Pourcentage du variant Omicron

[Jorkil]

Bonjour,

est-ce que quelqu'un sait pourquoi il n'y a plus de suivi du variant Omicron en France?
Sur le site covidtracker il a carrément disparu, aux dernières nouvelles Omicron représentait 10% des cas mais je ne comprends pas l'évolution de la courbe des cas qui a explosé avec le delta, dont la contagiosité parmi une population vaccinée est supposée moindre?
Par ailleurs un de mes amis positifs (et vacciné) m'a montré son analyse en date du 22 décembre, le criblage n'est fait que sur les mutations E484K, E484Q et L452R, donc Omicron n'a pas été recherché.
Il y a un mystère que j'aimerais bien éclaircir, merci.
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[polo974]

Il y a un lien vers l'explication sur la page d'accueil de covidtracker.

Un nouveau test de criblage a été ajouté, mais les données ne sont pas encore publiées en opendata.

Bref, le mec qui pourrait ajouter la colonne doit être en vacance, mais ca pourrait être corrigé avant la fin de la vague...

[yves95210]

Il y a quand-même ça sur CovidTracker :



Et les données qu'utilise CovidTracker sont publiques : https://www.data.gouv.fr/fr/datasets...les-mutations/. Il suffit de télécharger le fichier sp-mutations-7j-fra-2022-01-01-19h08.csv mis à jour quotidiennement.
La colonne tx_C1 indique le pourcentage de prélèvements dont le test de criblage est positif pour la mutation L452R, caractéristique du variant Delta (dernière valeur : 56%, sur la période du 23 au 29/12).
A peu de choses près, on peut considérer que tous les autres cas sont dus au variant Omicron (il doit encore y avoir 2 ou 3% d'autres variants).

L'intérêt du graphique de CovidTracker est qu'il montre que, certes l'Omicron est en train de devenir majoritaire, mais que l'incidence du Delta ne baisse pas pour autant. Au contraire, après avoir atteint un plateau dans la première quinzaine de décembre, le nombre quotidien de cas de Delta a augmenté de 50% dans les deux dernières semaines. C'est donc lui qui contribue le plus à l'augmentation du nombre d'admissions à l'hôpital (+30% sur les 7 derniers jours).

Mais attention à la fiabilité de ces données : d'une part le pourcentage de PCR+ donnant lieu à un test de criblage des mutations est tombé à moins de 1% (à cause des vacances...?) alors qu'il était supérieur à 30% avant la mi-décembre. D'autre part, l'absence de mutation détectée par PCR de criblage n'est pas un critère très rigoureux. Au mieux elle permet de suspecter une infection par Omicron, mais pas de la confirmer à 100%.
J'ai vu sur le site de Santé Publique France que la stratégie de criblage est en train d'évoluer pour mieux cibler Omicron :

Après une phase de transition, une nouvelle stratégie de criblage, permettant de détecter plus précisément les suspicions de cas d’infection à Omicron, est en cours de déploiement depuis le 20 décembre 2021. En conséquence de nouveaux indicateurs de criblage seront mis en open data début janvier 2022 sur la plateforme Géodes et le site data.gouv.fr.

Entre-temps (et pendant les fêtes de fin d'année) il doit y avoir un peu de flottement...

PS : je n'avais pas regardé le lien sur la page d'accueil de CovidTracker. Il pointe sur un fil twitter de Guillaume Rozier qui dit à peu près la même chose que moi...

[Jorkil]

Ok, je regardais pour mon département où je vois ça:

donc je ne vois d'où vient la consolidation au niveau national, surtout que comme je le disais les criblages réalisés vers le 20-22 décembre ne visaient pas (tous) Omicron, vu le cas de mon ami qui a été testé à cette date.

[A voir en vidéo sur Futura]

[GBo]

Arrêt du suivi d’Omicron sur CovidTracker, explications du Guillaume Rozier himself:
https://twitter.com/guillaumerozier/...277096461?s=21

[yves95210]

Arrêt du suivi d’Omicron sur CovidTracker, explications du Guillaume Rozier himself:
https://twitter.com/guillaumerozier/...277096461?s=21

Oui, c'est le lien dont polo parlait plus haut

[yves95210]

Bon, le thermomètre est cassé. Mais celui du nombre total de cas ne l'est pas (tant que les labos arrivent à suivre et que les gens n'en ont pas trop marre d'aller se faire tester tous les quatre matins).
Comme le nombre de cas de Delta avait atteint un plateau mi-décembre (il a apparemment augmenté pendant les fêtes, quand le thermomètre marchait encore, mais va sans-doute à nouveau se stabiliser), en soustrayant la valeur de ce plateau (50 à 60000) au nombre total de nouveaux cas ça doit donner une idée pas trop fausse du nombre de cas d'Omicron.