Mortalité Omicron seulement

[Nickelange]

Bonjour,

Connaissez vous une source fiable où obtenir un nombre de décès dû au Covid indiquant aussi le variant, afin de différencier les décès causés par variant Delta de ceux causés par Omicron?

Olivier
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[yves95210]

Pas encore assez de recul, du moins en France : il n'y a qu'environ deux semaines que la part d'Omicron dans les nouveaux cas est devenue assez importante pour que ça puisse faire bouger significativement le rapport nombre de décès / nombre de cas. Compte-tenu du délai moyen entre premiers symptômes et décès, les décès dus à Omicron doivent encore être trop rares pour que ça ait un impact sur le taux de mortalité global du Covid.

Peut-être plutôt regarder ce qui se passe en Angleterre, où la vague d'Omicron est en avance d'environ deux semaines par rapport à la nôtre. Mais ça peut aussi être biaisé par le fait qu'au début d'une vague ce sont surtout les jeunes qui sont infectés, avec un taux de mortalité bien plus faible, et il faudrait disposer de stats détaillées par tranche d'âge pour faire le tri.
Bref : wait and see. Il y a suffisamment de gens compétents qui suivent l'évolution de l'épidémie au Royaume-Uni pour qu'on ait des indications dès que cela sera possible.

En tout cas, sur ce qu'on peut commencer à mesurer en France (le risque d'hospitalisation en cas d'infection), Omicron cause environ 4 fois moins de cas graves que Delta dans une population vaccinée à près de 80% (et avec rappel pour près de 40%), dont environ un tiers des non-vaccinés avaient déjà été infectés. Et probablement, même si ça reste à confirmer, environ 2 fois moins de patients admis en réa parmi les hospitalisés. Cela se reflètera forcément dans le taux de mortalité.
Mais ce n'est pas forcément généralisable à toute population (en particulier dans des pays où le taux d'immunité est bien plus faible).

[Nickelange]

Bonjour,
Merci pour cette réponse intéressante. D'où viennent les chiffres de la fin de votre commentaire?
Olivier

[yves95210]

De l'estimation que j'avais faite dans l'autre discussion, à partir des données publiées. Ce n'est pas très précis, mais ça ne fait que confirmer les premiers résultats publiés au Royaume-Uni.
Et deux jours plus tard, ma "prédiction" (qui en est maintenant vraiment une, alors que quand j'avais posté ce message, c'était juste un ajustement a posteriori, donc plutôt une "postdiction") colle toujours bien à la courbe des admissions à l'hôpital :



Pour plus d'explications sur la méthode et ses biais, voir le message en lien, et un peu plus loin dans la même discussion (message #168) ma réponse à FabiFlam.

[A voir en vidéo sur Futura]

[yves95210]

PS : l'infléchissement de la croissance du nombre total de nouveaux cas et le début de baisse du nombre de cas de Delta visibles sur les derniers jours du graphique ci-dessus peuvent être dus en partie à l'effet jour de l'an (les données sont moyennées sur 7 jours et une partie des résultats de test remontent avec plusieurs jours de retard, donnant lieu à des mises à jour a posteriori des données publiées), et en partie au fait que dans pas mal de régions, on approche de la saturation de la capacité de test des labos et des pharmacies.

Donc pour le moment rien ne prouve que ça correspond à une réelle modification de la dynamique de l'épidémie. Il ne faudra donc pas s'étonner si dans les prochains jours le nombre d'admissions à l'hôpital augmente plus vite que le nombre prédit à partir des résultats des tests 4 jours plus tôt.

[yves95210]

Pour en revenir à la question initiale (la mortalité d'Omicron), je viens de jeter un coup d'oeil aux graphiques concernant le R-U. sur Our World in Data :
- les nouveaux cas
- les décès.
Attention, la courbe des décès est très chaotique pendant la période des fêtes de fin d'année, je pense qu'il faut prendre comme référence les données jusqu'au 24/12 et seulement le dernier point (le 08/01). Cela donne une augmentation de 50% en 15 jours, à comparer à l'augmentation du nombre de cas d'environ 100% dans la quinzaine précédant Noël, car il faut tenir compte des délais entre premiers symptômes et admission à l'hôpital, et entre admission et décès.

Par ailleurs, toujours sur Our World in Data, le graphique représentant l'évolution du CFR (ratio décès / cas confirmés) montre que celui-ci est passé d'environ 0,4% autour de la mi-novembre (quand le variant Delta représentait la quasi-totalité des cas) à environ 0,15% début janvier (correspondent globalement à des cas antérieurs au 25 décembre, donc à une période durant laquelle Omicron représentait 40% à 60% des cas).

Mais ces chiffres sont à prendre avec des pincettes : d'une part ce ratio est fortement dépendant du taux de dépistage, et comme en France maintenant, les Britanniques sont sans-doute arrivés à la limite de leur capacité de test vers le 20/12 (et si le nombre de tests est limité artificiellement, ça a tendance à augmenter le CFR). D'autre part ce sont en général les jeunes qui sont infectés les premiers durant les phases d'accélération de l'épidémie (et vu leur faible risque de décès ça a tendance à faire baisser le CFR) et ce n'est que plus tard que l'incidence augmente parmi les plus âgés (et avec elle le CFR).
Il faudrait vraiment regarder le détail par tranche d'âge, qui doit bien exister quelque-part dans les données publiées au R-U.. Mais je n'ai pas le courage de chercher où, et d'importer ces données dans un tableur pour faire les calculs (le suivi des données françaises me donne déjà assez de boulot)...

[Archi3]

L'idéal serait d'avoir les décès par tranche d'âge, par type de variant, et par date d'infection (ou de test) pour essayer de démêler la proportion de chaque variant et le décalage temporel entre contaminations et décès. En phase de croissance exponentielle, il est difficile de distinguer une variation de la létalité et une variation du délai entre contamination et décès, car pour une exponentielle une translation en amplitude ou en temps, c'est la même chose. Connaitre la date moyenne des décès par rapport à celle de l'infection pourrait aider à lever cette dégénérescence.

Il y a des données plus inquiétantes en provenance des Etats unis ou la flambée omicron commence à se voir sur les hospitalisations...

https://twitter.com/OJBoyau/status/1480233412963221508

[MissJenny]

Dans pas si longtemps la question ne se posera plus puisqu'il n'y aura que du omicron (déjà 96% en UK, autour de 80% en France).

[Archi3]

oui mais quand on verra arriver les morts correspondants, il sera trop tard pour les prévoir ...

[yves95210]

L'idéal serait d'avoir les décès par tranche d'âge, par type de variant, et par date d'infection (ou de test) pour essayer de démêler la proportion de chaque variant et le décalage temporel entre contaminations et décès.

L'idéal, comme tu dis. Mais à défaut on fait avec les données qu'on a...

Je regarderai demain (après rattrapage des sous-déclarations du WE dans les remontées de données des hôpitaux) si on peut en tirer quelque-chose concernant les décès. Vu que Omicron représentait déjà plus de 40% des cas confirmés le 25 décembre (donc des contaminations autour du 20), deux semaines plus tard on devrait commencer à voir l'impact sur les décès, s'il y en a un.

En tout cas, au R-U. il se voit : sur les 15 derniers jours le nombre quotidien de décès a augmenté de 60% après une longue période de stabilité, alors qu'en considérant que le nombre de décès est lié au nombre de cas environ 2 semaines plus tôt, celui-ci avait augmenté d'environ 120% sur la période de 15 jours correspondant, après la même période de stabilité durant laquelle l'essentiel des cas était dû à Delta, et l'incidence était stable. Or c'est durant ces 15 que la part d'Omicron est passée de ~10% à 65%.

[yves95210]

oui mais quand on verra arriver les morts correspondants, il sera trop tard pour les prévoir ...

Oui, mais avec 3 à 4 fois moins d'hospitalisations en cas d'infection par Omicron qu'en cas d'infection par Delta et (à vue de nez, parce qu'on manque encore un peu de recul) 2 fois moins d'admissions en réa en cas d'hospitalisation, logiquement il devrait aussi y avoir moins de décès... A moins que les hôpitaux refusent des patients, mais il me semble qu'on en aurait entendu parler.

[yves95210]

Dans pas si longtemps la question ne se posera plus puisqu'il n'y aura que du omicron (déjà 96% en UK, autour de 80% en France).

Plutôt entre 90 et 95%...
On en était à 84% sur les 7 jours du 30/12 au 05/01, avec une croissance supérieure à 2% par jour.

[Gephil47]

Je ne comprends pas : la vague aux Etats Unis est partie après le Royaume Uni et la France. Ils ne sont donc pas en avance par rapport à nous.

De plus le niveau de cas confirmés est inférieur aux nôtres...

Les Etats Unis ne sont donc pas une bonne préfiguration de ce qui nous attend.
Me trompè-je ?

[MissJenny]

Oui, mais avec 3 à 4 fois moins d'hospitalisations en cas d'infection par Omicron qu'en cas d'infection par Delta et (à vue de nez, parce qu'on manque encore un peu de recul) 2 fois moins d'admissions en réa en cas d'hospitalisation, logiquement il devrait aussi y avoir moins de décès... A moins que les hôpitaux refusent des patients, mais il me semble qu'on en aurait entendu parler.

pas sûr : si comme on le pense Omicron est plus transmissible que Delta, surtout chez les vaccinés, il se pourrait que le nombre de cas compense la moindre virulence et que les nombres de décès soient comparables.

[Archi3]

Je ne comprends pas : la vague aux Etats Unis est partie après le Royaume Uni et la France. Ils ne sont donc pas en avance par rapport à nous.

De plus le niveau de cas confirmés est inférieur aux nôtres...

Les Etats Unis ne sont donc pas une bonne préfiguration de ce qui nous attend.
Me trompè-je ?

Pièce jointe 452715

l'état général de la population aux Etats unis (en particulier concernant l'obésité et le diabète chez les jeunes) est surement moins bon qu'en France ...

[yves95210]

pas sûr : si comme on le pense Omicron est plus transmissible que Delta, surtout chez les vaccinés, il se pourrait que le nombre de cas compense la moindre virulence et que les nombres de décès soient comparables.

Tout à fait. Ce que commencent à montrer les chiffres, c'est juste que le risque de décès en cas d'infection par Omicron est plus faible qu'en cas d'infection par Delta.
Mais pas d'un facteur 10... Or l'incidence d'Omicron aujourd'hui est de l'ordre de 10 fois l'incidence de Delta avant le début de la vague d'Omicron.
(j'aurais dû écrire : il devrait y avoir proportionnellement moins de décès)

[yves95210]

Bonjour,

L'idéal, comme tu dis. Mais à défaut on fait avec les données qu'on a...

Je regarderai demain (après rattrapage des sous-déclarations du WE dans les remontées de données des hôpitaux) si on peut en tirer quelque-chose concernant les décès. Vu que Omicron représentait déjà plus de 40% des cas confirmés le 25 décembre (donc des contaminations autour du 20), deux semaines plus tard on devrait commencer à voir l'impact sur les décès, s'il y en a un.

Comme promis j'ai essayé de voir ce que ça donne.

Mais j'ai surtout constaté que le thermomètre du nombre de cas est cassé, certainement à cause de l'effet de la rentrée scolaire et du protocole imposé, qui a entraîné une saturation des capacités de tests (labos et pharmacies) : par rapport à la semaine précédente, le nombre de tests effectués sur les moins de 20 ans a augmenté de 130%, avec un taux de positivité en légère baisse, alors que le nombre de tests sur les 20 ans et plus n'a augmenté que de 3,7%, avec un taux de positivité en augmentation de 30% (il est passé de 14,8 à 19,2%). Autrement dit, les adultes n'arrivent plus à se faire tester autant qu'il le faudrait.
Du coup il devient impossible de prédire le nombre d'admissions à l'hôpital à partir du nombre de cas confirmés quelques jours plus tôt.

Quant au nombre de décès, jusqu'à présent il suit la même progression que le nombre d'admissions à l'hôpital, alors qu'en proportion le nombre d'admissions en réa a clairement baissé depuis qu'Omicron est majoritaire (et pas à cause d'une saturation des services). Cf. le graphique ci-dessous.

Mais c'est peut-être dû au moins en partie à l'augmentation plus récente de l'incidence parmi les plus de 70 ans et de la part des patients âgés parmi les hospitalisés : l'état général des plus de 75 ou 80 ans permet plus rarement qu'ils soient intubés; en revanche leur risque de décès est bien plus élevé. Pour y voir plus clair il faut regarder les données des hôpitaux par tranche d'âge; elles ne permettent malheureusement pas de calculer le nombre d'admissions en réa de chaque tranche d'âge, mais je vais au moins regarder l'évolution du rapport décès / admissions à l'hôpital par tranche d'âge, ça sera peut être suffisamment parlant (à suivre dans un prochain message).

Bref, tout ce qu'on peut dire sur la base du graphique ci-dessous, c'est qu'Omicron n'augmente pas le rapport décès / hospitalisations. Et comme, selon l'analyse déjà postée mais aussi selon les études britanniques il divise par 3 à 4 le rapport hospitalisés / infectés, il divise par au moins autant le risque de décès en cas d'infection.

[yves95210]

L'idéal serait d'avoir les décès par tranche d'âge, par type de variant, et par date d'infection (ou de test)

Ton vœu va être partiellement exaucé : selon un tweet du directeur de la DREES,

Chaque semaine la #DREES publie le statut vaccinal des personnes testées positives et hospitalisées et met les données en #opendata. Nouveauté : vendredi 14/1 prochain, ces données distingueront #OmicronVariant et #DeltaVariant. https://drees.solidarites-sante.gouv...s-publications

On disposera donc des données quotidiennes suivantes, ventilées par tranche d'âge (de 20 ans) et par statut vaccinal (assez détaillé), et par variant pour les données les plus récentes (postérieures au 26/12, je suppose, puisque jusque-là les variants n'étaient pas distingués) :
- nombre de tests positifs (date de prélèvement)
- nombre d'admissions à l'hôpital
- nombre d'admissions en SC
- nombre de décès
En revanche, comme il s'agit de cumuls quotidiens, on n'aura évidemment pas l'info sur la date d'infection de chaque patient hospitalisé, ou la date d'admission de chaque patient mort à l'hôpital.

La mise à jour du 14/01 devrait contenir les données jusqu'au 02/01 inclus et la dernière semaine de données devrait contenir l'info sur le variant; ça sera donc encore un peu tôt pour distinguer l'impact d'Omicron sur les décès, puisque les décès jusqu'à début janvier correspondent dans leur très grande majorité à des contaminations antérieures à mi-décembre, voire bien plus tôt pour une partie d'entre eux (les longs séjours en hôpital qui se terminent mal), datant donc d'une période où Omicron représentait moins de 10% des cas.

Bref, c'est intéressant pour faire des analyses a posteriori, mais pour le suivi en temps réel et comme outil d'aide à la décision pour les mesures à court terme, c'est inutilisable...

Remarque : je ne sais pas comment fait la DREES pour distinguer les cas par variant. Je veux bien croire que les prélèvement effectués sur tous les patients hospitalisés sont soumis à un PCR de criblage. Mais globalement le taux de criblage des prélèvements testés positivement a plafonné à environ 35% entre le 20 et le 30 décembre pour redescendre à moins de 20% ces derniers jours. Je suppose donc que la ventilation par variant du nombre de tests positifs ne sera pas basée sur les résultats individuels, mais sur l'application des taux quotidiens de chaque variant au nombre total de tests positifs.

[Bruno]

Il faudra aussi veiller a distinguer les admissions/décès a cause d'omicron des cas avec omicron, sur le terrain on semble toujours chercher les premiers:

https://twitter.com/24hPujadas/statu...00884778307585

« Le problème c’est que quand vous avez un variant qui n’emmène personne en réanimation, vous n’avez pas de données [...] Il y a tellement peu de patients en réanimation pour Omicron que vous n’arrivez même pas à faire ces calculs »

A Bruxelles 0 omicron en USI malgré la flambée de cas: https://www.dhnet.be/regions/bruxell...78e25398113cf2

Ces observations collent-elles vraiment avec un soit-disant facteur de 2/3/4 ?

[yves95210]

Il faudra aussi veiller a distinguer les admissions/décès a cause d'omicron des cas avec omicron, sur le terrain on semble toujours chercher les premiers:

https://twitter.com/24hPujadas/statu...00884778307585


A Bruxelles 0 omicron en USI malgré la flambée de cas: https://www.dhnet.be/regions/bruxell...78e25398113cf2

Ces observations collent-elles vraiment avec un soit-disant facteur de 2/3/4 ?

Je suppose qu'on en saura plus avec les premières données de la DREES distinguant les nombres de cas / admissions à l'hôpital / adm. en réa / décès par variant. J'ose espérer que les PCR de criblage sont réalisés sur tous les prélèvements positifs effectués à l'hôpital, sans quoi je ne vois pas comment la DREES pourrait fournir ces données.
Sur la première semaine de données concernées (du 26/12 au 2/1) il devrait déjà y avoir un nombre d'admissions à l'hôpital avec Omicron suffisant pour comparer les taux d'admissions en réa entre Omicron et Delta.
En tout cas la baisse rapide du ratio admissions en réa / admissions à l'hôpital depuis fin décembre (visible sur le graphique que j'ai posté plus haut) ne peut être attribuée qu'à l'arrivée de la vague d'Omicron. Et elle correspond à des infections datant d'une période où Omicron n'était pas encore majoritaire, donc elle devrait se poursuivre - reste à voir jusqu'où...