Covid-19 : discussion générale

[Yoghourt]

Mise à jour (après la coupure de l'été) des courbes d'excès de mortalité :

Il est à noter que la courbe France infirme encore et à nouveau la fiction propagée par au moins un "épidémiologue" (*) sur les réseaux sociaux cet été, et beaucoup relayée hélas (normal : j'pense-qu'à-ma-gueule-et-les-vieux-ont-qu'à-rester-chez-eux-et-pas-m'faire-chier). Comme quoi il n'y avait pas eu de surmortalité en France, juste les morts normales d'une année avec un grippe un peu plus forte. Avec courbes bidonnées à l'appui.

(*) Si le conseil de l'ordre des médecins faisait son boulot, ça mériterait une procédure immédiate de destitution + procès a minima au titre de la loi de 1881 sur les fausses nouvelles.

Chuss,
Y.
-----

[Yoghourt]

Le nombre de nouveaux cas baisse à Marseille donc oui il n'y aura pas de progression exponentielle des cas en réa à Marseille dans les jours à venir.

Le "donc" est un sophisme, une croyance de votre part.
Tout comme votre croyance qu'un chiffre officiel de n'importe quel pays est forcément une réalité sans aucune incertitude, pas même pour une erreur de comptage.

[LogOut]

Le "donc" est un sophisme, une croyance de votre part.

ah ouais ? Tu m'expliques comment on peut avoir une progression exponentielle de cas en réa si le taux d'incidence chez les 65 + n'augmente pas ?

je cite mon premier commentaire qui emploie le conditionnel

on devrait pas assister à une une augmentation exponentielle des cas en réa à Marseille prochainement

Tu m'expliques pourquoi tu cries pas au sophisme quand des médecins te montrent ça

Tout comme votre croyance qu'un chiffre officiel de n'importe quel pays est forcément une réalité sans aucune incertitude, pas même pour une erreur de comptage.

A quel moment j'ai affirmé ça ?

'immunité de groupe est-elle atteinte dans pas mal de pays du sud ?

j'ai relayé une étude et employé l'interrogatif en guise de commentaire yves95210 y a répondu par un commentaire intelligent, ça n'est pas ton cas.

[invite921f6ea3]

(*) Si le conseil de l'ordre des médecins faisait son boulot, ça mériterait une procédure immédiate de destitution + procès a minima au titre de la loi de 1881 sur les fausses nouvelles.

Chuss,
Y.

Pour la procédure en destitution, vous ne pouvez rien, par contre entamer un procès "a minima au titre de la loi de 1881 sur les fausses nouvelles", est possible comme chaque citoyen en a la capacité, cela peut même se faire en ligne (au moins le début de la procédure).

[polo974]

https://twitter.com/aphm_actu/status...15597594079232

AP-HM - Hôpitaux Universitaires de Marseille

@aphm_actu

26 sept.
En réponse à @aphm_actu

Pour mémoire, évolution des patients #COVID19 à l’APHM

14 août: 21 patients COVID dont 3 en réanimation
31 août: 66 patients COVID dont 15 en réanimation
15 septembre: 135 patients COVID dont 29 en réanimation
26 septembre: 177 patients COVID dont 43 en réanimation

Mais à part ça, tout va bien...

[Yoghourt]

ah ouais ? Tu m'expliques comment on peut avoir une progression exponentielle de cas en réa si le taux d'incidence chez les 65 + n'augmente pas ?

Je vous ai déjà pointé des évènements/risques en ce sens. Une bonne cinquantaine d'admissions en réa en quelques jours exploserait votre sacro-sainte prédiction tout en étant totalement noyée statistiquement dans les courbes de taux d'incidence. Et un tel évênement (type progression exponentielle) tres court terme n'impliquerait pour autant pas une probablité de progression exponentielle à plus long terme.
Si les mesures et comportements étaient sans rupture récente, la proba à court/moyen terme réa serait effectivement optimiste. Mais seulement à court ou moyen terme, et il se fait que toutes choses ne sont justement pas égales par ailleurs depuis une bonne semaine dans les bouches du rhone.

Quand à votre ad hominem par graphique officiel modifié et source fiable non modifiée, bravo, vous avez compris comme il est facile de lancer une fake news.

[yves95210]

juste lol quoi c'est pas moi qui extrapole en prolongeant des courbes par des exponentielles.
Le nombre de nouveaux cas baisse à Marseille donc oui il n'y aura pas de progression exponentielle des cas en réa à Marseille dans les jours à venir.

Dans les jours à venir, sans-doute pas. Mais la baisse du nombre de nouveaux cas (partout, pas qu'à Marseille) est peut-être un trompe l’œil : elle suit une forte augmentation de ce nombre parmi les jeunes (moins de 30 ans et surtout moins de 20 ans) lors de la rentrée.

Ci-dessous l'évolution du nombre de nouveaux infectés par tranche d'âge, calculé à partir des données des hôpitaux (admissions à l'hôpital par tranche d'âge, à J+12 par rapport à la date d'infection), et des pourcentage hospitalisés/infectés par tranche d'âge.
Les courbes représentent les nombres d'infections par million d'individus de chaque tranche d'âge, et celle en tirets noirs, par million toutes tranches d'âges confondues.
En revanche la courbe en tirets-points bleus représente le nombre d'admissions à l'hôpital pour l'ensemble de la population (métropole uniquement, soit environ 65 millions). Le fait qu'elle soit proche de la courbe en tirets noirs une coïncidence numérique : le % hospitalisés/infectés toutes tranches d'âge confondues calculé à partir des taux par tranche d'âge pondérés par le nombre d'hospitalisés de chaque tranche, est resté entre 1,3 et 1,7% pendant les deux mois d'été et ne remonte nettement que depuis fin août, reflétant l'augmentation de la proportion des plus âgés parmi les patients hospitalisés.



(source des données)

Reste à voir comment ça va évoluer une fois passé l'effet rentrée scolaire : le nombre d'admissions à l'hôpital de patients de plus de 50 ans semble se stabiliser depuis huit jours. Sans-doute l'effet (différé de quelques jours) de la baisse du nombre d'infections parmi les jeunes. Mais ce nombre n'a fait que revenir au niveau où il était avant la rentrée. S'il repart à la hausse ces prochaines semaines, ça entraînera forcément une hausse des hospitalisations de patients plus âgés (parents et surtout grands-parents, enseignants et personnels des collèges et lycées, etc.).

Ce n'est que dans une ou deux semaines qu'on pourra confirmer que la baisse (ou la stabilisation) du nombre de nouveaux cas est durable.

[yves95210]

rapport DGS
Pièce jointe 421529

Sauf que tu as malencontreusement copié la ligne qui concerne Aix, et pas celle (plus haut) qui concerne Marseille :

[invite6f9dc52a]

Le nombre de nouveaux cas baisse à Marseille donc oui il n'y aura pas de progression exponentielle des cas en réa à Marseille dans les jours à venir.

Dans les jours à venir, sans-doute pas. Mais la baisse du nombre de nouveaux cas (partout, pas qu'à Marseille) est peut-être un trompe l’œil : elle suit une forte augmentation de ce nombre parmi les jeunes (moins de 30 ans et surtout moins de 20 ans) lors de la rentrée.

Ci-dessous l'évolution du nombre de nouveaux infectés par tranche d'âge, calculé à partir des données des hôpitaux (admissions à l'hôpital par tranche d'âge, à J+12 par rapport à la date d'infection), et des pourcentage hospitalisés/infectés par tranche d'âge.
Les courbes représentent les nombres d'infections par million d'individus de chaque tranche d'âge, et celle en tirets noirs, par million toutes tranches d'âges confondues....
[...]

En effet, on pourrait même voir un effondrement quasi-complet de la courbe d'infectés dans une ou plusieurs populations données (ou toutes) et que les réas se remplissent quand même avec les cas qui restent (et donc un % d'hospitalisation par rapport aux cas détectés (qui dépendent principalement de qui est détecté et comment à quel moment) qui augmente) ; on a souvent tendance à voir le résultat statistique comme un résultat réel impliquant une évolution réelle certaine alors que ce n'est qu'une représentation moyenne, lissée, à postériori qui, faute de mieux, est utilisée comme modèle artificiel prédictif.
Le taux de remplissage des services critiques ne peut être qu'un critère indépendant - les autres critères servant surtout à essayer de l'anticiper.

[yves95210]

on a souvent tendance à voir le résultat statistique comme un résultat réel impliquant une évolution réelle certaine alors que ce n'est qu'une représentation moyenne, lissée, à postériori qui, faute de mieux, est utilisée comme modèle artificiel prédictif.

On est d'accord. C'est pour ça que depuis quelque temps je m'efforce de suivre les données des hôpitaux par tranche d'âge, qui souffrent moins de cet effet de moyenne que les données brutes (nombre d'hospitalisations ou nombre de tests positifs). Je n'ai malheureusement pas trouvé l'équivalent ailleurs...
C'est forcément du a posteriori, mais les tendances par tranche d'âge permettent de mieux anticiper ce qui peut se passer, au moins à court terme (semaines) : par exemple la forte baisse du nombre de cas parmi les jeunes (qui représentent la majorité des cas, mais une toute petite minorité des hospitalisations) depuis une semaine masque l'augmentation du nombre de cas parmi les plus âgés; or c'est celle-ci qui sera déterminante pour le remplissage des services Covid des hôpitaux.

[LogOut]

Sauf que tu as malencontreusement copié la ligne qui concerne Aix, et pas celle (plus haut) qui concerne Marseille :

Pièce jointe 421533

yes,
mais comment le DG de l'ARS peut écrire et signer "un taux d'incidence de 356 à Aix-Marseille pour les 65+ le 21/09"
alors qui'il est à Aix Marseille de 135.5 et à Marseille seule de 163.8 dans le doc de la DGS qui est en phase avec le taux d'incidence des Bouches du Rhône remonté par SPF

[yves95210]

yes,
mais comment le DG de l'ARS peut écrire et signer "un taux d'incidence de 356 à Aix-Marseille pour les 65+ le 21/09"
alors qui'il est à Aix Marseille de 135.5 et à Marseille seule de 163.8 dans le doc de la DGS qui est en phase avec le taux d'incidence des Bouches du Rhône remonté par SPF
Pièce jointe 421534

Les deux documents ne parlent pas exactement de la même période.
DGS : "Données issues de SI-DEP : Entre le 13 et le 19 septembre 2020".
ARS : "Pour la semaine du 15 au 21 septembre 2020".

Mais si ça suffit peut-être à expliquer l'écart entre les taux d'incidence toutes tranches d'âge confondues, j'ai effectivement du mal à imaginer que ce taux ait doublé pour les plus de 65 ans...

Ceci dit, vu le bordel qu'a l'air d'être la remontée des données (sans-doute encore plus dans SIDEP que dans le SI Covid des hôpitaux), ça ne m'étonnerait pas que deux analyses faites par deux personnes différentes à deux moments (un peu) différents donnent des résultats aussi contradictoires. Et vu le bordel qu'a aussi l'air d'être l'administration de la santé, ça ne m'étonnerait pas non plus que DGS et ARS aient chacune leurs analystes.

Jusqu'à présent je n'avais pas eu le courage d'aller regarder les données SIDEP, mais là tu m'y obliges un peu...
Je constate que, dans le fichier qui contient les cumuls par département et par semaine, pour le 13 et la semaine 38 il y a 437 tests positifs pour les plus de 70 ans et 397 de plus si on compte les 60-69 ans. Pas de bol, les tranches sont par 10 ans d'âge et il n'y a donc pas de données pour les 65+. En coupant la poire (ou plutôt le nombre de 60-69 PCR+) en deux, ça fait à peu près 635 PCR+ sur environ 300000 habitants de plus de 65 ans (15% de 2 millions) dans le département en semaine 38, ce qui doit faire un taux d'incidence supérieur à 200 pour 100000. Mais c'est au niveau du département; dans la métropole de Marseille ce taux est certainement plus élevé. En tout cas, nettement plus élevé à celui qui figure dans le rapport de la DGS...

[LogOut]

Les deux documents ne parlent pas exactement de la même période.
DGS : "Données issues de SI-DEP : Entre le 13 et le 19 septembre 2020".
ARS : "Pour la semaine du 15 au 21 septembre 2020".

Mais si ça suffit peut-être à expliquer l'écart entre les taux d'incidence toutes tranches d'âge confondues, j'ai effectivement du mal à imaginer que ce taux ait doublé pour les plus de 65 ans...

Ceci dit, vu le bordel qu'a l'air d'être la remontée des données (sans-doute encore plus dans SIDEP que dans le SI Covid des hôpitaux), ça ne m'étonnerait pas que deux analyses faites par deux personnes différentes à deux moments (un peu) différents donnent des résultats aussi contradictoires. Et vu le bordel qu'a aussi l'air d'être l'administration de la santé, ça ne m'étonnerait pas non plus que DGS et ARS aient chacune leurs analystes.

Jusqu'à présent je n'avais pas eu le courage d'aller regarder les données SIDEP, mais là tu m'y obliges un peu...
Je constate que, dans le fichier qui contient les cumuls par département et par semaine, pour le 13 et la semaine 38 il y a 437 tests positifs pour les plus de 70 ans et 397 de plus si on compte les 60-69 ans. Pas de bol, les tranches sont par 10 ans d'âge et il n'y a donc pas de données pour les 65+. En coupant la poire (ou plutôt le nombre de 60-69 PCR+) en deux, ça fait à peu près 635 PCR+ sur environ 300000 habitants de plus de 65 ans (15% de 2 millions) dans le département en semaine 38, ce qui doit faire un taux d'incidence supérieur à 200 pour 100000. Mais c'est au niveau du département; dans la métropole de Marseille ce taux est certainement plus élevé. En tout cas, nettement plus élevé à celui qui figure dans le rapport de la DGS...

peut être

mais vu que dans cette même lettre le DG de l'ARS rapporte un taux d'incidence des 65 + supérieur à celui toute pops confondues (ce qui est le cas nulle part ailleurs)


je plaide plutôt pour une grosse erreur de sa part.

[yves95210]

je plaide plutôt pour une grosse erreur de sa part.

Peut-être.

Ou peut-être que les personnes âgées se sont plus fait dépister qu'ailleurs : semaine 38 les plus de 60 ans représentent 19,5% des personnes testées dans les Bouches-du-Rhône, contre par exemple 14,2% à Paris ou 9,9% dans le Rhône et (au hasard) 4% dans les Alpes de Haute-Provence. Ce sont sans-doute les plus inquiets qui se font le plus tester... et bien sûr ça ne peut que faire monter le taux d'incidence.

Raison pour laquelle les données SIDEP sont à prendre avec des pincettes, et ce fameux taux d'incidence aussi (seule son évolution d'une semaine sur l'autre est peut-être significative).

Bref, si tu veux vraiment discuter chiffres, il faut remonter à la source, c'est-à-dire aux données brutes, disponibles sur le site que j'ai déjà indiqué.

Et les données des hôpitaux me semblent une source nettement plus fiable que SIDEP. D'une région à l'autre et d'une période à l'autre, les critères justifiant d'hospitaliser un patient et éventuellement de le placer en réa sont certainement plus homogènes que ceux qui conduisent les gens à se faire tester en ville (envoyés par leur médecin, ou de leur propre initiative)...
Voici ce qu'elles disent pour les Bouches-du-Rhône (en nombre d'admissions à l'hôpital par 100000 habitants) :

[yves95210]

PS : j'ai buggé (copié-collé pas dans la bonne cellule de mon tableau).

Semaine 38 les plus de 60 ans représentent 19,5% des personnes testées dans les Bouches-du-Rhône, contre par exemple 14,2% à Paris ou 15,5% dans le Rhône. Et 27% dans le 04 (ça m'étonnait, aussi...)

Mais ça ne change rien à l'idée : si beaucoup plus de personnes se font tester, c'est normal qu'on trouve un taux d'incidence plus élevé.

[Mickey-l.ange]

Bonjour,

Intéressant : vaccins + antivaccins + big pharma + biais des études cliniques + Raoult :
http://www.direct-editeurs.fr/magazi..._marianne_1228

[pm42]

Intéressant : vaccins + antivaccins + big pharma + biais des études cliniques + Raoult :
http://www.direct-editeurs.fr/magazi..._marianne_1228

Bof. On a un résumé de comment on fait un vaccin et on nous dit que les anti-vaccin font de l'intox, un résumé du fonctionnement des grands labos pharmaceutiques sans vraie mise en perspective (comme d'hab, on pointe ce qui est criticable mais sans proposer de système meilleur) et une interview de Raoult où il est explique qu'il est grand, beau, fort, intelligent, bon amant, subtil, plein d'humour et modeste. Là aussi, rien de nouveau

[polo974]

Bof. On a ... une interview de Raoult où il est explique qu'il est grand, beau, fort, intelligent, bon amant, subtil, plein d'humour et modeste. Là aussi, rien de nouveau

tu m'a bien fais rire, mais fais gaffe, il y a des gens qui ont les lèvres gercées, et ça fait mal quand ça craque...

[invite921f6ea3]

un résumé du fonctionnement des grands labos pharmaceutiques sans vraie mise en perspective (comme d'hab, on pointe ce qui est criticable mais sans proposer de système meilleur)

C'est HS mais l'implication me semble elle aussi HS, on ne peut donc critiquer que si on amène des solutions? Beaucoup de "services" et administrations sont là pour pointer ce qui est critiquable et s'arrête à ce stade, et en science il me semble que quand un papier est soumis aux pairs, ceux-ci pointent ce qui est critiquable sans dire aux auteurs ce qu'il faut faire quand aux rectifications demandées.

[JPL]

en science il me semble que quand un papier est soumis aux pairs, ceux-ci pointent ce qui est critiquable sans dire aux auteurs ce qu'il faut faire quand aux rectifications demandées.

Non, tu te trompes complètement.

[invite921f6ea3]

Oui, mal dit, les pairs ne donnent pas les solutions aux critiques faites (par exemple, une demande de source sur un point, il l'a demande, mais ne donne pas les sources si il y en a, je me trompe encore?), c'est mieux comme ça?

[JPL]

Ce n’est pas le rôle des referees auxquels une revue soumet des manuscrits. Leur rôle est de dire ce qui est bon, ce qui peut être amélioré et dans quel sens, et ce qui est criticable. C’est à l’auteur (ou aux auteurs) de faire le travail.

[invite921f6ea3]

Bah voilà, c'est ce que je voulais dire, dans un autre genre, un lanceur d'alerte amène sur la place publique ce qui lui semble être critiquable, sans avoir a amener des solutions...C'était le sens de mon message.

[Flyingbike]

Non, tu te trompes complètement.

Ca dépend. Un reviewer peut très bien demander de rajouter telle ou telle référence précise, de faire telle ou telle manip, et de voir tel ou tel résultat. Même si cela ne figure pas forcément dans le papier final.

[FabiFlam]

Ca dépend. Un reviewer peut très bien demander de rajouter telle ou telle référence précise, de faire telle ou telle manip, et de voir tel ou tel résultat. Même si cela ne figure pas forcément dans le papier final.

Oui bien sûr, tout dépend du reviewer. S'il travaille lui-même sur le sujet il peut avoir des questions et suggestions bien plus précises.
Sinon il peut avoir surtout des remarques de méthodologie, des questions pour clarifier etc.

Après, je ne voudrais pas paraître décourageante, mais j'ai déjà vu des séries de publications dans des revues de rang A n'ayant absolument aucun sens. Juste destinées à éviter que leurs auteurs ne se fassent sucrer leurs crédits de recherche par les agences de financement. Les reviewers étaient souvent sensibles à l'idée que ça pourraient leur arriver à eux aussi ... La solidarité entre chercheurs a joué.

FabiFlam

[LogOut]

juste lol quoi c'est pas moi qui extrapole en prolongeant des courbes par des exponentielles.
Le nombre de nouveaux cas baisse à Marseille donc oui il n'y aura pas de progression exponentielle des cas en réa à Marseille dans les jours à venir.

très belle exponentielle comme prévu.

[Mickey-l.ange]

Bonjour,

Trouvé ça :

Discovery, une faute grave de la recherche française en plus d'une faute médicale ?

(...)

le bras hydroxychloroquine de l’étude Discovery a été arrêté à la suite de la publication du Lancet. L'ANSM (Agence Nationale de la Santé) avait justifié sa décision de la "suspension" des essais sur l'hydroxychloroquine (HCQ) suite à la position de l’OMS et son essai clinique #Solidarity et au #lancetgate. Cependant, l’étude Solidarity n'a jamais dit que l’HCQ était dangereuse, la branche HCQ de l'essai Solidarity avait d’ailleurs repris le 3 juin mais pas l’étude française Discovery. De plus, le 4 juillet 2020, l'OMS disait que l'hydroxychloroquine réduisait peu la mortalité et qu’il n’y avait pas de preuve qu'elle l'augmentait. On ne peut que noter le flou qui entoure cette décision. Cela ressemble plus à une décision d'opportunisme politique que scientifique.

(...)

La recherche française aurait-elle commis l’impensable ? en l’occurrence arrêter un traitement qui, faute d’un échantillon de taille suffisante montre un effet favorable mais non significatif. Il s'agit là purement et simplement de sabotage caractérisé dont on peut se demander s'il n'est le fruit de conflit d'intérêts. Rappelons que le Professeur Lina avait, devant le Sénat, justifié l’inclusion du remdésivir sur des bases faibles d’évidence d’efficacité pour éviter aux patients une perte de chance.

Finalement on est en droit de penser que pour ne pas faire perdre de chance au remdésivir (du laboratoire pharmaceutique américain Gilead) nos chefs de départements cliniques ont évincé volontairement un traitement et entraîné ainsi une perte de chance pour des patients qui finalement n’auront pas été traités. S’il est avéré ultérieurement et de façon irréfutable que le traitement par hydroxychloroquine montrait des signaux d’efficacité dans l'essai Discovery, alors ne pas l'avoir pris en considération serait indubitable une « faute médicale grave » méritant des poursuites à définir.

http://www.francesoir.fr/politique-f...faute-medicale

[pm42]

Trouvé ça :

Discours conspirationniste sans le début d’une preuve, non signé dans un média très grand public. Ils devraient se limiter à ce qu’ils savent faire, les chiens écrasés.

[invite44510b00]

Bonjour,

Trouvé ça :

Visiblement ce texte est issu d'une traduction (certaines tournures sonnent bizarrement et utilisation de "évidence" en lieu et place de "preuve") alors qu'il est mentionné : auteur "France soir" .....

[LogOut]

Bonjour,

Trouvé ça :

francesoir est plus un blog qu'un média sérieux.