Origine de la vie, contestation du darwinisme et de la science actuelle

[invite74a6a825]

ce qu'on dit des logiciels libre est un encouragement pour le darwinisme

De part l'ouverture des sources et la possibilité de les modifier, les logiciels libres permettent la contribution de tout un chacun. Ces contributions portent parfois sur des petites parties du logiciel, et se font par des personnes différentes dans le monde entier et sans autre rapport que la base de source commune. Ceci permet l'exploration de différentes solutions techniques, et généralement, la meilleure est retenue. Sur le long terme, grâce à la sélection naturelle des solutions techniques (merci Darwin), les logiciels libres se révèlent être les plus performants et les plus efficaces.

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[invite14397db8]

Pour clarifier, quand je parle de "théorie de l'évolution", je parle de l'état actuel des connaissances, pas du darwinisme "d'origine".
De toute façon, tant qu'il n'a pas été répondu aux questions de Michel, on ne saura jamais de quoi on doit parler...

[invite6c250b59]

Cette formulation évite l'interprétation que la sélection naturelle est le seul mécanisme en oeuvre.

Amha, c'est justement cette "évitement" qui serait critiquable dans ton questionnement (fort pertinent par ailleurs). L'intérêt d'une théorie de l'évolution, c'est de comprendre la spéciation et l'impact que les mécanismes de spéciation ont sur les caractéristiques des êtres vivants.

En d'autres mots, la question n'est pas tant de savoir si la sélection naturelle verticale existe (en l'occurence, tu as raison que c'est presque inévitable). La question est de savoir si ce mécanisme est suffisament important pour être central dans la compréhension de la spéciation.

En ce qui concerne les multicellulaires, il me semble que les évidences penchent pour une réponse affirmative. En ce qui concerne les unicellulaires, c'est très douteux.

Bien sur, on peut toujours redéfinir "théorie de l'évolution" d'une manière qui accomode autre chose que les transferts verticaux. Mais ce n'est pas du néodarwinisme. C'est autre chose, et cela n'amène pas les mêmes interprétations.

Par exemple concernant l'homogénéité du code génétique, la reconstruction des arbres comme le mentionne Cendre, mais aussi des questions encore plus intéressantes: pourquoi on voit des bouffées de spéciations à certaines époques? Pourquoi l'embryogénèse se ressemble tellement d'espèce en espèce qu'on a peut croire qu'elle résumait l'ontogénèse? Quelle est l'unité de base de la sélection naturelle?

Ces questions sont non triviales, et on ne peut les aborder avec une définition de "la théorie de la sélection naturelle" qui serait flou au point de ne pas faire de différence entre hérédité transmise verticalement et horizontalement. A l'extrème, une théorie de la sélection naturelle trop flou est une théorie complètement inefficace.

Dans le fond, s'il y a une chose que je reprocherais à la plupart des défenseurs de "la théorie de la sélection naturelle", c'est de ne pas préciser de quoi ils parlent. Je ne pense pas que tu manqueras la symétrie évidente de nos positions.

[invite6c250b59]

amha, le problème est que les opposants font un blocage sur le fait qu'un mécanisme "simple" puisse produire des objets complexes.

Les opposants religieux? Tout-à-fait d'accord, c'est pas le seul domaine ou cela les fait dérailler.

Pour clarifier, quand je parle de "théorie de l'évolution", je parle de l'état actuel des connaissances, pas du darwinisme "d'origine".

N'étant pas tout-à-fait à jour dans la litérature pertinente, j'aprécierais grandement que tu clarifies ce que tu entends par "état actuel des connaissances".

[invitedb5bdc8a]

Jiav, à partir du moment où l'on dispose d'un mécanisme d'évolution "de base" (mutations aléatoires de l'ADN, transmission aux descendants,sélection par l'environnement) et que d'autres mécanismes sont possibles (par exemple transmission horizontale) alors le mécanisme d'évolution de base finira par découvrir ces mécanismes possibles et si ils sont efficaces, ils seront sélectionnés. La sélection s'applique ainsi à elle même.

[invite74a6a825]

La sélection est naturelle mais qu'en est il de l'importance de la coopération ou symbiose dans l'évolution et même sa lute contre la sélection , équilibrant un peut la barbarie de celle ci

[invite6c250b59]

Jiav, à partir du moment où l'on dispose d'un mécanisme d'évolution "de base" (mutations aléatoires de l'ADN, transmission aux descendants,sélection par l'environnement) et que d'autres mécanismes sont possibles (par exemple transmission horizontale) alors le mécanisme d'évolution de base finira par découvrir ces mécanismes possibles et si ils sont efficaces, ils seront sélectionnés. La sélection s'applique ainsi à elle même.

Tu viens de mettre le doigt sur ce qui est àmha exactement le problème épistémologique de la théorie de la sélection naturelle. Nous avons tous appris à l'école que le Darwinisme a triomphé du Lamarckisme parce qu'il n'y a pas d'hérédité des caractères acquis. Maintenant imagine (ou découvre) qu'un organisme aquière une capacité à transmettre à sa descendance un caractère acquis (disons le stress). Cela s'explique (ou plutôt cela se rétroprédit) très bien en terme Darwinien: par hasard il y a eu une mutation qui permette l'hérédité aquise, c'est efficace donc sélectionné, CQFD.

Le problème, évidement, c'est que si la théorie est trop souple, alors elle est parfaitement inutile. D'une certaine façon, la théorie de la sélection naturelle tend à être identifié à "la survie du plus apte", apte étant défini comme "celui qui survit". Si on se limite à cela, la théorie est tautologique donc parfaitement vrai et parfaitement inutile.

Ma position est que le néodarwinisme est bien plus intéressant que cette vision naïve, mais ce n'est pas parce qu'elle repose sur cette tautologie. C'est parce qu'elle ne repose pas uniquement sur cette tautologie.

[invite6c250b59]

La sélection est naturelle mais qu'en est il de l'importance de la coopération ou symbiose dans l'évolution et même sa lute contre la sélection , équilibrant un peut la barbarie de celle ci

La théorie des jeux montre que cela émerge naturellement de la sélection naturelle (au sens traditionnel de néodarwinisme). C'en est une conséquence suprenante et non triviale, mais assez directe.

[Cendres]

Il aura fallu cette discussion pour que j'entende parler de la "théorie de la sélection naturelle".

[invité576543]

(...)

Je suis d'accord avec toi (et l'était avant ces échanges).

Mais ma série de questions n'est pas (et ne se voulait pas) complète ; il y a plusieurs points manquants (par référence avec mes réflexions personnelles), dont deux au moins aussi importants que ceux dans la liste (1). Mais il me semble important d'assurer le socle conceptuel correspondant à la liste que j'ai donnée, avant d'aller plus loin.

L'un de ces points manquant (selon un phrasage mien, mais qui me semble le même point que celui que tu soulèves) est l'adaptation fonctionnelle, la question étant du genre (pas le courage d'essayer une bonne formulation) si la sélection naturelle est un mécanisme suffisant pour entraîner l'adaptation fonctionnelle (le mot "adaptation" n'étant pas celui des évolutionnistes, ici c'est l'adéquation entre une structure et une fonction), y compris l'apparition de nouvelles fonctions. Je ne l'ai pas mise dans la première liste volontairement, parce que je sais que c'est l'un des deux points d'achoppement. Mes questions visent à "déblayer le terrain".

Note 1 : Le deuxième point est l'homme, question du genre "acceptez-vous que l'espèce humaine ne constitue pas une exceptions pour les questions qui précèdent ?

Note 2: Je ne te suis pas sur l'idée consistant à mettre en avant la spéciation, que je vois comme secondaire. À mon sens, l'acquisition et la disparition de fonctions est une idée plus importante (et qui me semble pouvoir jouer le rôle que la spéciation joue dans ta présentation). D'une part parce que cela fédère reproduction sexuée et non sexuée. D'autre part parce que je perçois la création d'une barrière d'espèce comme une perte fonctionnelle particulière (une diminution de l'ensemble des individus de l'autre sexe pouvant servir de partenaire de reproduction).

[invité576543]

La sélection est naturelle mais qu'en est il de l'importance de la coopération ou symbiose dans l'évolution et même sa lute contre la sélection , équilibrant un peut la barbarie de celle ci

La notion de "lutte contre la sélection" est très discutable !

La symbiose est au contraire une source de pression de sélection considérable, il me semble.

Quand à la coopération, la voir comme "lutte contre la sélection" est le plus souvent dû à une perception incorrecte de la sélection naturelle (ou non), qui ne consiste pas à "tuer", i.e., à jouer sur la survie des individus ; mais à déséquilibrer les taux reproductifs (i.e., à jouer sur la survie du message héréditaire). [En élevage d'animaux de compagnie, il y a une très forte sélection artificielle, mais qui se fait par "neutrage", les neutres étant placés et choyés comme les autres.]

[invite6c250b59]

Pourquoi l'embryogénèse se ressemble tellement d'espèce en espèce qu'on a peut croire qu'elle résumait l'ontogénèse?

...la phylogénèse

il me semble important d'assurer le socle conceptuel correspondant à la liste que j'ai donnée, avant d'aller plus loin.

Je ne sais pas... ta liste est déjà suffisante pour vérifier si un "sceptique" a les idées claires sur ce qu'il attaque. S'il a les idées claires, n'est-il pas plus efficace de lui laisser lui-même préciser l'objet attaqué?

Je ne te suis pas sur l'idée consistant à mettre en avant la spéciation, que je vois comme secondaire. À mon sens, l'acquisition et la disparition de fonctions est une idée plus importante (et qui me semble pouvoir jouer le rôle que la spéciation joue dans ta présentation).

Cela me semble équivalent à ce que je voulais dire (quoique pas forcément à ce que j'ai écris ).

[Cendres]

D'autre part parce que je perçois la création d'une barrière d'espèce comme une perte fonctionnelle particulière (une diminution de l'ensemble des individus de l'autre sexe pouvant servir de partenaire de reproduction).

Je ne comprends pas le rapport entre "barrière d'espèce" et les individus de l'autre sexe.

[JPL]

Nous avons tous appris à l'école que le Darwinisme a triomphé du Lamarckisme parce qu'il n'y a pas d'hérédité des caractères acquis.

Curieusement c'est le premier cliché qu'on retient à cause probablement de la théorie synthétique de l'évolution d'une part, et l'histoire de la girafe chez Lamarck, puis les simplifications abusives qui ont été faites ensuite dans une présentation simplifiée de cette opposition. Mais fondamentalement ce n'est pas cela qui sépare les deux visions de l'évolution chez ces auteurs : Darwin n'excluait pas totalement qu'il puisse y avoir dans certains cas une hérédité des caractères acquis, par contre la sélection naturelle n'existe absolument pas chez Lamarck. Toutefois les autres différences de la théorie de Lamarck sont plus complexes à décrire (en particulier un "mécanicisme" assez curieux où il voit les fluides internes "sculpter" de l'intérieur les organismes pour les faire évoluer et une différence entre les mécanismes de l'axe principal de l'évolution et celui des rameaux latéraux) mais il faudrait que je reprenne l'analyse approfondie qu'en fait Gould parce que c'est un peu lointain dans mes souvenirs.

[invite6c250b59]

Je ne comprends pas le rapport entre "barrière d'espèce" et les individus de l'autre sexe.

Cue: un mâle ne peut pas plus se reproduire avec les mâles de son espèce qu'avec les mâles d'une autre espèce là certains ajoutent: "Dieu sait qu'on essaye pourtant!" .

Sur les conséquences du transfert latéral, une discussion ici, qui a d'ailleurs reçu pas mal d'écho.

il faudrait que je reprenne l'analyse approfondie qu'en fait Gould

Te gène pas...

[Cendres]

Cue: un mâle ne peut pas plus se reproduire avec les mâles de son espèce qu'avec les mâles d'une autre espèce là certains ajoutent: "Dieu sait qu'on essaye pourtant!" .

Ca ne me dit toujours pas en quoi la création d'une "barrière d'espèce" constituerait une "perte fonctionnelle".

[invite6c250b59]

Prends les deux extrémités d'une population en train de dériver génétiquement. De proche en proche, mâles et femelles peuvent se reproduire. D'une extrémité à l'autre, ils ne le peuvent plus. Dit autrement, les individus au milieu ont une capacité de se reproduire avec tous les individus (de sexe opposé), alors que les individus à chaque extrémité ont perdu la capacité de se reproduire avec les individus de l'autre extrémité.

[Cendres]

Comme ça, c'est plus clair.

Dit autrement, les individus au milieu ont une capacité de se reproduire avec tous les individus (de sexe opposé),

Jusqu'à un certain point de dérive, oui.

[invite3d34a963]

Bonsoir à tous,

Puisque mon intervention semble à ce point attendue, voici.

Une chose, puisqu'il est question de clarifier mon "problème". Un intervenant l'a bien vu, Alhec également : je ne crois pas en la simplicité réductrice de la théorie de la sélection naturelle. Certes, je pourrais donner raison à pi-r2 et dire : "OK, OK, au fond c'est très simple, c'est algorithmique, le truc marche bien, je le garde, le truc marche pas, je le jette, blabla, c'est d'accord, ça tient en moins d'une ligne, et ça "explique" tout". Mais (1) je n'ai pas cet état d'esprit [de me contenter, effectivement, d'un simple réducteur] (2) j'ai pour mot d'ordre ce que disait Bachelard : le simple est toujours le simplifié.

Acceptez vous que tous les mammifères vivant actuellement (par exemple) descendent tous d'une population très petite, et même éventuellement d'un seul individu, ayant vécu il y a très longtemps, et que la morphologie s'est modifiée le long de chaque lignée entre ces ancêtres communs et un mammifère actuel ? [Descendance avec modification]

Ma vision est hautement organiciste -- la réalité est un organisme se déployant depuis le passé jusqu'au futur, tous les événements étant les pièces d'une vaste mosaïque interagissant mutuellement. J'accepte l'idée de descendance, autant que celle d'ascendance (donc, a fortiori, d'ascendance avec modification). J'estime que les travaux de Sheldrake ont de la tenue, car la théorie des chréodes de Waddington et de la résonance morphique de Sheldrake semblent avoir désormais plusieurs confirmations expérimentales (j'image que vous voulez des références, mais là, présentement, je ne les ai pas sous la main, si vous y tenez je chercherai).

Et plus généralement que toutes les cellules vivantes actuelles, qu'elles soient des bactéries ou appartiennent à un chêne ou à un chien, descendent par divisions successives, d'une même cellule ayant vécu il y a très longtemps ? [Monophylie du vivant]

Que voulez-vous, franchement, que je réponde ? Que j'y crois ? Enfin, me demandez-vous de vous répondre d'un point de vue scientifique ? Comment peut-on prétendre que tous les êtres descendent d'une même et seule cellule mythologique originelle ? et pas de deux ? de trois ? de toute une population de cellules contemporaines ? qui ont fusionné ?

Donc je n'en sais rien. Au nom de quoi je devrais accepter, je ne sais pas.

Acceptez-vous que l'effet que de telles modifications ont (et ont eu) sur la descendance des cellules ou organismes filles influence (et ont influencé) leur perpétuation ou leur disparition ? [Sélection naturelle]

Sans conteste.

Acceptez-vous que les modifications le long d'une lignée entre ces ancêtres communs et un descendant actuel soit dus principalement à des imprécisions de la transcription de l'ADN ? [ADN base de l'hérédité]

Votre "principalement" renvoie à un fond de donnée statistique qui m'est inconnu. J'accorde une place non négligeable aux transferts horizontaux, et je n'hésite pas à faire intervenir les virus dans ce processus. Voici un secret : j'apprécie assez les vues de Hoyle et de Wickracrasinghe sur les pluies de virus cosmiques (la formulation a un effet boeuf). Vous me demanderez au nom de quoi je me permets d'apprécier ces travaux, et j'anticipe en vous communiquant ce lien : http://sites.google.com/site/godfrey...attredirects=2

Acceptez-vous que ces modifications soient apparues indépendamment de l'effet qu'elles avaient sur les cellules filles ? [Indépendance des mutations]

Je m'incline devant l'intervention de quetzal et lui reconnaît l'absurdité de la notion de téléonomie, à condition que la conscience soit un phénomène cognitif réductible à des processus neuronaux dans le cerveau humain. Hélas, je ne suis pas certain que la conscience soit etc. Je m'en réfère aux travaux de Costa de Beauregard, d'autres physiciens quantiques marginaux qui voient la conscience à l'oeuvre dans la matière : "collapse" de la fonction d'onde... Pour autant, j'insiste : dans un cas comme dans un autre, je doute. J'insiste : doute.

Acceptez-vous que ces modifications se sont perpétuées ou ont disparues en fonction de l'effet qu'elles avaient sur la descendance des cellules ou organismes filles ? [Sélection naturelle]

Qu'elles se soient perpétuées, oui. Qu'elles disparues pour des raisons diverses, oui. Mais qu'elles aient disparu en fonction de l'effet qu'elles avaient sur la descendance des cellules-filles, permettez-moi de réfléchir encore à la question car sous les allures d'un raisonnement évident, il y a bien quelque chose que je ne digère pas...

J'attends le verdict sur mon obédience évolutionniste...

Bonne soirée,

[BioBen]

et pas de deux ? de trois ? de toute une population de cellules contemporaines ? qui ont fusionné ?

Il semblerait que vous confondiez premier organisme vivant avec dernier ancêtre commun.

[invite3d34a963]

J'ai écorché son nom : Wickramasinghe.

[piwi]

Je ne sais pas si je représente les évolutionnistes, mon intervention ne se situera pas à ce niveau. J'avoue être assez déçu. J'attendais quelque chose. Hélas, on retombe toujours sur les mêmes choses. Des références para-scientifiques associées à une pensée philosophique douteuse. La seule référence donnée ici est obscure, elle même remplie dés les premières lignes d'affirmations non documentées présentées comme des évidences.

The red cells found in the red rain in Kerala, India* are now considered as a possible case of extraterrestrial life form*.
These cells can undergo rapid replication* even at an extreme high temperature of 300 deg C*. They can also be cultured in
diverse unconventional chemical substrates*. The molecular composition of these cells is yet to be identified*.

Si l'on veut que ces quelques lignes aient un quelconque intérêt il faudrait au moins référence au niveau de chacune des étoiles que j'ai ajouté dans la citation.

On mélange évolution, physique quantique, théorie new-age... Réellement décevant.
Il aurait sans doute mieux valu que vous ne répondiez pas à Michel.

piwi

[invite3d34a963]

Que vous soyez déçu ne me surprend guère.

Il aurait sans doute mieux valu que vous ne répondiez pas à Michel.

Vous auriez déçu ceux qui attendaient. Enfin, ils seront doublement déçus

Des références para-scientifiques

Où ?

Il ne me semble pas avoir mentionné Ashtar Sheran comme dépositaire d'une autorité en panspermie, non ? Faut-il toujours cataloguer une pensée comme appartenant au New Age ou à la parascience parce qu'on y trouve des consonances peu orthodoxes ? Le coup des univers multiples de certains physiciens, c'est New Age aussi ? j'avoue que je ne comprends pas bien. La vision organique du monde est, quand même, une vision traditionnelle, et de Beauregard montre dans Temps déployé, qu'elle n'a rien de physiquement infondé.

Je ne vais pas recopier le livre de Roberto Fondi, La Révolution Organiciste, tout y est. Puisqu'on ne peut pas reproduire ici des extraits qui excèdent quelques lignes, vous trouverez sur GoogleBook la question du temps et de son implication dans l'évolution.

[invite3d34a963]

Pour l'article, je tâcherai dans les projets jours de me documenter. J'ai pour habitude d'avoir une certaine confiance en les publications scientifiques, sinon on ne s'en sort plus.

Edit. Pour le problème d'un évolutionnisme "interactionniste" dans un système organiciste, je vous renvoie aux publications de Sacchetti cataloguées dans GoogleScholar.

[invite3d34a963]

http://revistas.ucm.es/ghi/05566533/...888110159A.PDF

[invité576543]

Une remarque sur les transferts horizontaux.

À ce que je lis, ces transferts sont inégalement répartis dans le temps et dans les lignées.

Si on met de côté les échanges entre génomes dans une même cellule (nucléaire, mitochondrial et chloroplastique), je n'ai pas vu beaucoup d'indications de tels transferts chez les eucaryotes depuis 600 My par exemple.

À l'opposé, les divers textes que j'ai lu sur les aaRs (elles me fascinent ces molécules ) montre un brassage horizontal important à l'époque de la séparation entre les trois groupes fondamentaux existant actuellement.

On peut du coup se demander si pour la période pré-LUCA, les transferts horizontaux n'ont pas eu une importance majeure.

On peut se poser la question s'il n'y a pas anti-corrélation entre importance des transferts horizontaux et procréation sexuée.

[Cendres]

Qu'elles disparues pour des raisons diverses, oui. Mais qu'elles aient disparu en fonction de l'effet qu'elles avaient sur la descendance des cellules-filles, permettez-moi de réfléchir encore à la question car sous les allures d'un raisonnement évident, il y a bien quelque chose que je ne digère pas...

Plus précisément?

[invite6f9dc52a]

Qu'elles disparues pour des raisons diverses, oui. Mais qu'elles aient disparu en fonction de l'effet qu'elles avaient sur la descendance des cellules-filles, permettez-moi de réfléchir encore à la question car sous les allures d'un raisonnement évident, il y a bien quelque chose que je ne digère pas...

Plus précisément?

Je pense qu'il pense aussi à des facteurs environnementaux (météorites ou autres ...).

Acceptez-vous que les modifications le long d'une lignée entre ces ancêtres communs et un descendant actuel soit dus principalement à des imprécisions de la transcription de l'ADN ? [ADN base de l'hérédité]

Votre "principalement" renvoie à un fond de donnée statistique qui m'est inconnu. J'accorde une place non négligeable aux transferts horizontaux, et je n'hésite pas à faire intervenir les virus dans ce processus. Voici un secret : j'apprécie assez les vues de Hoyle et de Wickracrasinghe sur les pluies de virus cosmiques (la formulation a un effet boeuf). Vous me demanderez au nom de quoi je me permets d'apprécier ces travaux, et j'anticipe en vous communiquant ce lien : http://sites.google.com/site/godfrey...attredirects=2

Le principalement a été développé dans le fil et quelques liens (dépend des périodes et des "espèces").
Par contre, pour quelqu'un qui a besoin de références scientifiques sérieuses, les pluies de virus ...

[invité576543]

Annulé doublon

[invite74a6a825]

Peut on dire qu'après chaque grande extinction la vie
1 - a été profondément modifié
2 - pour être moins sensible au suivantes.
[Sélection naturelle par grande extinction]