variant sud africain / omicron

[yves95210]

Salut,

Bonjour,
et bonjour les presque 300 morts par jour (coucou, tu m'as vu, et puis y a plus).
Le nombre de morts, tout le mode s'en pète. Y a de la joie, bonjour les hirondelles...

Déjà, il faut apprendre à lire les données. Il n'y a pas "presque 300 morts", mais un peu plus de 200 en moyenne sur la semaine (le nombre de décès déclarés les lundi et mardi est systématiquement plus élevé, à cause du rattrapage des sous-déclarations des samedi et surtout des dimanches; tu ne crois quand-même pas que le nombre réel de décès a été multiplié par 3 entre dimanche et lundi ?).

Ensuite, les morts des derniers jours sont majoritairement des infectés de fin décembre / début janvier, époque à laquelle l'incidence de Delta n'avait que très peu baissé (environ -10% par rapport au plateau de mi-décembre). On peut donc estimer qu'actuellement le nombre de décès causés par Delta est environ 10% plus faible qu'il y a deux semaines, époque à laquelle Delta était encore responsable de la quasi-totalité des décès puisqu'ils concernaient des infectés de mi-décembre, quand Omicron représentait moins de 10% des cas.

Dans la dernière semaine de décembre le nombre moyen de décès était d'environ 170 par jour. Moins 10%, ça donne 153 décès par jour dus à Delta actuellement. Omicron est donc actuellement responsable d'environ 50 décès par jour, 3 fois moins que Delta, concernant des personnes infectées fin décembre, quand Omicron représentait environ 70% des cas. Donc la létalité d'Omicron est environ 7 fois plus faible que celle de Delta.

Cela commence d'ailleurs à se voir sur le graphique du "case fatality rate" (le rapport décès / cas confirmés). Celui-ci avait baissé progressivement depuis début octobre (effet du rappel vaccinal, dans une période où ceux qui n'y étaient pas encore éligibles avaient majoritairement reçu leur deuxième dose depuis moins de 3 mois), et s'était stabilisé à ~0,33% dans la 2e quinzaine de décembre (décès dus à Delta, comme expliqué ci-dessus). Depuis, il est tombé brutalement à moins de 0,15%, malgré le fait que Delta est encore responsable de la majorité des décès.
Une partie de cette baisse est imputable à l'augmentation du nombre de vaccinés avec rappel, mais la rapidité de la baisse ne s'explique que par la bien plus faible létalité d'Omicron.



En parallèle, l'incidence de Delta a enfin commencé à baisser significativement (probablement de plus de 20% en une semaine). Cette tendance devrait s'accélérer car elle est due au nombre croissant de gens infectés par Omicron, en particulier ceux qui étaient encore susceptibles d'être infectés par Delta (les non-vaccinés immunitairement naïfs et la minorité de vaccinés "anciens" sans rappel) et qui sont maintenant mieux immunisés. On a probablement atteint l'immunité collective contre Delta (en attendant celle contre Omicron) et le nombre de cas de Delta va baisser plus vite que s'il était seul à circuler.
En parallèle, au moins 20 millions de personnes (40% de la population) auront probablement été infectées par Omicron entre début novembre et fin janvier, s'ajoutant aux (rares) vaccinés récents et aux vaccinés avec rappel (40% aujourd'hui, probablement plus de 50% fin janvier), et on aura aussi dépassé le seuil d'immunité collective contre Omicron.
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[Mickey-l.ange]

effectivement Omicron va sans-doute servir de vaccin à une bonne partie des antivax,

Bonjour,

Si Omicron - ou un successeur - finit par infecter quasiment toute la population, est-ce que ce ne sont pas tous les arguments antivax qui s'effondrent ?
Si les antivax finissent par subir naturellement ce qu'ils redoutent de subir artificiellement...

Ce n'est pas parce qu'il infecte plus facilement les vaccinés que les variants précédents qu'il infectera moins les non-vaccinés.

[yves95210]

pour parler de ce que je connais, un de mes collègues a son père en réanimation, vacciné avec rappel. Alors bon...

95% c'est pas 100%. Personne ne prétend qu'aucun vacciné avec rappel ne peut être infecté (même par Delta), avec un risque non négligeable de faire une forme grave de Covid.
Les cas individuels sont forcément anecdotique. Sinon je pourrais te parler du nôtre : cluster familial à Noël, 10 participants sur 14 contaminés, plus 1 en comptant celui par qui le virus est arrivé (malgré les autotests fait le matin même, tous négatifs). Les 3 seuls qui ne l'ont pas été sont les vaccinés avec rappel ; la 4e vaccinée avec rappel a été contaminée mais n'a eu aucun symptôme.

[yves95210]

Si Omicron - ou un successeur - finit par infecter quasiment toute la population, est-ce que ce ne sont pas tous les arguments antivax qui s'effondrent ?
Si les antivax finissent par subir naturellement ce qu'ils redoutent de subir artificiellement...

Avec plus de dégâts... Mais c'est leur choix.


(source)

[Mickey-l.ange]

Est-ce que la proportion de personnes qui arrivent malades à l'hôpital en déclarant être vaccinées alors qu'elles ne le sont pas (faux pass) suffit à truquer les chiffres ?

[yves95210]

Est-ce que la proportion de personnes qui arrivent malades à l'hôpital en déclarant être vaccinées alors qu'elles ne le sont pas (faux pass) suffit à truquer les chiffres ?

J'avais lu il y a une semaine ou deux (et posté un message à ce sujet, je ne sais plus dans quelle discussion) que c'est estimé à environ 5% des admissions en soins critiques.

PS : j'ai retrouvé le message.

[Mickey-l.ange]

D'accord, merci !

Près de 5 % de passes frauduleux
Deuxième biais : les faux passes sanitaires, qui contribuent à surestimer la part des vaccinés dans les chiffres de la Drees. De faux passes sanitaires ont été détectés pour près de 5 % des patients Covid mis sous ventilation mécanique examinés par la SFAR, dans une récente enquête flash menée dans 165 services répartis sur toute la France. Ce sont autant de personnes considérées à tort comme vaccinées dans les bases de données officielles.
https://www.lemonde.fr/les-decodeurs...0_4355770.html

[yves95210]

Les modélisateurs de l'institut Pasteur ont actualisé les scénarios qu'ils avaient produit en décembre et qui étaient encore trop nombreux compte-tenu de toutes les incertitudes, et donc à peu près inexploitables (raison pour laquelle je n'en avais pas parlé ici).

● Résultats:
○ Nous présentons des projections pour trois scénarios différents concernant l’avantage de transmission et la sévérité d’Omicron par rapport à Delta. Dans le Scénario 1 qui paraît actuellement le plus probable, le variant Omicron est caractérisé par une sévérité basse (réduction de 77% de la probabilité d’hospitalisation lorsqu’on est infecté par rapport à Delta) mais une transmissibilité haute.
○ Dans le Scénario 1, sous des hypothèses optimistes concernant l’efficacité vaccinale, le pic d’hospitalisations pourrait atteindre 5200 hospitalisations quotidiennes sans réduction des taux de transmission le 3 janvier. Dans les scénarios plus probables où les Français réduisent leurs contacts de 10% et 20%, ce pic passerait à 3600 (-29%) et 2500 (-52%) hospitalisations journalières, respectivement. Dans les scénarios où les taux de transmission sont réduits de 0%, 10% et 20% début janvier, il faudrait respectivement 32000, 23000 (-27%) et 17000 (-46%) lits d’hospitalisations conventionnelles et 6000, 4700 (-23%) et 3900 (-36%) lits de soins critiques au pic de l’épidémie. Avec une réduction de 10% des taux de transmission à compter du 3 janvier, les besoins de lits d’hospitalisation conventionnelle pourraient passer de 23000 lits pour une durée moyenne de séjour de 6 jours pour les patients Omicron à 18000 (-22%) et 15000 (-34%) lits si l’on réussissait à réduire cette durée à 4 et 3 jours, respectivement.
○ Dans le Scénario 1, sous des hypothèses plus pessimistes concernant l’efficacité vaccinale, le pic des admissions à l’hôpital serait de 7200, 5200 (-28%) et 3500 (-52%), respectivement, si les taux de transmission sont réduits de 0%, 10% et 20% début janvier. Au pic, il faudrait 43000, 32000 (-26%) et 22000 (-49%) lits d’hospitalisations conventionnelles et 7800, 6000 (-23%) et 4400 (-44%) lits de soins critiques.
○ Des changements dans les hypothèses concernant l’avantage de transmission et la sévérité d’Omicron peuvent impacter de façon importante les projections, avec des projections substantiellement dégradées lorsque le risque d’hospitalisation est plus élevé.

[pascelus]

pour parler de ce que je connais, un de mes collègues a son père en réanimation, vacciné avec rappel. Alors bon...

On peut toujours te répondre que s'il n'était pas vacciné il serait déjà mort!
Et meme s'il décédait malgré tout, sans vaccin il serait mort plus tot...
Bref, c'est un débat sans fin. Si on en restait à une appréciation personnelle avisée, comme tout autre traitement médical, il serait clôt sans polémique ni fractures sociales, et ne parlons pas de la "scatologie" "paternaliste"...

[jiherve]

Bonjour,
je ne pense pas que cela soit un fake :https://twitter.com/HTchernobyl/stat...10983946194948.

JR

[inviteeaf0d456]

Si les antivax finissent par subir naturellement ce qu'ils redoutent de subir artificiellement...

déjà attraper le virus par les voies respiratoires (où les muqueuses font le travail qu'elles savent très bien faire) ça n'a rien à voir avec une injection intra-musculaire.
Et puis pour reprendre les termes de ma femme infirmière, le covid est "moins grave que la grippe" pour une écrasante majorité de personnes, c'est encore plus vrai avec Omicron. Le problème se pose pour les gens âgés et/ou avec d'autres maladies aggravées par le virus, celles-là peuvent s'inquiéter, mais je ne généraliserais pas aussi vite.

[yves95210]

je ne pense pas que cela soit un fake :https://twitter.com/HTchernobyl/stat...10983946194948.

Je ne pense pas non plus, s'il parle de l'efficacité du variant Omicron (cf. ci-dessous un graphique que j'avais déjà posté dans une autre discussion) mais j'ai la flemme de regarder la vidéo en anglais pour confirmer.
Dire que "les deux doses du vaccin offrent une protection très limitée, voire inexistante" est exagéré s'il s'agit de la protection contre le risque de forme grave, mais correct à propos de la protection contre l'infection.

Graphique extrait d'un rapport de la UK Health Security Agency publié fin décembre, montrant l'évolution de l'efficacité du vaccin contre le risque d'infection symptomatique jusqu'à 6 mois après la 2e dose et 2 mois après la 3e:

[yves95210]

déjà attraper le virus par les voies respiratoires (où les muqueuses font le travail qu'elles savent très bien faire) ça n'a rien à voir avec une injection intra-musculaire.
Et puis pour reprendre les termes de ma femme infirmière, le covid est "moins grave que la grippe" pour une écrasante majorité de personnes, c'est encore plus vrai avec Omicron. Le problème se pose pour les gens âgés et/ou avec d'autres maladies aggravées par le virus, celles-là peuvent s'inquiéter, mais je ne généraliserais pas aussi vite.

De toute façon, le débat sera bientôt clos, puisqu'en février la grande majorité des non-vaccinés (à part ceux qui s'auto-confinent strictement avec les membres de leur foyer, préalablement tous testés négatifs) et des vaccinés depuis plus de 3 mois qui n'auront pas fait leur rappel aura été infectée par Omicron.

Un certain nombre des vaccinés avec rappel aussi, mais proportionnellement beaucoup moins, et avec moins de risque de finir à l'hôpital. Cf. le tableau ci-dessous extrait du même rapport (tous vaccins confondus, ce qui au R-U. veut dire avec plus de 50% d'AstraZeneca pour les deux premières doses; avec uniquement Pfizer et Moderna l'efficacité baisse moins vite après la deuxième dose).

[GBo]

déjà attraper le virus par les voies respiratoires (où les muqueuses font le travail qu'elles savent très bien faire) ça n'a rien à voir avec une injection intra-musculaire.
Et puis pour reprendre les termes de ma femme infirmière, le covid est "moins grave que la grippe" pour une écrasante majorité de personnes, c'est encore plus vrai avec Omicron. Le problème se pose pour les gens âgés et/ou avec d'autres maladies aggravées par le virus, celles-là peuvent s'inquiéter, mais je ne généraliserais pas aussi vite.

Donc on peut déjà supposer qu'elle n'est pas infirmière en réanimation COVID, et que le principe d'autorité dont tu t'affubles en tant que mari ne s'applique pas.

[mach3]

déjà attraper le virus par les voies respiratoires (où les muqueuses font le travail qu'elles savent très bien faire) ça n'a rien à voir avec une injection intra-musculaire.
Et puis pour reprendre les termes de ma femme infirmière, le covid est "moins grave que la grippe" pour une écrasante majorité de personnes, c'est encore plus vrai avec Omicron. Le problème se pose pour les gens âgés et/ou avec d'autres maladies aggravées par le virus, celles-là peuvent s'inquiéter, mais je ne généraliserais pas aussi vite.

Le vrai problème, c'est la saturation du système de santé. Même si le covid était en moyenne moins grave que la grippe (affirmation qu'il faudrait confirmer), il est tellement plus contagieux que les services hospitaliers peuvent être saturés. Le vaccin réduisant significativement les cas graves (d'un facteur 4 à 5), il permet d'éviter cette saturation, à condition que la population majeure soient largement vaccinée. Sans la campagne de vaccination, la vague delta de cet été aurait saturé les services et mené soit à un confinement, soit à des morts inutiles (et pas que des malades du covid).

m@ch3

[mh34]

Maintenant ça commence à suffire les échanges stupidement provocateurs. Ceux qui ne sont pas capables de s'en abstenir sont priés de ne plus participer!
Et merci de ne plus invoquer les cas personnels sinon ce fil sera fermé!!

[mdhd]

Bonjour bonne année et bonne santé ! J'aimerais juste savoir svp grâce à quoi ce variant est en revanche moins dangereux alors que cela est nettement plus contagieuse ! Comment cela réduit sa gravité ? Merci de me répondre svp parce que même en lisant l'actualité je ne le comprends pas assez bonne journée et encore une merveilleuse année 2022 en espérant surtout que cette pandémie disparaisse en cette période !

[MissJenny]

bonjour, on a dit que la raison était que le variant Omicron restait dans les voies aériennes supérieures au lieu d'envahir les bronches et les poumons comme les variants précédents. Ca le rendrait à la fois plus transmissible et moins virulent. Mais je ne sais pas si ça a été confirmé, et surtout je ne sais pas quel mécanisme ferait qu'il n'infecte que les cellules des voies aériennes supérieures. Peut-être à cause de subtiles différences dans l'expression de la fameuse protéine ACE2?

[mach3]

Pour limiter la prolifération de fils sur des sujets proches, j'ai fusionné une nouvelle discussion (les deux messages ci-dessus) avec celle-ci

mach3, pour la modération

[Bruno]

Le vrai problème, c'est la saturation du système de santé. Même si le covid était en moyenne moins grave que la grippe (affirmation qu'il faudrait confirmer), il est tellement plus contagieux que les services hospitaliers peuvent être saturés.

Il me semble que cette pandémie a bien montré que les modèles de propagation de la grippe utilisés jusqu'ici, et décalqués sur le covid a ses début, se sont révélés complètement faux: sous-estimation des cas asymptomatiques, régle des 1m-2m basée sur une modelisation de 1942, absence de prise en compte de la propagation par aérosols, etc... Il n'est pas impossible que les contagiosité soient similaires.

[mdhd]

Bjr, j'aimerais savoir svp grâce à quoi ce variant est en revanche moins dangereux que Delta alors que c'est beaucoup plus transmissible ? Merci de me répondre svp parce que même en lisant l'actualité je ne le comprends pas assez bref Bonne journée.

[yves95210]

[B]Pour limiter la prolifération de fils sur des sujets proches, j'ai fusionné une nouvelle discussion (les deux messages ci-dessus) avec celle-ci

D'ailleurs ça fait longtemps qu'il aurait fallu renommer celle-ci "variant omicron".
J'avais failli le demander, puis laissé tomber car la discussion semblait en sommeil depuis une dizaine de jours. Mais puisqu'elle a été réveillée...

[mdhd]

Et j'aimerais savoir svp surtout en revanche grâce à quoi cette souche pourrait transformer la COVID 19 en une maladie saisonnière comme une grippe comme quoi il serait petit à petit moins virulent ?

[yves95210]

bonjour, on a dit que la raison était que le variant Omicron restait dans les voies aériennes supérieures au lieu d'envahir les bronches et les poumons comme les variants précédents. Ca le rendrait à la fois plus transmissible et moins virulent. Mais je ne sais pas si ça a été confirmé, et surtout je ne sais pas quel mécanisme ferait qu'il n'infecte que les cellules des voies aériennes supérieures. Peut-être à cause de subtiles différences dans l'expression de la fameuse protéine ACE2?

En tout cas ça repose sur des études sérieuse. On en a déjà parlé dans une des discussions du forum Covid, mais je ne sais plus laquelle, donc je redonne le lien vers un résumé commenté des résultats de ces études (contenant des liens vers les prépublications).
C'est en anglais, mais ça se lit bien (ou à défaut, les traducteurs automatiques ça marche; je conseille Deepl).

Voici un graphique extrait d'une de ces études :

[Archi3]

Peut-être à cause de subtiles différences dans l'expression de la fameuse protéine ACE2?

c'est juste qu'il est tellement bien dans le nez qu'il a pas envie de descendre !

[yves95210]

Et j'aimerais savoir svp surtout en revanche grâce à quoi cette souche pourrait transformer la COVID 19 en une maladie saisonnière comme une grippe comme quoi il serait petit à petit moins virulent ?

Grâce à l'immunité qu'elle va procurer à une grande partie de la population (puisque, vu sa contagiosité, y compris chez les vaccinés, rien n'arrêtera sa propagation avant qu'on ait atteint immunité collective - même si celle-ci est temporaire, puisque de nouveaux variants pourront la contourner partiellement).

Les réinfections ou infections de vaccinés sont dans la plupart des cas moins graves que les primo-infections(*) et renforçant la réponse immunitaire. Donc le fait qu'un variant moins virulent vienne compléter l'immunité que possède déjà une grande partie de la population (près de 80% de vaccinés en France, plus ceux des non-vaccinés qui ont déjà été infectés, probablement plus d'un tiers) joue dans le bon sens.
(*) Le taux d'anticorps neutralisants diminuant avec le temps, la protection contre l'infection diminue. Mais l'immunité cellulaire (grâce aux lymphocytes T-mémoire) est pérenne, et elle continue de permettre à l'organisme de contrôler l'infection.

Cela n'empêchera pas de nouveaux variants de circuler, mais en causant peu de cas graves, à part chez les personnes les plus vulnérables, en particulier celles dont le système immunitaire est affaibli par l'âge, par une maladie ou par un traitement, qui auront probablement besoin d'un rappel (annuel ?) comme contre la grippe.

Le fait que les épidémies de grippe, comme celles causées par d'autres virus respiratoires et sans-doute (dans un avenir plus ou moins proche) celles de Covid, sont saisonnières est dû à la course permanente entre le virus, qui mute et génère des variants contournant partiellement l'immunité, et l'immunité de la population, qui s'affaiblit dans les mois ou l'année suivant chaque épidémie. La saison froide favorisant leur transmission (parce qu'on passe plus de temps dans des lieux clos), en général durant l'été c'est l'immunité qui gagne la course et durant l'hiver c'est le virus.

[jiherve]

bonjour
ce que l'on peut espérer c'est comme les autres corona cela finisse par se traduire par un rhume duquel nous ne sommes toujours pas immunisé depuis des siècle, mais çà je l'avais déjà écrit au début de la pandémie!
JR

[yves95210]

En complément de mon message précédent, je rappelle qu'il y avait une discussion ouverte sur le sujet :
au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

[MissJenny]

Bjr, j'aimerais savoir svp grâce à quoi ce variant est en revanche moins dangereux que Delta alors que c'est beaucoup plus transmissible ? Merci de me répondre svp parce que même en lisant l'actualité je ne le comprends pas assez bref Bonne journée.

comme dit plus haut, ça pourrait être dû au fait que les deux variants ont des préférences différentes pour les tissus qu'ils infectent.

mais pour les virus en général il y a un lien positif entre la virémie et le taux de transmission (i.e. nombre de contaminations par unité de temps) et aussi un lien positif entre la virémie et la virulence, si bien que taux de transmission et virulence sont corrélés positivement. D'un autre côté le taux de reproduction de base (R0) peut être corrélé négativement à la virulence puisqu'il dépend de la durée d'infectivité, laquelle est corrélée négativement à la virulence (car les patients les plus atteints soit meurent rapidement soit sont hospitalisés et donc isolés).

quant aux facteurs qui déterminent de la virémie il peut y avoir un plus moins efficace échappement à l'immunité, une plus ou moins efficacité de la RNA-polymerase, ou une plus ou moins grande efficacité des facteurs qui contrôlent les défenses de la cellule, etc.

[Archi3]

D'un autre côté le taux de reproduction de base (R0) peut être corrélé négativement à la virulence puisqu'il dépend de la durée d'infectivité, laquelle est corrélée négativement à la virulence (car les patients les plus atteints soit meurent rapidement soit sont hospitalisés et donc isolés).

en pratique pour le coronavirus, le fait que l'hospitalisation concerne peu de gens et que les décès semblent arriver bien après la période de contagiosité font que les deux sont probablement peu corrélés.