Origine d'Omicron

[B4lbu]

Je suppose que beaucoup auront une impression de déjà vu, mais je n'ai rien lu sur ce sujet ici, donc je résume en français les informations compilées dans cette page :
https://bprice.substack.com/p/lab-leak-20

On peut notamment y lire :

• La position d'Omicron dans l'arbre phylogénétique (Figure) est très étrange : très éloigné des autres variants, et l’ancêtre commun avec la branche Delta date du printemps 2020 : pourquoi le génome semble s'être figé entre mi-2020 et Novembre 2021 ? Et où est la variation génomique naturelle qu'on devrait observer due à la mutation graduelle du virus ?
• Le rapport entre le nombre de mutations non-synonymes (modifiant le virus) avec le nombre de mutations synonymes (ne modifiant pas le virus) est de ~3,5 chez les coronavirus dans la nature, il est de 10,25 chez Omicron : on ne retrouve pas suffisamment de mutations synonymes, qui auraient dû apparaître aléatoirement parallèlement à l'apparition des mutations non-synonymes.
• Certaines mutations de la protéine de pointe favorisent l'infection de cellules de souris, impliquant que la souris a été l’hôte de ce variant à une étape de son évolution : sciencedirect.com

Ce qui mène à deux hypothèses : un passage chez la souris dans la nature, ce qui peut expliquer le troisième point mais pas les deux premiers, ou un passage in-vitro puis chez la souris humanisée en laboratoire, à partir d'un génome prélevé au printemps 2020, par exemple en vue de développer un vaccin.

Ces questionnements sont posés majoritairement sur Twitter par des spécialistes du domaine (Docteurs en virologie / biologie moléculaire etc), mais ne sont pour l'instant que très peu repris dans la presse grand public.
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[agitateur]

Ces questionnements sont posés majoritairement sur Twitter

Il y a déjà de quoi s'occuper avec le peer review, et même bien plus que celà.
Pas besoin de rajouter twitter, non ?

[B4lbu]

Pas besoin de rajouter twitter, non ?

Ça peut être intéressant puisque de nos jours la majorité des chercheurs (en service, émérites ou retraités) y échangent sur leur travail, pas d'inquiétude c'est très simple d'utilisation vous verrez

[agitateur]

merci de me faire passer pour un vieux con qui n'a pas de compte twitter, effectivement je n'en ai pas. Et quand je vois les liens qui peuvent me passer sous le nez je n'en ai pas envie.

Les "chercheurs qui trouvent" peuvent aussi faire un peu de bruit de fond sur twitt, ce ne sont pas les plus audibles, et en // ils mettent des liens vers des trucs un peu solides et plus complets que ce qu'on peut faire en 140ou 280 caractères.
Les chercheurs qui cherchent sans trouver, les chercheurs émérites qui ont trouvés avant de sombrer dans la démence, et une palanquée d'apprentis sorciers, oui, ils font beaucoup de bruit relatif sur ce genre de médias. A ce rythme, sans doute auront nous des révélations inattendues sur le covid, sorties dans qq mois sur tik tok. Aprés tout, pourquoi s'embarrasser de 140 / 280 caractères quand 15 secondes de vidéo peuvent faire le job ?

[A voir en vidéo sur Futura]

[Archi3]

Ça peut être intéressant puisque de nos jours la majorité des chercheurs (en service, émérites ou retraités) y échangent sur leur travail,...

tu as des chiffres là dessus ?

[Deedee81]

Salut,

tu as des chiffres là dessus ?

De toute façon pour le volume Tweeter ça reste ultra minoritaire. Et on sait que Tweeter c'est fakes news, complotisme et compagnie. Donc à moins de savoir à quels comptes faire confiance ET de recouper les infos avec du plus sérieux, Tweeter est à éviter comme la peste sur Futura (idem Facebook, etc...)

Je comprend que ça puisse être un vecteur VERS le grand public (autant mettre le plus de bons trucs) ou pour communiquer. Après tout il y a beaucoup de démarchage téléphonique ce qui ne m'empêche pas d'utiliser le téléphone Mais de là à s'intéresser à ce qu'on voit passer sur Tweeter il y a une énorme marge. A la limite c'est pas mieux que de consulter les graffitis dans les toilettes publiques

[yves95210]

De toute façon pour le volume Tweeter ça reste ultra minoritaire. Et on sait que Tweeter c'est fakes news, complotisme et compagnie. Donc à moins de savoir à quels comptes faire confiance ET de recouper les infos avec du plus sérieux, Tweeter est à éviter comme la peste sur Futura (idem Facebook, etc...)

Je comprend que ça puisse être un vecteur VERS le grand public (autant mettre le plus de bons trucs) ou pour communiquer. Après tout il y a beaucoup de démarchage téléphonique ce qui ne m'empêche pas d'utiliser le téléphone Mais de là à s'intéresser à ce qu'on voit passer sur Tweeter il y a une énorme marge. A la limite c'est pas mieux que de consulter les graffitis dans les toilettes publiques

Faut pas exagérer non plus, il n'y a pas que des utilisations perverses de twitter.

J'ai beau ne pas avoir de compte twitter, ça fait maintenant plus de 18 mois que je suis régulièrement les fils de plusieurs scientifiques, qui communiquent (en partie entre eux mais surtout à destination de la partie du public qui est prête à lire de la vulgarisation "intelligente" - un peu plus pointue que celle des articles de la presse grand-public) au sujet des avancées concernant la recherche sur les évolutions du virus, sur les vaccins et les traitements (avec sur tous ces sujets des liens vers les prépublications concernées), ou de l'épidémiologie.
Et qui "débunkent" les fake-news, les études biaisées qui font fréquemment du buzz, ou les exagérations de certains de leurs collègues.

90% des infos que je poste sur le forum sont issues de ces sources dont j'ai pu vérifier la fiabilité au fil du temps.
Mais c'est sûr qu'il faut faire du tri...

[Deedee81]

Faut pas exagérer non plus, il n'y a pas que des utilisations perverses de twitter.

N'ayant pas de compte Tweeter (mais j'ai déjà vu quelques discussions sur leur site internet) je surestime peut-être la difficulté de trier le bon grain de l'ivraie.
Mais bon, c'est comme ça, dès que je vois "réseau social" je fais un bond

[Jorkil]

L'article est intéressant mais un peu long.
Pour ceux allergiques à Twitter l'auteur renvoie vers une liste de noms ou groupes

Furmanski, the Cambridge Working Group, Lipsitch, Salzberg, VanDongen, Ferguson, Buckhaults, Bruttel, Pallesen, Segreto, and the DRASTIC research team

.
ça vaudrait le coup de creuser leurs travaux, j'ai seulement connaissance du groupe DRASTIC qui a fourni un gros travail pour rassembler les faisceaux d'indices en faveur d'une fuite de labo. Après évidemment on n'aura jamais de preuve formelle et irréfutable.
Par contre le passage chez la souris invalide définitivement l'hypothèse d'apparition d'Omicron chez une personne immuno-déprimée comme avancé au départ (il me semble, si j'interprète correctement).

[yves95210]

Mais bon, c'est comme ça, dès que je vois "réseau social" je fais un bond

Moi aussi mais le problème n'est pas l'existence de ces réseaux en elle-même mais l'utilisation qui en est faite par certains (une minorité, même si à l'échelle de la planète et des centaines de millions d'utilisateurs de twitter elle représente sans-doute des dizaines de millions de "nuisibles") et l'absence de modération efficace, quasi-impossible vu le volume (et le côté "politiquement sensible" de certains actes de modération qui seraient pourtant utiles). Y a qu'à voir le mal que ça vous donne sur le forum pour seulement quelques centaines ou milliers de membres actifs, et sur certains sous-forums seulement quelques dizaines...

Bref, il y a les réseaux sociaux (des outils dont l'intérêt pratique est indéniable) et des zérosociaux (certains de leurs utilisateurs). Faut pas confondre, ni mettre tous les utilisateurs dans le même sac.

[mh34]

Ça peut être intéressant puisque de nos jours la majorité des chercheurs (en service, émérites ou retraités) y échangent sur leur travail,

Euh...non? Ils ont leurs propres réseaux.

[Deedee81]

Euh...non? Ils ont leurs propres réseaux.

Faut voir s'ils ne font pas les deux (et "majorité" ça je ne sais pas)

des zérosociaux

Pour le reste je suis bien conscient de tout ça

[papy-alain]

Une petite étude qui me paraît intéressante : https://virological.org/t/omicron-is...any-months/775
Qu'en pensez vous ?

[yves95210]

Euh...non? Ils ont leurs propres réseaux.

Mais, je suppose, plutôt centrés sur leurs spécialités.

Quand vous avez besoin d'échanges interdisciplinaires (par exemple entre virologues, spécialistes des maladies infectieuses, immunologistes, épidémiologistes, experts en santé publique, généralistes, etc.) y a-t-il un réseau qui le permet de manière aussi réactive que Twitter, et à l'échelle mondiale ?

Et quand il s'agit de répondre aux interrogations d'une partie du public qui ne se satisfait pas de la manière dont les média grand-public rapportent les faits scientifique, ou aux interventions de certains scientifiques médiatiques qui semblent souvent faire passer leurs opinions ou leur marotte personnelle avant les faits, y a-t-il d'autres moyens pour le faire que la communication sur les réseaux sociaux ouverts à tous ?

Par exemple, trouves-tu ce genre de fil twitter inutile ?

[Flyingbike]

En réalité, s'il existe des réseaux orientés recherche (ex:researchgate) qui font aussi de la bibliométrie, gestion par équipes/projetc, etc.
Twitter reste bien plus utilisé pour la "microcom" scientifique.

[mach3]

Je trouve l'analyse présentée très intéressante et crédible (bayesiennement) pour un non spécialiste comme moi. Il y a beaucoup de particularités d'Omicron qui semblent s'expliquer beaucoup plus facilement par une fuite de labo (apparemment assez fréquentes) après manipulations (apparemment assez fréquentes aussi) que par d'autres scénarii. Mais ni connaissant à peu près rien et étant conscient de cette méconnaissance, je suspend cependant mon jugement et j'attends de voir la suite de l'histoire.

m@ch3

[mh34]

Mais, je suppose, plutôt centrés sur leurs spécialités.

Quand vous avez besoin d'échanges interdisciplinaires (par exemple entre virologues, spécialistes des maladies infectieuses, immunologistes, épidémiologistes, experts en santé publique, généralistes, etc.) y a-t-il un réseau qui le permet de manière aussi réactive que Twitter, et à l'échelle mondiale ?

En tout cas dans mon domaine de spécialité il ne nous viendrait jamais à l'idée de communiquer entre nous sur un canal grand public...

Et quand il s'agit de répondre aux interrogations d'une partie du public qui ne se satisfait pas de la manière dont les média grand-public rapportent les faits scientifique, ou aux interventions de certains scientifiques médiatiques qui semblent souvent faire passer leurs opinions ou leur marotte personnelle avant les faits, y a-t-il d'autres moyens pour le faire que la communication sur les réseaux sociaux ouverts à tous ?

C'est de la vulgarisation plutôt, non?

Par exemple, trouves-tu ce genre de fil twitter inutile ?

Inutile non. Mais d'après ce que j'en comprends c'est de l'information, pas des échanges entre chercheurs.

[yves25]

Twitter, en tout cas pour ma communauté, c'est essentiellement de l'outreach
exemple: https://twitter.com/INSU_CNRS ou https://twitter.com/IPSL_outreach

[yves25]

J'ajoute que si on suit quelques chercheurs qui twittent régulièrement, on est informés de la sortie d'articles et de leurs principaux résultats . Moi, j'y fais souvent mon marché mais oui, je trie et j'ai beaucoup trié.

[yves95210]

C'est de la vulgarisation plutôt, non?

Inutile non. Mais d'après ce que j'en comprends c'est de l'information, pas des échanges entre chercheurs.

Je suis d'accord, c'est de la vulgarisation. Mais d'une qualité qu'on rencontre rarement dans les média à destination du grand-public (généralistes ou même "scientifiques", surtout quand il s'agit de décrypter / commenter des découvertes très récentes, pas encore publiées "officiellement"; et sur les évolutions du SARS-CoV-2 et leurs impacts c'est quasiment au jour le jour).
Quand le grand-public est soumis par les média à un tel flux d'informations (souvent non vérifiées) et parfois de désinformation (en particulier sur les réseaux sociaux), ce n'est pas du luxe.
Et ça permet que des non spécialistes posent des questions ou que d'autres chercheurs interviennent dans la discussion, apportant éventuellement un point de vue différent (mais pas sur le même ton que sur les plateaux tv...). Evidemment, c'est twitter, donc il arrive que ces discussions dérivent, en particulier lorsque leur initiateur donne des opinions trop nuancées pour être acceptées par les jusqu'au-boutistes de tout poil (aussi bien ceux qui voudraient qu'on soit restés confinés non-stop depuis mars 2020 que ceux qui s'opposent à toute mesure contraignante). Mais bon, suffit de faire le tri.

[MissJenny]

un ratio mutations non synonymes/mutations synonymes élevé suggère une évolution sous sélection et pas par simple dérive, mais je ne vois pas en quoi ça appuie telle ou telle hypothèse. Que le virus ait évolué chez un hôte non humain ou bien chez une population humaine isolée ou encore chez un unique humain immunosupprimé, il a pu être soumis à des pressions de sélection a priori comparables.

[B4lbu]

Les commentaires sur la forme du message sont tellement caricaturaux qu'on en arrive à comparer les dires des docteurs en virologie ou biologie moléculaire à des vidéos tic toc ou des graffitis dans les toilettes publiques... certes j'aurais dû dire "un grand nombre" au lieu de "la majorité", c'était simplement pour faire passer un message qui a bien été compris

Maintenant pour apporter du contexte concernant le sujet de départ, voici un exemple d'expérience en labo (2021), dont le but était de démontrer que le SARS 2 mute et peut ainsi échapper aux anticorps ou vaccins. (je laisse chacun juger l'utilité de cette étude)

J'ai hésité à traduire le protocole pour démontrer sa simplicité mais c'est justement d'une simplicité assez effrayante donc je m'abstiens. En tout cas, l'expérience est réussie en 80 jours : le nouveau variant obtenu est totalement insensible à l'immunité collective. Et au passage, on a créé un nouveau variant qui n'existe pas dans la nature.

[mh34]

J'ajoute que si on suit quelques chercheurs qui twittent régulièrement, on est informés de la sortie d'articles et de leurs principaux résultats . Moi, j'y fais souvent mon marché mais oui, je trie et j'ai beaucoup trié.

Oui je me suis laissé dire il y a un instant par un proche, chercheur, que certains domaines étaient effectivement représentés sur Twitter par des chercheurs qui y communiquaient la sortie de leurs derniers articles, et commentaient ceux des collègues.
Dont acte.

[B4lbu]

un ratio mutations non synonymes/mutations synonymes élevé suggère une évolution sous sélection et pas par simple dérive, mais je ne vois pas en quoi ça appuie telle ou telle hypothèse. Que le virus ait évolué chez un hôte non humain ou bien chez une population humaine isolée ou encore chez un unique humain immunosupprimé, il a pu être soumis à des pressions de sélection a priori comparables.

Ça n'appuie pas telle ou telle hypothèse, mais ça montre qu'il y a quelque chose de différent avec Omicron comparé aux autres, les variants classés comme préoccupants ou ceux prélevés sur patients immunodéprimés. Ça se voit dans la figure (source) :



Sur l'ensemble du génome (D) rien de particulier, mais sur la protéine de pointe (C et E) le variant Omicron se distingue clairement du reste : a priori une sélection positive plus importante et une vitesse de mutation plus élevée

[GBo]

un ratio mutations non synonymes/mutations synonymes élevé suggère une évolution sous sélection et pas par simple dérive, mais je ne vois pas en quoi ça appuie telle ou telle hypothèse. Que le virus ait évolué chez un hôte non humain ou bien chez une population humaine isolée ou encore chez un unique humain immunosupprimé, il a pu être soumis à des pressions de sélection a priori comparables.

Bonsoir, je crois que tu n'étais pas dans les parages pour la première fuite de labo supposée, celle de Wuhan, mais c'est une obsession chez certains ici. Tout indice, présent ou absent, mène à la fuite de labo, un lab leak (l'absence d'indice menant à l'hypothèse d'une fuite de variant manipulé pour ressembler à un variant naturel, si si). Omicron ? le lab leak 2.0

[mh34]

A propos d'Omicron, petit article récapitulatif ( en accès libre, j'ai vérifié) :
https://www.larevuedupraticien.fr/ar...7#xtor=EREC-1-[NL_Actu]-20220105

[Archi3]

un ratio mutations non synonymes/mutations synonymes élevé suggère une évolution sous sélection et pas par simple dérive, mais je ne vois pas en quoi ça appuie telle ou telle hypothèse. Que le virus ait évolué chez un hôte non humain ou bien chez une population humaine isolée ou encore chez un unique humain immunosupprimé, il a pu être soumis à des pressions de sélection a priori comparables.

effectivement je ne vois pas trop en quoi l'analyse génétique révélerait les conditions dans lesquelles l'évolution a eu lieu , à moins de révéler un bricolage génétique évident par insertion d'une séquence entière connue, ce qui n'est manifestement pas le cas. Il n'y a pas non plus d'indice géographique de proximité avec un laboratoire, contrairement à l'irruption de la souche initiale. Car contrairement au ton persifleur de GBo, il n'y a pas tant d'indices que ça qui favorisent l'hypothèse fuite de labo, l'indice essentiel étant la proximité géographique avec le labo ayant étudié les souches les plus proches connues.

L'apparition d'omicron confirme d'ailleurs que si on a une évolution naturelle d'un virus, il n'y a aucune raison particulière pour que les premières contaminations se produisent à quelques centaines de mètres d'un laboratoire étudiant les mêmes virus, ce qui devrait quand même etre un truc assez évident à comprendre pour tout le monde.

[B4lbu]

J'ai seulement retranscrit des questionnements actuels en biologie moléculaire, mais je ne m'attends pas forcément à recevoir ici une explication parcimonieuse quand à la sélection positive plus importante, la vitesse de mutation plus importante, l'ancêtre commun datant d'1,5 an avant l'émergence du variant et son adaptation aux cellules de souris.

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