Qu'est-ce qui est apparu en premier les virus ou les bactéries !!!

[noir_ecaille]

Oui mais dans ce cas le virus infecteur utilisera le métabolisme de l'hôte de son hôte, qui est une cellule. Et même s'il existait un virus infectant un virus qui infecte un autre virus (ce dont je doute quand même très fort), au bout de la hiérarchie d'infections c'est quand même une cellule qui devrait être infectée.

Sources ?

Je savais que cette remarque allait venir et j'en souriais d'avance. Dans ces cas les métabolismes ne sont que temporairement désactivés.

"Désactivé" ? "Temporairement" ? Reste qu'il s'agit d'un état latent. On ne mesure pas d'activité métabolique. "Théorie" inachevée donc erronée.

Ouh là ! La démarche scientifique ne consiste pas à juger ce qu'on étudie.

Qui parle de "juger" ? Certainement pas un mot que j'ai employé ni même sous-entendu. Par contre vous jugez à votre aise :

une réponse de la plus haute importance

Pour qui ?

Alors surtout n'imaginons rien, c'est trop dangereux.

Pour qui ?

Évidemment, c'est terrifiant

Pour qui ?

symbioses traditionnelles

Pour quel peuple ?

Mais je ne suis pas virologue et nous nous enlisons dans des détails techniques

C'était pour combler vos lacunes, est-ce inutile ?

Par ailleurs vous faites preuves de beaucoup de rétivité face aux corrections malgré vos déclarations :

Voilà. Si j'ai dit des inexactitudes, je suis sûr de trouver des correcteurs

Je reconnais très volontiers que les virologues en savent plus que moi.

En ce sens, j'abonde concernant la réponse de mantOs :

On s'enlise nulle part, j'ouvre un topic qui a l'air interessant, et je lis des choses fausses dans une argumentation concernant le sujet même du débat.

Ou encore :

Dans l'ensemble je veux pas faire le rabat-joie mais il me semble important d'être rigoureux sur tout ce qu'on dit, c'est l'essence même du métier que nous faisons

Donc on ne peut pas admettre des choses telles que :

La rigueur ne doit pas être un préalable, mais une ultime validation ou invalidation de ce que l'imagination a produit. Si on introduit une rigueur absolue dès le départ, on verrouille tout.

-----

[noir_ecaille]

@ ù100fil

L’inter-subjectivité, en épistémologie, n'est rien d'autre qu'une tentative pour atteindre l'objectivité -- du moins s'en rapprocher autant que possible.

Cependant en théologie on a aussi de l’inter-subjectivité.

[invite7da3e5f9]

On s'enlise dans des détails et des cas particuliers. On a perdu le fil du sujet.

Qui pourrait faire un bilan des progrès réalisés dans la réponse à la question posée ? Le mien est vite fait: néant.

Le sujet m'intéresse beaucoup, mais le débat commence sérieusement à me gonfler. On ne cesse de devoir donner des réponses sur des réponses à des réponses à des réponses ... en oubliant complètement le sujet.

La question n'est pas de coincer tel ou tel, mais d'évoluer sur un sujet. Il doit certainement être trop difficile ...

Je manque de temps et je me dérobe. Continuez votre guérilla sans moi.

Merci

[noir_ecaille]

"Je", "je", "je"... Il existe d'autres personnes intéressées par le sujet. N'y voyez rien de personnel, ce forum est public et n'est pas réservé à votre seule convenance.

Beaucoup de subjectivité. En revanche, quand on intervient (surtout en forum public) il faut s'astreindre à répondre, ce n'est jamais à sens unique. Que ça vous "gonfle" n'y changera rien.


La question de départ, posée sur un forum scientifique, demande une analyse scientifique. Ce n'est pas en bafouillant (ou peu s'en faut) des variations sur "ça m'intéresse pas, c'est du technique" qu'on aboutit à une réponse scientifiquement satisfaisante. Certainement le sujet dépasse les compétences amateurs et il n'y a rien de mal à être un ignorant, tant qu'on le reconnais et qu'on prend en compte les données nouvelles (données nouvelles qui peuvent aussi prendre la forme de corrections, compléments, remarques, conseils d'experts...).

Dégoiser pour le plaisir de "faire passer ses convictions intimes" dans le débat n'apporte aucune avancée sur le sujet.

Question d'analyse, de raisonnement et d'exactitude.

[invite7da3e5f9]

Ma question est toute simple. Sur quoi a t'on progressé dans la réponse à la question posée ? Si on n'a progressé sur rien, c'est que peut-être on est sur une fausse route. C'est très bien de décrire des faits jusque dans les détails les plus intimes avec une très grande rigueur. Encore faut-il que ces détails soient utiles au sujet. Si on décrit par exemple à fond le fonctionnement du mimivirus ou du mamavirus, qui peut être parasité par d'autres virus, il faudrait alors savoir avant tout en quoi ce cas extrêmement particulier (voire peut-être unique) apporte une réponse à la question posée. Tôt ou tard, la réponse à la question posée, devra passer par les cas hyper-majoritaires, ne serait-ce que pour expliquer pourquoi ils sont si majoritaires.

Par ailleurs, si on suppose l'existence primordiale d'une vie ARN, il faudrait peut-être expliquer pourquoi et comment elle a totalement disparu. Sinon ce n'est même pas la peine de faire cette hypothèse.

Quant à la fabrication originelle de virus par une cellule, là aussi, il faudrait expliquer pourquoi on n'en n'a jamais observée. Et aussi comment et pourquoi cette soit-disant fabrication aurait existé.

Quant à l'hypothèse d'une régression de cellule en virus, là aussi, les faits observés vont à l'encontre de cette théorie, puisqu'il n'a jamais été démontré d'évolution basée sur une régression de la complexité globale de l'individu. Il faudrait donc démontrer que l'évolution passe du compliqué au simple. Ça me paraît plus qu'invraisemblable.

Pour moi ces 3 hypothèses sont toutes fausses. J'attends avec impatience l'ombre du soupçon d'un commencement de preuve du contraire.

Il faut donc chercher sur une autre piste que celle de ces 3 hypothèses. Et pour ça il faut d'abord faire fonctionner notre imagination. La vérification des hypothèses et des raisonnements n'est pas prioritaire. Mais je conçois aisément que pinailler sur des mots, des détails et des cas particuliers c'est incomparablement plus facile et surtout, c'est amusant de coincer son interlocuteur.

[noir_ecaille]

Comment la vie basée sur l'ARN a disparu ? Déjà il faut voir sur quoi on se base pour dire ça, puisque le débat "virus, vivant ou pas ?" n'est pas tranché Autrement on ne pourra pas répondre à cette question


Concernant la "fabrication de virus", il serait possible que des viroïdes n'aient pas bénéficié d'une exocytose simple -- par exemple éjection d'un globule membranaire. Le viroïde a pu développer une affinité pour des protéines transmembranaires, facilitant du coup la formation de globules par liage avec des protéines transmembranaires voisines, refermant la vacuole et créant un globule libre. Ces mêmes globules peuvent se lier à d'autres membranes s'ils présentent des protéines membranaires de liaison, puis libérer leur contenu dans le nouveau cytosol d'accueil après endocytose. Il est possible que lors de la formation d'un globule, d'autres constituant du cytosol (enzymes ? autres ARN ?) soient embarqués. Enfin on peut aboutir à une forme de transport constituée uniquement de protéines telle la capside par sélection darwinienne -- s'il y a plus de protéines que de membrane lipidique pour créer des liaisons avec les récepteurs membranaires, cela facilite l'endocytose et donc l'infection virale. Au final on peut obtenir les mêmes virus qu'actuellement avec cette hypothèse.

Il n'y a pas de pourquoi à l'existence des virus, pas plus qu'à l'évolution darwinienne. On se borne à en constater et éplucher les mécanismes.

L'apparition de viroïde peut être dû à bien des causes : viroïdes de la soupe prébiotique, ARNi mutés, exons mutés, autres ARN...


L'évolution ne va pas toujours vers la complexité. On sait par exemple qu'il existe des mutations par délétion de locus entier. En général cela perturbe le fonctionnement qu'un biologiste s'attend à observer sur un sujet sauvage (= sans la mutation qui nous intéresse). Mais parfois il s'agit même de chromosomes et sans que cela ne soit nécessairement délétère pour la population considérée. On a tout simplement une dérive génétique, même s'il s'agit d'une "simplification".

[Cendres]

Par ailleurs, si on suppose l'existence primordiale d'une vie ARN, il faudrait peut-être expliquer pourquoi et comment elle a totalement disparu. Sinon ce n'est même pas la peine de faire cette hypothèse.

Pourquoi donc?

On ne devrait pas postuler l'existence primordiale d'une vie ARN au seul motif qu'elle aurait disparu? C'est interdit?

[noir_ecaille]

J'oubliais...

Une théorie qui ne s'attacherait qu'à des cas "hyper-majoritaire" et comporterait (cela va de soi...) des "exceptions" qui la contredisent, est erronée/incomplète. Tout simplement parce qu'elle ne s'attacherait qu'aux exceptions majoritaires sans expliquer l'ensemble du phénomène observé.

[invite7da3e5f9]

Pourquoi donc?
On ne devrait pas postuler l'existence primordiale d'une vie ARN au seul motif qu'elle aurait disparu? C'est interdit?

On a parfaitement le droit de parler de choses dont on n'a absolument plus aucune trace. Mais dans ce cas on se trouve dans une théorie flottante (qui ne se rattache à aucun fait).
Il faut alors démontrer
- pourquoi et comment la vie primordiale ARN se serait développée aux origines
- pourquoi et comment, alors qu'elle avait un intérêt capital dans ce scénario, il serait soudainement apparu un intérêt radicalement opposé qui aurait voulu que cette vie ARN devait absolument disparaître.

Celui qui me sort ces deux explications cohérentes et complètes, il est fort !!!

[invite7da3e5f9]

J'oubliais...

Une théorie qui ne s'attacherait qu'à des cas "hyper-majoritaire" et comporterait (cela va de soi...) des "exceptions" qui la contredisent, est erronée/incomplète. Tout simplement parce qu'elle ne s'attacherait qu'aux exceptions majoritaires sans expliquer l'ensemble du phénomène observé.

Trouver dès le premier coup une théorie unitaire c'est du domaine des douces illusions. Il faut commencer par expliquer les choses morceau par morceau, bout par bout, puis chercher à assembler ce qu'on a trouvé dans une théorie plus unitaire. Et dans ces cas difficiles, les cas majoritaires m'attirent plus. Par ailleurs, les lois naturelles peuvent avoir des exceptions (c'est même presque toujours le cas). N'oublions pas que nous ne sommes pas dans le domaine des mathématiques, des sciences exactes. Les lois ne sont pas absolues.

[invite231234]

Je ne réponds (ou essai de réponse) aux comment :

- pourquoi et comment la vie primordiale ARN se serait développée aux origines

L'ARN est plus réactif que l'ADN, et il y a peut-être eu de l'ATN encore plus réactif au tout début. Réactif ça veut tout simplement dire facile pour faire des Rns ce qui est un atout pour concevoir un métabolisme, mais instable et donc soumis aux aléas ce qui n'est pas très bon pour l'hérédité. L'ARN est aussi plus facile à former que l'ADN. l'ADN étant plus stable elle à pu remplacer l'ARN comme support de l'hérédité.

- pourquoi et comment, alors qu'elle avait un intérêt capital dans ce scénario, il serait soudainement apparu un intérêt radicalement opposé qui aurait voulu que cette vie ARN devait absolument disparaître.

Eh bien c'est simple l'ARN n'a pas disparu, il s'est désoxygéné en ADN, acide ribonucléique et acide désoxyribonucléique, le ribose est un sucre !
De plus l'ARN ne diffère que part l'uracile qui est le remplaçant de la thymine (base azoté de l'ADN). On retrouve bien de l'ARN comme messager dans les cellules, les ribosomes sont constitués d'ARN, et servent à la fabrication de protéines ce qui est primordial. Enfin il existe des virus à ARN.

Celui qui me sort ces deux explications cohérentes et complètes, il est fort !!!

[invite7da3e5f9]

L'ARN est plus réactif que l'ADN, et il y a peut-être eu de l'ATN encore plus réactif au tout début. Réactif ça veut tout simplement dire facile pour faire des Rns ce qui est un atout pour concevoir un métabolisme, mais instable et donc soumis aux aléas ce qui n'est pas très bon pour l'hérédité. L'ARN est aussi plus facile à former que l'ADN. l'ADN étant plus stable elle à pu remplacer l'ARN comme support de l'hérédité.
Eh bien c'est simple l'ARN n'a pas disparu, il s'est désoxygéné en ADN, acide ribonucléique et acide désoxyribonucléique, le ribose est un sucre !
De plus l'ARN ne diffère que part l'uracile qui est le remplaçant de la thymine (base azoté de l'ADN). On retrouve bien de l'ARN comme messager dans les cellules, les ribosomes sont constitués d'ARN, et servent à la fabrication de protéines ce qui est primordial. Enfin il existe des virus à ARN.

Pourquoi l'ADN serait alors arrivé en retard sur la scène de la vie, par rapport à l'ARN

[invite06b993d0]

il y a plusieurs arguments en faveur de l'hypothèse de l'ARN précédant l'ADN. le plus convaincant à mon humble avis est que la chaîne de traduction des gènes est ADN->ARN->protéine. Ca semble plus facile d'ajouter un maillon au bout d'une chaîne qu'au milieu. On peut bien sûr imaginer qu'il a existé un mécanisme de traduction ADN->protéine dont il ne resterait plus de traces... je doute qu'on puisse trancher cette question un jour (prochain)

[invite231234]

Pourquoi l'ADN serait alors arrivé en retard sur la scène de la vie, par rapport à l'ARN

Moi, je répondrais que c'est une question de réactivité/hérédité. Lorsque la Vie est apparue dans la soupe primordiale, il fallait que l'évolution s'enclenche et donc la réactivité était maîtresse pour favoriser les mutations et s'intégrer dans des cycles de plus en plus long. L'hérédité est devenu plus importante plus tard (à l'aide d'ADN) pour maintenir efficacement les schèmes opérationnels sans que ceux-ci ayant été créé par mutations et donc réactivités ne soient détruis de la même façon, c'est un équilibre qui se déplace !

[Cendres]

On a parfaitement le droit de parler de choses dont on n'a absolument plus aucune trace. Mais dans ce cas on se trouve dans une théorie flottante (qui ne se rattache à aucun fait).
Il faut alors démontrer
- pourquoi et comment la vie primordiale ARN se serait développée aux origines
- pourquoi et comment, alors qu'elle avait un intérêt capital dans ce scénario, il serait soudainement apparu un intérêt radicalement opposé qui aurait voulu que cette vie ARN devait absolument disparaître.

Celui qui me sort ces deux explications cohérentes et complètes, il est fort !!!

Moui, enfin, ça n'est pas une théorie sortie du chapeau, juste pour s'amuser, sans indices ni quoi que ce soit...

Ce s'étudie même en dehors de la Terre: http://www.nasa.gov/topics/solarsyst...eteorites.html

Ca apporte quand même des précisions par rapport à ta phrase de départ, qui semblait interdire le fait que l'on formule cette possibilité juste parce qu'elle aurait disparu.

[invitec0b62935]

Par ailleurs, si on suppose l'existence primordiale d'une vie ARN, il faudrait peut-être expliquer pourquoi et comment elle a totalement disparu. Sinon ce n'est même pas la peine de faire cette hypothèse.

Malgré des fossiles par tonnes, malgré des analyses génétiques, malgré de nombreux indices de types différents et malgré la proximité temporelle, on ne sait pas pourquoi Néanderthal a disparu. Le problème de la disparition d'un hypothétique monde à ARN est incomparablement plus complexe étant donné qu'on a aucun des éléments dont on dispose pour Néanderthal. On ne sait même pas quelle température moyenne il faisait sur Terre à 10 voire 20 degrés près.

Est-on d'ailleurs complètement sur que le monde à ARN a disparu ? Les analyses génomiques systématiques utilisent à ma connaissance des méthodes qui éliminent d'office tout organisme utilisant autre chose que l'ADN comme support de l'information génétique. Par ailleurs, si les reliques de ce monde n'existe qu'au fond des océans, ça compliquera encore les choses.

Quant à la fabrication originelle de virus par une cellule, là aussi, il faudrait expliquer pourquoi on n'en n'a jamais observée. Et aussi comment et pourquoi cette soit-disant fabrication aurait existé.

Si tu avais quelques millions d'années à perdre à regarder des milieux de culture, tu en verrais ! Des éléments génétiques devenant autonomes, c'est rare mais ça arrive (cf le "cancer transmissible" qui menace le malheureux diable de Tasmanie ). Notre propre génome est saturé d'élément plus ou moins autonomes (les transposons), il leur manque juste un moyen d'entrer et de sortir d'une cellule pour répondre à la définition d'un virus. Les rétrotranposons (qui ne sont pas considérés comme des virus) et les rétrovirus (qui en sont) sont génétiquement apparentés et on peut passer du premier au second par la simple acquisition d'une protéine d'enveloppe. C'est très possible que les rétrovirus soient issus d'éléments génétiques ayant acquis leur indépendance.

Quant à l'hypothèse d'une régression de cellule en virus, là aussi, les faits observés vont à l'encontre de cette théorie, puisqu'il n'a jamais été démontré d'évolution basée sur une régression de la complexité globale de l'individu. Il faudrait donc démontrer que l'évolution passe du compliqué au simple. Ça me paraît plus qu'invraisemblable.

C'est complètement faux, ce qui "ne sert à rien" a tendance à disparaitre par dérive génétique. Chez beaucoup d'organismes à génome court (comme les bactéries et les virus), la longueur du génome est par ailleurs un paramètre essentiel du temps de réplication de l'organisme. Plus un génome est court, plus l'organisme se multipliera vite ce qui est un avantage. Conserver de "l'information génétique inutile" est donc un handicap évolutif et les individus ayant perdu ces fragments de génome par délétion seront favorisés. Voilà pour la théorie.
Pour la pratique, je t'invite à lire au sujet des rickettsies, des bactéries causant certaines maladies comme le typhus. Ce sont des bactéries en train de devenir des parasites obligatoires et elles ont déjà perdu un certain nombre de fonctions vitales qu'elles sont obligées de voler à leur hôte. Le jour où elles perdront également leur machinerie de traduction, elles deviendront officiellement des virus (l'existence d'une machinerie de traduction est le critère officieux qui fait la différence entre un virus et une cellule).

Pour moi ces 3 hypothèses sont toutes fausses. J'attends avec impatience l'ombre du soupçon d'un commencement de preuve du contraire.

Pour moi, au moins une des hypothèses est correcte. Je pense même qu'elles sont valables toutes les trois et que les virus ne forment pas un clade. Les virus à ARN (à l'exclusion des rétrovirus) pourraient être des fossiles du monde à ARN, les rétrovirus et une partie des virus à ADN seraient des éléments transposables devenus autonomes et les gros virus à ADN seraient amha dérivés d'organismes étant devenu des parasites stricts.

Il faut donc chercher sur une autre piste que celle de ces 3 hypothèses. Et pour ça il faut d'abord faire fonctionner notre imagination. La vérification des hypothèses et des raisonnements n'est pas prioritaire. Mais je conçois aisément que pinailler sur des mots, des détails et des cas particuliers c'est incomparablement plus facile et surtout, c'est amusant de coincer son interlocuteur.

Les hypothèses, il faut bien les confronter aux fait et aux expériences même si les résultats sont parcellaires sinon ça n'apporte rien.

[invitec0b62935]

On a parfaitement le droit de parler de choses dont on n'a absolument plus aucune trace. Mais dans ce cas on se trouve dans une théorie flottante (qui ne se rattache à aucun fait).
Il faut alors démontrer
- pourquoi et comment la vie primordiale ARN se serait développée aux origines
- pourquoi et comment, alors qu'elle avait un intérêt capital dans ce scénario, il serait soudainement apparu un intérêt radicalement opposé qui aurait voulu que cette vie ARN devait absolument disparaître.

Celui qui me sort ces deux explications cohérentes et complètes, il est fort !!!

Il y en a des dizaines, des explications cohérentes et complètes compatibles avec toutes les infos disponibles pour le moment. Le problème, c'est justement qu'on n'a pas assez de contraintes expérimentales pour trier entre toutes ces hypothèses. Les origines de la vie, c'est un peu notre notre théorie des cordes à nous les biologistes, on peut dire à peu près ce qu'on veut sans avoir trop de risques d'être contredit.

[noir_ecaille]

@ Arxiv
Trop facile aussi

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Les origines de la vie, c'est un peu notre notre théorie des cordes à nous les biologistes, on peut dire à peu près ce qu'on veut sans avoir trop de risques d'être contredit.

Bizarrement je trouve plus facile de vérifier et donc (in)valider une théorie qu'on peut expérimenter -- et même mettre en pratique dans un laboratoire dans le cas présent -- qu'un ensemble théorique dont le principe de base est qu'on ne peut pas le prouver, sauf à pouvoir sortir de notre brane pour l'observer (un peu facile comme argument afin d'éluder le problème de l'expérimentation). Pour certains, la théorie des cordes n'est pas scientifiquement recevable car non exploitable sur un plan expérimental ou d'observation en vue de la valider/constater.

Par contre on a déjà pratiqué des expériences de soupes prébiotiques et observé des acides nucléiques ou aminés ailleurs que sur Terre

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Par ailleurs, les lois naturelles peuvent avoir des exceptions (c'est même presque toujours le cas). N'oublions pas que nous ne sommes pas dans le domaine des mathématiques, des sciences exactes. Les lois ne sont pas absolues.

Insinueriez-vous que le phénomène vivant n'est pas soumis à la mécanique newtonienne ? qu'il est en dehors du cadre de la relativité restreinte/générale ? Sous-entendez-vous que le métabolisme n'a rien à voir avec les lois présidant aux réactions chimiques ? Et que dire de l'universalité du code génétique ?

Ou peut-être que dans votre esprit une loi n'est pas "naturelle" si elle est effective partout ?

Vos assertions reflètent peut-être vos convictions intimes, mais elles n'ont pas de réalité de scientifique. Ce n'est pas même un début d'analyse scientifique, désolé


Un profond travail psychologique de décentralisation est un préalable incontournable à toute démarche scientifique. Sans cela, difficile d'aboutir ou même débuter à quoi que ce soit d'objectif.

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Revenons à nos nucléotides...

Sûrement que l'ADN étant plus stable, il a fini par supplanter les génomes à ARN dans la transmission héréditaire. A l'évidence il dérive probablement d'une chaîne ARN ayant eu quelques pépins du type mutations (remplacement d'une base ribo' par une base désoxyribo') ou pourquoi pas altération de la chaîne nucléotidique (enzymes, mais aussi rayonnements, facteurs variés...). Il est plus facile d'ôter un groupement hydroxyle sur un ribose que de le créer sans ce même groupement.

On a peut-être même eu des génomes hybrides avec un brin sens ARN et un brin antisens ADN par exemple, pour stabiliser la structure codante.

La suite est affaire de sélection darwinienne, comme toujours dans ce domaine

[invitec0b62935]

Pourquoi l'ADN serait alors arrivé en retard sur la scène de la vie, par rapport à l'ARN

Pour démarrer la vie, il faut une molécule qui puisse être répliquée à l'identique aux mutations près. Si cette molécule est l'ADN, il y a un gros problème : l'ADN est un molécule inerte totalement incapable de faire quoi que ce soit. Cela suppose donc qu'il y a eu "autre chose" capable de répliquer cet ADN et il a fallu également que cette "autre chose" soit capable de se répliquer. De ce point de vue, c'est "l'autre chose" qui est vivante et l'ADN ne l'est pas. Il y a donc nécessairement eu une "autre chose" qui a précédé l'ADN. On a deux autres types de molécules complexes présentes chez tous les organismes vivants : l'ARN et les protéines. L'une comme l'autre sont capables de catalyser des réactions chimiques et de contenir une information génétique, les deux ont donc les qualités requises pour être "l'autre chose primordial". Cependant, il se trouve que si la quasi-totalité des réactions enzymatiques sont aujourd'hui catalysées par des protéines, l'ARN est au coeur des fonctions centrales cellulaires, notamment dans la traduction. Il a donc probablement précédé les protéines qui seraient apparues dans un second temps. Cela n'exclut cependant pas qu'une autre molécule encore plus ancienne ait existée mais qu'il n'en reste plus de trace aujourd'hui.

[invitec0b62935]

Bizarrement je trouve plus facile de vérifier et donc (in)valider une théorie qu'on peut expérimenter -- et même mettre en pratique dans un laboratoire dans le cas présent -- qu'un ensemble théorique dont le principe de base est qu'on ne peut pas le prouver, sauf à pouvoir sortir de notre brane pour l'observer (un peu facile comme argument afin d'éluder le problème de l'expérimentation). Pour certains, la théorie des cordes n'est pas scientifiquement recevable car non exploitable sur un plan expérimental ou d'observation en vue de la valider.

Par contre on a déjà pratiqué des expériences de soupes prébiotiques

A (très long) terme, on peut effectivement penser que la question des origines de la vie pourra être résolue, c'est certain. On a juste un fossé énorme à franchir entre la soupe prébiotique et LUCA, sachant qu'on n'est pas bien sur de ce que contenait la soupe prébiotique et qu'on ne sait pas non plus précisément à quoi ressemblait LUCA.

[noir_ecaille]

En fait, il y a une continuité entre la chimie abiotique et la biochimie. Retracer l'évolution est ardu, mais possible voire faisable

On ignore encore beaucoup de chose sur la soupe chimique dont est issu l'actuelle biosphère terrienne. Les réactions ayant mis le feu au poudres sont peut-être dues au bombardement tardif advenu lors de la perte d'une planète centrale (probablement une géante gazeuse ou de glace) au cours de l'évolution du système solaire.

On suppose que les monomères ont pu être apportés par ensemencements cométaires, peut-être plus que par de contraignantes réactions chimiques sous conditions particulières (expérience de Stanley Miller) -- sans pour autant exclure l'une ou l'autre de ces possibilités qui peuvent cohabiter.

C'est certains que retrouver des traces fossiles des étapes intermédiaires aiderait grandement ! Seulement il faudra être capable de les identifier en tant que tels. Le problème du renouvellement de la croûte terrestre superficielle, d'une part par altération causée par le phénomène vivant actuel et passé, d'autre part par la dérive continentale, amoindrit les possibilités de tomber "facilement" sur THE roche fossile qui répondra au moins partiellement à ces questions -- si tant est qu'une soupe prébiotique-biotisante cristalisée puisse être considérable comme un fossile plutôt qu'un pseudo-fossile


En attendant cette hypothétique découverte du siècle, on peut toujours tenter de recréer la vie en laboratoire, voire en s'aidant de l'informatique et des observations astronomiques, puis passer au crible les données obtenues en fonction des archives des conditions qui prévalaient juste avant l'époque des première traces de vie fossiles.


Bon, on n'aura pas encore un sourire de LUCA, mais c'est comme le dernier ancêtre commun de tout embranchement phylogénétique : un concept en devenir ^^

[Amanuensis]

Pour démarrer la vie, il faut une molécule qui puisse être répliquée à l'identique aux mutations près.

Même cela n'est pas si clairement une nécessité.

En toute prudence c'est plutôt "il faut une structure (un ensemble de molécules) capable de se dédoubler en deux structures approximativement identiques et ayant suffisamment souvent la même capacité".

Notons que la capacité de se dédoubler implique prendre des matériaux bruts et les organiser, ce qui implique un système dissipatif.

[noir_ecaille]

Est-ce une contrainte forte d'avoir plusieurs molécules assemblées en une structure ? Si la macromolécule (polymère) d'intérêt a la capacité polymériser une structure identique à elle-même, au(x) défaut(s) de recopie près, ne peut-elle "se suffire" dans son cycle de duplication ?

(Je m'interroge sur les ARNt : ont-ils une structure plus stable lorsqu'il sont associés à leur acide aminé ou bien sans, ou les deux conformations sont-elles de stabilités équivalentes ?)

[Amanuensis]

Est-ce une contrainte forte d'avoir plusieurs molécules assemblées en une structure ?

Pour moi (trop matheux...), un ensemble peut se limiter à une seule molécule ! Et une molécule est en soi-même une structure.

Si la macromolécule (polymère) d'intérêt a la capacité polymériser une structure identique à elle-même, au(x) défaut(s) de recopie près, ne peut-elle "se suffire" dans son cycle de duplication ?

Sûrement.

Maintenant, mon intuition personnelle m'amène plutôt à suivre l'idée que le "métabolisme" précède tout le reste. Autrement dit, le "vivant" prend sa source dans un système dissipatif dans lequel des molécules sont synthétisées "contre" l'équilibre chimique statique, grâce à un flux d'énergie.

Je ne trouve pas crédible qu'une molécule se répliquant soit à l'origine de la mise en place d'un système dissipatif (le "métabolisme"), alors que le contraire est assez évident (car la réplication elle-même se fait plutôt "contre" l'équilibre chimique statique).

Et par ailleurs, l'existence d'un "génome" (d'une information discrète portée par un polymère) ne me paraît pas strictement nécessaire. Faut bien une forme d'hérédité, mais la simple composition moléculaire est quelque chose d'héritable : si on prend une micelle capable de grossir et se diviser en deux, et qu'on suppose de que la composition de l'intérieur est à peu près reproduite dans les micelles filles, il y a hérédité. Pas une hérédité sous forme d'une information numérique (ce qu'est le génome sur ADN), mais une information qu'on pourrait qualifier d'analogique. Le pré-vivant aurait fait une transition analogique/numérique quand à son support de l'information héréditaire... L'intérêt du numérique dans les techniques actuelles est la fiabilité, pas besoin d'être grand clerc pour imaginer que c'est un avantage générique.

[Remarquons que l'héritage de la composition du cytoplasme reste encore une fonction critique actuellement : s'il n'y a pas ce qu'il faut pour le métabolisme de l'énergie, ou s'il n'y a pas les ribosomes et tout ce qui va avec, hériter de l'ADN n'a aucune utilité !]

[JPL]

On n'a pas de fossiles (et on n'en aura probablement jamais) des premières traces de la vie et plus encore des phases prébiotiques qui ont précédé. Mais on peut considérer que les mécanismes à l’œuvre actuellement dans les cellules sont, au moins pour certains d'entre eux, des traces fossiles des mécanismes initiaux. De ce point de vue trois choses sont frappantes :

• la première est la multiplicité et la diversité étonnantes des rôles des molécules d'ARN dans la cellule (et il n'est pas sûr qu'on en ait fait le tour aujourd'hui) ;
• la deuxième est l'implication dans le métabolisme énergétique des mêmes nucléotides que ceux des ARN (curieusement l'importance de ce point est rarement soulignée) ;
• enfin la troisième est le fait que de nombreuses enzymes (la plupart peut-être) aient besoin d'un coenzyme contenant un ou plusieurs atomes métalliques. Ceci me semble souligner le rôle de certains substrats minéraux (mais lesquels ?) dans la phase prébiotique.

[Amanuensis]

la deuxième est l'implication dans le métabolisme énergétique des mêmes nucléotides que ceux des ARN (curieusement l'importance de ce point est rarement soulignée) ;

+1....................

nfin la troisième est le fait que de nombreuses enzymes (la plupart peut-être) aient besoin d'un coenzyme contenant un ou plusieurs atomes métalliques.

Dans le métabolisme énergétique, c'est très clair. Mais je n'avais pas cette impression là pour d'autres fonctions enzymatique ?

[invitec0b62935]

[*]enfin la troisième est le fait que de nombreuses enzymes (la plupart peut-être) aient besoin d'un coenzyme contenant un ou plusieurs atomes métalliques. Ceci me semble souligner le rôle de certains substrats minéraux (mais lesquels ?) dans la phase prébiotique.[/LIST]

Les acides aminés comme les bases azotées ne contiennent pas de groupement chimique particulièrement réactif, ce qui pose problème pour catalyser certaines réactions chimiques à barrière d'énergie élevée. L'utilisation d'ion métallique permet d'accéder à des réactions qui seraient impossibles autrement à un pH et une température physiologique. Par exemple, le méthane est une molécule extrêmement stable à température ambiante, les liaisons C-H sont très solides et la forte symétrie de la molécule renforce encore ce fait. Une protéine sans ion serait sans doute incapable d'oxyder cette molécule pour l'utiliser comme source de carbone. De fait, les méthane monooxygénases font appel à des ions fer pour l'oxyder en méthanol qui est bien plus facile à utiliser.

[invite14397db8]

Il y a un problème fondamental dans la question de départ. Qu'entendez-vous par virus ou bactérie? Particule non vivante et première cellule?

Parce que si l'on considère la définition moderne, un virus a nécessairement besoin d'une cellule vivante pour exister. D'ailleurs la cellule infectée est indispensable à la notion de virus. De même, compte tenu de la complexité des cellules bactériennes, je me demande si il ne faudrait pas employer d'autres concepts.

[invite7da3e5f9]

Insinueriez-vous que le phénomène vivant n'est pas soumis à la mécanique newtonienne ? qu'il est en dehors du cadre de la relativité restreinte/générale ? Sous-entendez-vous que le métabolisme n'a rien à voir avec les lois présidant aux réactions chimiques ? Et que dire de l'universalité du code génétique ?
Ou peut-être que dans votre esprit une loi n'est pas "naturelle" si elle est effective partout ?

Notre Univers est indéterminé. Il n'existerait pas tel qu'il est s'il était déterminé. D'ailleurs le Big Bang n'aurait même pas eu lieu dans ce cas. Le déterminisme est un mythe. Ce sont les exceptions aux lois qui génèrent la complexité. Sans exception aux lois, notre Univers serait informe et vide.
Le déterminisme est un mythe qui a fini son temps avec Niels Bohr et bien d'autres illustres scientifiques.

[Amanuensis]

Cela s'appelle jeter le bébé avec l'eau du bain.

Par ailleurs c'est encore un jugement en blanc ou noir...