Je suis navre mais c'est encore faux, il existe ce qu'on appelle "early RT" ou celle ci se deroule dans le virion.Envoyé par originel
Le locus cible? detaillez un petit peu j'ai des arguments (scientifiques) sous le coude encore
De meme pour les "codes productifs" et strategiques, qu'est ce donc, travaillant dans le domaine je n'ai jamais entendu parle de ceci.
Pas le temps de repondre pour les ERVs (manip sur le feu) , ptet plus tard =]
Ok. Je pense maintenant avoir compris la relativité du concept LUCA. Il me semble donc plutôt hors sujet dans ce débat, car au fur et à mesure du temps (de l'évolution), il s'éloigne des origines et donc de l'explication des origines. Il n'est en quelque sorte pas lié aux origines, mais lié à la situation actuelle.
Il décrit les origines de la situation actuelle, mais pas les origines de la vie.
Je ne vois donc plus du tout à quoi peut alors servir ce concept.
Correct.
1) C'est une manière de présenter l'hypothèse très forte de la communauté ancestrale du vivant cellulaire actuel. (Ce qui est quand même un pilier important de la théorie de l'évolution, et un argument fort contre une quelconque génération spontanée postérieure à LUCA.)Je ne vois donc plus du tout à quoi peut alors servir ce concept.
2) C'est une sorte de "barrière" : l'ensemble des génomes des êtres vivants actuels peuvent être utilisés comme des "traces fossiles", pour reconstruire le passé, mais LUCA forme une barrière à la reconstruction par ce moyen (excepté pour les cas de transmission horizontale déjà cités, mais qui ne permettent pas de remonter ni bien loin ni sur autrement que quelques fonctions).
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
A partir du moment où des entités à base d'acides nucléiques sont capables de de s'auto-répliquer et que cette réplication ne dépend pas de la séquence en acide nucléique (sinon le système ne survivrait pas aux mutations), alors le minimum vital nécessaire à la réplication d'un virus est disponible. Tout le reste, c'est de l'amélioration et des moyens de contourner les defenses de l'hote. Les virus les plus basiques qui soient (les viroïdes) sont des petits ARN circulaires de quelques centaines de nucléotides ne codant pour aucune protéine. Ils se contentent de piéger la RNA pol II, la polymérase qui sert normalement à synthétiser les ARN messagers. C'est suffisant pour être contagieux et faire des ravages chez certaines plantes. Dans un contexte où les entités réplicatives étaient peu ou pas défendues et où il n'y avait pas de compartimentation, les viroides ou des éléments analogues étaient particulièrement bien adaptés.
Pour la réplication en général. Si l'entité A dispose d'une polymérase 10 fois plus processive que celle de B, tout individu de l'entité B obtiendrait un très gros avantage évolutif en trouvant le moyen de capturer la polymérase de A. Il peut également s'agir d'enzymes essentielles au métabolisme, les possiblités sont très vastes.Intéressantes pour qui, pour quoi ? Pour les entités ? Pour les virus ? Pour la réplication en général ? ... ?
Il faut déjà savoir ce qu'on appelle un virus dans un monde sans cellule. Les viroides ne sont pas toujours classés parmi les virus par exemple.Que signifie "que des virus" ?
Si on inclut les viroides, la réponse est évidemment zéro puisque certains d'entre eux ne possèdent aucune protéine.Bien que l'auteur parle d'embranchements (vocable taxinomique, de plus ici erroné), il devrait utiliser le mot "clade" (vocable phylogénique) qui convient mieux à la description des origines (qui est son propos). Je pense en effet qu'il évoque les bactéries, les archées et les eucaryotes.
De plus, ce qu'il dit manque de précision. Je pense qu'il veut dire que
- 324 gènes sont communs aux 3 clades (liaison "ou")
- et non 324 gènes sont communs à toutes les espèces (de ces 3 clades) (liaison "et").
Et donc cette information ne nous dit pas grand chose. Il serait bien plus intéressant de trouver le nombre de gènes communs à toutes les espèces. Et on sait qu'il a de bonnes chances d'être inférieur ou égal à 324. Je suppose fortement que ce chiffre doit être zéro. Au quel cas, LUCA serait quelque chose d'indéfinissable qui ne serait ni une cellule (seule), ni un virus (seul).
Mais si ce n'est pas zéro, il faudrait examiner de plus près les gènes ainsi retenus et voir s'ils contiennent une quelconque cohérence possible, pour conclure si on a affaire à un virus, une cellule ou quoi que ce soit d'autre.
Si on inclut les virus non viroïdes, la réponse est 1 sauf erreur de ma part, tous les virus + membres des 3 clades possédant une polymérase. Même si elles ont des fonctions différentes (ADN-polymérase vs ARN polymérases), elles ont un ancêtre commun.
Si on élimine les virus, on arrivera à un nombre beaucoup plus élevé (constituants du ribosome, certaines enzymes, etc....). Je ne sais pas si ce sera 324 ou moins ou même plus. Les gènes communs sont ceux qu'on a pu apparenter sur la base d'alignements de séquence. Cependant, la plupart des gènes évoluent rapidement tout en conservant leur fonction, si bien qu'ils peuvent avoir un ancêtre commun tout en ayant des séquences totalement différentes. Dans le cas des gènes codant pour des protéines, la détermination des structures 3D est un outil capables de détecter des apparentements bien plus lointains. Par contre, cet outil est incomparablement plus lourd d'utilisation qu'un alignement de séquence. Au fur et à mesure que des structures seront déterminés, le nombre de 324 pourra augmenter. Il pourra également baisser, certains des 324 gènes partageant certainement un ancêtre commun. Les génomes bactériens les plus courts contiennent environ 500 gènes, ça permet de fixer une limite supérieure.
LUCA ne vivait pas dans le même environnement que nous et n'avait donc pas les mêmes besoin que nous. Certaines données suggèrent que LUCA aurait vécu dans des milieux chauds (60°) et acides, il avait donc probablement des moyens de résister à ces conditions ce qui ne nous serviraient plus à grand chose aujourd'hui.On voit donc déjà qu'on a perdu en route (durant toute l'évolution) l'essentiel. Donc ce qui aurait dû vraisemblablement le plus dû être favorisé par la sélection naturelle si LUCA avait été un être reproductible.
Soit LUCA n'est pas la première entité auto-réplicative ayant existé sur Terre, tout le monde est d'accord sur ce point. Il s'est passé beaucoup de choses entre la première molécule auto-réplicative et LUCA.D'abord il ne s'agit pas des gènes communs aux espèces (comme je l'ai dit). Ensuite il faudrait étudier la cohérence (fonctionnelle) de l'existence simultanée de tous ces gènes dans un même individu. Ensuite, par quelle magie, cet individu, vraisemblablement un des plus simples, puisqu'il est le premier, aurait déjà eu 324 gènes (au moins !) et dans de l'ADN, pour faire quoi, dans un monde où
- soit il est seul et donc où il n'y a pas grand chose à faire à part se reproduire,
- soit il n'est pas seul et alors il faut expliquer pourquoi lui seul a laissé ses gènes à tout le monde
- soit ... ?
La génétiques des populations en est une démonstration bien plus forte à mon avis.
http://www.cnrs.fr/cw/dossiers/dosev...7/veuille.html
Tu veux dire par là que LUCA est une sorte d'horizon évolutionniste ?
Pour moi les seules traces fossiles intéressantes de l'origine de la vie c'est le fait que coexistent
- les virus
- les cellules avec leurs membranes et leur ADN
- les organites (pas en tant que composant de cellule, mais en tant qu'entité existante)
- les plasmides (pas en tant que composant de cellule, mais en tant qu'entité existante)
- les noyaux (pas en tant que composant de cellule, mais en tant qu'entité existante)
- le processus ADN -> ARN -> protéines.
Le défi consiste à placer tout ça dans un mécanisme originel fondateur cohérent.
Les contenus des ADN ne me semblent pas importants dans cette quête des origines. Mais je peux me tromper.
Je suis tout à fait d'accord avec ce que tu dis là. Tu décris un monde que je m'imagine assez bien être le mode originel: une espèce de flou biologique. Mais ce monde précède les bactéries et les virus. Et le sujet, c'est les bactéries et les virus. Nous avons donc dérapé trop vers l'origine. Mais il est bon de savoir déraper quand on veut savoir conduire.
Je suis d'accord, mais je ne pense pas que la dualité bactérie/virus ait un rapport quelconque avec le contenu des ADN.
Je ne pense pas que LUCA ait vécu. LUCA, c'est un concept (n'est-ce pas, Amanuensis ?)
J'appelle des codes productifs, des codes qui servent à produire des enzymes, des protéines, etc ...Je suis navre mais c'est encore faux, il existe ce qu'on appelle "early RT" ou celle ci se deroule dans le virion.
Le locus cible? detaillez un petit peu j'ai des arguments (scientifiques) sous le coude encore
De meme pour les "codes productifs" et strategiques, qu'est ce donc, travaillant dans le domaine je n'ai jamais entendu parle de ceci.
Pas le temps de repondre pour les ERVs (manip sur le feu) , ptet plus tard =]
Mais je ne suis pas virologue et nous nous enlisons dans des détails techniques que je ne prétends pas connaître sur le bout des doigts. Il faudrait ouvrir un fil concernant le fonctionnement des virus.
Je reconnais très volontiers que les virologues en savent plus que moi.
On s'enlise nulle part, j'ouvre un topic qui a l'air interessant, et je lis des choses fausses dans une argumentation concernant le sujet même du débat.
Mon but était de montrer que les rétrovirus sont un outil de l'évolution très puissant, en ce sens qu'ils adorent
- muter
- rafler un peu partout des morceaux d'ADN
- les transporter un peu partout dans d'autres ADN
- et parfois même détruire les individus qui ne sont pas d'accord avec leur gesticulation
Ils sont donc des agents importants et rapides de transferts horizontaux à des populations entières.
Et mon avis c'est qu'ils l'ont été dès le départ de la vie et que leur rôle n'a jamais changé. Et que les espèces de cellules n'auraient jamais existé sans eux pour compenser la dérive génétique.
Quant aux cellules, les toutes premières n'avaient que des moyens faibles. Les archées ne disposent pour ça que de pili communs ne permettant que des transferts de plasmides, pas de transfert de leur génome par pili sexuels comme les bactéries. Il leur fallait donc obligatoirement l'aide des virus pour faire les transferts horizontaux de gènes de leur ADN. Et pour ça, je crois que les virus étaient indispensables. dès le départ.
Dans cette optique, il est assez secondaire de savoir par exemple quand et comment s'ouvrent les capsides. Par contre tu as dit les provirus sont installés de façon ordonnée dans l'ADN. Ce n'est pas ce que j'ai lu par ailleurs. Mais bon, ce n'est pas capital dans mon raisonnement.
Mais si tu veux nous faire un cours approfondi sur les virus, je n'ai rien contre si ça peut nous instruire.
Tiens, ce qui m'intéresse particulièrement en ce moment, ce sont les virus qui vont de cellule en cellule, sans passer par le milieu extérieur, en polymérisant des sortes de pili, un peu comme agissent les plasmides F avec les bactéries, car je trouve que les deux se ressemblent beaucoup par leur principe de fonctionnement. La derrière, je crois qu'il y a quelque chose à découvrir, dans cette ressemblance.
J'aimerais savoir aussi si les archées disposent aussi de plasmides F et quel est l'avantage des plasmides F sur les autres plasmides. Et dans quelle mesure les plasmides échangent avec le génome.
En tant que spécialiste tu devrais pouvoir m'expliquer.
Si je sais tout ça, je serai un homme heureux
Derniere intervention avant de laisser ce topic reprendre son flux originel
Pour ma culture personnelle j'aimerai avoir accès à tes sources. Et je n'ai pas dis qu'ils étaient installé de façon ordonné mais que le ciblage de l'intégration était régulé (je crois m'y connaitre un peu, c'est mon sujet de thèse)
Dans l'ensemble je veux pas faire le rabat-joie mais il me semble important d'être rigoureux sur tout ce qu'on dit, c'est l'essence même du métier que nous faisons
"Virus & hommes, un destin commun ?" de Frank Ryan. Editions Le Pommier.
L'auteur décrit comment l'évolution "utilise" les virus, par le moyen de ce qu'il appelle la "symbiose génétique", plus rapide (mais aussi plus brutale) que les mutations classiques. Les rétrovirus y jouent un rôle central. Il expose sa théorie sous la forme d'une enquête, qui ne commence d'ailleurs pas avec les virus. Puis il progresse pas à pas en décrivant une stratégie de virus après l'autre.
Et je consulte aussi beaucoup internet sur ce sujet.
Je suis tout à fait d'accord avec la rigueur. Mais la nature est bourrée de nuances et d'exceptions. C'est d'ailleurs ce qui fait sa beauté et son dynamisme. Si à chaque fois que l'on cite un phénomène, il faut en même temps mentionner le fait qu'il y a des exceptions (et les citer), les textes deviennent très lourds, d'autant plus qu'il y a aussi des exceptions dans les exceptions elles mêmes ... Et de cette façon on glisse très facilement dans le hors sujet. Et on finit par oublier de quoi on voulait parler au départ.
Je suis d'avis que si les exceptions (ou disons les cas particuliers) n'ont pas de lien logique avec le sujet, il faut les ignorer.
Le fait d'être rigoureux, c'est aussi savoir parler en terme de potentiels plutôt que de règles
L'emploi de verbes conjugués au mode conditionnel et d'un vocabulaire approprié rend mieux compte de certains phénomènes et plus encore d'un raisonnement, en cela que ça ne limite pas les exceptions tout en ne les excluant pas. Nuancer son discours peut permettre plus de rigueur parfois
Oui. On peut utiliser aussi des expressions comme "le plus souvent", "en principe", "sauf exceptions", "à part ...". Mais quand je m'exprime, si je ne le fais pas toujours, je le sous-entends. Mais il y a tellement d'exceptions dans chaque phénomène naturel, que ce qui est exceptionnel, c'est de trouver des phénomènes sans exception aucune. Il serait moins fastidieux de spécifier le manque d'exceptions dans le phénomène décrit, plutôt que de spécifier sans arrêt qu'il y a des exceptions.Le fait d'être rigoureux, c'est aussi savoir parler en terme de potentiels plutôt que de règles
L'emploi de verbes conjugués au mode conditionnel et d'un vocabulaire approprié rend mieux compte de certains phénomènes et plus encore d'un raisonnement, en cela que ça ne limite pas les exceptions tout en ne les excluant pas. Nuancer son discours peut permettre plus de rigueur parfois
Il y a en tout cas des phénomènes naturels qui n'ont aucune exception:
- tous les êtres vivants (si l'on considère les virus comme n'en étant pas) sont constitués de cellules
- les génomes de toutes les cellules sont de l'ADN
- toutes les cellules ont une membrane externe
- aucun virus ne peut se reproduire sans parasiter (directement ou indirectement) une cellule.
Ces faits sans exception m'incitent à penser fortement, que les uns ne proviennent pas des autres, mais qu'ils ont une origine commune qui n'est ni les uns, ni les autres, mais obligatoirement autre chose. Car s'ils provenaient les uns des autres, il serait très étonnant de ne rien trouver (même aujourd'hui encore) d'intermédiaire entre les virus et les êtres vivants. Les Mimivirus et Mamavirus sont très clairement des virus et les bactéries qui sont plus petites qu'eux sont très clairement des bactéries.
Je ne dis pas que j'en ai la certitude absolue, mais "seulement" une très forte conviction. Pour moi les deux hypothèses opposées
- monde primordial à ARN,
- premiers virus, fabriqués par des cellules,
me paraissent chacune invraisemblables.
Surtout que la plus grande simplicité et la plus grande variété (spécifique et individuelle ...) des virus à ARN, ne démontre pas qu'ils seraient plus anciens que les virus à ADN. Ces faits peuvent s'expliquer par de toutes autres raisons.
Certes, mais cela n'aide pas à vous faire comprendre. Prenez le temps d'être rigoureux, c'est souvent un gain de temps en fin de compte, et un gain en pertinence.
Je ne suis pas d'accord. Il y a bien des phénomènes sans exceptions -- tous en fait. En réalité, il s'agit simplement de lacunes entre nos modèles et la réalité, un décalage.Mais il y a tellement d'exceptions dans chaque phénomène naturel, que ce qui est exceptionnel, c'est de trouver des phénomènes sans exception aucune.
Au passage...
Si on crée le milieu enzymatique nécessaire en boîte de pétri, il est théoriquement possible à des virions ou viroïdes de se répliquer sans cellule vivante.
Nous n'en avons pas rencontré mais rien n'interdit qu'une cellule possède un génome sous forme d'une chaîne ARN.
Certains considèrent les virus comme un quatrième règne du phénomène vivant, au même titre que les archées, les (eu)bactéries et et eucaryotes.
Ce qui définit et délimite une cellule c'est la membrane externe. Par conséquent, dire que toutes les cellules ont une membrane externe est une lapalissade.
Enfin, certaines théories, notamment concernant les origines de la vie, explique qu'il serait possible d'avoir (eu) des formes de vie acéllulaire.
Quid des parasites et des organites ? des plasmides ? des spores notamment sexuées ?Il serait très étonnant de ne rien trouver (même aujourd'hui encore) d'intermédiaire entre les virus et les êtres vivants. Les Mimivirus et Mamavirus sont très clairement des virus et les bactéries qui sont plus petites qu'eux sont très clairement des bactéries.
Autant les virus sont une forme répliquative très spécialisée qui a tendance à détourner un système à son profit pour se répliquer et disséminer, autant il existe bien des formes de réplication génétique cellulaire impliquant un tiers pour aboutir.
Il existe des ARN tertiaires ayant une activité enzymatique. Partant de là, pourquoi pas une forme autorépliquante de sa propre structure ?Je ne dis pas que j'en ai la certitude absolue, mais "seulement" une très forte conviction. Pour moi les deux hypothèses opposées
- monde primordial à ARN,
- premiers virus, fabriqués par des cellules,
me paraissent chacune invraisemblables.
Surtout que la plus grande simplicité et la plus grande variété (spécifique et individuelle ...) des virus à ARN, ne démontre pas qu'ils seraient plus anciens que les virus à ADN. Ces faits peuvent s'expliquer par de toutes autres raisons.
Les prions sont des unités protéiques particulières ayant la capacité de modifier la conformation d'autres protéines (de même type il me semble, à vérifier). Pourquoi pas des ARN ?
Si on considère les viroïdes, point n'est besoin de cellule (juste d'une polymérase).
Il est tout à fait envisageable d'avoir eu des viroïdes parasitant ou naissant de défauts de réplication d'enzymes ARN autorépliquantes. Un virus à ARN pourrait aussi avoir pour ancêtre un virus à ADN. Les deux possibilités cohabitent. Le phénomène vivant est plus souple et plus régulé que nos modèles. Simplement notre horizon de compréhension est limité, je pense.
Dernière modification par mh34 ; 31/03/2012 à 14h39. Motif: à la demande de l'auteur
Le plus souvent il s'agit de tautologies, mode sans risque pour faire des règles parfaites !
Tautologie (d'ailleurs manifeste puisque qu'il y a une clause de délimitation).- tous les êtres vivants (si l'on considère les virus comme n'en étant pas) sont constitués de cellules
Gros risque de tautologie (qu'est-ce que le génome ?).- les génomes de toutes les cellules sont de l'ADN
Tautologie (qu'est-ce qu'une cellule ?)- toutes les cellules ont une membrane externe
Tautologie (qu'est-ce qu'un virus ?)- aucun virus ne peut se reproduire sans parasiter (directement ou indirectement) une cellule.
---
Ces assertions cachent certes des points intéressants sur le vivant, mais elles sont incluses dans les définitions.
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
L'exception, par définition, c'est ce qui sort du modèle qu'on utilise sur le moment, et rien de plus. Donc au contraire, pratiquement tout ce qui est décrit sans considérer explicitement des cas mutuellement exclusifs comporte des exceptions. Et pour comprendre on est obligé de modéliser: l'intelligence humaine n'a pas la capacité d'avoir une vue holistique des choses.
Oui mais le débat qui nous occupe concerne la nature, pas les laboratoires.Si on crée le milieu enzymatique nécessaire en boîte de pétri, il est théoriquement possible à des virions ou viroïdes de se répliquer sans cellule vivante.
Apparemment si: la sélection naturelle. Et ce n'est pas rien. C'est même la seule chose qui compte quand on parle de la nature. Rien ne se fait dans la nature sans elle, j'allais dire "sans son autorisation". Et de toute façon, même dans un labo, à ma connaissance, ça n'existe pas.Nous n'en avons pas rencontré mais rien n'interdit qu'une cellule possède un génome sous forme d'une chaîne ARN.
Un virus n'est pas vivant. Il n'intervient dans le vivant que par sa simple présence. Il n'agit pas, il existe, c'est tout. Il est juste un outil du vivant, un conteneur d'information, c'est tout. Il est un peu comme des données, mais il n'est pas l'application. Maintenant tout dépend aussi de ce qu'on appelle "vivant".Certains considèrent les virus comme un quatrième règne du phénomène vivant, au même titre que les archées, les (eu)bactéries et et eucaryotes.
Les membranes sont des délimiteurs. Et délimiter, c'est se différencier. On peut néanmoins se différencier sans être entouré d'une membrane. Mais la membrane sert à accentuer la différentiation. Elle renforce "intentionnellement" la limite entre le moi et le non-moi. Quant aux formes de vie acellulaires aux origines, je suis tout à fait d'accord.Ce qui définit et délimite une cellule c'est la membrane externe. Par conséquent, dire que toutes les cellules ont une membrane externe est une lapalissade.
Enfin, certaines théories, notamment concernant les origines de la vie, explique qu'il serait possible d'avoir (eu) des formes de vie acéllulaire.
Je n'ai jamais dit que les virus sont les seuls parasites qui soient. Quant aux organites, je suis assez persuadé qu'ils sont tous issus d'ancêtres autrefois autonomes. Je suis même de cet avis pour ce qui est du noyau des eucaryotes. Quant aux plasmides (que j'ai déjà mentionnés) j'ai l'impression qu'ils ont joué un rôle tout à fait important aux origines (peut-être le plus important de tous). Quant aux spores, elles ne sont pas une forme de vie, mais une forme d'une vie: je ne vois donc pas très bien leur intérêt pour le moment.Quid des parasites et des organites ? des plasmides ? des spores notamment sexuées ?
Là je ne vois pas très bien ce que tu veux dire.Autant les virus sont une forme répliquative très spécialisée qui a tendance à détourner un système à son profit pour se répliquer et disséminer, autant il existe bien des formes de réplication génétique cellulaire impliquant un tiers pour aboutir.
Toutes ces entités sont des objets inertes, incapables de métaboliser. Or pour se reproduire il faut savoir métaboliser soi-même ou alors détourner le métabolisme d'autrui. Et tant qu'on n'a pas d'explication de l'origine du métabolisme on ne décrit pas les origines de la vie. Pour être autorépliquant, il faut savoir métaboliser soi-même.Il existe des ARN tertiaires ayant une activité enzymatique. Partant de là, pourquoi pas une forme autorépliquante de sa propre structure ?
Les prions sont des unités protéiques particulières ayant la capacité de modifier la conformation d'autres protéines (de même type il me semble, à vérifier). Pourquoi pas des ARN ?
Oui, le problème est juste de savoir qui la fabrique et la met à disposition la polymérase.Si on considère les viroïdes, point n'est besoin de cellule (juste d'une polymérase).
Il est tout à fait envisageable d'avoir eu des viroïdes parasitant ou naissant de défauts de réplication d'enzymes ARN autorépliquantes. Un virus à ARN pourrait aussi avoir pour ancêtre un virus à ADN. Les deux possibilités cohabitent. Le phénomène vivant est plus souple et plus régulé que nos modèles. Simplement notre horizon de compréhension est limité, je pense.
La loi fondamentale du vivant c'est ADN -> ARN -> protéine. Il faut "tout simplement" expliquer comment on en est arrivé là. Moi j'ai le sentiment que dès le départ cette loi était en vigueur. Car si on enlève un des 3 éléments on n'a plus de vie. Je pense que les choses ont démarré avec cette loi, de façon extrêmement simple, puis se sont complexifiées.Il est tout à fait envisageable d'avoir eu des viroïdes parasitant ou naissant de défauts de réplication d'enzymes ARN autorépliquantes. Un virus à ARN pourrait aussi avoir pour ancêtre un virus à ADN. Les deux possibilités cohabitent. Le phénomène vivant est plus souple et plus régulé que nos modèles. Simplement notre horizon de compréhension est limité, je pense.
Confusion entre virus et virion. Le texte ci-dessus décrit le virion.
Oui. Et effectivement, un virion est rarement considéré comme "vivant". Par contre certains considèrent un virus, le terme étant considéré comme le phénomène complet prenant en compte tout le cycle de vie, comme vivant. L'état de virion n'est qu'une étape dans le cycle de vie d'un virus.Maintenant tout dépend aussi de ce qu'on appelle "vivant".
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
Dépend de la définition de vie. On peut imaginer que supprimer les protéines laisse quand même une possibilité de vie. Une loi plus fondamentale pourrait être ADN -> molécules catalytiques, et l'ARN a été montré comme capable d'agir comme catalyseur ("ribozyme").
Et on peut aller plus loin, en considérant que "catalyseur -> catalyseur" est suffisant, ce qui est sous-jacent dans l'idée de monde ARN.
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
Affirmer que tout ce qu'on dit de vrai est une tautologie, n'est-ce pas aussi une tautologie ?
Le premier pas à faire si l'on veut quitter un système de pensée, c'est de l'énoncer. Contester, c'est d'abord énoncer ce qu'on conteste.
Je veux bien qu'on se lance dans de nouvelles définitions de la vie, de la cellule, des virus, du génome, mais il faut alors d'abord faire référence aux anciennes définitions.
On peut par exemple considérer un virus comme un être vivant (même certains rares virologues le font !). Au départ je l'avais fait aussi, mais comme je voyais que cette façon de voir ne faisait que tout embrouiller, je suis revenu aux anciens consensus. Je suis plutôt du genre à faire des hypothèses osées, non conventionnelles, transcendantes, mais dans les cas où je vois qu'elles ne mènent à rien, je reviens aux anciens consensus en attendant de trouver mieux.
Frank Ryan, par exemple, qui a écrit un bouquin sur les virus, m'a convaincu, par son argumentation que je trouve très juste, qu'il ne faut pas considérer les virus comme des êtres vivants. Alors qu'avant j'étais de l'avis contraire. Ce qui est rigolo, c'est que pour lui les virus sont des êtres vivants. On peut donc être d'accord avec toute l'argumentation de quelqu'un tout en étant en désaccord sur les définitions de base.
Je ne considère les virus comme des êtres vivants, à aucun stade de leur cycle. Je n'ai donc pas de problème entre virus et virion. Dans aucun stade le virus n'est un être vivant.
Vous êtes libre de considérer ce que vous voulez.
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
Non. (Par contre dans l'autre sens "toute tautologie est vraie" est une tautologie.)
Une tautologie est une assertion qui est formellement vraie, qui est vérifiée du seul fait de sa structure, indépendamment du sens.
Si on définit "génome" comme l'ADN d'une cellule, alors "les génomes de toutes les cellules sont de l'ADN" est une tautologie. On a même pas besoin d'en savoir plus sur ce que peuvent bien signifier "ADN" ou "cellule" pour connaître la valeur de vérité de l'assertion.
Le premier pas à faire avant d'énoncer des assertions est de définir les termes employés.
Dernière modification par Amanuensis ; 31/03/2012 à 23h41.
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
les concepts valent par l'usage qu'on en fait. A beaucoup d'égards (ou même tous peut-être) on étudie les virus comme on étudie les êtres vivants. Ca n'a donc pas un énorme intérêt de les ranger comme vivants ou non.
Je ne définis pas le génome d'une cellule comme son ADN. Je constate tout simplement qu'il n'existe aucune cellule dont le génome ne soit pas de l'ADN. Et le génome, c'est la partie centralisée de l'information génétique que contient un être.
Et tout ce qui sait métaboliser est une cellule ou contient des cellules. Et même si la cellule sous-traite la production de son énergie aux chloroplastes ou aux mitochondries, il n'en reste pas moins que ces éléments font partie intégrante de son être. Le virus n'a rien en lui-même permettant de gérer de l'énergie. Il est obligé d'emprunter un métabolisme extérieur à lui-même. Son métabolisme ne fait donc pas partie de lui.
Il est un élément de la vie, mais il n'est pas la vie lui-même. De même que mes organes ne sont pas des êtres vivants, mais seulement des éléments de moi être vivant. La seule différence avec le virus c'est qu'il est itinérant (en tout cas pendant qu'il est virion).
Maintenant on peut définir autrement que par le terme "être vivant" les êtres métaboliquement autonomes. Il faudra d'ailleurs redéfinir aussi, le terme "autonome" dans ce contexte. Et le terme "être vivant" il faudra alors le mettre à la poubelle.
Ah la belle affaire ! On aura tout redéfini, mais avec d'autres termes. On aura donc fait de la gesticulation sémantique en faisant du sur-place.
Comment le définissez-vous ?
[J'ai pris volontairement dans la liste le cas "gros risque de tautologie"...]
L'opposé de ne pas "faire de la gesticulation sémantique" comme vous dites, est discuter d'assertions ayant un sens variable d'un interlocuteur à un autre. Le gros avantage est évidemment que tout le monde peut avoir raison. Cela satisfait les égos, certes.
Maintenant, la biologie se veut une science objective, ce qui implique que tout doit pouvoir se définir en retombant in fine sur des constatations, des observations, inter-subjectives.
Dernière modification par Amanuensis ; 01/04/2012 à 08h53.
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
Les virus se caractérisent par des individus, des populations et des espèces (et même des quasi-espèces ans le cas des virus à ARN). Ils font donc l'objet d'une "attention toute particulière" de la part de la sélection naturelle. D'un point de vue évolutionniste, ils doivent donc être traités comme des êtres vivants.
Mais on peut aussi dire en quelque sorte, que les automobiles se caractérisent par des individus, des populations et des espèces. A ce titre elles sont la cible d'une sélection artificielle qu'on peut très bien étudier scientifiquement. Mais on ne peut pas considérer néanmoins qu'elles soient des êtres vivants. Elles sont des outils servant à des êtres vivants, c'est tout. Elles ne s'animent qu'avec le bon vouloir de l'homme. Elles ne reproduisent pas de façon autonome. C'est toujours l'homme qui fait ce travail, même si c'est par l'intermédiaire de nombreux robots et ordinateurs.
Petit détail, il n'y a pas beaucoup d'êtres vivants "métaboliquement autonomes". Cela exclut tous les hétérotrophes par exemple, qui sont dépendants des autotrophes.
Vous allez dire que j'utilise "métaboliquement autonome" à un sens différent de ce que vous aviez en tête.
Possible... Mais je lis les messages, pas ce que vous avez en tête.
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Autre point : pour le moment c'est vous qui être entré dans une discussion sur le sens d'un terme, en arguant haut et fort sur le statut des virus. C'est un débat de pure terminologie dont l'issue n'a aucune importance (mon premier message sur virion ne proposait pas d'issue).
Dernière modification par Amanuensis ; 01/04/2012 à 09h00.
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
Le génome je le définis comme la partie centralisée et héréditaire de l'information contenue dans un individu. Les virus à ARN ont donc aussi un génome: c'est leur ARN.
Mais si maintenant on considère qu'un être vivant c'est tout ce qui contient un génome (on peut le faire), on met tout le monde dans le même sac, dans un flou qui ne distingue plus rien. Je doute que ce soit une bonne base de départ.
Ah, le "on". L'impersonnel pour cacher le personnel. Je comprends que vous ne pouvez pas considérer que... Parfaitement admissible.
Mais si le "on" veut dire 'n'importe qui', alors si, "on" peut considérer que..., car dans un débat de terminologie, "on" peut tout considérer, la terminologie étant simple convention.
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
C'est déjà une avancée. Mais les termes "centralisé", "héréditaire" et "information" sont encore loin de l'inter-subjectivité. Par quelle méthode je peux, en examinant un "individu", distinguer ce qui est "centralisé" ou non, "héréditaire" ou non, de l'information ou non ?
Peut-être pas une bonne base de départ pour les thèses que vous cherchez à défendre, fort possible.Mais si maintenant on considère qu'un être vivant c'est tout ce qui contient un génome (on peut le faire), on met tout le monde dans le même sac, dans un flou qui ne distingue plus rien. Je doute que ce soit une bonne base de départ.
Par contre cela apparaît une bonne base pour distribuer le travail entre humains : l'étude des virus est confiée aux spécialistes des sciences du vivant (aka biologistes), pas aux chimistes; du moins on peut constater cela.
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En pratique, un léger flou dans les définitions apparaît en pratique une meilleure base de départ que des classements en blanc et noir amenant des débats stériles et sans fin entre les "blanquistes" et les "noiristes".
Dernière modification par Amanuensis ; 01/04/2012 à 09h13.
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
