variant sud africain / omicron

[papyneo]

Bonjour,

en sud afrique, un nouveau variant B.1.1.529 a quasiment pris le dessus sur le variant delta.



Quand on voit la vitesse de croissance, on peut imaginer que s'il arrive en Europe ( probablement il y est déjà en faible quantité), il va supplanter rapidement le variant delta.

L'UE vient de demander de bloquer les voyages de et vers l'afrique australe.

Le variant delta avait mis un mois pour être quasiment à 100 %, ce nouveau variant très contagieux mettrait probablement le même temps en europe.

Ce serait un variant avec de nombreuses modifications par rapport au delta. Les scientifiques sud africains pensent qu'il serait pratiquement insensible aux vaccins actuels. A confirmer.

Si c'est le cas:

- Quel serait la nécessité d'imposer un 3eme vaccin qui pourriat n'avoir aucun effet sur le variant sud africain? (mais il pourrait freiner les hospitalisations actuelles)

- Combien de temps faudrait il à pfizer (par exemple) pour modifier leur vaccin et l'adapter au nouveau variant? les vaccins arn sont semble t-il plus facile à adapter)
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[MissJenny]

Quand on voit la vitesse de croissance(...)

c'est pas exactement la croissance du nombre de cas. C'est la proportion de génomes séquencés en Afrique du Sud, et selon ce que j'ai entendu dire il ne s'agirait que de quelques dizaines de génomes, prélevés on ne sait où, peut-être tous dans le même hôpital. Il faudra attendre quelques jours pour y voir plus clair.

[Archi3]

pour le moment le nombre de cas est faible, en revanche effectivement le taux de croissance est très élevé, comparable à ce qu'il était en tout début d'épidémie, ce qui pourrait laisser penser qu'il est peu sensible au vaccin, mais ça peut être aussi qu'il s'est propagé dans un milieu peu vacciné ?

https://ourworldindata.org/explorers...e&country=~ZAF

[yves95210]

L'affichage sous forme de % de l'ensemble des cas cache le fait que le nombre de cas confirmés en Afrique du Sud était inférieur à 250 par jour dans la première quinzaine de novembre (le plus bas qu'ils aient eu depuis le début de l'épidémie).
Il est fort possible que le variant B.1.1.529 ait été à l'origine d'une certaine proportion (croissante) des 250 cas quotidiens de début novembre sans qu'il ait été détecté, puisqu'on ne le cherchait pas particulièrement. Ce qui donnerait à la courbe une toute autre allure...

Il y a par ailleurs des éléments scientifique indiquant qu'il circule probablement depuis plus longtemps :

The estimate below for the R of B.1.1.529 (and others along similar lines) feels implausibly high. Of note, there is actually quite some genetic diversity segregating in the B.1.1.529 lineage, with available genomes up to 10 mutations apart.
For that genetic diversity to have accumulated, B.1.1.529 must have been in circulation for at least 2-3 months (i.e. SARS-CoV-2 lineages 'click' at ~2 mutations/month). As such, a modelling assumption that B.1.1.529 was at ~0% prevalence 2-3 weeks ago is likely incorrect.

(source)

Ce n'est que quand on disposera de statistiques plus sérieuses qu'on pourra avoir une idée précise de la transmissibilité du B.1.1.529 ou de son taux de reproduction (dans une population très peu vaccinée, puisque moins de 25% des Sud-Africains le sont complètement).

[A voir en vidéo sur Futura]

[Archi3]

il faudrait définir jusqu'à quelle distance de mutations on appelle ça le même variant, mais comme je disais il est possible que les premières mutations n'aient pas été décelées car elles ne rendait pas le virus plus contagieux, mais que ce sont les dernières qui lui aient donné une plus grande contagiosité. L'extrapolation exponentielle (droite en log) sur le graphique précédent (approximative avec une règle mais on peut faire une régression linéaire plus correcte) semble indiquer un cas zéro il y a un mois environ.

[yves95210]

L'extrapolation exponentielle (droite en log) sur le graphique précédent (approximative avec une règle mais on peut faire une régression linéaire plus correcte) semble indiquer un cas zéro il y a un mois environ.

Si on prend au sérieux l'extrapolation exponentielle, le Reff du B.1.1.529 serait 6 fois plus élevé que celui du Delta... Tu y crois vraiment ?

[papyneo]

Le pdg de pfizer dit qu'il faudrait probablement 100 jours pour faire un vaccin contre le variant sud africain.

https://www.reuters.com/business/hea...ks-2021-11-26/

[jiherve]

bonsoir
never ending struggle!
prévisible c’était, des ronces pas sortis!
JR

[Archi3]

Si on prend au sérieux l'extrapolation exponentielle, le Reff du B.1.1.529 serait 6 fois plus élevé que celui du Delta... Tu y crois vraiment ?

j'ai pas vérifié ton facteur 6 mais si il est déduit des courbes de croissance, y a pas à y croire ou pas, c'est une réalité ! la question est de savoir si il s'agit d'un rapport de R moyen dans toute la population ou bien juste dans la population infectée qui peut être particulière (par exemple non vaccinée du tout). Mais si le virus échappe à l'immunité contre les souches précédentes ou les vaccins, alors que le delta lui y est sensible, pourquoi ce serait impossible ?

[papy-alain]

Le premier cas Européen vient d'être détecté en Belgique, à l'hôpital universitaire de Louvain. Il s’agit d’une jeune femme adulte qui a développé des symptômes 11 jours après avoir voyagé en Égypte via la Turquie. Elle n’avait aucun lien avec l’Afrique du Sud, ni aucun autre pays du sud du continent africain. La patiente avait une charge virale élevée lors du diagnostic. Elle n’était pas vaccinée, ni n’avait été infectée par le passé.

[Archi3]

C'est curieux cette politique de fermeture des frontières à chaque fois qu'un nouveau variant est détecté. On nous a fait le coup pour le alpha et le delta, mais quelqu'un pense-t-il vraiment que si le virus circule à l'étranger , on va pouvoir l'empêcher d'arriver en France ? et à coté, on explique que la politique du zéro covid est impossible justement parce qu'on ne peut pas empêcher le virus d'être réimporté ...Bon on pourrait dire que ça laisse un peu plus de temps pour se préparer, mais ça veut dire quoi s'y préparer ? qu'est ce qu'il y a à faire ?
A part ça vu le nombre de mutations, il est probable que les variants antérieurs aient circulé largement sans être détectés, donc surement en Afrique où il y a beaucoup moins de tests et de moyens de séquençage ... et que donc il est improbable qu'il soit apparu en Afrique du Sud, il doit largement circuler aussi en Afrique. Si on veut bloquer le trafic avec toute l'Afrique, c'est probablement trop tard. Les cas devraient apparaitre de plus en plus en Europe.

[Tawahi-Kiwi]

Si on prend au sérieux l'extrapolation exponentielle, le Reff du B.1.1.529 serait 6 fois plus élevé que celui du Delta... Tu y crois vraiment ?

Sais pas, mais si Delta a un R0 de ~5, avec un R0 >20 (soit bien plus que la rougeole), je ne vois pas vraiment comment ca peut etre contré par une couverture vaccinale qui serait quasi complete (incluant les gosses donc) et qui de surcroit n'est pas 100% efficace. Si ces donnees refletent les caracteristiques de ce variant, tout les pays vont devoir changer de strategie.

T-K

[MissJenny]

A part ça vu le nombre de mutations, il est probable que les variants antérieurs aient circulé largement sans être détectés, donc surement en Afrique où il y a beaucoup moins de tests et de moyens de séquençage ... et que donc il est improbable qu'il soit apparu en Afrique du Sud, il doit largement circuler aussi en Afrique.

ah tiens, tu reconnais qu'un virus n'est pas forcément originaire de l'endroit où il a été détecté... attention tu vas devoir revoir tes savants calculs bayesiens concernant le labo de Wuhan.

[Archi3]

Sais pas, mais si Delta a un R0 de ~5, avec un R0 >20 (soit bien plus que la rougeole), je ne vois pas vraiment comment ca peut etre contré par une couverture vaccinale qui serait quasi complete (incluant les gosses donc) et qui de surcroit n'est pas 100% efficace. Si ces donnees refletent les caracteristiques de ce variant, tout les pays vont devoir changer de strategie.

T-K

le Ro, ce n'est pas le R réel, qui est modifié par la présence d'immunité et les mesures prises (y a eu toute une discussion si le Ro tient compte ou pas du changement de comportement induit par les mesures, mais bon celui dont tu parles est manifestement le R sans immunité ET sans changement de comportement).

en fait le nombre de cas en Afrique du Sud suit à peu près la même courbe qu'au début de l'épidémie, donc le R effectif n'est pas de 20 mais de 2 ou 3. Mais parallèlement celui du delta n'était pas de 5 puisqu'on n'était plus en période épidémique, le nombre de cas était retombé, donc le R du delta était < 1. Pourquoi ? faudrait avoir une explication claire de ce qui fait terminer les pics épidémiques, et c'est pas complètement évident : est ce que ce sont les mesures sociales prises ou l'immunité acquise par la vaccination (pas très importante ) et l'immunité acquise des gens malades et guéris ? dans ce cas une partie du facteur 6 pourrait être expliqué par le fait que le nouveau variant n'a pas la même sensibilité que le delta à ces facteurs. Par exemple si l'échappement à l'immunité est total, le fait que les gens soient immunisés ne compterait pas.

[Archi3]

ah tiens, tu reconnais qu'un virus n'est pas forcément originaire de l'endroit où il a été détecté... attention tu vas devoir revoir tes savants calculs bayesiens concernant le labo de Wuhan.

ok je le reconnais si tu me montres que presque tous les premiers cas de variants identifiés l'ont été à quelques centaines de mètres d'un laboratoire de virologie faisant des expériences de cultures de coronavirus .

[Tawahi-Kiwi]

le Ro, ce n'est pas le R réel

Je comprends bien que le R réel soit different du R0, mais comment determines-t-on ce dernier? C'est empirique ou il y a des bases genetiques/immunologiques, etc. qui permettent de determiner un R0 (theorique alors...)?

T-K

[Archi3]

absolument aucune, vu que ce n'est pas une constante liée au virus mais que c'est aussi le résultat du comportement des gens. C'est idiot à dire, mais la nuit, le Ro est proche de zéro !

Le Ro est juste un paramètre mathématique décrivant la façon dont le virus se propage dans une population donnée et dans des circonstances données, en l'absence d'immunité, mais ce n'est en rien une grandeur physiquement bien définie.

[Tawahi-Kiwi]

absolument aucune, vu que ce n'est pas une constante liée au virus mais que c'est aussi le résultat du comportement des gens. C'est idiot à dire, mais la nuit, le Ro est proche de zéro !

Le Ro est juste un paramètre mathématique décrivant la façon dont le virus se propage dans une population donnée et dans des circonstances données, en l'absence d'immunité, mais ce n'est en rien une grandeur physiquement bien définie.

Quel difference fais-tu alors entre R0 et R reel dans ton message ci-dessus si R0 n'est pas une valeur absolue pour un virus/variant donné ?

[Archi3]

le Ro dont tu parlais c'était le R moyen, en l'absence d'immunité, dans des conditions de vie occidentales, où les gens ne faisaient pas attention au virus, qui a été mesuré sur la vitesse de croissance initiale dans l'épidémie dans ces pays occidentaux. Il n'était pas le même partout, ce n'était qu'une valeur approximative (entre 2 et 3). Et après il a fortement varié selon les mesures qui ont été appliquées



(mais comme j'avais expliqué, le fait qu'on durcisse les mesures quand l'épidémie remonte et qu'on les allège quand l'épidémie baisse a un effet d'asservissement sur la valeur de R, et la fait osciller naturellement autour de 1).

Néanmoins, ça a un sens de considérer le Ro en l'absence de toutes mesures car ça donne une idée de l'immunité qu'il faut atteindre justement pour revenir à la vie d'avant, où on ne prenait pas de précautions particulières. Néanmoins si on accepte de changer durablement certains comportements (arrêter de se serrer la main et de se faire la bise par exemple), il pourrait aussi baisser de manière durable.

[Bruno]

Si on prend au sérieux l'extrapolation exponentielle, le Reff du B.1.1.529 serait 6 fois plus élevé que celui du Delta... Tu y crois vraiment ?

Sur 600 passagers testés aux Pays-Bas en provenance d'Afrique du Sud, 61 sont positifs. On ignore encore quel est le variant mais ça fait tout de meme une incidence de 10 pour 100, soit 10-15x plus que l'incidence de delta dans les pays EU les plus touchés actuellement.

[Tawahi-Kiwi]

Mouais, donc ca ne change rien relativement parlant. A moins que les conditions en Afrique du Sud aient changé drastiquement entre Avril-Mai 2021 et Novembre 2021 (et elles ont dans un sens puisque le taux de vaccination est 20x plus important), comparé le R de delta avec celui (apparent) d'omicron n'est pas vraiment faux (omicron etant possiblement plus elevé en conditions identiques si le vaccin n'était présent qu'aux niveaux d'Avril-Mai 2021).

[MissJenny]

Sur 600 passagers testés aux Pays-Bas en provenance d'Afrique du Sud, 61 sont positifs. On ignore encore quel est le variant mais ça fait tout de meme une incidence de 10 pour 100, soit 10-15x plus que l'incidence de delta dans les pays EU les plus touchés actuellement.

ça n'est pas une incidence mais une prévalence puisqu'on ne sait depuis combien de temps ils sont infectés.

[jiherve]

Bonjour,
just for fun :
https://www.timesofisrael.com/health...th-covid-wave/
JR

[yves95210]

Sur 600 passagers testés aux Pays-Bas en provenance d'Afrique du Sud, 61 sont positifs. On ignore encore quel est le variant mais ça fait tout de meme une incidence de 10 pour 100, soit 10-15x plus que l'incidence de delta dans les pays EU les plus touchés actuellement.

Effectivement, et ça paraît énorme par rapport à l'incidence en Afrique du Sud mi-novembre, si on peut se fier au nombre de cas confirmés...

J'ai posté le message que tu cites sans réfléchir. Ce qui serait quand-même très surprenant, serait que le Ro du variant Omicron soit 6 fois plus élevé que celui du Delta.
Mais le Ro du Omicron n'a pas besoin d'être si élevé si, contrairement au Delta, il échappe à l'immunité post-vaccinale et post-infection.
25% de la population sont complètement vaccinés, (très ?) majoritairement avec une dose de Janssen mais la plupart depuis moins de 5 mois, 60% depuis moins de 3 mois (donc leur protection contre le risque d'infection n'a pas trop baissé). De plus la première phase de la campagne a concerné les professionnels de santé, ce n'est que dans la deuxième phase que les > 60 ans et les > 18 ans avec comorbidités ont été vaccinés, donc c'est relativement récent contrairement à chez nous.
D'autre part, avec 0,15% de décès, dans une population jeune, il est probable que plus de la moitié de la population ait déjà été infectée (et à voir l'évolution du cumul des décès, 40% des infections datent des 5 derniers mois et sont probablement dues au variant Delta).
Donc globalement, l'immunité acquise doit diviser le R du variant Delta par 2 (je ne me risquerai pas à faire un calcul plus précis...).

Depuis 2 semaines, la croissance du nombre quotidien de cas semble se rapprocher d'une exponentielle, avec (en gros) un doublement en une semaine, qui correspondrait à Reff~1,6 (pour un temps de génération de 4,7 jours). Alors que dans le dernier mois de la décroissance du nombre de cas, jusqu'à début novembre, celle-ci semble aussi exponentielle, avec une division par deux en environ deux semaines, qui correspondrait à Reff~0,8 (pour un temps de génération identique). Cf. le graphique ci-dessous.
C'est compatible avec un variant Omicron à peu près aussi transmissible que le Delta mais échappant complètement à l'immunité, ou deux fois plus transmissible mais n'échappant pas plus que le Delta à l'immunité, ou n'importe-quelle situation intermédiaire.

Mais de toute façon c'est une (très) mauvaise nouvelle, même si Reff n'a pas été multiplié par 6, contrairement à ce que certains ont annoncé précipitamment. Ce n'est pas pour rien que l'OMS a très rapidement (beaucoup plus que d'habitude me semble t-il) classé le variant Omicron comme VOC.

[agitateur]

Ce n'est pas sur le Sud Af, mais l'article dit aussi:
- 5.7 M de vaccinés 2 doses
- 4 M de vaccinés 2 doses + booster ( depuis un booster à jour +1 )
- 700 000 non vaccinés.

et en //, sur les 605 nouvelles infections de ce mardi ( par déduction )
460 non vaccinés
54 vaccinés 2 doses + booster
91 vaccinés 2 doses sans booster

8% de non vacc = 3/4 des positifs

[Archi3]

Mouais, donc ca ne change rien relativement parlant. A moins que les conditions en Afrique du Sud aient changé drastiquement entre Avril-Mai 2021 et Novembre 2021 (et elles ont dans un sens puisque le taux de vaccination est 20x plus important), comparé le R de delta avec celui (apparent) d'omicron n'est pas vraiment faux (omicron etant possiblement plus elevé en conditions identiques si le vaccin n'était présent qu'aux niveaux d'Avril-Mai 2021).

non ce n'est pas faux, je dis juste que ce qui est comparé en fait ce sont les R effectifs, et pas les Ro en l'absence d'immunité (et ça peut changer le résultat si le nouveau variant omicron n'est pas sensible à l'immunité de la même façon que le delta, (ce que dit aussi Yves)

[Archi3]

Sur 600 passagers testés aux Pays-Bas en provenance d'Afrique du Sud, 61 sont positifs. On ignore encore quel est le variant mais ça fait tout de meme une incidence de 10 pour 100, soit 10-15x plus que l'incidence de delta dans les pays EU les plus touchés actuellement.

10 % , c'est à peu près ce qu'on a eu dans le cluster où j'ai été contaminé (compétition de bridge, une centaine de personnes confinées dans des salles, jouant aux cartes, la plupart ayant laissé tombé le masque et discutant ensuite assez largement au bar en buvant des consommations) - la plupart vaccinées à ma connaissance.

[mh34]

Message de la DGS reçu aujourd'hui par les abonnés ;
https://solidarites-sante.gouv.fr/IM..._b.1.1.529.pdf

[yves95210]

La particularité du variant Omicron est le nombre élevé de mutations de la protéine Spike qu'il contient par rapport à la souche originelle (de Wuhan).
Ce nombre élevé semble aberrant si l'Omicron est apparu récemment par mutation à partir d'un des variants actuellement en circulation (un de ceux dont le génome a été séquencé dans des échantillons prélevés dans les derniers mois).
Mais en fait, selon Nextstrain, le dernier prédécesseur connu (dont le génome a été enregistré) de l'Omicron date de mi-2020 !

Global systems for identifying novel variants and rapidly sharing data are working well with 91 genomes from Omicron viruses shared to @GISAID from specimens collected between Nov 11 and Nov 23 from Botswana, South Africa and Hong Kong.
These viruses are visible on @nextstrain as "21K (Omicron)" shown here in red (https://nextstrain.org/ncov/gisaid/africa). They do not descend from previously identified "variant" viruses and instead their closest evolutionary connection is to mid-2020 viruses.
This extremely long branch (>1 year) indicates an extended period of circulation in a geography with poor genomic surveillance (certainly not South Africa) or continual evolution in a chronically infected individual before spilling back into the population.
This long branch does not appear to be an artifact of subsampling. A CoVariants "focal build" that pulls in related genomes also shows this long branch (https://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/21K) as does a search with UShER (https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPhyloPlace) for placement on the full SARS-CoV-2 tree.

(source, les graphiques Nextstrain sont accessibles directement en cliquant sur les liens dans la citation)

[yves95210]

10 % , c'est à peu près ce qu'on a eu dans le cluster où j'ai été contaminé (compétition de bridge, une centaine de personnes confinées dans des salles, jouant aux cartes, la plupart ayant laissé tombé le masque et discutant ensuite assez largement au bar en buvant des consommations) - la plupart vaccinées à ma connaissance.

Sauf que les 10% positifs des passagers en provenance d'Afrique du Sud ne viennent pas du même cluster (ça serait surprenant qu'ils soient déjà positifs après avoir été contaminés dans l'avion, même si le vol est long).
Même en supposant qu'ils ne sont pas représentatifs de la population du pays, ni même de la région où se situe leur aéroport de départ, c'est quand-même le signe d'une incidence élevée en Afrique du Sud, et qu'elle concerne entre autres les catégories aisées (Sud-Africains ayant les moyens de se payer le voyage, ou passagers européens revenant d'un voyage touristique ou d'affaires), pas particulièrement les habitants des townships.