Bonjour,
Ci-dessous un graphique représentant le nombre quotidien de tests (PCR et TA) positifs à Paris, le nombre de PCR de criblage ne contenant pas la mutation L452R et le nombre probable de cas d'Omicron, en considérant que l'incidence des autres variants ne contenant pas la mutation L452R est restée stable, comme entre mi-octobre et mi-novembre.
Les valeurs sont des moyennes sur 7 jours centrés sur la date affichée. Le nombre total de tests positifs est supérieur au nombre de cas confirmés issu de la base SIDEP car
(source des données)Les données sont rapportées à l’ensemble des tests positifs réalisés (RT-PCR + TA), et non au nombre de personnes testées ou positives. En effet la définition des personnes pour le calcul des indicateurs ne retient qu’un seul test pour une personne dans une période donnée, alors que cette dernière peut s’être fait tester plusieurs fois (test antigénique, suivi par une PCR par exemple). Cette méthodologie pourrait amener à ne pas comptabiliser un test qui porte une information sur la présence d’une mutation, et donc sous-estimer leur représentation.
Depuis le 26 novembre, le nombre de cas probables d'Omicron à Paris suit approximativement une exponentielle de taux de croissance 0,23 par jour, ce qui correspond exactement à un doublement tous les 3 jours.
La période d'incubation médiane du variant Omicron peut être estimée à environ 3 jours grâce à l'étude du premier cluster norvégien (avec un patient zéro clairement identifié et 65 cas secondaires confirmés), au lieu de 4,3 pour Delta et 5 pour les autres variants. L'intervalle intergénérationnel est donc probablement de 3 à 3,5 jours, ce qui permet d'estimer le nombre de reproduction effectif Reff(Omicron) à Paris depuis fin novembre entre 2 et 2,25.
Ci-dessous une tentative d'estimation de Ro(Omicron), pour ceux que ça intéresse.
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