Pourquoi les anciens variants disparaissent-ils ?

[Tripmania]

Bonjour,

Je me demandais pourquoi les anciens variants du covid disparaissaient au profit des nouveaux.
Je comprends pourquoi un nouveau variant qui se propage plus vite deviendrait plus abondant qu'un ancien en proportion, et que l'ancien diminuerait en pourcentage total des personnes infectées. Mais pourquoi est ce que les anciens variants disparaissent également en quantité absolue ?
Les gens parlent de concurrence entre les virus, mais vu le nombre de personnes infectées on est très loin de l'immunité collective naturelle. Il reste encore plein de gens à contaminer, d'autant plus qu'on peut être touchés plusieurs fois et que l'immunité n'est pas totale. Je ne comprends donc pas pourquoi la présence d'un nouveau variant empêcherait les anciens variants de continuer à proliférer.
Peut être que la disparition des anciens variants serait indépendante de la présence des nouveaux variants ? Est ce que les différents variants sont destinés à disparaître d'eux mêmes ?
Je suis surtout intéressé par des informations sourcées ou provenant de personnes ayant une expérience dans le domaine, et moins par les différentes opinions sur le sujet. A moins que vous ayez des simples pistes.

merci d'avance pour vos réponses.
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[Archi3]

je ne suis pas spécialiste, mais oui j'ai une simple piste

[MissJenny]

L'explication d'Archi3 me paraît plausible. C'est d'ailleurs une forme de compétition entre variants.

[yves95210]

En complément de la piste d'Archi3 :
en France métropolitaine, même si on ne peut pas parler d'immunité collective face aux variants Delta (dont l'incidence n'a pas diminué, même s'il représente une part décroissante des nouveaux cas) ou Omicron, on a certainement dépassé le seuil d'immunité collective face au variant qui était majoritaire en Europe en 2020 ou au variant Alpha qui l'avait remplacé à partir de début 2021 (et plus tôt au R-U.).

Ces variants étaient moins susceptibles d'échapper à l'immunité acquise (post-vaccinale ou post-infection). Mais jusqu'à l'été 2021 il restait largement assez de personnes immunitairement naïves pour qu'un "simple" avantage de transmissibilité suffise à un variant pour devenir majoritaire. Aujourd'hui, avec ~78% de la population vaccinés (et bientôt 40% avec rappel) et au moins un tiers des non-vaccinés guéris d'une infection plus ou moins ancienne, il faudrait que ces variants aient un nombre de reproduction (Ro) supérieur à 6 pour que, même sans aucune mesure de freinage, leur R(t) soit encore supérieur à 1. Or le Ro du variant européen de 2020 était estimé à environ 3 et celui du variant Alpha à environ 5. Et évidemment, tant qu'il y a des mesures de freinage en place et/ou que la population conserve un comportement prudent, cela réduit encore le R(t) de ces variants.
De fait, en France, on ne trouve plus aucune trace du variant Alpha parmi les quelques milliers de prélèvements séquencés les dernières semaines, et seulement une centaine de cas (en nombre décroissant) sur les 100000 à 130000 PCR de criblage par semaine réalisés depuis fin novembre.

Ce n'est que la baisse progressive du taux d'anticorps neutralisants chez les personnes guéries d'une infection ou vaccinées, et l'aptitude des nouveaux variants (en particulier Omicron) à contourner l'immunité acquise qui leur permet de se transmettre autant. Et ce sera évidemment aussi le cas des futurs variants, qui devront être capables de se propager dans une population largement vaccinée + largement infectée/réinfectée par Omicron.

Donc, si, un variant peut disparaître grâce à l'immunité collective. Mais cela ne fait pas disparaître le virus.

Pas plus que les 4 coronavirus humains endémiques depuis des siècles (ou les différentes souches du virus de la grippe) n'ont disparu, exactement pour les mêmes raisons: vu le vaste réservoir dont ils disposent ils sont capables de produire de nouveaux variants échappant partiellement à l'immunité assez fréquemment pour continuer de provoquer des épidémies saisonnières chaque année, lorsque l'immunité acquise les hivers précédents par une partie de la population s'est suffisamment affaiblie et que les conditions hivernales favorisent leur transmission.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Gephil47]

Fil très intéressant !

Je vais faire baisser le niveau avec une question idiote : peut-on être pluri-infecté dans le même temps ?

J'ai cru comprendre que avoir eu le Delta ne préservait pas de l'Omicron. Mais peut-on être infecté simultanément ou presque par ces 2 variants dominants ?

PS : en lisant un autre fil j'ai eu une réponse par Yves95210 :

https://forums.futura-sciences.com/c...ml#post6895077

[MissJenny]

peut-on être pluri-infecté dans le même temps ?

je parierais qu'on le peut. Mais ce qui importe pour la dynamique de l'épidémie c'est si on peut ou non transmettre plusieurs variants simultanément. Et ça c'est beaucoup moins sûr, parce qu'il doit y avoir une compétition féroce à l'intérieur d'un individu entre les différents variants. Je parierais qu'un des variants prend rapidement le dessus sur les autres et serait le seul à pouvoir être transmis.

[polo974]

Sauf s'ils s'attaquent à 2 types de cellules différentes...
Les poumons pour le delta, les bronches pour l'omicron...

Mais le plus rapide aura entraîné la lutte contre le plus lent...

[Tripmania]

Bonjour,

Merci pour vos réponses (et pour vos simples pistes !). Si je comprends bien, ce que vous dites c’est que ce sont différentes mesures qui ont été prises qui ont fait diminuer l’abondance des différents variants, ainsi que l’immunité acquise au fil du temps. Je comprends bien cela pour l’apparition du vaccin, mais je ne suis pas sûr de comprendre pour ce qui est de l’immunité acquise par infection. J’avais vu une carte de France avec la proportion des habitants ayant déjà eu le covid (je ne retrouve plus la source…), et mis à part en région parisienne, la proportion maximale était autour de 20%. Sachant qu’on peut toujours attraper le covid après avoir déjà été infecté, et que cette protection diminue après quelques mois, comme ça je n’aurais pas l’impression que l’infection de quelques personnes par un nouveau variant puisse beaucoup protéger la population contre les anciens variants. Si c’est bien ce que vous dites.
Mais je suis un peu d’accord avec vous sur l’augmentation des mesures (confinement, mesures barrières, vaccination). Sur le graph ci-dessous on voit le nombre d’infections au cours du temps suivant les variants. Je n’ai trouvé de graph de ce type que pour l’Afrique du Sud (je crois). Je pense que c’est la bonne manière de présenter les choses. Quand on le représente en proportion cela n’a aucune réalité physique. L’augmentation rapide de la contamination avec un variant peut donner l’impression que les autres diminuent (mais seulement en proportion) alors qu’en réalité ils peuvent également augmenter, simplement à une vitesse plus lente. Ce qui à mon sens donne la fausse impression d’une concurrence entre les variants. On pourrait évidemment calculer ce genre de graphs avec les données disponibles pour la France, mais je trouve ça plutôt nul que les choses ne soient jamais présentées sous cette forme.




Source : https://www.lemonde.fr/blog/realites...ron-b-1-1-529/

Et ce qu’on voit sur ce graph c’est que, effectivement, au début d’une nouvelle vague ce sont tous les variants présents qui augmentent en abondance. Donc les observations peuvent a priori s'expliquer sans concurrence entre les variants. La hausse du variant Delta ne provoque pas forcément la baisse du variant Beta, puisqu’on voit les deux partir à la hausse en même temps. Effectivement, on pourrait avoir l’impression que la hausse observée au moment des nouvelles vagues corresponde à un relâchement des mesures barrières (dans le monde) puis la chute de tous les variants pourrait correspondre au renforcement des mesures, et les mesures étant de plus en plus drastiques on verrait les anciens variant disparaître mais pas les nouveaux variants qui résistent mieux à ces mesures.
Donc si il n’y a pas de concurrence entre les variants, je me dirais naïvement que si le variant Beta a quasiment disparu en aout, alors si on avait pu adopter exactement les mêmes mesures en novembre dernier, alors il n’y aurait pas eu de vague de Beta du tout, peut être qu’il y aurait eu moins de chances pour l’apparition d’une nouvelle mutation, et peut être que la crise du covid serait quasiment finie, non ?
En tout cas, si c’est vraiment uniquement le relâchement des mesures barrières qui provoque les nouvelles vagues (est ce que c’est le cas, d’ailleurs ? Raoult dit que non), alors pourquoi ne pas les maintenir plus longtemps et en finir une bonne fois pour toute ? Je me doute que je ne suis pas le premier abruti à me poser la question et j’imagine qu’il y a une réponse simple à cette question, mais je ne la connais pas.

[Tripmania]

je parierais qu'on le peut. Mais ce qui importe pour la dynamique de l'épidémie c'est si on peut ou non transmettre plusieurs variants simultanément. Et ça c'est beaucoup moins sûr, parce qu'il doit y avoir une compétition féroce à l'intérieur d'un individu entre les différents variants. Je parierais qu'un des variants prend rapidement le dessus sur les autres et serait le seul à pouvoir être transmis.

Qu'est ce qui vous fait penser qu'il y a une compétition entre les variants ? Est ce qu'il n'est pas possible qu'ils cohabitent sans concurrence ? Et qu'est ce qui vous fait penser que cette compétition doit être féroce ?

[MissJenny]

C'est un phénomène général dans le parasitisme : les parasites vivent dans un environnement aux ressources très limitées (ici les cellules susceptibles de les répliquer) et donc il y a une forte pression de sélection.

polo974 suggère que les différents variants ne ciblent pas les mêmes cellules. Je ne sais pas si ça a été confirmé. Si c'était strictement le cas la compétition entre ces variants serait faible ou inexistante en effet.

[Tripmania]

Sauf s'ils s'attaquent à 2 types de cellules différentes...
Les poumons pour le delta, les bronches pour l'omicron...

Mais le plus rapide aura entraîné la lutte contre le plus lent...

Mais il y a une différence entre la rapidité de la multiplication du virus dans le corps (qu'on ne connait pas pour chaque variant, il me semble) et la facilité de le transmettre une fois que la charge virale suffisante est atteinte. A priori ce sont deux choses totalement différentes. Jusqu'ici, il me semble qu'on observe qu'il y a une corrélation entre la poussée d'un nouveau variant et sa contagiosité, qui n'est pas forcément corrélée avec sa rapidité de multiplication dans le corps. Mais je suis conscient que je nage probablement en plein Dunning Kruger.
Une autre chose est que la probabilité d’attraper deux variants en même temps est probablement extrêmement faible :
Il y a actuellement 330 000 nouveaux cas par jour.

https://www.linternaute.com/actualit...es-assouplies/

Si on dit qu’une personne est contagieuse pendant 4 jours (temps entre le pic de charge virale et l’isolement, ce qui n’est pas tout à fait correct avec les asymptomatiques) cela veut dire qu’il y a en gros 330 000 x 4 = 1,32 M de cas contagieux simultanément, ce qui représente 2% de la population. Admettons que les proportions des variants Omicron et Delta soient de 50%, ce qui n’est plus le cas mais cela donne les chances d’avoir les deux variants en même temps chez une même personne. Alors les chances pour qu’un variant Omicron infectent une personne ayant déjà le variant Delta seront de 1%, et les chances d’infecter quelqu’un de sain seront de 98%. Si on dit que tout le monde a les mêmes chances d’être infecté (en gros), on peut dire que les chances qu’une personne prise au hasard dans la population ait les deux variants en même temps seront de 1% de 1%, c’est à dire 0,01%, ce qui pour moi est négligeable. Bien sûr il faudrait prendre en compte les personnes asymptomatiques, et prendre en compte le fait que les personnes non vaccinées seront sur-représentées parmi les infectés. Mais même en disant que seules les non vaccinés peuvent être infectés, c'est à dire que tout est concentré chez 20% de la population (c'est vraiment exagéré et on sait que c'est faux), on tombe encore sur seulement 4% de chances de trouver les deux variants chez quelqu'un, ce qui reste très faible.

[Tripmania]

Mais il y a une différence entre la rapidité de la multiplication du virus dans le corps (qu'on ne connait pas pour chaque variant, il me semble) et la facilité de le transmettre une fois que la charge virale suffisante est atteinte. A priori ce sont deux choses totalement différentes. Jusqu'ici, il me semble qu'on observe qu'il y a une corrélation entre la poussée d'un nouveau variant et sa contagiosité, qui n'est pas forcément corrélée avec sa rapidité de multiplication dans le corps. Mais je suis conscient que je nage probablement en plein Dunning Kruger.
Une autre chose est que la probabilité d’attraper deux variants en même temps est probablement extrêmement faible :
Il y a actuellement 330 000 nouveaux cas par jour.

https://www.linternaute.com/actualit...es-assouplies/

Si on dit qu’une personne est contagieuse pendant 4 jours (temps entre le pic de charge virale et l’isolement, ce qui n’est pas tout à fait correct avec les asymptomatiques) cela veut dire qu’il y a en gros 330 000 x 4 = 1,32 M de cas contagieux simultanément, ce qui représente 2% de la population. Admettons que les proportions des variants Omicron et Delta soient de 50%, ce qui n’est plus le cas mais cela donne les chances d’avoir les deux variants en même temps chez une même personne. Alors les chances pour qu’un variant Omicron infectent une personne ayant déjà le variant Delta seront de 1%, et les chances d’infecter quelqu’un de sain seront de 98%. Si on dit que tout le monde a les mêmes chances d’être infecté (en gros), on peut dire que les chances qu’une personne prise au hasard dans la population ait les deux variants en même temps seront de 1% de 1%, c’est à dire 0,01%, ce qui pour moi est négligeable. Bien sûr il faudrait prendre en compte les personnes asymptomatiques, et prendre en compte le fait que les personnes non vaccinées seront sur-représentées parmi les infectés. Mais même en disant que seules les non vaccinés peuvent être infectés, c'est à dire que tout est concentré chez 20% de la population (c'est vraiment exagéré et on sait que c'est faux), on tombe encore sur seulement 4% de chances de trouver les deux variants chez quelqu'un, ce qui reste très faible.

Je me suis trompé. Dans le dernier cas on tombe sur 5% pour un variant Omicron d'infecter quelqu'un qui a déjà le variant Delta (et donc 0.2% de chances de rencontrer une personne qui a les deux en même temps). Et tout ça c'est en considérant que la personne est infectée par les deux variants quasiment en même temps et que ceux-ci démarrent avec la même charge virale et donc à égalité, ce qui est encore une fois le pire des cas.
Si j'ai fait une ou beaucoup d'erreurs là dedans, merci de m'éclairer !

[Gephil47]

...

Et ce qu’on voit sur ce graph c’est que, effectivement, au début d’une nouvelle vague ce sont tous les variants présents qui augmentent en abondance. Donc les observations peuvent a priori s'expliquer sans concurrence entre les variants. La hausse du variant Delta ne provoque pas forcément la baisse du variant Beta, puisqu’on voit les deux partir à la hausse en même temps.
...

Une explication de la hausse concomitante de Beta et Delta en début de nouvelle vague est que l'ancien variant est bien disséminé sur l'ensemble du territoire alors que le nouveau est localisé à son point d'entrée.

Il n'y a donc pas vraiment de compétition générale puisque les points de rencontre sont limités. Ensuite très rapidement on voit que Delta se généralise ce qui montre bien qu'il est dominant.

[Archi3]

Donc si il n’y a pas de concurrence entre les variants, je me dirais naïvement que si le variant Beta a quasiment disparu en aout, alors si on avait pu adopter exactement les mêmes mesures en novembre dernier, alors il n’y aurait pas eu de vague de Beta du tout, peut être qu’il y aurait eu moins de chances pour l’apparition d’une nouvelle mutation, et peut être que la crise du covid serait quasiment finie, non ?
En tout cas, si c’est vraiment uniquement le relâchement des mesures barrières qui provoque les nouvelles vagues (est ce que c’est le cas, d’ailleurs ? Raoult dit que non), alors pourquoi ne pas les maintenir plus longtemps et en finir une bonne fois pour toute ? Je me doute que je ne suis pas le premier abruti à me poser la question et j’imagine qu’il y a une réponse simple à cette question, mais je ne la connais pas.

Non tu n'es pas le premier, je posais exactement les mêmes questions l'année dernière ...

https://forums.futura-sciences.com/c...adication.html

[FabiFlam]

Fil très intéressant !

Je vais faire baisser le niveau avec une question idiote : peut-on être pluri-infecté dans le même temps ?

J'ai cru comprendre que avoir eu le Delta ne préservait pas de l'Omicron. Mais peut-on être infecté simultanément ou presque par ces 2 variants dominants ?

PS : en lisant un autre fil j'ai eu une réponse par Yves95210 :

https://forums.futura-sciences.com/c...ml#post6895077

Il me semble qu'assez récemment une analyse a révélé la présence des deux variants dans le prélèvement d'un patient. Mais je ne retrouve plus la ref.

Vu que la réponse d'Archi3 me paraît sensée, ça doit sans doute rester plutôt anecdotique.

FAbiFlam

[yves95210]

Il me semble qu'assez récemment une analyse a révélé la présence des deux variants dans le prélèvement d'un patient. Mais je ne retrouve plus la ref.

Vu que la réponse d'Archi3 me paraît sensée, ça doit sans doute rester plutôt anecdotique.

Effectivement, pour que deux variants co-circulent durablement dans une population il faut soit qu'ils aient exactement les mêmes capacités de transmission, soit que le premier ait un avantage de transmission dans une partie de la population et le second dans l'autre partie.

Par exemple, le premier peut avoir une transmissibilité intrinsèque plus élevée (fonction de son Ro et de son intervalle intergénérationnel) et l'autre une plus grande capacité à contourner l'immunité acquise. Le premier infectera plus facilement que l'autre la partie de la population non (ou faiblement) immunisée, le second circulera plus facilement que l'autre dans la partie (mieux) immunisée mais pourra aussi infecter la partie non immunisée(*).

Donc il y a peu de chance que le même individu soit infecté simultanément par les deux variants sans que l'un des deux prenne rapidement l'avantage sur l'autre dans son organisme (mais, effectivement Omicron se multiplie bcp plus que Delta dans les voies respiratoires supérieures et inversement dans les poumons; donc si Delta arrive un peu avant Omicron et arrive à se "réfugier" à temps dans les poumons, c'est possible que les deux cohabitent).
D'autre part, statistiquement, lorsque par exemple l'incidence de chaque variant est de l'ordre de 1% (c'est déjà beaucoup), le risque d'être contaminé par les deux variants simultanément (à quelques jours d'intervalle) est quand-même limité - il faut vraiment multiplier les contacts à risque (sans mesures barrière) ou ne pas avoir de chance.

(*) Mais c'est un équilibre instable puisque le statut immunitaire de la population va évoluer. Si les personnes infectées par le deuxième variant (appelons le Omicron...) sont assez bien immunisées contre une infection par le premier (appelons le Delta...), cela diminue la part de marché de Delta dans la partie non immunisée de la population en même temps que celle d'Omicron. Alors que l'inverse n'est pas vrai (ou moins) puisque chez les non-vaccinés une primo-infection par Delta ne protège que partiellement contre une réinfection par Omicron.

[MissJenny]

Effectivement, pour que deux variants co-circulent durablement dans une population il faut soit qu'ils aient exactement les mêmes capacités de transmission, soit que le premier ait un avantage de transmission dans une partie de la population et le second dans l'autre partie.

tu supposes qu'il y a compétition au niveau populationnel. C'est différent de la compétition intra-hôte.

[yves95210]

tu supposes qu'il y a compétition au niveau populationnel. C'est différent de la compétition intra-hôte.

Je ne confonds pas les deux, mais il me semble que la compétition au niveau populationnel était le sujet initial du fil, ainsi que du message d'Archi3 auquel le message de FabiFlam auquel je répondais faisait référence. Mais au passage je parle aussi un peu de la compétition intra-hôte.

Ce sont ces deux aspects qui rendent assez (mais pas complètement) improbable qu'un patient soit infecté simultanément par deux variants : il faut d'une part que les deux variants circulent simultanément avec une incidence suffisante pour la probabilité de les rencontrer (et d'être infecté par) les deux dans un intervalle de temps limité soit non négligeable (puisqu'il faut rencontrer le second avant d'avoir réussi à éliminer le premier), et d'autre part que la présence de l'un dans l'organisme (et les anticorps dont il a suscité la génération) ne suffise pas à bloquer la multiplication de l'autre - d'où la remarque concernant Delta et Omicron, que polo avait déjà faite (mais je ne suis pas sûr qu'elle soit tout à fait pertinente).

[MissJenny]

en tout cas on connaît pas mal d'exemples de virus qui ont plusieurs variants (appelés parfois souches, sérotypes, etc) qui coexistent depuis longtemps.

[yves95210]

en tout cas on connaît pas mal d'exemples de virus qui ont plusieurs variants (appelés parfois souches, sérotypes, etc) qui coexistent depuis longtemps.

Oui, ne serait-ce que les différentes souches de virus de la grippe. Mais je ne sais pas si (et à quel point) il y a une immunité croisée entre ces souches. Alors que pour le moment aucun variant du SARS-CoV-2 n'échappe complètement à l'immunité acquise suite à une infection par un autre variant (même Omicron, qui a une forte capacité de réinfecter des personnes déjà infectées par les variants antérieurs, surtout quand leur primo-infection est ancienne, mais qui cause moins de formes graves du Covid chez ces personnes - de même que chez les vaccinés, y compris depuis plus de 6 mois).