Je suis d'accord avec tes arguments, mais pas avec ce que tu en fais. L'évolution a une influence sur la variabilité génétique. Elle peut l'accélérer, la freiner et même la stocker (virus, rétrovirus, bactéries, ...), créant ainsi une pseudo-variabilité. Le mutationnisme pur et dur auquel j'ai aussi, longtemps adhéré, et qui a complété le darwinisme, ne décrit pas tous les mécanismes de l'évolution.Envoyé par JPL
Si l'on souhaite discuter de l'évolution, il faudrait le faire dans un autre fil, celui-ci ayant un sujet déjà bien défini: l'apparition des virus et bactéries.
N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)
Dans le HS, désolé... À déplacer ou effacer...
Non, car la "parasexualité" en question n'est pas spécifique, elle peut intervenir entre lignées cellulaires très éloignées phylogénétiquement (la phylogénie étant alors strictement cellulaire). Ce type de transmission horizontale ne peut pas être utilisé pour définir des clades (ce qui inclut "espèce"), car alors on ne peut obtenir qu'un clade immense.
Dans le cas de la "vraie" sexualité, l'espèce est un clade cellulaire (j'appartiens à la même espèce que la fille d'une autre fille de la mère de ma mère non pas parce que je pourrais me reproduire avec, mais parce que nous appartenons à un tout petit clade cellulaire au sein du plus grand clade cellulaire qu'est l'espèce).
Non. Faut pas confondre les scientifiques avec la vulgarisation.Or la plupart des biologistes considèrent les bactéries comme les premiers êtres vivants.
NonOr il se trouve que, à l'opposé de la plupart des biologistes
Exact. Et quelle que soit la bifurcation entre les deux filles de LUCA, elles sont à l'origine de deux clades distincts, par définition. Et ces deux clades ne peuvent pas être tout deux "des bactéries", sinon LUCA et toutes ses descendantes (dont nous) serions des bactéries !, je ne considère pas les bactéries comme les êtres vivants les plus anciens (même si j'ai pu peut-être le dire par erreur ou approximation). Mais je peux très bien me tromper. La version actuelle de la philogénie dit que LUCA aurait bifurqué d'un coté vers les bactéries et de l'autre coté vers le reste, qui lui-même aurait bifurqué vers les archées d'un coté et les eucaryotes de l'autre.
Ensuite, je ne pense pas que beaucoup de biologistes considèrent LUCA comme la cellule vivante la plus ancienne. Elle avait des ancêtres "vivants", qui ne peuvent pas être classées comme "bactéries" dans la phylogénie.
Soit on considère "bactéries" comme un taxon arbitraire (comme reptiles, poissons, algues, etc.) et alors on peut arbitrairement dire que les êtres vivants les plus anciens sont des bactéries, ou pas ; ce qui n'est pas informatif. Soit on considère "bactéries" comme un clade excluant les eucaryotes (par exemple), et les êtres vivants les plus anciens ne peuvent pas être des bactéries.
LUCA, ses ancêtres, sa sœur, ses cousines, les descendantes de ses cousines, etc., ne sont pas classables en bactéries, archées ou eucaryotes, c'est aussi simple que cela.
(Et à propos de transmission horizontale, il y a des traces génétiques de cousines de LUCA dans les être vivants actuels.)
"L'évolution" comme acteur, comme sujet qui agit, c'est pour le moins bizarre. Et dangereux. Cela introduit une intentionnalité, dans un domaine dans lequel on sait très bien que l'intentionnalité est un piège. En bon français, quelque chose évolue, et l'évolution est le phénomène, i.e., la modification au cours du temps du "quelque chose".Tout ce que l'évolution modifie est une cible de l'évolution, que ce soit un objet, un système ou même ses propres méthodes.
Vous ne dites apparemment rien d'autre que "certaines choses évoluent, que ce soit un objet, un système ou des méthodes". Et "cibles de l'évolution" = "ce qui évolue".
Dernière modification par Amanuensis ; 06/03/2012 à 19h17.
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
il est même probable qu'aucune n'était une bactérie.
Bonsoir
Justement je me posais la question de ce caractère aléatoire ou non ?
Pour maximiser les chances de survies de l'espèce face à un danger ( modification de l'environnement, prédateur, autre...) il faut qu'au moment où survient ce "cataclysme" certains individus soient génétiquement adaptés pour faire face.
Les espèces choisissent elles de produire constamment un nombre d'individus non viables car génétiquement inadaptés à l'environnement " normal " uniquement pour le cas où celui-ci serait modifié et conférant par la même une chance de survie ( certes hypothétique ) de l'espèce par ces individus inadaptés dans un contexte normal.
Je dirais que plus l'espèce multiplie ces différences, ces bugs plus elle a de chance de trouver des solutions à sa survie, donc quid du caractère aléatoire ?
Tout en étant en bonne partie responsable du hors sujet je ne peux que rappeler maintenant ce qu'a dit Cendres :
Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac
Merci pour cette précision que j'ignorais ou que j'ai oubliée
Donc en langage phylogénique (qui décrit les agencement de clades entre elles), si je veux dire qu'au départ il n'y avait que des archées, je ne peux pas le dire. Je suis obligé d'utiliser l'abstraction LUCA, en disant "LUCA, ce sont les archées anciens". C'est probablement la raison pour laquelle le concept LUCA a été créé. Non ? Puis je dois considérer un clade contenant 3 branches: les bactéries, les archées modernes et les eucaryotes. (Ce qui m'oblige à distinguer les archées anciens des archées modernes). Ton avis là dessus m'intéresse beaucoup (et on est dans le sujet, puisqu'il s'agit de décrire le commencement).
Alors ça, ça me scie. Il faut que tu m'expliques, puisque par définition LUCA est l'ancêtre commun de tous les êtres vivants actuels. Il y a quelque chose qui m'échappe. On ne peut pas avoir comme descendant son cousin !
Entendons-nous bien sur ce sujet qui turlupine pas mal les gens. Je dis haut et fort et sans l'ombre d'une hésitation ou nuance: "il n'y a aucune intentionnalité, aucune finalité dans l'évolution". Et j'ai cet avis, je l'ai depuis le jour où j'ai appris son existence (il y a quelques dizaines d'années). Il faut se placer au-dessus de la problématique sujet/objet, loi/phénomène, car l'évolution c'est à la fois tout ça. Elle est elle-même cible de sa propre action. Mais quand je parle de l'évolution, je suis obligé de la modéliser, selon l'aspect d'elle que je veux décrire.
Et c'est la raison pour laquelle, nous avons ce paradoxe du départ entre virus et bactéries: aucun n'a pu être le départ et chacun a des raisons de l'avoir été. Virus et bactéries sont à la fois l'objet modifié et l'outil qui modifie l'objet, la cause et l'effet.
cette discussion ne mène a rien. Post après post originel fait la preuve de sa méconnaissance des bases de la biologie, ce qui ne l'empêche pas de défendre ses théories d'ailleurs confuses. C'est pathétique.
quant à l'origine des virus, le plus sage est de dire qu'on en ignore à peu près tout. On ne sait pas où les brancher dans l'arbre du vivant. On ne peut pas utiliser les séquences virales intégrées aux génomes des eukaryotes puisqu'il s'agit de transferts horizontaux, donc on manque totalement de données.
Exact.
On est obligé d'utiliser de nouveaux termes, "archés anciens" c'est pas terrible.Je suis obligé d'utiliser l'abstraction LUCA, en disant "LUCA, ce sont les archées anciens".
Entre autres.C'est probablement la raison pour laquelle le concept LUCA a été créé. Non ?
Il y a deux hypothèses, selon que archées et eucaryotes sont clades soeurs, ou eubactéries et eucaryotes sont clades soeurs (le troisième cas semble exclu). Dans le premier cas les eubactérie descendent d'une des fille de Luca, et le groupe descendant de sa soeur n'a pas de nom, c'est [archées + eucaryotes].Puis je dois considérer un clade contenant 3 branches: les bactéries, les archées modernes et les eucaryotes. (Ce qui m'oblige à distinguer les archées anciens des archées modernes).
C'est l'ancêtre cellulaire commun (1) de tous les êtres vivants actuels. Pas nécessairement l'ancêtre de tous les génomes des êtres vivants actuels. Imaginons une transmission horizontale entre X, une cousine de LUCA, et une fille de LUCA : alors, les descendants de cette cellule fille auront hérité d'une partie du génome de X.Alors ça, ça me scie. Il faut que tu m'expliques, puisque par définition LUCA est l'ancêtre commun de tous les êtres vivants actuels.
Et il y a des preuves assez fortes de tels transferts.
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Si on veut éviter toute "pollution", même involontaire, par des idées d'intentionnalité, il ne faut pas présenter l'évolution comme sujet actif. Comme je l'ai écrit, c'est dangereux, i.e., il y a danger d'être mal compris.
(1) Il y a d'ailleurs une petite divergence sur la signification du C dans LUCA. On trouve (minoritaire) la signification "Cellular" plutôt que "Common", par exemple : http://www.acronymfinder.com/Last-Un...28LUCA%29.html. Notons que "Common" est un peu redondant avec "Universal"...
Par ailleurs, est pertinente la distinction entre un ancêtre commun au sens où toutes les pièces de génomes actuels viendraient d'un génome d'un seul ancêtre, et un ancêtre cellulaire commun au sens où toutes les cellules actuelles descendraient par divisions successives d'une seule cellule ancêtre. LUCellA et LUGenA ne sont pas nécessairement les mêmes !
L'opposition rappelle celle entre les "gènes d'abord" et les "métabolisme d'abord". Car la cellule se définit essentiellement par une membrane et la machinerie permettant le métabolisme et la synthèse (ribosomes, etc.).
Dernière modification par Amanuensis ; 06/03/2012 à 22h37.
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
Hier soir je n'avais pas compris tout ça. Mais la nuit porte conseil. Je crois avoir maintenant compris le concept LUCA. En fait, je n'avais jamais fais l'hypothèse LUCA, car je n'ai jamais pensé que l'évolution n'était qu'un mécanisme. J'ai toujours pensé qu'elle était aussi elle-même, la cible de ce mécanisme. Ce relativisme s'éloigne de l'idée que l'ancêtre est un "objet" (génome ou cellule) (gène ou métabolisme).
Mais je conçois maintenant tout à fait, qu'avec une idée fixiste (figée) du mécanisme de l'évolution, on atterrisse obligatoirement à l'hypothèse LUCA.
Comme les êtres vivants (les virus n'en étant pas, en tout cas dans cette hypothèse ...) se ressemblent tous (cellules, génome à ADN, fonctionnements des cellules, contenus des ADN) plus ou moins, l'idée d'une origine commune vient tout naturellement à l'esprit, car les êtres vivants se reproduisent selon leur espèce et transmettent à leurs descendants leurs caractéristiques génomiques et aussi en partie, somatiques (un ou deux cytoplasme(s) selon les cas, car il ne faut pas oublier la parasexualité des bactéries ...). Jusque là, ma façon de penser rejoint celle de tous les évolutionnistes.
Mais l'étape suivante du raisonnement consiste donc (en théorie évidemment) à matérialiser l'origine commune. Là aussi, je suis d'accord de le faire.
La question qu'on se pose ensuite est de se demander si cette origine commune était une cellule ou un génome, et inévitablement, on aboutit sur LUCellA ou LUGenA. Et c'est à partir de là que je ne suis plus d'accord. Car ce raisonnement par du principe que l'évolution est un mécanisme. Et qui plus est, que ce mécanisme est figé et identique depuis l'origine (de quoi ? ...) jusqu'à nos jours. Pour moi, c'est une vision trop classique, trop restrictive de l'évolution. Elle suppose que l'évolution n'évolue pas elle-même. Elle résulte du piège qui consiste à penser que l'évolution est seulement un mécanisme. Il faut relativiser le concept "évolution".
L'hypothèse LUCA sous entend qu'au départ il y avait un monde de cellules qui se reproduisaient selon leur espèce et qui, exceptionnellement seulement, "pratiquaient" les transferts génomiques horizontaux. Puisque c'est le cas aujourd'hui. Mais si l'on sort de cette approche fixiste de l'évolution et que l'on supprime le "exceptionnellement seulement", si les transferts horizontaux étaient tout aussi fréquents (...) que les reproductions, tout change. LUCA n'est alors plus une cellule, mais un flou biologique à 2 dimensions:
- verticale : la reproduction, géré par les cellules et qui produit de l'hérédité
- horizontale: les transferts génomiques gérés par les virus.
Les activités de ces 2 dimensions étant d'une intensité comparable (au départ, selon mon hypothèse). Évidemment, dans ces conditions, les espèces naissent et meurent à toute vitesse et la dimension verticale a du mal à survivre, à seulement exister, mais elle finira par émerger et triompher, mais jamais totalement (car les virus sont toujours encore là, et heureusement ...).
Cette façon de voir les choses donne évidemment un rôle considérable aux virus, mais aussi aux cellules. Ils sont les vestiges (surtout les virus) de chacune de ces deux dimensions. Cette théorie peut aller loin, car elle suggère qu'avant l'existence des 2 dimensions, le flou biologique pouvait avoir plus de dimensions encore ...
Oui je sais, ce que je raconte ici sort complètement des rails de la logique évolutionniste classique, mais si on veut sortir du paradoxe virus/bactéries, il faut bien sortir aussi des raisonnements qui en ont fait un paradoxe ...
Il y a, àmha, confusion entre "mécanismes de l'évolution" et l'existence d'hypothèses simplificatrices comme LUCA.
L'existence de transferts horizontaux (en particulier le plus évident qui soit, l'apport génétique d'un spermatozoïde en procréation sexuée) est connue depuis longtemps, et on sait très bien que cela (encore plus si combiné avec la recombinaison) fait qu'il y a (chez les espèces à procréation sexuée par exemple) de multiples arbres phylogénétiques si on travaille à l'échelle du gène.
Maintenant, le passage entre générations ne concerne pas seulement les gènes, mais aussi le cytoplasme, ce qui permet de parler d'une phylogénie cellulaire (1). L'hypothèse LUCellA est une hypothèse simplificatrice consistant à supposer que les lignées cellulaires forment un arbre (ce qui revient à ignorer les fusions cytoplasmiques), arbre qui se réduit à une seule cellule dans un lointain passé si on prend comme seules feuilles les cellules existant actuellement.
Une difficulté est qu'on cherche à reconstruire l'arbre cellulaire à partir de multiples arbres génétiques. On fait effectivement l'hypothèse simplificatrice que les transferts horizontaux sont suffisamment minoritaires pour que la combinaison de multiples arbres génétiques donne statistiquement l'arbre cellulaire.
Il se peut que LUCellA soit un "mythe" simplificateur (si les fusions cytoplasmiques étaient courantes dans le passé), ou que LUCellA ait existé mais que l'information génétique permettant de la "reconstruire" soit perdue (si les transferts horizontaux étaient importants dans le passé). (On n'a pas moyen de reconstruire l'arbre cellulaire directement : seule l'information génétique est utilisable.)
Je ne vois pas l'intérêt de mélanger ces "détails" techniques avec des questions sur des "mécanismes de l'évolution". Je ne pense pas que beaucoup de biologistes pensent que le vivant (et son histoire) soit "simple", respectant scrupuleusement des "principes" qui nous simplifieraient le travail ! Il y a par contre des modèles simplifiant, vraisemblablement de simples approximations, fausses comme toute approximation.
(1) Notons que la difficulté à placer les virus dans l'arbre du vivant est évidente si on prend en compte l'arbre cellulaire !
Dernière modification par Amanuensis ; 07/03/2012 à 09h51.
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
il y a un bel exemple de structure génétique non arborescente dans cet article de Lima-Mendez et al :
http://mbe.oxfordjournals.org/content/25/4/762.short
Je vois qu'il y a un gros malentendu entre nous à propos des transferts génétiques horizontaux. Je n'ai pas un instant pensé à la procréation sexuée comme instrument des transferts horizontaux. Il est vrai qu'elle est un transfert horizontal, mais seulement entre deux individus d'une même espèce (sauf exception plus que rarissime, surtout dans la nature). Les transferts horizontaux dont je parlais sont uniquement les transferts inter-spécifiques, pas intra-spécifiques. Ces transferts existent pratiquement chez toutes les espèces (même, et surtout chez l'homme). Et là évidemment, la sexualité n'est pas concernée (et si oui, extrêmement indirectement).
Ces transferts se font par les virus, et surtout les rétrovirus, lorsque par exemple un ERV (endogenous retrovirus) est réactivé (reprend sa liberté) par l'activité notamment, d'un autre virus. Il arrive que le rétrovirus libéré emmène avec lui (par erreur) un morceau d'ADN qui ne lui appartient pas et qu'il reste toutefois viable. Les virus à ARN ne produisent pas de système contrôlant ce qu'ils "font (faire)". Ils se trompent environ 1000 fois plus que les virus à ADN. Des erreurs se produisent environ une fois sur deux par virion ARN produit (les rétrovirus sont toujours des virus à ARN+) d'ailleurs, la grande majorité des virions dupliqués ne sont pas viables.
Et l'homme est l'espèce connue pour avoir de loin le plus d'espèces rétrovirales, les HERV (human endogenous retrovirus) et il y a à mon avis une raison à ça ... Puis, par ordre décroissant, viennent les primates, puis les mammifères, puis les vertébrés (tout ça n'est pas innocent ...). Mais les rétrovirus existent depuis bien plus longtemps. Si donc je parle des rétrovirus, c'est parce qu'ils sont les plus actifs, les plus participatifs pour les transferts horizontaux entre espèces. Mais les autres virus produisent aussi des transferts horizontaux, surtout ceux (car tous ne font pas) qui se reproduisent par la lyse (destruction) de la cellule (ce qui les met en contact possible avec des morceaux d'ADN de la cellule victime).
Ainsi, lorsqu'un virus viable (par hasard ...) ayant emporté un ADN qui ne lui appartient pas infecte avec succès une cellule d'une autre espèce (ça dépend de la largeur du spectre du virus) il traîne avec lui son morceau d'ADN (dont il ne sait que faire, et ses descendants aussi ... ceux qui sont en tout cas correctement dupliqués). Et si c'est un rétrovirus, il emmène obligatoirement avec lui cet ADN dans le génome de son hôte. Le transfert horizontal est fait ! Il faut savoir aussi qu'un rétrovirus place son génome dans l'ADN de son hôte un peu n'importe où.
Petite remarque encore. Les virus à ARN sont tellement tête en l'air
Voilà donc ce que j'entends par transferts horizontaux: les transferts inter-spécifiques effectués par les virus.
Si vous voulez... La notion est plus générale que cela, mais si vous voulez essayer de révolutionner le vocabulaire, libre à vous d'essayer.
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
Oui, tout à fait d'accord. Disons que j'aurais dû rajouter "aussi et surtout". En fait mon but était surtout d'insister sur le rôle éminent des virus dans ce type de transferts horizontaux alors qu'amanuensis voit surtout la procréation sexuée (ou apparenté). Ce n'est pas faux, mais elle n'existait pas au démarrage de la vie. C'est surtout important, lorsque comme moi, on a tendance à considérer que ce serait les archées (et non les bactéries) qui sont apparues en premier.
En effet les archées n'ont apparemment pas tous les moyens (déjà pas terribles) qu'ont les bactéries pour "pratiquer" les transferts horizontaux. Les archées n'ont qu'un mécanisme analogue à la conjugaison bactérienne (aux dernières nouvelles ?). Pour elles, les virus ont donc un plus grand intérêt. Et donc pour les virus, la co-évolution est plus intéressante avec les archées qu'avec les bactéries. En fait, avec mon hypothèse, plus on se rapproche des origines de la vie, plus les virus avaient de l'importance. La diversité spécifique des virus devait être très grande aux origines de la vie (un âge d'or des virus). Puis, peu à peu, le mécanisme des transferts horizontaux a trouvé des solutions partielles (notamment la sexualité) ne nécessitant plus autant, l'aide des virus. Leur importance a alors diminué.
Puis, les virus ont de nouveau commencé à reprendre de l'importance, avec l'apparition des vertébrés ...
Puisqu'on en est à proposer des hypothèses.
Y a-t-il des arguments qui vont à l'encontre de l'hypothèse que les virus auraient pu être les premiers systèmes permettant la réplication de LUCAS puis conservé chez les archées, les bacteries et les eucaryotes ?
Le génome des premieres formes de vie étant je pense très petit, un "virus" aurait pu transporter l'ensemble du génome.
Puis la fonction aurait été conservée, prélevant une partie seulement du génome source, une certaine forme de gamète unipolaire en somme.
Lucas version évoluée aurait alors pu être un assemblage polymorphe de ces fragments.
Ce qui lui aurait donné, en fonction des aléas, des caractères nouveaux parfois avantageux.
Le virus libre ne possedant pas de métabolisme à proprement parler n'étant, selon Patrick Forterre par exemple, probablement que la spore issue de la cellule, bactérie ou archée.
Le virus à proprement parler pouvant être considéré comme étant "l'hôte" une fois celui-ci associé à la "spore".
Le virus n'est pas nécéssairement pathologique, mais s'intègre souvent à l'hôte, sans nécéssairement non plus se multiplier dès son "infection".
Bonsoir,
Je dirais que c'est possible mais pas pour LUCA. Plutôt des organismes cellulaires encore plus simples, comme les cellules à ARN de Forterre.
Si l'hypothèse LUCA est valable, il s'agissait d'un être aussi complexe qu'une bactérie ou une archée.
Par exemple, voici une description succinte de LUCA tiré de la page 11 d'un papier fameux de Martin & Russell (2003) :
Si je tente une comparaison, il est fort probable que LUCA possédait déjà un génome de plusieurs millions de paires de bases, comme les bactéries acétogènes actuelles. Cela dit, on peut envisager que tout comme les mimi et megavirus, les premiers virus étaient d'anciennes cellules à ARN qui ont progressivement abandonné un nombre important de leurs fonctions pour parasiter d'autres cellules à ARN.The universal ancestor as depicted in figure 3 was, in our view, an organism—though not a free-living one—that should have possessed all of the attributes that are common to all eubacterial and archaebacterial chemoautotrophs: the genetic code, the ribosome, DNA, a supporting core and intermediate metabolism (nitrogen fixation, modern amino-acid, nucleic-acid and cofactor biosyntheses) needed to supply the constituents of its replication (doubling of mass), compartmentation from the environment, redox chemistry and ATPases, which could have used the naturally existing proton gradient (alkaline inside, acid outside) at the seepage site.
Donc, les virus seraient bien apparus avant LUCA (comme le pense Patrick Forterre), mais bien après les premières formes de vie cellulaires, quoique selon l'hypothèse de Russell et de ses collègues, cette vie serait restée confinée dans les compartiments minéraux des fumeurs blancs au fond des océans de l'Hadéen, parce qu'elle n'était pas encore pourvue des membranes telles que nous les observons aujourd'hui.
Cordialement.
D'accord, LUCA est effectivement déja bien évolué, et parler de LUCA pour des formes de vie plus primitives (avec ou sans S
Attention là ! Le virus n'a pas vocation à transporter le génome des autres. Mais à contenir son génome à lui. Et c'est toujours par erreur qu'il se voit contenir des bouts de génome des autres. (Le terme "transporter" convient assez mal (mais se comprend néanmoins
Quant à la réplication, il faudrait savoir "qui réplique qui". Le virus ne peut pas répliquer son hôte, car sinon il "oublie" de se répliquer lui même, et donc disparaît. Et s'il se réplique lui-même, il ne réplique pas son hôte.
Là c'est le "à proprement parler" qui me titille. Il n'a absolument pas de métabolisme: il n'est capable d'aucune action, strictement aucune. Il n'agit pas, il est. C'est tout.
Une spore est destinée à la reproduction d'un individu de l'espèce dont elle provient. Donc là, la spore elle reproduit quoi ? La cellule ou le virus ? Si l'un de deux n'est pas reproduit, il disparaît.
Donc le virus envelopperait la cellule ??????????
Tout à fait juste. Si on n'oublie pas toutefois qu'une partie au moins des phénomènes suscité par un virus doit être agressive, faute de quoi il disparaît.
Faire des hypothèses n'est jamais ridicule
Et pourtant il va pouvoir reproduire le même "virus", avec les mêmes capacités qu'il présentait au moment ou la spore a été produite.
Dans le cas d'une forme de vie très simple, on peut concevoir que le virus est la cellule fonctionelle.
Qui peut transmettre son adn à une autre forme de vie simple fonctionelle.
Une cellule (ou bacterie ?) actuelle peut être infectée par plusieurs virus.
http://vaccin.sourceforge.net/docs/definition1.html
Mais je conviens qu'effectivement le processus de "duplication" n'est pas très clair à ce niveau.
Effectivement il na pas de métabolisme, mais a tout de même quelques fonctions.
Des pinces pour s'accrocher aux bacteries etc.
Non, il ne disparait pas, puisque des formes de vie, "infectées" sont là depuis que le virus existe pour produire ces "spores".
Le virus est la cellule infectée.
Le materiel génétique et la capside est la spore.
C'est une représentation récente du "virus", qui nécéssite bien entendu que les scientifiques finissent par s'accorder sur ce point.
Il doit transformer en partie la machinerie cellulaire pour aboutir, à terme, à la duplication de son propre génome, lui-même muté ou non.
Ou. Transmettre son materiel génétique par infection non destructive aux descendants de l'organisme multicellulaire.
Le placenta par exemple semble aux dernières nouvelles être apparu sous l'effet d'un virus.
http://www.larecherche.fr/content/re...rticle?id=9196
Ne pas oublier de la même manière qu'une portion importante du génome des vertébrés est d'origine virale.
Mais on peut aussi se demander pourquoi la mouche a un génome présentant moins de sequences virales.
http://www.astrosurf.com/luxorion/bi...-evolution.htm
Un virus n'est pas une cellule et une cellule n'est pas un virus. Ou alors on parle de tout autre chose qu'il faudrait définir avec précision et dont il faudrait de surcroit expliquer la disparition totale. Il faudrait aussi expliquer le lien entre ce virus-cellule avec la "faune" d'aujourd'hui.
Oui. On se reproduit selon son espèce. On ne reproduit jamais les autres.
Là tu parles des bactériophages. Ce sont des virus complexes qui (de ce fait) ne sont certainement pas apparus les premiers. L'énergie nécessaire au fonctionnement des pinces-seringues, si jamais elle provenait du virus, elle lui aurait été donnée lors de sa dernière fabrication, par la cellule hôte et le virus aurait donc été fabriqué un peu comme une arbalète armée (mais au niveau moléculaire). Autre possibilité, c'est la cellule infectée qui malgré elle fournit au virus, l'énergie nécessaire à leur fonctionnement. Et c'est le contact entre bactérie et virus qui active la pince-seringue. Par ailleurs, une fois que la pince a fonctionné, elle ne peut plus revenir en arrière.
Non, cet ensemble est une nucléocapside. Ou si tu préfères, un virion de ce qu'on appelle un virus nu (espèce de virus sans membrane). Lui donner un autre nom (spore) ne change rien à sa nature. Il faut appeler un chat un chat, sinon on ne sait plus de quoi on parle.
Oui, le virus inhibe temporairement et partiellement le système immunitaire. Mais il reste un virus.
Oui, mais clairement identifiable comme d'origine virale. Mais la plus grande partie de notre génome n'est pas "fonctionnelle".
Question que j'aimerais bien approfondir, quand j'aurai le temps. Les insectes ont une grande variabilité génétique par eux-mêmes ... Les virus leur semblent donc moins utiles ...
Ou plutot, aucune fonction precise n'a ete demontree a l'heure actuelle.
Si vous appliquez beaucoup de rigueur a corriger ce que disent les autres internautes, commencez par vous-meme, je pense que vous serez d'accord avec moi sur le fait que les mots ont un sens et notre discipline ne laisse que peu de place a l'approximation verbale.
Je faisais allusion aux pseudogènes. La question était de savoir si l'installation d'un virus n'importe où [...] dans l'ADN provoquait toujours des dégâts. Si elle se fait dans des pseudogènes, elle ne va pas trop ou pas du tout "déranger". Tandis que si cette installation vient perturber d'autres gènes (plus stratégiques) c'est une autre affaire. Et comme les pseudogènes sont largement majoritaires (90%) ... La question se pose évidemment de leur utilité. En tout cas elle n'est pas immédiate, pas cruciale pour l'espèce. Il semble fort qu'ils servent de gènes de réserve en quelque sorte (ce qui en soi n'est pas inutile). On connaît l'utilité de certains d'entre eux chez des espèces cousines (odorat ...). Certains les appellent des "gènes fossiles". Je ne nie pas que ce soit utile. Lorsque sur l'ordinateur on supprime un fichier, on est parfois content qu'il ne soit mis que dans la poubelle et non pas réellement supprimé. L'ADN n'a pas d'intentions, de but, de finalité, il existe tout simplement. La sélection naturelle lui "demande" simplement de fonctionner.
Je suis tout à fait d'accord qu'il faille être rigoureux. Mais émettre des réserves sur chaque mot important qu'on emploie alourdit considérablement le texte. Il est vrai que j'aurais dû tout de suite employer le terme "pseudogène", bien que ce terme soit lui aussi sujet à polémique chez les scientifiques (certainement à juste titre).
Qu'entendez vous par "installation"?
En fait je parle des rétrovirus. Mais les virus à ADN font à peu près la même chose, mais par un autre chemin évidemment (pas forcément plus simple), puisque leur génome est déjà de l'ADN. Je m'exprime comme si le virus agissait (ce qui n'est pas le cas !!!), mais c'est plus facile à dire.
La première chose que le rétrovirus fait une fois entré dans la cellule, c'est (comme tous les virus dans ce cas là) de se "déshabiller": il retire sa capside. Son ARN+ ainsi "tout nu" fabrique l'enzyme nécessaire à sa traduction en ADN: la transcriptase inverse (ou rétrotranscriptase). Puis l'ARN+ est traduit en ADN (je ne sais plus si ça se passe dans le cytoplasme ou dans le noyau). Puis l'ADN, une fois dans le noyau, va s'insérer dans l'ADN de l'hôte (un peu n'importe où, disent certains spécialistes ...).
Une fois installé, le virus a la possibilité de provoquer une action qui lui est spécifique (...) et il a aussi la possibilité de lancer sa duplication. Et il peut aussi ne rien faire pendant longtemps. Ce qui déclenche son action, c'est l'état de la cellule hôte. Et cet état peut par exemple dépendre du stress de son hôte (intéressant, non ? ...).
Évidemment, c'est terrifiant, car le virus est vraiment au poste de commande le plus important de la cellule. Mais il faut voir aussi que s'il est systématiquement trop nuisible à l'individu porteur de la cellule hôte, il scie la branche sur laquelle il est assis.
Ceci est d'autant plus vrai si la cellule hôte est un gamète, par exemple un ovule. A partir de ce moment là, il devient endogène, et son sort est encore plus lié à son hôte. Il a même tout intérêt a rendre des services à son hôte et à devenir son endosymbiote. D'ailleurs en général, arrivé à ce stade, il ne se duplique plus à la façon "virus", il se laisse reproduire par son hôte.
Cette forme de symbiose est une symbiose génétique, par opposition aux symbioses traditionnelles (métaboliques et/ou comportementales). La symbiose génétique est un outil supplémentaire de l'évolution. Mais attention, il ne faut pas tomber dans l'angélisme ou le manichéisme et dire que ce genre de virus est gentil (parce qu'il vient rendre service). L'installation d'un tel virus dans une espèce hôte peut parfois se faire dans une phase très agressive: le virus élimine tous ceux qui ne veulent pas l'accepter (mais ce n'est pas non plus une obligation ...).
Voilà. Si j'ai dit des inexactitudes, je suis sûr de trouver des correcteurs
J'aurais plutot tendance a penser que les virus sont apparus bien avant la vie cellulaire et qu'ils remontent à l'apparition des enzymes. Il est certes difficile d'estimer la probabilité pour qu'une nouvelle fonction enzymatique avantageuse apparaisse au gré des mutations mais on peut raisonnablement penser que c'est un évènement extrêmement rare, bien plus rare que l'apparition d'une mutation capable de capturer un enzyme donnée (cf les aptamères ou les anticorps, une banque aléatoire de quelques millions de molécules contiendra toujours au moins quelques élements capables de se lier à une enzyme donnée de façon spécifique).
Quand les premières entités autoréplicatives ont été capable de produire des enzymes intéressantes, d'autres entités ont sans doute très rapidement appris à s'en saisir à leur avantage. D'une certaine façon, ces voleuses étaient les premiers virus. Il est d'ailleurs possible qu' avant la vie cellulaire, il a existé une période pendant laquelle il n'existait que des virus, à savoir qu'aucune entité autoréplicative n'était complètement autonome et qu'elles dépendaient toute d'autres entités pour assurer certaines fonctions.
Je me permet.Voilà. Si j'ai dit des inexactitudes, je suis sûr de trouver des correcteurs
En fait je parle des rétrovirus. Mais les virus à ADN font à peu près la même chose, mais par un autre chemin évidemment (pas forcément plus simple), puisque leur génome est déjà de l'ADN. Je m'exprime comme si le virus agissait (ce qui n'est pas le cas !!!), mais c'est plus facile à dire.
La première chose que le rétrovirus fait une fois entré dans la cellule, c'est (comme tous les virus dans ce cas là) de se "déshabiller": il retire sa capside.
Que ce soit pour les retrovirus ou les autres virus c'est faux, certains virus une fois dans la cellule conservent leur capside, certains virus necessite l'acidification de l'endosome, d'autres arrivent jusqu'au pore nucleaire sous forme capside (certains parvovirus).
L'histoire des retrovirus est sujette a caution, un debat actuel et de savoir quand se realise la decapsidation, est-elle proche du noyau, il y a t-il un deshabillage progressif etc.
Son ARN+ ainsi "tout nu" fabrique l'enzyme nécessaire à sa traduction en ADN: la transcriptase inverse (ou rétrotranscriptase).
L'ARN+ n'est absolument pas nu... Et heureusement. Dans le cas du VIH et autres retrovirus, il est complexe avec la nucleocapside, Vpr et surtout la RT qui provient du virion (celle ci est produite apres transcription du provirus en precurseur maturé par la protease : processus qui en passant se déroule dans le virion)
Puis l'ARN+ est traduit en ADN (je ne sais plus si ça se passe dans le cytoplasme ou dans le noyau). Cytoplasme.
Puis l'ADN, une fois dans le noyau, va s'insérer dans l'ADN de l'hôte (un peu n'importe où, disent certains spécialistes ...). Ah bon? Les specialistes disent ca? C'est absolument faux (Dieu ne joue pas au des, comme dirait notre bon vieux Albert). La selection des sites d'integration est extrêmement régulée, et est retrovirus-dependant. C'est la raison pour laquelle nous avons des onco-retrovirus, le cas du virus murim de moloney qui a servi de base pour la therapie genique, son integration est favorisee au niveau des promoteurs des genes et en particulier en retrouve au niveau d'une zone regulatrice LMO2 (hop leucemie). Le VIH et ses freres lentivirus eux sont plus sage et favorisent les ORFs des genes activement transcrits et ce ciblage est medie par l'interaction entre le complexe d'integration et un facteur de transcription cellulaire (LEDGF/p75 pour ceux que ca interesse).
Une fois installé, le virus a la possibilité de provoquer une action qui lui est spécifique (...) et il a aussi la possibilité de lancer sa duplication. Et il peut aussi ne rien faire pendant longtemps. Ce qui déclenche son action, c'est l'état de la cellule hôte. Et cet état peut par exemple dépendre du stress de son hôte (intéressant, non ? ...).
Pour ma part cela ne veut rien dire (on une affirmation et son contraire). Le provirus ne déclenche rien du tout, la cascade d'événements fait qu'il y a transcription du provirus car il y a recrutement des facteurs de transcriptions comme pour un gene hote lambda. Les mécanismes de latence sont malgré tout peu connus, mais semblent dependant de la cellule.
Évidemment, c'est terrifiant, car le virus est vraiment au poste de commande le plus important de la cellule. Son action est quand meme limite a la transcription et traduction de son propre genome.
Mais il faut voir aussi que s'il est systématiquement trop nuisible à l'individu porteur de la cellule hôte, il scie la branche sur laquelle il est assis.
Ceci est d'autant plus vrai si la cellule hôte est un gamète, par exemple un ovule. A partir de ce moment là, il devient endogène, et son sort est encore plus lié à son hôte. Il a même tout intérêt a rendre des services à son hôte et à devenir son endosymbiote. D'ailleurs en général, arrivé à ce stade, il ne se duplique plus à la façon "virus", il se laisse reproduire par son hôte.
Cette forme de symbiose est une symbiose génétique, par opposition aux symbioses traditionnelles (métaboliques et/ou comportementales). La symbiose génétique est un outil supplémentaire de l'évolution. Mais attention, il ne faut pas tomber dans l'angélisme ou le manichéisme et dire que ce genre de virus est gentil (parce qu'il vient rendre service). L'installation d'un tel virus dans une espèce hôte peut parfois se faire dans une phase très agressive: le virus élimine tous ceux qui ne veulent pas l'accepter (mais ce n'est pas non plus une obligation ...).
Je vais faire en gros pour les derniers paragraphe n'etant pas specialiste des ERVs.
Au niveau genome et transcription (sans parler des mecanismes de regulation) un ERV n'est pas si different d'un retrovirus, il subit les divisions cellulaire, mais n'a plus de cycle extracellulaire. Je comprend pas symbiose genetique, ni traditionnelle... ca veut rien dire. Et que veux dire la dernière phrase...
Voilà. Si j'ai dit des inexactitudes, je suis sûr de trouver des correcteurs
Desole pour le manque d'accents, clavier qwerty oblige, le correcteur automatique en squeeze certains.
Svenn, tes réflexions sont intéressantes et pertinentes, mais elle soulèvent des questions.
Et les virus de cette époque se seraient alors reproduits comment ?
Intéressantes pour qui, pour quoi ? Pour les entités ? Pour les virus ? Pour la réplication en général ? ... ?
Que signifie "que des virus" ?
Là oui. 100% oui. C'est à mon avis une description tout à fait juste du départ. Et si l'on réfléchit bien, ... même de la vie actuelle. On est dans le flou. Un peu comme s'il s'en dégageait une sorte de principe d'incertitude ...
Par ailleurs, j'ai lu, tout à la fin de http://www.astrosurf.com/luxorion/bi...evolution2.htm
Bien que l'auteur parle d'embranchements (vocable taxinomique, de plus ici erroné), il devrait utiliser le mot "clade" (vocable phylogénique) qui convient mieux à la description des origines (qui est son propos). Je pense en effet qu'il évoque les bactéries, les archées et les eucaryotes.La comparaison des gènes d'espèces appartenant aux trois principaux domaines indique que 324 gènes seulement furent conservés entre les trois embranchements, dérivant probablement d'un ancêtre commun. On peut donc supposer qu'il exista un cellule progénitrice de toutes les formes de vie, LUCA, le dernier ancêtre commun universel.
De plus, ce qu'il dit manque de précision. Je pense qu'il veut dire que
- 324 gènes sont communs aux 3 clades (liaison "ou")
- et non 324 gènes sont communs à toutes les espèces (de ces 3 clades) (liaison "et").
Et donc cette information ne nous dit pas grand chose. Il serait bien plus intéressant de trouver le nombre de gènes communs à toutes les espèces. Et on sait qu'il a de bonnes chances d'être inférieur ou égal à 324. Je suppose fortement que ce chiffre doit être zéro. Au quel cas, LUCA serait quelque chose d'indéfinissable qui ne serait ni une cellule (seule), ni un virus (seul).
Mais si ce n'est pas zéro, il faudrait examiner de plus près les gènes ainsi retenus et voir s'ils contiennent une quelconque cohérence possible, pour conclure si on a affaire à un virus, une cellule ou quoi que ce soit d'autre.
On voit donc déjà qu'on a perdu en route (durant toute l'évolution) l'essentiel. Donc ce qui aurait dû vraisemblablement le plus dû être favorisé par la sélection naturelle si LUCA avait été un être reproductible.Toutefois les gènes contrôlant la réplication de l'ADN, pourtant si cruciaux pour l'identité génomique et sa conservation ne font pas partie de cet ensemble !
D'abord il ne s'agit pas des gènes communs aux espèces (comme je l'ai dit). Ensuite il faudrait étudier la cohérence (fonctionnelle) de l'existence simultanée de tous ces gènes dans un même individu. Ensuite, par quelle magie, cet individu, vraisemblablement un des plus simples, puisqu'il est le premier, aurait déjà eu 324 gènes (au moins !) et dans de l'ADN, pour faire quoi, dans un monde oùAussi, en terme de nombre de gènes, un virus à ADN pourrait facilement fournir cette quantité de gènes.
On peut imaginer que les premiers virus à ADN étaient des cellules dégénérées correspondant à des lignées très anciennes aujourd'hui disparues, ayant ou non précédé LUCA.
Tous ces indices ainsi que d’autres pourraient finalement témoigner du fait que les virus nous ont aidé à faire de nous ce que nous sommes.
- soit il est seul et donc où il n'y a pas grand chose à faire à part se reproduire,
- soit il n'est pas seul et alors il faut expliquer pourquoi lui seul a laissé ses gènes à tout le monde
- soit ... ?
Salut MantOs,
Je n'ai pas voulu faire un cours de virologie détaillé sur la décapsidation (j'en serais fort incapable). Parfois elle ne se fait pas immédiatement, parfois elle ne se fait que partiellement (par moitié ou moins encore). Mais ça ne change rien au principe que tant qu'il n'y a pas de contact entre l'ARN du virus et le milieu cellulaire, il ne se passe rien.
Quand je dis que l'ARN est nu je veux dire qu'il est en contact avec le milieu cellulaire. Le fait qu'il soit complexe ne signifie pas qu'il ne soit pas "nu". Je n'ai jamais parlé de sa complexité.
Quant aux lieux d'implantations, je sais qu'il y a des règles dans la forme (transposons, ...), mais quant au locus cible c'est plus vague et controversé. Mais tout ça ce sont des détails techniques. Tu utilises toi-même le terme "favorisent".
Le virus ne provoque pas que des transcriptions. Ne serait-ce que par le fait qu'il emmène avec lui (souvent par erreur, surtout les virus à ARN) des codes "productifs". Mais il a aussi des gènes "stratégiques" qui lui sont propres.
Une symbiose génétique c'est tout simplement un provirus endogène qui rend des services à l'individu.
Un ERV n'est non seulement pas si différent d'un rétrovirus, mais c'est un rétrovirus (ERV = endogenous retrovirus).
Quant à la phase agressive je cite un exemple. Le virus de la myxomatose qui a tué 99,8 % de lapins en Australie. Si ça ce n'est pas agressif ? ... Puis il s'est endogénéisé chez les survivants qui se sont de nouveau renouvelés à grande vitesse. C'est un moyen évolutif rapide de transformer génétiquement 100 % de la population avec un nouvel avantage.
Cela dépend de ce qu'on appelle "conservé". Si c'est à séquence identique, c'est 0. Mais si on parle de gènes qui :
1) Donnent une protéine ou un ribosyme dont la fonction n'a jamais changé ;
2) Ont des séquences phylogéniques qu'on peut montrer s'organiser en un arbre unique (orthologie)
alors il y en a bien plus que 0.
Cela comprend (entre autres) des protéines de métabolisme (comme l'ATP-synthase), et surtout la machinerie essentielle à l'usage de l'ADN pour coder des protéines, comme les composants des ribosomes, les aaRS, les ARNt, des enzyme pour la lecture et la reproduction de l'ADN, etc.
Si c'était 0 gènes communs, il ne serait même pas possible de parler de trois clades issus d'une même racine ! Les gènes servant à la phylogénie "profonde" sont nécessairement communs. Et en fait il faut de tels gènes pour supporter rigoureusement la thèse d'une origine ancestrale commune à tout le vivant actuel.
Confusion entre LUCA et un ancêtre lointain de LUCA.Ensuite, par quelle magie, cet individu, vraisemblablement un des plus simples, puisqu'il est le premier, aurait déjà eu 324 gènes (au moins !)
LUCA était vraisemblablement déjà une cellule très élaborée, pas nécessairement moins élaborée que certaines cellules actuelles ! Son fonctionnement métabolique (chaînes d'oxydo-réduction avec protéines trans-membranaires, gradient pH trans-membranaire, usage de l'ATP), le mécanisme ADN-ARNm-ARNt-aaRS-ribosome, les mécanismes de duplication de l'ADN, etc. sont déjà en place.
La seule particularité de LUCA est négative : les autres cellules contemporaines à LUCA n'ont pas de descendants actuellement : leurs lignées se sont éteintes petit à petit, éventuellement même assez récemment !
Notons que LUCA est un concept relatif : la LUCA il y a un milliard d'années n'est vraisemblablement pas la LUCA de maintenant, et celle-ci pourra fort bien être remplacée par une de ses descendantes dans le futur !
LUCA n'est pas un "premier", c'est plutôt un dernier, comme le L de son acronyme le rappelle
Pour parler de cellules originelles, peut-être "simples", il faut remonter bien plus loin que LUCA, car les fonctions élaborées de LUCA, dont le coeur forme un ensemble cohérent, ont demandé vraisemblablement beaucoup de temps pour se mettre en place.
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
