Covid-19 : on fait quoi après ?

[Archi3]

Oui, j'ai dit une grosse bêtise : l'augmentation du taux d'immunité ne fera que compenser l'effet de la progression du nouveau variant sur R pendant le prochain mois, donc ce n'est pas un retour à la situation de janvier.

Ce n'est que quand le taux d'immunité atteindra environ 50% (contre 15% en janvier) que cela compensera l'effet du nouveau variant : (0,5/0,85)*1,7 = 1. Donc ça nous mène probablement à fin juin. Mais avec quand-même la possibilité d'assouplir progressivement les mesures entre-temps si on se contente de stabiliser le nombre d'hospitalisations, puisque, à nombre d'infections constant celui-ci va diminuer grâce à la vaccination de la population à risque.

mais ça, c'est "à nombre d'infections constant", mais ce n'est pas pertinent de raisonner comme ça comme je te l'ai dit . Le nombre d'hospitalisations n'est pas proportionnel à la population à risque, il y a un simplement une rétroaction qui fait qu'on le maintient à un certain seuil critique (en se faisant déborder parfois mais globalement on y arrive), mais l'un dans l'autre on sature toujours les services, quel que soit le nombre à risque, tant qu'il est significatif - autrement dit le nombre d'infections se régule toujours sur les capacités d'hospitalisations, qui finissent par saturer avant qu'on réagisse (je précise que ce n'est pas une "loi de la nature", c'est juste une conséquence du choix politique de réagir par rapport au taux de saturation des services). .

Il n'y aura que lorsque la vaccination +l'immunité acquise aura fait tomber "naturellement" le R en dessous de 1 qu'on pourra respirer. Meme si on a besoin de 80 % de population immunisée, ça laisse 20 % de la population non immunisée, et 20 % c'est 13 millions de français, très largement de quoi saturer les services de toutes façons. Donc tant que le R sera supérieur à 1, on ne sera jamais tranquille sur ce critère.

Ensuite, si on compare la situation fin juin avec celle de 2020, sur la base d'un Ro(nouveau)=5 au lieu de Ro(historique)=3, mais avec 50% d'immunité au lieu de 6%, des mesures équivalentes conduiront à un R(t) un peu plus faible. Il sera donc certainement possible de rouvrir restaurants, salles de spectacles, etc. (avec maintien de mesures barrière). De plus, dans les premières régions confinées (surtout l'IdF), le taux d'immunité est déjà nettement plus élevé (entre 35% et 40% en IdF en comptant infections + vaccination), et les 50% seront atteints plus tôt.

prenons date alors : je parie que les restaurants ne rouvriront pas avec le 30 juin ...les spectacles de toutes façons ce sera au mieux à l'automne. Et qu'on a encore au moins 3 mois de mesures assez contraignantes devant nous.
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[yves95210]

mais ça, c'est "à nombre d'infections constant", mais ce n'est pas pertinent de raisonner comme ça comme je te l'ai dit . Le nombre d'hospitalisations n'est pas proportionnel à la population à risque, il y a un simplement une rétroaction qui fait qu'on le maintient à un certain seuil critique (en se faisant déborder parfois mais globalement on y arrive), mais l'un dans l'autre on sature toujours les services, quel que soit le nombre à risque, tant qu'il est significatif - autrement dit le nombre d'infections se régule toujours sur les capacités d'hospitalisations, qui finissent par saturer avant qu'on réagisse (je précise que ce n'est pas une "loi de la nature", c'est juste une conséquence du choix politique de réagir par rapport au taux de saturation des services).

Mais c'est bien comme toi que je raisonne (depuis le début). Sans émettre de jugement de valeur sur cette politique, mais simplement en en constatant les effets.

Il n'y aura que lorsque la vaccination +l'immunité acquise aura fait tomber "naturellement" le R en dessous de 1 qu'on pourra respirer. Meme si on a besoin de 80 % de population immunisée, ça laisse 20 % de la population non immunisée, et 20 % c'est 13 millions de français, très largement de quoi saturer les services de toutes façons. Donc tant que le R sera supérieur à 1, on ne sera jamais tranquille sur ce critère.

Mais lorsque 80% de la population seront immunisés et que R sera redescendu naturellement en-dessous de 1 même en l'absence de mesures (et le restera tant que l'immunité durera), le nombre d'infection baissera. Si lorsqu'on atteint ces 80% les services ne sont pas saturés il n'y a pas de raison qu'ils le soient par la suite.

prenons date alors : je parie que les restaurants ne rouvriront pas avec le 30 juin ...les spectacles de toutes façons ce sera au mieux à l'automne. Et qu'on a encore au moins 3 mois de mesures assez contraignantes devant nous.

C'est à peu près ce que je dis (j'ai parlé de fin juin dans mon dernier message). A ça près que les réouvertures pourraient se faire de manière progressive en mai/juin : restaurants en commençant par les terrasses, comme en 2020, spectacles avec jauges réduites, etc. (et que les mesures pourraient être différenciées suivant les régions, puisque ça a l'air de commencer à rentrer dans les mœurs).
Le tout pourrait quand-même aboutir à un été à peu près vivable, et à un retour à la normale après la rentrée et la fin de la campagne de vaccination : dans 6 mois il y aura bien 30% de la population qui auront été infectés depuis le début de l'épidémie, et (j'espère) 50% qui auront été vaccinés.

[Archi3]

Mais lorsque 80% de la population seront immunisés et que R sera redescendu naturellement en-dessous de 1 même en l'absence de mesures (et le restera tant que l'immunité durera), le nombre d'infection baissera.

oui mais pas avant, et ça, ça n'arrivera pas avant l'été. A moins qu'on n'installe une politique très agressive pour faire baisser le R bien en dessous de 1, mais ce n'est pas ce qui se dessine.

C'est à peu près ce que je dis (j'ai parlé de fin juin dans mon dernier message). A ça près que les réouvertures pourraient se faire de manière progressive en mai/juin : restaurants en commençant par les terrasses, comme en 2020, spectacles avec jauges réduites, etc. (et que les mesures pourraient être différenciées suivant les régions, puisque ça a l'air de commencer à rentrer dans les mœurs).

comme j'ai du mal à comprendre pourquoi le R pourrait se maintenir en dessous de 1 si on se met à autoriser ça (ce qui s'accompagnerait probablement d'autres largesses), j'estime pour ma part cette hypothèse très improbable pour mai-juin. Mais je peux me tromper, prenons date et on fera le point dans deux mois.

[Archi3]

Le tout pourrait quand-même aboutir à un été à peu près vivable, et à un retour à la normale après la rentrée et la fin de la campagne de vaccination : dans 6 mois il y aura bien 30% de la population qui auront été infectés depuis le début de l'épidémie, et (j'espère) 50% qui auront été vaccinés.

tu as l'air de dire que c'est incompatible, mais on recommande aussi à ceux qui ont été infectés de se faire vacciner, meme si ce n'est qu'une injection. ca ne sera donc pas additif.

[papy-alain]

bonjour,

tudieu nous aurait on menti il y a qqs mois ?
Bien sur c'est du aux avancées scientifiques faites depuis
Et pour les lits supplémentaires rien ?
pour filer la métaphore guerrière :
En 14 on aurait du dire aux poilus : les gars nous n'avons pas assez de lits pour soigner les blessés donc svp évitez de vous prendre balle ou shrapnel lorsque vous allez à l'assaut et port du casque obligatoire en dehors de la tranchée!

JR

A propos de guerre... En '39, la France déclarait la guerre à l'Allemagne, on a vu le résultat. Aujourd'hui, toujours rien de neuf sous le soleil.

[yves95210]

comme j'ai du mal à comprendre pourquoi le R pourrait se maintenir en dessous de 1 si on se met à autoriser ça (ce qui s'accompagnerait probablement d'autres largesses), j'estime pour ma part cette hypothèse très improbable pour mai-juin. Mais je peux me tromper, prenons date et on fera le point dans deux mois.

Sauf que la politique suivie ne consiste pas à maintenir R en-dessous de 1 en permanence, mais seulement à éviter la saturation des hôpitaux, tu es le premier à le dire. Or le taux d'hospitalisation aura fortement baissé mi-mai, quand les 20% de la population les plus vulnérables auront été vaccinés (ou du moins 80% d'entre eux, puisque certains ne pourront pas ou ne voudront pas l'être).
D'autre part, globalement la population sera déjà immunisée à ~35% et ce taux continuera d'augmenter (plus rapidement à partir du moment où les doses de vaccin seront disponibles en nombre croissant). Cela aura donc déjà un effet significatif sur R, permettant d'alléger progressivement les mesures sans qu'il augmente trop.

Lorsque le taux d'immunité varie aussi vite (de l'ordre de 10% par mois), un raisonnement basé sur un R constant à mesures constantes (et des exponentielles par morceaux entre chaque intervention) est vite dépassé.
Si tu veux tenir compte de l'ensemble des facteurs il faut vraiment passer par une simulation, permettant de tester différents scénarios basés sur des hypothèses concernant les dates des interventions (durcissement ou assouplissement des mesures) et leur effet sur R. En utilisant un modèle SEIR modifié pour tenir compte de la vaccination (suffit de faire passer les vaccinés du compartiment S au compartiment R en fonction du calendrier de la campagne et du taux d'efficacité des vaccins), ce n'est pas sorcier et ça ne donne pas forcément des résultats idiots même si les épidémiologistes trouvent ça trop simpliste et utilisent des modèles bien plus sophistiqués.

[Archi3]

Sauf que la politique suivie ne consiste pas à maintenir R en-dessous de 1 en permanence, mais seulement à éviter la saturation des hôpitaux, tu es le premier à le dire. Or le taux d'hospitalisation aura fortement baissé mi-mai, quand les 20% de la population les plus vulnérables auront été vaccinés (ou du moins 80% d'entre eux, puisque certains ne pourront pas ou ne voudront pas l'être).

hem tu t'avances bien vite là... deja les plus agés étaient peu hospitalisés car jugés souvent trop fragiles,d 'où les nombreux décès en Ehpad - qui ont commencé à baisser, mais ça ne soulage pas les hôpitaux. Ensuite compte tenu des difficultés logistique, du temps à avoir deux injections, du temps de développer l'immunité, et du fait que les décès suivent de 2 à 3 semaines les infections, je ne suis pas convaincu que ça aura baissé tant que ça mi-mai. La encore, prenons date et on verra dans deux mois.

Si tu veux tenir compte de l'ensemble des facteurs il faut vraiment passer par une simulation, permettant de tester différents scénarios basés sur des hypothèses concernant les dates des interventions (durcissement ou assouplissement des mesures) et leur effet sur R. En utilisant un modèle SEIR modifié pour tenir compte de la vaccination (suffit de faire passer les vaccinés du compartiment S au compartiment R en fonction du calendrier de la campagne et du taux d'efficacité des vaccins), ce n'est pas sorcier et ça ne donne pas forcément des résultats idiots même si les épidémiologistes trouvent ça trop simpliste et utilisent des modèles bien plus sophistiqués.

sauf que toutes les simulations ont le même problème, comme elles dépendent d'un tas de paramètres, elles ne fournissent que des jeux de scénarios et tu n'es pas plus avancé qu'avant si tu veux faire des vraies prédictions. Les prédictions sont de toutes façons limitées par un horizon de visibilité d'environ deux mois, et à l'intérieur de ces deux mois, les estimations "à la louche" ne sont pas si mauvaises. Personnellement sans modèle SEIR et encore moins de simulations compliquées, j'ai pu annoncer à des collègues en mars qu'on confinerait comme l'Italie dans une semaine, en septembre qu'à ce rythme là on reconfinerait dans un mois ou deux, et plus récemment en janvier que le variant anglais deviendrait majoritaire en mars avec des reconfinements à la clé. Je précise que ça n'a rien d'un exploit, pour moi c'était juste du bon sens à l'ordre zéro .

[FabiFlam]

Juste une question après ce qui s'est passé à Manaus, vous croyez encore a une immunité collective pérenne ?

[pascelus]

Juste une question après ce qui s'est passé à Manaus, vous croyez encore a une immunité collective pérenne ?

Bonjour,

Bonne question! Surtout si cette étude est correcte et que les anticorps ne garderaient leur efficacité que moins de 3 mois... https://www.futura-sciences.com/sant...0-jours-85338/

[yves95210]

Bonjour,

Bonne question! Surtout si cette étude est correcte et que les anticorps ne garderaient leur efficacité que moins de 3 mois... https://www.futura-sciences.com/sant...0-jours-85338/

Ce n'est pas si simple, il n'y a pas que les anticorps (ni un seul type d'anticorps).
D'ailleurs sinon, le nombre de réinfections constaté durant la deuxième vague, au moins 3 mois après la fin de la première, serait bien plus important : les études statistiques sur des cohortes suivies depuis la première vague indiquent que le risque d'infection est 10 (à 20?) fois plus faible chez les personnes ayant déjà été infectées que chez les autres - je ne me rappelle plus le taux exact, il faudrait que je retrouve les références. En gros, ça veut dire que la protection apportée par une infection est encore d'environ 90% au bout d'environ 6 mois, du même ordre de ce qu'on espère des vaccins les plus efficaces (pour lesquels on n'a pas encore un recul de 6 mois).

Pour une bonne synthèse du sujet, lire la section "Réponse immunitaire chez les personnes infectées par le SARS-COv2, corrélats de protection et réinfections", pages 2 à 5 de ce document de la HAS.

PS : ce document contient d'ailleurs les références de plusieurs études britanniques dont les résultats cités vont dans le même sens que ceux mentionnés ci-dessus , soit une protection de 90 à 95% dans les 6 mois qui suivent une première infection. Et cette protection ne tombe évidemment pas à zéro brutalement après cette période, c'est juste qu'on n'a pas encore assez de recul pour la mesurer sur une période nettement plus longue.
Mais, par exemple, la 4e étude citée concerne 66000 participants dont 10700 avaient une PCR et/ou une sérologie positive avant fin juillet. Seuls 8 de ces derniers ont été réinfectés (aucun avant le 8e mois), contre plus de 700 parmi les 55000 qui n'avaient eu aucun marqueur d'infection positif durant la première vague, soit une réduction du risque de 94% au bout de 8 mois.

[pascelus]

Oui on en a parlé ici de la reconnaissance immunitaire qui vient suppléer les anticorps, mais celle ci devient inopérante selon les variants. Compter sur l'immunité vaccinale ou acquise par la Covid nécessite sans doute de freiner suffisamment la pandémie pour que les variants n'aient pas un milieu trop propice à leur démultiplication rapide.
C'est peut-être là l'explication de Manaus?

[FabiFlam]

Moi ça m'inquiète plutôt ...
https://www.sciencepresse.qc.ca/actu...iant-bresilien

[Archi3]

Moi ça m'inquiète plutôt ...
https://www.sciencepresse.qc.ca/actu...iant-bresilien

vraiment ?

je vois pas pourquoi ...

[/cynisme]

[papy-alain]

Moi ça m'inquiète plutôt ...
https://www.sciencepresse.qc.ca/actu...iant-bresilien

Tu n'es pas la seule. Quand on regarde le graphique du taux de mortalité, ça fait froid dans les dos. Et, cette fois, les jeunes sont touchés. C'était déjà un peu le cas avec le variant anglais, mais là c'est une hécatombe. Et au vu du nombre élevé de cas de réinfections, il est à craindre que les vaccins disponibles actuellement n'aient que peu, voire pas d'effet contre le variant brésilien. Ça fout vraiment la trouille.

[yves95210]

Bonjour,

On peut toujours jouer à se faire peur...
Faudrait faire la part des choses entre l'effet de la quasi-absence de mesures au Brésil, imposée par un président opposé non seulement à toute mesure de confinement mais aussi aux mesures barrière et au port du masque (et qui en est à son 4e ministre de la santé depuis le début de la pandémie, chaque ministre ayant parlé de prendre des mesures pour freiner l'épidémie ayant été viré), et l'effet de la transmissibilité du variant P1.

Selon le dernier rapport hebdomadaire de l'OMS, celle-ci est nettement inférieure à celle du variant "anglais".

VOC 202012/01, 501Y.V2 and P.1 have commonly demonstrated an increase in transmissibility compared to wild-type (non-VOC) variants, and a veracity to rapidly replace other circulating strains. We analysed sequence data submitted to GISAID to determine the change in proportion of VOCs over time and calculate the associated change in transmissibility. Variants 202012/01, 501Y.V2 and P.1 rapidly replaced the wild-type variant in the United Kingdom, South Africa and Brazil, respectively (Figure 4). Using a logistic model of competitive growth, the additive increase in the effective reproduction number (Rt) relative to the wild-type variant was estimated at 41% (95% CI: 41–42%) for 202012/01, 36% (95% CI: 32–40%) for 501Y.V2, and 11% (95% CI: 7–16%) for P.1. The transmissibility of P.1 was higher when estimated only for the Amazonas region of Brazil (data not shown), suggesting more rapid replacement of the wild-type variant at a local level. However, the number of sequences was too low to meaningfully quantify the change in Rt. These analyses assume that sequence data submitted to GISAID is representative of the variants circulating in the region under consideration; if sequencing efforts are targeted at suspected VOCs, the rate of replacement and associated increased transmissibility of VOCs may be overestimated.

Figure 4. Proportion of SARS-CoV-2 202012/01, 501Y.V2 and P.1 variants over time in the United Kingdom, South Africa and Brazil, respectively. The estimated increase in Rt and associated 95% confidence interval is indicated below the country name.

[yves95210]

Autre indice d'une transmissibilité pas si élevée du variant brésilien : la faiblesse de sa circulation en Guyane, selon le rapport hebdomadaire de l'ARS (page 9).

[FabiFlam]

Merci Yves,

Mais ce n'est pas tant la transmissibilité de ce variant qui m'inquiète mais plutôt le fait qu'il ait visiblement un potentiel de réinfection suite aux autres variants connus important (cf Manaus) donc potentiellement qu'il échappe aux vaccins déjà mis sur le marché. Par ailleurs, s'il n'est pas plus contagieux il semble néanmoins plus dangereux et provoque des cas graves chez des patients jeunes et sans comorbidités d'après ce que j'ai pu lire.

Pour ce qui est de jouer à se faire peur, non, ce n'est pas un jeu pour moi, j'essaie juste de rester informée et si je suis effectivement inquiète vis à vis de certaines données, je m'aperçois souvent que c'est avec raison.

FabiFlam

[papy-alain]

Il sera plus que jamais important de séquencer le plus possible pour traquer l'apparition éventuelle de ce variant chez nous. Même en supposant qu'il soit peu transmissible, sa virulence le rend beaucoup plus dangereux que ce qu'on a connu jusqu'à présent. Cela suppose un contrôle renforcé aux frontières (principalement dans les aéroports) avec mise en quarantaine de tout voyageur en provenance d'un pays touché par ce variant.

[jiherve]

Bonjour,

Juste une question après ce qui s'est passé à Manaus, vous croyez encore a une immunité collective pérenne ?

c'est bien certains commencent à comprendre la réalité !
Les vaccins seront debordés il faut des lits !!!
JR

[yves95210]

Mais ce n'est pas tant la transmissibilité de ce variant qui m'inquiète mais plutôt le fait qu'il ait visiblement un potentiel de réinfection suite aux autres variants connus important (cf Manaus) donc potentiellement qu'il échappe aux vaccins déjà mis sur le marché.

Toujours selon le rapport de l'OMS, le taux de réinfection n'est pas non plus très élevé. Mais les infos sont contradictoires : l'étude citée à ce sujet parle d'une transmissibilité 2,5 fois plus élevée, contrairement à ce qu'indique le rapport dans le passage que j'ai cité.

J'ai l'impression que ces contradictions résultent d'un manque de données fiables, en particulier à Manaus où le système de santé a été débordé : faute de séquençage d'un nombre suffisant de prélèvements, la rapidité de l'augmentation du nombre de cas peut être attribuée aussi bien à une probabilité élevée de réinfection (dans une population dont environ 75% avait déjà été infectée) qu'à une transmissibilité élevée du nouveau variant.
Mais le fait qu'il ne semble pas se propager aussi vite dans d'autres régions / pays où la prévalence du SARS-CoV-2 est nettement plus faible (cf. Guyane) va plutôt dans le sens d'une probabilité accrue de réinfection que dans celui d'une transmissibilité 2,5 fois plus élevée que celle des variants historiques.

[FabiFlam]

Oui en fait, les données commencent apparemment tout juste à arriver concernant ce variant.

[papy-alain]

Oui en fait, les données commencent apparemment tout juste à arriver concernant ce variant.

Oui, mais en attendant, la vitesse à laquelle progresse le taux de mortalité est impressionnante. Je suis d'accord avec Yves quand il dit que les moyens mis en œuvre au Brésil pour lutter contre le virus sont dérisoires, mais ils sont les mêmes qu'il y a un an, et lors de la première vague, ils n'étaient pas face à une telle courbe de progression.

[jiherve]

bonsoir,
en fait c'est le dual de la situation de mai 40 on comptait sur la ligne Maginot (le vaccin) et la Wehrmacht(le virus) l'a contournée!
Maintenant fi des calculs il faut des lits de réa!
JR

[FabiFlam]

bonsoir,
Maintenant fi des calculs il faut des lits de réa!
JR

Les lits de réa il aurait fallu les prévoir il y a au moins 2 ans soit avant de savoir qu'on en aurait besoin, maintenant faut faire avec ce qu'il y a, mais je trouve qu'en France on n'est pas si mal lotis, on manque juste cruellement de personnel: les réserves sanitaires n'ont pas l'air de fonctionner si bien que cela pour un truc aussi spécialisé que les soins COVID.

FabiFlam

[agitateur]

Il sera plus que jamais important de séquencer le plus possible pour traquer l'apparition éventuelle de ce variant chez nous.

Note: IL est brésilien.

Lu ce matin, je crois 3% en Gironde par ex. Il est déjà apparu, c'est le moins qu'on puisse dire.

Même moins transmissible, s'il échappe "un peu" aux vaccins, on évaluera son taux de présence ...cet été. Allez....50 ou 80 % pour les contaminés de juillet ?

[jiherve]

bonsoir,

Les lits de réa il aurait fallu les prévoir il y a au moins 2 ans soit avant de savoir qu'on en aurait besoin, maintenant faut faire avec ce qu'il y a, mais je trouve qu'en France on n'est pas si mal lotis, on manque juste cruellement de personnel: les réserves sanitaires n'ont pas l'air de fonctionner si bien que cela pour un truc aussi spécialisé que les soins COVID.

FabiFlam

en effet mais qu'a t on fait en ce sens depuis un an : rien.
Et je ne crois pas qu'il faille plus d'un an pour former du personnel à ce cas précis, mon épouse est dans la réserve sanitaire et n'a rien reçu à ce jour, pour être honnête je ne m'en plains pas.
chez Ubu et Courteline( qui s'il était encore de ce monde s'en serait donné à cœur joie) nous sommes!
JR

[inviteb1dbcadb]

Bonjour à tous,
Pour répondre à cette question, je dirais qu'il faut déjà compter sur l'immunité de groupe (entre les vaccinés et les personnes déjà touchées par la Covid-19) ce qui laissera moins de personnes à infecter. Ensuite un meilleur traçage des nouvelles contaminations, ça sera peut-être plus facile s'il y a moins de nouveaux cas, pour isoler les personnes en amont. Et puis les traitements progressent, ce qui en fera à terme une maladie certainement moins mortelle...

[Archi3]

Un octogénaire fait un recours au conseil d'état en demandant de ne pas être confiné puisqu'il est vacciné (par Pfizer)

Le gouvernement s’y oppose en invoquant "l’efficacité partielle" du vaccin et une "efficacité devenue particulièrement contingente avec l'arrivée des nouveaux variants".

https://www.europe1.fr/sante/un-octo...accine-4034911

Mais à part ça tout va bien

[inviteb1dbcadb]

Moi ça ne me choque pas trop. 1/ L'efficacité du vaccin n'est pas de 100%, donc inutile qu'il aille prendre un risque pour le moment 2/ Il peut transmettre le virus à d'autres personnes, même si le risque est plus faible vu qu'il est vacciné

[f6bes]

Les lits de réa il aurait fallu les prévoir il y a au moins 2 ans soit avant de savoir qu'on en aurait besoin, maintenant faut faire avec ce qu'il y a, mais je trouve qu'en France on n'est pas si mal lotis, on manque juste cruellement de personnel: les réserves sanitaires n'ont pas l'air de fonctionner si bien que cela pour un truc aussi spécialisé que les soins COVID.

FabiFlam

Bjr à toi ,
Prévoir deux ans à l'avance qu'une putain de cochonnerie, va arriver sans ...s'annoncer faut s'appeler Mme Soleil !!
Mais bon pas interdit se dégainer le Yaka Faucon une fois de plus.
Bien content que les soignants arrivent ( en partie ) à échapper au covid. ! ( c'est bizarre...on ne les applaudit plus !!)

Bonne soirée