variant sud africain / omicron

[Archi3]

Le ministère de la santé sud-africain a communiqué des données segmentées par âge sur la mortalité des patients hospitalisés suite à une infection par le variant omicron, comparée à celle des vagues précédentes (2e vague: variant beta prédominant, 3e vague: variant delta prédominant) :

Pièce jointe 451195
(source)

Vous en trouverez un résumé et une analyse prudente dans ce fil twitter.


Donc, attention à ne pas surinterpréter ces résultats : ils n'apportent pas de preuve d'une moindre létalité de l'omicron chez les individus "naïfs" (non vaccinés et n'ayant jamais rencontré le virus).
Il faut d'ailleurs remarquer que durant la vague de delta (pourtant réputé plus virulent que le beta), la létalité avait déjà commencé à baisser. Cette baisse peut s'expliquer par le fait que la moitié de la population sud-africaine avait probablement déjà été infectée avant le début de cette vague : l'excès de mortalité, cumulé depuis début 2020, dépassait déjà 0,2% de la population alors que, vu la jeunesse de la population sud-africaine, l'IFR du Covid doit y être plus faible qu'en Europe. Une partie des infections constatées durant la vague de delta étaient donc probablement des réinfections, en général moins grave.

Suite à la vague de delta, l'excès de mortalité cumulé atteint presque 0,4%, suggérant que la quasi-totalité de la population a déjà été infectée.

Il est donc probable que les chiffres de létalité actuels reflètent essentiellement la gravité des cas de réinfection par le variant omicron.

oui surement mais comme j'avais déjà dit c'était aussi probablement le cas à la fin de la vague delta, alors que la létalité des cas résiduels restait importante. On peut considérer que pendant les dernières semaines où l'omicron a fait son apparition, la proportion d'immunisés n'a pas beaucoup changée, et donc qu'on mesure bien un rapport de létalité omicron/delta "toutes choses (presque) égales par ailleurs". Le plus gênant est en fait la croissance exponentielle rapide qui fait que la létalité apparente est très sensible au délai choisi pour comparer décès et cas positifs.

Le CFR reste toujours très bas ... : https://ourworldindata.org/explorers...e&country=~ZAF
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[yves95210]

oui surement mais comme j'avais déjà dit c'était aussi probablement le cas à la fin de la vague delta, alors que la létalité des cas résiduels restait importante. On peut considérer que pendant les dernières semaines où l'omicron a fait son apparition, la proportion d'immunisés n'a pas beaucoup changée, et donc qu'on mesure bien un rapport de létalité omicron/delta "toutes choses (presque) égales par ailleurs".

Sauf que le tableau ci-dessus concerne les 25 premiers jours de chaque vague. Donc pas la fin de la vague delta, qui a duré 3 mois en Afrique du Sud.
Dans ces 25 premiers jours, le pourcentage d'immunisés était encore loin de ce qu'il est aujourd'hui.
D'autre part, même sur la fin de la vague delta, les réinfections devaient concerner presque uniquement des personnes infectées durant les vagues précédentes, parce qu'après une infection récente (<2 mois), qui plus est par le même variant, les cas de réinfection doivent être très rares.
On peut donc estimer que la vague delta a dans son ensemble concerné une population immunisée à 50-60% (avec un variant moins apte à contourner l'immunité), alors que le début de la vague omicron touche une population immunisée à ~90% (mais avec un variant plus apte à contourner l'immunité).
Même si intrinsèquement (dans une population naïve) la létalité des deux variants est identique, ça suffit à expliquer une division par 2 ou 3 de la mortalité constatée.

[Archi3]

Sauf que le tableau ci-dessus concerne les 25 premiers jours de chaque vague. Donc pas la fin de la vague delta, qui a duré 3 mois en Afrique du Sud.
Dans ces 25 premiers jours, le pourcentage d'immunisés était encore loin de ce qu'il est aujourd'hui.

oui c'était le sens de ma remarque, en comparant les débuts des vagues, on mélange deux facteurs, l'immunité variable et la létalité intrinsèque, il est difficile d'interpréter les différences. Alors qu'en comparant la létalité juste avant et après l'omicron, l'immunité globale ne change pas vraiment.

D'autre part, même sur la fin de la vague delta, les réinfections devaient concerner presque uniquement des personnes infectées durant les vagues précédentes, parce qu'après une infection récente (<2 mois), qui plus est par le même variant, les cas de réinfection doivent être très rares.
On peut donc estimer que la vague delta a dans son ensemble concerné une population immunisée à 50-60% (avec un variant moins apte à contourner l'immunité), alors que le début de la vague omicron touche une population immunisée à ~90% (mais avec un variant plus apte à contourner l'immunité).
Même si intrinsèquement (dans une population naïve) la létalité des deux variants est identique, ça suffit à expliquer une division par 2 ou 3 de la mortalité constatée.

mais sur le CFR ce n'est pas un facteur 2 ou 3, c'est un facteur de l'ordre de 30 de moins !

[yves95210]

Salut,

Selon le rapport que l'Imperial College London a publié hier,

Le nouveau rapport (rapport 49) de l'équipe d'intervention COVID-19 de l'Imperial College London estime que le risque de réinfection par le variant Omicron est 5,4 fois supérieur à celui du variant Delta. Cela implique que la protection qu'une infection antérieure procure contre une réinfection par le variant Omicron pourrait n'être que de 19 %.
(...)
Tout d'abord, le rapport examine les facteurs associés aux tests positifs pour Omicron par rapport aux cas non Omicron (principalement Delta). Les résultats suggèrent que la proportion d'Omicron parmi tous les cas de COVID doublait tous les 2 jours jusqu'au 11 décembre, estimée à partir des données sur l'échec du ciblage du gène S et sur le génotype. Sur la base de ces résultats, le taux de reproduction (R) d'Omicron est estimé supérieur à 3 sur la période étudiée.
(...)
L'étude ne trouve aucune preuve qu'Omicron soit moins grave que Delta, si l'on en juge par la proportion de personnes testées positives qui signalent des symptômes, ou par la proportion de cas qui demandent des soins hospitaliers après l'infection. Cependant, les données sur les hospitalisations restent très limitées à l'heure actuelle.

[yves95210]

oui c'était le sens de ma remarque, en comparant les débuts des vagues, on mélange deux facteurs, l'immunité variable et la létalité intrinsèque, il est difficile d'interpréter les différences. Alors qu'en comparant la létalité juste avant et après l'omicron, l'immunité globale ne change pas vraiment.

mais sur le CFR ce n'est pas un facteur 2 ou 3, c'est un facteur de l'ordre de 30 de moins !

Il y a un autre facteur de confusion :

And caveat on the South African data: the analysis only uses complete cases but given that not all hospitalised cases in the Omicron wave are resolved yet (discharged or deceased) both the case fatality rate and mean hospitalisation duration are underestimated for Omicron wave.

Son impact est d'autant plus important qu'il s'agit des données des premières semaines de la vague, alors que la plupart des patients hospitalisés ont été admis récemment et seuls ceux les moins sévèrement atteints ont déjà quitté l'hôpital.

[yves95210]

Une nouvelle étude, pas encore publiée mais dont le pdf est mis en ligne par les auteurs.

En voici un résumé par l'un des auteurs (traduit automatiquement par Deepl + quelques corrections. Pour les graphiques, suivre le lien vers le fil en anglais):

(...) Les résultats sont les suivants :

1. La protéine Spike d'Omicron assure une entrée déficiente dans la cellule et est clivée de manière inefficace par rapport à la Spike de Delta. Nous avons testé l'entrée virale médiée par les spikes du Wild Type, de Delta et Omicron en utilisant un système de virus pseudotypés, infectant des organoïdes alvéolaires pulmonaires primaires en 3D.

2. La protéine Omicron Spike induit une fusion cellule-cellule relativement faible par rapport à WT et Delta. Nous avons exprimé spike dans des cellules exprimant de manière stable la GFP divisée, de sorte que le signal vert puisse être mesuré dans le temps lors de la fusion cellule-cellule et de la formation de syncitia. La différence est significative.

3. Que signifie tout cela ? L'infection efficace des cellules pulmonaires pourrait être corrélée à la gravité de la maladie pulmonaire. Des cellules syncitiales ou fusionnées sont souvent observées dans les tissus respiratoires prélevés après une maladie grave. Delta a été très performant dans les deux cas, contrairement à Omicron. Des travaux supplémentaires sont nécessaires.

4. Nous avons également testé la capacité des anticorps des personnes vaccinées à neutraliser Omicron contre Delta. Nous avons constaté qu'Omicron était mal neutralisé après deux doses de vaccin à ARNm ou à vecteur ad, par rapport à Delta, mais que la troisième dose (vaccin à ARNm) permettait d'y remédier à un stade précoce.

5. En résumé, ces travaux suggèrent qu'Omicron semble être devenu plus imperméable au système immunitaire, mais que les propriétés associées à la progression de la maladie *pourraient* être atténuées dans une certaine mesure. La croissance significative d'Omicron représente néanmoins un défi majeur pour la santé publique.

Ces résultats semblent aller dans le même sens que ceux d'autre études déjà mentionnées ici.

[Archi3]

Il y a un autre facteur de confusion :


Son impact est d'autant plus important qu'il s'agit des données des premières semaines de la vague, alors que la plupart des patients hospitalisés ont été admis récemment et seuls ceux les moins sévèrement atteints ont déjà quitté l'hôpital.

oui je ne prends pas le CFR comme une valeur fiable de la létalité réelle, et je ne nie pas la possibilité (et même la quasi-certitude ) de facteurs de confusion qui peuvent sous estimer la létalité du virus. Simplement un facteur 30 de départ, c'est pas facile à remonter avec ce genre de facteurs, donc on peut quand même envisager que même après correction, la létalité reste inférieure, et un facteur 2 ou 3 serait déjà un gros soulagement pour les services de réa.

[yves95210]

oui je ne prends pas le CFR comme une valeur fiable de la létalité réelle, et je ne nie pas la possibilité (et même la quasi-certitude ) de facteurs de confusion qui peuvent sous estimer la létalité du virus. Simplement un facteur 30 de départ, c'est pas facile à remonter avec ce genre de facteurs, donc on peut quand même envisager que même après correction, la létalité reste inférieure, et un facteur 2 ou 3 serait déjà un gros soulagement pour les services de réa.

Je suis d'accord. Mais pour le moment les épidémiologistes sud-africain parlent prudemment d'une réduction de 25 ou 30%, pas d'un facteur 2 ou 3. Donc pas de quoi diminuer spectaculairement la gravité moyenne de la maladie chez des personnes non immunisées. Or parmi les adultes en France il en reste 5 millions, dont 1,5 million de vulnérables.

[yves95210]

Le nombre quotidien de cas confirmés a cessé d'augmenter en Afrique du Sud (et dans la première province touchée par la vague d'omicron, le Gauteng il semble même avoir commencé à baisser).


On peut estimer à partir de la surmortalité depuis le début de la pandémie en Afrique du Sud que seulement une infection sur 20 a donné lieu à un test. Au vu de l'évolution actuelle du nombre de tests par jour (qui augmente moins vite que le nombre de résultats positifs) et du taux de positivité (qui atteint 30%), ce rapport a encore dû baisser depuis le début de la vague d'omicron.

Le nombre cumulé de cas confirmés par million d'habitants a augmenté de 10000 depuis le 22/11, soit 1%, correspondant donc à 20 à 30% d'infectés dans la population (ou plutôt de réinfectés, car 90% des Sud-Africains ont probablement été infectés durant les vagues précédentes, ce qui explique au moins en la très faible proportion de cas graves).
Il semble donc que ces 20 à 30%, maintenant immunisés contre l'omicron, s'ajoutant à 90% du reste de la population immunisés suite à une infection par un variant antérieur et faiblement protégés contre l'infection par l'omicron (à ~20% selon la première étude sur le sujet), suffisent à approcher le seuil effectif d'immunité collective (effectif car dépendant du contexte).
Celui-ci se situerait donc entre 34 et 43%, correspondant à un R compris entre 1,5 et 1,8 dans une population naïve et dans le contexte sud-africain actuel, où peu de restrictions sont en vigueur (le niveau d'alerte, descendu à 1 sur une échelle de 4 fin septembre, n'a pas été relevé depuis) mais où compte-tenu de l'impact des vagues précédentes le comportement de la population reste sans-doute assez prudent. Cette prudence ne suffit certainement pas à expliquer une division de la transmission par 3 ou 4 par rapport à un Ro supposé au moins égal à celui du variant delta, mais pourrait suffire à réduire R de 40 à 50%. C'est compatible avec un Ro d'environ 3.

Cette estimation de Ro peut paraître surprenante vu la rapidité de propagation de l'omicron, par exemple au R-U où on parle d'un doublement tous les 2 jours.
Mais elle suppose que les intervalles de génération des épidémies causées par les deux variants sont identiques. On a déjà évoqué dans une discussion ici l'impact qu'aurait un intervalle de génération plus court que celui du variant précédent. Je ne suis apparemment pas le seul à y penser.

[Nicophil]

On peut estimer à partir de la surmortalité depuis le début de la pandémie en Afrique du Sud

Quel y est l'IFR ?

[yves95210]

Autre chose : au R-U., où le variant omicron est en train de devenir prédominant (il l'est déjà à Londres), et où le taux de reproduction Reff est donc en train de se rapprocher de celui du seul omicron, Reff dépasse à peine 1,4 (calculé d'après l'évolution du nombre de cas, correspondant à des contaminations plusieurs jours auparavant, et en supposant un intervalle intergénération identique à celui des variants antérieurs), malgré le peu de restrictions en vigueur. Et l'augmentation de Reff a commencé à ralentir, faisant penser que pour l'omicron seul Reff(omicron) vaudrait au maximum 2.

La population britannique est vaccinée à moins de 70% (mais plus de 80% des >12 ans) mais 45% des >12 ans ont déjà reçu leur rappel (33% au 1/12). D'autre part on estime que 50% des Britanniques ont déjà été infectés. En comptant que l'immunité contre l'infection par l'omicron tombe à ~20% dans la population vaccinée ou déjà infectée, mais remonte à ~70% dans la population ayant reçu un rappel de vaccin à ARNm, sur l'ensemble de la population, l'immunité contre l'infection par l'omicron serait d'environ 33%. Inversement, les 2/3 de la population sont susceptibles d'être infectés.
Sans cette immunité, Reff(omicron) vaudrait environ 3 dans le contexte britannique actuel.

Dans le même contexte, durant le mois précédent Reff(delta) était stable entre 1 et 1,1. Mais le variant delta ne bénéficiait pas de la même capacité à contourner l'immunité. Avec une immunité contre l'infection par le delta estimée à 50% dans la population vaccinée (et jamais infectée) ou infectée par un variant antérieur, mais à 100% dans celle infectée par le delta (environ 30% de l'ensemble) et à 80-90% dans celle ayant reçu le rappel (20% mi-novembre, a priori pas les mêmes que ceux infectés dans les mois précédents), sur l'ensemble de la population l'immunité contre l'infection par le delta était supérieure à 70%.
Sans cette immunité mais dans les mêmes conditions, en novembre Reff(delta) se serait situé entre 3,5 et 4. Compte-tenu de la valeur de Ro(delta) estimée à environ 6, le comportement de la population avait donc un impact d'environ -35% sur le taux de reproduction.

En l'absence d'une évolution de ce comportement dans la première quinzaine de décembre (?), on peut donc estimer que Ro(omicron) vaut environ 4,6 si l'intervalle intergénération des deux variants est identique.
Il faudra probablement attendre encore une ou deux semaines pour confirmer la valeur estimée de Reff(omicron), sous réserve qu'entre-temps des mesures gouvernementales ou la période des fêtes ne viennent pas biaiser le calcul. Mais si Reff reste inférieur à 2 en l'absence de nouvelles mesures, cela confirmera que Ro(omicron) ~4,5 au R-U., plus élevé qu'en Afrique du Sud (ce ne sont ni les mêmes climats, surtout durant l'hiver de l'hémisphère nord, ni les mêmes comportements), mais nettement plus faible que Ro(delta) au R-U.

Dans les deux cas l'avantage de transmission de l'omicron par rapport au delta semble donc dû uniquement à sa capacité à contourner l'immunité acquise, et pas à une plus grande transmissibilité (un Ro plus élevé). Au contraire son Ro est probablement plus faible.

Si de plus on assiste dans les prochaines semaines au R-U au même phénomène qu'en Afrique du Sud, où le pic du nombre de cas semble déjà atteint, cela indiquera qu'en fait Ro(omicron) est encore plus faible que la valeur estimée ci-dessus (permettant d'atteindre plus tôt le seuil effectif d'immunité collective), et que c'est plutôt son intervalle intergénération qui est plus court que celui de delta.

[yves95210]

Quel y est l'IFR ?

Je l'avais vu estimé à ~0,35%. C'est plausible compte-tenu de la jeunesse de la population, même si elle n'est pas particulièrement en bonne santé.
Et la surmortalité cumulée depuis début 2020 approche les 0,4% (bien plus que le nombre de décès attribués au Covid sur la base des tests).

[Archi3]

attention quand meme Yves tes estimations se font toujours avec des hypothèses très simplistes, une population homogène avec un Reff identique pour tout le monde. En cas d'hétérogénéité ( dans les modes de contaminations, dans les taux de vaccination etc ...), le Reff observé au début sera celui de la population qui se contamine le plus, mais il saturera vite sur la sous-population en question, du coup ça ne correspondra pas au seuil de saturation homogène.

[yves95210]

attention quand meme Yves tes estimations se font toujours avec des hypothèses très simplistes, une population homogène avec un Reff identique pour tout le monde. En cas d'hétérogénéité ( dans les modes de contaminations, dans les taux de vaccination etc ...), le Reff observé au début sera celui de la population qui se contamine le plus, mais il saturera vite sur la sous-population en question, du coup ça ne correspondra pas au seuil de saturation homogène.

Oui, bien sûr. Mais compte-tenu du nombre de cas en Afrique du Sud et maintenant au R-U. (où le nombre d'hospitalisations a aussi commencé à augmenter), ça doit commencer à être homogène.
Et de toute façon, ce biais conduirait plutôt à surestimer Reff au début de l'épidémie, et ça irait encore plus dans le sens de ce que je cherche à démontrer, i.e. Ro(omicron) < Ro(delta).

[Mickey-l.ange]

Bonjour,

L'épidémiologiste Mahmoud Zureik pas très optimiste :

Covid : paralysie du pays, restrictions dans l'urgence, le scénario catastrophe d'un épidémiologiste pour janvier
https://www.midilibre.fr/2021/12/20/...r-10002707.php
Nous allons probablement connaître des niveaux de contamination jamais atteints
https://www.lejdd.fr/Societe/Sante/m...teints-4083402

[yves95210]

L'épidémiologiste Mahmoud Zureik pas très optimiste :

Nous allons probablement connaître des niveaux de contamination jamais atteints

C'est une certitude. D'autant plus que c'est probablement déjà le cas avec le variant delta, sauf qu'on ne s'en rend pas compte parce qu'une bonne partie des contaminés sont des vaccinés, qui ont en général pas ou peu de symptômes et n'ont guère de raison de se faire tester (et qui, proportionnellement à leur nombre, sont 8 à 10 fois moins hospitalisés que les non-vaccinés). Au lieu d'être représentatif de la moitié des infections comme il l'était dans les périodes où on testait le plus, le nombre de cas confirmés est sans-doute représentatif d'un tiers ou un quart des infections.
Et dans un premier temps les infections causées par l'omicron vont s'ajouter à celles causées par le delta, pas les remplacer.

Mais au vu de ce qui se passe en Afrique du Sud, où le pic de la vague d'omicron semble déjà atteint (après que l'omicron ait probablement infecté, ou plutôt réinfecté, au moins 20% de la population en un mois et demi sans pour autant que les hôpitaux débordent), la catastrophe n'est pas garantie...
Les vaccins continuent d'être efficaces contre le risque de Covid grave, et mieux, l'immunité reboostée par le rappel est plus efficace contre l'infection par l'omicron que l'immunité acquise suite à une infection par un variant antérieur. Or celle-ci a pourtant l'air de suffire à aplanir la vague d'omicron en Afrique du Sud et à éviter qu'elle envoie trop de monde à l'hôpital.

En France, avec environ 85% de la population immunisés soit par la vaccination, soit suite à une infection, soit les deux (et parmi les 15% restant, il y a les moins de 12 ans qui n'ont qu'un risque infime de faire un Covid grave), et déjà plus de 30% des adultes ayant reçu le rappel (et parmi eux surtout des plus de 65 ans qui sont donc mieux protégés), on n'est pas forcément plus mal lotis que les Sud-Africains.
Si ce n'est qu'au moment où l'omicron a émergé en Afrique du Sud, la vague de delta était terminée et l'incidence du virus était au plus bas depuis le début de la pandémie. Alors qu'en France on part au contraire de l'incidence probablement la plus élevée qu'on ait connue.

[yves95210]

Bonjour,

L'étude dont j'avais posté il y a quelques jours le résumé fait sur twitter par l'un des auteurs a été prépubliée sur biorxiv. Voici un extrait de son abstract :

Malgré trois mutations prédites pour favoriser le clivage S1/S2 de la Spike, l'efficacité du clivage observée est inférieure à celle des types Wuhan-1 D614G et Delta. Nous démontrons une infectivité significativement plus faible des organoïdes pulmonaires et des cellules pulmonaires Calu-3 exprimant des niveaux endogènes d'ACE2 et de TMPRSS2, mais une infection similaire à celle de Delta en utilisant des cellules épithéliales pulmonaires H1299. Il est important de noter que le pouvoir fusogène de la pointe d'Omicron est altéré, ce qui entraîne une réduction marquée de la formation de syncitia. Ces observations indiquent qu'Omicron a acquis des propriétés d'évasion immunitaire tout en modulant éventuellement les propriétés associées à la réplication et à la pathogénicité.

Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)

Et voici ce qu'en dit le prof. François Balloux :

Ce que cela signifie en termes simples : la capacité d'Omicron à contourner (en partie) la reconnaissance immunitaire de son hôte a probablement eu un coût en termes de capacité de réplication et de pathogénicité.
En fait, il s'agit du "scénario très chanceux" auquel j'ai réfléchi dans le fil de discussion que j'ai écrit le mois dernier...

Si nous avons vraiment de la chance, non seulement l'omicron se réplique moins bien dans les cellules de l'hôte, mais il provoque également des infections moins systémiques en se répliquant préférentiellement dans les cellules de la muqueuse des voies respiratoires supérieures, qui sont mal protégées par l'immunité induite par les vaccins.

Première bonne nouvelle. Mais la suite est intéressante aussi :

Tout cela est peut-être logique, mais alors comment le variant Omicron parvient-il encore à se propager si efficacement ? La réponse à cette question réside probablement dans son intervalle intergénérationnel plus court (c'est-à-dire moins de temps entre les transmissions successives par la même lignée).

Un graphique très simple du nombre d'infections attendues sur un mois pour une souche avec un R=3 et un intervalle entre générations de 5 jours (bleu) ; une avec un R=6 (rouge), et une avec un R=3, mais un intervalle entre générations de 2,5 jours (gris). (source)

Ce petit exemple a pour but d'illustrer le fait qu'un "temps d'incubation" plus court (c'est-à-dire la capacité de transmettre plus tôt dans une infection) peut être un facteur plus important des changements quotidiens du nombre de cas que R (le nombre moyen de nouvelles infections causées par chaque hôte infecté).
Certains signes précurseurs suggèrent également que la vague Omicron au Royaume-Uni pourrait suivre une dynamique similaire à celle observée précédemment en Afrique du Sud, le nombre d'infections quotidiennes étant peut-être en train d'atteindre un pic à Londres.

C'est en moins de mots ce que j'essayais d'expliquer à partir des données sud-africaines.

Si c'est un intervalle intergénérationnel plus court et non un R₀ plus élevé qui explique la rapidité de l'augmentation de l'incidence d'Omicron, c'est une bonne nouvelle : le taux d'immunité permettant de ramener R_eff en-dessous de 1 est deux fois plus faible si R₀=3 (comme peut-être pour Omicron) que si Ro=6 (comme pour Delta).

Or R₀~3 avec un intervalle intergénérationnel d'environ 3 jours (au lieu de ~5) conduit à un doublement du nombre de cas tous les 2 jours et suffirait donc à expliquer les croissances de l'incidence d'Omicron observées en Afrique du Sud, plus récemment à Londres et depuis une semaine à Paris.

Bref, l'émergence d'Omicron n'est peut-être pas la catastrophe annoncée par certains.

[Archi3]

Si c'est un intervalle intergénérationnel plus court et non un R₀ plus élevé qui explique la rapidité de l'augmentation de l'incidence d'Omicron, c'est une bonne nouvelle : le taux d'immunité permettant de ramener R_eff en-dessous de 1 est deux fois plus faible si R₀=3 (comme peut-être pour Omicron) que si Ro=6 (comme pour Delta).

Or R₀~3 avec un intervalle intergénérationnel d'environ 3 jours (au lieu de ~5) conduit à un doublement du nombre de cas tous les 2 jours et suffirait donc à expliquer les croissances de l'incidence d'Omicron observées en Afrique du Sud, plus récemment à Londres et depuis une semaine à Paris.

Bref, l'émergence d'Omicron n'est peut-être pas la catastrophe annoncée par certains.

il faut aussi que le temps pendant lequel on est contagieux soit plus faible, mais c'est possible ...
Je reste aussi prudent sur la "catastrophe" annoncée, le critère étant essentiellement le remplissage des services de réanimations, une moindre létalité est effectivement une bonne nouvelle (comme dit ma soeur médecin, le "covid du nez", c'est pas grave ...)

[yves95210]

Encore une bonne nouvelle :

Voici l'analyse d'une "expérience grandeur nature" permettant d'estimer la réduction du risque d'hospitalisation suite à une infection par omicron par rapport à une infection par delta dans une population largement vaccinée (mais dont seulement une petite minorité a déjà reçu un rappel).

L'auteur se base sur les données de l'Etat australien de Nouvelle-Galles du Sud (New South Wales ou NSW), dont 94% des adultes sont vaccinés mais très peu (<3%) avaient déjà été infectés. Il en conclut que le "CHR" (case hospitalisation rate) de l'omicron est deux fois plus faible que celui du delta. Attention : à plusieurs reprises dans le fil il parle de CFR au lieu de CHR. Mais c'est bien du CHR qu'il s'agit.

Son analyse est détaillée (le fil est long, avec pas mal de graphiques) et le résultat semble fiable compte-tenu des caractéristiques particulières de cette population, qui permettent d'éviter les biais dus en particulier à la méconnaissance du statut immunitaire des patients (dans d'autres pays beaucoup d'entre eux peuvent avoir déjà été infectés) ou au fait que la part de chaque variant dans les infections est mal connue (en NSW, l'incidence du delta était parfaitement stable depuis un mois, et n'a pas de raison d'avoir évolué durant le début de la vague d'omicron).
Evidemment il ne s'agit pas d'une étude "peer reviewed". Mais elle s'appuie sur des données publiques et la méthode est expliquée dans le détail ainsi que ses limitations. Donc c'est vérifiable (avec un peu de courage) par tout un chacun.

En résumé : malgré l'efficacité réduite des vaccins (en l'absence de rappel) contre l'infection par l'omicron, celle-ci cause deux fois moins de cas graves chez les personnes vaccinées que l'infection par le delta.

[polo974]

Bonjour et merci pour le lien.
Quelquepart il dit que le omicron se situe entre 60 et 90%. Donc en gros et en revenant 5 jours en arrière, on peut estimer à 75%, soit 25% de delta, soit 1.5 à 2% des hospi encore dues au delta, ce qui réduit encore (optimisme ON) la dangerosité du omicron...

(C'est le moment de croire au père Noël )

[yves95210]

Salut,

Si c'est un intervalle intergénérationnel plus court et non un R₀ plus élevé qui explique la rapidité de l'augmentation de l'incidence d'Omicron, c'est une bonne nouvelle : le taux d'immunité permettant de ramener R_eff en-dessous de 1 est deux fois plus faible si R₀=3 (comme peut-être pour Omicron) que si Ro=6 (comme pour Delta).

Là j'ai dit une bêtise. Le seuil n'est évidemment pas deux fois plus faible, mais ~67% au lieu de ~83%.
Ou dit autrement : si Ro=3, Reff=1 pour une proportion de la population susceptible d'être infectée double de celle nécessaire dans le cas Ro=6. C'est ce facteur 2 que j'avais en tête quand j'ai fait la boulette ci-dessus.

[yves95210]

Salut,

Plus près de nous que l'Afrique du Sud ou l'Australie (non seulement géographiquement mais aussi en termes de statut immunitaire de la population, avec un mix d'immunité post-infection, de vaccination et de rappel), voici les résultats d'une étude écossaise sur la sévérité de l'Omicron et sur l'efficience des vaccins contre la maladie symptomatique.

Le premier cas d'Omicron confirmé par séquençage viral a été enregistré en Écosse le 23 novembre 2021. Le 19 décembre 2021, on comptait 23 840 cas négatifs pour le gène S. Ces cas négatifs pour le gène S se situaient principalement dans la tranche d'âge 20-39 ans (11 732 ; 49,2 %). La proportion de cas négatifs pour le gène S qui étaient des réinfections possibles était plus de 10 fois supérieure à celle des cas positifs pour le gène S (7,6 % contre 0,7 %). Il y a eu 15 admissions à l'hôpital parmi les cas négatifs pour le gène S, ce qui donne un rapport observé/attendu ajusté de 0,32 (IC 95 % : 0,19, 0,52). La troisième dose/le rappel de vaccin a été associée à une réduction de 57 % (IC à 95 % : 55, 60) du risque d'infection symptomatique par le gène S négatif par rapport à la période ≥25 semaines après la deuxième dose.

La réduction spectaculaire du taux d'hospitalisation des personnes âgées s'explique par le fait que 70% des 65+ ont reçu leur rappel de vaccin (et 50% depuis au moins 2 semaines).
Cela contribue aussi à expliquer que la part de l'Omicron dans l'ensemble des infections est plus élevée parmi les jeunes adultes, comme en France où 65% des 65+ ont reçu le rappel.

[yves95210]

D'autre part, le graphique des cas quotidiens par tranche d'âge confirme que le pic de la vague d'Omicron a bien été atteint à Londres pour les 20-39 ans et se rapproche pour les 40-59 ans :

[Archi3]

Il semble quand même quand on agrège toutes ces informations qu'on soit proche de la situation épidémique d'une grippe saisonnière, où l'épidémie se propage et se régule naturellement sans que les services de soins intensifs soient totalement débordés (ils sont sous pression mais ils sont aussi sous pression lors des pics de grippe). On fait monter la pression sur les jeunes et les enfants, mais cette population ne présente aucun risque de faire déborder l'hôpital. Comme pour les grèves, il va falloir peut être à un moment sérieusement se poser des questions sur les critères selon lesquels on finira par considérer que le covid est une maladie parmi d'autres et ne justifie pas de pression particulière sur la société pour y faire face. On n'y est peut etre pas tout à fait, mais on n'en est plus très loin.

[yves95210]

Il semble quand même quand on agrège toutes ces informations qu'on soit proche de la situation épidémique d'une grippe saisonnière, où l'épidémie se propage et se régule naturellement sans que les services de soins intensifs soient totalement débordés (ils sont sous pression mais ils sont aussi sous pression lors des pics de grippe).

Il semble effectivement que l'Omicron (ou plus exactement la combinaison d'une population largement immunisée et d'un variant capable d'échapper à l'immunité mais en causant bien moins de cas graves, au moins parmi les personnes bénéficiant d'une immunité "boostée" par le rappel vaccinal) nous rapproche de cette situation.

On fait monter la pression sur les jeunes et les enfants, mais cette population ne présente aucun risque de faire déborder l'hôpital.

Une fois de plus, quoi qu'en disent les promoteurs de la vaccination des enfants en France, la vraie raison de cette pression est l'espoir que, faute d'arriver à convaincre les 5 millions d'adultes (dont plus d'1 million de vulnérables) qui refusent le vaccin et par peur d'une vague qui pourrait envoyer une centaine de milliers d'entre eux à l'hôpital en quelques semaines, la vaccination de quelques millions d'enfants, combinée à la campagne de rappel pour les adultes vaccinés, suffira à réduire suffisamment le réservoir de personnes susceptibles de propager le virus.

Sauf que, en ce qui concerne l'Omicron, la vague est déjà là et ce n'est pas la vaccination des enfants qui y changera quoi que ce soit puisqu'elle commencera à produire des effets au mieux fin janvier, alors que - sauf si le gouvernement impose de nouvelles restrictions - l'épidémie aura probablement suivi le même chemin qu'en Afrique du Sud ou au R-U., les mêmes causes produisant les mêmes effets.
Et on ne sait pas si (ou quand) l'émergence d'un nouveau variant pourrait rendre cette vaccination utile par la suite : pour qu'il devienne prédominant il faudra qu'il présente des caractéristiques similaires à l'Omicron, essentiellement une capacité à contourner l'immunité acquise.

il va falloir peut être à un moment sérieusement se poser des questions sur les critères selon lesquels on finira par considérer que le covid est une maladie parmi d'autres et ne justifie pas de pression particulière sur la société pour y faire face. On n'y est peut etre pas tout à fait, mais on n'en est plus très loin.

Peut-être que le bilan de la vague d'Omicron dans trois mois permettra de se poser enfin les bonnes questions.

Mais aujourd'hui les données (plutôt rassurantes) sont encore trop incertaines pour pouvoir annoncer une sortie de crise. En attendant, au vu des données britanniques, l'accélération de la campagne de rappel est la meilleure réponse possible, même si elle nécessite une forme de pression (une obligation vaccinale de moins en moins déguisée).
Si c'est la seule pression qu'on a à subir durant les prochains mois, ça me va... Et j'espère que les années suivantes, si comme pour la grippe un vaccin annuel s'avère nécessaire pour protéger les 30% les plus vulnérables (dont je ferai officiellement partie l'automne prochain), on n'aura plus besoin de pass vaccinal pour les convaincre, au moins tant que le souvenir des deux années de pandémie sera encore assez frais.

Je comprends les médecins hospitaliers dont la priorité est d'éviter la saturation de leurs services et qui font pression pour un durcissement des mesures.
Mais il me semble qu'après deux ans de pandémie on est (presque) tous capables de faire la part des choses et qu'un discours objectif s'appuyant sur les données préliminaires dont on dispose, sans exagérer le danger présenté par l'Omicron mais en mettant l'accent sur le rôle de la vaccination pour le réduire, suffirait à motiver la grande majorité des déjà vaccinés à se faire injecter le rappel.
Quant aux autres, en particulier les vulnérables qui refusent le vaccin, ils sont irrécupérables; à eux de se protéger du mieux qu'ils pourront pendant la vague d'Omicron (et les suivantes inévitables). A défaut elles tuera peut-être 10000 d'entre eux; comme la grippe chaque année.

[yves95210]

Salut,

Presque. Puisqu’on parle de l’engorgement des hôpitaux la croissance du nombre moyen sur 7 jours de nouvelles hospitalisations, arrêté hier soir, n’était que de 2.41 %. Autrement dit on n’est pas loin du plateau, dont on peut espérer qu’il conduira à une redescente de la courbe.

Bien entendu en disant cela je ne préjuge pas de ce que sera l’impact d’omicron, pour lequel je n’ai pas trouvé d’information numérique faible en France.

Effectivement on est en train d'atteindre un plateau à l'échelle nationale. C'est sans-doute le pic de la vague de delta, mais on ne sait pas s'il sera suivi par une redescente du nombre d'admissions à l'hôpital car la vague d'omicron a commencé.

Pour les données de dépistage des mutations, , voir ici : https://www.data.gouv.fr/fr/datasets...les-mutations/. En attendant mieux, l'indicateur le plus précoce permettant d'évaluer la part d'omicron dans les nouveaux cas est l'absence de la mutation L452R dans les PCR de criblage : le variant delta qui était quasiment hégémonique possède cette mutation, et dans les semaines précédant l'arrivée de l'omicron elle n'était absente que dans 2 à 3% des cas en France métropolitaine alors qu'elle l'est maintenant dans plus de 10% des cas.

A Paris l'omicron représentait probablement déjà plus de 35% des cas en début de semaine (graphique ci-dessous), et le nombre de cas quotidien est en forte croissance (+50% en une semaine) après un plateau de quelques jours autour du 10/12 (voir par exemple sur l'outil CovidExplorer de CovidTracker).

Mais pour le moment on ne sait pas quel sera l'impact sur les admissions à l'hôpital : d'une part c'est surtout parmi les 20-40 ans, rarement hospitalisés, que l'incidence augmente rapidement (près de 100% en une semaine), probablement parce que, en plus d'être en général plus exposés, ils sont beaucoup moins nombreux que les plus âgés à avoir déjà reçu le rappel vaccinal. D'autre part avec le décalage moyen d'environ 5 jours entre les premiers symptômes et l'éventuelle hospitalisation, même dans cette tranche d'âge l'effet ne sera visible que dans les prochains jours (pas avant le milieu de la semaine prochaine vu les problèmes de remontée des données les WE et jours fériés).

[yves95210]

Dans le graphique ci-dessus, je n'ai pas précisé que, les données de dépistage des mutations étant fournies cumulées sur 7 jours glissants (par ex. du 13 au 19 décembre pour la dernière valeur), j'ai étiqueté l'axe horizontal par la date située au milieu de ces 7 jours (le 16 décembre pour la dernière valeur).

[JPL]

Malheureusement Santé publique France n’a pas mis cette courbe à jour depuis le 19. Vu la vitesse avec laquelle le delta chute on doit être nettement plus bas aujourd’hui.

[yves95210]

Pièce jointe 451538

Malheureusement Santé publique France n’a pas mis cette courbe à jour depuis le 19. Vu la vitesse avec laquelle le delta chute on doit être nettement plus bas aujourd’hui.

C'est à jour par rapport au dernier fichier de données brutes (celui dont je me suis servi pour le graphique ci-dessus), qui a été mis à disposition hier soir et dont la dernière ligne contient les données correspondant aux prélèvements effectués du 13 au 19/12.
Mais effectivement, vu la croissance rapide de la part d'omicron, la valeur indiquée doit avoir à peu près une semaine de retard.

[JPL]

Sans compter que comme c’est la valeur moyenne sur 7 jour la descente de la courbe clairement est amortie.