Actu - Le coronavirus est-il d’origine naturelle ou issu d’un laboratoire ? Décryptage avec le virol

[Deedee81]

Si la responsabilité de la Chine était prouvée, on ne laissera jamais personne le publier officiellement. Vous imaginez les conséquences juridiques ?

Bonjour,

Attention de ne pas dériver sur la théorie du complot ou les trucs invérifiables ou les procès d'intention
(que ce soit vrai ou pas)

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[Anathorn]

Alors personne pour défendre le moustique tigre ? On ne touche pas aux mammifères c'est ça ? Et les rats de la peste alors ?

Le moustique tigre, c'est comme le frelon asiatique, comme l'abeille africaine, "j'en passe et des meilleures" : c'est de notre fait qu'il a conquis de nouveaux espaces.
La cause c'est nous et notre comportement idiot.
Il n'est pas question de défendre le moustique tigre (ou n'importe quelle espèce) mais d'assumer nos propres responsabilités.
On se retrouve encore a devoir gérer des problèmes qu'ON a généré.
Et ces espèces n'y sont pour rien. Elle font ce pour quoi l'évolution les a créées, où qu'elles se trouvent, où qu'on les mettent...

Et puis les "pauvres" (car souvent stigmatisés pour de multiples raisons) rats ne sont pas responsables de la peste, ils sont juste le moyen de transport de l'hôte du bacille.
Ce sont leurs puces le réservoir du bacille de la peste, et c'est l'amélioration de notre hygiène qui a fait disparaitre cette maladie dans les pays développés, non pas l'extermination du rat, dont on a clairement besoin dans nos environnements urbains (demande aux égoutiers).

Il y a des espèces nuisibles, au sens biologique et non au sens strictement anthropique du terme.
C'est à dire qui dégradent la richesse ou l'abondance de leur biotope.
Mais elles ne le sont (nuisibles) que lorsqu'elles sortent de leurs critères d'existence habituelle (brusque augmentation de population le plus souvent).
Et la sortie de ces critères de "convivialité avec le milieu" (... si je puis dire...), c'est souvent le fait de l'humain et de son impact sur leur biotope.
Quand ça n'est pas le fait de l'humain, alors c'est le fruit de l'évolution des espèces, et c'est dans l'ordre naturel d'une mécanique qui est très performante pour générer des êtres vivants adaptés à leur milieu : les lois de l'évolution.

Mais je ne suis pas d'accord avec le fait de vouloir exterminer les chauves souris parce qu'elles sont les hôtes des virus qui vont de nouveau, à l'avenir, sans l'ombre d'un doute, nous contaminer et créer d'autres pandémies humaines.
Je suis d'avis de surtout leur foutre la paix et de respecter leur biotope.
N'oublions pas que la biodiversité est justement le gage de la meilleure barrière à l'apparition des pandémies humaines...
C'est lorsqu'on détruit cette biodiversité et qu'on impose notre présence que les virus "sortent du bois".

[Archi3]

N'oublions pas que la biodiversité est justement le gage de la meilleure barrière à l'apparition des pandémies humaines...
C'est lorsqu'on détruit cette biodiversité et qu'on impose notre présence que les virus "sortent du bois".

si la vraie cause est la fuite d'un laboratoire d'une souche bricolée d'une manière ou d'une autre pour étudier son caractère infectieux vis à vis des cellules humaines, la biodiversité n'est absolument pas une barrière contre ce genre de risque. La meilleure barrière serait simplement l'interdiction de ce genre de manipulation.

[B4lbu]

si la vraie cause est la fuite d'un laboratoire d'une souche bricolée d'une manière ou d'une autre pour étudier son caractère infectieux vis à vis des cellules humaines [...] La meilleure barrière serait simplement l'interdiction de ce genre de manipulation.

Mon avis est que, même s'il est prouvé que ce virus là est naturel, dès lors qu'il est possible qu'un virus humanisé soit créé expérimentalement et accidentellement relâché dans la nature devrait mener à une interdiction de ces recherches, ou leur classement parmi les actes de guerre biologique, avec obligation de contrôle international et non prolifération, comme c'est fait pour les armes nucléaires ou chimiques.

[Bounoume]

pas forcément interdiction, mais imposer une véritable sécurité opératoire dans les manipulations......
Je suis peut-être présomptueux, mais j' affirme qu' il y a des failles de sécurité dans les images de laboratoires P4 que j' ai,pu voir. Et il y en a sûrement beaucoup.
Alors que dans les vieilles installations traitant les radio-éléments artificiels (les sorbonnes blindées avec télé-manipulateurs) aucun composé nocif ne pouvait fuir.....

Faire entrer des gars en scaphandre étanche..... voui.... mais quid de l' impossibilité d' entrée de particules dans....la connexion de l' alimentation en air? par exemple....
Et la maintenance des appareils automatiques situés dans l' enceinte étanche..... on fait comment pour intervenir dedans, ou pour désinfecter totalement leurs composants admettant les composés (septiques, bien sûr) soumis à l' analyse? .... surtout quand les budgets sont limités.....

Pas suffisant de gérer les effluents normaux..... ce qui suppose d' ailleurs d' autoclaver aussi toutes les animaux qui auront été admis pour les expériences.... même si les pauvres bêtes y ont survécu....
Et si un opérateur en scaphandre se blesse ou se pique avec du jus de virus, on fait quoi?

Interdire de principe parce que c' est dangereux me semble manichéen, irréaliste, et obscurantiste.
Acquérir une meilleure connaissance du Réel me semble quand même très utile à la survie de l' Espèce..... espèce fort menacée d' ailleurs, entre autres par sa bêtise (question hors charte ....)
On peut entre autres chercher des moyens pour protéger, ou guérir certains malheureux patients humains ......... en manipulant des génomes viraux de vaccins ou de vecteurs artificiels

[Tawahi-Kiwi]

Salut,

je ne sais pas si l'article a ete suggere dans les messages precedents, mais puisqu'il se trouve que je vis a 400km de RaTG13, et 650km de ce petit nouveau, RacCS203 ('seulement' 91.5% de similitude) tout cela me fait voir ma colonie de ~500 individus de Rhinophle du Siam dans la grotte a quelques centaines de metres de chez moi un peu differemment .


Wacharapluesadee et al., 2021

A la remarque dans un message precedent de la supposee faible probabilite que les gens de Wuhan se promenent dans des grottes pour ramener ensuite le virus en ville, je dirais que c'est mal connaitre l'Asie orientale et entre autres les pratiques religieuses (et dans certaines regions, les pratiques culinaires). Certaines grottes ici accueillent des dizaines de citadins par jour qui retournent ensuite dans des villes de plusieurs millions d'habitants...et pour avoir fait des mesures laser dans quelques uns de ces karsts habites par ces chiropteres, l'air n'y est vraiment pas propre.

T-K

[GBo]

Ah, si c'est religieux, je retire ce que j'ai suggéré, pas de lance flamme dans ces grottes infestées
Mais blague part, il y a du karcher qui se perd dans ton coin ! Mais on a toujours tort d'avoir raison trop tôt mon cher Tawahi-Kiwi, la preuve la discussion surréaliste au dessus ou ma suggestion d'éliminer une sous-espèce parmi 700 a fait grincer des dents, quand l'accusation gratuite de négligence de la part de scientifiques chinois n'a fait sourciller personne...

[Archi3]

A la remarque dans un message precedent de la supposee faible probabilite que les gens de Wuhan se promenent dans des grottes pour ramener ensuite le virus en ville, je dirais que c'est mal connaitre l'Asie orientale et entre autres les pratiques religieuses (et dans certaines regions, les pratiques culinaires). Certaines grottes ici accueillent des dizaines de citadins par jour qui retournent ensuite dans des villes de plusieurs millions d'habitants..

pourquoi n'y a -t-il pas eu plein de foyers de l'épidémie dans plein de villes de la région plus ou moins simultanément alors, comme ça s'est passé après quand le virus s'est propagé par contamination humaine, si la probabilité de ramener le virus en ville est grande ?

NB : aucun virus voisin identifié dans un hote animal naturel n'est transmissible d'homme à homme

[Archi3]

l'accusation gratuite de négligence de la part de scientifiques chinois n'a fait sourciller personne...

ce n'était ni une accusation, ni gratuit, c'était la remarque que le fait que l'épidémie se déclare dans une seule ville, possédant un laboratoire travaillant sur les coronavirus et participant à des recherches visant à fabriquer artificiellement des souches contagieuses pour l'homme pour les étudier, et à des milliers de km des sites naturels où ont été identifiés les variants les plus proches (trop éloignés cependant du SARS-cov2 pour en etre l'ancêtre direct et non contagieux pour l'homme), augmente la vraisemblance de l'hypothèse d'une fuite de laboratoire (par inférence bayesienne).

C'est factuel et argumenté, donc pas "gratuit".

[Tawahi-Kiwi]

pourquoi n'y a -t-il pas eu plein de foyers de l'épidémie dans plein de villes de la région plus ou moins simultanément alors, comme ça s'est passé après quand le virus s'est propagé par contamination humaine, si la probabilité de ramener le virus en ville est grande ?

Honnetement, je n'en n'ai que faire de tes questions/reponses factuelles et argumentees et encore plus de ton inference bayesienne.

J'exprimais juste un etat de fait qu'en Asie du Sud-Est, il est tres courant d'aller visiter des grottes infestees de chauve souris et de retourner chez soi le jour suivant (il n'est pas anormal dans certaines de mes connaissances, de se taper 1000km en avion pour aller faire un pelerinage dans un temple/monastere + grotte au milieu des montagnes, pour retourner travailler le jour suivant a Bangkok). Je suis desole si ca ne vas pas dans le sens de ton opinion factuelle et argumentee, mais c'est comme ca.

T-K

[pm42]

et encore plus de ton inference bayesienne.

L'inférence bayesienne ou tout autre outil statistique à partir de l'observation d'un seul évènement, c'est un peu osé.

[BrainMan]

pourquoi n'y a -t-il pas eu plein de foyers de l'épidémie dans plein de villes de la région plus ou moins simultanément alors, comme ça s'est passé après quand le virus s'est propagé par contamination humaine, si la probabilité de ramener le virus en ville est grande ?

Parce que lorsque "le" virus circule chez la chauve-souris, il est adapté à la chauve-souris, pas à l'Homme.

Donc, on peut l'attraper, (en forçant un peu sur la dose de crasse ), mais il y a peu de chances qu'il se propage alors dans le groupe humain.
Mais... il est statistiquement possible qu'un primo infecté (et surtout un immunodéprimé...) finisse par produire un mutant qui se balade dans son propre corps, et donc évidement aussi dans le corps des autres.
Donc prudence, et il vaut mieux éviter les contaminations.

Nicolas Martin : "Oui il a muté et pour bien comprendre, il faut refaire un point sur ce qu'on appelle le saut d'espèce. On en a parlé avec Sophie Le Poder, qui est professeure de virologie à l'Ecole nationale vétérinaire d'Alfort et chercheuse en virologie. Elle nous a expliqué que le saut d'espèce, c'est quand le même virus passe d'une espèce à une autre : par exemple, de la chauve souris à l'humain, ce n'est pas un saut d'espèce parce que chez la chauve souris, ce n'est pas le même virus, ce n'est pas le Sars cov 2, c'était un virus distinct. D'où la nécessité de ce fameux hôte intermédiaire dont je vous parlais il n'y a pas longtemps. On a pensé que c'était le pangolin, mais a priori, on sait aujourd'hui, que ça n'est pas vraiment le pangolin qui a modifié le virus de la chauve souris pour que, in fine, il puisse contaminer l'être humain. Chez le vison, c'est bien le Sars cov2, ce n'est pas un virus distinct."
Nicolas Martin poursuit : "Ce qui se passe, en termes de virologie, c'est que pour s'adapter à un nouvel hôte, le virus va muter par la sélection naturelle : d’un seul coup, il y a un virus qui change un petit peu et qui devient plus adapté à une espèce qu'à une autre. Parce qu'entre certaines espèces, par le strict hasard de l'évolution, il y a une très grande proximité entre les récepteurs aux virus (les récepteurs sont la cellule d'entrée) qui font que en passant d'une espèce à l'autre, ces mutations peuvent donner au virus, pour la nouvelle espèce, une sorte d'avantage évolutif : cela veut dire qu'il va pouvoir se reproduire un peu mieux par hasard dans la nouvelle espèce."
"On a trouvé précisément des mutations communes du Sars cov2 du vison chez plusieurs cas humains. Il y a deux types de mutations : une mutation, en l'occurrence, qui a été retrouvée chez 300 personnes, ce qui n'est pas complètement rien ; mais chez les 12 personnes (le fameux Cluster 5), c’est carrément 5 mutations communes qui ont été retrouvées."

https://www.franceculture.fr/emissio...ux-pour-lhomme

La plupart du temps, le vison est contaminé par les humains mais quelques cas en sens inverse ont été observés. Douze cas de transmission du nouveau virus muté ont ainsi été rapportés chez l'Homme dans le Jutland, la partie continentale du Danemark dans l'ouest du pays, selon les médias danois. Bien qu'aucune étude n'ait été publiée sur la nature du virus muté, les autorités du pays ont partagé leurs observations avec l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) et le Centre européen de Contrôle de prévention des maladies (ECDC).
Une pré-publication parue sur le serveur BioRxiv en septembre expliquait que le coronavirus, une fois transmis au vison, subit des mutations de manière accélérée pouvant ensuite être retransmises à l'Homme. La mutation de la protéine de pointe, nommée D614G et identifiée comme étant plus virulente en laboratoire, a ainsi été retrouvée chez le vison dans plusieurs élevages.
...
L’affolement général provoqué par cette nouvelle est cependant un peu exagéré. « Cette histoire de virus échappant au vaccin est tout simplement idiote », s'énerve François Balloux, professeur de génétique à l'University College de Londres sur son fil Twitter.

« De telles mutations, si elles doivent apparaître, se produiront chez l'Homme, si elles sont avantageuses pour le virus (une fois que les vaccins seront déployés) et ne proviendront certainement pas de mutations ayant émergé chez les visons ».

Il s'agit donc plus d'un principe de précaution semblable à celui pratiqué, par exemple, lors des épidémies de grippe aviaire. En 2018, près de 16.000 canards avaient ainsi été abattus en Vendée après la détection d'un cas de virus influenza non pathogène pour l'Homme.

https://www.futura-sciences.com/sant...r-homme-84044/

NB : aucun virus voisin identifié dans un hôte animal naturel n'est transmissible d'homme à homme

Voilà, c'est à peu près ça.

[agitateur]

Ah, si c'est religieux, je retire ce que j'ai suggéré, pas de lance flamme dans ces grottes infestées
Mais blague part, il y a du karcher qui se perd dans ton coin !

Pour ceux qui soutiendraient l'idée, une petite mise en situation:
- C'est bien au fond d'une grotte,
- C'est un temple, donc on marche pied nu, les chaussures restent devant l'entrée,
- c'est bel et bien farci de bat,
- y'a bien un coup de balayette de temps en temps, mais au sens propre du terme on marche sur les merdes de bat.


Pas besoin de marché exotique pour une certaine proximité animal homme, l'homme sait se rapprocher de l'animal sans faire faire à ce dernier le chemin inverse.

[Archi3]

Honnetement, je n'en n'ai que faire de tes questions/reponses factuelles et argumentees et encore plus de ton inference bayesienne.

bah si tu parles de probabilité, tu fais comme M. Jourdain, de l'inférence bayesienne sans le savoir ...

J'exprimais juste un etat de fait qu'en Asie du Sud-Est, il est tres courant d'aller visiter des grottes infestees de chauve souris et de retourner chez soi le jour suivant (il n'est pas anormal dans certaines de mes connaissances, de se taper 1000km en avion pour aller faire un pelerinage dans un temple/monastere + grotte au milieu des montagnes, pour retourner travailler le jour suivant a Bangkok). Je suis desole si ca ne vas pas dans le sens de ton opinion factuelle et argumentee, mais c'est comme ca.

T-K

il n'y a pas de faits qui puissent ne pas aller dans mon sens, je parle des faits justement. L'hypothèse d'une contamination dans une grotte est tout à fait admissible, simplement si le processus était très probable on devrait avoir plein de cas venant de toutes les villes où les gens vont visiter les grottes, ce qui n'est manifestement pas le cas (si tu parles d'attraper la tourista en visitant un pays tropical et en mangeant des légumes crus, par exemple, c'est considéré comme "probable" parce qu'il y a plein de cas tout simplement !)

Donc de toutes façons ce n'est pas probable, c'est un évènement rare. Et il se peut que par malchance ça ait touché un habitant de Wuhan, mais la probabilité est de l'ordre du pourcentage de visiteurs de grottes venant de Wuhan, probabilité assez faible je suppose. Alors que dans l'hypothèse d'une fuite de laboratoire, la probabilité est de l'ordre de l'inverse du nombre de villes abritant un laboratoire travaillant sur les coronavirus (en supposant le risque équiprobable), et elle est bien plus forte. Donc quel que soit la façon dont tu tournes le problème, le fait que ce soit arrivé dans une des rares villes abritant un laboratoire travaillant sur les coronavirus (et de plus, ayant séquencé le plus proche parent connu ...) renforce la probabilité que ce soit lié à un laboratoire.

Evidemment la conclusion aurait été différente si tu avais argué qu'il n'y a qu'à Wuhan qu'on va visiter des grottes avec des chauves souris, mais tu as dit l'inverse : que c'était très courant dans toute cette partie du continent. Mais plus c'est courant, et moins il y a de chances que ça tombe sur une ville en particulier, donc plus ça renforce l'hypothèse labo ...

L'inférence bayesienne ou tout autre outil statistique à partir de l'observation d'un seul évènement, c'est un peu osé.

aheeeem ....

https://www.futura-sciences.com/scie...univers-30416/

https://www.icem-pedagogie-freinet.org/node/31215

https://www.futura-sciences.com/scie...rs-784/page/3/

et ce ne sont que quelques exemples ...

[MissJenny]

Le problème c'est que des émergences de pathogènes il y en a eu d'autres dans le passé, bien avant le génie génétique et les laboratoires P4, peut-être même depuis toujours, et à chaque fois dans un certain endroit, et à chaque fois c'était a posteriori improbable que ça se passe précisément à cet endroit.

[BrainMan]

Le problème c'est que des émergences de pathogènes il y en a eu d'autres dans le passé, bien avant le génie génétique et les laboratoires P4, peut-être même depuis toujours, et à chaque fois dans un certain endroit, et à chaque fois c'était a posteriori improbable que ça se passe précisément à cet endroit.

Tout ce qu'on peut en dire pour le moment : C'est les fées papillons !

Mais je serais intéressé de savoir ce qu'on attendrait d'une séquence permettant de prouver (et non pas de supposer avec une certaine probabilité) que le virus est sorti d'un laboratoire.
La question est aussi liée à mon avis, non pas seulement à la séquence elle-même, mais aussi au lieu et à la quantité retrouvée du "variant originel".

[agitateur]

L'hypothèse d'une contamination dans une grotte est tout à fait admissible, simplement si le processus était très probable on devrait avoir plein de cas venant de toutes les villes où les gens vont visiter les grottes, ce qui n'est manifestement pas le cas .

La probabilité d'arriver là ou nous en sommes est une somme de paramètres:
- une personne est contaminée dans une grotte, le patient zéro.
- cette personne vit en zone dense, pour mieux essaimer sa création,
- le pays de résidence des premiers cluster identifiés ( à défaut d'être réellement les premiers ) sont dans un pays qui a les moyens d'investigation scientifique suffisants. Il est assez logique que pour le sud est asiatique + Chine ( soit 2 Mds d'habitants quand même ), le constat vienne d'un pays qui a donc ces moyens ( Chine, Japon, Corée du sud ) et qui aussi bosse spécifiquement sur ce sujet ( tiens, la Chine ).

Wuhan, ce n'est pas une bourgade, mais qq dizaines de millions d'habitants. Comme si on disait " il y a un labo de viro à Paris, et l'origine du virus est situé dans la moitié nord de la France, c'est suspect !"
La photo que j'ai posté plus haut date d'un an exactement ( c'est un hasard ) je l'ai prise à Mawlamyine le 7 mars 2020. Les chinois, habituellement la première nationalité de touriste dans ce coin, étaient déjà confinés chez eux, et le "monde" était en train de changer.....du coup c'était assez désert en fréquentation. Il restait des locaux, des européens, et une poignée de coréens à cette date.

[Tawahi-Kiwi]

bah si tu parles de probabilité, tu fais comme M. Jourdain, de l'inférence bayesienne sans le savoir ... ...

Si tu ne remets pas en cause tes probabilites (et ton inference bayesienne si tu veux lui mettre un joli mot) au vu du nombre de variables indeterminees que tu considerais comme determinees (je ne sais pas dans quel mesure tu considerais le point fait au message #250 comme valide) , c'est du n'importe quoi et cela reflete juste ton a priori sur le sujet.

Peut tu appliquer la meme logique a SARS-CoV-1, juste pour voir? A ma connaissance, on est exactement dans le meme cas de figure, sauf pour la ville initiale.
...et tres bizarrement, dans un article que j'avais precedemment cite, les souches SARS-CoV-2 trouvees dans la region initiale de SARS-CoV-1 sont plus primitives que les souches initiales trouvees a Hubei (moyennant le fait que les donnees sont plus fragmentaires qu'autre chose, point sur lequel tu ne manqueras pas de te jeter dessus).

Si ta derniere phrase n'est pas un biais de confirmation, je ne sais pas ce que c'est. On peut trouver egalement plein de raisons qui irait a l'encontre de ta logique, ou le trajet Grotte --> Wuhan est fortement favorise, mais je suis sur que tu as raison puisque tu as toujours raison.

T-K

[Archi3]

Si tu ne remets pas en cause tes probabilites (et ton inference bayesienne si tu veux lui mettre un joli mot) au vu du nombre de variables indeterminees que tu considerais comme determinees (je ne sais pas dans quel mesure tu considerais le point fait au message #250 comme valide) , c'est du n'importe quoi et cela reflete juste ton a priori sur le sujet.

Peut tu appliquer la meme logique a SARS-CoV-1, juste pour voir? A ma connaissance, on est exactement dans le meme cas de figure, sauf pour la ville initiale.

ben justement, si la ville initiale n'a pas de laboratoire, ça ne réévalue pas la probabilité d'un échappement du laboratoire. Et comme en plus on pense avoir identifié l'hôte naturel (la civette) , ça augmente d'autant plus la probabilité que la contamination a été naturelle.

Les faits connus sont différents, donc la répartition de vraisemblance est différente, c'est une conclusion logique.

...et tres bizarrement, dans un article que j'avais precedemment cite, les souches SARS-CoV-2 trouvees dans la region initiale de SARS-CoV-1 sont plus primitives que les souches initiales trouvees a Hubei (moyennant le fait que les donnees sont plus fragmentaires qu'autre chose, point sur lequel tu ne manqueras pas de te jeter dessus).

je ne me jette sur rien, simplement l'article n'en conclut absolument pas que ça remet en cause l'origine à Wuhan, donc c'est que ça n'augmente pas la probabilité que l'origine ait été autre part qu'a Wuhan (la raison est qu'il n'est pas improbable qu'une souche plus primitive ait été trouvée hors de Wuhan, si elle a eu le temps de diffuser mais qu'un variant plus contagieux soit apparu ensuite à Wuhan , là où il y a plus de malades, mais n'ai pas encore eu le temps de diffuser).
Note que ce n'est pas ma conclusion, c'est la conclusion de l'article puisqu'il ne dit nulle part que ça laisserait penser que l'origine serait hors de Wuhan (là où il y a quand meme eu le plus de cas et le plus tôt).

Si ta derniere phrase n'est pas un biais de confirmation, je ne sais pas ce que c'est.

c'est possible que tu fasses une erreur sur ce que tu appelles le biais de confirmation.

On peut trouver egalement plein de raisons qui irait a l'encontre de ta logique, ou le trajet Grotte --> Wuhan est fortement favorise, mais je suis sur que tu as raison puisque tu as toujours raison.

je donne mes arguments, tu donnes les tiens, je ne vois pas de différence. Tu donnes des arguments en pensant que tu as tort, toi ?
Si tu trouves un fait connu qui explique pourquoi il y a une forte probabilité que des virus d'une grotte dans le sud de la Chine provoque une épidémie à Wuhan, donne le. A part bien sur que ce sont des équipes du laboratoire de Wuhan qui sont allées récolter des échantillons de déjections de chauve souris dans ces grottes, plusieurs années auparavant ...

[Archi3]

Le problème c'est que des émergences de pathogènes il y en a eu d'autres dans le passé, bien avant le génie génétique et les laboratoires P4, peut-être même depuis toujours, et à chaque fois dans un certain endroit, et à chaque fois c'était a posteriori improbable que ça se passe précisément à cet endroit.

un point technique quand même : je n'ai pas parlé de probabilité absolue, mais de réévaluation bayesienne, c'est à dire du changement dans les probabilités relatives de deux hypothèses, apporté par un fait connu : l'épidémie est arrivée dans une ville où il y avait un laboratoire étudiant les coronavirus (et même possédant la souche la plus proche connue, même si il affirme ne pas l'avoir cultivée).

La réévaluation est donnée par le rapport des probabilités que ce fait arrive dans une hypothèse ou dans une autre. Les deux probabilités peuvent être petites, si elles sont égales, il n'y a pas de réévaluation. Elles peuvent etre aussi grandes , si elles sont égales, il n'y a pas de réévaluation. La réévaluation n'intervient que si elles sont différentes , ce qui n'empêche pas qu'elles soient toutes les deux petites.

Contrairement à ce que dit Pm42, un fait unique est tout à fait valide pour faire une réévaluation.

Mais le 2e point important est qu'une grande réévaluation n'implique pas que la probabilité finale soit grande. Car la réévaluation porte sur une probabilité initiale, le prior, qui peut lui même etre minuscule, dans ce cas la réévaluation ne suffit pas pour donner une "grande" probabilité. Un exemple humoristique est donné par xkcd :

https://xkcd.com/1132/

"ce détecteur de neutrinos est capable de dire si le Soleil est devenu une supernova. Ensuite il lance deux dés, si il tombe sur un double 6, il ment, sinon, il dit la vérité"

Essayons :"Détecteur, est ce que le Soleil est devenu une supernova?" " Rrrrr... OUI !"

Frequentiste : bon il n'y a qu'une chance sur 36 qu'il mente , donc le soleil est devenu une supernova a plus de 95 % (p< 0,05 que ce soit faux)
Bayesien : je te parie 50 $ que non.

C'est un cas humoristique où une réévaluation bayesienne par un facteur 36 ne suffit pas à rendre une probabilité grande, tellement elle est minuscule au départ !

Donc dans le cas du labo, la réévaluation bayesienne (réelle) ne suffit pas à conclure que c'est l'hypothèse la plus probable... à condition qu'on estime que le prior est tres faible, c'est à dire que la probabilité a priori de l'échappement d'un labo est TRES improbable, tellement improbable que la coïncidence que ce soit arrivé à Wuhan n'est pas suffisante pour retenir cette hypothèse.

C'est en gros la conclusion de la commission de l'OMS qui a écarté cette hypothèse sous l'argument que c'était tres improbable, et que donc la coïncidence avec la proximité du labo n'était pas suffisante pour rendre l'hypothèse probable.

Tout repose donc sur le prior très faible, c'est à dire admettre que c'était quasiment impossible qu'une fuite ait lieu "dans l'absolu"; Certains n'en sont pas convaincus manifestement. Et vous ?

[Tawahi-Kiwi]

ben justement, si la ville initiale n'a pas de laboratoire, ça ne réévalue pas la probabilité d'un échappement du laboratoire. Et comme en plus on pense avoir identifié l'hôte naturel (la civette) , ça augmente d'autant plus la probabilité que la contamination a été naturelle.

Donc tu pars de la supposition (gratuite) qu'il n'y a pas d'intermediaire non-humain pour SARS-CoV-2 juste parce que on ne l'a pas identifie clairement tant qu'a present. Sachant qu'il a fallu plus de 2 ans pour identifier clairement la civette (avec de bonnes suppositions initiales sur toutes une serie d'animaux sauvages plus de 6 mois apres le debut de l'epidemie) pour SARS et la meme chose pour MERS. C'est faire des probabilites sur des 'faits' dont tu ne sais rien, donc en gros raconter et conclure n'importe quoi.

Le fait est que les rhinolophes porteurs des virus les plus proches du SARS-CoV-1 sont plus eloignes genetiquement que ce que l'on a trouve pour CoV-2, le fait que ces rhinolophes vivent egalement dans le Yunnan a des centaines de kilometres de Guangdong, le fait que le spillover vers les civettes s'est fait a Guangdong, le fait probable (mais pas certain) que ce sont les civettes et pas les rhinolophes directement qui ont infecte l'humain, etc. tout ca est a considerer quand tu veux avoir raison (et ce ne sont que des faits simplistes que je suis en mesure de comprendre, je suis sur qu'il y a beaucoup d'autres infos a ponderer avant de prendre l'avis que tu sembles avoir).

Au final, je serais curieux si toute ta belle reflexion factuelle et argumentee ne reposait que sur le fait qu'il y a un labo de coronavirus a Wuhan et le reste, juste du vent avec un soin particulier a ne pas amener trop de points comparatifs avec d'autres zoonoses et epidemies qui iraient a l'encontre de ton avis (aussi factuel et argumente qu'il soit) sur la question.

je donne mes arguments, tu donnes les tiens, je ne vois pas de différence. Tu donnes des arguments en pensant que tu as tort, toi ?

Je ne donne pas d'arguments, je donne des morceaux d'informations et ne tire certainement aucune conclusion car je n'y connais rien a ce sujet. Tu sembles ne pas te priver de tirer des conclusions ciblees sur chaque fragment d'information dont je suis a peu pres sur que tu ne comprends que 1% des implications.

T-K

[Archi3]

Donc tu pars de la supposition (gratuite) qu'il n'y a pas d'intermediaire non-humain pour SARS-CoV-2 juste parce que on ne l'a pas identifie clairement tant qu'a present. Sachant qu'il a fallu plus de 2 ans pour identifier clairement la civette (avec de bonnes suppositions initiales sur toutes une serie d'animaux sauvages plus de 6 mois apres le debut de l'epidemie) pour SARS et la meme chose pour MERS. C'est faire des probabilites sur des 'faits' dont tu ne sais rien, donc en gros raconter et conclure n'importe quoi.

donc tu n'as pas compris ce que je disais, et tu ne comprends pas ce que je veux dire par réévaluation bayesienne. Je ne fais aucune supposition gratuite, je compare les probabilités de deux hypothèses opposées. Je ne dis pas que l'une est vraie et l'autre est fausse. Si tu as deux hypothèses opposées, A et nonA, avec des probabilités jugées a priori p(A) et p(nonA), et que tu constates un fait B (je répète, un seul suffit), la formule de Bayes te dit que le rapport p(A)/p(nonA) soit etre réévalué et multiplié par le facteur (p(B|A)/p(B|non A) ) (les probabilités que B se soit passé dans l'hypothèse A ou dans l'hypothèse non A).

Note bien que sauf si une des deux probabilités p(B|A) ou p[B|nonA) soit nulle, ça ne conduit jamais à dire p(A) = 0 ou p(non A) = 0. Ca n'aboutit jamais donc à une certitude, sauf dans le cas où B serait jugé totalement impossible dans un des cas, ce qui est tout à fait logique.

Exemple : la découverte d'une seule tache de sang microscopique dans le coffre de Nordahl Lelandais a suffi pour avoir la certitude qu'il était coupable, car il était jugé impossible ou presque impossible d'avoir une tache de sang dans son coffre si il ne l'avait pas tuée , alors que les autres indices ne faisaient que donner des présomptions. Une enquête marche de façon générale par réévaluations bayesiennes au fur et à mesure de la découverte de nouveaux éléments.

Donc ce que tu dis ne correspond pas à ma démarche. Je ne "pars pas d'une supposition", je ne fais aucune supposition sur ce qui serait vrai ou faux. Je dis juste qu'une des hypothèses est réévaluée, ce n'est pas pareil. Dans le cas spécifique que tu soulèves, le fait B à considérer est ; on n'a pas découvert d'hôte intermédiaire. Comment ça réévalue chaque hypothèse ?
* dans le cas d'une contamination par le laboratoire (hypothèse A) , il n'y a pas d'hôte intermédiaire, donc c'est forcé qu'on en découvre pas
donc p(B|A) = 1
* dans le cas d'une contamination naturelle, il est tout à fait possible comme tu le signales qu'on ne l'ait pas encore découvert. Il faut donc évaluer la probabilité qu'on ne l'ait pas découvert meme si il existe. J'accepte tout à fait ton argument , que c'est tres possible, peut etre à 50 % voire même à 90 % (les valeurs exactes sont bien sur difficiles à donner mais on n'est pas dans la quantification exacte). Si on adopte 50 %, ça réévalue l'hypothèse A d'un facteur 2, si on adopte 90%, ça ne la réévalue que de 10 %. Dans tous les cas je suis d'accord que la réévaluation n'est pas énorme et ce n'est pas très décisif (bien que comme p(B|A) = 1 on voit que la réévaluation est toujours ≥ 1, mais pas forcément de beaucoup).

La réévaluation bayesienne ne consiste donc PAS à poser des suppositions hasardeuses justement, ni à tirer des conclusions définitives. Elle vise à estimer au mieux , c'est à dire avec le moins de biais possibles (contrairement à ce que tu as dit plus haut), l'évolution des vraisemblances des hypothèses en fonction des faits connus. C'est pour ça qu'elle est utilisée par les systèmes d'IA, parce que contrairement à l'idée que tu as l'air de t'en faire, c'est en fait la seule NON biaisée et donc la plus rationnelle imaginable ! Sauf dans le cas où une des probabilités est nulle ou presque (cas de la tache de sang), elle ne te conduira pas à des certitudes, mais si les infos ne le justifient pas, c'est le fait d'avoir des certitudes qui est un biais.

Le fait est que les rhinolophes porteurs des virus les plus proches du SARS-CoV-1 sont plus eloignes genetiquement que ce que l'on a trouve pour CoV-2, le fait que ces rhinolophes vivent egalement dans le Yunnan a des centaines de kilometres de Guangdong, le fait que le spillover vers les civettes s'est fait a Guangdong, le fait probable (mais pas certain) que ce sont les civettes et pas les rhinolophes directement qui ont infecte l'humain, etc. tout ca est a considerer quand tu veux avoir raison (et ce ne sont que des faits simplistes que je suis en mesure de comprendre, je suis sur qu'il y a beaucoup d'autres infos a ponderer avant de prendre l'avis que tu sembles avoir).

je ne peux pas avoir raison sur la conclusion puisque je n'en tire pas de définitive. J'ai raison sur la méthode de raisonnement parce qu'il a été démontré mathématiquement que c'est la seule sans biais. Tu ne peux pas contester la méthode, tu peux contester les probabilités que j'utilise si tu veux, ou le fait que j'ai oublié de prendre en compte des informations. Mais je n'ai pas utilisé les faits que tu mentionnes, j'ai juste utilisé le fait avéré que l'épidémie ait démarré à Wuhan. Je n'ai pas utilisé le fait qu'on n'ait pas découvert l'hôtel intermédiaire, parce que je pense comme toi que ça réévalue peu l'hypothèse laboratoire. J'ai juste mentionné que comme on l'avait découvert pour le SARS Cov1 , ça avait réévalué fortement l'hypothèse naturelle. Mais attention la formule de Bayes montre que ce n'est pas parce qu'un fait B réévalue fortement une hypothèse A que l'absence de B réévalue fortement l'hypothèse non A !! (tout simplement parce que (1-p) / (1- p ') n'est pas égal à 1 - p/p').

Donc attention aux sophismes, il faut toujours revenir à la formule de base : si tu veux utiliser un fait comme "les rhinolophes porteurs des virus les plus proches du SARS-CoV-1 sont plus eloignes genetiquement que ce que l'on a trouve pour CoV-2", il faut calculer le facteur de réévaluation pour les deux hypothèses (en fait ça ne réévalue rien du tout puisque si c'est un fait certain, les deux probabilités sont égales à 1).

Au final, je serais curieux si toute ta belle reflexion factuelle et argumentee ne reposait que sur le fait qu'il y a un labo de coronavirus a Wuhan

c'est effectivement le facteur essentiel de réévaluation , avec le fait qu'il est connu que les chercheurs de ce labo travaillaient sur la manipulation de virus pour les rendre plus contagieux pour les cellules humaines, et que c'est eux qui ont récolté et identifié la souche la plus proche connue actuellement du SARS-cov2.

et le reste, juste du vent avec un soin particulier a ne pas amener trop de points comparatifs avec d'autres zoonoses et epidemies qui iraient a l'encontre de ton avis (aussi factuel et argumente qu'il soit) sur la question.

si tu peux les mettre sous une forme de réévaluation bayesienne, j'accepte toutes les considérations que tu peux faire. Mais attention, tout ce que tu dis ne fais que dire que p(B|non A ) n'est pas petit, donc ne dévalorise pas l'hypothèse naturelle. C'est exact, mais ça ne dévalorise pas non plus l'hypothèse labo, donc en fait ça ne joue pas sur le rapport des deux, c'est "neutre". Pour dévaluer l'hypothèse labo, il faudrait identifier un fait connu qui serait très improbable dans l'hypothèse labo. C'est une question que j'ai posée plus haut, pour le moment sans réponse : il n'y a pas de fait connu sur l'épidémie qui soit tres improbable dans l'hypothèse labo.

La seule raison que j'ai vue pour l'écarter pour le moment, ce n'est justement pas une réévaluation bayesienne à partir d'un fait attesté, mais le fait que le prior, avant réévaluation, était jugé très faible. C'est pour ça que ma 2e question (après savoir si il y a un fait dévaluant l'hypothèse labo), c'est : êtes vous certains que le prior soit si faible que ça ?

[Tawahi-Kiwi]

donc tu n'as pas compris ce que je disais, et tu ne comprends pas ce que je veux dire par réévaluation bayesienne. Je ne fais aucune supposition gratuite, je compare les probabilités de deux hypothèses opposées

Non, je comprends tout a fait. C'est se cacher derriere un formalisme pour pouvoir discutailler ad nauseam d'un sujet dont tu ne connais rien.

Des ta deuxieme phrase, je soupconne que tu es incapable de faire cela de maniere objective, essentiellement parce que 1. tu ne connais rien au sujet (epidemologie, virologie, sociologie de la Chine interieure, economie de la Chine interieure, deplacement de la population au sein de la Chine, fonctionnement d'un labo P4(ou P3) a Wuhan, fonctionnement pratique d'un marche dans une grande ville chinoise etc. etc. etc. etc. etc.) et 2. tu as tellement peu de donnees disponibles que tu es incapable de faire une estimation meme vague de la probabilite.

T-K

[pm42]

C'est se cacher derriere un formalisme pour pouvoir discutailler ad nauseam d'un sujet dont tu ne connais rien.

C'est surtout faux : la probabilité "une pandémie démarre à cause d'un virus échappé d'un labo P4" n'est pas connue.
On n'a aucun évènement observé à ce jour (on pourrait prendre une proba théorique mais bon courage pour la calculer d'autant que tout est fait pour qu'elle soit aussi proche de 0 que possible).

Donc dire : "je fais de l'inférence bayesienne à partir de 1 observation non confirmée pour mettre à jour une proba définie à partir de 0 observation" n'est pas de la proba mais de la divination.

Mais quand dans une discussion sur l'origine d'un virus, on en arrive à avoir comme argument des supernova et xkcd, on est effectivement dans une forme de narration de mythe, loin de toute science ou rationalité.

[Archi3]

Non, je comprends tout a fait. C'est se cacher derriere un formalisme pour pouvoir discutailler ad nauseam d'un sujet dont tu ne connais rien.

non, le formalisme est universel, et tout le monde l'utilise pour se forger des opinions même "sans le savoir". Si tu penses que l'hypothèse labo est très improbable, c'est que tu as des éléments pour le penser, soit un prior (qui vient en fait d'informations antérieures), soit d'informations que tu connais qui ont rendu cette hypothèse très improbable. Si tu as une opinion, tu DOIS pouvoir te demander d'où vient cette opinion, sinon c'est une opinion biaisée et idéologique.

Donc : si tu prétends que l'hypothèse fuite d'un labo est très improbable, peux tu expliquer sur quels éléments tu juges de cette improbabilité ?

Des ta deuxieme phrase, je soupconne que tu es incapable de faire cela de maniere objective, essentiellement parce que 1. tu ne connais rien au sujet (epidemologie, virologie, sociologie de la Chine interieure, economie de la Chine interieure, deplacement de la population au sein de la Chine, fonctionnement d'un labo P4(ou P3) a Wuhan, fonctionnement pratique d'un marche dans une grande ville chinoise etc. etc. etc. etc. etc.) et 2. tu as tellement peu de donnees disponibles que tu es incapable de faire une estimation meme vague de la probabilite.

c'est pour ça encore une fois que je n'ai pas donné de probabilité, j'ai dit que le facteur de réévaluation bayesienne me semblait grand par rapport à un, et que donc si le prior n'était pas tres faible (et pour moi il ne l'était pas), alors on ne pouvait pas écarter cette hypothèse.

Il est exact que j'utilise très peu d'information en disant cela (grosso modo l'essentiel étant que le foyer de l'épidémie était une ville où il y avait un laboratoire se livrant à des expériences sur les coronavirus, incluant des expériences augmentant la contagiosité de ces virus pour les rendre aptes à infecter des cellules humaines). C'est justement pour ça que mon raisonnement est "honnête" : je n'utilise que des informations avérées à ma disposition, je n'en utilise pas d'autres. Il n'y a donc pas de biais, c'est l'inverse qui serait biaisé.

Tu dis "il y a des tas des choses que tu ignores", ce qui est tout à fait exact. Mais les choses que tu ignores ne peuvent pas par définition changer ton évaluation bayesienne ! donc c'est à toi de produire des informations connues , si tu en as, qui valident ou invalident une des hypothèses. Moi je dis simplement que les informations connues semblent garder une probabilité conséquente de l'hypothèse d'une fuite du laboratoire, et en tout cas que rien d'actuellement connu ne la rend improbable. Et je m'arrête là, sans vouloir faire dire plus aux faits que ce qu'ils peuvent dire.

[Archi3]

C'est surtout faux : la probabilité "une pandémie démarre à cause d'un virus échappé d'un labo P4" n'est pas connue.

bah évidemment qu'elle n'est pas connue, et en plus elle n' a aucun intérêt , puisque le coronavirus n'était pas étudié dans le secteur P4 mais dans le secteur P3, beaucoup moins protégé (et des fuites de labos P3, il y en a eu).

On n'a aucun évènement observé à ce jour (on pourrait prendre une proba théorique mais bon courage pour la calculer d'autant que tout est fait pour qu'elle soit aussi proche de 0 que possible).

là tu adoptes une approche fréquentiste, en disant qu'une loi de probabilité ne peut etre établie qu'avec suffisamment de faits observés. C'est exact, mais ce n'est pas ça dont il s'agit, ils 'agit d'estimer des hypothèses avec des faits connus, et on prend ceux qu'on a ! c'est comme si tu disais que la conclusion des enquêteurs sur Nordahl Lelandais était incorrecte parce qu'on ne connaissait pas la probabilité qu'un meurtrier d'enfants laisse une tache de sang dans son coffre. C'est exact, on ne la connait pas, mais c'est stupide, parce qu'on n'a pas besoin de la connaitre : il suffit d'estimer que la probabilité de laisser une tache de sang si on n'a pas tué l'enfant est très faible.

Comme je disais toutes les enquêtes policières se fondent sur un très petit nombre de faits et n'évaluent jamais la probabilité que ces faits se produisent si la conclusion était vraie : il suffit d'estimer la probabilité si elle était fausse ( qui est tres petite) pour conclure.

Donc dire : "je fais de l'inférence bayesienne à partir de 1 observation non confirmée pour mettre à jour une proba définie à partir de 0 observation" n'est pas de la proba mais de la divination.

sauf que c'est complètement faux : les faits utilisés sont parfaitement confirmés, c'est qu'une épidémie est survenue à Wuhan et qu'il y avait un laboratoire étudiant des coronavirus similaires dans cette ville.

Mais quand dans une discussion sur l'origine d'un virus, on en arrive à avoir comme argument des supernova et xkcd, on est effectivement dans une forme de narration de mythe, loin de toute science ou rationalité.

tu prouves juste que tu n'as rien compris au message transporté humoristiquement par xkcd, (qui est bien plus profond que ce que tu as l'air de croire) donc tu illustres juste tes propres limites dans la compréhension.

[Archi3]

Et donc je vous repose la question à toi et à T-K : si vous estimez que l'hypothèse fuite de labo (P3 pas P4) est "tres peu probable", sur quoi vous fondez vous pour estimer cette faible probabilité, puisque vous non plus vous n'avez pas de faits connus pour l'établir ? Si vous refusez le principe du raisonnement Bayesian "avec les faits connus", que proposez vous à la place alors ?

si vous n'avez rien à proposer, pour le coup, c'est VRAIMENT de la divination.

[thich38]

Le débat tourne un peu rond mais pour apporter un peu de matière je vous suggère cet article récent de Josh Rogin:
https://www.politico.com/news/magazi...excerpt-474322

Il y parle des problèmes de sécurité signalés depuis plusieurs années au Wuhan Institute of Virology.
Un extrait : "But many of the scientists who spoke out to defend the lab were Shi’s research partners and funders, like the head of the global public health nonprofit EcoHealth Alliance, Peter Daszak; their research was tied to hers, and if the Wuhan lab were implicated in the pandemic, they would have to answer a lot of tough questions."

[pm42]

Il inverse aussi la charge de la preuve :

At the same time, some members of the intelligence community leaked to my colleagues that they had discovered “no firm evidence” that the outbreak originated in the lab. That was true in a sense...But absence of evidence is not evidence of absence. There was a gap in the intelligence. And the intelligence community didn’t know either way

Quel manque ? On n'en saura pas plus. C'est rapide pour discréditer une enquête qui n'arrive pas à la conclusion qu'il veut.

Pareil plus loin :

Large parts of the scientific community also decried my report...But many of the scientists who spoke out to defend the lab were Shi’s research partners and funders

Il faudrait savoir : c'est une grande partie de la communauté scientifique ou bien les partenaires et fondateurs du labo en question ?

Bref, cela me semble manquer sérieusement de rigueur.
Perso, je n'ai pas d'opinion sur l'origine du Covid-19 mais je constate que pour le moment, les arguments de ceux qui considèrent une origine humaine comme probable sont faibles.
Cela ne veut pas dire qu'ils ont tord mais que pour convaincre, il faudrait être un peu plus sérieux.

[Archi3]

Perso, je n'ai pas d'opinion sur l'origine du Covid-19 mais je constate que pour le moment, les arguments de ceux qui considèrent une origine humaine comme probable sont faibles.

je dirais plutot qu'il n'y a aucun fait connu qui la rende improbable, en tout cas quand j'ai demandé lesquels, je n'ai pas eu de réponse.
après je ne sais pas dire si c'est 10 %, 20 %, 50 % ou 80 %, et çà dépend du prior, mais elle ne peut pas etre considérée comme trop faible pour continuer à être envisagée. On est dans une problématique analogue à une enquête policière (et j'ai donné des exemple de raisonnement bayesiens dans ces enquêtes), et pour résumer, je ne pense pas qu'on puisse affirmer maintenant "Le suspect avait un alibi, il a été mis hors de cause".