Actu - Le coronavirus est-il d’origine naturelle ou issu d’un laboratoire ? Décryptage avec le virol

[invite7a0a8d2e]

Pour qu'il ne prenne pas pied mais arrive quand-même à infecter 0,3% de la population, il faudrait à la fois qu'il soit peu contagieux (Ro<1, de manière que les chaînes de contamination s'éteignent, mais assez proche de 1 pour qu'il en existe d'assez importantes), et qu'il y ait un grand nombre d'importations.

En fait non (du moins c'est ce qui m'apparait assez intuitivement), la contamination peut être constante, faible, avec une re contamination in situ quasi nulle (R<0.1) et pourtant présenter un taux non négligeable au sein de la population.

Ca dépend du "taux d'extinction" de la contamination, sachant qu'un contaminé peut continuer à être testé comme tel pendant un certain nombre de mois (peut être 2 ans).

Ce qui explique d'autre part une constance du taux de contamination car il s’établit alors un équilibre entre un nombre de cas importé par unité de temps (faible certes) et un nombre de cas qui sortent de la "testabilité" dans la population infectée.
On peut d'ailleurs calculer le nombre de cas importé par unité de temps si on connait le taux de décroissance de la testabilité. et le taux détecté dans la population.

Mais d'où viendraient ces importations ?

Faible contamination, j'aurais dit des voyages touristiques principalement.

D'un pays où le Ro de ce variant serait supérieur à 1 (pour des raisons sociales ou génétiques ou climatiques, etc.) ? Mais dans ce cas il devrait y donner lieu à une épidémie visible.

Difficile de se prononcer.

Ou du réservoir animal d'un virus transmissible à l'homme (et entre humains, mais avec la même condition Ro<1 et R≃1 que ci-dessus), depuis lequel les contaminations seraient fréquentes ?

Je pencherais pour cette hypothèse, le réservoir animal.
-----

[thich38]

Du nouveau avec cette publication de l'université de Hambourg.
C'est en allemand mais une traduction automatique permet de comprendre facilement: pour ce chercheurs l'origine d'une manipulation en laboratoire ne fait presque aucun doute:

https://www.uni-hamburg.de/newsroom/.../2021/pm8.html

Une étude signée par Roland Wiesendanger menée de janvier à décembre 2020. ça a l'air plutôt sérieux et solide, si quelqu'un parle allemand et peut éplucher cette publi?

[GBo]

Publication non peer-reviewée d'un expert ... en nanotechnologies. Verschwenden Sie nicht Ihre Zeit.

[Archi3]

Du nouveau avec cette publication de l'université de Hambourg.
C'est en allemand mais une traduction automatique permet de comprendre facilement: pour ce chercheurs l'origine d'une manipulation en laboratoire ne fait presque aucun doute:

https://www.uni-hamburg.de/newsroom/.../2021/pm8.html

Ca reprend les arguments déjà présentés ici :
* toujours pas d'hôte intermédiaire avec un virus suffisamment proche identifié, contrairement au premier SARS et au MERS
* adaptation étonnamment bonne à l'infection des cellules humaines (affinité pour l'ACE-2 et site de clivage par la furine )
* pas de vente de chauve-souris sur le marché de Wuhan, en revanche, il y en avait plein dans l' institut de virologie ..leur habitat naturel étant à 2000 km
* Existence d'une équipe de recherche menant des études sur les coronavirus, en les modifiant exprès pour les rendre plus contagieux pour les cellules humaines
* Plein de failles de sécurité déjà relevées sur cet institut
* apparemment il y aurait eu une enquête sur l'institut dès octobre 2019, date qui semble la plus probable sur le début de l'épidémie.

Pas de preuve mais quand meme donc un faisceau de coïncidences troublantes, et surtout, on n'a pas vraiment d'élément expliquant pourquoi ce serait exclus ...

[Archi3]

Publication non peer-reviewée d'un expert ... en nanotechnologies. Verschwenden Sie nicht Ihre Zeit.

c'est normal, il n'y a pas de faits scientifiques publiables là dedans. Les enquêtes de police ne font non plus jamais l'objet de publication peer-reviewed. Ca n'empêche pas d'y réfléchir.

[GBo]

Arrête ton char archi, le papier est sur Researchgate, avec un DOI, ce qui permet de bénéficier de la mention automatique et ronflante suivante:

"Preprints and early-stage research may not have been peer reviewed yet."

https://www.researchgate.net/publica...wFulltext=true

Donc contrairement à un travail policier, il y a bien ici ambiguîté dans la forme, laquelle peut faire prendre ce papier pour une étude scientifique par le profane, ambiguïté que l'on peut supposer volontaire au moins en tant que faire-valoir pour l'auteur.

[Archi3]

bah il n'y a rien de vraiment nouveau dans ce papier, juste une collation de faits qu'on avait tous déjà évoqués ici.
Sur le peer-reviewed, on a déjà eu l'occasion de voir que ce n'était pas un critère de vérité non plus. Et l'absence pas un critère de fausseté (le bouquin de Copernic n'avait pas été peer-reviewed à ma connaissance !). ca améliore surement statistiquement la fiabilité des articles , mais c'est juste statistique.

Bon sur le fond : il y a indéniablement des coïncidences qui (sans être des preuves bien sûr) semblent augmenter l'estimation de vraisemblance qu'il soit issu du WIV.

Il y a peut etre des éléments qui abaissent cette vraisemblance : lesquels ? quels faits rendent cette hypothèse peu vraisemblable ?

[thich38]

je voulais savoir si quelqu'un est capable de lire et comprendre l'intégralité de cette publication, effectivement l'abstract n'a pas l'air de montrer de grandes nouveautés mais dans les détails il y a peut-être des choses intéressantes? De plus c'est paru sur le site de l'université avec un communiqué de presse, ça n'est pas juste une video youtube comme certains "grands savants" ont pu le faire auparavant.
je cite la conclusion :" l'enquête a été L'étude a été achevée en janvier 2021 et initialement distribuée et discutée dans les cercles scientifiques. Le but de la publication est de stimuler une large discussion, en particulier en ce qui concerne les aspects éthiques de la recherche dite «de gain de fonction», qui rend les pathogènes plus contagieux, dangereux et mortels pour l'homme. "Cela ne peut plus être uniquement l'affaire d'un petit groupe de scientifiques, mais doit devenir de toute urgence le sujet d'un débat public", déclare l'auteur de l'étude". Je me demande de quels "cercles scientifiques" il s'agit et si l'étude a été commentée par ailleurs?

[thich38]

Je suis en train de regarder les réactions dans la presse et le boulot de Wiesendanger est très critiqué, donc a priori de très neuf dans ce papier qui ne fait que compiler différentes sources sans rien apporter.

[Archi3]

J'ai lu une de ces réfutations : https://medium.com/beingwell/fact-ch...y-cee86f9609c4
prétendant faire du "fact checking".

En réalité elle ne conteste pas de fait, elle conteste l'interprétation qui en est donnée. Elle conteste en particulier le fait que ces faits puissent être considérés comme "une preuve absolue" que le virus vient du WIV, et pour résumer , elle dit que " ça pourrait aussi se passer si il avait une origine naturelle".

Ce qui est exact je pense, aucun des faits ni même la collection des faits ne prouve absolument que le virus vient bien du laboratoire. Mais si on raisonne de façon plus "douce", en se demandant si ça en augmente la probabilité bayesienne, la réponse est indubitablement "oui", parce que meme si la probabilité n'est pas du 1 contre 0, tous ces faits sont indubitablement plus probables d'arriver si le virus est issu du laboratoire que si il ne l'est pas. Par exemple l'absence d'hôte naturel identifié est certaine dans l'hypothèse labo, et seulement possible (l'hôte existe mais n'est pas encore connu) dans l'autre hypothèse. Le fait que l'épidémie arrive dans une ville où il y a un laboratoire travaillant sur les coronavirus est quasiment certaine dans l'hypothèse labo (quasiment car il y a des cas rares possibles où par exemple un visiteur aurait pu etre contaminé et prendre l'avion le lendemain en ramener le virus ailleurs), mais tres improbable dans le cas naturel vu le petit nombre de villes où il y a des labos de virologie travaillant sur les coronavirus.

Ainsi globalement ces faits augmentent notablement la vraisemblance de l'hypothèse labo. Après on est d'accord pour faire très attention à ce genre de raisonnement, je suis le premier à le dire. Par exemple on peut avoir un biais de sélection "oubliant" des faits contraires. C'est pour ça que je demande, en regard : quels sont les faits qui dévaluent l'hypothèse labo, et donc qui doivent être à l'envers "bien plus improbables dans l'hypothèse labo que dans l'hypothèse naturelle" ? (par exemple Ebola étant d'abord détecté dans les environs des forets équatoriales , c'est bien plus probable que ça se passe avec une contamination naturelle que venant d'un labo P4 !).

Le problème est que je n'en vois pas. Dans la réfutation ci-dessus, il n'y a pas de fait "très improbable dans l'hypothèse labo". Les dénégations issues de chercheurs impliqués dans ces recherches ne sont pas un élément fort, car elles ne seraient pas improbables si c'était leur recherche meme qui est mise en cause (ça reviendrait à dire "si un enfant nie avoir mangé en cachette du Nutella, c'est un élément fort pour le croire"). Ils disent "y a eu des erreurs de sécurité mais pas dans l'aile P4", mais ça, c'est une affirmation gratuite sans faits objectifs donnés. Les considérations sur la thématique de recherche de l'auteur de l'étude ne changent rien à la probabilité des faits rapportés, si on ne dément pas ces faits.

Donc il reste quoi qui rend "très improbable" cette hypothèse ?

[Archi3]

Le site US-RTK (US Right to know) publie entre autre des emails entre des scientifiques impliqués dans ces recherches, Peter Daszak qui a dirigé la commission d'enquête de l'OMS, et un chercheur pionnier dans la manipulation des virus, Ralph Baric, s'interrogeant sur l'opportunité de signer ou non la déclaration du Lancet tentant de "debunker" l'hypothèse labo. Finalement Daszak a signé en position "neutre" et Baric n'a pas signé. Dans sa réponse, Baric dit être d'accord pour ne pas signer "Sinon, cela semble être intéressé et nous perdons de l'impact."

https://usrtk.org/biohazards-blog/no...atement-ralph/

Traduction française automatique (avec des petites erreurs) : https://usrtk.org/fr/biohazards-blog...atement-ralph/

J'ai regardé un peu le site US-RTK, il est d'inspiration "lanceur d'alerte" à la Assange mais au début plutot contre les OGM et les grandes firmes américaines. Il a été accusé de défendre des médecines parallèles ou autres démarches pas très scientifiques ( https://geneticliteracyproject.org/g...s-researchers/ ) , mais à la limite là encore ce n'est pas la question. Si ces mails sont véridiques, ils montrent sans aucune contestation possible que des chercheurs comme Baric et Daszak ne sont pas neutres dans le débat car cela peut remettre en cause le principe même des recherches sur lesquelles ils ont bâti leur carrière : des manipulations sur les virus pour fabriquer artificiellement des souches plus virulentes pour élucider les mécanismes de virulence, bien sûr pour s'en protéger, mais ces recherches avaient déjà été dénoncées comme dangereuses par leurs collègues dans le passé.

Ils n'ont donc aucunement un jugement "neutre", et il faut prendre tous leurs jugements en tenant compte de ce conflit d'interêt.

[Archi3]

je trouve d'ailleurs totalement scandaleux et non déontologique d'avoir confié la mission d'enquête à un chercheur travaillant sur le sujet et collaborant avec l'institut ...

[Tawahi-Kiwi]

Donc il reste quoi qui rend "très improbable" cette hypothèse ?

Sais pas trop, mais vu la taille de Wuhan et sa position en Chine, cela ne me semble pas improbable qu'une epidemie ne prenne de l'ampleur que la, et pas dans une ville regionale de taille moyenne. RaTG13 a ete trouve au Yunnan, mais je ne sais pas si cela veut dire qu'il n'est present que dans cette province . Si il y a des grottes pleines de chauves souris qui toussent dans la province d'Hubei, c'est tres different que si c'etait un spillover d'un coronavirus de chauve-souris amazonienne qui serait apparu au milieu de la Chine.

J'ai du mal a trouver des infos sur le type de SARS-CoV-2 a Wuhan en Decembre 2019. Si le type A (le plus ancestral, le plus proche des SARS de chauve-souris) ne domine pas pour les cas les plus anciens, ca ne renforce pas particulierement l'hypothese de l'echappé du labo. Alors que cette souche se trouvait abondemment ailleurs en Chine et sur d'autres continents.
https://www.pnas.org/content/pnas/ea...99117.full.pdf

T-K

[Archi3]

Sais pas trop, mais vu la taille de Wuhan et sa position en Chine, cela ne me semble pas improbable qu'une epidemie ne prenne de l'ampleur que la, et pas dans une ville regionale de taille moyenne.

ce n'était pas la question que je posais. Je n'ai pas dit que les faits connus étaient tous improbables dans l'hypothèse d'une contamination naturelle, j'ai dit qu'ils tendaient à renforcer l'hypothèse labo car ils étaient plus probables dans cette hypothèse que dans l'hypothèse opposée. Meme si tu ne considères que les villes de la taille de Wuhan, il y en a encore beaucoup en Chine. Mais la question que je posais était : y a-t-il un fait connu qui aurait été très improbable si le virus s'était échappé du WIV ? (j'ai donné l'exemple d'Ebola, si le premier malade identifié avait été dans une région sauvage, évidemment ça rendrait l'hypothèse du labo improbable). Mais pour le moment je n'ai pas identifié de fait connu et improbable en cas d'une contamination en laboratoire.

[MissJenny]

Le premier malade repéré n'est pas nécessairement le premier malade.

[Archi3]

ça n'empêche pas que SI le premier malade détecté avait été dans une région sauvage, ça aurait diminué la probabilité de l'hypothèse labo (mais ça n'a pas été le cas).

Aucun fait connu ne prouve aucune des hypothèses (sinon on n'en discuterait pas). Ce que je discute ici, c'est si les différents faits connus favorisent l'hypothèse labo ou l'hypothèse naturelle. Il y a un certain nombre de faits qui favorisent l'hypothèse labo, a priori je n'en vois pas qui la défavorisent. Apres comme toute réévaluation bayesienne on peut supposer un "prior" très défavorable à l'hypothèse labo et la considérer comme encore improbable, même après toutes les réévaluations, mais est ce que le "prior" est si improbable que ça ?

[Tawahi-Kiwi]

ce n'était pas la question que je posais.

Oui, c'etait juste une phrase que j'ai commence, puis a la reflexion, c'est un argument neutre...mais je l'ai laisse.

Reste la seconde partie. Si les cas les plus anciens de Wuhan ne sont pas majoritairement de type A et que l'on trouve des type A ailleurs, dominants le debut de l'epidemie, sachant que le type A est le plus ancestral, le plus proche de la souche chiropterienne originelle, alors il n'y a aucune raison dans un tel cas de figure de penser que l'epidemie vient de Wuhan? non?
Je ne suis pas parvenu a confirmer cela, simplement que la majorite des cas de Decembre a Wuhan etaient de type B.
Cela n'est pas une argument fort contre l'hypothese labo, mais cela rendrait Wuhan non significatif comme point d'origine de l'epidemie.

T-K

[Archi3]

Oui, c'etait juste une phrase que j'ai commence, puis a la reflexion, c'est un argument neutre...mais je l'ai laisse.

Reste la seconde partie. Si les cas les plus anciens de Wuhan ne sont pas majoritairement de type A et que l'on trouve des type A ailleurs, dominants le debut de l'epidemie, sachant que le type A est le plus ancestral, le plus proche de la souche chiropterienne originelle, alors il n'y a aucune raison dans un tel cas de figure de penser que l'epidemie vient de Wuhan? non?

là comme ça ta conclusion ne me parait pas évidente, et l'article ne mentionne aucun doute à ce sujet basé sur cette remarque, donc ça ne doit pas être évident pour eux, sinon ce serait présenté comme un résultat majeur de l'étude il me semble. Quelle origine plus probable que Wuhan vois tu ?

[Archi3]

PS j'ai peut etre mal compris mais il me semble que ton papier compte le nombre de génomes différents et pas le nombre de cas, ou as tu vu l'info sur le nombre de cas ?

[MissJenny]

ça n'empêche pas que SI le premier malade détecté avait été dans une région sauvage, ça aurait diminué la probabilité de l'hypothèse labo (mais ça n'a pas été le cas).

mais il ne pouvait pas être détecté dans une région sauvage. Ca n'est pas dans un dispensaire de brousse qu'on va détecter l'apparition d'un nouveau virus.

[serge 31600]

Bonjour.
Voila plus d'un an et demi que le virus serait apparu. J'utilise le conditionnel car tous les articles parcourus le font, il serait apparu, se serait tel animal, serait-il issu d'un labo. Tant que nous serons au niveau des hypothèses, le complotisme et le covid auront la vie belle.
" « Étudier l'origine d'un virus relève de la démarche scientifique. Il n'y a là rien de politique et encore moins de complotiste. Les scientifiques doivent s'intéresser aux faits. Et à ce qui peut leur permettre de trier les différentes hypothèses mises sur la table. Nous disposons d'outils efficaces pour y parvenir. À nous, scientifiques, de mener une recherche rigoureuse, dénuée de tout préjugé, souligne Étienne Decroly."

Il semblerait que les laboratoires pharmaceutiques soient plus rapides, mais là il s'agit de milliards engrangés et non pas alloués.

Pendant que les scientifiques continuent d'étudier, comment un virus peut être transmit d'un animal à un humain ? Par voie aérienne, par morsure, pas en étant mangé je suppose. J'aurais pu demander à l''OMS, mais je n'ai pas le temps d'attendre la réponse.

[Archi3]

mais il ne pouvait pas être détecté dans une région sauvage. Ca n'est pas dans un dispensaire de brousse qu'on va détecter l'apparition d'un nouveau virus.

relis bien ma phrase "ça n'empêche pas que SI le premier malade détecté avait été dans une région sauvage," ne veut pas dire que la détection aurait été faite dans un dispensaire de brousse. J'ai donné l'exemple d'Ebola, tu ne vois pas la différence ? il y n'a pas de proximité géographique entre les cas d'Ebola et un laboratoire P4 travaillant sur Ebola, alors qu'il y en a une sur la covid-19.

[papy-alain]

Un virus qui ne donne aucun symptôme peut circuler des années sans qu'on s'en aperçoive. Puis, une mutation survient, le rendant plus virulent, et hop, c'est parti. Il est dés lors pratiquement impossible de retrouver son origine, naturelle ou pas.

[serge 31600]

L'article de Futura ce matin nous dit que c'est à Barcelone au printemps 19 que l'on aurait retrouvé des traces, puis en Italie, sans que ça n'inquiète personnes.
Par contre comment se produit l'arrivée de nouveaux variants, cela induirait que les gènes des contrées ou il se transforme serait responsables de ces variations.

[Tawahi-Kiwi]

PS j'ai peut etre mal compris mais il me semble que ton papier compte le nombre de génomes différents et pas le nombre de cas, ou as tu vu l'info sur le nombre de cas ?

Dans les donnees supplementaires, il y a date, localisation et variete detectee.

Ca commence le 24 decembre 2019 a Wuhan, tout les cas detectes sont de type B, jusqu'au 5 janvier ou ils ont choppe un type A a Wuhan.
Mais des le 10, 11 et 13 janvier, ils ont 3 type A a Shenzhen; 14 et 15 janvier, 3 type A a Canton; des le 18 janvier, le premier cas americain est de type A (meme s'il vient de Wuhan) et ca continue internationallement avec des type A un peu partout (ainsi que B et eventuellement C evidemment).

Tout ca pour dire que je m'attendrais a voir essentiellement des type A a Wuhan au debut si tout sortait de la (avec tout ce que je peux comprendre de la virologie et de l'epidiemologie, ce qui n'est pas grand chose au final). Mais tout cela me semble statistiquement un peu faible (et ne remonte probablement pas assez loin dans le temps) pour etre vraiment utile. Mais a chercher quelque chose qui exclut Wuhan (et son labo) comme point de depart, je creuserais ce genre de donnees (pour peu qu'elles existent).

T-K

[Archi3]

déjà je ne cherche pas à creuser quelque chose en particulier, je parle juste des faits attestés.
Ton interprétation me parait assez hâtive et personnelle (et donc si on veut te taquiner, hors charte), vu qu'il n'est nulle part mentionné dans l'article que les données collectées remettraient en cause une origine à Wuhan, origine qui est plusieurs fois évoquée dans l'article. Si le raisonnement était aussi simple que ça , ca aurait été dit par cet article et d'autres non ?
Il faudrait éclaircir ces données, c'est curieux car le terme "ancestral" n'est employé dans le tableau que pour le type B et pas pour le type A, alors que dans l'article c'est le type A qui est considéré comme ancestral. A part ça, il me semble qu'on peut facilement imaginer des scénarios dans lequel le virus commence à se propager comme typa A à Wuhan, diffuse silencieusement dans le reste de la Chine, puis subit une mutation B à Wuhan, plus contagieuse, et qui prend le dessus mais n'a pas encore diffusé ailleurs au moment des prélèvements (tout à fait analogue au variant anglais qui est devenu majoritaire en janvier en UK alors qu'en France il restait minoritaire, donc si on analysait au hasard une personne en Angleterre et une en France, il y a avait plus de chance de trouver une source historique en France).

[Tawahi-Kiwi]

Ton interprétation me parait assez hâtive et personnelle (et donc si on veut te taquiner, hors charte), vu qu'il n'est nulle part mentionné dans l'article que les données collectées remettraient en cause une origine à Wuhan, origine qui est plusieurs fois évoquée dans l'article.

T'es quand meme un peu gonfle. J'essaie ne pas te laisser tout seul parler dans ton coin (peut etre que je devrais), en suggerant des donnees qui rendrait l'hypothese de labo tres improbable (en rendant Wuhan non significatif). Je fournis un lien vers un papier sur les differentes souches de SARS-CoV-2 au debut de l'epidemie comme base, tout en faisant bien remarquer dans mes 3 derniers messages que ca manque de donnees pour dire quoi que ce soit. Et que meme si les donnees etaient disponibles, je ne suis pas qualifie pour m'assurer que l'interpretation serait correcte....alors, je vais gentillement te laisser en plan. J'ai autre chose a faire; ciao.

T-K

[Archi3]

T'es quand meme un peu gonfle. J'essaie ne pas te laisser tout seul parler dans ton coin (peut etre que je devrais), en suggerant des donnees qui rendrait l'hypothese de labo tres improbable (en rendant Wuhan non significatif). Je fournis un lien vers un papier sur les differentes souches de SARS-CoV-2 au debut de l'epidemie comme base, tout en faisant bien remarquer dans mes 3 derniers messages que ca manque de donnees pour dire quoi que ce soit.

bah c'était une petite taquinerie, bien en dessous ce que j'ai entendu pour ma part ! c'est gentil d'avoir tenté une réponse, mais tu admets toi même que ces faits n'ont nulle part été utilisés pour dire que ça rendrait improbable une origine placée à Wuhan, donc voila on est revenu au point de départ : il n'y a pas de faits connus qui rendent improbable l'hypothèse d'une fuite issue d'un laboratoire de Wuhan. Ca ne veut pas dire qu'il n'y en aura pas, mais pour le moment on n'en connait pas. Donc rien ne permet de conclure qu'il est "très improbable" que le virus ait fuité d'un labo, contrairement à ce qu'a prétendu la commission d'enquête (dirigée par quelqu'un qui avait un interêt personnel à émettre cette conclusion.)

[Gyrocompas]

Donc rien ne permet de conclure qu'il est "très improbable" que le virus ait fuité d'un labo, contrairement à ce qu'a prétendu la commission d'enquête (dirigée par quelqu'un qui avait un interêt personnel à émettre cette conclusion.)

Au préalable, il conviendrait de tenter d'expliquer comment un produit élaboré dans un labo classé P4 peut sortir soit par hasard soit volontairement.
Les règles et procédures sont adaptées aux produits qui y sont étudiés, très dangereux.
La défaillance d'un sous ensemble est possible mais ils doivent être certainement doublés accompagnés d'une trace d'une alerte.
Le côté volontaire l'est tout autant.
En 14-18 l'emploi des gaz de combat a prouvé qu'ils étaient aussi dangereux pour l'assaillant que pour l'attaqué, la propagation étant imprévisible.

[jacknicklaus]

Au préalable, il conviendrait de tenter d'expliquer comment un produit élaboré dans un labo classé P4 peut sortir soit par hasard soit volontairement.
Les règles et procédures sont adaptées aux produits qui y sont étudiés, très dangereux.
La défaillance d'un sous ensemble est possible mais ils doivent être certainement doublés accompagnés d'une trace d'une alerte.
Le côté volontaire l'est tout autant.

Bonjour, une petite analogie :

Et pourtant, des avions tombent.