Evolution de l'épidémie en France

[yves95210]

Salut,

Je m'apprêtais à répondre à ce message dans la discussion qui vient d'être fermée. Je rouvre un fil pour le faire, afin de ne pas laisser passer des idées fausses - et dangereuses.

courbe des décès du covid

Oui, mais si tu regardes l'évolution sur le dernier mois (ce qui a l'avantage de moins écraser la courbe), ça repart à la hausse depuis 2 semaines.

De plus il ne faut pas oublier que le nombre quotidien de décès est représentatif du nombre quotidien d'infections environ 3 semaines plus tôt. Or celui-ci augmente de manière continue depuis début juillet, à peu près au rythme de +2,5% par jour (calculé à partir du nombre d'admissions à l'hôpital par tranche d'âge et des taux hospitalisés/infectés de chaque tranche).
Les nombres quotidiens d'admissions à l'hôpital et d'admissions en réa ont plus que doublé durant le dernier mois.

Si la tendance se poursuit, bien que la croissance soit beaucoup moins rapide qu'en mars, on en sera à 2000 à 2500 admissions à l'hôpital, 400 à 500 en réa et 250 à 300 décès par jour avant la fin de l'automne, et on se rapprochera des valeurs atteintes lors du pic fin mars / début avril.
Avec une létalité heureusement moindre (mais loin d'être négligeable !), en partie grâce au fait que la moyenne d'âge des patients est moins élevée : le taux de croissance du nombre d'hospitalisations est plus faible parmi les plus de 50 ans.

Il ne s'agit pas là d'une prédiction : je n'ai pas de boule de cristal, et l'évolution de l'épidémie dépend de trop de facteurs inconnus, dont les mesures qui pourront encore être prises, pour permettre de prolonger les courbes sur les 3 ou 4 prochains mois. Mais rien aujourd'hui ne laisse penser que ça va s'arrêter tout seul, surtout que ce ne sont certainement pas les rares infections par des contacts en extérieur à l'occasion des rassemblements estivaux qui suffisent à expliquer cette augmentation.
Au contraire, elle risque de s'accélérer à partir de la rentrée de septembre, avec plus de monde dans les locaux d'entreprise et dans les transports en commun, la réouverture des collèges et des lycées, et de manière générale de plus en plus de contacts dans des lieux clos plutôt qu'à l'air libre.

Ceux qui prétendent que l'épidémie est en train de se terminer et qu'elle ne tue plus personne tiennent un discours dangereux.
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[invite9dc7b526]

personne de sérieux ne pense que l'épidémie est terminée. Ca repart en France en ce moment mais de toutes façons il faut regarder les données mondiales, c'est à cette échelle que ça se passe. Le virus peut sembler disparaître dans un certain pays mais s'il circule ailleurs il pourra revenir.

[yves95210]

personne de sérieux ne pense que l'épidémie est terminée. Ca repart en France en ce moment mais de toutes façons il faut regarder les données mondiales, c'est à cette échelle que ça se passe. Le virus peut sembler disparaître dans un certain pays mais s'il circule ailleurs il pourra revenir.

On est bien d'accord. Mais je ne pouvais pas laisser sans réponse le message en question.

Et il y a encore des "grands spécialistes" médiatiques qui proclament que l'épidémie touche à sa fin et trop de gogos qui les croient (ou qui interprètent à leur façon les données publiées, qui prouvent pourtant le contraire).

[LogOut]

personne de sérieux ne pense que l'épidémie est terminée. Ca repart en France en ce moment mais de toutes façons il faut regarder les données mondiales, c'est à cette échelle que ça se passe. Le virus peut sembler disparaître dans un certain pays mais s'il circule ailleurs il pourra revenir.

pas d'accord c'est bien à l'échelle locale qu'il faut regarder.

par exemple quand on parle des US :

L'épidémie est terminée depuis 2 mois à NY par exemple covidny.PNG

parmi d'autres états, l'épidémie touche désormais la Californie, de manière plus étalée covidcalifornia.PNG


Le virus continue effectivement de circuler en France mais rien ne justifie l'hystérie actuelle.

[A voir en vidéo sur Futura]

[LogOut]

Il ne s'agit pas là d'une prédiction : je n'ai pas de boule de cristal, et l'évolution de l'épidémie dépend de trop de facteurs inconnus, dont les mesures qui pourront encore être prises, pour permettre de prolonger les courbes sur les 3 ou 4 prochains mois. Mais rien aujourd'hui ne laisse penser que ça va s'arrêter tout seul, surtout que ce ne sont certainement pas les rares infections par des contacts en extérieur à l'occasion des rassemblements estivaux qui suffisent à expliquer cette augmentation.
Au contraire, elle risque de s'accélérer à partir de la rentrée de septembre, avec plus de monde dans les locaux d'entreprise et dans les transports en commun, la réouverture des collèges et des lycées, et de manière générale de plus en plus de contacts dans des lieux clos plutôt qu'à l'air libre.

on n'en sait rien. C'est désormais le risque qui s'agit d'évaluer et pour l'instant rien ne justifie le fait de continuer de faire plonger l'économie et de détruire l'emploi.

Mais on peut regarder ce qui s'est passé ailleurs, encore une fois je prends l'exemple de la métropole extrêmement dense de NYC où l'épidémie est terminée.

[invite9dc7b526]

L'épidémie est terminée depuis 2 mois à NY par exemple [ATTACH=CONFIG]419095[/ATTACH

c'est la courbe des décès. Le nombre de nouveaux cas dans l'état de New York est autour de 600~700 par jour actuellement. On ne peut pas dire que l'épidémie est terminée.

[yves95210]

on n'en sait rien. C'est désormais le risque qui s'agit d'évaluer et pour l'instant rien ne justifie le fait de continuer de faire plonger l'économie et de détruire l'emploi.

Ce ne sont pas le port du masque et les gestes barrière qui détruisent l'emploi. En revanche si on était obligé de reconfiner (même localement, mais à l'échelle par exemple de la région parisienne, ça impacte une bonne partie de l'économie française), ça n'aurait pas le même impact.

Quant au risque, les chiffres parlent d'eux-même, à condition de ne pas les regarder de manière biaisée. Il y a bien un redémarrage de l'épidémie en France, même si le taux de croissance est bien plus faible qu'en mars (heureusement) et si la létalité est plus faible. Et ce alors que la saison est propice à passer plus de temps en plein air, où il y a beaucoup moins de risque de transmission du virus.

Mais on peut regarder ce qui s'est passé ailleurs, encore une fois je prends l'exemple de la métropole extrêmement dense de NYC où l'épidémie est terminée.

Avec 18000 morts sur 8 millions d'habitants (à l'échelle de la France, cela ferait 150000 morts), ce sont sans-doute 2 à 4 millions de personnes qui ont été infectées (2 millions si le système de santé est particulièrement déficient et le taux de létalité bien plus élevé que dans tous les autres pays "avancés"), soit 25 à 50% de la population. Le seuil d'immunité collective a probablement été atteint bien plus tôt qu'ailleurs.

En France on doit en être tout au plus à 10% d'infectés depuis janvier, on est loin du compte.
Même en région parisienne, avec 7600 morts pour 12 millions d'habitants, le pourcentage d'infectés dans la population doit être trois fois plus faible qu'à NYC. Bien trop peu pour qu'un éventuel effet d'immunité de groupe freine significativement la progression de l'épidémie.

[Gwinver]

Bonsoir.

Ce ne sont pas le port du masque et les gestes barrière qui détruisent l'emploi.

Cela peut sembler évident, mais, c'est en fait bien plus compliqué.
Il y a les actions qui freinent considérablement l'économie comme le confinement. Mais, d'autres actions ont un impact sur l'économie, les gestes barrières , le télétravail, les masques pèsent sur la santé économique des entreprises car cela a un coût et perturbe le fonctionnement de l'entreprise.
En complément, il y a un effet sur le comportement, par exemple sur la consommation, les sorties etc. ...
L'économie est un système qui est perturbé de façon importante et cela a un impact sur l'emploi.

[noir_ecaille]

On est en crise sanitaire alors forcément que ça perturbe l'économie.

A chaque pandémie, il y a eu son pendant de régression économique, tout au long de notre Histoire. Moins l'épidémie était maîtrisée, pire c'était économiquement.

Alors oui, ça perturbe un peu d'avoir des gestes barrières parce qu'on est en crise, mais bien moins qu'une mise à l'arrêt genre confinement (quelle que soit l'échelle) avec à la clef non seulement un trou plutôt qu'une simple baisse dans le chiffre d'affaire, mais encore les taxes qui tombent quand bien même il est interdit à l'entreprise et ses employés de reprendre leur activité jugée "non essentielle à la survive de la population". Sans oublier que même si on diffère les taxes, ça ne fait que reporter le trou à une échelle régionale ou nationale avec de possibles emprunts (=endettements) pour continuer de faire tourner les servies publiques, payer les prestataires privés, etc.

[FabiFlam]

Bonsoir,

Je viens de lire le résumé de cet article qui n'est accessible qu'aux abonnés.
https://www.lesechos.fr/idees-debats...rulent-1233806

Je me rappelle d'un article qui disait que SARS-cov2 s'affaiblissait au fur et à mesure des transmissions.

Est ce pour cela qu'il devient moins virulent ? Je pense qu'il n'y a pas eu le temps pour une adaptation réciproque du virus et de l'humanité ?

FabiFlam

[noir_ecaille]

Euh des mutations il y en a PLEIN : https://nextstrain.org/ncov/global?c...hip&r=division

Et la phylogénie elle aussi est foisonnante. Parler d'une mutation qui rendrait le COVID19 moins virulent, mais quelle lignée ? Une très répandue ou une plutôt minoritaire ?

[Bounoume]

Euh des mutations il y en a PLEIN : https://nextstrain.org/ncov/global?c...hip&r=division
Parler d'une mutation qui rendrait le COVID19 moins virulent, mais quelle lignée ?

Quel 'intérêt' aurait le virus à se montrer 'moins virulent' ?
Un 'virus' n' a qu 'un seul objectif: se répandre davantage..... en se multipliant davantage que ses concurrents....
Attendre qu' une mutation rende le virus moins contagieux.... et que cette variété mutée élimine les autres, c'est vouloir le beurre et l' argent du beurre...
Les deux sont incompatibles....

[invite9dc7b526]

Quel 'intérêt' aurait le virus à se montrer 'moins virulent' ?

classiquement, la prédiction évolutionniste est que le pathogène évolue vers moins de virulence (et l'hôte vers plus de tolérance mais il faudra attendre de nombreuses générations humaines avant de voir quelque-chose). Le pathogène n'a en effet aucun intérêt à tuer son hôte, il est préférable pour lui d'y rester le plus longtemps possible et de se transmettre sans se faire remarquer. Mais il y a des cas où la transmission est corrélée positivement à la virulence (la coqueluche par exemple) et dans ces cas il ne peut y avoir d'évolution vers moins de virulence.

[FabiFlam]

Minushabens,
Merci pour les infos. Concernant la coqueluche, est-ce qu'on sait pourquoi il n'y a pas eu d'adaptation même après plusieurs générations ?

Noir_ecaille,
c'est justement la question que je me posais parce qu'aux Amériques, le virus a l'air de faire toujours beaucoup de victimes. Cependant, il y a sûrement des choses qu'on ne cerne pas encore concernant la contagiosité et la virulence du SARS-cov2.

FabiFlam

[invite9dc7b526]

la bactérie Bordetella pertussis se transmet quand son hôte tousse, donc un mutant qui serait moins virulent et ne ferait pas tousser ne se transmettrait pas (ou mal) et serait contre-sélectionné.

un autre exemple est le virus Ebola. Les gens se contaminent quand ils manipulent des cadavres, donc un variant moins virulent qui ne tue pas son hôte ne peut se transmettre et disparaît.

[FabiFlam]

Merci pour les précisions. Du coup on est content que ça ne semble pas être le cas pour le SARS-cov2.

[invite9dc7b526]

on est content peut-être mais l'évolution vers moins de virulence est un phénomène lent, même pour un virus qui mute beaucoup. D'ailleurs on connaît des pathogènes virulents qui infectent les humains depuis longtemps. Donc il ne faut pas rop compter sur ce phénomène pour nous tirer d'affaire dans l'immédiat.

[FabiFlam]

Non bien sûr, surtout si c'est la phase asymptomatique qui est la plus contagieuse mais que le virus laissé de méchantes séquelles par la suite. On ne sait pas encore très bien apparemment.

[noir_ecaille]

On peut aussi citer les cas moyennement virulents devenus beaucoup plus virulents, comme la peste.

Côté virus, la rage est un excellent exemple où une moindre virulence sera contre-sélectionnée. C'est dire si la "règle" ou plutôt le souhait qu'un virus évolue vers toujors moins virulent... n'est qu'un voeu pieu dont les virus se fichent bien.

[JPL]

Il n’y a rien de sûr dans ce raisonnement. Quelqu’un qui meurt vite ne peut transmettre le virus qu’à un nombre limité de personnes, contrairement à quelqu’un qui meurt plus tard... ou qui ne meurt pas. Il n’y a donc aucune évidence à ce qu’une moindre virulence soit contre sélectionnée.

Mais comme finalement il y a des arguments dans les deux sens, et qu’on ne connaît pas grand-chose, sauf que le virus mute probablement dans toutes les directions, tout ceci n’est que supputations gratuites qui risquent d’importunée les diptères non consentants

[noir_ecaille]

Tout à fait. A la limite on peut constater et (tenter d')expliquer une tendance constatée pour un cas ou faisceau de cas considérés, par induction ou découverte de mécanismes impliqués. Faire des généralités est plus hasardeux.

[invite50824749]

Il y a 3 études qui viennent de sortir qui semblent allez dans le même sens, le virus mute et perdrait en virulence.

[noir_ecaille]

Mettez les liens, c'est quand même un principe d'Internet : quand on parvient à trouver une info et qu'on a des liens, on les partage.

[invite50824749]

C'est une info entendu au JT, donc ils disent souvent des âneries, mais là ça serait gros...je viens de l'entendre il y a 5mn, donc si vous pouviez laisser le temps de chercher...et je suis au courant des coutumes internet, mais rien ne vous empêche de chercher de votre coté, à deux on devrait trouver facilement.

[noir_ecaille]

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Pas la première fois ? pas des trucs gros ? Moi j'ai souvenir de la presse qui avait relayé la mort d'une célébrité, laquelle est même venue sur un plateau JT au bout de quelques jours pour attester du contraire, et c'était quand même dans les gros titres pendants plusieurs jours. Donc niveau grosses âneries, et ce n'est qu'une nécrologie, y'en a clairement. En sciences ? les journaleux n'y entendent pas grand chose et tant qu'à dire un truc grotesque pour faire le buzz, on observe aussi l'attitude de sectateurs du genre "mais c'est passé à la TV, puis c'est tellement énorme, ça peut que être vrai !".

Bref, je n'ai pas la TV, je passe par d'autres médiats.

J'ai déjà vu des détournements de vraies études. Donc que ce soit "dit à la TV", meh. Je demande à voir les études sources (qui disent peut-être tout autre chose, donc on n'est pas assuré de les trouver si facieement si le contenu ne correspond pas aux assertions populistes ou ârfois buzzistes).

[invite50824749]

En voilà une https://www.sciencedirect.com/scienc...92867420308205
Les 2 autres sont parues les 12 juin et 6 juillet sur le site d'archives ouvertes bioRxiv et portent sur la mutation D614G , qui aurait proliféré ces derniers mois au point de devenir la souche mondialement dominante.

[invite9dc7b526]

cet article est intéressant parce qu'il montre que le virus évolue sous sélection positive, mais il n'y est pas question de virulence.

[FabiFlam]

Minushabens,

Évolution sous sélection positive veut dire qu'il y a eu adaptation génétique au virus ? Comme pour la lactase ? Comment est-ce possible en si peu de temps ? J'avoue que je ne comprends pas.

FabiFlam

[invite50824749]

cet article est intéressant parce qu'il montre que le virus évolue sous sélection positive, mais il n'y est pas question de virulence.

L'étude montrerait aussi une neutralisation de la souche dominante, donc pourrait suggérer une plus grande infectiosité mais elle serait de façon significative moins active quand aux actions délétères sur l'organisme, n'est-ce pas ce que l'on peut appeler "baisse de la virulence"?
Je n'ai pas vérifié, mais il est plausible que le message que cette souche est moins virulente soit une indication donnée par ces 3 études...ou pas.

[noir_ecaille]

Rectifications :

In infected individuals, G614 is associated with lower RT-PCR cycle thresholds, suggestive of higher upper respiratory tract viral loads, but not with increased disease severity.

(...)

We present experimental evidence that the G614 variant is associated with greater infectivity as well as clinical evidence that it is associated with higher viral loads.

Augmentation de l'infectiosité sans augmentation des symptômes, mais nulle part n'est écrit qu'on a diminution desdits symptômes (autrment dit qu'il y aurait "diminution de la virulence".

S'il faut enfoncer le clou, le variant D614G était associé à tort avec une "plus grande sévérité" :

We found no significant association between D614G status and disease severity as measured by hospitalization outcomes. A comparison of D614G status and hospitalization (combining IP and ICU) was not significant (p = 0.66, Fisher’s exact test), although comparing ICU admission with IP and OP did have borderline significance (p = 0.047) (Figure 5B). Regression analysis reinforced the result that G614 status was not associated with greater levels of hospitalization but that higher age (Dowd et al., 2020; Promislow, 2020), male sex (Conti and Younes, 2020; Promislow, 2020) and higher Ct values (lower viral loads) were highly predictive of hospitalization. Further analysis showed that viral load was not masking a potential D614G status effect on hospitalization (STAR Methods). Univariate analysis also found highly significant associations between age and male sex and hospitalization (STAR Methods).

De surcroît :

However, an association between the G614 variant and higher fatality rates has been reported in a comparison of mortality rates across countries, although this kind of analysis can be complicated by different availability of testing and care in different nations (Becerra-Flores and Cardozo, 2020).

PS : merci de supprimer la carte/image, j'ai supprimé mes remarques à ce sujet au profit de passages plus intéressants.


C’est fait.