OGM : un autre point de vue

[invite9cfc5b89]

Bonjour à tous,

Je suis en train de faire un résumé de la problématique des ogm que je voudrais rendre accessible sur le web.

Ce dossier sera relativement différent du dossier de futura qui est a mon avis une illustration de la confusion entre des interets privés ( les interets des chercheurs) et l'interet général.

Voici les liens vers les trois premiers articles:
- la nécessité d'un débat public pour éviter les confusions d'interet:

- un aperçu du principe scientifique qui sous-tend les ogm

- un aperçu des enjeux économiques

D'autres articles suivront. J'éditerai ce billet pour les signaler.

Merci de votre oeil critique et de me signaler notamment les imprécisions ou erreurs que vous remarquerez.

Laurent.
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[pommier]

Bonsoir
Le dossier de Futura Sciences du 16 mars 2003 me paraît traiter de la plupart des inconvénients des OGM.

[invite1d291045]

Le dossier de Futura n'est sans doute pas parfait, toutefois...

Ce dossier sera relativement différent du dossier de futura qui est a mon avis une illustration de la confusion entre des interets privés ( les interets des chercheurs) et l'interet général.

Est-ce une façon élégante de traiter les gens de menteurs? Voire de corrompus? C'est assez ambigu comme accusation et la moindre des choses serait d'étayer, en citant des points précis. Merci.

Dans l'apperçu des enjeux économiques j'ai relevé cette argumentation:

Avec un cout de production qui n'est pas significativement différent des variétés conventionnelles et la contribution à une augmentation du chomage, le bilan économique des ogm s'avère donc négatif.

Si permettre de faire autant de production avec moins de main d'oeuvre est un aspect négatif des OGM alors c'était aussi un aspect négatif de toutes les innovations agricoles majeures: passage de la faucille à la faux, au tracteur etc...Il aurait fallu refuser tout cela!?
En fait cet argument peut servir à refuser toute innovation améliorant la productivité...et il a déjà beaucoup servi depuis Ludd et les briseurs de métiers à tisser au XVIIIème siècle!
Le progrès technique facteur de chomage c'est un vieux débat, en économie , tranché depuis longtemps, pour l'essentiel ( la "destruction créatrice" de Schumpeter,
http://fr.wikipedia.org/wiki/Joseph_Schumpeter, dans les années vingt).
Globalement, refuser les gains de productivité revient à refuser une élévation du niveau de vie. On aurait pu rester à 80% de paysans dans notre pays comme il y a deux siècles, mais ils auraient, en gros car c'est plus compliqué, gardé le niveau de vie d'il y a deux siécles (et l'exode rural s'est fait sans chomage).

[invite9cfc5b89]

Le dossier de Futura n'est sans doute pas parfait, toutefois...

Est-ce une façon élégante de traiter les gens de menteurs? Voire de corrompus? C'est assez ambigu comme accusation et la moindre des choses serait d'étayer, en citant des points précis. Merci.

Bonsoir,

Je ne vais pas me lancer dans une discussion sur le dossier de futura. Un fil avait été ouvert sur ce thème et les modérateurs ont jugé bon de fermer ce fil. Voila les references du fil: http://forums.futura-sciences.com/thread85836.html

Plutot que me lancer dans un débat sterile, je préfere opposer un autre dossier. Les lecteurs liront les deux. Et ils jugeront par eux memes le dossier qui leur semble le mieux mettre les informations en perspective et le mieux exposer la complexité des problèmes.

Le point le plus important me semble de quantifier les faits et de séparer les promesses des réalités. On ne peut pas dire: "
Les projets d'avenir portent sur l'amélioration de la qualité des plantes sur les plans agronomique et nutritionnel. Des éléments nutritifs manquent à certaines plantes qui sont à la base de la nourriture de certaines populations. Le but final sera d'améliorer la qualité nutritionnelle de ces plantes ce qui permettrait d'agir sur la santé humaine (comme on l'a vu pour le riz doré ). Est-ce dans chaque cas une réalité ou une fiction entretenue par des multinationales?
" sans mentionnner que 99% des ogm actuels consistent en des resistances aux herbicides et/ou à la production d'insecticides par la plante.

si moins de main d'oeuvre est un aspect négatif des OGM alors c'était aussi un aspect négatif de toutes les innovations agricoles majeures: passage de la faucille à la faux, au tracteur etc...Il aurait fallu refuser tout cela!?
En fait cet argument peut servir à refuser toute innovation améliorant la productivité...et il a déjà beaucoup servi depuis Ludd et les briseurs de métiers à tisser au XVIIIème siècle!
Le progrès technique facteur de chomage c'est un vieux débat, en économie , tranché depuis longtemps, pour l'essentiel ( la "destruction créatrice" de Schumpeter,
http://fr.wikipedia.org/wiki/Joseph_Schumpeter, dans les années vingt).
Globalement, refuser les gains de productivité revient à refuser une élévation du niveau de vie. On aurait pu rester à 80% de paysans dans notre pays comme il y a deux siècles, mais ils auraient, en gros car c'est plus compliqué, gardé le niveau de vie d'il y a deux siécles (et l'exode rural s'est fait sans chomage).

Je n'ai pas écrit seulement moins de main d'oeuvre. J'ai écrit: "Moins de main d'oeuvre ET un prix équivalent". Les exemples que tu cites concernent une amélioration du cout. Dans le cas des ogm, il y a simplement remplacement d'une technologie simple par une technologie couteuse avec moins de main d'oeuvre. Donc pas de baisse de cout et pas d'augmentation de la productivite par euro depensé.

Donc payer un chomeur+ un kilo de ble transgénique revient plus cher que payer un paysan+ un kilo de ble traditionnel puisque cout du ble transgenique= salaire du paysan + cout du ble traditionnel.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite9c9b9968]

Le fil en question avait été fermé pour deux raisons :

_ Il faisait doublon avec un autre fil qui était déjà lancé

_ Il tournait à la guerre de tranchées avec insultes des deux côtés.

Savez-vous que le post que vous avez lancé ici pourrait s'apparenter à de la pub pour votre site ? En effet, vous balancez des liens vers votre site, sans plus de commentaires.

Enfin puisque vous attaquez FuturaSciences sur sa rigueur et son objectivité, autant que vous le fassiez avec des arguments, ce serait scientifique. Parce que là, vous avez comme le fait remarquer un autre participant, balancé une phrase en l'air histoire de sentir comment elle va retomber, ce qui encore une fois est bien éloigné de la démarche scientifique.

Je n'ai pas de parti pris dans le débat, mais force est de constater que vous faites tout pour que ce fil ait une durée de vie limitée.

[invite9cfc5b89]

Le fil en question avait été fermé pour deux raisons :

Savez-vous que le post que vous avez lancé ici pourrait s'apparenter à de la pub pour votre site ? En effet, vous balancez des liens vers votre site, sans plus de commentaires.

Bonsoir,
Désolé si c'est l'impression que ça donne. Mon message était a but informatif et non publicitaire. Il n'y a aucune publicité ni activité commerciale sur mon blog et l'information vers laquelle je pointe est en liaison avec les thématiques de ce forum et me semblait interessante pour les lecteurs.

En particulier, la complexité de la compréhension du génome me semble un point qui meritait d'etre souligné. Il est possible (probable?) que la compréhension du génome soit une tache plus difficile que l'unification de la physique. On ne dispose d'aucune règle unificatrice, et pas de piste pour l'instant, pour maitriser cette complexite combinatoire quasi-infinie : 10^10000 sous-ensembles de genes dans un organisme humain a comparer aux 10^80 atomes de l'univers visible, et tout un ensemble de phénomènes disparates difficilement unifiables ou hierarchisables. De quelle structure unificatrice dispose-t-on pour maitriser cette complexité ?

[invitec9f0f895]

Salut

pour m apart je trouve gonfler de dire que le dossier de futura mélange les interets ! Je trouve au contraire que c'est un dossier qui fait bien le tour de la question en présantant les aspects positifs et negatifs!

Ton dernier post me laisse assez songeur, et je pense qu'il serait judicieux que tu precises ta formation, tes compétences et ton niveau afin que premierement on sacha avec qui on discute, et deuxiemement on sache quel credit apporter a tes propos.

Le dossier de FS a ete réalisé par des personnes compétentes, sans aucun lien avec l'industrie OGM
Yoyo

[invité576543]

Je n'ai pas écrit seulement moins de main d'oeuvre. J'ai écrit: "Moins de main d'oeuvre ET un prix équivalent". Les exemples que tu cites concernent une amélioration du cout. Dans le cas des ogm, il y a simplement remplacement d'une technologie simple par une technologie couteuse avec moins de main d'oeuvre. Donc pas de baisse de cout et pas d'augmentation de la productivite par euro depensé.

Donc payer un chomeur+ un kilo de ble transgénique revient plus cher que payer un paysan+ un kilo de ble traditionnel puisque cout du ble transgenique= salaire du paysan + cout du ble traditionnel.

Bonjour,

Il n'en reste pas moins que le raisonnement économique est bancal.

1) Ce que reflète un prix est très compliqué. L'offre et la demande influence le prix indépendamment de toute notion de productivité. Et la différence entre le coût réel et le prix peut contenir des bénéfices, des droits industriels, etc. ou dans l'autre sens des subventions et autres aides plus ou moins directes.

2) Payer un chômeur n'a rien à voir avec l'augmentation de la productivité. C'est un problème social qui peut tout à fait être contingent. Le chômeur peut fournir des services plutôt que chômer --> augmentation du niveau de vie en moyenne.

Si on réfléchit en termes de productivité (et au bout du compte c'est la seule chose qui soit fondamentale, indépendante des diverses boucles de rétroaction économiques et sociales), il faut regarder les côuts non pas en termes monétaires, mais en termes de temps de travail humain et de quantité de matières premières. D'accord, ce n'est pas facile, mais tout autre méthode masque complètement le signal à cause des boucles de rétroaction.

Cordialement,

[invite9cfc5b89]

Ton dernier post me laisse assez songeur, et je pense qu'il serait judicieux que tu precises ta formation, tes compétences et ton niveau afin que premierement on sacha avec qui on discute, et deuxiemement on sache quel credit apporter a tes propos.

Bonjour,
Le fait de demander un "pedigree" ne me plait pas trop. Cela favorise les arguments d'autorité. La convivialité du forum est également meilleure sans hiérarchie implicite. Mais bon, pour répondre à ta demande, j'ai complété mon profil.

[invite9cfc5b89]

Si on réfléchit en termes de productivité (et au bout du compte c'est la seule chose qui soit fondamentale, indépendante des diverses boucles de rétroaction économiques et sociales), il faut regarder les côuts non pas en termes monétaires, mais en termes de temps de travail humain et de quantité de matières premières. D'accord, ce n'est pas facile, mais tout autre méthode masque complètement le signal à cause des boucles de rétroaction.

Bonjour Michel,

Je suis d'accord avec ton point de vue. Mais la discussion des boucles de retroaction est très difficile en général ( essayer sur les 35 heures ou sur le financement d'emplois par création de monnaie ! ).

La monnaie est un agregat de travail humain, matiere premiere et énergie. Le facteur limitatif dans nos sociétés industrielles productives sont l'énergie et les matieres premieres, et également la faible solvabilité d'une categorie de la population.

En termes de systeme dynamique, on a donc transféré avec les ogm le facteur humain vers le facteur énergie et matieres premieres, ce qui ne semble pas a priori une bonne idée puisque qu'on renforce les facteurs limitatifs. Dans la meme veine, le facteur limitatif est forme par les emplois qualifiés, dont il faut essayer de s'affranchir. Donc à productivité équivalente, il vaut mieux favoriser les emplois non qualifiés. Cet argument ne plaide pas non plus pour les ogm qui remplacent des emplois peu qualifiés (qu'on a du mal à offrir en nombre) par des emplois qualifiés ou l'on manque de ressources humaines qu'il vaudrait mieux préserver pour d'autres taches.

[invitec9f0f895]

Bonjour,
Le fait de demander un "pedigree" ne me plait pas trop. Cela favorise les arguments d'autorité. La convivialité du forum est également meilleure sans hiérarchie implicite. Mais bon, pour répondre à ta demande, j'ai complété mon profil.

Merci c'est toujours un profil de plus
Ce n'est pas une question de hierarchie, mais quand un "scientifique" me parle d'astrophysique et de bigbang j'aime bien savoir s'il est astrophysicien ou physicien, ou s'il est oceanologue!... ca permet aussi de pouvoir prendre du recul sur les propos. Ce qui ne veut pas dire que s'il est du domaine il dira forcément des choses justes... mais je trouve que ca permet dans certains cas de relativiser certains propos.

Yoyo

[invité576543]

Bonjour,

Dans la meme veine, le facteur limitatif est forme par les emplois qualifiés, dont il faut essayer de s'affranchir.

Ce n'est vrai que pour les emplois qualifiés "récurrents", nécessaire pour la production incrémentale. Ce n'est pas vrai pour les emplois qualifiés en recherche et développement, dont le "coût" est divisé par la production totale, et donc diminue avec chaque incrément de production.

Donc à productivité équivalente, il vaut mieux favoriser les emplois non qualifiés. Cet argument ne plaide pas non plus pour les ogm qui remplacent des emplois peu qualifiés (qu'on a du mal à offrir en nombre) par des emplois qualifiés ou l'on manque de ressources humaines qu'il vaudrait mieux préserver pour d'autres taches.

Pas d'accord, à cause du distinguo précédent. Si un OGM est juste une nouvelle variété mise sur le marché, dont le coût de production incrémental est comparable à d'autres techniques (au moins cher, la prise de semence sur la production, mais aussi, pas de raison de les exclure, des techniques comme les semences F1), ton argument n'est pas valable.

Par contre tu as raison si la production incrémentale de l'OGM requiert plus d'intervention de main d'oeuvre qualifiée que ce qu'elle remplace (qui peut être des semences F1...). J'imagine que cela arrive, mais ce n'est certainement pas une règle générale, une conséquence d'être OGM...

Il faut donc distinguer divers cas, et éviter les amalgames.

Cordialement,

[invitec9f0f895]

Salut

Je vais pas rentrer dans une critique "point par point" qui ne serait finallement pas interessantes, mais si tu lis les fils concernant les OGM tu devrais voir que tu presentes certaines données de maniere tres biaisées, notamment en ce qui concerne la partie "modele scientifique".
Quelques exemples

Cependant cette hypothèse: "un gène=une protéine" est hyper-simplificatrice. C'est davantage une paradigme qui guide la compréhension qu'une réalité scientifique.

Ca fait bien une dizaine d'année que ca n'est plus enseigné comme ca! et que tous les biologistes savent qu'un gene n'est pas egal a un phénotype! Il existe en effet de nombreux exemples ou plusieurs protéines sont exprimées a partir du meme gene (par epissage alternatif par expl). Mais malgré ces exemples il faut aussi reconnaitre que dans une grande majorité de cas, lorsque l'on clone un gène dans un organisme différent de l'organisme hote, une et une seule protéine sera exprimée et que cette protéine possède tres exactement les propriétés biochimiques qu'on en attends!

Ainsi tu prends le gène de l'hemoglobine humaine, tu l'insers dans un oeuf de xenope et ce dernier se mets a fabriquer de l'hémoglobine! alors qu'a la base le xenope n'en possede absolument pas! Je t'accorde que l'interet de cette experience "historique" est limitée pour le xenope, n'empeche qu'elle démontre bien qu'étant donné l'universalité du code génétique (a quelques exeptions pretes) un gène codera toujours pour la meme protéine quelquesoit l'organisme concerné.

Ensuite ce genre de phrase qu'on retrouve souvent:

En termes concrets, cela signifie qu'alors que l'on voudrait insérer un mot bien choisi dans l'hélice d'ADN, en fait on ne sait qu'approximativement ce qu'on y insère ( détails techniques ) .

Ici c'est totalement faux et je pense que tu as mal interprété la page que tu cites en lien. Je suis allé voir le lien que tu donnes et je n'ai vu a aucun endroit le fait qu'on ne savait pas ce que l'on inserait, au contraire ca donne plutot l'impression que ces gènes sont très travaillés pour marcher correctement! en plus l'argument 7 est a pleurer tellement c'est nul comme argument. Donc on s'ait précisément ce que l'on insert, simplement on est amené a faire des modifications des gènes pour s'assurer que leur expression sera correcte dans le nouvel organisme. On parle souvent du promoteur du virus du choux-fleur, mais franchement ca change rien qu'il vienne de tel ou tel virus, on se sert bien du VIH pour des essais de thérapie génique! le promoteur ne sert qu'a une chose definir le lieu ou la synthese de l'ARN va débuter, alors autant prendre un promoteur qui marche efficacement dans l'organisme choisi...

Par ailleurs, on ne sait pas du tout où on insère le gène, alors que l'expression des gènes dépend de leur localisation dans la chaine d'ADN.

En effet l'insertion chez la plupart des organismes se fait aléatoirement (quoique dans certains cas on peut choisir le lieu d'insertion). Mais si on n'est pas capable a priori de savoir ou l'insert va s'intégrer on est capable de le savoir a posteriori et ca fait simplement parti des étapes de vérifications nécessaire une fois qu'on a effectuer l'expérience. Parmi les autres verifications nécessaire il faudra faire plusieurs essais afin notamment de trouver les candidats donnant les meilleurs taux d'expression, car celle-ci peu varier significativement.

ceci est une remarque générale pour pas mal d'arguments, on ne peut pas dans la majorité des cas choisir apriori ce que l'on va obtenir, mais on sélectionne ensuite les cellules qui répondent aux exigances (tant au niveau de la localisation que du niveau d'expression etc...) qui ont été fixées. Ca ne veut pas dire que tout et n'importe quoi est fait, ca veut simplement dire qu'il y a du travail de vérification avant d'obtenir exactement ce que l'on souhaite.

Yoyo

[invite9cfc5b89]

dans une grande majorité de cas, lorsque l'on clone un gène dans un organisme différent de l'organisme hote, une et une seule protéine sera exprimée et que cette protéine possède tres exactement les propriétés biochimiques qu'on en attends!

As-tu une évaluation statisitique précise de ce que veut dire "dans une grande majorité de cas" ? Il me semblait au contraire que dans la majorité des cas, les gènes sont inexprimés (je ne trouve plus la référence) ce qui expliquait que les ogm sont excessivement chers à fabriquer : il faut de nombreux essais/erreurs avant d'obtenir le résultat attendu.

Je suis allé voir le lien que tu donnes et je n'ai vu a aucun endroit le fait qu'on ne savait pas ce que l'on inserait, au contraire ca donne plutot l'impression que ces gènes sont très travaillés pour marcher correctement!

J'aimerais comprendre mieux. Il me semble que les enzymes qui extraient le gene voulu coupent la séquence ADN en une séquence précise mais que cette séquence peut se trouver a plusieurs endroits dans la chaine d'ADN donc qu'on ne sait pas exactement ou ça coupe.

Ensuite au moment ou le gene est transfere de la bacterie vers l'hote, il me semble que l'ordre des sequences codantese a l'interieur du gene peuvent être changées et qu'on ne peut pas prédire a priori dans quel ordre les séquences codantes apparaitront (à cause des transposons ??) Par ailleurs, dans le
cas du tranfert par infection, la bacterie insere une partie de son patrimoine génétique. A-t-on l'assurance que le patrimoine transféré se limite exclusivement au gene voulu ? As-tu une référence montrant que l'ensemble des promoteurs associés au gène sont intégrés dans la cellule hote et n'interfèrent pas avec d'autres promoteurs de la cellule hote se trouvant au lieu d'insertion ? Avec quel taux de réussite ?

Mais si on n'est pas capable a priori de savoir ou l'insert va s'intégrer on est capable de le savoir a posteriori et ca fait simplement parti des étapes de vérifications nécessaire une fois qu'on a effectuer l'expérience.

Le problème est que la vérification exhaustive est impratiquable en pratique. Il faudrait pour cela savoir le role de tous les genes et de la fonction des protéines associées, ce qui est loin d'être le cas. En pratique, l'insertion d'un gene peut renforcer/inhiber l'expression d'une autre protéine d'un autre gene. Il faudrait tester l'influence du gene sur tous les autres genes et les variations fonctionnelles associées, ce qui n'est pas possible puisqu'on ne découvre la fonction de chaque gene qu'avec grande difficulté.

Laurent.

[invitec9f0f895]

As-tu une évaluation statisitique précise de ce que veut dire "dans une grande majorité de cas" ? Il me semblait au contraire que dans la majorité des cas, les gènes sont inexprimés (je ne trouve plus la référence) ce qui expliquait que les ogm sont excessivement chers à fabriquer : il faut de nombreux essais/erreurs avant d'obtenir le résultat attendu.

A partir du moment ou tu prends la sequence codante du gène (ATG->stop) que tu lui ajoutes les signaux necessaires a son expression, le gène ne fournira qu'une seule et unique protéine. j'aurais tendance a dire dans + de 99% des cas (pour pas dire tous). Apres la protéine peu ne pas etre active car elle est degradée ou elle s'agrege, mais dans ce cas la, l'echantillon est imméditament éliminé car il n'est pas interessant. Ca marche tellement bien qu'il est possible de faire s'exprimer des gènes humains dans des bactéries et inversement....

J'aimerais comprendre mieux. Il me semble que les enzymes qui extraient le gene voulu coupent la séquence ADN en une séquence précise mais que cette séquence peut se trouver a plusieurs endroits dans la chaine d'ADN donc qu'on ne sait pas exactement ou ça coupe.

tout d'abord quand tu travailles sur un gène tu en connais la sequence, il est alors possible (et obligatoire) de verifier ou coupe tes enzymes de restrictions. Il est possible de trouver des sites de coupures uniques. Mais la plupart du temps on utilise la technique de PCR pour amplifier précisément un gène. Dans ce cas la les bornes sont précisément définis et sans abiguités. De plus et encore une fois, apres il s'agit de vérifier que ce que l'on a obtenu correspond précisément a ce que l'on souhaitait en séquençant le gène amplifié.

Ensuite au moment ou le gene est transfere de la bacterie vers l'hote, il me semble que l'ordre des sequences codantese a l'interieur du gene peuvent être changées et qu'on ne peut pas prédire a priori dans quel ordre les séquences codantes apparaitront (à cause des transposons ??)

J'ai du mal a comprendre ce que tu appelles "l'ordre des sequences codantes". une sequence codante est la séquence du gène qui est traduite en protéine. Elle commence a un codon ATG et fini a un codon "stop". Tu aurais un lien vers ce a quoi tu penses que j'essaye de comprendre, car la je vois pas trop désolé.
Sinon les transposons c'est un faux probleme, ils ne bougent quasiment pas et ne sont en rien impliqués dans les mécanismes de transgenèse...enfin bon comme j'ai pas compris le debut, peut etre que ce n'est pas de ca dont tu parles.

Par ailleurs, dans le
cas du tranfert par infection, la bacterie insere une partie de son patrimoine génétique. A-t-on l'assurance que le patrimoine transféré se limite exclusivement au gene voulu ?

Oui les sequences transférées le sont tres précisément, donc si le plasmide est correctement construit seul le gène d'interet sera transféré. Mais A. tumefaciens n'est pas le plus efficace, la biolistique l'est bien plus et en plus on n'a pas de probleme de spécificité (tumefaciens n'infecte que certains type de végétaux).

As-tu une référence montrant que l'ensemble des promoteurs associés au gène sont intégrés dans la cellule hote et n'interfèrent pas avec d'autres promoteurs de la cellule hote se trouvant au lieu d'insertion ? Avec quel taux de réussite ?

Si tu parles des promoteurs bactériens présent avant le transfert, ils sont totalement inactifs chez les euvaryotes (plantes, animaux etc...) donc aucune chance qu'ils puissent etre actif apres transfert. c'etait ca dont tu parlais (car la aussi j'ai un doute).

Le problème est que la vérification exhaustive est impratiquable en pratique. Il faudrait pour cela savoir le role de tous les genes et de la fonction des protéines associées, ce qui est loin d'être le cas.

Non elle ne l'est pas. Il faut analyser plusieurs cellules (parfois de nombreuses) et on peut cartographier précisément le site d'insertion du gène d'interet. Par des techniques telles que le Southern-blot on peut identifier rapidement le nombre de gènes insérés ainsi que leurs localisations. Apres on peu definir s'il s'est intégré dans un gène résidant ou pas et si on connait deja le génome de la plante on gagne pas mal de temps a cette étape la!

En pratique, l'insertion d'un gene peut renforcer/inhiber l'expression d'une autre protéine d'un autre gene. .

En théorie c'est en effet une possibilité, mais il y est quand meme peu probable qu'un gène exprimant une protéine qui se retrouve dans aucune voie metabolique de la cellule ait une influence sur celle-ci. Et si c'est le cas, il y a fort a parier que cela va affecter la croissance de la plante. Dans ce cas la, cet echantillon ne sera pas retenu pour une production a grande echelle (le but n'est pas de sélectionner une plante qui pousse mal en plus! )

Voila j'espere que ces précisions aideront a comprendre que meme si on ne maitrise pas tout, on vérifie de nombreuses choses aposteriori pour s'assurer que tout est conforme a ce que l'on souhaitai obtenir.

Yoyo

[invite1d291045]

Je reviens rapidement sur l'aspect économique.

Je n'ai pas écrit seulement moins de main d'oeuvre. J'ai écrit: "Moins de main d'oeuvre ET un prix équivalent". Les exemples que tu cites concernent une amélioration du cout. Dans le cas des ogm, il y a simplement remplacement d'une technologie simple par une technologie couteuse avec moins de main d'oeuvre. Donc pas de baisse de cout et pas d'augmentation de la productivite par euro depensé.

Ben...si tu supposes d'emblée que les PGM n'ont aucun intérêt économique( pas de gain de productivité )...tu n'auras aucun mal à arriver à la conclusion que les PGM n'ont aucun intérêt économique!

Mais cette supposition initiale doit être prouvée.Surtout si l'on considère leur adoption très rapide dans les pays qui les ont autorisées, ce serait juste un effet de mode?
Voici un lien vers un rapport de la FAO qui montre, même si toute synthèse est difficile dans ce domaine, que dans de nombreux cas les PGM ont un effet économique important qui explique leur succés:
http://www.fao.org/docrep/006/y5160f/y5160f09.htm#sec
C'est pour contribuer,moi aussi, à compléter le dossier Futura, c'est vrai qu'il manque des choses

Pour le prétendu lien entre progrès technique et chômage, voici une explication claire sur un blog d'économiste.
http://econo.free.fr/scripts/faq2.php3?codefaq=18
On voit que même si, comme tu le supposes, on vire des paysans juste pour le plaisir de payer des semences plus chères, l'effet sur le chômage n'est pas celui que tu prétends.

[invite32f57b05]

toujours pareil.

un "autre" point de vue ?
autre par rapport à quoi ?

En outre, les points de vue n'ont aucun intérêt. Aujourd'hui, tout le monde a un point de vue sur les OGM, alors que quasiment personne n'en connait rien.
Il y en a trop, internet en déborde, il dégueule les points de vues contradictoires, plus ou moins mensongers, plus ou moins bien argumentés...


Ce n'est pas d'un point de vue dont on a besoin, mais de faits.

Et les faits sont absents de tes articles LeLama.


D'ailleurs, j'en profite pour reprendre un sophisme gravissime à mon sens :

Si la culture des ogm progresse malgré un cout de semences plus élévé et des rendements qui ne sont pas meilleurs

Le raisonnement général en matière d'OGM est une débilité : les OGM n'ont en commun que la transgénèse, surement pas leur but, ou intérêt.

Ils ne sont pas toujours utilisés pour augmenter les rendements ( ils le sont même rarement à ma connaissance ), aussi est-il injuste de raisonner aussi généralement sur ce point.


Certains OGM ont dans certains champs d'application pour but d'accroitre les rendements.
Ce sont eux qu'on doit étudier à la lumière de comparaisons de rendements, pas les autres.

Ce raisonnement simpliste est j'en suis sûr volontaire : on ne cesse de le reprendre, et il ne cesse de revenir, toujours de la part des mêmes intervenants.


Un nouveau topic sur les OGM, encore une fois lancé par une intervention partisanne.

au passage, l'article "Ogm: un aperçu du modèle scientifique" ne vaut rien. Les idées sois-disant sous-jacentes au développement des OGM ne sont rien d'autres que les erreurs que leurs détracteurs aimeraient lui attribuer.
Nombre d'OGM tirent au contraire profit de mécanismes autres que le simple 1 gène=> 1 protéine.

[invite9c9b9968]

Ryuujin, je te prie d'être nettement moins agressif dans tes propos, on pourrait aussi te qualifier de partisan.

[invite9cfc5b89]

A partir du moment ou tu prends la sequence codante du gène (ATG->stop) que tu lui ajoutes les signaux necessaires a son expression, le gène ne fournira qu'une seule et unique protéine.

Bonjour Yoyo,
OK, mais dans ce cas on change de definition. On ne parle plus du gene, mais du gene+ les signaux necessaires a son expression. Et justement, c'est la toute la difficulte. Quels sont les signaux necessaires a son expression ? On procede par essai-erreur, il n'y a pas d'algorithme pour dire par exemple quels sont les promoteurs necessaires, ni pour dire quelles quantites de proteine seront produites. Cela reste tres empirique. On teste et on voit ce qui se passe. Il n'y a pas d'algorithme permettant de decouper une chaine d'ADN en promoteurs+genes et de decrire la proteine formee pour un ensemble promoteurs+genes.

tout d'abord quand tu travailles sur un gène tu en connais la sequence, il est alors possible (et obligatoire) de verifier ou coupe tes enzymes de restrictions. Il est possible de trouver des sites de coupures uniques.

OK.
Quand tu dis qu'on trouve un point de coupe unique, je suis d'accord. Sauf que le point de coupe tu ne le choisis pas exactement. Il existe des points de coupes possibles dans la chaine d'ADN, mais tous les endroits de la chaine d'ADN ne sont pas des points de coupe. Tu ne coupes pas ou tu veux. Donc tu ne peux choisir exactement le gene. Tu choisis une sous partie du gene accessible a l'aide des outils de coupe dont tu disposes.

Or en changeant le point de coupe, tu peux inclure plus ou moins de promoteurs qui se trouvent au debut du gene. Ce qui peut changer la proteine.

Question dont je ne connais pas la reponse. Quel est le pourcentage de points de coupes selectionnables dans une chaine d'ADN ? Cela permettrait de savoir si la coupe est precise ou pas. A-t-on une idée de la distribution des points de coupe ? Sont ils plus ou moins equirépartis ?

De plus et encore une fois, apres il s'agit de vérifier que ce que l'on a obtenu correspond précisément a ce que l'on souhaitait en séquençant le gène amplifié.

Au vu du prix du sequençage d'un genome, il est évident qu'on ne reséquence pas entierement le genome de la nouvelle variété pour vérifier qu'elle est exactement conforme a ce qu'on veut. On utilise des méthodes de vérification, mais qui seront indirectes. Un truc du genre preuve par 9: si la multiplication est bonne, la preuve par 9 donne le resultat attendu, mais pas l'inverse.

Ce qui serait intéressant, c'est une description des méthodes de vérification avec le pourcentage d'erreurs, c'est a dire la probabilité que la cellule soit non conforme sachant que pourtant le test est satisfaisant.

J'ai du mal a comprendre ce que tu appelles "l'ordre des sequences codantes".

sequance codante=exon. J'avais l'impression que l'ordre des exons dans l'ogm pouvait etre different de l'ordre des exons dans le gene de depart. Est-ce bien le cas ?

En théorie c'est en effet une possibilité, mais il y est quand meme peu probable qu'un gène exprimant une protéine qui se retrouve dans aucune voie metabolique de la cellule ait une influence sur celle-ci.

Ce que je dis c'est qu'on est incapable de comprendre l'interinfluence des genes les uns avec les autres.

C'est pourtant tres important. Une des hypotheses pour expliquer la differentiation des cellules malgre un code genetique commun est l'existence de cycles particuliers. J'appelle cycle une sequence de genes g1, g2....,gn telles que l'activation du gene gk contribue negativement a l'activation du gene g(k+1) pour tout k. Autrement dit, plus gk est activé, moins g(k+1) l'est. Il est assez facile de se convaincre que dans le cas ou n est pair, l'evolution dans le temps fait que la moitie des genes s'exprime exactement et écrase l'autre moitié, tandis que dans le cas n impair, l'expression des genes peut etre oscillante. Dans le cas du cycle pair, on a donc deux possibilités completement differentes d'expression: ce sont soit les genes pairs, soit les genes impairs qui s'expriment. Il y a donc deux expressions differentese a partir du meme code genetique de depart.

Malheureusement, on n'a aucune idée de la longueur des cycles qu'il faudrait controler, ni du nombre de ces cycles. Et c'est aussi un modele simplifié car en fait il faudrait quantifier l'interaction des genes, ce qui n'est pas fait dans ce modele.

Donc, l'influence des réseaux de genes est fondamentale. On ne peut pas dire qu'on a changé un gene et qu'on controle le fonctionnement general.

[invite9cfc5b89]

J'appelle cycle une sequence de genes g1, g2....,gn telles que l'activation du gene gk contribue negativement a l'activation du gene g(k+1) pour tout k.

Argh, j'ai oublie de "fermer le cycle". Il faut aussi gn contribue negativement a l'activation de g1. Autrement dit g1 agit sur g2 qui agit sur g3 ..... qui agit sur gn qui agit sur g1. La boucle est bouclee.

[invitec9f0f895]

Bonsoir

Tout d'abord j'aimerai te remercier pour ces echanges constructifs, c'est pas toujours le cas entre personnes d'avis differents . Bon je reponds a tes différentes questions.

Bonjour Yoyo,
OK, mais dans ce cas on change de definition. On ne parle plus du gene, mais du gene+ les signaux necessaires a son expression. Et justement, c'est la toute la difficulte. Quels sont les signaux necessaires a son expression ? On procede par essai-erreur, il n'y a pas d'algorithme pour dire par exemple quels sont les promoteurs necessaires, ni pour dire quelles quantites de proteine seront produites. Cela reste tres empirique. On teste et on voit ce qui se passe. Il n'y a pas d'algorithme permettant de decouper une chaine d'ADN en promoteurs+genes et de decrire la proteine formee pour un ensemble promoteurs+genes.

Si justement les signaux sont bien connus, dans quasiment tous les cas on ne prends que la sequence codante puisque c'est elle qui est importante pour obtenir une protéine. Comme il etait dit plus haut on y rejoute un promoteur qui marche (celui d'un virus du choux fleur), un terminateur pour eviter de transcrire n'importe quoi et on obtient ainsi tres exactement un fragment d'ADN capable de donner l'ARNm que l'on souhaite. On est obligé de faire cela car les signaux originaux du gène ne fonctionneront pas dans la plante puisque dans la plupart des cas le gène proviens d'un organisme différents voir meme d'une bacterie. Comme cela on est certains de ne pas avoir de mauvaises surprises. Par contre c'est clair qu'on ne saura pas apriori la quantité de protéine active qui sera synthétisée, mais on peut en avoir une idée car certains promoteurs sont forts d'autres sont faibles, d'autres sont régulés d'autres pas etc... donc on a une panoplie d'outils a notre disposition selon les cas de figure.

OK.
Quand tu dis qu'on trouve un point de coupe unique, je suis d'accord. Sauf que le point de coupe tu ne le choisis pas exactement. Il existe des points de coupes possibles dans la chaine d'ADN, mais tous les endroits de la chaine d'ADN ne sont pas des points de coupe. Tu ne coupes pas ou tu veux. Donc tu ne peux choisir exactement le gene. Tu choisis une sous partie du gene accessible a l'aide des outils de coupe dont tu disposes.

Alors les sites de coupure, soit ils existent déja et alors en effet tu prends ceux la, mais c'est assez rare d'avoir la chance qu'ils se trouvent au bon endroit, soit tu peux les créer de toute piece exactement a la poisition que tu veux. Mais je le répète, le plus simple et le plus utilisé actuellement pour récupérer une séquence codante d'interet est la PCR qui elle permet d'obtenir précisément (au nucleotide pres!) le fragment d'ADN désiré.

Or en changeant le point de coupe, tu peux inclure plus ou moins de promoteurs qui se trouvent au debut du gene. Ce qui peut changer la proteine.

Juste pour corriger une petite erreur. Un promoteur n'est pas transcrit, ce n'est qu'un signal present sur l'ADN qui indique a la machinerie qui va synthetiser l'ARNm ou commencer la synthese. Si le promoteur n'est pas complet il n'est pas actif.

Question dont je ne connais pas la reponse. Quel est le pourcentage de points de coupes selectionnables dans une chaine d'ADN ? Cela permettrait de savoir si la coupe est precise ou pas. A-t-on une idée de la distribution des points de coupe ? Sont ils plus ou moins equirépartis ?

Les points de coupures sont généralement des sites palindromique de 6 nucleotides. Leur frequence d'apparition est equiprobable dans le génome sachant en revanche que certain génomes sont riches en base A/T et d'autres riche en bases G/C, donc ceci a une influence directe sur la frequence des sites qui peuvent etre eux aussi G/C riche ou non.... heu.... je suis clair?

Au vu du prix du sequençage d'un genome, il est évident qu'on ne reséquence pas entierement le genome de la nouvelle variété pour vérifier qu'elle est exactement conforme a ce qu'on veut. On utilise des méthodes de vérification, mais qui seront indirectes. Un truc du genre preuve par 9: si la multiplication est bonne, la preuve par 9 donne le resultat attendu, mais pas l'inverse.

Non on ne resequence pas tout un génome biensur. On séquence que la partie modifiée pour s'assurée qu'elle est conforme a ce que l'on a construit initialement (bref que l'integration c'est effectuée sans modification de la sequence qu'on a construit).

Ce qui serait intéressant, c'est une description des méthodes de vérification avec le pourcentage d'erreurs, c'est a dire la probabilité que la cellule soit non conforme sachant que pourtant le test est satisfaisant.

Le test le plus utile est le Southern-Blot. Il est simple et efficace est tres fiable. De plus il donne une vue exhaustive de l'integration de l'insert dans le génome.

sequance codante=exon. J'avais l'impression que l'ordre des exons dans l'ogm pouvait etre different de l'ordre des exons dans le gene de depart. Est-ce bien le cas ?

Non l'ordre des exons et des codons ne peut pas changer, sinon le gène ne serait plus actif.

Ce que je dis c'est qu'on est incapable de comprendre l'interinfluence des genes les uns avec les autres.

ca c'est vrai, mais comme je le disais précédemment si l'expression du gène modifie trop le fonctionnement de la cellule celle-ci aura des problemes de croissance et donc ne sera pas retenue dans la production a grande echelle car on n veut pas de plantes malades!

Il manque des réponses mais je completerai plus tard
Yoyo

[invitec9f0f895]

Me revoila

Malheureusement, on n'a aucune idée de la longueur des cycles qu'il faudrait controler, ni du nombre de ces cycles. Et c'est aussi un modele simplifié car en fait il faudrait quantifier l'interaction des genes, ce qui n'est pas fait dans ce modele.

Donc, l'influence des réseaux de genes est fondamentale. On ne peut pas dire qu'on a changé un gene et qu'on controle le fonctionnement general.

Ce que tu dis sur la différenciation est exacte, mais la tu parles de gènes ou plutot de protéines qui interagissent naturellement en réseau et qui en plus s'expriment selon un schéma temporelle tres précis.
ces expressions sont régulées justement par l'intermédiaire des régions promoteurs. or justement les sequences utilisées comme promoteurs ont été changées et sont des séquences qui permettent une expression ubiquitaires (non régulée).
Ensuite toutes les protéines ne participent pas a des réseaux complexes, pas mal on des fonctions biologiques uniques et agissent par elle meme.
je citait précédemment le cas de l'hemoglobine (sa fonction est de transporter l'oxygène) c'est une protéine qui n'a pas d'autre fonction et qui n'interagit pas avec d'autres protéines. pourtant elle fait l'objet de regulations tres complexes durant le developpement dans les organismes qui l'utilisent.

Donc oui il existe des réseaux trs complexes, mais non c'est loin d'etre une généralité, et encore une fois si la protéine exprimée interfere avec la vie "normale" de la cellule alors la croissance de la plante en sera affecté et l'échantillon ne sera pas retenu pour les tests suivants.

Yoyo

[invite32f57b05]

Ryuujin, je te prie d'être nettement moins agressif dans tes propos, on pourrait aussi te qualifier de partisan.

Je demande à voir. Sur quel point de ce post ?


Pour finir, je pense LeLama qu'avant de te lancer dans une démarche d'information du public, tu devrais commencer par vérifier tes informations, et ta compréhension du sujet ; ajouter à un net déjà très riche en erreurs un site à vocation informatif écrit par des gens incapable de garantir le contenu, n'est-ce pas risqué ?


Sinon LeLama, je trouve tes sources très peu objectives, n'est-ce pas génant pour un site à vocation informative ? cela n'en ferait-il pas plutôt un site partisan, un site de propagande en gros, et cela ne transformerait-il pas ton annonce en vulgaire publicité ?

Parceque mine de rien, la plupart des erreurs commises dans les articles ont déjà été corrigées plusieurs fois sur ce forum, et la totalité de tes sources ont déjà été réfutés plusieurs fois ici même sur des points proches de ceux que tu évoques.

J'attends pour lister les erreurs que j'ai repéré que celles relevées par Yoyo soient corrigées.

[invite32f57b05]

j'oubliais, titrer "Nappes phreatiques et agriculture biologique" un article sur le dernier rapport de l'ifen, c'est malhonnète.
Et le raisonné ?

ce rapport ne permet de tirer aucune conclusion quant à l'agriculture biologique, car il ne la distingue nullement de l'agriculture conventionnelle.

[invite9cfc5b89]

Salut Yoyo,
C'est clair qu'on est pas du même avis sur l'intérêt des ogm On va quand même essayer de continuer cette discussion de façon constructive

Si justement les signaux sont bien connus, dans quasiment tous les cas on ne prends que la sequence codante puisque c'est elle qui est importante pour obtenir une protéine. Comme il etait dit plus haut on y rejoute un promoteur qui marche (celui d'un virus du choux fleur), un terminateur pour eviter de transcrire n'importe quoi et on obtient ainsi tres exactement un fragment d'ADN capable de donner l'ARNm que l'on souhaite.

Il faut se mettre d'accord sur ce qu'on appelle bien connu ou bien compris. La situation est tres differente de la physique par exemple. En physique, si les conditions de l'experience, sont fixées, il y a prévisibilité du résultat dans le cadre d'une théorie.

Ici, le gene de l'aromatase est précédé de 10 promoteurs (cas assez rare apparamment). Que se passe-t-il si j'extrais ce gene et que je lui accole un promoteur issu du chou-fleur ? Ben on sait pas. Y'a pas prévisiblité. Faut faire des tests et essayer.

Pour un gene donné, on ne sait jamais dire s'il y a un ou plusieurs promoteurs. De nouveaux promoteurs sont découverts régulièrement et publiés. Il n'est pas exclu que l'immense majorité (et même tous) les gènes soient munis de plusieurs promoteurs, et que ceux dont nous ne connaissons pour l'instant qu'un promoteur et une protéine se trouvent en fait associé à plusieurs promoteurs qui s'expriment dans des conditions hyperparticulières non élucidées (hyper-stress hydrique, attaque bactérienne particulière....).

Même la notion de gene est assez floue. C'est d'ailleurs pour cela qu'on ne sait pas évaluer le nombre de genes alors qu'on a séquencé le génome humain. On n'a pas de modèle théorique au sens de la physique. On essaye, c'est une démarche empirique. Comme tu le dis très bien, on a une boite à outils performante. On est en train de recueillir des données. Le fait qu'on ait réussi à fabriquer des plantes ogm est la preuve qu'on a mis le doigt sur un mécanisme de la vie. Mais on n'en est qu'au tout début. On recueille les données à l'aide de la boite a outils. Ce n'est pas une compréhension théorique. On n'a pour l'instant aucune règle prédictive en situation inconnue.

Pourra-t-on comprendre à court terme et obtenir un modèle théorique ? C'est peu probable pour des raisons mathématiques assez techniques ( la chaine d'ADN est un objet instable et il est difficile de dégager des invariants de la chaine d'ADN qui soient conservés lors de modifications aléatoires de la chaine d'ADN). Peut-être même qu'un modèle théorique, s'il existe, n'est formulable que dans le cadre d'une théorie physique qui n'est pas encore écrite. Qui peut le dire ?

Alors les sites de coupure, soit ils existent déja et alors en effet tu prends ceux la, mais c'est assez rare d'avoir la chance qu'ils se trouvent au bon endroit, soit tu peux les créer de toute piece exactement a la poisition que tu veux. Mais je le répète, le plus simple et le plus utilisé actuellement pour récupérer une séquence codante d'interet est la PCR qui elle permet d'obtenir précisément (au nucleotide pres!) le fragment d'ADN désiré.

OK. Merci pour ces explications.
actif.

Les points de coupures sont généralement des sites palindromique de 6 nucleotides. Leur frequence d'apparition est equiprobable dans le génome sachant en revanche que certain génomes sont riches en base A/T et d'autres riche en bases G/C, donc ceci a une influence directe sur la frequence des sites qui peuvent etre eux aussi G/C riche ou non.... heu.... je suis clair?

Oui, c'est très clair.

Non on ne resequence pas tout un génome biensur. On séquence que la partie modifiée pour s'assurée qu'elle est conforme a ce que l'on a construit initialement (bref que l'integration c'est effectuée sans modification de la sequence qu'on a construit).

La j'ai du mal à imaginer les détails techniques. Sachant qu'on ne connait pas le lieu ou s'insere le gene. On ne doit pas vérifier la localisation. Il faut vérifier que les tests que l'on fait ne peuvent pas être perturbés par des exons se trouvant éparpillés tout le long de la chaine d'ADN.

[invite9cfc5b89]

Yoyo, ce que je comprends de ce que tu me dis, c'est qu'on peut couper le gene comme on veut. Au nucleotide près me dis tu. Je me mets dans un cas d'ecole. Imaginons que je trouve un gene interessant GGGGGGGGGGGG inseré de la façon suivante dans une chaine d'ADN:
...AAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGG AAAAAAAAAAA....

Si ce n'est pas trop de boulot, est-ce que tu peux nous expliquer etape par étape comment on fait pour extraire le bout de chaine contenant les G et le mettre dans la cellule hote. Ce qui m'interesse de comprendre, c'est ce qui se passe a chaque étape sur la chaine d'ADN. Comment on ajoute les points de coupure, comment on coupe, comment le mot obtenu s'insere dans la bacterie.... A chaque étape du processus, il se passe des opérations combinatoires sur les chaines d'ADN manipulées. Ce sont ces opérations combinatoires que j'aimerais comprendre pour estimer les probabilités d'erreur par confusion entre des mots se situant a differents points de la chaine d'ADN.

[invitec9f0f895]

Salut

Je repond enfin, je commence par tes commentaires et apres je repondrai a ton deuxieme message, mais comme je sents que ca va me prendre du temps si je veux repondre correctement...

Salut Yoyo,
C'est clair qu'on est pas du même avis sur l'intérêt des ogm On va quand même essayer de continuer cette discussion de façon constructive

Tant mieux

Il faut se mettre d'accord sur ce qu'on appelle bien connu ou bien compris. La situation est tres differente de la physique par exemple. En physique, si les conditions de l'experience, sont fixées, il y a prévisibilité du résultat dans le cadre d'une théorie.

Mais en biologie aussi. Tu prends la sequence codante d'un gène, tu lui rajoutes un promoteur adequat et tu fais exprimé le tout dans un organisme choisi a l'avance (bactérie, cellule humaine, levure, plante, drosophile) tu obtiendras la protéine désirée. Tu peux meme le faire in-vitro sans aucune cellule juste avec des enzymes.

Ici, le gene de l'aromatase est précédé de 10 promoteurs (cas assez rare apparamment). Que se passe-t-il si j'extrais ce gene et que je lui accole un promoteur issu du chou-fleur ? Ben on sait pas. Y'a pas prévisiblité. Faut faire des tests et essayer.

Pour un gene donné, on ne sait jamais dire s'il y a un ou plusieurs promoteurs. De nouveaux promoteurs sont découverts régulièrement et publiés. Il n'est pas exclu que l'immense majorité (et même tous) les gènes soient munis de plusieurs promoteurs, et que ceux dont nous ne connaissons pour l'instant qu'un promoteur et une protéine se trouvent en fait associé à plusieurs promoteurs qui s'expriment dans des conditions hyperparticulières non élucidées (hyper-stress hydrique, attaque bactérienne particulière....).

Ce que tu decris est tout a fait vrai, certains gènes possèdent plusieurs promoteurs qui vont servir a exprimer le gène dans différentes conditions. Mais meme si cela est le cas, ca ne change rien car dans le cas d'un OGM on ne preleve que la sequence codante (qui elle est identifiable sans ambuiguité) et le promoteur utilisé est un promoteur viral connu.

Même la notion de gene est assez floue. C'est d'ailleurs pour cela qu'on ne sait pas évaluer le nombre de genes alors qu'on a séquencé le génome humain.

La notion de gène n'est pas floue, un gène est une portion d'ADN permettant d'obtenir un ARN. la difficulté pour identifier des gènes inconnus dans un génome est qu'il est difficile informatiquement de faire la différence entre séquences codantes (gènes) et séquences non codantes (intergénique). Il existe divers algorithmes permettant de le faire mais il faut placer des limites et donc exclure d'office une partie des candidats interessants. Ceci est vrai pour les gènes inconnus, en revanche une fois identifié et caractérisé on est capable de savoir tres précisément ou commence et ou termine un gène.

Yoyo

[invite9cfc5b89]

La notion de gène n'est pas floue, un gène est une portion d'ADN permettant d'obtenir un ARN.
Yoyo

Salut yoyo,
Ça dépend de ce que tu n'appelles pas floue

Disons qu'en Informatique, en maths, ou en physique, tu te fais jeter si tu poses une définition aussi peu précise. La phrase "permettant d'obtenir un ARN" est particulièrement molle, au sens ou elle n'est pas suffisamment précise et ne peut etre contredite. En ce sens, elle ne répond pas vraiment aux standards scientifiques. Cette phrase ne dit pas si tu inclus ou pas les promoteurs, si tu inclus ou pas les introns, si tu ne regardes que les séquences linéaires ou pas, si tu inclus les séquences ailleurs dans le code qui influent sur les phénomènes de méthylation...Si y'a deux équipes de recherche sur deux planètes différentes qui commencent avec cette définition, il est quasiment certain qu'elles n'auront pas le meme ensemble de genes pour un genome donné. Avec cette définition, si tu découvres un nouveau phénomène, tu vas devoir changer complètement la liste des gènes...

En gros, cette définition dit juste que les proteines sont codées par des informations dans le genome, et qu'a chaque fois que je constate empiriquement que y'a un bout de chaine qui code une protéine, je décide de l'appeler gene.

D'ailleurs les problèmes de chevauchement des genes sont des problèmes liés à cette définition. On peut se dire, mince, comment ça se fait que deux genes se chevauchent ? Mais c'est tout betement logique, ça n'a rien d'un phénomène physique avec deux gènes distincts qui partageraient le même emplacement physique. C'est juste qu'on a constaté que certaines séquences logiques responsables du codage dans la chaine peuvent avoir des intersections communes.

Au fil des recherches, on commence à flairer à quoi doit ressembler un gene, mais on n'a pas vraiment d'idée précise et de définition inambigue. On n'est par exemple pas du tout certain d'avoir codé plus de 30% du génome humain.

Tant qu'on n'a pas un modèle de nature algorithmique qui dit, avec telles données de départ, je fais ça, pour moi ce n'est pas une définition, c'est un paradigme (paradigme bien utile néanmoins !)

[invitec9f0f895]

Salut yoyo,
Ça dépend de ce que tu n'appelles pas floue

Disons qu'en Informatique, en maths, ou en physique, tu te fais jeter si tu poses une définition aussi peu précise. La phrase "permettant d'obtenir un ARN" est particulièrement molle, au sens ou elle n'est pas suffisamment précise et ne peut etre contredite. En ce sens, elle ne répond pas vraiment aux standards scientifiques. Cette phrase ne dit pas si tu inclus ou pas les promoteurs, si tu inclus ou pas les introns, si tu ne regardes que les séquences linéaires ou pas, si tu inclus les séquences ailleurs dans le code qui influent sur les phénomènes de méthylation...Si y'a deux équipes de recherche sur deux planètes différentes qui commencent avec cette définition, il est quasiment certain qu'elles n'auront pas le meme ensemble de genes pour un genome donné. Avec cette définition, si tu découvres un nouveau phénomène, tu vas devoir changer complètement la liste des gènes...

Je crois voir ce que tu veux dire... mais la phrase recouvre l'ensemble de tous les gènes connus dans tous les organismes. elle inclu les sequences promotrices car sans elles pas d'ARN, elle inclu les introns (les introns font parties du gène, meme si tous les gènes n'en possedent pas), ca n'inclue pas les mecanismes de methylation et tous les autres systemes de régulations (car un gene n'est pas forcément régulé) etc...Elle peut etre contredite si on trouvait un gène qui ne répond pas a ce critere, par exemple une protéine exprimée directement a partir de l'ADN sans passer par l'intermédiaire ARN, mais pour l'instant ca n'a jamais été décrit.

En gros, cette définition dit juste que les proteines sont codées par des informations dans le genome, et qu'a chaque fois que je constate empiriquement que y'a un bout de chaine qui code une protéine, je décide de l'appeler gene.

Attention tous les gènes ne codent pas de protéines, en revanche ils codent tous un ARN. Oui c'est ce que dit cette définition, parcequ'elle correspond tres exactement aux millards d'expériences qui ont été faites et qui n'ont jamais infirmées cette définition. C'est aussi pour cela que je distingue le gene de la sequence codante, car on peut trouver une linguistite du codant (versus le non codant) qui sert aux algorithmes a prédire les gènes dans les nouvaux génomes. Ces algorithmes utilisent les chaines de markov cachées (HMM) et sont assez fiables. Mais le probleme de ces algorithmes est la phase d'apprentissage, il faut un set de sequence connues et la ca se complique...

D'ailleurs les problèmes de chevauchement des genes sont des problèmes liés à cette définition. On peut se dire, mince, comment ça se fait que deux genes se chevauchent ? Mais c'est tout betement logique, ça n'a rien d'un phénomène physique avec deux gènes distincts qui partageraient le même emplacement physique. C'est juste qu'on a constaté que certaines séquences logiques responsables du codage dans la chaine peuvent avoir des intersections communes.

Heu... la parcontre désolé mais je ne t'ai pas suivi.

Au fil des recherches, on commence à flairer à quoi doit ressembler un gene, mais on n'a pas vraiment d'idée précise et de définition inambigue. On n'est par exemple pas du tout certain d'avoir codé plus de 30% du génome humain.

En biologie seule la preuve expérimentale a une valeur. Donc on peut prevoir, prédire tout ce que l'on veut (ou presque) mais il faut que ca soit valider par l'expérimentation.

Tant qu'on n'a pas un modèle de nature algorithmique qui dit, avec telles données de départ, je fais ça, pour moi ce n'est pas une définition, c'est un paradigme (paradigme bien utile néanmoins !)

Avec n'importe quelle séquence d'ADN on peut prédire quelle sera la protéine codée par cette séquence...
La prediction est d'autant plus compliquée que le génome est complexe. En fait ce n'est pas tant de trouver un gène qui est difficile, mais c'est surtout de savoir ou sont les exons et les introns (quand il y en a). Certains introns ont des sites consensus d'epissage, ils sont donc tres facilement identifiables, d'autre n'en n'ont pas et la c'est une grosse galere.

Yoyo

[invitec9f0f895]

Bon je vais essayer de repondre a ton message 26, mais si tu le permet je vais changer legerement les definititions que tu donnes.
A= adn (a l'exception du gène)
P= promoteur
C= sequence codante (qui donnera la proteine)
(Les C gras et sous lignés indiquent respectivement le debut et la fin de la lecture par le ribosome).
U= region transcrites non traduites.
T= terminateur de transcription
YRRY= le site de coupure (en definissant que l'enzyme va couper entre les deux R)

donc par raport a ton message ton G = P+u+C+u+T pour moi.

Donc on a :
AAAAAAAAPPPPuuuuuuCCCCCCCCCCCCCCCuuuuuTTTAAAAAAAAA

Le but est ici d'extraire la sequence C afin de pouvoir la faire s'exprimer dans une plante (alors qu'elle proviens d'un autre organisme eucaryote).
la premiere etape est d'ajouter par mutagenese dirigée les sites de coupures (on estime que le gène est deja cloné dans un plasmide).

on obtient donc :
AAAAAAAAPPPPuuuuuuYRRYCCCCCCCCCCCCCCCYRRYuuuuuTTTAAAAAAAAA
A cette etape on verifie que les sites sont bien insérés en séquencant la region. (la seule restriction est que YRRY ne doit pas etre présent dans C, mais ca on le sait a l'avance puisqu'on connait la séquence du gène avec lequel on travail)

Ensuite on coupe l'ADN. on obtient donc un fragment que l'on purifie sur gel:
RYCCCCCCCCCCCCCCCYR

Ce fragment est inséré dans un nouveau plasmide qui contient cette fois ci notre promoteur viral, et tous les signaux necessaires a la transcription (Pv pour le promoteur et Tv pour le terminateur).
ce qui nous donne:
AAAAAAAAAPvPvPvuuuuuuYRRYCCCCCCCCCCCCCCCYRRYuuuuTvTvTvAAAAAAAA
voila notre gène (on devrait plutot dire, notre sequence codante) prete a s'exprimer dans la plante. On transfert le tout par la methode de notre choix dans les cellules vegetales.

J'espere que c'est assez claire, car ce n'est pas simple a expliquer comme cela.
Je le redit mais maintenant que les techniques de PCR existent on peut amplifier du premier coup la sequence C et la mettre directement la ou on veut ce qui donne rapidement:

sequence de departt:
AAAAAAAAPPPPuuuuuuCCCCCCCCCCCCCCCuuuuuTTTAAAAAAAAA

Amplification avec des amorces spécifiques du fragment désiré.
CCCCCCCCCCCCCCC

Insertion dans le vecteur "receveur":

AAAAAAAAAPvPvPvuuuuuuYRCCCCCCCCCCCCCCCRYuuuuTvTvTvAAAAAAAA
et on verifie tout cela par séquençage. Si tout est bon alors on transfert la nouvelle construction dans la cellule végétale. Comme tu le vois rapidement, c'est beaucoup plus simple et rapide de procéder de cette maniere la.

YOyo