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Les "fermes" du génome "fermier" ?



  1. #151
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?


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    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Même la notion de transmission "horizontale" entre dans le cadre Darwinien, par une sélection de la parentèle.
    Je pense qu'elle y entre même sans parler de sélection de parentèle... d'une part, la culture ne se transmet pas qu'entre apparentés, loin de là, et d'autre part, la transmission horizontale d'information génétique est très courante dans certains phylums (je ne parle même pas des virus).

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  3. #152
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    J'espère que c'est à cause de l'heure tardive, mais je ne vois pas bien le rapport entre l'héritabilié et la nature discrète de l'ADN (dont les effets ne sont pas forcéments discrets : les QTL agissant en synergie ont des effets continus, mais en réalité je n'ai probablement pas bien compris de quoi tu parles)
    Discret au sens théorie de l'information. Suite de symboles pris dans un alphabet fini. L'information portée par l'ADN est discrète et héritable. Mais rien dans la notion de sélection ne demande que ce qui est reproduit soit de nature discrète. Une diatomée hérite de sa cellule parente une demi-boîte dont la taille n'est pas prise dans une liste finie. C'est héritable, mais non discret. (L'exemple n'est pas bon, parce que ça n'a pas l'air d'être sujet à sélection, mais qui sait...)

    Si le point important de la sélection est l'héritabilité (en quoi je suis d'accord), l'information génétique étant héritable... bon, en fait je ne vois pas bien où tu veux en venir.
    Juste à dire que l'information génétique, ni même plus généralement une information discrète (épigénétique) n'est pas la seule chose qui soit l'objet de sélection.

    Peux-tu me donner d'autres exemples? On a déjà parlé d'information culturelle, et je suis aussi d'accord. Pour le reste.... Peux tu donner une bonne fois pour toute une définition à ces "structures" et une liste d'exemples?
    Tout ensemble fonctionnel faisant un tout et gouverné par plusieurs gènes (ou autre "chose" transmise). Un ribosome, une chaîne métabolique, une relation de communication intercellulaire (hormone ou neurone), un organe (une aile, un oeil), un système de reconnaissance entre sexes, ...

    (Il suffit presque de lire l'abondante prose créationniste pour en trouver plein, de ces exemples, parce que c'est justement ce qui est le plus dur à justifier par les modèles simples de la sélection.)

    Dans de tels cas, la sélection s'opère au moins à deux niveaux: celui de la structure et celui des composants.

    Pour moi qui ne suis pas physicienne pour un sou, une éxplication un peu plus complète et argumentée serait interessante.
    Le sujet de l'apparition de la vie serait bien long, et mérite un autre fil (il y a en déjà, aucun d'actif pour le moment il me semble). En gros, la vie est essentiellement en équilibre dynamique, au sens thermodynamique: elle a besoin d'un flux continuel d'énergie pour se maintenir. En son absence, les structures se dégradent (entropie). L'ADN et l'ARN ne peuvent pas se maintenir sans apport continuel d'énergie, et encore moins se dupliquer. Les protéines ne peuvent pas se créer sans énergie. Tout cycle demande un apport en énergie. Avant d'avoir reproduction d'un génome, il faut la reproduction de ce qui permet l'alimentation en énergie de ce qui maintient le génome, il faut que soit en place ce qui permet le flux énergétique.

    Plus prosaïquement, avoir à manger vient avant se reproduire...

    Mais j'en ai parlé dix fois!! Ok pas dans mon tout dernier post, où je l'ai oublié, mais bon, je suppose que tu as lu les autres aussi (ou alors je parle dans le vide?)...
    Alors pourquoi maintiens-tu que la cible de la sélection c'est l'information génétique?

    Eh oui, mais c'est le problème de se poser des questions concrètes... ce qui n'empêche pas d'en tirer des théories plus globales.
    Il n'y en a pas dans le cas des lions qui boulottent les jeunes...

    Mais que fais-tu du hasard?
    La sélection n'agit pas seule, il y a aussi la mutation et la dérive génétique!! (que le modèle actuel intègre aussi...) Comme prédire les effets du hasard?
    On peut toujours faire des stats. Ou des lois dont les exceptions sont suffisamment rares pour que le cas par cas soit réduit à ces quelques exceptions. Comme le maintien du sexe, que tu cites. Il n'y a qu'un exemple (il me semble, et je ne me rappelle plus lequel) de lignée ayant perdu la sexualité et qui a survécu plus que quelques millions d'années.

    Mais le point n'est pas vraiment là. Ce n'est certainement pas en prenant un cas comme le cou de la giraffe, l'infanticide lionien, ou les hymenoptères sociaux qu'on peut établir des lois!

    (je dirais plutôt "évolutivement"... mais sans assurance, surtout à minuit)
    L'anglais c'est "evolutionary", je ne suis pas sûr pour le français...

    Bon, ok, on peut dire qu'il y a eu sélection des gènes favorisant un long cou.
    Après, on peut ergoter sur les interprétations, ce ne sont que des interprétations tant qu'on n'a pas de preuve.
    C'est l'un des principaux danger que l'évolutionniste rencontre : la tentation de Pangloss, raconter n'importe quoi pour justifier que quelque chose est positif.
    Pourtant, il existe des moyens de tester (peut-être que ce n'est pas vraiment facile chez la girafe) ce genre d'hypothèse, pour voir plus clairement quels sont les raisons d'une sélection, et ne pas tomber dans ce piège. La littérature est remplie d'exemple (désolée, c'est nécessairement du cas pas cas)
    C'est aussi ce que je soulignais... S'il y avait plein de feuillivores avec un long cou, l'interprétation se transformerait en une sorte de règle, alors qu'au cas par cas, on raconte une histoire...

    Cordialement,

  4. #153
    muller.charles

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    4) Le culturel est sujet à sélection. Il n'y a pas de raison de penser qu'une lignée de castors ne puisse pas être favorisée parce que la technique apprise de parent à enfant n'est pas meilleure que celle d'une autre lignée (je prend volontairement un exemple non humain).
    Sur cet exemple précis, on peut poser la question : qu'est-ce qui est sélectionné ? On constate que c'est à la fois l'invention culturelle et les facultés d'observation / apprentissage. En soi, si un castor "invente" la technique à sa génération, elle avantage la survie directe de sa lignée. Mais elle n'a d'avantage sélectif à terme que si elle est transmise sur un certain nombre de générations, et non oubliée à la génération suivante. Or, elle ne peut être transmise que s'il existe une prédisposition innée à transmettre (observer, reproduire). Ensuite, la prédisposition et l'artefact se co-transmettent et, éventuellement, se renforcent mutuellement (c'est-à-dire qu'au bout d'un moment, le castor ayant une mutation défavorable de l'apprentissage ne va plus être adapté au milieu artificiellement transformé par sa population).

    Autrement dit l'utilisation de la génétique des populations pour expliquer le lion et autres est une application a posteriori, elle n'est pas prédictive. Elle ne permet pas de dire "si je rencontre une espèce qui a telle et telle caractéristique, alors on y constatera nécessairement que les mâles tuent les jeunes lorsqu'ils prennent le contrôle d'un harem".
    C'est vrai que bcp de textes sur l'évolution sont (un peu par définition) rétrodictifs et que l'on peut toujours faire des explications ad hoc. On peut aussi faire quelques prédictions, mais faibles et générales. Surtout, le fait que les fonctions et structures soient partagées par le vivant aide à renforcer les bonnes hypothèses et à évacuer les historiettes ad hoc. Par exemple, si je dis que l'agressivité des mâles est une stratégie pour dominer un territoire ou l'accès aux femelles, je dois retrouver ce trait chez d'autres espèces sexuées et territoriales. Et si je tombe sur des espèces où les rôles sont inversés, je dois chercher une explication compatible avec ma première hypothèse (par exemple, vérifier si les femelles sont polyandres, si elles assument la recherche des ressources énergétiques, etc.). Tout cela est empirique et pas toujours satisfaisant (pour les esprits plus... "physiques"), mais on parvient tout de même à des hypothèses assez fortes. Ce sont des hypothèses "fonctionnelles" inter-espèces, montrant que tel type de situation crée telle contrainte sélective sur tel genre de structure.

    Le problème est que l'explication génétique est présentée comme causale, alors qu'on n'en sait rien. Si elle était vraiment causale, alors on aurait une affirmation comme ci-dessus. Mais si elle n'est pas causale, l'explication n'est qu'une de cohérence, de stabilité. Les démonstrations, par la génétique des populations, de stabilité sont bien plus acceptables: elles disent en gros, les lions se comportent comme cela, et c'est évolutionnairement stable parce que si un variant ne le fait pas, il aura moins de descendance. Mais l'affirmation de stabilité évolutionnaire est plus "pauvre" que la présentation causale, et moins satisfaisante pour beaucoup. Mais elle est plus "scientifique".
    Là, c'est juste une question de temps et de moyens. Sur le principe, il n'y aucune raison pour que l'approche statistique de la génétique des populations ne rencontre pas l'approche moléculaire de la génomique fonctionnelle. Car en dernier ressort, les calculs de la gen. pop. ne sont pas des artefacts : ils correspondent à des traits réels chez les individus d'une population, traits que l'on peut analyser "bottom-up", c'est-à-dire en partant des allèles d'un locus, en observant à l'arrivée les variations de comportement induites et en construisant au milieu une chaîne de causalité moléculaire et cellulaire. On le fait déjà, comme je l'ai signalé, sur des populations de moustiques pour analyser divers facteurs sélectifs (comment ils s'adaptent au chaud, à l'humide, aux biocides, etc.), et cela sans solution de continuité du gène au milieu. Mais évidemment, truffer une population naturelle de puces ADN et l'observer in situ pendant trois générations pour l'analyser depuis la variation des gènes jusqu'à la variation des milieux, cela n'est pas pour demain.
    Réchauffement : la science ou le mythe ?

  5. #154
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Discret au sens théorie de l'information. Suite de symboles pris dans un alphabet fini. L'information portée par l'ADN est discrète et héritable. Mais rien dans la notion de sélection ne demande que ce qui est reproduit soit de nature discrète.
    Ni ne dit que ça ne doit pas l'être, non? je ne vois pas ce que cette observation apporte...
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Une diatomée hérite de sa cellule parente une demi-boîte dont la taille n'est pas prise dans une liste finie. C'est héritable, mais non discret. (L'exemple n'est pas bon, parce que ça n'a pas l'air d'être sujet à sélection, mais qui sait...)
    Justement, à mon sens, les constituants cellulaires autres que l'adn (et les molécules servant à l'information épigénétique) ne sont pas "héritables".
    Elles passent d'une génération à l'autre au moment de la division cellulaire, ou de la fécondation, mais elles sont remplacées au bout de quelques heures par le produit d'expression des gènes du nouveau noyau.
    Alors c'est sûr, dans le cas d'une mitose, en général, on ne voit pas la différence...
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Tout ensemble fonctionnel faisant un tout et gouverné par plusieurs gènes (ou autre "chose" transmise). Un ribosome, une chaîne métabolique, une relation de communication intercellulaire (hormone ou neurone), un organe (une aile, un oeil), un système de reconnaissance entre sexes, ...
    Je crois que je comprend un peu mieux. Mais je ne suis toujours pas vraiment d'accord, car ces structures ne sont pas transmises telles quelles d'une génération à l'autre, justement à cause du brassage génétique.
    En outre, si une aile n'est pas efficace pour la fitness de l'individu (par exemple, il ne vole pas et meurt), cela signifie que les gènes qui ont codé pour ne seront pas transmis : ce sont eux qui auront été sélectionnés, non (et les autres, ce qui codaient pour autre chose qu'une aile défectueuse, sont perdus par dérive)?

    Enfin bon, à la limite, tant qu'on reste du domaine des constituants de l'individu, et qu'on ne va pas au dela (le groupe, l'espèce...), je veux bien prendre ça comme une vue de l'esprit... mais je ne suis pas sûre que ce soit très applicable...
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Alors pourquoi maintiens-tu que la cible de la sélection c'est l'information génétique?
    Je voulais dire l'information héritable verticalement (génétique et épigénétique) et horizontalement (génétique et culturelle).
    Il faut avouer que l'information culturelle n'est présente que dans une infime part du vivant...
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Il n'y en a pas dans le cas des lions qui boulottent les jeunes...
    C'est dans l'autre sens que ça joue : considérer que les gènes sont la cible de la sélection au détriment de l'espèce permet d'expliquer l'histoire du lion.
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    On peut toujours faire des stats.
    OK : alors là, je veux voir la tête des stats qui vont prendre en compte toutes les mutations possibles sur les milliers de gènes constituant une espèce, et toutes leurs conséquences possibles au niveau phénotypique, pour prévoir toutes les évolutions possibles de cette espèce (sans compter qu'il faudra aussi prendre en compte toutes les possibles modifications environnementales).
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Ou des lois dont les exceptions sont suffisamment rares pour que le cas par cas soit réduit à ces quelques exceptions. Comme le maintien du sexe, que tu cites. Il n'y a qu'un exemple (il me semble, et je ne me rappelle plus lequel) de lignée ayant perdu la sexualité et qui a survécu plus que quelques millions d'années.
    Les bdeloïdes. Mais leur étude, dans l'état actuel des choses ne permet pas d'imaginer une raison de maintien du sexe qui soit applicable aux autres groupes aussi. Peut-être qu'il n'y en a tout simplement pas...
    Le moindre cas qui ne rentre pas dans une théorie suffit à l'invalider si elle se dit "universelle". Pour l'instant, je ne connais pas de cas d'évolution qui ne soit explicable par la sélection de l'information génétique (car en général, le culturel joue peu à part chez l'homme et quelques autres espèces)
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Mais le point n'est pas vraiment là. Ce n'est certainement pas en prenant un cas comme le cou de la giraffe, l'infanticide lionien, ou les hymenoptères sociaux qu'on peut établir des lois!
    Ben si, en tous cas, ils permettent de les imaginer. Et ensuite, si quelqu'un trouve une espèce qui ne rentre pas dans le moule, en repense la loi. Le truc des hyménoptères sociaux par exemple, c'est que justement, ils étaient une sorte d'exception si on pensait en terme de sélection sélection individuelle du plus apte à se reproduire (pour les lions, c'est à la sélection de groupe qu'ils ont fait mal). On a donc trouvé une loi qui les englobe en plus du reste. Pour l'instant, à ma connaissance, ça marche...
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    L'anglais c'est "evolutionary", je ne suis pas sûr pour le français...
    Après vérification, je penche toujours pour évolutivement
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    S'il y avait plein de feuillivores avec un long cou, l'interprétation se transformerait en une sorte de règle, alors qu'au cas par cas, on raconte une histoire...
    Il n'y a peut-être pas de feuillivores avec un long cou, mais il y a plein de situations explicables par une sélection de l'information génétique (le culturel ne jouant généralement pas un rôle important chez la plupart du vivant, et notamment si on sort du rêgne animal).

  6. #155
    paulb

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Bonjour,
    Timidement, je me permets de rappeler que la discussion, au demeurant fort intéressante, est depuis un bon moment hors sujet. Le thème était à l'origine la différence entre l'information génétique, pérenne et soumise seulement à des mutations "anecdotiques" d'un côté et ses avatars, les êtres vivants, périssables, de l'autre côté, ce qui constitue (à mes yeux) une relation hiérarchique, avec des implications philosophiques non nulles. La variété, dans une population donnée, de l'information génétique ne sert qu'à l'évolution, par une sélection de ses "avatars", de cette information garantissant ainsi au mieux sa propre survie.

    Si l'on peut se "mettre à la place" de l'information génétique ou de son support du moment, on arrive au seul objectif: perdurer, peu importe par quel moyen qui apporte l'énergie nécessaire au maintien de la néguentropie, nécessaire à la pérennité et au développement de sa propre structure.

    L'immense complexité des mécanismes mutation/sélection, que vous détaillez avec volupté, destinée à assurer cet apport d'énergie, n'est que le moyen d'y parvenir. Sans elle, l'information se dissoudrait progressivement dans le désordre.


    L'ADN peut dormir tranquille, sauf une sortie généralisée des conditions climatiques qui autorisent la vie, son destin est un long fleuve tranquille.

    Je comprends que la spécialisation des participants les porte à discuter de choses qu'ils connaissent, mais je regrette qu'aucun d'eux ne soit volontaire pour regarder ce qui se passe au dehors de sa porte!

    Le droit de dire et d'exprimer ce que nous pensons est le droit de tout homme libre, dont on ne saurait le priver sans exercer la tyrannie la plus odieuse. Voltaire.
    Amicalement paulb.
    Dernière modification par paulb ; 26/10/2006 à 10h26.

  7. #156
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    Ni ne dit que ça ne doit pas l'être, non? je ne vois pas ce que cette observation apporte...
    Il faut avouer que l'information culturelle n'est présente que dans une infime part du vivant...
    Le moindre cas qui ne rentre pas dans une théorie suffit à l'invalider si elle se dit "universelle".
    Bonjour,

    ((Dernier essai... Pour laisser la place au retour au sujet demandé par Paul))

    Tu n'appliques pas, dans les deux premières citations, ce que tu dis dans la troisième. Une des choses que je dis depuis le début est que considérer que la cible de la sélection est le gène, et même l'information génétique, n'est pas une approche universelle. Il y a des exceptions, et cela suffit à l'invalider comme théorie universelle.

    Cordialement,

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  9. #157
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Une des choses que je dis depuis le début est que considérer que la cible de la sélection est le gène, et même l'information génétique, n'est pas une approche universelle. Il y a des exceptions, et cela suffit à l'invalider comme théorie universelle.
    Ok pour la sélection culturelle (avec ça, je suis d'accord depuis le début), mais pour le reste je ne suis pas d'accord.
    Pour moi, la cible finale de la sélection reste l'information (génétique, épigénétique ou culturelle), et pas le produit de cette information.

    PS : personne n'empêche de continuer sur ce thème dans un nouveau fil plus approprié

  10. #158
    muller.charles

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par paulb Voir le message
    Bonjour,
    Timidement, je me permets de rappeler que la discussion, au demeurant fort intéressante, est depuis un bon moment hors sujet. Le thème était à l'origine la différence entre l'information génétique, pérenne et soumise seulement à des mutations "anecdotiques" d'un côté et ses avatars, les êtres vivants, périssables, de l'autre côté, ce qui constitue (à mes yeux) une relation hiérarchique, avec des implications philosophiques non nulles. La variété, dans une population donnée, de l'information génétique ne sert qu'à l'évolution, par une sélection de ses "avatars", de cette information garantissant ainsi au mieux sa propre survie.
    A mon avis, on a deux grandes approches possibles (en termes réductionnistes, c'est-à-dire en allant au niveau pertinent le plus simple) :
    - théorie génétique (gène-centrée)
    - théorie cellulaire (individu-centrée)

    La première souligne que seuls l'ADN ou l'ARN se répliquent, donc que c'est le point focal du vivant et que tout est organisé autour pour la réplication.

    La seconde souligne que l'ADN et l'ARN ne doivent leur capacité réplicative qu'à la cellule les protégeant, les nourrissant et autorisant leurs réactions chimiques, donc que ce niveau seul est pertinent pour analyser la réplication.

    Cela en partant du principe que la reproduction est le phénomène-clef du vivant par rapport au non-vivant. (Et aussi du principe que le passage au pluricellulaire ne change pas fondamentalement la donne, donc que la cellule peut être considérée comme un "individu").

    Cette double approche se retrouve notamment dans les querelles "oeuf et poule" sur les différentes hypothèses concernant l'origine de la vie (un monde ARN autocatalytique, des gouttelettes lipidiques précellulaires, etc.).

    Mon intuition, sans doute proche de celle de mmy quoique formulée différemment, est que trancher entre ces deux approches n'a pas forcément de sens ni surtout d'intérêt. A ce jour, la vision génétique a simplement fourni plus de résultats tangibles que la vision cellulaire (au moins pour la théorie de l'évolution) en terme de quantification, de modélisation, de prédiction, etc. Un pb est que chaque approche se veut souvent antinomique de l'autre. Or, réplicateur et véhicule n'existent pas l'un sans l'autre (les virus ADN ou ARN "purs" ne sont considérés comme vivants) et il faut bien penser l'un avec l'autre, de manière dialectique.

    Désolé, c'est peut-être encore HS par rapport à ton idée initiale.
    Réchauffement : la science ou le mythe ?

  11. #159
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    Pour moi, la cible finale de la sélection reste l'information (génétique, épigénétique ou culturelle).
    Mais je suis d'accord là-dessus! Le problème est dans le mot "information". J'avais posé la question directement de la signification de ce mot!

    Mais je reprend un autre angle. Es-tu d'accord que la sélection naturelle est automatiquement en oeuvre quand un certain nombre de critères sont vérifiés, comme décrit dans certains de mes postes et aussi des postes de Charles?

    Si tu regardes ces critères, il est facile de réaliser que la simple demande de duplication, de copie, fait que ce dont il est question est de l'information. Ce ne peut pas être de la matière, et que reste-t-il alors à copier, à dupliquer, si ce n'est de l'information?

    Donc on tombe d'accord si on dit "la cible finale de la sélection reste l'information (génétique, épigénétique ou culturelle, ou autre)"

    Cordialement,

  12. #160
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par muller.charles Voir le message
    Mon intuition, sans doute proche de celle de mmy quoique formulée différemment, est que trancher entre ces deux approches n'a pas forcément de sens ni surtout d'intérêt. A ce jour, la vision génétique a simplement fourni plus de résultats tangibles que la vision cellulaire (au moins pour la théorie de l'évolution) en terme de quantification, de modélisation, de prédiction, etc. Un pb est que chaque approche se veut souvent antinomique de l'autre. Or, réplicateur et véhicule n'existent pas l'un sans l'autre (les virus ADN ou ARN "purs" ne sont considérés comme vivants) et il faut bien penser l'un avec l'autre, de manière dialectique.
    Je confirme que c'est proche de ce que je cherche à dire autrement.

    Cordialement,

  13. #161
    muller.charles

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    Ok pour la sélection culturelle (avec ça, je suis d'accord depuis le début), mais pour le reste je ne suis pas d'accord.
    Pour moi, la cible finale de la sélection reste l'information (génétique, épigénétique ou culturelle), et pas le produit de cette information.
    PS : personne n'empêche de continuer sur ce thème dans un nouveau fil plus approprié
    Je reviens au gène, c'est impropre mais plus simple, juste pour exprimer à mon tour ma position de manière courte.
    A partir du moment où l'expression du gène est conditionnée par son milieu, la cible de la sélection me semble forcément le gène exprimé dans l'individu (et son produit les gènes dont l'expression individuelle a été adaptative).
    Réchauffement : la science ou le mythe ?

  14. #162
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Donc on tombe d'accord si on dit "la cible finale de la sélection reste l'information (génétique, épigénétique ou culturelle, ou autre)"
    Oui, mais personnellement je ne connais pas d'"autre" source d'information dans le vivant...

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  16. #163
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    Oui, mais personnellement je ne connais pas d'"autre" source d'information dans le vivant...
    Penses-tu que dans la spécialisation cellulaire, l'information transmise qui détermine la spécialisation de la cellule fille est nécessairement génétique ou épigénétique. Le contenu protéique ne peut-il être l'information déterminante, ou au minimum une partie de l'information?

    (Un article que j'ai lu il y bien longtemps défendait l'idée que la spécialisation d'une cellule était un "optimum local". Le génome ne déterminerait pas un fonctionnement unique d'une cellule, mais se contenterait de "stabiliser" le contenu du protoplasme; mais il y aurait plusieurs centaines de "points stables". Une fois proche d'un point stable, les rétro-actions internes dans la cellules, impliquant entre autres le génome, le maintiendrait. Si une telle hypothèse était correcte, l'information de spécialisation est dans la composition du protoplasme.)

    Si on accepte l'hypothèse dominante sur le prion, la forme tertiaire d'une protéine peut être une information.

    Une hormone ou une phéromone est clairement une source d'information dans le vivant. Plus généralement, le vivant utilise très couramment des molécules autres que génétiques comme support d'information lors de communications entre cellules ou entre organismes. Que rien de tel n'existe en vertical reste à démontrer.

    Peut-on exclure que les anticorps qui passent de la mère à l'embryon n'ont pas une action à long terme sur le système immunitaire, elle-même passable à la génération suivante? Tu peux peut-être inclure cela dans la transmission culturelle, mais c'est suffisamment différent pour le citer.

    Ensuite, le jour où on clonera un noyau homo sapiens dans un oeuf de grenouille et que ça donne un humain, j'accepterai peut-être l'idée qu'il n'y a aucune autre information que génétique passée tout au long de la lignée germinale. Jusqu'à preuve du contraire, il y a une différence entre un protoplasme d'oeuf humain et un protoplasme d'oeuf plus éloigné, et cette différence se retrouve tout au long de la lignée. Tu penses que cette différence est entièrement codée sur le support génétique. Peut-être, mais cela semble difficile à prouver.

    (Et c'est de toute manière faux dans l'absolu si on réfléchit à ce qu'est le code génétique: l'existence de variantes du code, de variantes des ARNt synthétases implique que l'ADN n'est transcriptible correctement que si le bon jeu d'ARNt synthétase est déjà présent. Si on prend une cellule et que l'on change le jeu d'ARNt synthétases, l'information véhiculée par l'ADN devient différente, à séquence d'ADN égale. On peut alors s'amuser à imaginer un système où le code codant pour une X ARNt synthétase donnée devient le code d'une Y ARNt synthétase si on remplace tous les X de l'enzyme par des Y. Auquel cas, le protoplasme détermine à lui seul si la lecture sera de X ou Y.)

    Cordialement,

  17. #164
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Penses-tu que dans la spécialisation cellulaire, l'information transmise qui détermine la spécialisation de la cellule fille est nécessairement génétique ou épigénétique.
    Le contenu protéique ne peut-il être l'information déterminante, ou au minimum une partie de l'information?
    Le cytoplasme donne au noyau de la cellule fille les moyens de s'exprimer, mais je doute qu'il porte lui-même de l'information...
    Bon, en disant cela j'oublie les protéines chaperonnes, c'est vrai que je n'y avais pensé. Mais j'avoue ne pas bien connaître leur impact.
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Une hormone ou une phéromone est clairement une source d'information dans le vivant.
    Parlons de communication. Je ne crois pas que ce type d'information entre dans le cadre de l'héritable ou en tous cas pas verticalement... En fait, l'efficacité de transmission du message peut être soumise à la sélection, mais le message lui-même, je ne pense pas...
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Peut-on exclure que les anticorps qui passent de la mère à l'embryon n'ont pas une action à long terme sur le système immunitaire, elle-même passable à la génération suivante?
    Effictivement j'en doute, mais je ne suis pas du tout spécialiste en immunologie...
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Ensuite, le jour où on clonera un noyau homo sapiens dans un oeuf de grenouille et que ça donne un humain, j'accepterai peut-être l'idée qu'il n'y a aucune autre information que génétique passée tout au long de la lignée germinale.
    On le fait avec des algues d'espèces différentes.

    Mais je vois déjà d'ici un obstacle majeur au coup de l'oeuf de grenouille : personne ne dit que certaines substances produites par l'ovule de grenouille ne soient pas toxiques pour un génôme humain (incompatibilité au niveau biochimique), et je vois d'ici le problème des réserves énergétiques se profiler à l'horizon (trop ou trop peu et pas de la bonne nature). Donc, même si l'expérience est impossible, cela ne veut pas dire que les molécules du cytoplasme de l'oeuf humain avaient une valeur informative... ni le contraire d'ailleurs : cette expérience me paraît simplement inadaptée... malheureusement, car elle était bien simple.
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    On peut alors s'amuser à imaginer un système où le code codant pour une X ARNt synthétase donnée devient le code d'une Y ARNt synthétase si on remplace tous les X de l'enzyme par des Y. Auquel cas, le protoplasme détermine à lui seul si la lecture sera de X ou Y.
    On peut s'amuser à imaginer beaucoup de choses très jolies. Mais tant qu'on a pas de preuve ou de contre preuve expérimentale, ça ne veut pas dire grand-chose.

    Tout ça pour dire que à mon avis on peut rajouter les protéines chaperonnes dans la liste (mais je connais très mal leur rôle et leur impact), mais personnellement je n'y mettrais pas le reste. Ce n'est que mon avis.

  18. #165
    paulb

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message

    Donc on tombe d'accord si on dit "la cible finale de la sélection reste l'information (génétique, épigénétique ou culturelle, ou autre)"
    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    Oui, mais personnellement je ne connais pas d'"autre" source d'information dans le vivant...
    Donc aquilegia élimine "l'autre" (inconnu au bataillon, à moins de preuve) et moi, je suis hérissé par le culturel, qui est strictement limité à l'individu et n'est nullement inscrit dans son "message" génétique, donc ne peut pas être un critère de sélection chez la génération suivante.

    Naturellement, un individu peut être éliminé à cause de son acquis culturel, mais celui-ci a un impact totalement nul sur sa descendance, que celle-ci soit conçue avant ou après son "acquisition culturelle". C'est presque trop beau comme évidence!


    Le droit de dire et d'exprimer ce que nous pensons est le droit de tout homme libre, dont on ne saurait le priver sans exercer la tyrannie la plus odieuse. Voltaire.
    Amicalement paulb.

  19. #166
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    Tout ça pour dire que à mon avis on peut rajouter les protéines chaperonnes dans la liste (mais je connais très mal leur rôle et leur impact), mais personnellement je n'y mettrais pas le reste. Ce n'est que mon avis.
    Mes exemples n'étaient pas là pour dire ça existe ou ça n'existe pas. Mais que la vision restrictive de ce que peut être l'information ne peut que amener à rater des alternatives.

    La seule chose que je critique est la fermeture de ce qui peut être objet de sélection. D'où le "ou autre". Il est là principalement pour ne pas faire oublier que le vivant nous réserve plein de surprises.

    On peut s'amuser à imaginer beaucoup de choses très jolies. Mais tant qu'on a pas de preuve ou de contre preuve expérimentale, ça ne veut pas dire grand-chose.
    Il est assez choquant que tu considère que l'imagination ne soit pas utile dans le domaine. Relis l'histoire de la biologie, et tu trouveras de nombreux exemples où un dogme fermé a été infirmé.

    Je désagrée complètement quand tu dis "ça ne veut pas dire grand chose". Ce que cela veut dire est qu'il faut garder l'esprit ouvert à ce qui est possible.

    Cordialement,

  20. #167
    paulb

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Le dernier échange mmy-aquilegia m'a éclairé sur une chose: mmy lance des hypothèses et renverse la charge de la preuve en exigeant qu'on prouve que son hypothèse est fausse. C'est trop demander!

    Le droit de dire et d'exprimer ce que nous pensons est le droit de tout homme libre, dont on ne saurait le priver sans exercer la tyrannie la plus odieuse. Voltaire.
    Amicalement paulb.

  21. #168
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Il est assez choquant que tu considère que l'imagination ne soit pas utile dans le domaine. Relis l'histoire de la biologie, et tu trouveras de nombreux exemples où un dogme fermé a été infirmé.

    Je désagrée complètement quand tu dis "ça ne veut pas dire grand chose". Ce que cela veut dire est qu'il faut garder l'esprit ouvert à ce qui est possible.
    Non, je considère l'imagination comme très importante, je me suis mal exprimée.
    Disons très importante mais pas toute puissante, car cela ouvre la porte à beaucoup de bêtise comme celles dont je parlais plus haut, à propos des interprétations hâtives à la Pangloss. Ce genre de chose mérite d'être testé avant d'être validé.
    Que quelque chose soit possible est une chose, mais qu'il existe réellement dans la nature en est une autre.

    Maintenant, c'est sûr que sans imagination, on n'irait nulle part, et on n'aurait jamais rien découvert.

  22. Publicité
  23. #169
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par paulb Voir le message
    je suis hérissé par le culturel, qui est strictement limité à l'individu et n'est nullement inscrit dans son "message" génétique, donc ne peut pas être un critère de sélection chez la génération suivante.
    Ben si, la culture est soumise à la sélection naturelle (son contenu, et pas seulement la capacité d'acquérir une culture), et je t'en ai même donné plusieurs exemples un peu plus haut.
    De nombreux chercheurs étudient d'ailleurs les cultures humaines et leur dynamique sous cet angle évolutionniste, et c'est très instructif (notamment la dynamique des rituels et traditions).

    Par contre c'est vrai que sa transmission est originale car elle est purement horizontale, ce qui ne veut pas dire qu'elle n'a pas d'impact sur la génération suivante...

  24. #170
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Mes exemples n'étaient pas là pour dire ça existe ou ça n'existe pas. Mais que la vision restrictive de ce que peut être l'information ne peut que amener à rater des alternatives.
    Je suis d'accord sur ce point : on découvrira peut-être plus tard d'autres sources d'information soumises à la sélection.
    En attendant, le "ou autres" laisse à mon avis supposer que c'est déjà le cas; ce qui appelle questions et explications.
    Je pense qu'on peut le remplacer par un truc du style "en l'état actuel des connaissances" (que l'on peut d'ailleurs ajouter à la fin de toute explication concernant une idée ou une théorie, non?)

  25. #171
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par paulb Voir le message
    Le dernier échange mmy-aquilegia m'a éclairé sur une chose: mmy lance des hypothèses et renverse la charge de la preuve en exigeant qu'on prouve que son hypothèse est fausse. C'est trop demander!
    Il y a des tas de questions relatives à l'évolution et la sélection où la charge de la preuve doit tomber sur les partisans du tout-génétique. La principale qui me vient à l'esprit est l'origine de la vie.

    Si on commence à mettre comme un dogme que la sélection ne porte que sur de l'information génétique (séquence de bases d'ARN ou d'ADN), on ferme la porte de manière dogmatique à tout un pan d'hypothèses sur l'origine du vivant.

    C'est un cas sans appel où la charge de la preuve est du côté tout-génétique.

    Cordialement,

  26. #172
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    Par contre c'est vrai que sa transmission est originale car elle est purement horizontale, ce qui ne veut pas dire qu'elle n'a pas d'impact sur la génération suivante...
    Elle est originale à bien plus que ce titre, je me mettrais le côté lamarckien bien avant l'horizontalité. Et d'ailleurs, cette "horizontalité" est toute relative, et finalement assez récente. Jusqu'il y a peu de millénaires il est vraisemblable que le jeune n'apprenait que de ses parents les plus proches. C'est d'ailleurs exactement ce que l'on observe chez les chimpanzés.

    Cordialement,

  27. #173
    muller.charles

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Ensuite, le jour où on clonera un noyau homo sapiens dans un oeuf de grenouille et que ça donne un humain, j'accepterai peut-être l'idée qu'il n'y a aucune autre information que génétique passée tout au long de la lignée germinale.
    A ma connaissance, le clonage interespèce a au moins été réussi une fois : en 2000 ou 2001, un gaur est né d'un noyau de gaur et d'un ovocyte énucléé de vache. Les espèces ne sont certes pas trop distantes du point de vue de l'évolution.

    Il y a eu des expériences plus extrêmes, comme un clone panda-lapin implanté dans un utérus de chat. Mais les foetus sont morts rapidement, quelques jours.
    Réchauffement : la science ou le mythe ?

  28. #174
    muller.charles

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    A mon avis, les derniers développements reposent encore et toujours sur la confusion persistante entre transmission et expression des traits biologiques (aussi sur les ambiguïtés du mot "information").

    Je mets de côté l'héritabilité épigénétique : pour ce que l'on en sait, elle existe (c'est une surprise) mais reste assez marginale. Ce n'est peut-être pas le cas dans la réalité, mais autant parler en fonction de l'état actuel des connaissances. Je ne parle pas pour l'instant non plus de l'héritabilité culturelle.

    Si l'on prend la chaîne de l'information dans le vivant, un peptide provient toujours des acides nucléiques, et non l'inverse (une hormone ou un prion, normal ou pathologique, cela a été synthétisé à partir d'ARN/ARN). Le dogme fondamental était "simpliste", mais la direction qu'il proposait est toujours globalement exacte.

    En revanche, le fait est connu que l'expression des acides nucléiques est conditionnée par le milieu à tous les niveaux (par le milieu cellulaire, par le rayonnement, par le pH, par la luminosité, etc.). C'est d'ailleurs une condition pour que les gènes soient efficaces (par exemple, l'adaptation au cycle jour/nuit signifie qu'en dernier ressort les gènes eux-mêmes sont sensibles au variations de luminosité et qu'ils font varier la production de protéines liées à l'horloge biologique ; cette sensibilité est bien sûr médiée par toute une cascade moléculaire, de sorte que le gène réagit à un signal chimique qui n'a plus rien à voir avec la lumière).

    Si l'on pose la question de ce qui est transmis proprement dit d'une génération à l'autre, on a évidemment une réponse simple : l'ADN. C'est donc l'information biologique principale, quasi-exclusive (avec l'épigénétique), dans l'évolution. Tout le reste n'est pas transmis. (Cet ADN est sensible au milieu cellulaire dès la première cellule, l'ovocyte fécondé, mais ce n'est pas ce milieu cellulaire lui-même qui crée de l'information sui generis : il modifie éventuellement l'information nucléaire et mitochondriale exprimée au cours de l'embryogenèse).

    Si l'on pose la question de ce qui est exprimé au cours du développement, alors il y a de l'information biologique (et physique) partout, dans l'organisme et autour de lui.

    Il faut bien sûr garder l'esprit ouvert, comme le dit mmy, et les avanacées récentes en épigénétique le démontrent. En même temps, une cellule et son noyau, ce n'est plus tout à fait une terra incognita.
    Réchauffement : la science ou le mythe ?

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  30. #175
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Elle est originale à bien plus que ce titre, je me mettrais le côté lamarckien bien avant l'horizontalité.
    Tu peux détailler stp? je ne saisis pas bien le côté lamarckien...

  31. #176
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par muller.charles Voir le message
    Si l'on pose la question de ce qui est transmis proprement dit d'une génération à l'autre, on a évidemment une réponse simple : l'ADN. C'est donc l'information biologique principale, quasi-exclusive (avec l'épigénétique), dans l'évolution. Tout le reste n'est pas transmis.
    En se plaçant dans le cadre de l'origine de la vie, es-tu d'accord que ta dernière phrase exclut l'idée d'une évolution Darwinienne avant la mise en place de la duplication de l'ARN?

    (Cet ADN est sensible au milieu cellulaire dès la première cellule, l'ovocyte fécondé, mais ce n'est pas ce milieu cellulaire lui-même qui crée de l'information sui generis : il modifie éventuellement l'information nucléaire et mitochondriale exprimée au cours de l'embryogenèse).
    Tu joue ici toi-même sur l'ambiguïté du mot "information" que tu as signallé. Peut-on modifier de l'information autrement qu'avec de l'information?

    Cordialement,

  32. #177
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    Tu peux détailler stp? je ne saisis pas bien le côté lamarckien...
    Darwinien: l'information passée à ses enfants est exactement (aux mutations exceptionnelles près) de l'information que l'on a reçue de ses parents.

    Lamarckien: l'information passée à ses enfants est l'information reçue de ses parents modifiée le cas échéant par sa propre expérience.

    C'est la différence fondamentale entre les deux théories, à ce que j'en comprend. Conséquence, stricto sensu, la transmission culturelle n'est pas soumise seulement à la sélection naturelle au sens Darwinien, qui est limitée à la reproduction différentielle (taux de reproduction différent) mais à l'identique (l'information passée est inchangée).

    Cordialement,

  33. #178
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Darwinien: l'information passée à ses enfants est exactement (aux mutations exceptionnelles près) de l'information que l'on a reçue de ses parents.

    Lamarckien: l'information passée à ses enfants est l'information reçue de ses parents modifiée le cas échéant par sa propre expérience.

    C'est la différence fondamentale entre les deux théories, à ce que j'en comprend. Conséquence, stricto sensu, la transmission culturelle n'est pas soumise seulement à la sélection naturelle au sens Darwinien, qui est limitée à la reproduction différentielle (taux de reproduction différent) mais à l'identique (l'information passée est inchangée).
    Ok, c'est le côté "hérédité des caractères acquis", qui effectivement est juste si on parle de culture.
    Ce qui n'empêche pas d'étudier les dynamiques culturelles sous l'angle de la sélection naturelle (en prenant bien sûr toutes les précautions nécessaires quant à l'interprétation des faits observés).

  34. #179
    JPL
    Responsable des forums

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Je signale que Darwin n'excluait pas l'héritabilité des caractères acquis, même si ce n'est qu'un rappel historique, maintenant qu'on sait (depuis longtemps) que c'est impossible. Le véritable apport de Darwin, c'est la sélection naturelle qui lui a été inspirée par l'étude de la sélection artificielle par les éleveurs (et les races de pigeons ont joué un rôle non négligeable dans l'histoire).
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  35. #180
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    Je signale que Darwin n'excluait pas l'héritabilité des caractères acquis, même si ce n'est qu'un rappel historique, maintenant qu'on sait (depuis longtemps) que c'est impossible. Le véritable apport de Darwin, c'est la sélection naturelle qui lui a été inspirée par l'étude de la sélection artificielle par les éleveurs (et les races de pigeons ont joué un rôle non négligeable dans l'histoire).
    Certes, mais nous ne parlions ici que de culture. Or la culture est transmise entre des individus qui ne sont pas forcément apparentés, de façon "horizontale"... et comme on ne nait pas avec son bagage culturel, on ne peut transmettre que ses acquis, en ce domaine.

    Ceci n'empêche pas que la culture soit soumise à la sélection naturelle, qui peut d'ailleurs jouer un rôle important dans la dynamique de sa transmission et son maintien dans les populations humaines.
    En effet, certaines pratiques culturelles peuvent dans certaines conditions favoriser la fitness des individus qui la pratiquent, ce qui peut expliquer leur maintien et leur transmission jusqu'à nos jours (cf traditions culinaires, mais ça va beaucoup plus loin).

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