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Les "fermes" du génome "fermier" ?



  1. #91
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?


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    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Elles ont été fabriquées par des cellules et et à partir d'autres molécules. C'est comme si tu disais qu'une aciérie fabriquait de l'acier à partir des plans de l'aciérie! C'est un peu partiel, non?
    Je vois ce que tu veux dire, mais je ne comprend toujours pas ton point de vue.
    Je n'ai jamais dis que l'expression du phénotype (ce qui sort de l'aciérie) n'était déterminé que par les gènes (les plans).
    J'ai dis que ce qui était soumis à la sélection naturelle, c'était les gènes (les plans), en fonction de l'environnement (l'acier disponible)
    Dans un contexte particulier, certains plans seront sélectionnés, et dans un autre, ce seront des plans différents. Ça ne change pas le fait que la cible de la sélection, c'est les plans, pas l'acier...
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Mais il ne reste pas d'ADN non plus.
    Tout juste, c'est pour ça que je dis que c'est l'information portée par l'ADN qui est sélectionnée. Je n'est jamais dis autre chose.
    Il ne faut pas confondre le roman et le papier sur lequel il est écrit. Ce qui se transmet au fil des générations, c'est de l'information, je maintiens que le reste est perdu (y compris les molécules constituant l'ADN).
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Et réciproquement, le contenu de la cellule autre que les mitochondrie est sélectionné par la présence des mitochondries.
    Oui, parce que les mitochondries, en tant qu'éléments "extérieurs" à la cellule, constituent une part de son environnement.
    L'environnement exerce la sélection à laquelle est soumise l'organisme.

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  3. #92
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    réduire toute l'évolution à des gènes indépendants sélectionnés indépendamment les uns des autres par un environnement qui est extérieur, indépendant, de l'évolution de ces gènes, est une simplification outrancière de la réalité.
    Mais je suis d'accord : les gènes ne sont pas indépendants les uns des autres, ils agissent en réseau, il existe de la pléïotropie et de l'épistasie... Sans parler de la complexité des interactions gène-environnement, la plasticité phénotypique etc...
    Et tout doit être pris en compte pour comprendre l'évolution, et d'ailleurs les modèles de génétique des population englobent le maximum de choses possible.

    Mais encore une fois, ce n'est à mon avis pas opposé à l'idée que la cible de la sélection naturelle soit l'information génétique en elle-même, et pas l'individu, ni le groupe d'individus, ni l'espèce, ni l'environnement (? dernière idée que j'ai toujours du mal à cerner).

    Et au final, je pense que pour continuer cette discussion sur ce thème, il faudrait ouvrir un nouveau fil dans la section de biologie....

  4. #93
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    la cible de la sélection, c'est les plans, pas l'acier...
    Penses-tu que correct comme description que dans l'industrie de l'acier, la cible de la sélection c'est les plans de l'usine, et pas l'acier?

    Tout juste, c'est pour ça que je dis que c'est l'information portée par l'ADN qui est sélectionnée. Je n'est jamais dis autre chose.
    Ce que je dis c'est que ce qui est sélectionné c'est entre autre l'information portée par l'ADN, mais plus généralement des structures. L'information (je préfère dire la séquence de base de l'ADN) fait partie de ses structures. Mais ce n'est pas la seule, ne serait-ce que parce que cette séquence n'est pas l'information.

    Je pense (cela reste à démontrer) qu'il est impossible de prédire ou fabriquer une cellule à partir de la donnée seule de la séquence de base de l'ADN. La machinerie est peut-être codée dedans, mais il faut le code pour comprendre la machinerie, ou la machinerie pour comprendre le code, mais sans l'un ou l'autre l'ADN ne porte pas l'information dont on parle quand on parle de "plan".


    Il ne faut pas confondre le roman et le papier sur lequel il est écrit. Ce qui se transmet au fil des générations, c'est de l'information, je maintiens que le reste est perdu (y compris les molécules constituant l'ADN).
    Si tu veux, mais l'information n'est pas la séquence de bases de l'ADN. Pour moi, je le répète, ce qui se transmet, c'est un ensemble de structures, qui contient la séquence de base de l'ADN, mais pas seulement. Elle contient d'ailleurs tout ce qui te permet de parler d'information, et, je répète, ce ne peut pas se limiter à la séquence des bases.


    Oui, parce que les mitochondries, en tant qu'éléments "extérieurs" à la cellule, constituent une part de son environnement.
    L'environnement exerce la sélection à laquelle est soumise l'organisme.
    Tu sépares artificiellement mitochondries et organisme pour arriver à tes fins. Le mot "environnement" est à géométrie variable, tu l'adaptes de manière à obtenir la réduction que tu désires. Mais la réalité est différente, c'est celle d'une co-évolution, et l'organisme, dont les micotchondries sont un élément, évolue suite à des rétro-actions complexes entre ses éléments. Le réductionnisme que tu proposes ne permet pas de prendre en compte ces boucles. Du moins il intervient à bas niveau, mais il est insuffisant pour modéliser correctement l'ensemble.

    Cordialement,

  5. #94
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Penses-tu que correct comme description que dans l'industrie de l'acier, la cible de la sélection c'est les plans de l'usine, et pas l'acier?
    Si j'ai un acier d'une certaine qualité, qui ne permet de fabriquer de manière correcte que certains objets, ce sont les usines fabriquant ces objets qui marcheront, les autres ne vendront pas leurs produits.
    Donc, si je veux fabriquer d'autres usines, je suivrai les plans de celles qui marchent et vendent... non? Ce qui est sélectionné, c'est donc les plans.
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Je pense (cela reste à démontrer) qu'il est impossible de prédire ou fabriquer une cellule à partir de la donnée seule de la séquence de base de l'ADN. La machinerie est peut-être codée dedans, mais il faut le code pour comprendre la machinerie, ou la machinerie pour comprendre le code, mais sans l'un ou l'autre l'ADN ne porte pas l'information dont on parle quand on parle de "plan".
    En gros, tu dis que pour lire un livre, il faut des yeux (et un cerveau), et pour le copier il faut une imprimerie (ou un ordinateur... bref...). Je suis d'accord. Mais que ce livre soit écrit sur support papier ou sur support informatique, cela ne change rien à son contenu. Si l'histoire est mauvaise, il ne se vendra pas... il ne sera pas sélectionné par la machinerie éditoriale, et ne sera pas reproduit.
    (bon, ok, je m'arrete ici avec les analogies et les comparaisons...sans compter qu'ici pour que ce soit plus juste, il faudrait que le livre dont on parle porte les plans de l'imprimerie )

    Je pense que ce qui nous divise, c'est cette notion d'information.
    Si tu prends mille générations d'une espèce, la seule chose commune entre des individus de la première et de la millième génération, c'est de l'information génétique (je veux bien prendre en compte les informations épigénétiques aussi, disons de manière générale "toute l'information héritable", c'est mieux?). Il ne reste plus la moindre molécule de la première dans la dernière génération.
    Ce n'est pas une réduction, c'est une constatation.

    La structure est ce qui se transmet au moment de la reproduction, parce que l'information a besoin d'un support pour exister... mais cette structure, n'est pas gardée telle quelle par l'organisme-fils, ne serait-ce qu'au cours de sa propre vie. Par contre, l'information contenue dans les cellules, aux mutations près, ne change pas au cours de la vie de l'individu.

    D'ailleurs, quand on parle d'intéraction gène-environnement, il faut garder à l'esprit qu'elle n'est possible que parce que les gènes la permettent, en codant pour une certaine plasticité.
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Tu sépares artificiellement mitochondries et organisme pour arriver à tes fins. Le mot "environnement" est à géométrie variable, tu l'adaptes de manière à obtenir la réduction que tu désires. Mais la réalité est différente, c'est celle d'une co-évolution, et l'organisme, dont les micotchondries sont un élément, évolue suite à des rétro-actions complexes entre ses éléments.
    Es-tu sûr que cette séparation est si artificielle que ça?
    Le mot "environnement" désigne tout ce qui est "extérieur" à un organisme. Une mitochondrie n'appartient pas à l'organisme qui l'héberge, ils ont chacun leur propre histoire évolutive.
    La symbiose impose un regard particulier, et des précautions particulières lorsque l'on étudie ce système, mais il n'est pas "faux", à mon avis, de les considérer séparément.
    Est ce qu'il y a un spécialiste de l'évolution des systèmes symbiotiques dans la salle, pour nous donner son avis?

  6. #95
    Yoyo

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Le mot "environnement" désigne tout ce qui est "extérieur" à un organisme. Une mitochondrie n'appartient pas à l'organisme qui l'héberge, ils ont chacun leur propre histoire évolutive.
    C'est faux dans le mesure ou la tres tres grande majorité des protéines de la mitochondrie sont codées par des gènes qui se situent dans le noyau! Une mitochondrie fait bien partie de l'organisme qui l'heberge!...

    YOyo

  7. #96
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par Yoyo Voir le message
    C'est faux dans le mesure ou la tres tres grande majorité des protéines de la mitochondrie sont codées par des gènes qui se situent dans le noyau! Une mitochondrie fait bien partie de l'organisme qui l'heberge!...
    Ok... Je retire donc ce que j'ai dis à ce sujet sur la mitochondrie.
    (mais pas le reste car je pense que ça ne change pas le principe de la sélection énnoncé plus haut: si une mitochondrie est capable d'utiliser des protéines de son hôte, ses gènes à elle subissent moins de pression de sélection pour continuer à fabriquer ces protéines, non? Après ok, il faut prendre en compte la pression de sélection provoquée par ce "prélèvement" de protéines sur l'hôte, en tenant compte du fait que la mitochondrie n'est pas un parasite... mais on n'en sort pas, on parle toujours de sélection sur l'information génétique, non?)

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  9. #97
    JPL
    Responsable des forums

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    La pression de l'environnement (donc la sélection) s'exerce sur des individus (phénotypes) qui font partie d'une population dans laquelle existe une diversité génétique et dans laquelle s'échange les différents allèles. On ne peut rien comprendre à mon avis si on tombe dans le réductionnisme que je trouve caricatural qui s'exprime en disant que ce sont les gènes qui sont sélectionnés.
    Sans l'individu le gène n'est rien et sans la population l'individu n'est rien : il est condamné à disparaître, même s'il est parfaitement adapté à la pression de sélection de l'environnement.
    À mon avis également, Dawkins a fait des ravages chez ceux qui ont pris la notion de gène égoïste (qui n'est pas sans intérêt) au pied de la lettre sans la replacer dans tout un contexte biologique. Cela est très daté de l'époque où on a "divinisé" le gène. Maintenant qu'on a séquencé le génome de toute une série d'espèces (une aventure fabuleuse en effet), on s'aperçoit que c'est loin de répondre à toutes les questions, contrairement à l'espoir mis pendant longtemps dans cette démarche.
    Je sens que je vais me faire lapider...
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  10. #98
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    Je sens que je vais me faire lapider...
    Ben non... (pas par moi en tous cas), mais honnêtement, je ne vois pas bien la contradiction (peut-être que je suis bouchée...)... parce qu'il me semble que l'on peut parfaitement intégrer l'information génétique dans son contexte biologique lorsque l'on étudie les pressions de sélection, pour coller le mieux possible à la réalité....

    D'ailleurs, quand on les mesure, ces pressions, on sait bien que la valeur trouvée correspond à un ensemble de facteurs... et qu'il peut varier entre les individus en fonction de leur contexte génétique et environnemental propre.

    M'enfin c'est vrai que pour les modèles il faut bien simplifier... mais l'idée en elle même me semble pertinente malgré tout.
    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    Sans l'individu le gène n'est rien et sans la population l'individu n'est rien : il est condamné à disparaître, même s'il est parfaitement adapté à la pression de sélection de l'environnement.
    Bien sûr, mais c'est pris en compte lors du calcul des pressions de sélection (qui varient en fonction d'une multitude de facteurs, y compris les fréquences alléliques d'autres gènes pouvant jouer un rôle etc...), alors où est le problème?
    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    À mon avis également, Dawkins a fait des ravages chez ceux qui ont pris la notion de gène égoïste (qui n'est pas sans intérêt) au pied de la lettre sans la replacer dans tout un contexte biologique. Cela est très daté de l'époque où on a "divinisé" le gène. Maintenant qu'on a séquencé le génome de toute une série d'espèces (une aventure fabuleuse en effet), on s'aperçoit que c'est loin de répondre à toutes les questions, contrairement à l'espoir mis pendant longtemps dans cette démarche.
    La discussion (celle sur la sélection) au départ est partie de la question suivante : "est-il plus pertinent de considérer que la sélection agit sur l'information génétique, l'individu, le groupe d'individu ou l'espèce?"
    Peut être que la première solution n'est pas la meilleure dans le sens où on a vite fait de trop simplifier (bien qu'à mon avis, c'est surmontable si on fait un effort d'intégration, comme je disais juste au dessus). Mais les autres ont à ma connaissance conduit à plus de d'erreur d'interprétation qu'autre chose (et y conduisent encore).

    Peut-être que je me trompe? Prendre l'information génétique (disons toute l'information héritable) comme unité de sélection en lieu et place de l'individu ou du groupe d'individus a permis de résoudre plein de problèmes jusque là insolubles en écologie. Quelles sont les limites?

    En tous cas, je ne comprend toujours pas ce que vient faire ici une "sélection de l'environnement" . Est ce que quelqu'un a un exemple concret à analyser svp?

  11. #99
    JPL
    Responsable des forums

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    En tous cas, je ne comprend toujours pas ce que vient faire ici une "sélection de l'environnement" . Est ce que quelqu'un a un exemple concret à analyser svp?
    "de" étant un peu flou en français je reformule : j'ai voulu dire "la pression de sélection par l'environnement"
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  12. #100
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    "de" étant un peu flou en français je reformule : j'ai voulu dire "la pression de sélection par l'environnement"
    Oui, alors là, je comprend bien mieux, mais je faisais aussi référence aux posts de mmy. Peut-être qu'il s'agit de la même confusion, mais j'ai l'impression que non...

  13. #101
    John78

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    Sans l'individu le gène n'est rien
    Aujourd'hui peut etre. Hier, le gene n'avait pas besoin d'individus pour survivre. Il se perpetuais par auto-catalyse. Dawkins dit que le gene a inventé le genome, et ainsi l'individus qu'il l'herberge. Je suis assez d'accords avec cette affirmation parcequ'un génome est d'abord un assemblage hétéroclyte d'élements génétiques qui ont des stratégies évolutives très différentes. Un simple exemple. Une bonne part du génome humain, et de bien des etres vivants, est composé de séquences mobiles, répétées, qui n'ont surement jamais apporté que des mutations délétaires ou neutre dans leur grande majorité aux individus qui les porte. Pourtant ils se perpétuent, d'une manière antagoniste aux autres génes résidants dans le même génome. Et ils se transmettent aussi horizontalement d'une espèce a une autre. Je crois donc a l'idée du sac a gènes, l'individus étant la somme de pression de selection s'exercant genes apres genes, caractére après caractère (c'est ce que Aquilegia repete depuis 4 jours, elle est patiente ).

    A+
    J

  14. #102
    paulb

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    Je sens que je vais me faire lapider...
    Pas du tout! J'avoue que par moments je lapiderai volontiers un modo, mais pas là!

    Pour revenir aux choses sérieuses, d'après ce que comprends de cette discussion intéressante, en cent mots ou en un, vous n'êtes pas d'accord sur ce qui est sélectionné.

    si l'on disait qu'en définitive c'est l'information transmise par un individu ou un couple qui, une fois incarnée par son avatar qui est sélectionné?

    Quand je veux sélectionner une chanson que je veux écouter, je ne sélectionne ni un disque, ni un CD, ni une cassette, mais une chanson, autrement dit, l'information dont le support est l'avatar. Si je l'enregistre sur un autre support, l'information a un autre avatar. Si, en la transférant je l'abîme, je jette le nouvel avatar: sélection.

    Si j'ai la même chanson par plusieurs chanteurs, je choisis celle que je trouve la mieux interprétée, le meilleur avatar, je jette les autres. Ce qui reste, c'est toujours une chanson: c'est la qualité de l'information véhiculée et non son support qui m'intéresse.


    Le droit de dire et d'exprimer ce que nous pensons est le droit de tout homme libre, dont on ne saurait le priver sans exercer la tyrannie la plus odieuse. Voltaire.
    Amicalement paulb.

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  16. #103
    JPL
    Responsable des forums

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par John78 Voir le message
    l'individus étant la somme de pression de selection s'exercant genes apres genes, caractére après caractère (c'est ce que Aquilegia repete depuis 4 jours, elle est patiente ).
    C'est là qu'on diverge. La pression de sélection ne s'exerce pas sur un gène, ni même sur un caractère. Elle s'exerce sur un phénotype qui est le résultat d'une multitude d'interactions entre gènes. Le caractère "grandes dents" est certainement intéressant pour un carnivore, mais si la taille des mâchoires ou la force des muscles masticateurs (qui dépendent toutes deux d'autres gènes) ne suivent pas, ce peut être un handicap.

    Qu'en fin de compte la pression de sélection aboutisse a sélectionner certains gènes (ou plutôt assortiments de gènes), c'est évident. Mais il ne faut pas confondre cause et conséquence. Je prendrai un exemple : la faveur du public pour le DOS puis pour Windows a conduit à sélectionner un type précis de processeur. Mais cette pression de sélection ne s'est pas exercée réellement sur le processeur, la majorité du public ne connaissant rien à cet aspect de la technique.

    Quant aux séquences mobiles qui obéissent en effet à leur dynamique propre, la pression de sélection les "tolère" dans la mesure où statistiquement elles ne provoquent pas trop de dégâts.
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  17. #104
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    Qu'en fin de compte la pression de sélection aboutisse a sélectionner certains gènes (ou plutôt assortiments de gènes), c'est évident. Mais il ne faut pas confondre cause et conséquence.
    Bon, ok, je comprends ce que tu veux dire. Mais personnellement, je considère que si je dois calculer la valeur de la pression de sélection sur ce gène de taille des dents pris en exemple, je dois prendre en compte l'intégralité des facteurs (interactions avec d'autres gènes, comme ceux de la taille de la mâchoire, en fonction de leur fréquence, interactions avec l'environnement (compétition avec d'autres carnivores, fréquence et nature des proies etc...)) pour comprendre l'évolution de la taille des dents chez cette espèce.

    Faute de quoi mon modèle ne sera pas juste (et un modèle n'est qu'un modèle, il n'est jamais tout à fait juste... mais il peut être très proche de la réalité).

    Est ce que cela ne revient pas au même?

    Après, on a des facteurs qui jouent un rôle important, et d'autres un rôle moins important, voire négligeable... mais quoi qu'il en soit je ne pense pas pouvoir expliquer l'évolution de la taille des dents en prenant comme unité de sélection, à la place du ou des gènes impliqués, l'individu, l'espèce ou le groupe....

    Chercher les "(des)avantages pour l'individu" n'est pas très interessant, puisque c'est difficile à définir (à la différence des (des)avantages pour la fitness de l'individu, qui est à mon avis la vraie question, et qui se réfère directement à la sélection des gènes). En plus, la sélection s'effectue sur de nombreuses générations, ce qui implique de nombreuses combinaisons génétiques, ce qu'il faut prendre en compte.
    Quant à chercher les "(des)avantages pour le groupe ou l'espèce" cela ne mène à mon avis nulle part, et je dirais même que ça n'a pas de sens.

  18. #105
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    Oui, alors là, je comprend bien mieux, mais je faisais aussi référence aux posts de mmy. Peut-être qu'il s'agit de la même confusion, mais j'ai l'impression que non...
    Pour moi ce qui est sélectionné, ce sont des "structures", des schémas organisationnels. Une suite de base d'ADN + la machinerie de traduction qui va avec, c'est une structure. Mais une relation de symbiose aussi.

    Prenons un lichen par exemple. Le génome du champignon ne code pas pour l'algue symbiote, mais le champignon peut difficilement survivre sans l'algue. La reproduction différentielle (qui est pour moi le véritable concept correspondant à la "sélection") porte sur le lichen, pas sur le champignon. Ce dernier ne peut pas plus se reproduire que ma jambe ne peut se reproduire: il ne peut avoir une descendance qu'en tant que partie de lichen. La sélection porte alors non par sur le génome du champignon, mais sur une structure plus complexe, qui comprend le génome du champignon et quelque chose qui, vu des cellules du champignon, fait partie de l'environnement.

    Le même phénomène existe plus généralement au niveau des allèles. Ce n'est pas un allèle particulier qui est le sujet à reproduction différentielle, mais le génome. Et pour un allèle, les autres gènes agissent comme un environnement.

    On ne peut parler de la reproduction différentielle d'un gène (ou du champignon du lichen) indépendamment de la reproduction de son environnement. Ou encore, un allèle seul ne peut pas être reproduit différentiellement indépendamment des autres gènes; ce qui, traduit dans l'autre langage, dit qu'un allèle ne peut pas être une cible indépendante de la sélection.

    Ce qui est sélectionné c'est l'allèle ET son environnement immédiat, ce qui permet à l'allèle de s'exprimer (et contrôle, détermine dans une certaine mesure, ce qu'exprime l'allèle).

    Dans mon poste originel, je disais que ce qui est hérité par une génération, ce n'est pas seulement l'information génétique, mais aussi le milieu qui permet à cette information génétique de s'exprimer. Non seulement la machinerie cellulaire, mais aussi les conditions qui permettent à l'oeuf d'exprimer son "programme", c'est à dire de se développer.

    En résumé, on ne peut pas découpler l'information génétique de l'environnement qui permet de donner un sens à cet information, et en conséquence on ne peut pas considérer l'information génétique comme cible de sélection indépendamment de son environnement: ce qui est hérité en terme d'environnement intervient nécessairement dans la sélection, puisque ça intervient pour donner un sens à l'information.

    Je vais prendre un exemple fictif (je ne sais pas si cela existe): imaginons une espèce avec un seul chromosome, sexuel, et le chromosome mâle Y tout petit. L'information contenus par Y n'a un sens que via la machinerie fournie par la mère, et codée sur le chromosome X. Il est difficile alors de dire que les gènes de Y sont des cibles indépendantes de la sélection. L'information est en fait donnée par l'ensemble de l'information sur le Y et l'information sur X qui code la machinerie permettant de transcrire Y. La sélection de l'information est alors la sélection de la relation entre les deux, et non pas d'un allèle sur Y.

    Cet exemple reste dans le domaine informatif, mais illustre (j'espère) la difficulté qu'il y a parler de la sélection d'une "information", alors que cette information est une interaction entre une séquence encodée (la suite de base) et tout un environnement qui utilise cette séquence encodée.

    L'une des raisons qui m'amène à faire ces distinctions est l'évolution humaine. Je suis réceptifs aux théories qui postulent que l'évolution humaine a été, au moins à une époque, une co-évolution entre l'évolution biologique et l'évolution culturelle. L'exemple de base est le langage, qui demande vraisemblablement à la fois des adaptations génétiques (appareil de vocalisation, cerveau) et une adaptation culturelle (évolution du langage). On ne peut pas dans ce cadre parler de la sélection des gènes permettant le langage de manière découplée d'une sélection du milieu culturel qui fournit le langage.

    En résumé (encore), quand il y a co-évolution (et différents exemples ont été donnés, symbiose, co-évolution des gènes au sein du génome, co-évolution génétique/culturelle) la sélection d'un gène impliquée dans la co-évolution n'est pas séparable de la sélection de l'environnement dans lequel le gène s'exprime. La cible de la sélection est l'ensemble des deux, champignon+algue, gène + autres gènes, génétique du langage + langage.

    Cordialement,

  19. #106
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Bonjour mmy,
    Malheureusement, je ne suis pas vraiment d'accord dans l'ensemble, et je ne vois toujours pas ce qu'est une "sélection de l'environnement", si ce n'est pas une "sélection par l'environnement".
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Prenons un lichen par exemple.
    (...)
    La sélection porte alors non par sur le génome du champignon, mais sur une structure plus complexe, qui comprend le génome du champignon et quelque chose qui, vu des cellules du champignon, fait partie de l'environnement.
    Pour moi, ce qui sera sélectionné, c'est, dans le champignon, les gènes qui sauront le mieux se reproduire eux mêmes. Et si pour celà il doivent aussi favoriser la reproduction de l'algue, ça doit être pris en compte dans le schéma.
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Et pour un allèle, les autres gènes agissent comme un environnement.
    Oui, je suis bien d'accord, mais ce sont les produits d'expression de ces gènes qui constitueront cet environnement, et pas les gènes eux même. D'ailleurs, j'ai déjà dit que ça doit être pris en compte dans le calcul de la pression de sélection sur cet allèle (mais je crains que ce soit souvent négligeable ou contournable).
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    On ne peut parler de la reproduction différentielle d'un gène (ou du champignon du lichen) indépendamment de la reproduction de son environnement.
    L'environnement est quelque chose de vivant qui se reproduit? J'ai de plus en plus de mal à suivre...
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Ou encore, un allèle seul ne peut pas être reproduit différentiellement indépendamment des autres gènes; ce qui, traduit dans l'autre langage, dit qu'un allèle ne peut pas être une cible indépendante de la sélection.
    La sélection n'est pas "absolue", elle est "relative", et dans ce sens, un allèle peut souvent être considéré de manière indépendante.
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Dans mon poste originel, je disais que ce qui est hérité par une génération, ce n'est pas seulement l'information génétique, mais aussi le milieu qui permet à cette information génétique de s'exprimer. Non seulement la machinerie cellulaire, mais aussi les conditions qui permettent à l'oeuf d'exprimer son "programme", c'est à dire de se développer.
    Je crains fort de ne pas hériter du milieu dans lequel mes parents se sont développés. Il y aurait moins d'ennuis sur le marché du travail. Et je ne parle pas de ceux qui ont connu des guerres et des famines.
    Blague à part, ce milieu cellulaire dont tu parles change en quelques heures.... à part pour les phénomènes épigénétiques, comment pourrait-il avoir un impact?
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    En résumé, on ne peut pas découpler l'information génétique de l'environnement qui permet de donner un sens à cet information, et en conséquence on ne peut pas considérer l'information génétique comme cible de sélection indépendamment de son environnement
    Mais quand on dit que la sélection est exercée "par" l'environnement, cela veut bien dire que l'on ne séparte pas les gènes de leur environnement, non?
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Je vais prendre un exemple fictif (je ne sais pas si cela existe): imaginons une espèce avec un seul chromosome, sexuel, et le chromosome mâle Y tout petit. L'information contenus par Y n'a un sens que via la machinerie fournie par la mère, et codée sur le chromosome X. Il est difficile alors de dire que les gènes de Y sont des cibles indépendantes de la sélection.
    Une seconde, je crois que l'on se comprend mal. Les gènes de Y ne sont pas en compétition avec les gènes de X, ils sont en compétition les uns avec les autres, c'est en cela qu'on les considère comme des cibles indépendantes de sélection.
    Que la façon dont ils profitent de X soit importante, ok, mais à contexte égal, certains Y seront favorisés par rapport à d'autres. Il faut ensuite intégrer ce qui se passe en fonction de la fréquence des différents génotypes de X (si ces génotypes ont des impacts différents sur l'expression de Y), pour savoir ce qui se passe, et pourquoi certains allèles des gènes de Y sont fréquents et pas d'autres.
    Puisque en évolution, c'est bien cette question là que l'on se pose, non?
    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    On ne peut pas dans ce cadre parler de la sélection des gènes permettant le langage de manière découplée d'une sélection du milieu culturel qui fournit le langage.
    Je dirais qu'il y a sélection des gènes qui permettent le langage "par" l'environnement, c'est à dire le milieu culturel.

    Je crois qu'il faut réfléchir à tout ça à tête reposée, maintenant...

  20. #107
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    (...)
    Dans toutes tes réponses tu fais toujours la même chose: tu extrais le gène d'un côté, l'environnement de l'autre, et tu considère la sélection du gène comme si l'environnement n'évoluait pas, n'était pas lui-même sujet à évolution.

    Mais la réalité est différente: tout est dynamique, pas seulement le gène considéré.

    Je vais exprimer cela mathématiquement, comme une image :

    d(xy) = x dy + y dx

    Si tu prends x=gène et y=environnement, tu te contente de regarder et d'étudier le terme y dx. Tu manques la moitié du problème.

    Cordialement,

  21. #108
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Dans toutes tes réponses tu fais toujours la même chose: tu extrais le gène d'un côté, l'environnement de l'autre, et tu considère la sélection du gène comme si l'environnement n'évoluait pas, n'était pas lui-même sujet à évolution.

    Mais la réalité est différente: tout est dynamique, pas seulement le gène considéré.
    Pardon, mais je n'ai jamais dis que l'environnement ne se modifiait pas. J'ai dis qu'il fallait prendre en compte toutes la variables environnementales, c'est à dire y compris leur évolution dans le temps. Il faudrait être stupide pour penser que des pressions de sélection restent immuables au cours de millions (ou même seulement de dizaines) d'années!

    (par contre comme on étudie souvent la sélection à un temps t donné (par exemple juste après une perturbation), ce qui fait qu'il n'est pas forcément nécessaire de prendre ce changement en compte. A ce moment là, on peut refaire le calcul plus tard, sous de nouvelles conditions, ce qui, expérimentalement, est plus réalisable que de vouloir tout mesurer en même temps)

    Sinon, je ne serais pas contre un exemple concret pour mieux comprendre (notamment la reproduction de l'environnement...).

    De mon côté, je peux te donner le célèbre exemple de la phalène du bouleau de Liverpool... que je pense que tu connais (sinon j'explique, par MP ou sur le fil): les pressions environnementales ont été finement identifiées (comprenant les pressions suivantes: prédation, migration, sélection non-visuelle et sélection fréquence-dépendante) et un seul (ou peu de) gène(s) est (sont) impliqué(s).
    Le modèle colle très bien aux observations, donc je pense que l'on peut en déduire que le reste des pressions ayant pu jouer un rôle est négligeable, et que l'on a compris l'évolution de la fréquence des couleur chez cette phalène ces dernières années.

  22. Publicité
  23. #109
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    Pardon, mais je n'ai jamais dis que l'environnement ne se modifiait pas. J'ai dis qu'il fallait prendre en compte toutes la variables environnementales, c'est à dire y compris leur évolution dans le temps. Il faudrait être stupide pour penser que des pressions de sélection restent immuables au cours de millions (ou même seulement de dizaines) d'années!
    Tu prends deux échelles de temps différentes, ce qui revient au même. J'essayais de décrire des cas où la variation de l'environnement se fait à la même échelle temporelle que les modifications génétiques, et surtout où les variations de l'environnement sont aussi le résultat de l'évolution naturelle.

    Si un gène A est un composant de l'environnement d'un gène B, vu de B son environnement évolue, est soumis à sélection, et ce éventuellement avec la même échelle temporelle. L'approche gène par gène ne peut pas gérer correctement ces cas. Et on peut arguer que ces cas ne sont pas l'exception, mais la norme.

    Cordialement,

  24. #110
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Sinon, pour les phalènes je connais...

    Ne réalises-tu pas le côté presque caricatural de cet exemple? Je trouve amusant et instructif que les cas cités soient toujours les mêmes, en particulier celui-là. Ca montre le côté plutôt exceptionnel d'une sélection bien nette, d'un découplage bien clair entre un environnement et un gène unique qui s'y adapte...

    Cordialement,

  25. #111
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Si un gène A est un composant de l'environnement d'un gène B, vu de B son environnement évolue, est soumis à sélection, et ce éventuellement avec la même échelle temporelle. L'approche gène par gène ne peut pas gérer correctement ces cas.
    Pourquoi pas, si on sais quel(s) gène(s) influe sur l'autre et comment la situation varie en fonction des allèles?
    On prend bien en compte les situations d'auto-stop, je ne vois pas pourquoi on ne prendrait pas en compte les situations plus complexes ou il y a une vraie intéraction génétique?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Sinon, pour les phalènes je connais...

    Ne réalises-tu pas le côté presque caricatural de cet exemple? Je trouve amusant et instructif que les cas cités soient toujours les mêmes, en particulier celui-là. Ca montre le côté plutôt exceptionnel d'une sélection bien nette, d'un découplage bien clair entre un environnement et un gène unique qui s'y adapte...
    Simple, OK, caricatural, non, puisqu'il représente une réalité... pour ce gène précis.
    L'avantage de cet exemple, c'est bien sûr que tout le monde le connaît (même si en général, on ignore la finesse de l'étude), ce qui évite de le réexpliquer à chaque fois (et puis je ne suis pas une encyclopédie vivante, je cite ce qui me vient à l'esprit en premier lieu )
    Maintenant, si tu en veux d'autres, pas de problème, il y en a autant qu'on veut, même si tous ne sont pas aussi "visuels".

    Ça ne veut pas dire que des cas plus complexes n'existent pas, bien sûr (et ils sont même très certainement beaucoup plus nombreux!)
    Mais je pense qu'il suffit de trouver les facteurs (même si il y en a mille, et qu'il faut prendre les interactions génétiques en compte, leur évolution dans le temps, la plasticité phénotypique et tout le toutim).

    As-tu un exemple concret qui ne puisse être analysé correctement par ce type d'étude, et qui le soit en prenant l'individu, le groupe ou l'espèce (ou ce que tu veux d'autre) comme unité de sélection?

  26. #112
    muller.charles

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Je suggère plutôt de voir les choses ainsi :
    - l'unité de réplication est le gène (son information)
    - l'unité de sélection est l'individu

    En opérant sur l'individu, la sélection fait varier la fréquence de certains gènes dans la population. Pourquoi ? Parce que certains gènes influent sur l'aptitude de l'individu (sa valeur sélective ou fitness), aptitude traduite par une probabilité plus forte de survie et de reproduction.

    Dire "le gène 1 est sélectionné en même temps que le gène 2" ne change rien. Ce sont des génotypes qui se répliquent, pas des lignées individuelles de gènes, donc les interactions gène-gène sont évidemment intégrées dans l'aptitude. On peut ensuite analyser les fréquences alléliques de chaque locus à travers les générations (pour établir la valeur sélective ramenée du niveau de l'individu au niveau du gène) et observer des covariations.

    Quant à l'environnement, ce n'est évidemment pas lui qui est sélectionné d'une manière ou d'une autre. C'est le cadre général où s'exerce la sélection, et cet environnement inclut tout ce qui entoure l'individu, y compris son groupe.

    PS pour modérateur : sauf erreur, Dawkins est à peu près sur cette ligne. Il ne faut pas en rester au Gène égoïste (1979), il avait d'ailleurs déjà bcp précisé les choses dans Extended phenotype (1982).
    Réchauffement : la science ou le mythe ?

  27. #113
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    Pourquoi pas, si on sais quel(s) gène(s) influe sur l'autre et comment la situation varie en fonction des allèles?
    C'est quoi pour toi la cible de la sélection dans ce cas? Le gène A, le gène B, les deux indépendamment l'un de l'autre? Perso ça paraît plus simple de considérer que c'est les deux simultanément, plutôt que de décomposer en deux cas pseudo-indépendants.

    Une fois que l'on est sur cette pente, on arrive à l'idée, toujours la même, que la sélection ne porte pas vraiment sur un gène indépendamment du reste, mais sur un immense réseau relationnel. Avec, certes, de temps en temps des cas où la dépendance de l'évolution d'un locus par rapport à l'évolution du reste est suffisamment faible pour que le modèle de l'allèle comme cible marche bien. Mais le cas général, c'est le réseau qui est la cible...

    Cordialement,

  28. #114
    invité576543
    Invité

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par muller.charles Voir le message
    Quant à l'environnement, ce n'est évidemment pas lui qui est sélectionné d'une manière ou d'une autre.
    En quoi est-ce évident? L'environnement d'un individu n'est-il pas constitué en grande partie d'autres êtres vivants? Et ces êtres vivants ne sont-ils pas "sélectionnés d'une manière ou d'une autre"?

    Je me répète, mais c'est toujours et encore ce modèle simple où on considère l'environnement comme un cadre donné et on regarde l'évolution dans ce cadre. Mais ce n'est pas ce qui se passe, l'environnement évolue aussi, et le réseau d'influence entre les évolutions des différentes partie est complexe; il ne se réduit pas facilement en une liste de cas simples où chaque allèle ou chaque lignée peut être vue comme évoluant dans un cadre donné.

    Cordialement,
    Dernière modification par invité576543 ; 24/10/2006 à 20h06.

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  30. #115
    muller.charles

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    Pourquoi pas, si on sais quel(s) gène(s) influe sur l'autre et comment la situation varie en fonction des allèles?
    On prend bien en compte les situations d'auto-stop, je ne vois pas pourquoi on ne prendrait pas en compte les situations plus complexes ou il y a une vraie intéraction génétique?
    Non seulement on pourrait le faire... mais on le fait déjà couramment ! Les micro-arrays permettent depuis quelques années d'analyser les interactions génétiques à l'oeuvre dans les processus développementaux et évolutifs, donc de concevoir des modèles dynamiques de réseaux de gènes. C'est en fait la direction que prend l'ensemble de la génomique fonctionnelle.

    Cela s'applique parfois aux questions d'évolution dont nous parlons ici. Par exemple, dans la modélisation des espèces nuisibles (comme les moustiques), on développe assez couramment des modèles intégrés qui vont le génomique / transriptomique jusqu'aux conditions générales d'environnement des populations.
    Réchauffement : la science ou le mythe ?

  31. #116
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    Une fois que l'on est sur cette pente, on arrive à l'idée, toujours la même, que la sélection ne porte pas vraiment sur un gène indépendamment du reste, mais sur un immense réseau relationnel. Avec, certes, de temps en temps des cas où la dépendance de l'évolution d'un locus par rapport à l'évolution du reste est suffisamment faible pour que le modèle de l'allèle comme cible marche bien. Mais le cas général, c'est le réseau qui est la cible...
    Ok, je veux, bien, mais on en reste à l'idée que l'unité de sélection est l'information génétique, non?

  32. #117
    muller.charles

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par mmy Voir le message
    En quoi est-ce évident? L'environnement d'un individu n'est-il pas constitué en grande partie d'autres êtres vivants? Et ces êtres vivants ne sont-ils pas "sélectionnés d'une manière ou d'une autre"?

    Je me répète, mais c'est toujours et encore ce modèle simple où on considère l'environnement comme un cadre donné et on regarde l'évolution dans ce cadre. Mais ce n'est pas ce qui se passe, l'environnement évolue aussi, et le réseau d'influence entre les évolutions des différentes partie est complexe; il ne se réduit pas facilement en une liste de cas simples où chaque allèle ou chaque lignée peut être vue comme évoluant dans un cadre donné.
    Sauf erreur, on parle ici de la sélection naturelle. Celle-ci peut se définir au sens le plus général de la manière suivante :
    survie et reproduction différentielles d'un organisme possédant des traits avantageux / désavantageux dans son environnement

    L'environnement peut être stable ou instable. Il intègre en effet les partenaires sexuels, les populations, toutes sortes d'autres organismes vivants eux aussi en évolution. Il définit des pressions de sélection à tous les niveaux. Mais dire que cet environnement est la cible de la sélection naturelle est un non-sens. La cible, c'est toujours l'individu, du fait même de la définition de ce qu'est la sélection naturelle.

    A mon avis, ce que tu désignes ici est autre chose, quelque chose comme un système adaptatif pris dans son ensemble. Ce système est complexe et évolue lui aussi (se transforme). La sélection naturelle est des processus à l'oeuvre dans cette évolution du système, masi évidemment pas le seul.
    Réchauffement : la science ou le mythe ?

  33. #118
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par muller.charles Voir le message
    Je suggère plutôt de voir les choses ainsi :
    - l'unité de réplication est le gène (son information)
    - l'unité de sélection est l'individu
    Je ne suis pas d'accord, parce que les associations alléliques varient d'une génération à l'autre à cause du brassage génétique, d'une part, et ensuite (et par conséquent), ce n'est pas l'individu qui se reproduit, c'est son information génétique.
    L'individu n'est qu'un "véhicule" pour son information génétque dans cette vision, et ne peut donc pas être lui même la cible de la sélection, qui s'exerce au fil des générations.

  34. #119
    aquilegia

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    PS pour mmy, concernant la "sélection de l'environnement" : un environnement, pris dans son sens large, est constitué d'une bonne part de facteurs abiotiques, en plsu des facterus biotiques.

    Les êtres vivants modifient leur environnement, je suis d'accord, mais je ne pense pas qu'on puisse dire, qu'ils le "sélectionnent", au sens où agis la sélection naturelle (en fait... j'ai même du mal à comprendre cette idée... Peut-être que j'interprète simplement ce que tu dis de travers...).
    edit : croisement avec Muller.Charles

  35. #120
    muller.charles

    Re : Les "fermes" du génome "fermier"?

    Citation Envoyé par aquilegia Voir le message
    Ok, je veux, bien, mais on en reste à l'idée que l'unité de sélection est l'information génétique, non?
    Il faudrait s'entendre sur le sens de "unité de sélection". En soi, sauf certains cas de sélection intragénomique au cours de la méiose, le gène n'est jamais la cible directe de la sélection. La valeur sélective d'un gène découle de la valeur sélective de l'information génétique exprimée dans le phénotype de l'organisme. Je verrai donc plutôt cet organisme (le phénotype) comme l'unité principale de sélection, le gène étant l'unité de réplication des informations sélectionnées.
    Réchauffement : la science ou le mythe ?

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