Le variant delta

[Archi3]

en ce moment je passe de l'optimisme au pessimisme à peu près une fois par jour . D'après Véran, le variant delta représente entre 2 et 4 % des infections, ce qui signifie qu'il circule bel et bien et a échappé aux mesures pour le circonscrire

https://www.lci.fr/sante/covid-19-le...n-2188816.html

(à propos je ne comprends pas du tout la logique de réagir à la présence du variant par une vaccination amplifiée dans les zones concernées, on n'est pas du tout dans les mêmes échelle de temps !!), et probablement qu'il est en croissance même si ça ne se voit pas sur le taux global. Mais dans ce cas ce n'est qu'une question de quelques mois avant qu'il ne devienne prédominant et nous rejoue le coup du variant anglais à l'automne . D'ailleurs certains n'hésitent pas à afficher ça comme une certitude

https://www.cnews.fr/videos/france/2...sez-importante

Par ailleurs la montée des cas en Grande Bretagne ne montre pas de signe de ralentissement et je ne vois pas comment la situation pourrait s'améliorer d'ici 4 semaines si il n'y a pas de réaction forte ...

https://ourworldindata.org/explorers...e&country=~GBR

et donc ça repose toujours la même question : pourquoi attend-on toujours que ce soit devenu grave pour réagir ?
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[papy-alain]

et donc ça repose toujours la même question : pourquoi attend-on toujours que ce soit devenu grave pour réagir ?

A cause de la mentalité des gens. En Australie, on confine une ville entière pour quatre ou cinq cas dans un immeuble.
En France, on dira : "si je fais ça, je ne serai pas réélu".

[invite7a0a8d2e]

en ce moment je passe de l'optimisme au pessimisme à peu près une fois par jour . D'après Véran, le variant delta représente entre 2 et 4 % des infections, ce qui signifie qu'il circule bel et bien et a échappé aux mesures pour le circonscrire

Quelles mesures "pour le circonscrire" ?
Non, il y a de l'agitation et on annonce haut et fort qu'on faits plein de choses (c'est comme la Mairie par ici, qui déboise et tond tout à raz pour ensuite mettre des beaux panneaux vantant la biodiversité, photo de martin-pêcheur à l'appui (les deux que je connaissais sont allés pêcher ailleurs faute d'habitat...)).
Est-ce proportionné à la menace ?

(à propos je ne comprends pas du tout la logique de réagir à la présence du variant par une vaccination amplifiée dans les zones concernées, on n'est pas du tout dans les mêmes échelle de temps !!), et probablement qu'il est en croissance même si ça ne se voit pas sur le taux global.

Si justement, c'est tout à fait cohérent avec le niveau de réactivité atteint pour toutes les autres mesures.
A peu de choses près, perso j'ai compté environ 15 jours de retard au minimum.

et donc ça repose toujours la même question : pourquoi attend-on toujours que ce soit devenu grave pour réagir ?

Oui,bonne question; pourquoi est-ce systématique ?

J'aurais dit que c'est une histoire de chaine de commandement.
L'alerte part du bas, remonte peu à peu dans les méandres de la hiérarchie, arrive tout en haut (c'est ici le problème) et redescend par percolation vers ceux qui agissent (ceux qui ont alerté en gros) => Temps de latence, 15 jours (et puis y a les week-end, jours fériés...).
Et malheur à celui qui entre-temps aurait pris une initiative, même si la décision finale correspond à l'initiative "personnelle" (qu'il s'agisse d'un préfet, maire ou médecin). Il a contrevenu à la décision prise en conseil de défense (sous huis clos).

[Archi3]

Quelles mesures "pour le circonscrire" ?

ben, celles qu'on finira par prendre quand on sera à 2 ou 300 cas par 100 000 habitants et que les soignants verront à nouveau leurs services se remplir ...

[yves95210]

Même en appliquant ce que tu décris, ça reste trop aléatoire. C'est avant d'être testé PCR+ qu'on est le plus contagieux. Et les cas contacts ne sont jamais tous identifiés, ne serait-ce que dans les transports en commun, les grandes surfaces, etc.

Mais
1) si on est identifié comme contact on est censé s'isoler avant même de savoir si on est PCR+ (et ne quitter l'isolement qu'après un test négatif réalisé au moins 7 jours après la date du contact)
2) tout ça est une question de probabilités : les contacts non identifiables ne représentent potentiellement qu'une petite proportion des personnes contaminées par un infecté, la plupart de celles-ci appartenant à son environnement proche (famille vivant sous le même toit, proches ou avec qui on a partagé un repas en intérieur, collègues ou relations de travail). La probabilité de contaminer quelqu'un dans les transports en commun ou les commerces est très faible lorsque le port du masque est respecté.
Ce n'est que si le nombre moyen de contacts à risque non identifiés ou refusant de s'isoler est supérieur à 1 que l'épidémie peut progresser. En supposant par exemple que R(t) atteigne 1,2 au début de l'été sans autre mesure que celles en vigueur actuellement (après levée du couvre-feu, etc.), le fait d'être capable d'identifier et d'isoler 20% de contacts en plus suffirait à le faire redescendre en-dessous de 1.

Effectivement l'effort nécessaire sera plus important dans les zones où le variant delta circule, avec une transmissibilité estimée 40 à 60% plus élevée que celle du variant alpha selon les données anglaises. Mais cette estimation pose question, car on voit mal pourquoi ce variant ne se propage pas plus vite en France ou ailleurs en Europe s'il possède un tel avantage en termes de transmissibilité. Même chose d'ailleurs en Inde vu le temps qu'il lui a fallu pour supplanter le variant alpha dans certaines régions (il a fallu bien moins de temps au variant alpha pour supplanter le variant historique en France). Mais cela peut évoluer rapidement en cas de multiples introductions du variant delta sur le territoire sans que les chaînes de contamination soient détectées assez tôt - comme cela s'est produit en Angleterre, dont les relations avec l'Inde sont beaucoup plus étroites (mais maintenant c'est le R-U. qu'il faudrait isoler du reste de l'Europe - finalement le Brexit n'a peut-être pas que des inconvénients )

[yves95210]

en ce moment je passe de l'optimisme au pessimisme à peu près une fois par jour . D'après Véran, le variant delta représente entre 2 et 4 % des infections, ce qui signifie qu'il circule bel et bien et a échappé aux mesures pour le circonscrire

https://www.lci.fr/sante/covid-19-le...n-2188816.html

(à propos je ne comprends pas du tout la logique de réagir à la présence du variant par une vaccination amplifiée dans les zones concernées, on n'est pas du tout dans les mêmes échelle de temps !!)

Pas dans les mêmes échelles de temps si on augmente trop le délai entre les deux doses comme l'ont fait les britanniques (jusqu'à 16 semaines pour le vaccin AZ, dont la première dose protège peu contre le variant delta). Mais si le délai de 4 (voire 3) semaines entre deux doses des vaccins à ARNm est respecté et que la vaccination est massive, en 5 à 6 semaines la population d'une zone peut être immunisée. Et avec le R(t) actuel du variant alpha, environ 0,8, en supposant que le variant delta soit effectivement 50% plus transmissible, dans cette période le nombre de contaminations par ce variant n'aura été multiplié que par environ 3.
Si on part d'une incidence assez faible (autrement dit si la présence du variant est détectée assez tôt et que son incidence est par exemple encore de l'ordre de 10/100000 puisqu'il ne représente encore qu'une faible proportion des cas), la couverture vaccinale peut suffire à bloquer sa progression avant qu'elle devienne préoccupante.

Le problème est plutôt d'éviter les interactions entre les habitants de la zone concernée et le reste de la région ou du pays pendant une période aussi longue. Là on retombe sur les difficultés qu'on a en France pour boucler administrativement une zone. Il pourrait d'ailleurs ne pas s'agir d'un confinement strict : ses habitants de cette zone pourraient s'y déplacer librement et ne pas y subir d'autres mesures que celles qui permettent de maintenir R<1 ailleurs, mais ce sont les déplacements hors de la zone (ou vers la zone) qui devraient être strictement contrôlés.
Plus facile à dire qu'à faire (pour ça les méthodes chinoises ont du bon )...

[yves95210]

Mais dans ce cas ce n'est qu'une question de quelques mois avant qu'il ne devienne prédominant et nous rejoue le coup du variant anglais à l'automne . D'ailleurs certains n'hésitent pas à afficher ça comme une certitude

https://www.cnews.fr/videos/france/2...sez-importante

ça rejoint ce que je disais là à propos de la couverture vaccinale insuffisante des personnes vulnérables. Pour une partie d'entre elles par "choix personnel", et pour d'autres à cause des difficultés rencontrées en particulier par les personnes (très) âgées isolées pour se faire vacciner (la couverture vaccinale des 80+ est inférieure de 10 points à celle des 70-79 ans).

Malgré tout, si la couverture vaccinale complète (2 doses) des adultes atteint 70% avant fin août comme elle en prend le chemin (Castex n'a pas pris de risque en annonçant l'objectif de 35 millions), additionnée à l'immunité acquise par plus de 40% des 0-49 ans, 20% des 50-69 ans et 10 à 15% des 70+ suite à une infection, 70 à 75% de la population totale seront immunisés avant l'automne et c'est surtout parmi les enfants que le virus circulera.
Même si le Ro du variant delta est de l'ordre de 6, et même en l'absence de toute mesure (ce qui ne veut pas dire que tout le monde aura oublié les gestes barrières élémentaires), R(t) serait de l'ordre de 1,5. L'effort à faire pour éviter une quatrième vague sera donc beaucoup plus limité que ce qu'on a connu en 2020 (avec Ro de l'ordre de 3 et sans immunité lors de la première vague, ou 10% d'immunisés au début de la deuxième) et encore ce printemps (avec Ro du variant alpha de l'ordre de 4,5 mais seulement 25 à 30% de la population immunisés).

De plus, si cette vague arrive quand-même, son amplitude sera naturellement limitée par le fait que la population susceptible sera bien plus petite que lors des premières vagues; et son impact sur les hôpitaux par le fait que 90% des personnes vulnérables seront protégées contre les cas graves par le vaccin.
C'est surtout les grands-parents (ou parents vulnérables) non vaccinés qui auront du souci à se faire.
A part pour ceux qui ont de réelles contre-indications au vaccin (et pour les comptes de la sécu), j'aurais tendance à dire : tant pis pour eux
Ou comme Blachier dans l'interview que tu cites, «Au milieu de l'été, si on a pas réussi à vacciner cette population vulnérable qui reste à risque, et bah à ce moment-là on entrera dans le sujet de l'obligation vaccinale».
Si déjà toutes les personnes qui sont en ALD pour une ou l'autre des pathologies augmentant le risque de Covid grave étaient obligées de se faire vacciner sous peine de suppression de leur statut (ou au moins, plus politiquement correct, traquées par l'Assurance-Maladie jusqu'à qu'elles finissent par accepter le vaccin), ça ferait du ménage... (décidément j'abuse de ce smiley ces derniers temps)

[pascelus]

Si déjà toutes les personnes qui sont en ALD pour une ou l'autre des pathologies augmentant le risque de Covid grave étaient obligées de se faire vacciner sous peine de suppression de leur statut (ou au moins, plus politiquement correct, traquées par l'Assurance-Maladie jusqu'à qu'elles finissent par accepter le vaccin), ça ferait du ménage... (décidément j'abuse de ce smiley ces derniers temps)

Bonjour Yves,

Note que si ces personnes attrapent un Covid grave elles vont abréger leur vie en meme temps que leur couverture de l'Assurance-Maladie pour leur ALD, donc avantage pour cette dernière au contraire... (pour poursuivre avec le smiley...)

[ba2175]

Est ce que si quatrième vague il devait y avoir, le gouvernement ne préfèrerait pas une vaccination obligatoire plutôt qu'un confinement plus ou moins strict de 7 mois ?
Est ce que si on retrouve un foyer de contaminations de variant delta à une région précise, est ce que le fait de booster la vaccination a cet endroit précis pourrait régler ce problème de contaminations à cet endroit, un peu comme avec le variant bordelais ? D'ailleurs, ils en sont où ?
En gros, est ce qu'on va rentrer dans une situation où il suffira de bien vacciner une population dans une région donnée pour contrôler l'épidémie sans grosse restriction ? Vous pensez que l'Angleterre pourra garder le contrôle de l'épidémie sans avoir à reconfiner?

[invite7a0a8d2e]

Malgré tout, si la couverture vaccinale complète (2 doses) des adultes atteint 70% avant fin août comme elle en prend le chemin (Castex n'a pas pris de risque en annonçant l'objectif de 35 millions), additionnée à l'immunité acquise par plus de 40% des 0-49 ans, 20% des 50-69 ans et 10 à 15% des 70+ suite à une infection, 70 à 75% de la population totale seront immunisés avant l'automne et c'est surtout parmi les enfants que le virus circulera.

Pas seulement.
Je pense qu'on a tendance à se regarder le nombril (les médias ne parlent d'ailleurs quasiment plus que de la France, de la France et de la France...)
Or le monde étant vaste, le nombre d'individus non vaccinés au niveau mondial étant très insuffisant et les variants qui finiront par échapper aux vaccins actuels étant appelés à apparaitre d'ici peu, ce ne sont pas nos enfants qui vont nous inquiéter le plus.
Et vu la méthode française avec son train de retard, il est clair que si jamais un seul infecté met les pieds sur le territoire, c'est rebelote...

[invite7a0a8d2e]

Pour donner une idée le l'étendue du problème, voici les statistiques du jour :

21.1% of the world population has received at least one dose of a COVID-19 vaccine.
2.5 billion doses have been administered globally, and 33.9 million are now administered each day.
Only 0.8% of people in low-income countries have received at least one dose.

https://ourworldindata.org/covid-vaccinations

Donc un cinquième d'individus vaccinés (et encore ... 1ere dose)
Et à peine 1% dans les pays pauvre...
Ces deux données permettent de dire que les variants vont continuer à évoluer ET que la France en tant que pays touristique sera alors aux premières loges si un variant échappant à l'immunité devait apparaitre.

[Archi3]

ésente encore qu'une faible proportion des cas), la couverture vaccinale peut suffire à bloquer sa progression avant qu'elle devienne préoccupante.

Le problème est plutôt d'éviter les interactions entre les habitants de la zone concernée et le reste de la région ou du pays pendant une période aussi longue. Là on retombe sur les difficultés qu'on a en France pour boucler administrativement une zone. Il pourrait d'ailleurs ne pas s'agir d'un confinement strict : ses habitants de cette zone pourraient s'y déplacer librement et ne pas y subir d'autres mesures que celles qui permettent de maintenir R<1 ailleurs, mais ce sont les déplacements hors de la zone (ou vers la zone) qui devraient être strictement contrôlés.
Plus facile à dire qu'à faire (pour ça les méthodes chinoises ont du bon )...

c'est bien ce que je voulais dire : c'est qu'en 5 ou 6 semaines, le virus a très largement le temps d'avoir diffusé en dehors de la zone de vaccination, les gens ne vivent pas sur des iles isolées les unes des autres. La connexité des contacts n'est pas que par la zone d'habitation (collègues de boulot, famille distante, etc ...)

[Archi3]

ça rejoint ce que je disais là à propos de la couverture vaccinale insuffisante des personnes vulnérables. Pour une partie d'entre elles par "choix personnel", et pour d'autres à cause des difficultés rencontrées en particulier par les personnes (très) âgées isolées pour se faire vacciner (la couverture vaccinale des 80+ est inférieure de 10 points à celle des 70-79 ans).

on est bien d'accord que si le variant delta diffuse, on n'évitera sans doute pas cette 4e vague - on peut déjà la prévoir approximativement en prolongeant la croissance actuelle du nombre de cas dus au variant delta, comme en janvier on savait qu'elle arriverait autour du mois de mars.

Mon espoir était qu'on aurait été capable de mettre en place des procédures de traçage et peut etre de confinements localisés suffisamment efficaces pour bloquer les clusters, mais ça n'a pas l'air d'être vraiment le cas.

[Archi3]

Vous pensez que l'Angleterre pourra garder le contrôle de l'épidémie sans avoir à reconfiner?

on ne le saura que quand la courbe des contaminations recommencera à décroitre ...

[yves95210]

Pas seulement.
Je pense qu'on a tendance à se regarder le nombril (les médias ne parlent d'ailleurs quasiment plus que de la France, de la France et de la France...)
Or le monde étant vaste, le nombre d'individus non vaccinés au niveau mondial étant très insuffisant et les variants qui finiront par échapper aux vaccins actuels étant appelés à apparaitre d'ici peu, ce ne sont pas nos enfants qui vont nous inquiéter le plus.
Et vu la méthode française avec son train de retard, il est clair que si jamais un seul infecté met les pieds sur le territoire, c'est rebelote...

Je ne parlais que d'une éventuelle quatrième vague due au variant delta. N'ayant pas de boule de cristal je ne me risquerai pas à faire des paris sur le fait que les futurs variants epsilon, zeta, eta, etc. (jusqu'à la fin de l'alphabet grec) seront ou ne seront pas plus susceptibles d'échapper aux vaccins actuels que les variants déjà connus. Des spécialistes sauraient peut-être mieux nous dire quelles sont les possibilités de mutation du virus qui lui donneraient un avantage en la matière, plus important que ceux dont bénéficient les variants actuels.

D'autre part, dans les pays dont les populations sont peu vaccinées, l'échappement au vaccin ne procure pas un avantage considérable à un variant, au contraire d'une transmissibilité accrue. Donc dans les pays fortement vaccinés (comme la France devrait l'être à la fin de l'été), ce n'est pas forcément des variants issus des pays peu vaccinés qu'il faut le plus s'inquiéter. Quant aux variants plus transmissibles, plus on sera proche du seuil d'immunité collective vis-à-vis du variant précédent, moins leur effet sera important (ce n'est pas la même chose de subir une épidémie due à un nouveau variant pour lequel le seuil est à 85% quand on en est déjà à 70% d'immunité que quand on n'en est qu'à 10 ou 20%).

Bref, j'en ai un peu marre des Cassandre qui nous prédisent une nouvelle catastrophe dès que la situation semble s'améliorer. Sauf quand ces Cassandre sont des scientifiques du domaine concerné (virologues ou immunologistes), capable d'étayer leurs affirmations par des arguments basés sur des faits connus. Sinon, on peut toujours écrire des bouquins de SF apocalyptique.

Mais je suis d'accord sur un point : les objectifs de la campagne de vaccination devraient être mondiaux, et pas seulement d'un point de vue égoïste (éviter que des variants ayant émergé dans des pays peu vaccinés viennent provoquer une nouvelle vague épidémique chez nous). Et sur ce point, je rejoins ceux qui estiment que, avant de vacciner les enfants ou ados des pays riches (dont la couverture vaccinale sera déjà élevée sans cela), il faudrait utiliser les doses disponibles pour vacciner au moins les personnes vulnérables des autres pays. Il est question de vacciner les 12-18 ans (ou ça a déjà commencé) et peut-être plus tard les 6-11 ans en Amérique du Nord, en Europe (au sens large, R-U inclus), etc. Au total ce sont des centaines de millions de doses de vaccins qui seraient mieux utilisées ailleurs.

Comme tu dis, faudrait arrêter de se regarder le nombril. Même avec les à-peu-près de la politique suivie depuis 18 mois, on n'est pas les plus mal lotis.

[invite7a0a8d2e]

Je ne parlais que d'une éventuelle quatrième vague due au variant delta. N'ayant pas de boule de cristal je ne me risquerai pas à faire des paris sur le fait que les futurs variants epsilon, zeta, eta, etc. (jusqu'à la fin de l'alphabet grec) seront ou ne seront pas plus susceptibles d'échapper aux vaccins actuels que les variants déjà connus. Des spécialistes sauraient peut-être mieux nous dire quelles sont les possibilités de mutation du virus qui lui donneraient un avantage en la matière, plus important que ceux dont bénéficient les variants actuels.

Oui, enfin spécialiste ou pas des virus, ça n'a eu l'air d'avoir changé grand chose dans le passé récent lorsqu'il était question de nous fournir des prévisions fiables.
Je pense que de simples biologiste, peut-être ceux plus spécialisés dans l'évolution, avec un bon bagage de biochimie auront plus de chances à ce niveau.

D'autre part, dans les pays dont les populations sont peu vaccinées, l'échappement au vaccin ne procure pas un avantage considérable à un variant, au contraire d'une transmissibilité accrue.

Oui ou pas, on ne sait pas.
En tous cas, ce qu'on sait c'est qu'il existe une dérive génétique.
Dans une population, dirons-nous homogène (tous pas vaccinés), s'il y a "pandémie" on a l'apparition de nombreuses lignées qui à un moment donné peuvent statistiquement aboutir à des variants capables de passer par dessus les défenses immunitaires.
Rien de plus classique, c'est déjà le cas de la grippe tous les ans.
Après, la sélection du variant particulier peut, 1. Se faire dans la population initiale (eh oui, le vaccin agit sur moins de locus protéiques que l'immunité naturelle.. mais on le fait agir plus fort, certes, que dans l'immunité naturelle), 2. Se faire à l'extérieur de la population, sur nos populations vaccinées.

Donc dans les pays fortement vaccinés (comme la France devrait l'être à la fin de l'été), ce n'est pas forcément des variants issus des pays peu vaccinés qu'il faut le plus s'inquiéter.

Jusqu'à preuve du contraire.

Bref, j'en ai un peu marre des Cassandre qui nous prédisent une nouvelle catastrophe dès que la situation semble s'améliorer. Sauf quand ces Cassandre sont des scientifiques du domaine concerné (virologues ou immunologistes), capable d'étayer leurs affirmations par des arguments basés sur des faits connus. Sinon, on peut toujours écrire des bouquins de SF apocalyptique.

Pareil pour ma part pour ceux qui prédisent une amélioration béate sans être capable d'étayer leurs dire sur une base scientifique.
Ce qui est le cas de la moitié des virologues en gros (les autres c'est des ivrologues )

Mais je suis d'accord sur un point : les objectifs de la campagne de vaccination devraient être mondiaux, et pas seulement d'un point de vue égoïste (éviter que des variants ayant émergé dans des pays peu vaccinés viennent provoquer une nouvelle vague épidémique chez nous).

Exact.
Ce n'est plus ici que ça se passe maintenant et peaufiner sur la vaccination des ados, c'est absurde.
Et si on en crois les premières fréquences d'apparition des variants connus, désolé de me présenter en Cassandre... je suis quasiment certain qu'on va voir apparaitre le variant qui échappera à la vaccination d'ici au max 1 an.

Si vous regardez le taux de vaccination mondial... c'est comme si on avait rien fait.
On est en roue libre là.

[yves95210]

Bonjour,

Une remarque concernant l'estimation de la transmissibilité du variant delta sur la base des données anglaises : la période de forte progression de la part du variant delta par rapport à celle du variant alpha coïncide avec la période où, du fait de la politique vaccinale adoptée au R-U., une grande partie de la population n'avait reçu qu'une première dose de vaccin (Pfizer ou AZ), et où la couverture vaccinale complète était encore faible.

Par exemple début avril, 47% des britanniques avaient reçu au moins une dose mais seulement 7% les deux doses (essentiellement les personnes les plus vulnérables, qui avaient été priorisées au début de la campagne). Autrement dit, 40% ne bénéficiaient que d'une protection partielle, correcte contre le variant alpha quelques semaines après l'injection d'une dose de l'un ou l'autre des vaccins utilisés, mais très insuffisante contre le variant delta, en particulier avec le vaccin AZ, largement utilisé au R-U.
Selon les données de PHE, on peut estimer que, quelques semaines après l'injection, la première dose réduit de 80% le risque d'infection par le variant alpha, mais seulement de 20% par le variant delta (en moyenne des deux vaccins).
En comptant les ~30% de non vaccinés immunisés suite à une infection (15% de la population totale), la situation était donc la suivante vers la mi-avril :
- complètement immunisés (vaccination complète ou infection) : 22%
- partiellement immunisés (seulement une dose de vaccin) : 40%
- complètement susceptibles (d'être infectés par l'un ou l'autre variant) : 38%
En tenant compte de la protection partielle apportée par la première dose de vaccin, cela correspondait à 54% d'immunisés contre le variant alpha, seulement 30% contre le variant delta. A mesures identiques et à Ro identique pour les deux variants cela conduisait naturellement à une valeur de R (1-0,3)/(1-0,54)=1,5 fois plus élevée pour le variant delta que pour le variant alpha.

On peut donc se demander si l'estimation d'une transmissibilité du variant delta accrue d'environ 50% par rapport à celle du variant alpha n'est pas essentiellement due à cet effet, amplifié par l'allongement du délai entre les deux injections décidé par les autorités britanniques.

Si on applique ça à la situation en France, ~13 M partiellement vaccinés (20% de la population) et 13 M complètement vaccinés début juin (20% de la pop.), un tiers des 60% non vaccinés immunisés par une infection antérieure (20% de la pop.), aujourd'hui l'avantage du variant delta par rapport au variant alpha ne serait que de (1-0,56)/(1-0,44)=1,27.
Avec un R(t) du variant alpha légèrement inférieur à 0,8 aujourd'hui, cela peut expliquer que le nombre de cas dus au variant delta n'augmente pas (son R(t) serait proche de 1), bien que sa part soit croissante (autour de 5% aujourd'hui selon le ministre de la santé).
Comme depuis quelque temps le nombre de secondes injections pratiquées quotidiennement dépasse celui des premières injections, le pourcentage de partiellement vaccinés n'augmente plus, et va progressivement diminuer en faveur de celui des complètement vaccinés, réduisant l'avantage du variant delta.

Evidemment ce calcul à la grosse louche^(*) ne prétend pas être exact. Il n'a pour but que d'illustrer une hypothèse (optimiste). Mais celle-ci a bien été émise par certains épidémiologistes au R-U ces derniers mois.
La réalité se situe sans-doute entre les deux hypothèses extrêmes (avantage du variant delta uniquement dû à une transmissibilité 50% plus élevée vs. avantage uniquement dû à la faible protection contre ce variant fournie par la première dose de vaccin, et qui devrait s'annuler au terme de la campagne de vaccination).

(*) En particulier j'ai considéré que l'efficacité des vaccins est de 100% après deux doses, rigoureusement il faudrait tenir compte de leur efficacité réelle, 90 à 95%; de même pour l'immunité acquise suite à une infection. D'autre part le calcul ne tient pas compte de l'hétérogénéité de la population, des hétérogénéités géographiques du pourcentage d'infectés, etc.

[yves95210]

Erratum :

Si on applique ça à la situation en France, ~13 M partiellement vaccinés (20% de la population) et 13 M complètement vaccinés début juin (20% de la pop.), un tiers des 60% non vaccinés immunisés par une infection antérieure (20% de la pop.), aujourd'hui l'avantage du variant delta par rapport au variant alpha ne serait que de (1-0,56)/(1-0,44)=1,27.

C'est évidemment (1-0,44)/(1-0,56) = 1,27.

[Archi3]

Yves, un article de covidtracker, si tu as le temps de l'éplucher (pas moi ...)

https://covidtracker.fr/chercher-lindien/

au premier coup d'oeil je ne vois pas la courbe qui me paraitrait intéressante, c'est à dire la courbe de contaminations du variant indien qui pourrait donner une estimation du R de ce variant.

Je sursaute toujours aussi quand je lis des choses comme

La caractéristique des courbes exponentielles, c’est qu’elles montent très vite… pour mieux redescendre en flèche.

c'est complètement faux, contrairement à la croyance commune, une exponentielle ne monte pas forcément "très vite", sa caractéristique est de monter simplement à un taux de croissance constant. Il peut etre lent ou rapide suivant l'échelle de temps auquel on le regarde. La plupart des épargnants ne considèrent pas que leur épargne rémunérée à 0,5 % par an croit "très vite", et pourtant c'est bien une exponentielle . Et bien sur si une courbe monte puis redescend, ce n'est pas une exponentielle ...

[Bruno]

Et sur ce point, je rejoins ceux qui estiment que, avant de vacciner les enfants ou ados des pays riches (dont la couverture vaccinale sera déjà élevée sans cela), il faudrait utiliser les doses disponibles pour vacciner au moins les personnes vulnérables des autres pays. Il est question de vacciner les 12-18 ans (ou ça a déjà commencé) et peut-être plus tard les 6-11 ans en Amérique du Nord, en Europe (au sens large, R-U inclus), etc. Au total ce sont des centaines de millions de doses de vaccins qui seraient mieux utilisées ailleurs.

Argument populiste. Deja, avec 20% de la population européenne qui a moins de 18 ans, on n'arrivera jamais a l'immunité collective en les excluant de la vaccination. Sauf a laisser le covid circuler parmi les jeunes, sachant qu'environ 15% souffriront d'un covid long. Enfin, les jeunes recevront les vaccins a ARN qui demandent une importante logistique du froid, ce qui rend impossible leur déploiement dans les pays pauvres.

[invite7a0a8d2e]

Maintenant que vous le dites, c'est vrai qu'on peut se demander comment les experts font pour déterminer une plus grande "transmissibilité" (R accru).
De manière pratique, il n'y a à ma connaissance aucun standard permet de mesurer cette valeur "toutes conditions égales par ailleurs" si je puis dire.

Vu que les conditions environnementales changent constamment, on porte le masque, on est plus ou moins vacciné, il fait beau, etc etc etc, il est difficile de donner un chiffre fiable.
Tout ce qu'on peut faire, c'est comparer la progression d'un variant par rapport à un autre.
Si un variant progresse plus qu'un autre, il présente un facteur de transmissibilité plus élevé, c'est tout.
Et sur ce point, on peut également se demander si il n'y a pas le risque de confondre "plus grande transmissibilité" avec "faiblesse immunitaire".

Le variant historique par exemple ayant plus de chance d'être mieux toléré par une population ayant déjà été en contact (et donc on a un R qui diminue pour ce variant) alors qu'un variant delta, contre lequel les défenses immunitaires sont pour le moment moins efficaces, pourrait avoir un avantage (et on verrait par comparaison relative avec la progression du variant historique une plus grande transmissibilité, mais pas lié à un effet propre au virus).

D'ailleurs on constate que le vaccin Pfizer est effectivement moins efficace contre le variant delta (même si pour ce variant là la protection contre les formes létales est encore très bonne), ce qui n'a rien à voir avec une question de transmissibilité.

[yves95210]

Argument populiste. Deja, avec 20% de la population européenne qui a moins de 18 ans, on n'arrivera jamais a l'immunité collective en les excluant de la vaccination. Sauf a laisser le covid circuler parmi les jeunes, sachant qu'environ 15% souffriront d'un covid long.

Je ne sais pas ce qui est le plus populiste, entre favoriser chez nous la partie de la population dont le risque est le plus faible, ou proposer que les quelques centaines de millions de doses qui seraient consacrées à cela par les pays riches en 2021 soient plutôt utilisées pour combattre la pandémie dans les pays pauvres, en particulier en vaccinant au plus vite leurs citoyens vulnérables.

Quant à l'argument (rebattu) suivant, il n'est plus vraiment d'actualité

Enfin, les jeunes recevront les vaccins a ARN qui demandent une importante logistique du froid, ce qui rend impossible leur déploiement dans les pays pauvres.

En effet, l'Agence européenne du médicament (EMA) recommande d'étendre la durée de conservation au réfrigérateur du vaccin COMIRNATY à 31 jours, au lieu de 5 jours actuellement (source).

Et d'une certaine façon, il revient à dire aux pays pauvres : contentez-vous des vaccins qui sont boudés chez nous parce que supposés moins efficaces ou plus dangereux. Et vaccinez y compris vos jeunes avec les vaccins qui ont été réservés aux plus de 55/60/65 ans dans les pays riches parce qu'ils présentaient un rapport bénéfice risque défavorable (même si perso j'en doute) pour les plus jeunes.

[FabiFlam]

Je crois que la question à l'heure actuelle ne se pose pas: il faut vacciner tout le monde, partout et le plus vite possible. Donc le sujet c'est comment y arriver ?

Si on ne vaccine que les plus vulnérables en laissant le virus circuler, ça ne marchera pas. Je trouve normal de vacciner d'abord où le virus circule le plus et fait le plus de dégâts: je pense que c'est l'Europe et l'Amérique non ?

FabiFlam

[yves95210]

Yves, un article de covidtracker, si tu as le temps de l'éplucher (pas moi ...)

https://covidtracker.fr/chercher-lindien/

au premier coup d'oeil je ne vois pas la courbe qui me paraitrait intéressante, c'est à dire la courbe de contaminations du variant indien qui pourrait donner une estimation du R de ce variant.

Tout simplement parce qu'on n'a pas les données nécessaires. A part dans les quelques foyers de transmission qui ont été détectés, jusqu'à tout récemment le variant delta n'était pas recherché systématiquement, contrairement aux précédents qui faisaient l'objet de tests PCR de criblage.

On devrait avoir une meilleure visibilité dans les prochaines semaines compte-tenu de l'évolution (tardive...) de la stratégie de criblage : selon le dernier point épidémiologique hebdomadaire (dans lequel figurent les premières données issues de la nouvelle stratégie),

Une nouvelle stratégie nationale de criblage systématique par RT-PCR des tests positifs pour le SARS-CoV-2 a été mise en place à partir du 31 mai 2021. Jusqu’à présent, les kits de criblage utilisés ciblaient la mutation N501Y commune aux quatre VOC Alpha (20I/501Y.V1), Beta (20H/501Y.V2), Gamma (20J/501Y.V3) et 20I/484K, et une ou plusieurs autres mutations permettant de distinguer le VOC Alpha des VOC Beta et Gamma. Toutefois, avec l’introduction et la diffusion progressive d’un nombre plus important de variants porteurs d’autres mutations d’intérêt, notamment ceux porteurs de la mutation E484K et du VOC Delta (21A/4778K) qui est porteur de la mutation L452R, cette stratégie ne permettait plus un suivi précis de l’évolution des variants d’intérêt en France. Désormais, les kits de criblage utilisés ciblent systématiquement les trois mutations d’intérêt E484K, E484Q et L452R, permettant un suivi réactif de la diffusion des variants porteurs de ces mutations d’intérêt au niveau national et dans les territoires les plus touchés, de façon complémentaire à la stratégie nationale de surveillance génomique.
Les données de criblage pour les trois mutations d'intérêt sont à interpréter avec précaution en raison de la montée en charge progressive de cette nouvelle stratégie de criblage mise en place depuis le 31 mai. Pour la semaine 23, parmi l’ensemble des tests positifs pour le SARS-CoV-2, 13 862 tests RT-PCR et antigéniques ont été criblés, soit 37,5%. À noter que toutes ces mutations ne sont pas encore systématiquement recherchées dans l'ensemble des tests criblés, en raison de l'équipement progressif de ces nouveaux kits de criblage par les laboratoires d'analyse médicale. Ces données sont un premier point de mesure et seront suivies avec attention dans les prochaines semaines pour mesurer l’évolution de la circulation des différents variants sur le territoire.

[Bruno]

Je ne sais pas ce qui est le plus populiste, entre favoriser chez nous la partie de la population dont le risque est le plus faible, ou proposer que les quelques centaines de millions de doses qui seraient consacrées à cela par les pays riches en 2021 soient plutôt utilisées pour combattre la pandémie dans les pays pauvres, en particulier en vaccinant au plus vite leurs citoyens vulnérables.

Je n'ai jamais entendu quelqu'un proposer de rerouter les vaccins obligatoires (diphtérie, rougeole, oreillons...) vers les pays pauvres sous prétexte que l'infection se passe bien la plupart du temps. Il y a une part significative de covid long, mais aussi des formes graves (certes rares) type syndrome inflammatoire qui les envoie en reanimation. Sans compter les milliers d'enfants chez qui le vaccin ne fonctionne pas et dont la survie depend de l'immunité de leurs camarades. On pourrait meme retourner ton argument: les populations des pays pauvres étant deja confrontées a des tas de maladies dont le risque est plus élevé que le covid, le risque est plus faible que celui des populations protégées des pays riches (les plus vulnérables ayant deja été éliminés par la nature). C'est un peu ce qu'on a observé en Inde: https://www.francetvinfo.fr/monde/in...s_4634121.html

En effet, l'Agence européenne du médicament (EMA) recommande d'étendre la durée de conservation au réfrigérateur du vaccin COMIRNATY à 31 jours, au lieu de 5 jours actuellement.

Ces jours supplémentaires ne changent rien quand l'approvisionnement en électricité est aléatoire, que les competences manquent, que les populations sont difficiles d'accès et méfiantes et qu'un gouvernement défaillant est incapable d'organiser la chaine amont.

[yves95210]

Je crois que la question à l'heure actuelle ne se pose pas: il faut vacciner tout le monde, partout et le plus vite possible. Donc le sujet c'est comment y arriver ?

Si on ne vaccine que les plus vulnérables en laissant le virus circuler, ça ne marchera pas. Je trouve normal de vacciner d'abord où le virus circule le plus et fait le plus de dégâts: je pense que c'est l'Europe et l'Amérique non ?

Vraiment ? (je suppose que tu sous-entends Amérique du Nord...)


(source)

[FabiFlam]

Non, tu devrais savoir que je ne sous-entend jamais rien. Quand je veux dire quelque chose je le dis. Et si je me suis mal exprimée je corrige.

Maintenant, c'est vrai que depuis quelques temps l'Inde change le paysage de circulation du virus, mais pendant longtemps on avait surtout des cas en Europe et Amérique. Jusqu'en janvier, ton graphique (merci !) le montre bien d'ailleurs.

FabiFlam

[invite7a0a8d2e]

N'empêche que c'est vrai que le virus ne circule pas des masses en Afrique (là où effectivement également on a des populations qui dépendent entièrement du bon vouloir d'une autorité pour (se payer...) accéder au vaccin.
Maintenant, je me demande aussi, par exemple sur le graphique proposé plus haut, dans quelle mesure on estime clairement la situation (toutes les données sont-elles bien remontées ?).

[yves95210]

Maintenant, c'est vrai que depuis quelques temps l'Inde change le paysage de circulation du virus, mais pendant longtemps on avait surtout des cas en Europe et Amérique. Jusqu'en janvier, ton graphique (merci !) le montre bien d'ailleurs.

Pas seulement l'Inde : aujourd'hui la grande majorité des cas en Amérique (et près de la moitié des cas dans le monde) concernent l'Amérique latine (moins de 10% de la population mondiale, ou la moitié de la population de l'Inde), alors que durant la première et la deuxième vague, c'était effectivement en Europe et aux USA que le virus circulait le plus, et de loin.

La vaccination (dont les pays les plus riches ont bénéficié les premiers) a manifestement changé la donne. Raison pour laquelle je réagissais à ton message : si tu penses qu'il faut prioriser les pays "où le virus circule le plus et fait le plus de dégâts" aujourd'hui, ce n'est évidemment pas de l'Europe et des USA qu'il s'agit.

Dans la plupart des pays "du Nord" on aura atteint 70 à 80% d'immunité populationnelle cet automne, voire dès cet été dans certains, et partout ce sont les plus vulnérables qui bénéficient de la couverture vaccinale la plus large. De quoi faire face à une éventuelle quatrième vague due à un variant plus transmissible sans trop de dégâts et sans avoir besoin de remettre la société à l'arrêt.
Il serait peut-être temps d'arrêter de se regarder le nombril et de se préoccuper de ce qui se passe ailleurs, et comment les moyens devraient être répartis à l'échelle mondiale pour optimiser la lutte contre la pandémie. Pas dans le but illusoire d'éradiquer le virus, mais pour limiter les dégâts qu'il causera.

[FabiFlam]

Personnellement je pense qu'il faut vacciner en priorité là où il y a circulation. Tant pis si pour des raisons politiques certains ne trouvent pas ça à leur goût. Le sujet est trop sérieux pour faire de la politique du vaccin.

FabiFlam