Actu - Le coronavirus est-il d’origine naturelle ou issu d’un laboratoire ? Décryptage avec le virol

[yves95210]

Salut,

Archi3, tu interprètes mal les résultats de cette publi. Il ne s'agit pas d'incidence, mais du pourcentage de l'échantillon testé ayant des anticorps contre le SARS-Cov-2, donc ayant pu être infecté entre plusieurs semaines et plusieurs mois auparavant.
Des prélèvements sont faits au fil de l'eau sur une partie de la cohorte de 200000 participants (environ 500 par semaine, un peu plus de 2000 par mois). Si par ex. on trouve 40 des prélèvements faits en novembre 2019 positifs aux tests sérologiques, en supposant que l'échantillon soit représentatif de la population cela signifie que environ 2% de la population possède des anticorps et a donc rencontré le virus précédemment; mais "précédemment" peut vouloir dire N mois plus tôt. Si ce pourcentage n'évolue pas d'un mois sur l'autre, cela veut dire que l'incidence est proche de zéro, pas qu'elle est de 2% !
Bien sûr il faut tenir compte des barres d'erreur, forcément importantes vu le faible nombre de prélèvements positifs (ce qui explique que ce pourcentage peut baisser, comme entre novembre et décembre).

Ce n'est pas les résultats de la publication qui sont "bizarres", c'est la manière dont ils sont présentés (y compris par moi quand j'en ai parlé) : faute d'avoir analysé les prélèvements des mois précédents, on ne peut pas affirmer avec certitude que le virus circulait en novembre (surtout que, aux barres d'erreur près, la prévalence ne progresse pas entre novembre et décembre), mais seulement qu'il avait probablement circulé dans une période antérieure.
Les indices qui vont dans le sens d'une circulation du virus en octobre/novembre 2019 sont d'une part l'augmentation de la prévalence fin décembre / début janvier, d'autre part le fait qu'une partie des prélèvements positifs effectués entre novembre et janvier correspondent à des participants ayant eu des symptômes compatibles avec le Covid-19 ou ayant été en contact avec une personne présentant ces symptômes. Mais si tu regardes de plus près la table 1 (Participants with positive ELISA-S and positive SN on blood samples collected between November 2019 and January 2020), la date de ces symptômes est antérieure d'au moins un mois à celle du prélèvement.
C'est aussi cela qui explique qu'on ne voit pas de forte progression en mars 2020, l'étude s'arrêtant à mi-mars : les infections de la première quinzaine de mars ne peuvent donner lieu à une positivité aux tests ELISA + SN qu'après la mi-mars.
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[Archi3]

Salut,

Archi3, tu interprètes mal les résultats de cette publi. Il ne s'agit pas d'incidence, mais du pourcentage de l'échantillon testé ayant des anticorps contre le SARS-Cov-2, donc ayant pu être infecté entre plusieurs semaines et plusieurs mois auparavant.

euh, où aurais-je écrit que les taux mesurés à l'instant t mesuraient un taux d'incidence ?

dans un premier temps, l'erreur que j'ai faite était d'avoir cru que les données étaient sur les test Elisa-S, et là j'ai parlé de la bizarrerie du brusque saut entre décembre et janvier. La on parle de différentiel, donc ce n'est pas explicable par des contaminations faites très antérieurement, il y a forcément une contamination massive et récente pour expliquer ce saut. Le SAUT en nombre de patients testant Elisa-S positif (quelques % de la population ) correspond à une AUGMENTATION de personnes Elisa-positives de l'ordre de quelques millions en France, toutes contaminées entre décembre et janvier, de quelque manière que tu tournes les chiffres.

Mais ok, ce n'est pas forcément une contamination à la Covid-19 puisque la majeure partie de ces tests sont SN-négatifs.

On a donc un truc qui fait biper Elisa (c'est une image) mais qui n'est pas la covid, qui a brusquement augmenté entre décembre et janvier. J'hypothèse que ce pourraient etre des épidémies de coronavirus bénins s'étant développés au moment des fêtes, et déclenchant une réaction croisée, mais il y a peut etre une autre explication.

Mais le problème existe aussi avec les SN positifs, qui sont bien moins significatifs car ce n'est que quelques personnes par semaine, mais qui ne montre pas de croissance nette pendant toute la période de novembre à mars. Alors que si ça mesure la quantité cumulative de personnes infectées dans les derniers mois, ça aurait du augmenter plus ou moins exponentiellement. Donc tu es obligé de considérer qu'il y a une vague de contamination s'étant brusquement arrêtée à un cumul de 1 ou 2 % de la population avant novembre (ce qui correspond encore une fois à des centaines de milliers de personnes infectées), puis plus rien après jusqu'à ce que ça reparte brutalement en mars avec un temps de doublement de 3 ou 4 jours ?


pour moi ça ne fait aucun sens.

Les indices qui vont dans le sens d'une circulation du virus en octobre/novembre 2019 sont d'une part l'augmentation de la prévalence fin décembre / début janvier, d'autre part le fait qu'une partie des prélèvements positifs effectués entre novembre et janvier correspondent à des participants ayant eu des symptômes compatibles avec le Covid-19 ou ayant été en contact avec une personne présentant ces symptômes. Mais si tu regardes de plus près la table 1 (Participants with positive ELISA-S and positive SN on blood samples collected between November 2019 and January 2020), la date de ces symptômes est antérieure d'au moins un mois à celle du prélèvement.

l'argument des symptômes corrélés rend l'histoire encore plus bizarre, car elle sous-entend que les centaines de milliers de personnes contaminées l'auraient été dans les quelques mois avant, pour ensuite ne plus varier entre novembre et mars. C'est encore plus surréaliste.

C'est aussi cela qui explique qu'on ne voit pas de forte progression en mars 2020, l'étude s'arrêtant à mi-mars : les infections de la première quinzaine de mars ne peuvent donner lieu à une positivité aux tests ELISA + SN qu'après la mi-mars.

essaie d'imaginer quelle courbe de contaminations par semaine pourrait etre compatible avec tout ça entre septembre et mars, et à mon avis tu verras que tu n'en trouveras aucune qui fasse sens.

Je n'ai vu dans l'article aucun argument présenté qui démontrerait qu'il est très improbable que ce ne soit que des faux positifs, pour une raison ou une autre.

[BrainMan]

Il ne s'agit pas d'incidence, mais du pourcentage de l'échantillon testé ayant des anticorps contre le SARS-Cov-2, donc ayant pu être infecté entre plusieurs semaines et plusieurs mois auparavant.
Des prélèvements sont faits au fil de l'eau sur une partie de la cohorte de 200000 participants (environ 500 par semaine, un peu plus de 2000 par mois). Si par ex. on trouve 40 des prélèvements faits en novembre 2019 positifs aux tests sérologiques, en supposant que l'échantillon soit représentatif de la population cela signifie que environ 2% de la population possède des anticorps et a donc rencontré le virus précédemment; mais "précédemment" peut vouloir dire N mois plus tôt.

C'est intéressant.
Est-ce que ça pourrait indiquer qu'il y avait un coronavirus proche du covid19 en novembre 2019 qui circulait sporadiquement depuis des mois, mais qu'il ne se propageait pas ?
On avait une souche externe (venant par exemple des pays du golfe) qui par le déplacement des populations contaminait régulièrement les individus de la population européenne.
Cette souche, peu symptomatique n'avait pas attiré l'attention dans les pays d'origine.

A ce niveau le virus n'étant pas encore adapté à la génétique de la population européenne ou à une autre particularité du continent (ça se joue à pas grand chose probablement), il ne prend pas bien (peu de cellules du poumon touchées, peu de contaminants expectorés, pas d'épidémie).
Ca explique le pourcentage stable d'infectés en europe => c'est une contamination externe d'intensité constante.

Ensuite, une mutation sur le continent européen produit un changement dans l'intensité de l'infection, le virus s'est adapté à la population (ou les conditions climatiques ou que sais-je, il faudrait pouvoir analyser le génome des virus intermédiaires si on les a, et ce n'est pas qu'une question de spicule de la capside).

A partir de là, il commence à se déployer, mute encore, s'adapte encore, et c'est l'épidémie.

[yves95210]

euh, où aurais-je écrit que les taux mesurés à l'instant t mesuraient un taux d'incidence ?

dans un premier temps, l'erreur que j'ai faite était d'avoir cru que les données étaient sur les test Elisa-S, et là j'ai parlé de la bizarrerie du brusque saut entre décembre et janvier. La on parle de différentiel, donc ce n'est pas explicable par des contaminations faites très antérieurement, il y a forcément une contamination massive et récente pour expliquer ce saut. Le SAUT en nombre de patients testant Elisa-S positif (quelques % de la population ) correspond à une AUGMENTATION de personnes Elisa-positives de l'ordre de quelques millions en France, toutes contaminées entre décembre et janvier, de quelque manière que tu tournes les chiffres.

On est d'accord (j'ai lu ton premier message de ce matin un peu trop vite, tu y parles d'incidence mais bien à propos de la progression du pourcentage de prélèvements positifs).
Et effectivement, cette progression est surprenante en décembre (ainsi que son absence ou sa faiblesse entre janvier et mars), du moins si on ne tient compte que de la positivité au test ELISA-S.

Mais comme tu le dis, je pense qu'il ne faut tenir compte que des prélèvements positifs aux deux tests, le test ELISA-S n'étant peut-être pas assez sélectif pour distinguer la réponse immunitaire au SARS-Cov-2 de celle à d'autres coronavirus. Quant au test SN, le nombre de cas positifs est trop faible pour en tirer une conclusion, en tout cas pour essayer d'en déduire une courbe d'incidence.
Il aurait au moins fallu prolonger l'étude sur des prélèvements effectués jusqu'à fin avril 2020 pour observer la conséquence de la flambée épidémique de février - mars.

Malgré tout, le fait qu'il y ait eu régulièrement quelques prélèvements positifs aux deux tests entre novembre et mi-février, correspondant à des infections jusqu'en janvier, montre quand-même qu'un virus provoquant une réponse immunitaire compatible avec celle au SARS-Cov-2 (dans la limite de la sélectivité de la combinaison de ces deux tests) a circulé en France en 2019. En ne retenant que les 13 prélèvements de novembre-décembre positifs aux deux tests (sur un total de 3750 prélèvements), cela donne une prévalence de 0,3%. Si l'échantillon est représentatif, cela correspondrait à 200000 personnes infectées, mais peut-être en un an puisque les anticorps restent détectables au bout de 8 mois chez la plupart des infectés.

Est-ce que c'est incompatible avec une circulation d'un variant antérieur du SARS-CoV-2, beaucoup moins transmissible et ayant peut-être été importé à plusieurs reprises ? Eventuellement avec un Ro légèrement supérieur à 1 en hiver mais inférieur à 1 à partir du printemps. La plupart de ces 200000 infections auraient alors eu lieu durant l'hiver 2018-2019, ne donnant lieu qu'à environ 1000 décès qui pourraient avoir été attribués à d'autres causes, surtout s'ils n'ont concerné que des personnes (très) âgées (comme il y en a certainement eu en février 2020 avant qu'on découvre que le SARS-Cov-2 circulait en France). Puis cette épidémie se serait éteinte au printemps, et la prévalence serait restée stable jusqu'à l'arrivée du variant de Wuhan.

[Archi3]

Malgré tout, le fait qu'il y ait eu régulièrement quelques prélèvements positifs aux deux tests entre novembre et mi-février, correspondant à des infections jusqu'en janvier, montre quand-même qu'un virus provoquant une réponse immunitaire compatible avec celle au SARS-Cov-2 (dans la limite de la sélectivité de la combinaison de ces deux tests) a circulé en France en 2019. En ne retenant que les 13 prélèvements de novembre-décembre positifs aux deux tests (sur un total de 3750 prélèvements), cela donne une prévalence de 0,3%. Si l'échantillon est représentatif, cela correspondrait à 200000 personnes infectées, mais peut-être en un an puisque les anticorps restent détectables au bout de 8 mois chez la plupart des infectés.

mais on n'a pas de zéro, pas dans la publi en tout cas : est-on sur que le même taux ne se retrouvait pas en 2017 ou 2018, bref qu'il n'y a pas des faux positifs associés à des coronavirus bénins circulant habituellement dans le territoire ? 0,3 % de faux positifs ça ne me parait pas un taux extraordinairement élevé !

En tout ça si ce n'est pas le même variant ça n'enlève rien au problème de la naissance du virus de Wuhan, ni de la coïncidence avec la proximité d'un laboratoire spécialisé dans l'étude de ces virus, et collaborant avec des chercheurs qui s'étaient fait connaitre par des travaux visant à produire des souches plus contaminantes pour les cellules humaines pour étudier cette contagiosité, travaux ayant déjà soulevé des objections dans le passé.

J'ai toujours pas vu l'argument "clear-cut" démontrant que cette hypothèse est hautement improbable. Elle n'est bien sur nullement prouvée, mais elle n'est pas à écarter non plus selon moi.

[yves95210]

mais on n'a pas de zéro, pas dans la publi en tout cas : est-on sur que le même taux ne se retrouvait pas en 2017 ou 2018, bref qu'il n'y a pas des faux positifs associés à des coronavirus bénins circulant habituellement dans le territoire ? 0,3 % de faux positifs ça ne me parait pas un taux extraordinairement élevé !

C'est regrettable que la même analyse n'ait pas été faite sur des prélèvements datant des mois précédents, au moins jusqu'à janvier 2019 : ça aurait peut-être permis de voir une augmentation de la prévalence durant l'hiver 2018-2019, avant sa stabilisation jusqu'en décembre 2019. A défaut on ne peut que spéculer.
Cela donne l'impression que ce n'est pas à ce résultat que les auteurs s'attendaient, mais qu'ils pensaient plutôt que les premiers cas dataient de novembre : ils ne sont certainement pas incompétents au point de ne pas avoir réalisé que la présence d'anticorps dans des prélèvements de début novembre signalait des infections datant d'avant la mi-octobre et éventuellement bien plus anciennes. Je suppose donc qu'ils s'attendaient à trouver zéro début novembre, histoire de corroborer une importation du virus durant l'automne 2019.

En tout ça si ce n'est pas le même variant ça n'enlève rien au problème de la naissance du virus de Wuhan, ni de la coïncidence avec la proximité d'un laboratoire spécialisé dans l'étude de ces virus, et collaborant avec des chercheurs qui s'étaient fait connaitre par des travaux visant à produire des souches plus contaminantes pour les cellules humaines pour étudier cette contagiosité, travaux ayant déjà soulevé des objections dans le passé.

J'ai toujours pas vu l'argument "clear-cut" démontrant que cette hypothèse est hautement improbable. Elle n'est bien sur nullement prouvée, mais elle n'est pas à écarter non plus selon moi.

Mais je n'ai pas dit le contraire, cf. mon message d'hier :

Mais la mutation a aussi bien pu se produire à l'occasion du (re-)passage du virus par un réservoir animal (forte densité d'animaux élevés en captivité), comme on a pu le constater avec les visons en Europe, qu'à celle d'une manipulation dans un labo suivie par une fuite accidentelle (j'exclus volontairement la possibilité d'un acte malveillant. En revanche, même si les autorités chinoises avaient découvert que l'émergence du virus à Wuhan est due à une telle cause, il est fort probable qu'elles aient cherché à le cacher).

[B4lbu]

Est-ce que c'est incompatible avec une circulation d'un variant antérieur du SARS-CoV-2, beaucoup moins transmissible et ayant peut-être été importé à plusieurs reprises ? Eventuellement avec un Ro légèrement supérieur à 1 en hiver mais inférieur à 1 à partir du printemps. La plupart de ces 200000 infections auraient alors eu lieu durant l'hiver 2018-2019, ne donnant lieu qu'à environ 1000 décès qui pourraient avoir été attribués à d'autres causes, surtout s'ils n'ont concerné que des personnes (très) âgées (comme il y en a certainement eu en février 2020 avant qu'on découvre que le SARS-Cov-2 circulait en France). Puis cette épidémie se serait éteinte au printemps, et la prévalence serait restée stable jusqu'à l'arrivée du variant de Wuhan.

Je crois que cette interprétation vient du fait que vous tenez pour acquis que le premier cas de covid 19 est celui officiellement identifié à Wuhan en décembre 2019.
Tout ce que dit cette étude c’est que ce virus (éventuellement un léger variant mais certainement pas un ancêtre sans RBD ACE2 ou site de clivage) circulait déjà depuis quelques mois (impossible que ce soit plusieurs années d’après les résultats de la phylogénétique, c’est un virus récent), ce qui confirme d’autres observations et rumeurs circulant à l’époque :
https://www.scmp.com/news/china/soci...se-traced-back
https://www.dailymail.co.uk/news/art...ary-Games.html
https://www.commondreams.org/news/20...srael-and-nato

[yves95210]

Je crois que cette interprétation vient du fait que vous tenez pour acquis que le premier cas de covid 19 est celui officiellement identifié à Wuhan en décembre 2019.

Non, justement.
Mais que, avant l'émergence du variant de Wuhan (sans-doute durant l'automne 2019, au plus tard en novembre), un autre variant du SARS-CoV-2 avait probablement déjà circulé en Europe(*), et qu'il était nettement moins contagieux car sinon il aurait provoqué une flambée épidémique importante bien avant celle de février/mars 2020.

(*) à moins que la combinaison des tests Elisa et SN ne soit pas suffisamment sélective pour distinguer les cas dus au SARS-CoV-2 de ceux dus à d'autres coronavirus.

[Archi3]

Mais Yves si le virus etait nettement moins contagieux tout en ayant touché 1 % de la population française soit 600 000 personnes, il fallait qu'il circule depuis BIEN AVANT le mois de novembre, début 2019 voire meme depuis des années !

tout ça n'a aucun sens par rapport au virus de Wuhan, ça ne peut pas etre le meme virus et donc ca n'apporte aucune information sur l'origine du virus de Wuhan

[Archi3]

Je ne sais pas si il est clair pour tout le monde que le problème de cette étude, c'est qu'elle n'a pas sélectionné les sérums testés sur une population filtrée parce qu'elle avait eu des symptômes suspects (ce qui aurait pu effectivement faire apparaitre une toute petite population, par exemple contaminée par des voyageurs de Chine). Elle a travaillé sur un échantillon statistiquement aléatoire de la population française, sélectionné sans aucun biais par rapport au virus, et donc le taux de l'ordre de 1 % est non biaisé a priori, donc en fait ça signifie que statistiquement des dizaines de milliers de français aurait été en contact avec le virus avant novembre 2019 ?

ce serait ENORME !!!

[MissJenny]

ah ils sont pénibles ces virus à ARN! L'ARN se dégrade très vite et du coup on ne peut pas le rechercher dans les sérothèques anciennes. Dans le cas du VIH, on l'a trouvé sous forme d'ADN intégré au génome de l'hôte dans des prélèvements des années 50, ce qui a démontré qu'il circulait bien avant son émergence "officielle" dans les années 80.

[Archi3]

tu loupes le point, le VIH a un temps de croissance épidémique bien plus lent que le SARS-cov-2 : il n'y a jamais eu d'épidémie de SIDA avec un temps de doublement de 4 jours.

Ce sont les ordres de grandeurs temporels qui ne collent pas.

[yves95210]

Mais Yves si le virus etait nettement moins contagieux tout en ayant touché 1 % de la population française soit 600 000 personnes, il fallait qu'il circule depuis BIEN AVANT le mois de novembre, début 2019 voire meme depuis des années

Oui, c'est l'hypothèse que je faisais (en comptant plutôt les 0,3% positifs aux deux tests Elisa-S + SN, soit 200000 personnes). Peut-être pas des années, mais au moins depuis l'hiver 2018-2019.

tout ça n'a aucun sens par rapport au virus de Wuhan, ça ne peut pas etre le meme virus et donc ca n'apporte aucune information sur l'origine du virus de Wuhan

Pas le même variant, en tout cas. Mais un virus qui provoque une réponse immunitaire similaire, au moins dans le domaine couvert par les tests utilisés dans l'étude. D'où la question que je posais (il manquait le point d'interrogation) :
la combinaison des tests Elisa et SN est-elle suffisamment sélective pour distinguer les cas dus au SARS-CoV-2 de ceux dus à d'autres coronavirus ?

Question subsidiaire : un "ancêtre" du variant de Wuhan qui n'aurait possédé qu'une des deux mutations favorisant la transmission interhumaine a t-il pu exister et se propager même à bas bruit (avec un taux de reproduction très inférieur), en provoquant suffisant peu de cas graves de Covid pour qu'ils soient noyés dans le bruit de fond des infections respiratoires saisonnières ?

Si quelqu'un ayant des compétences en virologie et en immunologie pouvait répondre, ça serait plus clair : si la réponse à l'une ou l'autre de ces deux questions est négative, l'hypothèse tombe à l'eau (mais j'ai du mal à imaginer que les auteurs de l'étude ou ses relecteurs ne se soient pas posé ces questions).

[BrainMan]

tu loupes le point, le VIH a un temps de croissance épidémique bien plus lent que le SARS-cov-2 : il n'y a jamais eu d'épidémie de SIDA avec un temps de doublement de 4 jours.

C'est donc que :
* Soit il s'agissait de cas importés (par les voyages ou les migrations)
* Soit il s'agissait de cas importés (sinon, soit le nombre de cas diminue, soit il augmente).
ET il s'agissait de cas asymptomatiques (et il s'agissait d'une souche bénigne).

DONC si cet état ne persiste pas => Il y a eu mutation vers une souche plus transmissible et moins bénigne.

Sinon, je ne vois pas vraiment d'alternative, mais je suis ouvert à la question.

[yves95210]

Je ne sais pas si il est clair pour tout le monde que le problème de cette étude, c'est qu'elle n'a pas sélectionné les sérums testés sur une population filtrée parce qu'elle avait eu des symptômes suspects (ce qui aurait pu effectivement faire apparaitre une toute petite population, par exemple contaminée par des voyageurs de Chine). Elle a travaillé sur un échantillon statistiquement aléatoire de la population française, sélectionné sans aucun biais par rapport au virus, et donc le taux de l'ordre de 1 % est non biaisé a priori, donc en fait ça signifie que statistiquement des dizaines de milliers de français aurait été en contact avec le virus avant novembre 2019 ?

ce serait ENORME !!!

Plutôt même des centaines de milliers (entre 200000 si on prend comme critère le positivité aux deux tests et 1 million si on considère que le test Elisa est suffisamment sélectif). Mais sur combien de temps : un an (une saison hivernale), plusieurs années ?
Si par exemple le virus a été introduit en France fin 2018 et a provoqué une épidémie à bas bruit (avec un taux de reproduction à peine supérieur à 1 lors de la saison la plus propice) s'éteignant d'elle-même à l'arrivée des beaux jours, est-il improbable qu'il (n')y ait eu (que) 200000 cas en quelques mois, dont seulement quelques % donnant lieu à des symptômes graves et 0,5% (environ 1000) à des décès ?

Après tout, on sait aujourd'hui qu'il y a certainement eu des dizaines de milliers d'infections par le SARS-CoV-2 avant fin février 2020, alors qu'on était persuadés que le virus ne circulait pas encore en France, mais qu'on connaissait son existence et qu'on disposait des tests nécessaires pour le dépister. Et parmi ces cas tous ceux suffisamment graves pour donner lieu à des consultations voire des hospitalisations ont été attribués à d'autre causes...

[B4lbu]

un autre variant du SARS-CoV-2 avait probablement déjà circulé en Europe(*), et qu'il était nettement moins contagieux car sinon il aurait provoqué une flambée épidémique importante bien avant celle de février/mars 2020.

Si on avait réalisé ces tests en France en Juin -Juillet 2019 sans avoir connaissance a priori de l’existence du SRAS 2, est ce qu'on aurait pu en conclure que le SRAS 2 existait depuis plusieurs années chez l’homme, étant donné les traces de son passage malgré aucune flambée épidémique ?

un "ancêtre" du variant de Wuhan qui n'aurait possédé qu'une des deux mutations favorisant la transmission interhumaine a t-il pu exister et se propager même à bas bruit (avec un taux de reproduction très inférieur), en provoquant suffisant peu de cas graves de Covid pour qu'ils soient noyés dans le bruit de fond des infections respiratoires saisonnières ?

c'est possible qu'il y ait eu des infections très localisées géographiquement (là où il y a par exemple le RATG13) et limitées dans le temps par des lignées de virus qui n'ont jamais été identifiées, mais c'est le site de clivage qui serait à l'origine du franchissement de la barrière inter espèces qui a mené à une pandémie de SRAS2 (et pas l'inverse) :
https://link.springer.com/article/10...11-020-01151-1

The uniqueness of this furin cleavage site in the spike protein of SARS-CoV-2, as well as its conservation in all the isolates of SARS-CoV-2 circulating in human populations, suggests that it has favored, if not allowed, the crossing of the species barrier and/or the evolution of the ancestral virus into a human-to-human transmissible virus. The importance of this conservation for human-to-human transmission is supported by two further observations: First, this proteolysis site is unstable when the virus is grown on some cultured simian cells (VeroE6 strain), and second, experiments on hamsters show reduced symptom severity when the furin site is deleted (Lau et al. 2020). This suggests that a strong selection pressure is exerted on this furin site for the spread of SARS-CoV-2 in humans.

ce serait ENORME !!!

Pour ma part je retiens le chiffre de 13 / 9144 = 0.1% cumulés entre novembre et fin janvier, ce qui est moins énorme mais significatif

[Archi3]

Le probleme est que tu n'as aucune donnée temporelle permettant de mettre une date origine. Contrairement à une croissance exponentielle caractérisée où tu peux extrapoler dans le passé la courbe logarithmique pour avoir une idée approximative de la date du patient zéro (même si pour des tres petits nombre la croissance n'est surement pas exponentielle, mais ça donne une idée quand même de quand ça a démarré), là tu n'as rien qui permette d'estimer un taux de croissance avant mars.

Donc fin 2018 n'est ni plus ni moins probable que fin 2017 (suivant la durée de l'immunité), ou même qu'on a une réaction immunitaire croisée face à un virus qui existe depuis des siècles de manière endémique, avec une durée d'immunité limitée : tu ne détectes que les patients qui ont été en contact avec ce virus endémique ces derniers mois et c'est tout, il n'y a RIEN qui te permette d'estimer une date selon moi !

Et ça n'apprend rien sur l'origine de la mutation ayant conduit au virus de Wuhan, et ça ne répond en rien au probleme de la coïncidence avec les recherches sur les coronavirus faits dans cette ville. Je pense de plus en plus que c'est une fausse piste.

[MissJenny]

Je ne loupe aucun point, je n'ai pas dit que le SARS-cov2 circulait depuis longtemps. J'ai voulu dire que contrairement au cas du VIH, on n'aura jamais la preuve tangible de sa présence dans la population humaine à telle date. On n'aura que des estimations via le temps de divergence des différents variants. Quant au "temps de doublement" c'est encore un concept issu des modèles mathématiques, et qui n'a que peu de lien avec la réalité.

[yves95210]

Le probleme est que tu n'as aucune donnée temporelle permettant de mettre une date origine. Contrairement à une croissance exponentielle caractérisée où tu peux extrapoler dans le passé la courbe logarithmique pour avoir une idée approximative de la date du patient zéro (même si pour des tres petits nombre la croissance n'est surement pas exponentielle, mais ça donne une idée quand même de quand ça a démarré), là tu n'as rien qui permette d'estimer un taux de croissance avant mars.

Donc fin 2018 n'est ni plus ni moins probable que fin 2017 (suivant la durée de l'immunité), ou même qu'on a une réaction immunitaire croisée face à un virus qui existe depuis des siècles de manière endémique, avec une durée d'immunité limitée : tu ne détectes que les patients qui ont été en contact avec ce virus endémique ces derniers mois et c'est tout, il n'y a RIEN qui te permette d'estimer une date selon moi !

Mais je suis d'accord avec tout ça. La seule contrainte est que le virus n'ait pas été assez contagieux pour provoquer une épidémie comparable avec celle de 2020. Je donnais juste l'exemple possible (parmi d'autres) d'une introduction du virus durant l'automne 2018, avec un taux de reproduction compris entre 1 et 1,5 durant la saison hivernale et tombant en-dessous de 1 au cours du printemps (comme on a constaté que le taux de reproduction du SARS-Cov-2 avait baissé l'été dernier un peu partout en Europe puis était remonté au début de l'automne à mesures équivalentes).
Par exemple avec Ro=1,5 et un temps de génération de 6 jours, il faut 6 mois pour que 200000 personnes soient infectées à partir d'un unique patient zéro. Et je suis prêt à parier que, sans se douter de l'existence d'un nouveau virus, une telle épidémie aurait pu passer inaperçue (des millions de personnes chopent la grippe chaque hiver, et 10000 à 15000 en meurent), comme celle de 2020 est restée sous les radars jusqu'à fin février.

Et ça n'apprend rien sur l'origine de la mutation ayant conduit au virus de Wuhan, et ça ne répond en rien au probleme de la coïncidence avec les recherches sur les coronavirus faits dans cette ville. Je pense de plus en plus que c'est une fausse piste.

Je ne prétendais pas répondre à cette question (même si c'est le sujet du fil). Mais le fait qu'un variant du même virus circulait déjà en Europe avant la flambée épidémique de Wuhan (même si on date le début de celle-ci en octobre/novembre 2019) apporte un autre éclairage.

[yves95210]

Je ne loupe aucun point, je n'ai pas dit que le SARS-cov2 circulait depuis longtemps. J'ai voulu dire que contrairement au cas du VIH, on n'aura jamais la preuve tangible de sa présence dans la population humaine à telle date.

Cela dépend de la réponse à la question que je posais plus haut à propos de la sélectivité des tests sérologiques, puisqu'on dispose (en France mais probablement aussi ailleurs) de prélèvements effectués depuis plusieurs années avant 2020 sur une cohorte représentative de la population.
Qu'est-ce qui empêcherait de réaliser les mêmes tests sur quelques milliers prélèvements effectués début 2019, 2018, etc. jusqu'à tomber sur un résultat nul (aucun positif aux tests)?

[Archi3]

Je ne loupe aucun point, je n'ai pas dit que le SARS-cov2 circulait depuis longtemps. J'ai voulu dire que contrairement au cas du VIH, on n'aura jamais la preuve tangible de sa présence dans la population humaine à telle date. On n'aura que des estimations via le temps de divergence des différents variants. Quant au "temps de doublement" c'est encore un concept issu des modèles mathématiques, et qui n'a que peu de lien avec la réalité.

bah écoute je t'ai donné des liens sur des courbes montrant clairement que les courbes en logarithme sont des "droites par morceaux", donc bien sur que si, le temps de doublement a un sens, meme si sa valeur change au gré des mesures prises et des possibles immunités locales, il garde un sens.

Personnellement j'ai pu dire mi-septembre que si on continuait à ce rythme, on reconfinerait dans un mois ou deux. Alors soit j'ai été inspiré par une parole divine (peu probable à mon avis, je ne me risquerai pas à le proclamer en tout cas ), soit l'estimation que je faisais avec le temps de doublement et les capacités en réa avait du sens.
La plupart des malades restent contagieux pendant une semaine, et le R moyen était de 3 avant qu'on s'en méfie, donc je ne vois pas comment des centaines de milliers de personnes auraient pu être infectées en France sans déclencher aucun pic épidémique visible aux urgences. Les premiers à avoir donné l'alarme en mars ont été les médecins et les services d'urgence voyant augmenter à vue d'oeil le nombre de malades affluant dans leurs services, je n'imagine pas comment on aurait pu rester un an sans que ça se produise. Donc ce n'est très probablement pas le même virus qui avait touché 1% de la population française, et pas plus, pendant des mois.

[Archi3]

Qu'est-ce qui empêcherait de réaliser les mêmes tests sur quelques milliers prélèvements effectués début 2019, 2018, etc. jusqu'à tomber sur un résultat nul (aucun positif aux tests)?

si ils ont gardé les échantillons, ça me parait meme indispensable à faire pour vérifier la date d'apparition de ces "séro-positifs".

[FabiFlam]

Bonjour,

A lire cette discussion, il me semble que toute la problématique des tests sérologiques est qu'ils sont calibrés pour donner le moins possible de faux négatifs sur des cohortes de personnes dont on sait qu'elles ont été infectés et le moins possible de faux positifs sur une cohorte qui n'a pas présenté de symptômes et n'a pas été "à priori" en contact avec l'infection.

On aura toujours une "zone grise" plus ou moins large dans laquelle on peut choisir le seuil de détection: si on le choisit haut on risque d'avoir plus de faux négatifs, si on le choisit bas on aura davantage de faux positifs.

En l'absence de gold standard, on est obligé de faire des hypothèses sur la prévalence de l'infection pour faire cette calibration. Si on surestime la prévalence, on aura tendance à baisser le seuil de détection alors que si on la sous-estime on va l'élever.

Ca pose clairement un problème lorsqu'on fait des sérologies en population générale sur des personnes dont on ne sait pas si elles ont été en contact avec l'infection et si elles ont eu des symptômes. Avec une spécificité de 99% sur 10000 personnes, on peut très bien avoir plusieurs faux positifs et avec une sensibilité de 90% si on a une prévalence de 1% on peut aussi avoir un nombre équivalent de faux négatifs. Du coup on ne sait plus très bien où on en est

Par ailleurs ça pose aussi un problème pour des infections dont la prévalence se modifie au cours du temps: si la prévalence a augmenté l'utilisation de tests calibrés sur la période actuelle pour tester une période passée va donner un nombre de faux positifs éventuellement plus élevé sur cette période passée. Je pense que l'utilisation de 2 tests indépendants permet de s'affranchir en partie de cette problématique, mais je ne sais pas concrètement comment on règle ce problème du seuil de détection lorsqu'on n'a pas de gold standard comme c'est le cas pour le COVID19.

Du coup, Yves je pense que même si on remonte dans le temps (2019,2018,2017, etc ...) on trouvera toujours des test positifs, sauf à élever le seuil de détection jusqu'à ce qu'on n'en trouve plus, ce qui limite l'intérêt de l'exercice.

FabiFlam

[yves95210]

Bonjour,

A lire cette discussion, il me semble que toute la problématique des tests sérologiques est qu'ils sont calibrés pour donner le moins possible de faux négatifs sur des cohortes de personnes dont on sait qu'elles ont été infectés et le moins possible de faux positifs sur une cohorte qui n'a pas présenté de symptômes et n'a pas été "à priori" en contact avec l'infection.

On aura toujours une "zone grise" plus ou moins large dans laquelle on peut choisir le seuil de détection: si on le choisit haut on risque d'avoir plus de faux négatifs, si on le choisit bas on aura davantage de faux positifs.
(...)
Du coup, Yves je pense que même si on remonte dans le temps (2019,2018,2017, etc ...) on trouvera toujours des test positifs, sauf à élever le seuil de détection jusqu'à ce qu'on n'en trouve plus, ce qui limite l'intérêt de l'exercice.

C'est peut-être de la naïveté de ma part, mais il me semble que les chercheurs qui réalisent ce type d'étude et leurs pairs qui relisent leur papier avant sa publication doivent être conscients de l'existence de ces biais.
Ce n'est pas pour rien que la méthode qu'ils ont choisie nécessite deux tests, et qu'ils n'ont retenu finalement que les 13 cas de novembre/décembre 2019 positifs aux deux tests. Ils citent une autre étude, lors de laquelle la spécificité du test SN avec un titre>40 a été évaluée à 100% (aucun cas positif) sur des échantillons de sang prélevés en 2017/2018.
J'ai quand-même noté que cette évaluation a été faite sur seulement 464 prélèvements. C'est un peu court pour garantir qu'il ne peut pas y avoir quelques 0,1% de faux-positifs, ce qui pose problème dans le cas présent puisque c'est l'ordre de grandeur du taux de positivité trouvé sur les prélèvements de nov/déc 2019. Mais c'est la probabilité que les deux tests donnent un faux-positif sur le même échantillon qu'il faut considérer, sachant que la spécificité du test ELISA a été évaluée à 99% (IC95: 97-100) avec le cut-off choisi. Elle ne doit pas être bien grande.
D'autre part sur les 13 participants positifs aux deux tests, la moitié avaient eu des symptômes compatibles avec le Covid ou un contact proche ayant une personne présentant des symptômes. Même si ces symptômes ne sont pas spécifiques, cela fait un certain nombre d'indices qui convergent vers une détection assez fiable (et pas forcément exhaustive) des personnes ayant effectivement été infectées.

Une remarque supplémentaire (pour répondre à Archi3) : parmi ces 13 participants, ceux qui se souvenaient avoir eu des symptômes (ou un contact symptomatique) les avaient eu au plus tôt en octobre 2019 (et un autre, asymptomatique, avait voyagé deux mois en Asie entre octobre et décembre). A moins que le taux d'anticorps diminue très vite, au point que les tests donnent beaucoup de faux-négatifs sur des prélèvements effectués deux mois après l'infection, cela va dans le sens d'une introduction du virus en France assez récente, et non d'un épisode datant par ex. de début 2019 comme je l'avais suggéré. Mais dans ce cas, je suis d'accord avec Archi3, ce n'est pas facile d'expliquer que 0,3% de la population aient déjà été contaminés, ni que ce taux semble ne pas augmenter en nov. et déc. 2019.

[B4lbu]

Bonjour,

ce n'est pas facile d'expliquer que 0,3% de la population aient déjà été contaminés, ni que ce taux semble ne pas augmenter en nov. et déc. 2019.

le nombre de "vrais positifs" (2 1iere semaine de Nov, 0 2ième, 3 3ième, 2 4ième, etc) me semble trop faible pour estimer un taux de variation, même en cumulant sur chaque mois : si on calculait la significativité des différences de valeurs moyennes, on trouverait certainement une p value très mauvaise

par ailleurs une estimation de 0.1% de personnes infectées au total entre novembre et fin janvier, ça ne me semble pas incompatible avec une flambée épidémique en mars

[Archi3]

Bonjour,


le nombre de "vrais positifs" (2 1iere semaine de Nov, 0 2ième, 3 3ième, 2 4ième, etc) me semble trop faible pour estimer un taux de variation, même en cumulant sur chaque mois : si on calculait la significativité des différences de valeurs moyennes, on trouverait certainement une p value très mauvaise

c'est certainement incompatible avec un temps de doublement inférieur à une semaine (qui ferait une multiplication par au moins 16 en un mois et d'au moins par 4000 en 3 mois !!)

[yves95210]

c'est certainement incompatible avec un temps de doublement inférieur à une semaine (qui ferait une multiplication par au moins 16 en un mois et d'au moins par 4000 en 3 mois !!)

C'est bien pour ça que je faisais l'hypothèse d'un variant moins contagieux, qui aurait été supplanté par celui de Wuhan, en Chine dès l'automne 2019 et en Europe début 2020. Mais ça ne marche pas non plus : pour que la prévalence ait atteint 0,3% en novembre (200000 infectés en France), il faudrait
que son Ro soit quand-même assez élevé (par ex. Ro=2 pourrait conduire à 200000 infections en 3 mois à partir d'un unique patient zéro, ou plus rapidement s'il y avait eu plusieurs introductions du virus). Mais dans ce cas on devrait constater une progression importante entre novembre et décembre.
Donc il y a bien quelque-chose qui cloche…

[BrainMan]

Donc il y a bien quelque-chose qui cloche…

?

3eme essai...
Une importation constante d'un variant, qui ne prend pas pied, via tourisme, immigration, surgelé, que sais-je, ne vous semble pas être une hypothèse envisageable ?

[Archi3]

si, ou d'un réservoir animal peu contaminant qui arrive à contaminer de temps en temps des gens , possesseur de pangolins ou de visons ( ), qui fait qu'on a environ 0,1 % de la population porteurs d'anticorps ressemblant à ceux de la covid. Du coup il est possible qu'on aurait eu les mêmes taux à n'importe quel moment, même des années avant. En tout cas d'après les infos disponibles ce n'est pas exclus. Si ce n'est pas le cas ça veut dire effectivement que ce virus etait pas trop ancien mais pas tres contagieux.

[yves95210]

Une importation constante d'un variant, qui ne prend pas pied, via tourisme, immigration, surgelé, que sais-je, ne vous semble pas être une hypothèse envisageable ?

Pour qu'il ne prenne pas pied mais arrive quand-même à infecter 0,3% de la population, il faudrait à la fois qu'il soit peu contagieux (Ro<1, de manière que les chaînes de contamination s'éteignent, mais assez proche de 1 pour qu'il en existe d'assez importantes), et qu'il y ait un grand nombre d'importations. Mais d'où viendraient ces importations ?
D'un pays où le Ro de ce variant serait supérieur à 1 (pour des raisons sociales ou génétiques ou climatiques, etc.) ? Mais dans ce cas il devrait y donner lieu à une épidémie visible.
Ou du réservoir animal d'un virus transmissible à l'homme (et entre humains, mais avec la même condition Ro<1 et R≃1 que ci-dessus), depuis lequel les contaminations seraient fréquentes ?

ça fait quand-même beaucoup d'hypothèses…

EDIT : croisement avec Archi3. Mais on dit la même chose.