre eux finalement retirés de la liste après qu'on ait constaté qu'ils ne se propageaient pas largement) et seulement cinq "Variant of Concern".
    5 en près de 2 ans et alors qu'1 à 2 milliards d'humains ont probablement été infectés (permettant au virus de se répliquer et de muter en produisant un nouveau variant chaque fois que ses mutations ne sont pas délétères pour lui), ça te donne une idée de la fréquence d'apparition d'un VOC.

    A ce rythme, pandémie éternelle, restrictions sanitaires à vie et confinements réguliers feront partis de notre quotidien.
    Tu répètes la même chose depuis des mois sans tenir compte des réponses qu'on t'apporte.

    Regarde ce qui se passe avec le virus de la grippe, tout autant capable de muter (voire plus), et aussi létal lorsqu'une nouvelle souche émerge, voire plus comme lors de la pandémie de grippe espagnole. Est-ce qu'on assiste à des restrictions sanitaires non stop et à des confinement réguliers depuis 1920 ? Pourtant il y a un siècle les moyens de la médecine étaient loin d'être ceux d'aujourd'hui.
    Dernière modification par yves95210 ; 14/12/2021 à 08h01.

  9. #189
    mh34
    Responsable des forums

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message



    Tu répètes la même chose depuis des mois sans tenir compte des réponses qu'on t'apporte.

    Regarde ce qui se passe avec le virus de la grippe, tout autant capable de muter (voire plus), et aussi létal lorsqu'une nouvelle souche émerge, voire plus comme lors de la pandémie de grippe espagnole. Est-ce qu'on assiste à des restrictions sanitaires non stop et à des confinement réguliers depuis 1920 ? Pourtant il y a un siècle les moyens de la médecine étaient loin d'être ceux d'aujourd'hui.
    exactement.
    Il faut bien garder en tête que ce sars cov est arrivé dans une population naive, ce qui n'est plus le cas à l'heure actuelle.

  10. #190
    Archi3

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par ba2175 Voir le message
    Je parle aussi et surtour que le R0 du virus est de plus en plus élevé rendant ce virus de plus en plus difficile à controller. Est ce que ça veut dire qu'à un moment, ce virus pourrait un R0 à 20 pour un variant futur, puis un varianrt avec 30 pour R0

    Vous n'avez pas répondu à ma question sur le nombre de mutations potentielles. Omicron a 50 mutations mais sur combien?

    A ce rythme, pandémie éternelle, restrictions sanitaires à vie et confinements réguliers feront partis de notre quotidien.

    Et faire des rassemblements de 600 000 personnes sur les bords de seine même en 2024, incompatible avec un virus à puissance exponentielle
    tous les virus sont à "puissance exponentielle", puissance exponentielle, ça veut juste dire que les nouveaux infectés ont la même probabilité d'infecter à nouveau que les anciens. Et ça finit toujours par s'arrêter quand cette probabilité change, justement, soit à cause des mesures prises, soit à cause de l'immunité acquise dans la population. Faut arrêter de psychoter sur le terme "exponentiel", qui ne veut pas dire "extrêmement rapide", mais "à taux de croissance constant".
    Ce virus n'est pas tres méchant, il est juste trop méchant pour nos systèmes de soin, c'est tout. Et contrairement à la variole ou au paludisme, il tue très peu les enfants, ce qui veut dire que la solution à l'épidémie, même s'il n'y avait pas de vaccins, serait simplement l'immunité acquise dans sa jeunesse - ce que évidemment malheureusement les adultes actuel n'ont pas pu acquérir. Dans un premier temps, elle va se régler par une combinaison d'immunité acquise, vaccinale ou par infection naturelle, et par le fait que les plus fragiles qui ne peuvent pas être protégés seront à peu près tous décédés. Et ensuite ça sera un virus comme les autres qui fera des petites crèves, dont certaines personnes fragiles mourront, mais qui serait tout à fait tolérable par la société.

  11. #191
    Archi3

    Re : variant sud africain

    Sinon la chute du taux apparent de létalité (par cas détecté, donc le "CFR", qui dépend du taux de détection) est impressionnante en Afrique du Sud

    https://ourworldindata.org/explorers...e&country=~ZAF

    Le taux apparent est tombé de 9,55 % le 27 novembre à 0,35 % le 13 décembre ! il inclut un décalage de 10 jours pour tenir compte du délai entre contamination (plus exactement détection de positivité) et décès.
    un taux de 9 % est très supérieur à ce qui est connu pour le Covid, signe que la détection est assez inefficace (probablement moins d'un cas sur 10). Une telle chute pourrait en principe s'expliquer par une très forte augmentation du taux de détection mais c'est improbable qu'elle ait eu lieu aussi rapidement. Il semble donc que la variant omicron ne soit vraiment pas très dangereux, et ça, c'est une très bonne nouvelle, surtout si il participe à l'immunisation contre un variant delta plus dangereux (question ouverte vu qu'à l'inverse il échappe en partie à l'immunisation apportée par le delta).

  12. #192
    yves95210

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
    Sinon la chute du taux apparent de létalité (par cas détecté, donc le "CFR", qui dépend du taux de détection) est impressionnante en Afrique du Sud

    https://ourworldindata.org/explorers...e&country=~ZAF

    Le taux apparent est tombé de 9,55 % le 27 novembre à 0,35 % le 13 décembre ! il inclut un décalage de 10 jours pour tenir compte du délai entre contamination (plus exactement détection de positivité) et décès.
    un taux de 9 % est très supérieur à ce qui est connu pour le Covid, signe que la détection est assez inefficace (probablement moins d'un cas sur 10). Une telle chute pourrait en principe s'expliquer par une très forte augmentation du taux de détection mais c'est improbable qu'elle ait eu lieu aussi rapidement. Il semble donc que la variant omicron ne soit vraiment pas très dangereux, et ça, c'est une très bonne nouvelle, surtout si il participe à l'immunisation contre un variant delta plus dangereux (question ouverte vu qu'à l'inverse il échappe en partie à l'immunisation apportée par le delta).
    Il ne faut pas oublier qu'en Afrique du Sud 90% de la population ont été infectés lors des vagues précédentes et sont donc immunisés, sans-doute mal contre une réinfection par l'omicron, mais certainement beaucoup mieux contre les formes graves de Covid qu'il pourrait provoquer.
    Cela ne permet pas de savoir quels dégâts il ferait dans une population naïve. Rien ne prouve encore qu'il soit moins "dangereux". Pour le savoir il faut attendre d'avoir des statistiques sur les infections et hospitalisations segmentées aussi finement que possible par statut immunitaire (non-vacciné "naïf" / non-vacciné déjà infecté / vacciné / vacciné avec rappel / vacciné + infecté).

    Quant au CFR, effectivement, les épidémiologistes estiment que moins d'un cas sur 20 ou 30 a été détecté (du moins lors des trois premières vagues, c'est sans-doute moins le cas maintenant), donc il ne signifie rien.
    Et les 90000 décès attribués au Covid sont loin de correspondre à la réalité, puisque la surmortalité cumulée depuis début 2020 dépasse les 230000. En fait le Covid a probablement tué 0,4% de la population, pourtant jeune; c'est d'ailleurs ce qui conduit les épidémiologistes sud-africains à estimer que 90% de la population ont été infectés.

  13. #193
    Archi3

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Il ne faut pas oublier qu'en Afrique du Sud 90% de la population ont été infectés lors des vagues précédentes et sont donc immunisés, sans-doute mal contre une réinfection par l'omicron, mais certainement beaucoup mieux contre les formes graves de Covid qu'il pourrait provoquer.
    Cela ne permet pas de savoir quels dégâts il ferait dans une population naïve. Rien ne prouve encore qu'il soit moins "dangereux". Pour le savoir il faut attendre d'avoir des statistiques sur les infections et hospitalisations segmentées aussi finement que possible par statut immunitaire (non-vacciné "naïf" / non-vacciné déjà infecté / vacciné / vacciné avec rappel / vacciné + infecté).
    ben quand même, l'immunisation jouait aussi en principe de la même façon contre le variant précédent (je suppose delta), et la chute de la létalité a eu lieu en 15 jours alors qu'elle était encore de 9 % fin novembre !

    je ne vois pas comment expliquer ça sans supposer que le variant est plus contagieux (pour être devenu prédominant aussi rapidement) mais beaucoup moins létal puisque toutes les autres "explications" jouent en principe autant pour tous les variants ....Meme si le taux de détection était monté à 1 sur 5 par exemple ça fait quand meme plus que 0,07 % de létalité ...on doit etre proche du rhume là !
    Dernière modification par Archi3 ; 14/12/2021 à 10h44.

  14. #194
    yves95210

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
    ben quand même, l'immunisation jouait aussi en principe de la même façon contre le variant précédent (je suppose delta), et la chute de la létalité a eu lieu en 15 jours alors qu'elle était encore de 9 % fin novembre !
    Sauf qu'au début de la vague de delta il y avait 40% en moins de personnes immunisées post-infection (cf. courbe d'excès de mortalité cumulé depuis début 2020).

    je ne vois pas comment expliquer ça sans supposer que le variant est plus contagieux (pour être devenu prédominant aussi rapidement) mais beaucoup moins létal puisque toutes les autres "explications" jouent en principe autant pour tous les variants
    Plus contagieux au sein d'une population immunisée (et vivant sans mesures barrière) car plus susceptible d'échapper à l'immunité. Et moins létal au sein de cette population grâce à la protection dont elle bénéficie contre le risque de forme grave (ce qui est une bonne nouvelle pour nous, puisque 90% des adultes sont vaccinés en France).

    En fait les épidémiologistes ne savent pas encore trancher entre les différentes possibilités, représentées par la courbe dans le graphique ci-dessous (déjà postée ici, mais je la remets car elle est plus parlante que mes explications):
    Images attachées Images attachées  

  15. #195
    ba2175

    Re : variant sud africain

    Si j'ai bien compris, si Omicron est plus contagieux que Delta c'est que la population est déjà majoritairement plus ou moins immunisé?
    Alors que dans une population moins immunisé voire pas du tout, c'est delta qui aurait gagné?

    Si le R0 n'est pas plus élevé sur Omicron que sur Delta, comment se fait il que le nombre de cas augmente tous les 2,5 jours en Angleterre?

  16. #196
    agitateur

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par ba2175 Voir le message
    si Omicron est plus contagieux que Delta c'est que la population est déjà majoritairement plus ou moins immunisé?
    Heu, non.
    SI il est plus contagieux ( par avantage dû à ses mutations, par échappement plus que fort que delta à la réponse immu, etc...) ce peut donc être pour plusieurs raisons, éventuellement cumulatives.

    L'immunité collective ( naturelle et / ou vaccin ) participe à baisser la circulation du virus, de toutes les souches, en quantité. Plus ou moins.
    En proportion ( disons en "qualité" ), un variant contre lequel nos défenses sont moins prêtes aura un avantage concurrentiel et prendra le dessus sur le précédent ( à R naif équivalent ).

    Je précise au cas ou, on sait jamais....:
    - la vacc. et les boost restent un rempart qu'il faut utiliser ! Mieux vaut un rempart affaibli que pas de rempart du tout. C'est vrai à titre individuel et aussi collectif.
    - l'hypothèse d'un échappement partiel à l'immu par le vaccin actuel n'est PAS une bonne raison pour ne pas se faire vacc. Voir ci dessus.

    On peut espérer que, le plus tôt possible, vienne le moment ou ne comptera plus les cas positifs qui ne voudront pas dire grand chose, avec si tout va bien une proportion énorme d'asympto. Et ou ce qui comptera, ce sera le décompte des cas grave, car finalement le covid nous passera dessus, à chacun, plusieurs fois.

  17. #197
    yves95210

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par ba2175 Voir le message
    Si j'ai bien compris, si Omicron est plus contagieux que Delta c'est que la population est déjà majoritairement plus ou moins immunisé?
    Alors que dans une population moins immunisé voire pas du tout, c'est delta qui aurait gagné?

    Si le R0 n'est pas plus élevé sur Omicron que sur Delta, comment se fait il que le nombre de cas augmente tous les 2,5 jours en Angleterre?
    Parce que la population britannique est probablement la plus immunisée d'Europe (à peu près autant d'adultes vaccinés qu'en France, plus un nombre d'infectés estimé à 50% de la population). Cela permettait de maintenir R(t) à environ 1 sans mesures barrière depuis l'été dernier, tant que le variant delta était le seul à circuler. Mais la plus grande capacité du variant omicron à la contourner l'immunité acquise lui procure un avantage considérable par rapport au delta.

    Un doublement en 2,5 jours correspond à Reff(omicron)~4.
    Si, comme les premières études l'indiquent, l'efficacité des vaccins (sans rappel) contre l'infection par l'omicron tombe à environ 20 % (et probablement au même niveau pour l'efficacité de l'immunité post-infection), et qu'il est donc 4 fois plus apte à infecter une population immunisée, c'est logique qu'un infecté par l'omicron contamine en moyenne 4 fois plus de gens qu'un infecté par le delta, même si sa transmissibilité (caractérisée par Ro) n'est pas plus élevée dans une population naïve.

  18. #198
    Archi3

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Sauf qu'au début de la vague de delta il y avait 40% en moins de personnes immunisées post-infection (cf. courbe d'excès de mortalité cumulé depuis début 2020).
    je ne parle pas de la comparaison avec le début de la vague delta, mais avec la fin de la vague fin novembre ou manifestement effectivement l'immunité avait été assez grande pour bloquer la propagation du delta. Mais la létalité apparente, elle, restait à 9 %. Le virus se propageait moins, mais il restait dangereux (d'autant plus que les plus âgés n'étaient pas particulièrement bien vaccinés).

    Là les cas omicron sont bien plus nombreux mais bien moins létaux. Soit il est moins létal, soit c'est que l'omicron se propage essentiellement chez les jeunes et pas chez les vieux ...

    En fait les épidémiologistes ne savent pas encore trancher entre les différentes possibilités, représentées par la courbe dans le graphique ci-dessous (déjà postée ici, mais je la remets car elle est plus parlante que mes explications):
    oui mais ton graphique est relatif au taux de reproduction mais ne dit absolument rien sur la létalité ...

  19. #199
    yves95210

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
    je ne parle pas de la comparaison avec le début de la vague delta, mais avec la fin de la vague fin novembre ou manifestement effectivement l'immunité avait été assez grande pour bloquer la propagation du delta. Mais la létalité apparente, elle, restait à 9 %. Le virus se propageait moins, mais il restait dangereux (d'autant plus que les plus âgés n'étaient pas particulièrement bien vaccinés).
    Oui, la létalité restait élevée car les infections touchaient essentiellement des individus non immunisés ou chez qui l'immunité avait décliné, mais pas la grande masse des immunisés.

    Là les cas omicron sont bien plus nombreux mais bien moins létaux. Soit il est moins létal, soit c'est que l'omicron se propage essentiellement chez les jeunes et pas chez les vieux ...
    Non : c'est juste qu'il se propage quasiment autant parmi les personnes qui étaient bien immunisées contre le delta que parmi les précédentes (jamais infectées ni vaccinées, ou à l'immunité déclinante). Les premières étant beaucoup plus nombreuses que les secondes, mais aussi mieux protégées par leur immunité contre les formes graves de Covid, c'est normal que la létalité baisse.

    L'omicron est probablement un peu moins virulent que le delta (je viens de voir passer un article citant une conférence de presse d'experts sud-africains qui estiment que la gravité des cas 25 % est inférieure à celle de la première vague), mais ça ne suffit pas à expliquer une telle baisse de la létalité. Les deux facteurs doivent jouer.
    Et avec une gravité des cas réduite de seulement 25% dans une population naïve, on ne peut pas encore parler de maladie bénigne (en gros, dans une population naïve démographiquement similaire à la population française, la létalité serait encore de 0,4 à 0,5%).

  20. #200
    Nicophil

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Non : c'est juste qu'il se propage quasiment autant parmi les personnes qui étaient bien immunisées contre le delta que parmi les précédentes (jamais infectées ni vaccinées, ou à l'immunité déclinante). Les premières étant beaucoup plus nombreuses que les secondes, mais aussi mieux protégées par leur immunité contre les formes graves de Covid, c'est normal que la létalité baisse.
    "Spot on !"
    La réalité, c'est ce qui reste quand on cesse de croire à la matrice logicielle.

  21. #201
    MissJenny

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Non : c'est juste qu'il se propage quasiment autant parmi les personnes qui étaient bien immunisées contre le delta que parmi les précédentes (jamais infectées ni vaccinées, ou à l'immunité déclinante). Les premières étant beaucoup plus nombreuses que les secondes, mais aussi mieux protégées par leur immunité contre les formes graves de Covid, c'est normal que la létalité baisse.
    l'explication est raisonnable, mais si ça se passe comme ça c'est un peu étrange : qu'est-ce qui fait qu'un nouveau variant se propage plus rapidement que les variants résidents? c'est soit que son cycle de réplication est plus court, soit que chaque infectieux contamine plus de monde (par exemple parce que la virémie est plus élevée). Si ce variant se propage également chez les vaccinés et chez les non vaccinés, ça suggère que les traits d'histoire de vie (comme ceux que j'ai cités) sont les mêmes dans les deux populations d'hôtes, mais alors on s'attend à ce que l'effet de l'infection soit à peu près le même.
    Dernière modification par MissJenny ; 14/12/2021 à 18h28.

  22. #202
    yves95210

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par MissJenny Voir le message
    l'explication est raisonnable, mais si ça se passe comme ça c'est un peu étrange : qu'est-ce qui fait qu'un nouveau variant se propage plus rapidement que les variants résidents? c'est soit que son cycle de réplication est plus court, soit que chaque infectieux contamine plus de monde (par exemple parce que la virémie est plus élevée).
    En l'occurrence ça peut être simplement parce que le delta ne disposait plus d'une population susceptible d'être infectée suffisamment importante, et donc qu'un infectieux avait l'occasion de contaminer en moyenne moins d'une autre personne. Alors que, si l'omicron est capable de réinfecter 80% des personnes immunisées par une infection antérieure, un infectieux peut contaminer en moyenne 4 personnes, sans pour autant être intrinsèquement plus transmissible (parce que la virémie serait plus élevée, etc.)

    Si ce variant se propage également chez les vaccinés et chez les non vaccinés, ça suggère que les traits d'histoire de vie (comme ceux que j'ai cités) sont les mêmes dans les deux populations d'hôtes, mais alors on s'attend à ce que l'effet de l'infection soit à peu près le même.
    Pas forcément : même si les anticorps que les anciens infectés possèdent encore (si leur infection n'est pas trop ancienne) neutralisent beaucoup moins bien l'omicron que le delta, il est possible / probable que la réponse cellulaire (les lymphocytes T mémoire qui eux, ne déclinent pas) soit moins impactée par les mutations et permette de contrôler l'infection et de réduire le risque de forme grave du Covid.

  23. #203
    Archi3

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Oui, la létalité restait élevée car les infections touchaient essentiellement des individus non immunisés ou chez qui l'immunité avait décliné, mais pas la grande masse des immunisés.



    Non : c'est juste qu'il se propage quasiment autant parmi les personnes qui étaient bien immunisées contre le delta que parmi les précédentes (jamais infectées ni vaccinées, ou à l'immunité déclinante). Les premières étant beaucoup plus nombreuses que les secondes, mais aussi mieux protégées par leur immunité contre les formes graves de Covid, c'est normal que la létalité baisse.
    ok pour cet aspect, mais si la létalité était la même que le delta, la baisse ne pourrait pas être supérieure au rapport de létalité du delta entre vaccinés et non vaccinés, et je ne crois pas qu'elle soit de 30 (plutot 10 ?) . Il doit y avoir une baisse due à la létalité intrinsèque dans des conditions identiques, et qui est supérieure à 25 % je pense.
    ceci dit tous les pays occidentaux ont aussi une population relativement bien protégée et une baisse de létalité du delta grâce au vaccin, donc on est sur au moins que l'omicron ne sera pas pire.

  24. #204
    Archi3

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Pas forcément : même si les anticorps que les anciens infectés possèdent encore (si leur infection n'est pas trop ancienne) neutralisent beaucoup moins bien l'omicron que le delta, il est possible / probable que la réponse cellulaire (les lymphocytes T mémoire qui eux, ne déclinent pas) soit moins impactée par les mutations et permette de contrôler l'infection et de réduire le risque de forme grave du Covid.
    en fait au début du covid, on disait que la létalité était surtout due à un emballement du système immunitaire (orage cytokinique ) qui détruisait les poumons. Je ne sais pas si c'est confirmé car j'ai lu aussi (je ne sais plus où) que c'était plutot en majorité des surinfections, le virus ayant détruit la capacité du système immunitaire à les contrôler (ça ressemble aussi à la grippe). Quoi qu'il en soit , le fait que beaucoup de décès surviennent bien après la disparition de la charge virale semble montrer que la létalité vient plus d'effets secondaires post infection que du virus lui même. Mais il semble que la vaccination et la primo-infection baissent toutes les deux d'une façon importante la létalité. On dirait qu'elles "éduquent" d'une manière ou d'une autre le système immunitaire, qui fait qu'il réagit mieux au virus, même si il n'est pas tres efficace contre l'infection en elle même, il réagit mieux après. Ca pourrait etre compatible avec l'observation qu'une primo-infection au delta n'empêche pas l'infection de l'omicron, mais garde son caractère plus bénin. C'est plutot rassurant de se dire que si on a survécu a une première infection, on a très peu de risque de mourir d'une autre ultérieure.

  25. #205
    Bruno

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Non : c'est juste qu'il se propage quasiment autant parmi les personnes qui étaient bien immunisées contre le delta que parmi les précédentes (jamais infectées ni vaccinées, ou à l'immunité déclinante).
    Ben non, si omicron échappe mieux au vaccin que delta, alors il se propage mieux parmi les vaccinés. Au Danemark, c'est 4.5x plus d'omicron chez les vaccinés (et meme 6.6x chez les boostés) que chez les non-vaccinés: https://twitter.com/MartinBlachier/s...74452598325269

  26. #206
    Archi3

    Re : variant sud africain

    Ca c'est un peu bizarre parce qu'on ne voit pas pourquoi les vaccinés seraient moins protégés que les non vaccinés, à moins que la vaccination produise des anticorps facilitant qui augmentent la contagiosité. Mais le plus probable est que les vaccinés /boostés prennent moins de précaution et ont une conduite plus à risque que les non vaccinés.

  27. #207
    Bruno

    Re : variant sud africain

    C'est normal si tu considères qu'omicron est en competition avec delta, mais qu'il n'a un avantage que chez les vaccinés. C'est bien sur une situation transitoire, avec >80% de vaccinés omicron va prendre le dessus et les non-vaccinés devraient devenir plus infectés que les vax.
    Dernière modification par Bruno ; 14/12/2021 à 22h50.

  28. #208
    JPL
    Responsable des forums

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par Bruno Voir le message
    Ben non, si omicron échappe mieux au vaccin que delta, alors il se propage mieux parmi les vaccinés. Au Danemark, c'est 4.5x plus d'omicron chez les vaccinés (et meme 6.6x chez les boostés) que chez les non-vaccinés: https://twitter.com/MartinBlachier/s...74452598325269
    Les nombres indiqués par le tweet me semblent énorme pour le Danemark dont la population n’atteint pas 6 millions d’habitants. À croire qu’ils ont une ligne directe d’importation depuis l’Afrique du Sud ! Je pense que c’est une synthèse plus générale. Pour mémoire je ne suis pas sûr qu’on ait repéré plus d’une soixantaine de cas en France.

    Ceci étant dit, chez les mieux vaccinés il n’est pas en concurrence avec le delta, toujours majoritaire. Les résultats ne sont paradoxaux qu’en apparence.
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  29. #209
    JPL
    Responsable des forums

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par Bruno Voir le message
    omicron va prendre le dessus et les non-vaccinés devraient devenir plus infectés que les vax.
    Uniquement lorsque le delta sera fortement en perte de vitesse, ce n’est pas encore le cas.
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  30. #210
    Bruno

    Re : variant sud africain

    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    Les nombres indiqués par le tweet me semblent énorme pour le Danemark dont la population n’atteint pas 6 millions d’habitants. À croire qu’ils ont une ligne directe d’importation depuis l’Afrique du Sud ! Je pense que c’est une synthèse plus générale. Pour mémoire je ne suis pas sûr qu’on ait repéré plus d’une soixantaine de cas en France.
    C'est bien 3437 cas rien qu'au Danemark sur les 20 derniers jours: https://www.ft.com/content/3c27c135-...c-6e1f6c386235



    On assiste a la meme explosion qu'au Gauteng, omicron est capable d'effacer delta en a peine un mois.

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