variant sud africain / omicron

[Archi3]

C'est normal si tu considères qu'omicron est en competition avec delta, mais qu'il n'a un avantage que chez les vaccinés. C'est bien sur une situation transitoire, avec >80% de vaccinés omicron va prendre le dessus et les non-vaccinés devraient devenir plus infectés que les vax.

oui effectivement mais j'avais pas regardé de près ces "pourcentages", ce sont les pourcentages de vaccinés, non vaccinés, etc ... parmi les cas d'omicron ou d'autres variants, pas l'inverse. Il vaut mieux dire "4 fois plus de vaccinés en proportion dans les cas omicron" que "4 fois plus de cas omicron chez les vaccinés" . Ce n'est pas tant que le omicron se propage plus chez les vaccinés , que les autres variants (sans doute en majorité le delta) se propage moins. Il n'y a pas vraiment de compétition en fait, il y a plutot une indifférence de l'omicron à la vaccination, alors que le delta lui est sensible. On aurait le même phénomène en comparant par exemple n'importe quelle autre affection au delta, bien qu'elles ne soient pas spécialement en "compétition".
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[yves95210]

Ben non, si omicron échappe mieux au vaccin que delta, alors il se propage mieux parmi les vaccinés. Au Danemark, c'est 4.5x plus d'omicron chez les vaccinés (et meme 6.6x chez les boostés) que chez les non-vaccinés: https://twitter.com/MartinBlachier/s...74452598325269

A comportements identiques il n'y a pas de raison qu'il se propage mieux chez les vaccinés que chez les non-vaccinés.
Mais les non-vaccinés prennent sans-doute (ou sont obligés de prendre) des précautions dont les vaccinés sont dispensés. Le Danemark a instauré un passeport sanitaire mi-novembre. Et l'épidémie d'omicron a logiquement débuté par des clusters à l'occasion d'événements auxquels n'assistaient que des vaccinés...

[papy-alain]

Une question importante pour mieux apprécier la situation : pour la France, quel est le pourcentage de PCR+ qui sont séquencés ?

[yves95210]

Une question importante pour mieux apprécier la situation : pour la France, quel est le pourcentage de PCR+ qui sont séquencés ?

Au moins ce n'est plus 0...

[papy-alain]

On peut donc déduire de ce graphique que la vague omicron est bien effective en France. Simplement, elle n'est pas détectée, contrairement au Danemark.

[Bruno]

J'ai lu que le Danemark ne se basait plus sur le séquençage pour sortir ces chiffres mais sur des tests PCR adaptés. Ce qui explique qu'il arrive a detecter le nombre de cas omicron au jour le jour, la ou le séquençage prend des semaines a sortir une proportion.

A comportements identiques il n'y a pas de raison qu'il se propage mieux chez les vaccinés que chez les non-vaccinés.
Mais les non-vaccinés prennent sans-doute (ou sont obligés de prendre) des précautions dont les vaccinés sont dispensés. Le Danemark a instauré un passeport sanitaire mi-novembre. Et l'épidémie d'omicron a logiquement débuté par des clusters à l'occasion d'événements auxquels n'assistaient que des vaccinés...

On parle de la part d'omicron par rapport aux autres variants chez les PCR+ calculée pour chaque statut vaccinal, l'exposition ne joue aucun role puisqu'elle est par definition de 100%.

[yves95210]

On parle de la part d'omicron par rapport aux autres variants chez les PCR+ calculée pour chaque statut vaccinal, l'exposition ne joue aucun role puisqu'elle est par definition de 100%.

Dans ce cas on est d'accord. C'est normal que les chez vaccinés, assez bien protégés contre l'infection par le delta mais pas contre l'infection par l'omicron, la part d'omicron augmente plus vite que chez les non-vaccinés.

Je pense que tu avais mal interprété le message auquel tu répondais initialement (et du coup j'avais mal interprété ta réponse), mais il n'était peut-être pas assez clair.

[polo974]

le lien vers le document danois:
https://files.ssi.dk/covid19/omikron...-13122021-i30w

la figure 3 montre une forte prédominance dans la tranche 20/29 ans (et un peu 15/19) pour le omicron. à croire que c'est un peu le virus des jeunes (qui se pensaient protégés?)...

[yves95210]

le lien vers le document danois:
https://files.ssi.dk/covid19/omikron...-13122021-i30w

la figure 3 montre une forte prédominance dans la tranche 20/29 ans (et un peu 15/19) pour le omicron. à croire que c'est un peu le virus des jeunes (qui se pensaient protégés?)...

Il y a eu entre autres un gros cluster dans une fête rassemblant de nombreux jeunes fin novembre (source) :

The event was in the Viborg region of Denmark and involved several different high schools, local reports said.
64 of 150 people tested positive for Omicron after a Christmas lunch, authorities told Insider.
More than 1,000 more were potentially exposed after the November 27 event, Danish officials said.

Cela doit représenter une bonne partie des quelques centaines de cas détectés au total début décembre.

Mais c'est le hasard : en Norvège c'est aussi une fête de Noël qui est à l'origine du premier cluster détecté, mais au sein d'une entreprise donc avec des participants plus âgés.

Dans les deux pays ça s'inscrit dans le cadre d'une flambée épidémique jamais vue depuis le début de l'épidémie, mais qui est loin de n'être due qu'au variant omicron (cf. les chiffres figurant dans ton lien). C'est la combinaison du relâchement des mesures depuis septembre et de l'arrivée de l'omicron qui favorise la progression de celui-ci (dans des populations largement vaccinées mais qui avaient été peu infectées avant cet automne). Mais l'incidence (du delta) avait commencé à augmenter en octobre.

[polo974]

C'était peut-être aussi le cas dans le Jura:
https://www.leprogres.fr/sante/2021/...n-quinze-jours

(une centaine de cas (vaccinés) suite à quelques fêtes, pas de décès)

[papy-alain]

Ces exemples illustrent bien l'effet pervers du pass sanitaire. On a le précieux sésame, alors on a droit à notre récompense : on fait la fête sans masque, on s'embrasse, etc. Et du coup les clusters redémarrent.

[JPL]

Le passe sanitaire ne vaccine pas contre la bêtise. il n’est pas requis d’ailleurs pour des réunions privées.

Et tout ceci est bien loin du variant omicron qui est le seul sujet de cette discussion.

[yves95210]

Les études commencent à donner des résultats. Voici un fil twitter (d'une virologiste) qui résume deux d'entre elles (liens ci-dessous).

Very interesting analyses about the virology of #Omicron, which may explain the faster spread of this variant.

According to a new lab study, Omicron infects & multiplies ~70x faster than the Delta variant and the wild type SARS-CoV-2 in the human bronchus, but not in the lung.
In this ex vivo study (press release), Michael Chan, Malik Peiris & John Nicholls et al. @hkumed show that at 24h after infection Omicron replicated ~70x faster than Delta in bronchus. Interestingly, it replicated ~10x less efficiently in the lung tissue.

Another analysis by @BalazsLab also supports these findings. In this lab study w/ pseudoviruses, Omicron showed greater ability to infect cells than other variants, which was ~ 4 times more infectious than the original strain, also more than Delta.

These preliminary laboratory analyses indicate that;
Omicron is significantly more transmissible than delta
Less efficient replication in the lungs may suggest lower severity, but severity in humans is not determined only by virus replication but also the host immune response.

Important to note that first study is an ex vivo work, meaning that human tissue is used to look at virus replication in the lab. So, this is not a definitive but supportive finding & needs to be confirmed by clinical data as host immune response is absent in these studies.

Lay summary: These results indicate inherent transmissibility & replication advantage of Omicron (in addition to immune evasion) compared to delta. It also explains why it spreads quickly and outcompeted delta in SA, which fits w/ modelling assumptions.

For those asking whether this is good/bad news, simple answer: I don't know. While omicron may infect the lung cells less efficiently, a higher viral load may worsen immune response.
The only thing I am sure of is that omicron will spread so quickly through the population, making it likely impossible to contain even with the most stringent measures & giving us very little time over the next few weeks. So get your vaccines & boosters!

PS : désolé, j'ai eu la flemme de traduire.

[ba2175]

Traduction : via deepl.com

Des analyses très intéressantes sur la virologie de #Omicron, qui pourraient expliquer la propagation plus rapide de cette variante.

Selon une nouvelle étude de laboratoire, Omicron infecte et se multiplie ~70x plus vite que la variante Delta et le type sauvage du SRAS-CoV-2 dans les bronches humaines, mais pas dans les poumons.
Dans cette étude ex vivo (communiqué de presse), Michael Chan, Malik Peiris & John Nicholls et al. @hkumed montrent que 24h après l'infection, Omicron se réplique ~70x plus vite que Delta dans les bronches. Il est intéressant de noter qu'il s'est répliqué ~10x moins efficacement dans le tissu pulmonaire.

Une autre analyse effectuée par @BalazsLab confirme également ces résultats. Dans cette étude de laboratoire avec des pseudovirus, Omicron a montré une plus grande capacité à infecter les cellules que les autres variantes, ce qui était ~ 4 fois plus infectieux que la souche originale, également plus que Delta.

Ces analyses préliminaires en laboratoire indiquent que ;
Omicron est significativement plus transmissible que delta
Une réplication moins efficace dans les poumons peut suggérer une gravité moindre, mais la gravité chez l'homme n'est pas seulement déterminée par la réplication du virus mais aussi par la réponse immunitaire de l'hôte.

Il est important de noter que la première étude est un travail ex vivo, ce qui signifie que des tissus humains sont utilisés pour étudier la réplication du virus en laboratoire. Il ne s'agit donc pas d'un résultat définitif mais d'un résultat de soutien qui doit être confirmé par des données cliniques car la réponse immunitaire de l'hôte est absente dans ces études.

Résumé : Ces résultats indiquent une transmissibilité inhérente et un avantage de réplication d'Omicron (en plus de l'évasion immunitaire) par rapport à delta. Ils expliquent également pourquoi il se propage rapidement et a supplanté delta dans SA, ce qui correspond aux hypothèses de modélisation.

Pour ceux qui se demandent si c'est une bonne ou une mauvaise nouvelle, la réponse est simple : Je ne sais pas. Si l'omicron infecte moins efficacement les cellules pulmonaires, une charge virale plus élevée peut aggraver la réponse immunitaire.
La seule chose dont je suis sûr, c'est que l'omicron va se propager très rapidement dans la population, ce qui le rendra probablement impossible à contenir, même avec les mesures les plus strictes, et nous laissera très peu de temps au cours des prochaines semaines. Alors, faites vos vaccins et vos rappels !

Du coup, il semble loin le temps où on disait qu'il fallait 60%, puis 80%, puis 90% de gens vaccinés pour avoir l'immunité collective pour que le virus se calme. Mais il faut quel pourcentage des vaccinés avec rappel pour avoir une immunité collective suffisante pour calmer le virus ?

Et pour l'histoire de la troisième dose, on pourrait simplement qu'il faut un rappel du vaccin au boit de 5 mois, basta?.
Que se passerait il si on lâchait les restrictions, y compris les masques et gestes barrières à partir du moment où on est vacciné et où on n'est entouré que de personnes vaccinés ? Par ailleurs quand je dis vacciné, c'est vacciné + dose de rappel. Est ce que ça peut suffire pour contrôler la circulation du virus (avec omicron) ?
Car si on est infecté, est ce qu'on peut se dire : On est vacciné donc on peut laisser le virus circuler entre nous, vaccinés sans que ça est trop de conséquences pour nous ?
C'est bien l'intérêt du passe sanitaire au départ. Non?

Si on vaccine les enfants, j'aurais dit pourquoi pas. Mais est ce que par les personnes en couple avec enfants sont plus contaminés que les célibataires sans enfants ? Car si c'est le cas, ça peut se justifier pour immuniser les enfants et qu'ils ne transmettent pas à leurs parents ?

L'été dernier, on disait que si on transmet le virus en tant que vacciné, on le transmet moins longtemps que si on n'était pas vacciné. Est ce que cette hypothèse est toujours valable?

[Ernum]

Salut,

5 mois c'est le délai minimum avant d'avoir droit au rappel, 7 mois le délai au bout duquel le passe sanitaire ne sera plus valide sans rappel.

je confirme, je ne suis pas encore à 5 mois (quelques jours encore), ça m'est refusé.

[yves95210]

Du coup, il semble loin le temps où on disait qu'il fallait 60%, puis 80%, puis 90% de gens vaccinés pour avoir l'immunité collective pour que le virus se calme. Mais il faut quel pourcentage des vaccinés avec rappel pour avoir une immunité collective suffisante pour calmer le virus ?

Il faut oublier l'idée qu'une immunité collective permettra de faire disparaître le virus. Il est devenu endémique et infectera (par ce variant ou un prochain) progressivement la totalité de la population. Sans trop de dégâts pour les personnes immunisées par la vaccination ou une infection par un variant antérieur, puisque cette immunité continue de réduire le risque de cas grave.

Et pour l'histoire de la troisième dose, on pourrait simplement qu'il faut un rappel du vaccin au boit de 5 mois, basta?.
Que se passerait il si on lâchait les restrictions, y compris les masques et gestes barrières à partir du moment où on est vacciné et où on n'est entouré que de personnes vaccinés ? Par ailleurs quand je dis vacciné, c'est vacciné + dose de rappel. Est ce que ça peut suffire pour contrôler la circulation du virus (avec omicron) ?

Probablement pas vu sa transmissibilité et son aptitude à contourner l'immunité acquise.

Car si on est infecté, est ce qu'on peut se dire : On est vacciné donc on peut laisser le virus circuler entre nous, vaccinés sans que ça est trop de conséquences pour nous ?
C'est bien l'intérêt du passe sanitaire au départ. Non?

C'est surtout l'ambiguïté du passe sanitaire, qui n'est pas un passeport vaccinal et qui permet à des non-vaccinés de côtoyer des vaccinés éventuellement infectieux dans des lieux où on ne porte pas le masque et où on oublie souvent les gestes barrière. Tant que la population vulnérable ne sera pas vaccinée à ~100% ça continuera de poser problème.
Pour les vaccinés (avec rappel) infectés par le variant omicron le risque de Covid grave reste limité, peut-être même encore plus si comme le pensent certains l'omicron est moins susceptible de causer des cas graves (l'étude citée donne une piste qui l'expliquerait). Mais pour qu'on puisse se permettre de laisser le virus circuler sans contrôle il faudrait que 100% des personnes à risque soient protégées. Quelqu'un qui (n'étant pas vacciné) avait une chance sur trois d'être hospitalisé s'il était infecté n'en aura peut-être plus qu'une sur quatre avec l'omicron, mais c'est pas ça qui va tous les sauver.

Si on vaccine les enfants, j'aurais dit pourquoi pas. Mais est ce que par les personnes en couple avec enfants sont plus contaminés que les célibataires sans enfants ?

Selon une étude épidémiologique conduite en 2020 en France, oui (si je me rappelle bien les adultes ayant des enfants d'âge scolaire dans leur foyer avaient un risque 30% plus élevé d'être infecté; mais je ne sais plus si ça concernait uniquement les ados ou aussi les enfants de moins de 12 ans).

Car si c'est le cas, ça peut se justifier pour immuniser les enfants et qu'ils ne transmettent pas à leurs parents ?

Non, puisqu'il suffit que les parents soient vaccinés pour n'avoir qu'un risque minime de faire une forme grave de Covid. Et on peut supposer que ceux qui ont refusé le vaccin le refuseront aussi pour leurs enfants...

L'été dernier, on disait que si on transmet le virus en tant que vacciné, on le transmet moins longtemps que si on n'était pas vacciné. Est ce que cette hypothèse est toujours valable?

Certainement puisqu'on n'a en général pas ou peu de symptômes et qu'on élimine plus vite le virus.

[yves95210]

Bonjour,

Au-delà de ce qu'en disait le résumé posté hier, qui était plutôt centré sur les propriétés du variant, l'une des deux études citées porte plus spécifiquement sur la capacité des rappels basés sur les vaccins à ARNm à induire une immunité neutralisante contre le variant omicron. Les résultats sont édifiants (ci-dessous un extrait de la figure 2 page 25 du pdf) :
le sérum des participants ayant reçu le rappel a une activité neutralisante contre l'omicron, certes moins forte que contre les deux autres variants testés (la souche originelle de début 2020 et le delta), mais supérieure à celle qu'a le sérum des participants récemment vaccinés (2 doses ARNm depuis moins de 3 mois) contre le variant delta et proche de celle qu'il a contre la souche originelle - celle à partir de laquelle les vaccins ont été conçus. Et bien sûr très supérieure à celle (contre tous les variants) du sérum des participants vaccinés depuis plus de 6 mois.
Ces résultats in vitro ne permettent pas de prédire l'efficacité des rappels contre l'infection par le variant omicron dans la vie réelle, mais ils sont plutôt encourageants.
D'autre part, l'immunité humorale (anticorps) n'est pas la seule arme dont dispose le système immunitaire, et la baisse d'activité neutralisante du sérum (6 mois après la vaccination initiale ou face au variant omicron) n'entraîne qu'une baisse limitée de l'efficacité contre le risque de cas grave puisque l'immunité cellulaire (lymphocytes T mémoire) ne décline pas avec le temps, et est moins impactée par les mutations.

[yves95210]

Olivier Véran a vanté la réponse française contre le variant omicron. «Nous le freinons aujourd’hui avec succès. Nous avons 200 et quelques cas dans notre pays, comparé à 50 ou 100 fois plus chez nos voisins Anglais», s’est félicité le ministre de la Santé. Un succès qui résulte selon lui de «notre stratégie d’isolement, de traçage, de séquençage et de criblage».

(extrait d'une interview télévisée)
La méthode Coué a de beaux jours devant elle. Surtout juste avant les fêtes : faudrait pas gâcher le réveillon
Mais le plus grave serait que notre ministre croie vraiment ce qu'il dit...

[invite8da976cf]

Bonjour,

(extrait d'une interview télévisée)
La méthode Coué a de beaux jours devant elle. Surtout juste avant les fêtes : faudrait pas gâcher le réveillon
Mais le plus grave serait que notre ministre croie vraiment ce qu'il dit...

Concernant le criblage, cet autre article paru hier illustre l'état de l'art au 12 décembre :
https://www.liberation.fr/checknews/...E4VFX3AYAFNZE/
Il est encore très récent, et les propos prudents qu'il émet, en effet, ne sont pas dans le tempo des auto-félicitations affirmatives officielles françaises ...(ou l'inverse...).

[yves95210]

Concernant le criblage, cet autre article paru hier illustre l'état de l'art au 12 décembre :
https://www.liberation.fr/checknews/...E4VFX3AYAFNZE/
Il est encore très récent, et les propos prudents qu'il émet, en effet, ne sont pas dans le tempo des auto-félicitations affirmatives officielles françaises ...(ou l'inverse...).

Oui, c'est aussi dans libé que j'avais trouvé l'extrait de l'interview de Véran, avec en contrepoint cet article de "checknews"...

[papy-alain]

Comme disait D.Trump, il suffit de réduire le nombre de tests (de séquençages en l’occurrence) pour réduire le nombre de cas.

[invite8da976cf]

Bonjour,

Comme disait D.Trump, il suffit de réduire le nombre de tests (de séquençages en l’occurrence) pour réduire le nombre de cas.

Non, ce n’est pas “comme”. Le séquençage est l’outil fiable permettant de déterminer de façon sûre le variant. Toutefois, des méthodes acceptables sont à l'étude.

Le séquençage a un coût très élevé, c’est pourquoi les laboratoires mettent leurs efforts à mettre au point la méthode permettant de déterminer le variant de manière moins floue dès le criblage initial. (et on a vu depuis le début de la pandémie, que lorsqu'une étude est menée, elle tape vite...) Une diminution immédiate du nombre (et du pourcentage) de séquençage n’aurait, ok, pas de sens, et tu as alors entièrement raison, mais seulement dans l'heure qui vient. Par contre, une telle diminution serait bienvenue dans les jours à venir, car elle montrerait une meilleure fiabilité du criblage initial, d’analyses plus simples, moins onéreuses ou contraignantes, déterminant le variant. Ce serait plutôt bonne nouvelle, non, qu’en penses-tu ?

[papy-alain]

Bonjour,


Non, ce n’est pas “comme”. Le séquençage est l’outil fiable permettant de déterminer de façon sûre le variant. Toutefois, des méthodes acceptables sont à l'étude.

Le séquençage a un coût très élevé, c’est pourquoi les laboratoires mettent leurs efforts à mettre au point la méthode permettant de déterminer le variant de manière moins floue dès le criblage initial. (et on a vu depuis le début de la pandémie, que lorsqu'une étude est menée, elle tape vite...) Une diminution immédiate du nombre (et du pourcentage) de séquençage n’aurait, ok, pas de sens, et tu as alors entièrement raison, mais seulement dans l'heure qui vient. Par contre, une telle diminution serait bienvenue dans les jours à venir, car elle montrerait une meilleure fiabilité du criblage initial, d’analyses plus simples, moins onéreuses ou contraignantes, déterminant le variant. Ce serait plutôt bonne nouvelle, non, qu’en penses-tu ?

Je ne comprends pas le sens de ton raisonnement. Tout ce que je voulais souligner, c'est qu'avec 1 ou 2 % de cas séquencés on arrive à la conclusion erronée que le variant omicron est encore peu présent sur le territoire Français, alors que l'estimation réelle devrait être 50 à 100 x plus élevée que ce dont on parle actuellement.

[Tawahi-Kiwi]

Je ne comprends pas le sens de ton raisonnement. Tout ce que je voulais souligner, c'est qu'avec 1 ou 2 % de cas séquencés on arrive à la conclusion erronée que le variant omicron est encore peu présent sur le territoire Français, alors que l'estimation réelle devrait être 50 à 100 x plus élevée que ce dont on parle actuellement.

Il y a un outil mathématique que l'on appelle statistiques & probabilités. Il n'est pas nécessaire de sequencer tout les cas existants pour aboutir a une conclusion pour une population de taille considérable. Plus le nombre de cas sequencés est élevé, plus l'erreur est faible sur la population totale d'infectés, mais cela n'empeche pas d'aboutir a une conclusion avec des erreurs plus importantes si on ne sequence que 1 ou 2% de la population totale (en prenant en compte un échantillonage représentatif évidemment).

Pour aboutir a ta conclusion (que le variant omicron serait tres présent), il faut alors demontrer pourquoi les 1-2% de cas séquencés n'ont donné que quelques % d'omicron et que ce n'est pas représentatif (du tout) de la population.

Tout comme ta citation de Trump; si la positivité des tests (pris au hasard) est tres élevée, c'est un signe que le nombre de cas réels est également tres élevé (moyennant a nouveau une prise en compte de l'échantillonage).

T-K

[papy-alain]

Ce que tu dis est vrai en valeur relative, mais pas en valeur absolue. 170 cas détectés avec 1% de PCR+ testés, ça donne 17.000 cas en valeur absolue. Se servir du chiffre de 170 pour prétendre que le variant circule encore très peu, c'est très bizarre (pour rester poli).

[yves95210]

Il y a un outil mathématique que l'on appelle statistiques & probabilités. Il n'est pas nécessaire de sequencer tout les cas existants pour aboutir a une conclusion pour une population de taille considérable. Plus le nombre de cas sequencés est élevé, plus l'erreur est faible sur la population totale d'infectés, mais cela n'empeche pas d'aboutir a une conclusion avec des erreurs plus importantes si on ne sequence que 1 ou 2% de la population totale (en prenant en compte un échantillonage représentatif évidemment).

Pour aboutir a ta conclusion (que le variant omicron serait tres présent), il faut alors demontrer pourquoi les 1-2% de cas séquencés n'ont donné que quelques % d'omicron et que ce n'est pas représentatif (du tout) de la population.

Je ne sais pas comment est fait l'échantillonnage et si (compte-tenu de la capacité de séquençage limitée) sa vocation est d'être représentatif ou plutôt, lors de l'émergence d'un nouveau variant, de se focaliser sur la détection (ou confirmation) de sa présence dans le but de circonscrire les clusters. Autrement dit, de séquencer essentiellement les cas dont le PCR de criblage donne un résultat suspect (absence des mutations recherchées pour identifier les autres variants). Dans ce cas, le % d'omicron dans les cas séquencés surestimerait sa prévalence.

En fait il me semble que les deux méthodes sont appliquées en France, la première pour les "enquêtes flash" hebdomadaires, dont les résultats ne sont connus que plusieurs semaines plus tard, la deuxième pour le tout-venant des séquences analysées, dont les résultats remontent au fil de l'eau (mais avec quand-même un délai de plusieurs jours).
Comme la DGS a demandé qu'un PCR de criblage négatif aux trois mutations actuellement recherchées (donc considéré comme un «cas possible» de variant omicron) «fasse l’objet sans délai d’un séquençage interventionnel, seul à même d’apporter une confirmation diagnostique», il est probable que ça mobilise l'essentiel des capacités de séquençage et que les résultats remontés quotidiennement ne soient pas exploitables pour estimer la part de l'omicron dans l'ensemble des nouveaux cas.
Pour cela il faudra donc attendre que tombent les résultats de l'enquête flash sur les prélèvements réalisés cette semaine. Sans-doute début janvier : dans le point épidémiologique du 16/12 les résultats d'enquêtes flash les plus récents (et "non consolidés") concernent des prélèvements effectués jusqu'au 29 novembre.
D'ailleurs, si on s'en tient aux résultats de séquençage communiqués quotidiennement et qu'on en est à 300 séquences d'omicron par jour sur environ 10000 séquences analysées par semaines, la part de l'omicron serait plutôt de 20%...

D'autre part le nombre de séquences annoncé au fil de l'eau est présenté par date de communication du résultat, et non par date de prélèvement. Quand on parle de 300 cas d'omicron confirmés par séquençage hier, ça veut en fait dire 300 cas d'omicron parmi des PCR+ sur prélèvements effectués vers le 9/12 (le temps d'avoir les résultats des PCR de criblage, d'envoyer les prélèvements à des labo spécialisés, d'effectuer le séquençage et de centraliser les résultats).
En considérant que la progression de l'omicron pourrait se faire au rythme d'un doublement tous les 5 jours, ça donnerait environ 1000 cas aujourd'hui. Qu'il faut multiplier au moins par 3 pour tenir compte du taux de dépistage (on doit toujours détecter environ la moitié des cas parmi les non-vaccinés, mais beaucoup moins parmi les vaccinés, qui ont moins de raison de se faire tester spontanément et qui sont plus souvent asymptomatiques). De plus il est probable qu'il y ait nettement plus d'individus infectés par l'omicron parmi les 75% de vaccinés que parmi les 25% de non-vaccinés, augmentant encore ce facteur.

Le nombre réel de cas d'omicron est donc probablement déjà supérieur à 3000 par jour, même en supposant que le séquençage est effectué de manière exhaustive sur l'ensemble des prélèvements considérés comme "cas possibles". S'il continue de progresser de manière exponentielle avec un doublement tous les 5 jours, on en sera à 200000 par jour mi-janvier, probablement à peu près autant que de cas de delta (dont le nombre est actuellement d'environ 50000 cas confirmés par jour, correspondant à au moins 150000 cas réels, mais semble tendre vers un plateau).

[Tawahi-Kiwi]

Ce que tu dis est vrai en valeur relative, mais pas en valeur absolue. 170 cas détectés avec 1% de PCR+ testés, ça donne 17.000 cas en valeur absolue. Se servir du chiffre de 170 pour prétendre que le variant circule encore très peu, c'est très bizarre (pour rester poli).

En valeur absolue, 170 est une valeur tres elevee ou j'habite (notre pic tout variant confondu etait 450/jour il y a 2 mois); donc meme l'absolu est relatif .
Avec vos 50000-60000 / jour, meme 17000 (pas par jour) c'est qu'il n'a pas encore pris l'ampleur qu'il a pris ailleurs. Apres, la terminologie exacte utilisee pour exprimer ces chiffres par ecrit, ca va evidemment dependre du contexte.

Je ne sais pas comment est fait l'échantillonnage et si (compte-tenu de la capacité de séquençage limitée) sa vocation est d'être représentatif ou plutôt, lors de l'émergence d'un nouveau variant, de se focaliser sur la détection (ou confirmation) de sa présence dans le but de circonscrire les clusters. Autrement dit, de séquencer essentiellement les cas dont le PCR de criblage donne un résultat suspect (absence des mutations recherchées pour identifier les autres variants). Dans ce cas, le % d'omicron dans les cas séquencés surestimerait sa prévalence.

Je suppose que ce genre de chose est pris en compte par les epidiemologistes. Ce serait bete de savoir que l'echantillonage n'est pas representatif, mais de faire quand meme comme si

T-K

[yves95210]

Je suppose que ce genre de chose est pris en compte par les epidiemologistes. Ce serait bete de savoir que l'echantillonage n'est pas representatif, mais de faire quand meme comme si

Bien sûr, et c'est le rôle des enquêtes flash. Avec l'inconvénient qu'elles reflètent la situation d'il y a 2 à 3 semaines, et que ce n'est qu'au bout de plusieurs cycles hebdomadaires qu'on peut avoir une idée du taux de croissance de la part d'un nouveau variant (lors de son émergence, avec quelques cas détectés par semaine, l'incertitude sur ce taux est trop importante).
Autrement dit, peut-être que début janvier elles permettront de mesurer la croissance de la part de l'omicron dans la première quinzaine de décembre. Cela intéresse certainement les épidémiologistes pour leurs études rétrospectives, mais c'est loin de donner une idée de la situation en temps réel.

Et d'un autre côté, c'est choquant d'entendre le ministre se féliciter du fait qu'on n'ait détecté que 200 et quelques cas d'omicron en France en présentant ça comme un succès résultant de «notre stratégie d’isolement, de traçage, de séquençage et de criblage», alors qu'en réalité il devait y avoir 15 à 20 fois plus de gens infectés par l'omicron à la date où il faisait cette déclaration...
Remarque, c'est le même ministre que j'ai vu incapable d'expliquer hier soir sur un plateau télé (France 5) pourquoi l'infox qui circule abondamment sur les réseaux sociaux, selon laquelle les vaccinés (et encore plus les "triplement vaccinés") ont un risque d'infection par l'omicron supérieur aux non-vaccinés, est totalement bidon (une fois de plus c'est un bête problème de dénominateur).

[Archi3]

j'ai coutume de dire que l'esprit scientifique commence avec la règle de trois, mais même déjà ça, c'est difficile à maîtriser

[yves95210]

Le ministère de la santé sud-africain a communiqué des données segmentées par âge sur la mortalité des patients hospitalisés suite à une infection par le variant omicron, comparée à celle des vagues précédentes (2e vague: variant beta prédominant, 3e vague: variant delta prédominant) :


(source)

Vous en trouverez un résumé et une analyse prudente dans ce fil twitter.

Fait important, ils ont précisé que la grande majorité des cas hospitalisés n'étaient pas vaccinés. Mais l'Afrique du Sud a un taux élevé de séroprévalence, >70% selon certaines études. Donc, dans le pire des cas, toutes les personnes hospitalisées étaient soit vaccinées, soit non vaccinées mais déjà infectées.

Donc, attention à ne pas surinterpréter ces résultats : ils n'apportent pas de preuve d'une moindre létalité de l'omicron chez les individus "naïfs" (non vaccinés et n'ayant jamais rencontré le virus).
Il faut d'ailleurs remarquer que durant la vague de delta (pourtant réputé plus virulent que le beta), la létalité avait déjà commencé à baisser. Cette baisse peut s'expliquer par le fait que la moitié de la population sud-africaine avait probablement déjà été infectée avant le début de cette vague : l'excès de mortalité, cumulé depuis début 2020, dépassait déjà 0,2% de la population alors que, vu la jeunesse de la population sud-africaine, l'IFR du Covid doit y être plus faible qu'en Europe. Une partie des infections constatées durant la vague de delta étaient donc probablement des réinfections, en général moins grave.

Suite à la vague de delta, l'excès de mortalité cumulé atteint presque 0,4%, suggérant que la quasi-totalité de la population a déjà été infectée.

Il est donc probable que les chiffres de létalité actuels reflètent essentiellement la gravité des cas de réinfection par le variant omicron.