Actu - Le coronavirus est-il d’origine naturelle ou issu d’un laboratoire ? Décryptage avec le virol

[Archi3]

rectification, le "Cov" est pour coronavirus, c'est plutot la partie "SARS ...2" qui signifie 'qui provoque la Covid-19", c'est a dire la 2e SARS.
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[noir_ecaille]

j'ai bien compris l'idée. Donc l'idée est qu'une forme antérieure moins virulente circulait largement

Non : circulait mais faiblement. Pas assez justement pour être détectable par rapport au bruit (autres affections respiratoires plus courantes telles qu'infections saisonnières, allergies, etc).

mais qu'une mutation rendant le virus particulièrement contagieux est arrivée naturellement à Wuhan.

C'est une possibilité raisonnable à probable. Ca n'écarte définitivement pas d'autres possibilités/hypothèses mais de loin elle a une probabilité plus forte du fait d'éléments concourant à placer le début de circulation du virus antérieurement à l'évènement de Wuhan.

a) la souche la plus proche connue n'est pas contagieuse d'humain à humain, et diffère par DEUX mutations importantes , pas UNE , du SARS Cov-2 , une lui donnant une affinité particulière pour l'ACE 2, l'autre permettant un clivage par la furine humaine.

Effectivement : si la proximité est très grande, il n'est pas raisonnable d'écarter la possibilité que le virus ait muté, donnant lieu à la variante covid19.

b) la mutation est par hasard arrivée à Wuhan où il y des labos de virologie travaillant spécifiquement sur le SRAS, collaborant avec des équipes ayant déjà "fabriqué" des virus plus virulents pour les cellules humaines pour étudier justement leur virulence.

En soi y'aura toujours des tenants d'un complot mondial visant tel ou tel machination de masse. Ca serait arriver à Paris, ce serait un complot de note Institut Pasteur Il n'est pas étonnant qu'il existe des labos en Asie s'attachant à étudier le SARS, lequel a déjà frappé la région. Ce serait même complètement inconscient de ne pas étudier ni surveiller des virus dont on sait qu'ils ont causé une crise sanitaire. C'est faire fi de toute veille sanitaire.

c) apparemment il n'y a pas eu d'autres cas de mutation indépendants, provoquant d'autres foyers indépendants de souches de virulences comparable dans le monde, alors que le virus antérieur circulait largement partout (pas de raison que la France soit particulière dans le monde).

Encore une fois, le "largement" me paraît au mieux exagéré, au pire non pertinent.

Si on part de l'hypothèse qu'il s'agit bel et bien d'un virus initialement alien (au sens : étranger à notre espèce mais courant chez d'autres espèces) mais qui a fini par devenir compétent pour infecter notre espèce (co-infection dans un hôte intermédiaire, sélection/mutation dans un hôte intermédiaire, voire pas besoin d'hôte intermédiaire mais un variant subissant des mutations majeurs dans son hôte d'origine, hôte finissant au contact des humains par infecter ces derniers, etc) alors il a pu avoir une faible circulation initiale, le temps de s'adapter à notre espèce.

Tout ça n'est que pure coïncidence malheureuse, qu'il ne faut surtout pas surinterprèter pour jeter la suspicion sur de pauvres chinois innocents, c'est ça ?

Le "largement" est ce qui pèche dans votre assertion.

Partant du principe qu'un virus qui change d'hôte doit s'adapter à ce dernier, ça prend nécessairement plusieurs générations et mutations. Avoir une contagiosité crevant le plafond dès G₀ paraît improbable.

[Tawahi-Kiwi]

rectification, le "Cov" est pour coronavirus, c'est plutot la partie "SARS ...2" qui signifie 'qui provoque la Covid-19", c'est a dire la 2e SARS.

En omettant les 3 morts d'une infection de RaTG13 en 2012, oui; mais c'est utiliser la nomenclature du virus pour potentiellement faire 'claironner' a d'autres ce qu'ils n'ont pas dit

T-K

[Archi3]

j'ai dit exactement ça :

Je suis tres surpris du manque de rigueur évident de ceux qui claironnent que "LE" virus circulait avant, comme si c'était le même variant !!

tu ne trouves pas que ça : https://www.lemonde.fr/planete/artic...9431_3244.html, ça dit que "LE" virus circulait avant, comme si c'était le même variant ?

[Archi3]

Non : circulait mais faiblement. Pas assez justement pour être détectable par rapport au bruit (autres affections respiratoires plus courantes telles qu'infections saisonnières, allergies, etc).

comment ça peut "circuler faiblement" partout dans le monde, sans déclencher d'épisode épidémique foudroyant comme ce qu'on a observé à de multiples endroits après le mois de janvier, mais sans avoir une virulence plus faible?

comprends pas là ...

Effectivement : si la proximité est très grande, il n'est pas raisonnable d'écarter la possibilité que le virus ait muté, donnant lieu à la variante covid19.

on est d'accord, avec DEUX mutations simultanées augmentant significativement sa contagiosité (on n'a pas pour le moment retrouvé de souche ayant UNE SEULE de ces deux mutations), et étant donc a priori toutes les deux arrivées par hasard à Wuhan, très proches temporellement pour ne pas avoir laissé se développer une souche intermédiaire ayant une seule de ces mutations , Wuhan où il y a par hasard un labo travaillant sur les coronavirus du SRAS, collaborant par hasard avec des chercheurs ayant développé des techniques pour rendre des virus plus contagieux sur l'espèce humaine , travaux ayant déjà été publié et ayant déjà auparavant soulevé des craintes et des objections de plusieurs scientifiques du domaine alertant sur les risques d'un échappement accidentel de ces virus modifiés.

On est d'accord, il n'est pas exclus que tout cela soit un simple hasard. D'ailleurs puisque la commission de l'OMS l'a dit, c'est surement vrai.

Partant du principe qu'un virus qui change d'hôte doit s'adapter à ce dernier, ça prend nécessairement plusieurs générations et mutations. Avoir une contagiosité crevant le plafond dès G₀ paraît improbable.

ah oui?
ben tiens c'est bizarre alors, où sont les souches intermédiaires ?

[Tawahi-Kiwi]

j'ai dit exactement ça :
tu ne trouves pas que ça : https://www.lemonde.fr/planete/artic...9431_3244.html, ça dit que "LE" virus circulait avant, comme si c'était le même variant ?

Desole, je pensais que tu te referrais a des interventions precedentes dans cette discussion.
Que les medias generalisent, extrapolent, comprennent mal, cherchent un peu dans le sensationel, etc....rien de nouveau. Ce qui m'etonne est que tu sois etonne par ces titres.

T-K

[Archi3]

En soi y'aura toujours des tenants d'un complot mondial visant tel ou tel machination de masse. Ca serait arriver à Paris, ce serait un complot de note Institut Pasteur

Non, si c'était arrivé à Paris, ça aurait augmenté la probabilité qu'il soit provenu d'une fuite venant de l'institut Pasteur. Ce n'est pas une preuve, mais l'augmentation (bayesienne) de la probabilité de cette hypothèse n'est pas contestable (l'hypothèse d'une fuite accidentelle paraissant d'ailleurs bien plus probable que celle d'un complot, parce que franchement on ne voit pas bien quel "comploteur" a quel intérêt de disséminer ce genre de virus).

[Archi3]

Desole, je pensais que tu te referrais a des interventions precedentes dans cette discussion.
Que les medias generalisent, extrapolent, comprennent mal, cherchent un peu dans le sensationel, etc....rien de nouveau. Ce qui m'etonne est que tu sois etonne par ces titres.

T-K

que veux tu, je dois être resté un grand naïf au fond !

[yves95210]

on est d'accord, avec DEUX mutations simultanées augmentant significativement sa contagiosité (on n'a pas pour le moment retrouvé de souche ayant UNE SEULE de ces deux mutations), et étant donc a priori toutes les deux arrivées par hasard à Wuhan, très proches temporellement pour ne pas avoir laissé se développer une souche intermédiaire ayant une seule de ces mutations

Ce n'est pas parce qu'on n'a pas retrouvé de souche ayant une seule de ces deux mutations qu'elle n'a pas existé, possiblement longtemps, avant d'être supplantée par le variant contenant la deuxième mutation, du fait de sa contagiosité accrue; ce qui peut s'être produit très rapidement si le Ro est passé brutalement de ~1 à ~3 lors de l'émergence de ce variant (suffit de voir ce qu'il se passe actuellement avec les nouveaux variants alors qu'ils n'augmentent la contagiosité que de ~50%).

Pour retrouver cette souche, si elle a existé, il faudrait analyser des prélèvements effectués en Chine avant la flambée épidémique de Wuhan - ou ailleurs puisqu'un variant probablement moins contagieux semble avoir circulé en Europe dès l'automne 2019. Mais pour cela il faudrait que des prélèvements (nasopharyngés ?) aient été effectués avant fin 2019 (donc à une époque où le SARS-CoV-2 n'était pas connu et a fortiori pas recherché), et aient été conservés.
Peut-être des prélèvements effectués dans le but d'identifier d'autres agents infectieux (comme les virus de la grippe). Mais sont-ils conservés après avoir été analysés, et en nombre suffisant pour avoir une probabilité non négligeable d'y détecter le SARS-CoV-2 alors qu'il circulait peu ? Je suppose que si les chercheurs disposaient d'une telle source d'information (et pas qu'en Chine !) ils auraient déjà pensé à l'utiliser.

[Archi3]

sur un autre fil, MissJenny a posté ceci :

On n'éradiquera pas ce virus, c'est trop tard. Il nous est venu d'on ne sait quel animal, il a été formidablement amplifié dans la population humaine et il commence à se répandre chez d'autres espèces de mammifères : les chats, les chiens, des mustélidés... il y a eu des infections expérimentales chez la roussette d'Egypte (une chauve-souris) et on a montré que le virus pouvait passer d'une roussette à une autre. Quand il sera fermement établi chez une ou plusieurs espèces de mammifère sauvage, il sera impossible à éradiquer.

si tu es d'accord avec ça, logiquement la souche intermédiaire aurait du aussi largement se répandre en particulier chez des animaux familiers, d'ailleurs comment expliquer une circulation à bas bruit, si il n'y a pas un réservoir animal permettant des contaminations sporadiques, mais sans contagion forte d'humain à humain ?

so : where are they ?

[Archi3]

Et quel que soit l'argument, il faut toujours supposer que le fait que la dernière mutation ayant rendu le virus particulièrement contagieux soit justement arrivé à Wuhan (et NE SOIT arrivé QUE à Wuhan) , qui est justement une ville chinoise ayant justement un laboratoire travaillant justement sur ce genre de coronavirus (en particulier le RaTG13 qui est justement le virus le plus proche connu actuellement ) par des équipes ayant justement collaboré avec des chercheurs qui ont justement fait des expériences pour modifier des virus pour les rendre justement plus contagieux pour l'espèce humaine... n'est qu'une coïncidence malheureuse.

Encore une fois, c'est possible. Comme le fait qu'un tueur en série soit justement à proximité du lieu où on a retrouvé le cadavre d'un enfant. C'est possible, ce n'est pas une preuve de culpabilité, mais c'est rare.

[yves95210]

si tu es d'accord avec ça, logiquement la souche intermédiaire aurait du aussi largement se répandre en particulier chez des animaux familiers, d'ailleurs comment expliquer une circulation à bas bruit, si il n'y a pas un réservoir animal permettant des contaminations sporadiques, mais sans contagion forte d'humain à humain ?

Il me semble que la grippe saisonnière (au taux de reproduction proche de 1 et dont les épidémies locales s'éteignent toutes seules au bout de quelques mois) "se contente" de réservoirs humains.
Si seulement 1 à 2% de la population française avaient rencontré avant janvier 2020 un variant du SARS-CoV-2 antérieur à celui de Wuhan (ce que suggèrent les résultats de l'étude citée), c'est quand-même que cette souche intermédiaire n'était pas si largement répandue. Est-ce que cela n'est pas compatible avec une circulation du virus, par exemple dès l'hiver 2018-2019, ayant donné lieu à une épidémie saisonnière sans gravité comme celles que provoquent les autres coronavirus humains ?

[BrainMan]

Pour retrouver cette souche, si elle a existé, il faudrait analyser des prélèvements effectués en Chine avant la flambée épidémique de Wuhan - ou ailleurs puisqu'un variant probablement moins contagieux semble avoir circulé en Europe dès l'automne 2019. Mais pour cela il faudrait que des prélèvements (nasopharyngés ?) aient été effectués avant fin 2019 (donc à une époque où le SARS-CoV-2 n'était pas connu et a fortiori pas recherché), et aient été conservés.

S'ils n'avaient pas disparus on pourrait chercher dans les Mammouths, comme on le fait avec les mammouths qui eux n'ont pas disparus.

Blague à part, c'est peut-être ce que font actuellement les chinois et d'autres ?
Rechercher dans le "permafrost industriel" (les surgelés) des traces de virus.

[noir_ecaille]

comment ça peut "circuler faiblement" partout dans le monde, sans déclencher d'épisode épidémique foudroyant comme ce qu'on a observé à de multiples endroits après le mois de janvier, mais sans avoir une virulence plus faible?

Citez à quel moment aurais-je dit "partout dans le monde" ?

comprends pas là ...

Je comprends encore moins cet homme de paille qui passe du "largement" au "partout dans le monde" et je me demande ce que ce sera le prochain coup

on est d'accord, avec DEUX mutations simultanées augmentant significativement sa contagiosité (on n'a pas pour le moment retrouvé de souche ayant UNE SEULE de ces deux mutations),

Pouquoi une seule mutation à la fois ??? Vous avez idée de la taille du génome actuel de SARS-Cov2 ? Vous pensez que les cellules (que ce soit des eucaryotes ou des procayotes, OSEF) ne "s'autorisent" qu'une seule mutation par recopie ? Dommage mais la machinerie nucléique se contrefiche de telles "politesses". Ca peut même être pire avec en une fois/génération des ajouts x100 d'un motif nucléotidique (genre "bégaiement" de l'ADN polymérase dans les syndromes sévères de la chorée de Huntington). Deux mutations, c'est peau de balle sur une génération, sauf à avoir un génome rikiki à la limite du virus (genre virussoïdes, et autres éléments satellites).

et étant donc a priori toutes les deux arrivées par hasard à Wuhan, très proches temporellement pour ne pas avoir laissé se développer une souche intermédiaire ayant une seule de ces mutations

Mais lol ! Y'a aucune règle nulle part dans la biologie qui interdirait d'avoir deux mutations significatives à la fois C'est rare que ça arrive deux fois sur une même séquence codante (et encore, ça dépend de la longueur et de la polymérase), mais pas rare que ça se passe quelques à dizaines de fois sur 30 kb. En six mois (premier séquençage du SARS-Cov2 jusque septembre) les scientifiques ont recensé 12'000 mutations (significatives ou pas, c'est surtout pour bien faire comprendre à quel vitesse ça va, la survenu de mutants/variants)^[1]. Mais vous allez peut-être sortir que c'est toujours le labo de Wuhan qui est derrière ces 12'000 mutations ?

Wuhan où il y a par hasard un labo travaillant sur les coronavirus du SRAS, collaborant par hasard avec des chercheurs ayant développé des techniques pour rendre des virus plus contagieux sur l'espèce humaine , travaux ayant déjà été publié et ayant déjà auparavant soulevé des craintes et des objections de plusieurs scientifiques du domaine alertant sur les risques d'un échappement accidentel de ces virus modifiés.

Bah oui. Il en va de même d'autres labos de par le monde. Pour autant je ne cautionne pas la thèse conspirationniste. D'autant qu'il ne s'agit pas des alentours du labo P4 mais d'un marché avec tooouuut plein d'hôtes animaux potentiels de parasites et maladies qu'on peut attraper, à force. Bizarrement vous oubliez ce détail avec trop de facilité. On parle quand même d'une agglomération de 8 494,4 km², à comparer avec les petits 814 km² du Grand Paris. Si encore vous parliez du labo de contrôle et prévention des maladies à même pas 500m du marché... Mais non. On évoque un labo à l'autre bout de l'agglomération qui a peut-être bien le mérite d'avoir détecté l'épidémie avant qu'on atteigne le million de victimes. C'est un peu dépassé, de toujours vouloir conspuer les Chinois juste parce qu'ils sont Chinois.

Perso, j'ai passé mon lycée et mon baccalauréat dans des conditions labo non sécurisées -- avec des néons ayant pris plusieurs fois dans la même salle, des robinets aux manchons cahoutchouc pourris jusqu'à la moëlle d'une république florissante de conaminants, des pipettes avec des lots parfois dangereux (du genre à ne pas se casser correctement et avec blessures sur élèves), des hottes soient en panne soit à moitié bouchées, et même pas de douche ou quoi que ce soit s'il venait à y avoir un problème (incendie, aspersion de réactifs dangereux, etc). Pourtant j'ai décroché des notes plus qu'honorables que ce soit à l'année comme au bac, et aucune mort à déplorer parmi des élèves d'asiduités très inégales.

On est d'accord, il n'est pas exclus que tout cela soit un simple hasard. D'ailleurs puisque la commission de l'OMS l'a dit, c'est surement vrai.

Allez sur place mener l'enquête, ou payez quelqu'un d'indépendant (non-OMS) pour le faire. Vous êtes tellement convaincu, à se demander pourquoi vous prendriez le temps d'enquêter au risque de remettre en cause vos opinions ?

ben tiens c'est bizarre alors, où sont les souches intermédiaires ?

Pourquoi des "souches intermédiaires" ? Si c'est comme les créationnistes qui veulent un mix de caractère moderne pour qualifier un spécimen de "chaînon manquant/intermédiaire", ça ne risque pas de se trouver ! La meilleure piste qu'on a pour le moment, c'est un virus allospécifique curieusement très similaire au SARS-Cov2 et des suspicions de circulation avant l'automne 2019 du fait d'une immunisation déjà présente à cette même période. On en est pour le moment à faire la course au vaccin, peut-être des études sont aussi déjà en cours pour faire la lumière sur ces suspicions (parmi d'autres sans doute investiguées aussi).

[aygline]

et ça n'enleve aucune probabilité à ce que le variant contagieux ait été issu d'un laboratoire : ça ne le prouve pas bien sur, mais ça ne l'infirme aucunement. Au contraire, ça épaissit le mystère ;

Euh je pense que Archi3 doit être un « complotiste » ou quelque chose comme ça car il a l’air de vouloir raisonner comme les « complotistes »

L’erreur de base des « complotistes » est de « voir » des mystères partout mais c’est aussi une mentalité et c’est toujours compliqué de se débarrasser d’une mentalité.

La mentalité s’incruste dans les esprits, est un habitus de pensée ou un automatisme (non moins de pensée) dont il est toujours extrêmement difficile de se débarrasser.

Par contre ce qui est redoutable est de penser que des personnes (physiques ou morales exple une secte maléfique) pourrait utiliser le virus existant dont l’origine exacte reste à déterminer, en le faisant muter artificiellement dans le but maléfique de lui faire tuer le plus de personnes possibles sur la terre, ça c’est redoutable !

[noir_ecaille]

Il me semble que la grippe saisonnière (au taux de reproduction proche de 1 et dont les épidémies locales s'éteignent toutes seules au bout de quelques mois) "se contente" de réservoirs humains.
Si seulement 1 à 2% de la population française avaient rencontré avant janvier 2020 un variant du SARS-CoV-2 antérieur à celui de Wuhan (ce que suggèrent les résultats de l'étude citée), c'est quand-même que cette souche intermédiaire n'était pas si largement répandue. Est-ce que cela n'est pas compatible avec une circulation du virus, par exemple dès l'hiver 2018-2019, ayant donné lieu à une épidémie saisonnière sans gravité comme celles que provoquent les autres coronavirus humains ?

Des coronavirus circulent tout le temps. Il est plausible qu'existait au moins un variant "pré-covid19" en Asie du Sud-Est, eu égard qu'il faut un temps de contact avant imunisation (= temps de mise en place de la réponse immunitaire secondaire). De fait avoir une immunisation concomittente ou antérieure à la caractérisation du virus de Wuhan tend à indiquer qu'une souche (peut-être pas encore "covid19-compétente") ciruclait (sans préjuger de la contagiosité) avant la détection/alerte à Wuhan.

J'ajoute que ladite souche a peut-être co-infecté un hôte (notre espèce ou une epèce intermédiaire) avec un virus potentiellement plus virulent mais sans préjuger du (2e) virus en quesiton.

[BrainMan]

De fait avoir une immunisation concomittente ou antérieure à la caractérisation du virus de Wuhan tend à indiquer qu'une souche (peut-être pas encore "covid19-compétente") ciruclait (sans préjuger de la contagiosité) avant la détection/alerte à Wuhan.

1) Oui, peut-être un variant bénin (aussi bien pour les asiatiques que pour les occidentaux), qui passait pour une grippe.
Ce virus a alors muté et est devenu un peu plus dangereux (genre il se multiplie plus dans l'hôte, devenant alors plus contagieux en nombre de "spores", et devenant plus dangereux pour l'hôte du fait que la multiplication augmente la dangerosité dans l'hôte puisque ça (peut) implique(r) plus de cellules détruites).

2) Mais on a aussi le scénario alternatif d'un virus qui circulerait à bas bruit, qui est confondu avec une grippe et qui subitement produit un mutant très dangereux.
Là, on s'inquiète bien entendu, et on détecte le coronavirus.
Mais comme il rend malade et tue trop rapidement, il se propage moins et c'est un variant moins dangereux issu de la souche très dangereuse qui prend le dessus et se propage.

Il me semble que c'est le scenario 2) qui est en général observé (avis aux spécialistes).

Et justement, ce qui m'incite à penser le scenario 2) c'est la mort du médecin lanceur d'alerte en Chine, qui il me semble était plutôt jeune (pour les autres anonymes, on n'en sait rien...).

[Archi3]

Il me semble que la grippe saisonnière (au taux de reproduction proche de 1 et dont les épidémies locales s'éteignent toutes seules au bout de quelques mois) "se contente" de réservoirs humains.

ce n'est pas ce que j'ai lu, il me semble qu'il y a des réservoirs en particulier chez les porcs et les volailles, et que c'est en Asie que les contaminations démarrent chaque année par les populations pauvres en contact avec les animaux, pour se répandre ensuite par contacts humains. C'est en surveillant l'apparition de l'épidémie en Asie qu'on sait contre quelle souche on doit préparer les vaccins (et parfois on se plante un peu).

Si seulement 1 à 2% de la population française avaient rencontré avant janvier 2020 un variant du SARS-CoV-2 antérieur à celui de Wuhan (ce que suggèrent les résultats de l'étude citée), c'est quand-même que cette souche intermédiaire n'était pas si largement répandue. Est-ce que cela n'est pas compatible avec une circulation du virus, par exemple dès l'hiver 2018-2019, ayant donné lieu à une épidémie saisonnière sans gravité comme celles que provoquent les autres coronavirus humains ?

je pense que la non-gravité des coronavirus humains vient du fait qu'on a été en contact avec eux depuis tout petit justement, donc il est possible que les souches détectées existent depuis très longtemps, bien plus qu'un an ? est ce que le type de lésion pulmonaire détecté n'avait jamais vraiment été vu avant ? c'est pas clair.

Mais meme si des formes proches existaient (et encore une fois, où sont elles maintenant ? la covid n'a pas fait disparaitre les rhumes !), ça ne donne aucune explication de pourquoi la souche virulente serait apparue juste à Wuhan.

[yves95210]

ce n'est pas ce que j'ai lu, il me semble qu'il y a des réservoirs en particulier chez les porcs et les volailles, et que c'est en Asie que les contaminations démarrent chaque année par les populations pauvres en contact avec les animaux, pour se répandre ensuite par contacts humains.

C'est vrai pour les virus grippaux de type A mais pas pour ceux de type B (source):

Les virus grippaux se répartissent essentiellement entre deux types : A et B, se divisant eux même en deux sous-types (A(H3N2) et A(H1N1) pdm09) ou lignages (B/Victoria et B/Yamagata). Les virus grippaux de type A circulent chez de nombreuses espèces animales (canards, poulets, porcs, chevaux, phoques…) alors que les virus grippaux de type B circulent essentiellement chez l’Homme. Les virus A et B sont à l’origine des épidémies saisonnières chez l'Homme mais seuls les virus de type A ont été responsables de pandémies à ce jour.
Les virus grippaux se caractérisent par leur variabilité génétique importante, avec apparition plus ou moins fréquente selon les virus de mutations.
Cette évolution génétique s’effectue :
soit par glissement ("drift") lors des épidémies saisonnières, qui peut se traduire par une baisse de l’efficacité vaccinale au cours d’une saison ;
soit par cassure ("shift"). Ce dernier phénomène ne concernerait que les virus de type A. Il est responsable de l’apparition de nouveaux virus face auxquels la population n’est pas forcément protégée et qui peuvent être à l’origine d’une pandémie grippale.

Je ne parlais "que" des épidémies de grippe saisonnière, pas des pandémies.

C'est en surveillant l'apparition de l'épidémie en Asie qu'on sait contre quelle souche on doit préparer les vaccins (et parfois on se plante un peu).

Pas seulement en Asie, ça marche dans les deux sens (plutôt sud - nord que est - ouest) :

Chaque année, l'OMS publie sur son site internet ses recommandations pour la composition des vaccins diffusés dans les hémisphères nord et sud. Les recommandations faites pour la saison grippale suivante (hiver) se basent sur la caractérisation des souches qui circulent dans l'autre hémisphère durant la saison courante : ainsi fin septembre 2013, l'OMS, sur la base des observations au démarrage de la saison grippale de l'hiver 2013-2014 de l'hémisphère nord, a publié ses recommandations pour la saison grippale de l'hiver 2014 de l'hémisphère sud (qui a démarré en février-mars 2014, et permettra quant à elle la publication des recommandations pour l'hiver 2014-2015 de l'hémisphère nord). Ce système vise à détecter l'apparition et/ou la propagation de nouvelles souches et variantes, qui seront susceptibles d'infecter un plus grand nombre de personnes (car n'ayant pas encore été en contact avec les nouveaux antigènes), et sur le fait que chacun des deux hémisphères joue le rôle de réservoir infectieux pour l'autre hémisphère, pendant son été (période de quasi absence de circulation du virus dans la population).

Mais meme si des formes proches existaient (et encore une fois, où sont elles maintenant ? la covid n'a pas fait disparaitre les rhumes !), ça ne donne aucune explication de pourquoi la souche virulente serait apparue juste à Wuhan.

Je suis d'accord. Mais la mutation a aussi bien pu se produire à l'occasion du (re-)passage du virus par un réservoir animal (forte densité d'animaux élevés en captivité), comme on a pu le constater avec les visons en Europe, qu'à celle d'une manipulation dans un labo suivie par une fuite accidentelle (j'exclus volontairement la possibilité d'un acte malveillant. En revanche, même si les autorités chinoises avaient découvert que l'émergence du virus à Wuhan est due à une telle cause, il est fort probable qu'elles aient cherché à le cacher).

[Archi3]

Citez à quel moment aurais-je dit "partout dans le monde" ?

je ne vois aucune raison raisonnable pour laquelle ça aurait touché 1% des français sans avoir circulé dans le reste du monde, au moins occidental... tu peux expliquer pourquoi ?

Pouquoi une seule mutation à la fois ??? Vous avez idée de la taille du génome actuel de SARS-Cov2 ? Vous pensez que les cellules (que ce soit des eucaryotes ou des procayotes, OSEF) ne "s'autorisent" qu'une seule mutation par recopie ? Dommage mais la machinerie nucléique se contrefiche de telles "politesses". Ca peut même être pire avec en une fois/génération des ajouts x100 d'un motif nucléotidique (genre "bégaiement" de l'ADN polymérase dans les syndromes sévères de la chorée de Huntington). Deux mutations, c'est peau de balle sur une génération, sauf à avoir un génome rikiki à la limite du virus (genre virussoïdes, et autres éléments satellites).

de deux choses l'une : soit une mutation ayant un effet important sur la contagiosité est très peu probable, et dans ce cas c'est très improbable d'en avoir deux sans avoir identifié la souche intermédiaire à une mutation (car il faut qu'elle ait très rapidement disparu après la première), soit elles sont probables, et c'est très improbable que ça ne soit arrivé qu'une fois sur Terre et qu'il n'y ait qu'un seul foyer de contamination.

Mais lol ! Y'a aucune règle nulle part dans la biologie qui interdirait d'avoir deux mutations significatives à la fois C'est rare que ça arrive deux fois sur une même séquence codante (et encore, ça dépend de la longueur et de la polymérase), mais pas rare que ça se passe quelques à dizaines de fois sur 30 kb. En six mois (premier séquençage du SARS-Cov2 jusque septembre) les scientifiques ont recensé 12'000 mutations (significatives ou pas, c'est surtout pour bien faire comprendre à quel vitesse ça va, la survenu de mutants/variants)^[1]. Mais vous allez peut-être sortir que c'est toujours le labo de Wuhan qui est derrière ces 12'000 mutations ?

bah non je t'ai dit le raisonnement : pourquoi l'épidémie vient elle de Wuhan, et seulement de Wuhan si ces mutations sont probables ?

justement pour les variants, il y a des mutations identiques sur la protéine Spike qui sont arrivées plusieurs fois indépendamment dans différentes régions du monde, par convergence évolutive, parce qu'elles favorisaient la propagation du virus et donc ont été amplifiées naturellement. C'est manifestement le cas des deux mutations distinctes entre le RaTG13 et le SARS-Cov2.

Donc si il est probable qu'elles soient arrivées simultanément : où sont les autres endroits où elles sont apparues ?

Bah oui. Il en va de même d'autres labos de par le monde. Pour autant je ne cautionne pas la thèse conspirationniste. D'autant qu'il ne s'agit pas des alentours du labo P4 mais d'un marché avec tooouuut plein d'hôtes animaux potentiels de parasites et maladies qu'on peut attraper, à force. Bizarrement vous oubliez ce détail avec trop de facilité. On parle quand même d'une agglomération de 8 494,4 km², à comparer avec les petits 814 km² du Grand Paris. Si encore vous parliez du labo de contrôle et prévention des maladies à même pas 500m du marché... Mais non. On évoque un labo à l'autre bout de l'agglomération qui a peut-être bien le mérite d'avoir détecté l'épidémie avant qu'on atteigne le million de victimes. C'est un peu dépassé, de toujours vouloir conspuer les Chinois juste parce qu'ils sont Chinois.

sauf que l'hypothèse du marché a été abandonnée, et qu'il y a plein de marchés de ce genre en Asie. Donc tu fais l'hypothèse que ce soit celui de Wuhan est pas un autre n'est que pure coïncidence. Comme je t'ai dit, c'est possible que ce soit une coïncidence que l'épidémie ait démarré juste dans la ville où il y a un laboratoire travaillant sur les coronavirus du SRAS, collaborant par hasard avec des chercheurs ayant développé des techniques pour rendre des virus plus contagieux sur l'espèce humaine , travaux ayant déjà été publié et ayant déjà auparavant soulevé des craintes et des objections de plusieurs scientifiques du domaine alertant sur les risques d'un échappement accidentel de ces virus modifiés.

Je n'ai jamais mentionné que ce laboratoire était chinois, ça n'a effectivement rien à voir et je n'ai jamais invoqué ça comme argument. Pour la stratégie de l'épouvantail, tu es bien placée.

Allez sur place mener l'enquête, ou payez quelqu'un d'indépendant (non-OMS) pour le faire. Vous êtes tellement convaincu, à se demander pourquoi vous prendriez le temps d'enquêter au risque de remettre en cause vos opinions ?

y aucun souci pour remettre en cause mes opinions : donne moi un bon argument qui rende très improbable l'hypothèse que le virus se soit échappé d'un laboratoire de virologie de Wuhan. Si tu me donnes un bon argument expliquant pourquoi on peut écarter cette hypothèse avec une grande confiance, et en quoi elle est très improbable, je l'accepterai avec plaisir. Note bien que cette hypothèse n'implique aucun "complot" réunissant secrètement des centaines de personnes pour organiser la fuite du virus. Il est très probable que PERSONNE ne sait qui aurait pu être contaminé et servir de patient zéro, et peut etre même pas les circonstances de la contamination ... juste quelqu'un qui a oublié une fois de mettre des gants et qui ne s'en rappelle même pas, et qui n'a même pas été malade, c'est tout à fait possible !

il suffit d'un peu de négligence et que les directions et politiques impliquées n'aient pas envie qu'on aille trop fouiller dans leurs pratiques. Des choses quand même pas si exceptionnelles que ça...

Pourquoi des "souches intermédiaires" ? Si c'est comme les créationnistes qui veulent un mix de caractère moderne pour qualifier un spécimen de "chaînon manquant/intermédiaire", ça ne risque pas de se trouver ! La meilleure piste qu'on a pour le moment, c'est un virus allospécifique curieusement très similaire au SARS-Cov2

oui curieusement très similaire, sur laquelle les équipes de Wuhan travaillaient, et qui n'était pas contagieux d'homme à homme, sachant que des expériences avaient déjà été conduites pour rendre des virus contagieux en laboratoire, menées par des collaborateurs du labo de Wuhan. On est d'accord sur tous ces points ? qui peuvent n'être que des coïncidences, on est d'accord.

[Archi3]

Euh je pense que Archi3 doit être un « complotiste » ou quelque chose comme ça car il a l’air de vouloir raisonner comme les « complotistes »

L’erreur de base des « complotistes » est de « voir » des mystères partout mais c’est aussi une mentalité et c’est toujours compliqué de se débarrasser d’une mentalité.

je n'ai pas parlé de complot, j'ai parlé de possibles négligences, et de volonté de directions et d'hommes politiques de les étouffer.

Ca te parait quelque chose d'invraisemblable, vraiment ?

[ScribeJ]

je n'ai pas parlé de complot, j'ai parlé de possibles négligences, et de volonté de directions et d'hommes politiques de les étouffer.

Ca te parait quelque chose d'invraisemblable, vraiment ?

Nan, mais c'est parce que dès fois on juge les gens sur une question posée, il y a des questions qu'il faut pas poser sous peine de se voir attribuer le sceau "complotiste"; même si il est plus intéressant de juger la pertinence de la question que son éventuel sous entendu (qui est très souvent qu'une appréciation...avec tout ses défauts), c'est comme ça . et dès fois, ces gens qui jugent, emploient la même malveillance qu'ils peuvent critiquer par ailleurs (comme ce que l'on peut observer sur les réseaux sociaux

[B4lbu]

Oula beaucoup de messages en peu de temps !

Plutôt que faire un procès plus ou moins politique et hors charte, s'attacher à simplement élucider l'origine, quelle qu'elle soit, est plus pertinent.

Tout à fait d’accord, même si je doute que l’élucidation provienne du forum, au moins s’attacher à partager nos lectures respectives de publications de spécialistes, et critiquer les interprétations qui en sont éventuellement faites…

Par exemple, j’aimerais bien qu’on m’explique en quoi la publication partagée par Yves affirme la présence d’un virus ancestral au SRAS 2 en France ?? A mon sens tout ce qui y est affirmé c’est qu’il y avait des cas de covid 19 (donc des pneumonies dont la cause n'a pas été élucidée, cela dit j'imagine que la France surveille bcp moins l'émergence de SRAS que les pays asiatiques) dès Novembre 2019, mais ils parlent bien de la même lignée (bien distinguer lignée et variants)

Par ailleurs, le RATG13, bien que non infectieux chez l’homme, a provoqué le décès en 2013 des 3 mineurs infectés (sur 3), on ne parle pas d’un virus de rhume ici mais bien d’un virus de SRAS… Le laboratoire de Wuhan a détecté ce virus par ces trois décès (donc les pneumonies de cause inconnue sont apparemment très surveillées), je les imagine mal passer à côté d’une nouvelle épidémie de SRAS … (peut être la dissimuler, mais ça c’est du terrain politique)

[Archi3]

Par exemple, j’aimerais bien qu’on m’explique en quoi la publication partagée par Yves affirme la présence d’un virus ancestral au SRAS 2 en France ?? A mon sens tout ce qui y est affirmé c’est qu’il y avait des cas de covid 19 (donc des pneumonies dont la cause n'a pas été élucidée, cela dit j'imagine que la France surveille bcp moins l'émergence de SRAS que les pays asiatiques) dès Novembre 2019, mais ils parlent bien de la même lignée (bien distinguer lignée et variants)

Ils sont quand meme très bizarres les résultats de cette publication

Three-hundred and fifty-three (3.9%) participants were ELISA-S positive, 138 were undetermined and 8653 were negative (undetermined and negative, 96.1%). The proportion of ELISA-S positive increased from 1.9% (42 of 2218) in November and 1.3% (20 of 1534) in December to 5.0% (114 of 2268) in January, 5.2% (114 of 2179) in February and 6.7% (63 or 945) in the first half of March (P < 0.001, Trend test; Fig. 1).

* les prélèvements ne commencent qu'en novembre donc on a aucune période antérieure de calibration pour estimer le zéro
* les taux sont de l'ordre de 1 % en novembre -décembre, ce qui signifie qu'il faut une fiabilité de 99 % des tests sérologiques par rapport aux faux positifs (moins de 1% de faux positifs) pour etre sur qu'ils sont réels - je suis surpris de cette fiabilité pour les tests sérologiques
* l'incidence semble avoir DIMINUE de novembre à décembre ... bizarre aussi ! ceci dit passer de 40 à 20 n'est pas hyper significatif c'est à 2 sigma de 30 ± 5
* Il y a un saut brusque après Noel à 5 % . Contaminer 3 à 4 % de la population en moins d'un mois représente autour de 200 000 malades qui aurait du correspondre à des milliers de décès du Covid en quelques semaines en janvier , euh ils sont où ces décès ? et y avait pas de saturation des services d'urgence à ce moment ?

* et après plus rien ne bouge on reste à 5 % en février ?? et à peine monter à 6,7 % début mars alors que l'épidémie doublait en quelques jours ?

et ça me parait des taux finalement très élevés pour le début d'épidémie.

Ca fait quand même beaucoup de bizarreries par rapport aux chiffres connus de l'épidémie je trouve !

[Archi3]

Ils sont quand meme très bizarres les résultats de cette publication



* les prélèvements ne commencent qu'en novembre donc on a aucune période antérieure de calibration pour estimer le zéro
* les taux sont de l'ordre de 1 % en novembre -décembre, ce qui signifie qu'il faut une fiabilité de 99 % des tests sérologiques par rapport aux faux positifs (moins de 1% de faux positifs) pour etre sur qu'ils sont réels - je suis surpris de cette fiabilité pour les tests sérologiques
* l'incidence semble avoir DIMINUE de novembre à décembre ... bizarre aussi ! ceci dit passer de 40 à 20 n'est pas hyper significatif c'est à 2 sigma de 30 ± 5
* Il y a un saut brusque après Noel à 5 % . Contaminer 3 à 4 % de la population en moins d'un mois représente autour de 200 000 malades qui aurait du correspondre à des milliers de décès du Covid en quelques semaines en janvier , euh ils sont où ces décès ? et y avait pas de saturation des services d'urgence à ce moment ?

pardon, c'est 2 millions de malades qui auraient du être contaminés en France, soit au moins 10 000 décès avec un taux de 0,5 % en un mois , en décembre janvier !

personne n'a refait les calculs, sérieux ?

[Archi3]

Bon en fait j'avais mal mu, les tests Elisa-S ont été reconfirmés par des tests sérologiques et de nombreux résultats étaient SN- négatifs. Néanmoins si on prend la proportion de SN positifs ça en laisse environ 10 % , ce qui reste beaucoup surtout en novembre, d'autre part il n'y a pas de variation exponentielle visible, meme si il y en a un peu plus en mars, ça reste comparable au taux de novembre. Et ça fait toujours des chiffres très élevés surtout si on considère qu'il faut quelques semaines pour développer une réaction immunitaire.

https://media.springernature.com/ful..._Fig2_HTML.png

Ils parlent d'une sélectivité de 100 % mesurée en 2017-2018 mais çà ne peut donc pas concerner les anticorps anti-SarsCov-2, quelles données a-t-on sur la possible interférence avec d'autres souches de coronavirus par exemple?

Ca vient de l'IHU cette étude ou quoi ?

[MissJenny]

A mon avis il ne faut prendre en compte que les 44 individus qui avaient des anticorps neutralisants, dont seulement 13 avant janvier 2020. Les autres peuvent être des réactions croisées avec d'autres coronavirus. Et s'ils n'ont pas étudié de serums collectés antérieurement à novembre 2019 ça peut être pour des raison d'éthique (difficile de retrouver les gens pour leur demander leur accord).

[Archi3]

Je ne pense pas que ce soit le problème, les échantillons viennent d'une vaste cohorte de 200 000 personnes commencée en 2012 et je pense que toutes les autorisations, accords, et le suivi de tous les membres est parfaitement organisé.

https://link.springer.com/article/10...654-015-0096-4

Mais meme si c'était justifié , il n'en reste pas moins qu'il n'y a pas de "zéro" antérieur qui permette de faire une mesure différentielle, et que les résultats ne ressemblent en rien à une croissance exponentielle de l'épidémie telle qu'on l'a observé en mars, tout en correspondant à une circulation déjà très élevée en novembre : on parle de quelques cas sur 10 000 personnes testées au hasard , ce qui fait statistiquement des dizaines de milliers de cas en France au mois de novembre, ce qui n'aurait déclenché aucune épidémie avant mars ? donc le virus arrive, se répand chez 20 ou 30 000 personnes et tout à coup arrête de se propager ?

ça me parait totalement implausible, et je ne comprends pas que les auteurs ne discutent pas cet aspect. Ou alors c'est moi qui n'ai rien compris mais merci de m'expliquer alors.

La brusque montée des tests Elisa-S , même si ils sont majoritairement négatifs au SN, entre la dernière semaine de décembre et la premiere de janvier, n'est pas non plus expliquée. C'est peut etre des rhumes bénins qui se sont déclenchés à l'occasion des fêtes de fin d'année, et qui donne une réaction immunitaire croisée aux tests sérologiques ?

en tout cas les questions pas claires sont trop nombreuses pour qu'on puisse accepter la conclusion que "le virus circulait en novembre" sans broncher.

[MissJenny]

La croissance exponentielle n'existe que dans les modèles, la réalité est toujours plus erratique, et là on a encore un effet d'échantillonnage.

[Archi3]

La croissance exponentielle n'existe que dans les modèles, la réalité est toujours plus erratique, et là on a encore un effet d'échantillonnage.

sur le long terme ce n'est pas exponentiel mais l'exponentielle est une approximation raisonnable sur quelques semaines et avec un nombre suffisant de malades en circulation, ce qui aurait du être le cas si il y avait eu des dizaines de milliers de malades . La croissance exponentielle est tout à fait visible sur le nombre de décès en mars par exemple, qui trace avec quelques semaines de retard le nombre de contaminations

https://ourworldindata.org/coronavir...ickerSort=desc


Qu'est ce que tu veux dire par un effet d'échantillonnage ? quel effet ? tu penses qu'il y avait combien de gens ayant des anticorps en novembre en France d'après ces chiffres ?