Modele logistique sous R correct ?

[marjo92blabla]

Bonjour,

Dans le but de tracer une courbe ROC j'ai créé des modèles logistiques sous R et des fonctions prédictives mais cela ne fonctionne pas comme cela devrait ... Voilà mon code:
Avec urine$r = la présence de cristaux dans l'urine (factor) => 0 ou 1.

#Réponse simple

levels(urine$r)=c("sain","cas" )
urine$r=factor(urine$r)

modele.logistique.simple=glm(u rine$r~urine$ph,data=urine,fam ily=binomial(logit))
summary(modele.logistique.simp le)

tableau.simple=data.frame(exp( coef(modele.logistique.simple) )) #Odds ratio
head(tableau.simple)
```


```{r}
#Analyse multifactorielle

modele.logistique.complet=glm( urine$r~.,data=urine,family=bi nomial(logit))
summary(modele.logistique.comp let)

tableau.complet=data.frame(exp (coef(modele.logistique.comple t)))
head(tableau.complet)

```

```{r}
#Représentation de la courbe ROC

prediction.cristaux1=predict(m odele.logistique.complet,urine ,type="response")
head(prediction.cristaux1)

prediction.cristaux2=predict(m odele.logistique.simple,urine, type="response")
head(prediction.cristaux2)

prevision=prediction.cristaux1 >0
cas=urine$r == "cas"
table(prevision,cas)


library(pROC)
roc1=roc(urine$r,prediction.cr istaux1,plot=F,levels=c("sain" ,"cas"),direction="<")
roc2=roc(urine$r,prediction.cr istaux2,plot=F,levels=c("sain" ,"cas"),direction="<",add=T )

Plusieurs erreurs/ phénomènes observés:

1 2 3 4 5 6
NA 0.24944260 0.07230467 0.09192321 0.04960820 0.48561495 #Prédiction du modèle complet

1 2 3 4 5 6
0.5191161 0.4522606 0.3400575 0.4707175 0.3909223 0.4900618 #Prédiction du modèle simple

Ici ce qui me parait étrange c'est qu'aucune des valeurs prédictives ne soient supérieurs à 1, que ce soit pour le modèle simple ou complet qu'en pensez-vous ?

cas
prevision FALSE
TRUE 77

Ici je devrais avoir la matrice de confusion au delà du seuil 0 pour urine$r or ça ne marche pas du tout ... je devrais avoir 2 colonnes et 2 lignes ...

Error in roc.default(urine$r, cristaux1, plot = F, levels = c("sain", : No control observation.

Ma courbe de ROC ne s'affiche pas avec la fonction pROC() mais avec ROCR() je l’obtiens, seulement j'aimerai que ça marche avec pROC().

Pourriez-vous me dire ce que vous en pensez ? / M'aider là où j'ai fait des erreurs parce que j'ai beau retourner le problème dans tous les sens je ne vois pas...
-----

[PhilTheGap]

Bonjour
Si je ne me trompes pas, tu devrais plutôt poster sur un forum d'informatique.
Bonne journée

[gg0]

Ou sur un forum spécialisé comme le forum de statistiques qui a un sous-forum consacré à R.

[minushabens]

Ici ce qui me parait étrange c'est qu'aucune des valeurs prédictives ne soient supérieurs à 1, que ce soit pour le modèle simple ou complet qu'en pensez-vous ?

s'agissant d'un modèle qui cherche à prédire une probabilité je ne trouve pas aberrant que les prédictions soient plus petites que 1 (et plus grandes que 0). Tu peux demander que les prédiction soient faites en termes de logit(proba)

>predict.glm?

[A voir en vidéo sur Futura]